PH0005 DNA Marker IV (500-7000bp)

PH0005|DNA Marker IV(500-7000bp)

Catalog No：PH0005Size：?100T(2×250μl)Store at-20℃

试剂简介

本试剂是由6条双链DNA条带组成，适用于琼脂糖凝胶电泳中DNA条带的分析。试剂中已经含有1×loading buffer，可以根据不同实验的需要，直接吸取2-5μl本试剂进行琼脂糖凝胶电泳，使用方便，电泳图像清晰。6条带的大小分别为500，1000，2000，3000，5000，7000bp。其中2000bp条带浓度为100ng/5μl，显示为加亮带，其余条带浓度为50ng/5μl。

试剂保存

4℃贮存（长期贮存置于-20℃）

使用参考

1.取2-5μl本试剂加入到琼脂糖凝胶的加样孔中就行电泳。注：根据梳子的厚度和宽度进行上样。每1mm×1mm（厚度×宽度）加样孔上样1μl。窄齿梳子（一般为1mm×2mm）上样2μl；宽齿梳子（一般为1mm×5mm）上样5μl。如果使用厚齿梳子或宽于5mm的梳子，可以适当调整上样量。

2.建议电泳条件：凝胶浓度为1.0％，凝胶长度5-7cm，电泳电压4-10v/cm，电泳时间15-20分钟。

3.通过EB染色后紫外灯下观察条带。注：如果使用Goldview染料就行染色，由于灵敏度比EB低，请酌情增加上样量；如果使用SYBR染料进行染色，由于灵敏度比EB高，请酌情降低上样量。

注意事项

1.琼脂糖的质量对DNA的电泳有很大影响，电泳时请尽量使用质量优等的琼脂糖。

2.请使用新鲜配制的电泳缓冲液和新鲜配制的琼脂糖凝胶进行电泳，以保证Marker良好的分离效果。

3.该Marker适用于DNA片段大小的确定和对DNA含量的精确定量。

1％琼脂糖凝胶电泳图

梳子尺寸：1mm×5mm

上样量：5μl

凝胶长度：5cm

电泳电压：8v/cm

缓冲液：0.5×TBE

电泳时间：20分钟

染色：EB染色

彩虹130广谱蛋白marker说明书

彩虹130广谱蛋白marker说明书 货号：PR1950 规格：20T(100μL)/50T(250μL)/100T(250μL×2)/500T(250μL×10) 保存：-20℃保存，有效期至少2年。 产品特点： ●三色预染，颜色鲜亮，条带整齐，便于观察。 ●用量少，节约成本，仅5ul即可完美呈现（1.5mm，10孔梳）。 ●广谱多带，一支即可满足多种实验需求。 产品简介： 本产品包含9种彩色预染的已知分子量标准蛋白，分子量范围为15kD-130kD，每种蛋白含量约为 0.2-0.4mg/ml。预染marker可以用于直接观察蛋白质电泳状况以及清晰地判断Western Blot的转膜效果。经SDS-PAGE凝胶电泳或转移到PVDF或NC膜上可得到清晰的9条彩色蛋白条带，其中70kD条带为红色，25kD条带为绿色，其余条带为蓝色。 使用说明： 1.本产品是即用型液体，可直接上样电泳。上样前无需加热，稀释或添加还原剂。 2.上样5ul，SDS-PAGE电泳过程及转膜后可看见清晰的彩虹条带。 3.建议分离胶浓度为15%。 电泳示意图说明： 第1页，共2页

第2页，共2 页注意事项： 1.本产品含有较高浓度甘油，常规-20℃保存为液体状态，可直接使用。若冰箱温度不稳，导致结冰，可 适当分装后置于4℃保存，至少稳定6个月。 2.Marker分离效果与PAGE胶浓度相关，若分离胶浓度低于15%，25kD以下条带不易分离，但不影响绿色 （25KD）及以上条带。如果目的条带小于25KD，建议分离胶浓度大于或等于15%。 3.转膜效果与转膜时间有关，需根据客户目的条带大小而定，如果转膜后较大分子量条带有部分未转膜 成功，属于正常现象。

亚细胞定位之烟草转化方法

本氏烟草（N. benthamian）瞬时表达及相关实验方法： 一、农杆菌介导的烟草瞬时转化： A、实验步骤： 1、根据实验需要，将所要表达的基因克隆到含有不同标签的双元载体中，并转化农杆菌。 2、将新活化的农杆菌单克隆接种到含有相应抗生素的YEP中，28℃，200rpm过夜。 *估算时间，防止农杆菌液浓度超过1OD，否则会影响转化效率。 3、当菌液OD值介于0.6~1.0之间时，1000g，5min离心收集农杆菌。 4、用2ml Induction medium（without AS）轻柔重悬农杆菌，然后再次离心收集菌液。 5、重复步骤4。 6、所得沉淀用1ml Induction medium 重悬。 7、室温放置1~4小时 8、测OD值，根据实验需要，配置侵染液（组合详见下文）。 9、用不加针头的注射器将侵染液注射进6~8周大的本氏烟草叶片中。 *使用注射器时注意安全，防止针头扎到手，使用完的注射器要把针头套套上再扔，或者将针头放到注射器里面，避免伤害他人；注射时应戴乳胶手套并在每次注射完成后清洗手套，防止交叉污染。B、试剂： Induction medium： MES-KOH PH 5.7 10mM MgCl210mM AS 200uM 推荐提前配制母液 1M MES-KOH PH5.7 过滤灭菌，4℃保存，用时稀释100倍。 1M MgCl2 过滤灭菌，4℃保存，用时稀释100倍。 0.2M AS 溶于DMSO 有机溶剂专用滤膜过滤灭菌，分装（避免反复冻融），-20℃。用高压灭菌的超纯水稀释。 C、关于表达时间： 烟草瞬时表达系统中蛋白的表达可以维持比较长的时间，一般注射24小时之后到一周之内都会有表达。严格来讲需要摸索每个蛋白的最佳表达时段，但一般注射后48小时至72小时不同蛋白表达量都比较可观，不要错过。 D、关于侵染液浓度： 推荐每个菌株的浓度在0.1~0.2之间。过高的农杆菌浓度会引起叶片萎蔫甚至枯萎。

彩虹245广谱蛋白marker使用说明

彩虹245广谱蛋白marker使用说明 货号：PR1920 规格：20T(100μ1)/50T(250μ1)/100T(250μ1×2)/500T(250μ1×10) 保存：-20℃保存，有效期至少2年。 产品特点： ●三色预染，颜色鲜亮，条带整齐，便于观察。 ●稳定性能突出，经检测4℃放置两年无明显降解。 ●用量少，节约成本，仅5ul即可完美呈现（1.5mm，10孔梳）。 ●广谱多带，一支即可满足多种实验需求。 产品简介： 彩虹245广谱蛋白marker包含12种彩色预染的已知分子量标准蛋白，分子量范围为 11kD-245kD，每种蛋白含量约为0.2-0.4mg/ml。预染marker可以用于直接观察蛋白质电泳状况以及清晰地判断Western Blot的转膜效果。经SDS-PAGE凝胶电泳或转移到PVDF或NC膜上可得到清晰的12条彩色蛋白条带，其中25kD为绿色条带，75kD为红色条带，其余10条是蓝色条带。 使用说明： 1.彩虹245广谱蛋白marker是即用型液体，可直接上样电泳。上样前无需加热，稀释或添加还原剂。 2.上样5ul，SDS-PAGE电泳过程及转膜后可看见清晰的彩虹条带。 3.建议分离胶浓度为15%。 电泳示意图说明：

彩虹245广谱蛋白marker经15%浓度的SDS-PAGE凝胶电泳后，转移至PVDF膜上。 注意事项： 1，本产品含有较高浓度甘油，常规-20℃保存为液体状态，可直接使用。若冰箱温度不稳，导致结冰，可适当分装后置于4℃保存，至少稳定6个月。 2，Marker分离效果与PAGE胶浓度相关，若分离胶浓度低于15%，25kD以下条带不易分离，但不影响绿色（25KD）及以上条带。如果目的条带小于25KD，建议分离胶浓度大于或等于15%。3，转膜效果与转膜时间有关，需根据客户目的条带大小而定，如果转膜后较大分子量条带有部分未转膜成功，属于正常现象。 相关试剂： P10154×蛋白上样缓冲液（含DTT） P1300-1SDS-PAGE凝胶制备试剂盒 T10705×Tris-甘氨酸电泳缓冲液 D106010×电泳转移缓冲液 PR1910彩虹180广谱蛋白marker

matlab数据类型及转换

Matlab中有15种基本数据类型，主要是整型、浮点、逻辑、字符、日期和时间、结构数组、单元格数组以及函数句柄等。 1、整型：（int8；uint8；int16；uint16；int32；uint32；int64；uint64）通过intmax(class)和intmin(class) 函数返回该类整型的最大值和最小值，例如intmax(‘int8’)=127； 2、浮点：（single；double） 浮点数：REALMAX('double')和REALMAX('single')分别返回双精度浮点和单精度浮点的最大值，REALMIN('double')和REALMIN ('single')分别返回双精度浮点和单精度浮点的最小值。 3、逻辑:(logical) Logical：下例是逻辑索引在矩阵操作中的应用，将5*5矩阵中大于0.5的元素设定为0： A = rand(5); A(A>0.5)=0； 4、字符:(char) Matlab中的输入字符需使用单引号。字符串存储为字符数组，每个元素占用一个ASCII字符。如日期字符：DateString=’9/16/2001’ 实际上是一个1行9列向量。构成矩阵或向量的行字符串长度必须相同。可以使用char函数构建字符数组，使用strcat函数连接字符。 例如，命令name = ['abc' ; 'abcd'] 将触发错误警告，因为两个字符串的长度不等，此时可以通过空字符凑齐如：name = ['abc ' ; 'abcd']，更简单的办法是使用char函数：char(‘abc’,’abcd’)，Matlab自动填充空字符以使长度相等，因此字符串矩阵的列纬总是等于最长字符串的字符数. 例如size(char(‘abc’,’abcd’))返回结果[2,4]，即字符串’abc’实际存在的是’abc ’，此时如需提取矩阵中的某一字符元素，需要使用deblank函数移除空格如name =char(‘abc’,’abcd’); deblank(name(1,:))。 此外，Matlab同时提供一种更灵活的单元格数组方法，使用函数cellstr可以将字符串数组转换为单元格数组： data= char(‘abc’,’abcd’) length(data(1,:)) ->? 4 cdata=cellstr(data) length(cdata{1}) ->?3 常用的字符操作函数 blanks(n) 返回n个空字符 deblank(s) 移除字符串尾部包含的空字符 (string) 将字符串作为命令执行 findstr(s1,s2) 搜索字符串 ischar(s) 判断是否字符串 isletter(s) 判断是否字母 lower(s) 转换小写 upper(s) 转换大写 strcmp(s1,s2) 比较字符串是否相同 strncmp(s1,s2,n) 比较字符串中的前n个字符是否相同 strrep(s1,s2,s3) 将s1中的字符s2替换为s3 5、日期和时间 Matlab提供三种日期格式：日期字符串如’1996-10-02’，日期序列数如729300（0000年1月1日为1）以及日期向量如1996 10 2 0 0 0，依次为年月日时分秒。 常用的日期操作函数

PH0302-超低分子量蛋白Marker II (3.4-100kD)使用手册

PH0302|超低分子量蛋白Marker II(3.4-100kD) Ultra Low Molecular Weight Protein Marker 货号：PH0302规格：?10T（50ul）保存：Store@-20℃ ◆产品简介 本产品包含5种多肽和3种低分子量蛋白质组成，分子量范围为3.4kD-100kD。可以用来判断SDS-PAGE上多肽和小蛋白的分子量。 ◆使用说明 第一次收到该产品，室温融化后，彻底混匀，离心快甩将溶液完全收集到管底，根据需要适量分装成小管，-20℃贮存，每次取一小管使用；本产品为即用型，融化后既能使用，不能95℃加热处理。 一.制胶： I配制分离胶 1．按照表一将不同体积的双蒸水、40%PAA（19:1）、凝胶缓冲液和乙二醇加入到小烧杯中混合。 2．加入10%APS和TEMED，立即混匀5-10秒，以使溶液充分混匀。 3．在凝胶模具中迅速灌入适量分离胶溶液，然后在分离胶溶液上轻轻覆盖一层1-3cm的水层，使凝胶表面保持平整。4．静置30-60分钟，待分离胶和水层之间出现一个清晰的界面表示凝胶已聚合。 表一（一块0.75mm mini胶用量） 分离胶浓缩胶 18％T,5%C/6.0ml5％T,3.3%C/2ml 40%PAA（19:1） 2.7ml/ 40%PAA(29:1)/0.25ml 4×凝胶缓冲液 1.5ml0.5ml 乙二醇（电泳级） 1.8ml/ ddH2O/ 1.25ml 10％APS50-65μl20μl TEMED6μl2μl 注：如非必须，不要使用1.0mm和1.5mm的凝胶，尽量使用厚度0.75mm的凝胶，这样会减少电泳后染色和脱色的时间。 II配制浓缩胶 去除覆盖在分离胶上的水层，用滤纸将残留的水吸去。 1．按照表一将不同体积的双蒸水、40%PAA（29:1）和凝胶缓冲液加入到小烧杯中混合。

EMSA、CHIP.亚细胞定位

EMSA 实验材料：EMSA探针生物素标记试剂盒（20；1358）；化学发光EMSA检测试剂盒（100；1399）；正电尼龙膜（20；458）；细胞核蛋白提取试剂盒（50；462）；BCA蛋白浓度测定试剂盒（200；170）；压片暗盒（1个；138）；PMSF试剂（1g;118） 实验方法： 一、探针制备： 1.准备工作： A.取出TdT Buffer (5X)、Biotin-11-dUTP和Ultrapure water溶解，并置于冰浴上备用。 B.取出待标记的单链EMSA探针，用水稀释至1μM，并置于冰浴上备用。如果待标记 的EMSA探针为双链，95℃加热2分钟，然后立即放置到冰水浴中，使双链的EMSA 探针转变为单链的探针，然后同样用水稀释至总的单链DNA浓度为1μM，即每条单链的浓度为0.5μM，相当于最初双链的EMSA探针浓度为0.5μM。 2.DNA 探针的标记: Ultrapure water 29ul TdT Buffer (5X) 10ul 待标记探针(1μM) 5ul Biotin-11-dUTP (5μM)5ul TdT (10U/μl)1ul 总体积50ul A.参考上表设置反应体系。注：对于双链的EMSA探针的标记反应，建议一次做两管， 即总体积共100μl，以最终获得足够的生物素标记EMSA探针用于后续EMSA检测。 B.用枪轻轻吹打混匀，切勿vortex。37℃孵育30分钟。 C.加入2.5μl 探针标记终止液，轻轻混匀终止反应。 3.TdT 的去除: A.探针标记反应终止后，加入52.5μl氯仿-异戊醇(24:1)，vortex使有机相和水相充分 混合以抽提TdT(说明：静止后有机相和水相会很快分层)。 B.12000-14000g离心1-2分钟。吸取上清备用。上清即为被生物素标记的单链DNA探 针。 4.探针的纯化( 选做) ： 通常为实验简便起见，可以不必纯化标记好的探针。有些时候，纯化后的探针会改善后续实验的结果。如需纯化，可以按照如下步骤操作： A.对于100μl 标记好的探针，加入1/4体积即25μl 的5M醋酸铵，再加入2体积 即200μl 的无水乙醇，混匀。 B.-70℃至-80℃沉淀1小时，或-20℃沉淀过夜。 C.4℃，12,000g-16,000g离心30分钟。小心去除上清，切不可触及沉淀。 D.4℃，12,000g-16,000g离心1分钟。小心吸去残余液体。微晾干沉淀，但不宜过分干 燥。 E.加入50μl TE，完全溶解沉淀。标记好的探针可以-20℃保存。 5.生物素标记探针标记效率的检测： A.取5μl Biotin-Control Oligo (0.4μM)，加入196μl TE，混匀，稀释成10nM Biotin-Control Oligo(作为标准品)。取出适量10nM Biotin-Control Oligo，依次稀释成5nM、2.5nM、1nM、0.5nM和0.25nM。 B.取3μl步骤3B所获得的生物素标记的DNA探针(100nM)，加入27μl TE，混匀，稀 释成10nM 生物素标记的探针(作为待测样品)。取出适量的10nM 生物素标记的探

次高分子量蛋白质 Marker (43kD-200kD)使用说明

次高分子量蛋白质Marker(43kD-200kD)使用说明 货号：PR1500 规格：10T 保存：-20℃可保存至少六个月。避免反复冻融，建议分装保存。 产品简介： 次高分子量蛋白质Marker包含5种蛋白质混合物，分子量范围为43kD-200kD，每种蛋白的含量约为20ug。经SDS-PAGE电泳，用考马斯亮蓝染色后可以得到分布均匀密度相近的5条带。可以用来判断SDS-PAGE电泳后蛋白质的分子量。 本产品配有一支蛋白上样缓冲液（150ul）。 使用说明： 将两支试剂开启，取110ul蛋白上样缓冲液加入蛋白Marker干粉中，混匀，取出液体，置于 1.5ml离心管中，100℃沸水浴加热5分钟，冷却后根据需要分装成小管，建议每管分装10μl，-20℃贮存，每次取一管使用。 注：如长期贮存后使用，使用前最好取分装后的小管99℃预热3分钟后再上样电泳。 用考马斯亮蓝G-250染色后可见5条蛋白带（见下示意图）。

注意事项： 1.建议分离胶浓度7%，浓缩胶浓度4%，制胶时先配制分离胶，聚合后再配制浓缩胶。电泳时，80v电压大约跑1小时后，待指示剂沿到达分离胶上沿时，将电压调至120v，直到电泳结束。整个电泳过程大约需3-4个小时。 2.电泳之后可将胶进行染色观察，如果使用配方进行染色时效果不好或考虑其毒性，可以选择考马斯亮蓝蛋白胶快速染色液，具有染色快，无毒，灵敏性高等特点，是常规染色液的替代品。 相关试剂： P10154×蛋白上样缓冲液（含DTT） T10705×Tris-甘氨酸电泳缓冲液 P1300-1SDS-PAGE凝胶制备试剂盒 P1300-500考马斯亮蓝快速染色液

matlab图像数据类型转换

uint 8:无符号的8位（8bit）整型数据（unit 都是存储型） int ：整型数据 1、在MATLAB中，数值一般都采用double型（64位）存储和运算. 2、为了节省存储空间，MATLAB为图像提供了特殊的数据类型uint8（8位无符号整数），以此方式存储的图像称为8位型像。 3、函数image能够直接显示8位图像，但8位型数据和double型数据在image中意义不一样， 4、对于索引图像，数据矩阵中的值指定该像素的颜色种类在色图矩阵中的行数。当数据矩阵中的值为0时，表示用色图矩阵中第一行表示的颜色绘制；当数据矩阵中的值为1时，表示用色图矩阵中的第二行表示的颜色绘制该像素，数据与色图矩阵中的行数总是相差1。所以，索引图像double型和uint8型在显示方法上没有什么不同，只是8位数据矩阵的值和颜色种类之间有一个偏差1。调用格式均为image(x); colormap(map); 5、对于灰度图像，uint8表示范围[0，255]，double型表示范围[0，1]。可见，double型和uint8型灰度图像不一样，二者转换格式为： I8=uint8 (round (I64*255)); ！！double转换成uint 8 I64=double (I8)/255; ！！！uint转换成double 反之，imread根据文件中的图像种类作不同的处理。当文件中的图像为灰度图像时，imread 把图像存入一个8位矩阵中，把色图矩阵转换为双精度矩阵，矩阵中每个元素值在[0，1]内；当为RGB图像时，imread把数据存入到一个8位RGB矩阵中。！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！ MATLAB中读入图像的数据类型是uint8，而在矩阵中使用的数据类型是double 因此 I2=im2double(I1) :把图像数组I1转换成double精度类型； 如果不转换，在对uint8进行加减时会产生溢出 图像数据类型转换函数 默认情况下，matlab将图象中的数据存储为double型，即64位浮点数；matlab还支持无符号整型（uint8和uint16）；uint型的优势在于节省空间，涉及运算时要转换成double型。 im2double():将图象数组转换成double精度类型 im2uint8():将图象数组转换成unit8类型 im2uint16():将图象数组转换成unit16类型 ！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！ 默认情况下，matlab将图像中的数据存储为double型，即64位浮点数；matlab还支持无符号整型（uint8和uint16）；uint型的优势在于节省空间，涉及运算时要转换成double型。 但是，问题的真正的解释其实应该是这样的。首先是在数据类型转换时候uint8和im2uint8的区别，uint的操作仅仅是将一个double类型的小数点后面的部分去掉；但是im2uint8是将输入中所有小于0的数设置为0，而将输入中所有大于1的数值设置为255，再将所有其他值乘以255。 图像数据在进行计算前要转化为double类型的，这样可以保证图像数据运算的精

蛋白标准品(Marker)知识汇总

蛋白Marker可分为：一、未预染的Marker即宽分子量蛋白标准、高分子量蛋白标准以及低分子量蛋白标准;二、预染的Marker即单色预染和多色预染。 在western blot 过程中，分子量Marker就像个螺丝钉一样没虽然是个小细节，然而就是这样一个小细节对实验结果有着不可忽视的作用。这个Western Blot 参照家族的一员的作用主要是用来指示蛋白条带所对应的分子量大小，只有标准量精确无误了，实验结果才有说服力，除此之外，蛋白标准还有表示转移成功或者蛋白在凝胶上的电泳程度等等的作用，所以选择正确的蛋白Marker也是western blot实验成功的必要条件之一。 总体来说，蛋白分子量标准可以分成未染蛋白分子量标准、预染蛋白分子量标准二个级别。以下是关于蛋白分子量标准的小叙： 一. 未染色(pre mixed)蛋白分子量标准 未染色的蛋白分子量标准是最简单，也是最准确的一种。由于没有附带染料分子或者是标记分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是精确判断蛋白大小必须的。现在的Marker多数都选用预混和的Marker，方便不同大小的蛋白比较。预混的Marker通常有几条带加倍浓度作为指示，因为混合的条带越多，越不好记，谁知道哪条是那条!数到眼都花了。所以当看到特别浓的那几条标志带就记得是哪里了。不过要记得，小带通常都不那么容易看清楚的。在选择上来说，当然是选择其中至少有一条条带和自己的目的蛋白大小相近的最好，越近越好。如果你的蛋白不幸在两条跨度较大Marker条带之间，选别的Marker吧。预混的Marker 使用上不如预染Marker(pre-stained)好用，因为电泳过程中完全看不到，要和目标蛋白一起等到最后染色才―开蛊‖，无法对实验起预示参照作用。完全属于―后知后觉‖型的，当然还是比―不知不觉‖不做对照的要好。 ①宽分子量蛋白标准

WoLF PSORT 蛋白亚细胞定位预测

Nucleic Acids Research,2007,Vol.35,Web Server issue W585–W587 doi:10.1093/nar/gkm259 WoLF PSORT:protein localization predictor Paul Horton1,Keun-Joon Park1,2,Takeshi Obayashi3,Naoya Fujita1,3, Hajime Harada1,C.J.Adams-Collier4and Kenta Nakai3,* 1Computational Biology Research Center,AIST,Tokyo,Japan,2Center for Genome Science,National Institute of Health,Korea Center for Disease Control&Prevention,5Nokbeon-Dong,Eunpyung-Gu, Seoul122-701Korea,3Human Genome Center,Institute of Medical Science,University of Tokyo,Tokyo,Japan and4Collier Technologies,Everett,WA,USA Received January30,2007;Revised March26,2007;Accepted April8,2007 ABSTRACT WoLF PSORT is an extension of the PSORT II program for protein subcellular location prediction. WoLF PSORT converts protein amino acid sequences into numerical localization features; based on sorting signals,amino acid composition and functional motifs such as DNA-binding motifs. After conversion,a simple k-nearest neighbor classifier is used for https://www.wendangku.net/doc/0f4479084.html,ing html,the evidence for each prediction is shown in two ways: (i)a list of proteins of known localization with the most similar localization features to the query,and (ii)tables with detailed information about individual localization features.For convenience,sequence alignments of the query to similar proteins and links to UniProt and Gene Ontology are provided. Taken together,this information allows a user to understand the evidence(or lack thereof)behind the predictions made for particular proteins. WoLF PSORT is available at https://www.wendangku.net/doc/0f4479084.html, INTRODUCTION Bilipid membranes divide eukaryotic cells into various types of organelles containing characteristic proteins and performing specialized functions.Thus,subcellular localization information gives an important clue to a protein’s function.Although localization signals in mRNA appear to play some role(1),the main determi-nant of a protein’s localization residues in the protein’s amino acid sequence.(We recommend https://www.wendangku.net/doc/0f4479084.html,/wiki/ Protein_targeting for a brief overview and Alberts et al. (2)for a textbook description.) Numerous experiments to determine protein localiza-tion have been performed to date.These can broadly be classi?ed as:small-scale experiments—the results of which continue to accumulate in public databases,such as UniProt(3)and Gene Ontology(4);and large-scale experiments using epitope(5)or green?uorescent protein (GFP)(6)tagging,or by separation of organelles by centrifugation combined with protein identi?cation by mass spectrometry(7,8). Although they provide invaluable information,the coverage of experimental data is only high for model organisms,particularly yeast.Moreover,the agreement amongst large-scale experimental data is only75–80% (6–9).Thus,computational prediction of localization from amino acid remains an important topic. Numerous computational methods are available [reviewed in(10,11)].Some(including WoLF PSORT) have recently been benchmarked by Sprenger et al.(12), who found the computational methods to be useful for sites,such as the nucleus,for which many training examples can be easily obtained from UniProt(which is the source of most or all of the training data for most prediction methods—including WoLF PSORT).The di?erent methods they benchmarked were found to have di?erent strengths.Here,we describe the public server for our WoLF PSORT method. PREDICTION METHOD WoLF PSORT is an extension of PSORT II(13,14)and also uses the PSORT(15)localization features for prediction.In addition,WoLF PSORT uses some features from iPSORT(16)and amino acid composition.Those features are used to convert amino acid sequences into numerical vectors,which are then classi?ed with a weighted k-nearest neighbor classi?er.WoLF PSORT uses a wrapper method to select and use only the most relevant features.This reduces the amount of information which needs to be considered(and displayed)for the user to interpret individual predictions and may also make the predictor less prone to over learning.The prediction method has described in more detail elsewhere(17). *To whom correspondence should be addressed.Tel:t81-3-5449-5131;Fax:t81-3-5449-5133;Email:knakai@ims.u-tokyo.ac.jp ?2007The Author(s) This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License(https://www.wendangku.net/doc/0f4479084.html,/licenses/ by-nc/2.0/uk/)which permits unrestricted non-commercial use,distribution,and reproduction in any medium,provided the original work is properly cited.

MATLAB模块介绍$

MATLAB 模块介绍 -------- 数学 & 金融 u Curve Fitting Toolbox Curve Fitting Toolbox 扩展MATLAB 环境，集成数据管理，拟合，显示，检验和输入分析过程等功能。所有能通过GUI 使用的功能都可以通过命令行来进行。

u Database Toolbox ——与关系数据库交换数据 Database Toolbox提供了同任何支持ODBC/JDBC标准的数据库进行数据交换的能力。利用在工具箱中集成的Visual Query Builder工具，无需学习任何SQL语句就可以实现在数据库中查寻数据的功能。这样MATLAB就能够对存储在数据库中的数据进行各种各样的复杂分析。在MATLAB环境中，也可以使用SQL命令来进行如下操作： 对数据库数据进行读、写操作；应用简单或复杂的条件查询数据库中的内容。 特点: ?与支持ODBC/JDBC 数据库建立连接，包括Oracle 、Sybase SQL Server ，Sybase SQL Anywhere ，Microsoft SQL Sever ，Microsoft Access ，Informix Ingres 等。?支持SQL 语句，可以在MATLAB 环境下直接执行SQL 查询命令 ?动态数据调入：可以根据需要使用SQL 在MATLAB 中获取数据，本工具箱对某一种类型的数据库进行大量或小量的查询 ?数据类型保持：在MATLAB 中对数据的调入或调出操作都能保持原有的数据类型 ?多个对话能力，采用本工具箱可在MATLAB 中从一个数据库中调入数据，对那些数据进行分析，然后输出到另一个数据库中 ?处理大量数据的能力：采用本工具箱你可以一次或分几次处理大量的数据，这样能让你根据任务高效地进行数据处理 ?连续状态的数据库联接：一旦和某个数据库的联接建立起来后，数据库一直是打开的，除非你在MATLAB 中执行关闭语句。这提高了数据库的读取速度，减少了不必要的命令来调入、输出数据。 ?无需了解SQL 也能够对数据库数据进行查询。 功能： Database Toolbox 可以与流行的数据库交互数据，其中包括Oracle ，Sybase ，Microsoft SQL Server 及Informix 等。工具箱还允许在单个MATLAB 进程中对多个数据库进行操作，同时支持对大量数据处理。工具箱中包含的Visual Query Builder ，即使不知道SQL ，也能可视化地与数据库打交道。 u Financial Derivatives Toolbox Financial Derivatives Toolbox 用于分析金融衍生工具和投资。 特点 ?提供各种利息率模型 ?提供七种金融工具一系列计算的函数

蛋白质的亚细胞定位的预测

蛋白质的亚细胞定位的预测 关于蛋白质的亚细胞定位的预测，In general，预测方法分为3个步骤。首先，为每一类亚细胞locations构建客观而具有代表性的数据集。其次，从数据集中提取特征参数或descriptor。最后也是最关键的一步，通过算法比较查询序列中所包含的特征参数与各类相应的location 的相似度，作出判断，一般会用一组概率的形式来表述。很明显，其中大量运用的是机器学习理论和统计学的方法。对算法有兴趣的朋友可以参考下面这一篇综述，“An overview on predicting the subcellular location of a protein” In Silico Biology 2002 http://www.bioinfo.de/isb/2002/02/0027/main.html 以下是该综述中涉及的部分server，都是比较经典的。 PSORT：http://psort.nibb.ac.jp By amino acid composition information and sorting signal knowledge TargetP：http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ By discriminating the individual targeting signal peptide MitoProt：http://ihg.gsf.de/ihg/mitoprot.html By discriminating mitochondrial and chloroplast signal peptide Predotar：http://www.inra.fr/Internet/Produits/Predotar/ By discriminating mitochondrial, chloroplast signal peptide NNPSL：https://www.wendangku.net/doc/0f4479084.html,/nnpsl By amino acid composition SobLoc：https://www.wendangku.net/doc/0f4479084.html,/SubLoc/ By amino acid composition SubLoc: https://www.wendangku.net/doc/0f4479084.html,/SubLoc/ By more sequence information besides the amino acid composition 一篇文献：https://www.wendangku.net/doc/0f4479084.html,/papers/2003_loci_3dnet/paper.html “Better prediction of sub-cellular localization by combining evolutionary and structural information”

亚细胞定位实验protocol

亚细胞定位 Confocus 一、实验材料 玻片，镊子，75%酒精，细胞转染用物品，PBS，4%多聚甲醛，Trixon-X-100，铝箔，摇床，DAPI染色液，荧光封片液，指甲油，载玻片，激光扫描共聚焦显微镜（型号：ZEISS LSM 510 META），光盘 二、实验原理 亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位，如胞核，胞浆内，细胞膜或某一特定细胞器上存在。通常是将目的蛋白与报告基因（如绿色荧光蛋白基因EGFP、红色荧光蛋白基因Dsred等）融合表达，在激光共聚焦显微镜下观察荧光的表达部位从而致使目的蛋白在细胞内的定位。 DAPI，4，6-联脒-2-苯基吲哚，是一种标记细胞核的荧光染料，因其与dsDNA有高度的亲和力，与DNA结合后会发出强烈的荧光。 激光共聚焦扫描显微技术（Confocal laser scanning microscopy）是一种高分辨率的显微成像技术。普通的荧光光学显微镜在对较厚的标本（例如细胞）进行观察时，来自观察点邻近区域的荧光会对结构的分辨率形成较大的干扰。共聚焦显微技术的关键点在于，每次只对空间上的一个点（焦点）进行成像，再通过计算机控制的一点一点的扫描形成标本的二维或者三维图象。在此过程中，来自焦点以外的光信号不会对图像形成干扰，从而大大提高了显微图象的清晰度和细节分辨能力。 三、操作程序与结果判定（结合自己的经验将可能遇到的问题 及解决办法也列出） 1、细胞爬片的处理（24孔板） 细胞爬片可以买专门的爬片（一般直径1cm的正方形玻片正好适合24孔板的大小）用镊子夹取后在酒精灯上过火后轻轻放入细胞板内。此后再接入适量消化好的细胞。 爬片处理：将玻片放入小烧杯，再加浓硫酸处理。处理完后，用ddH20洗。再泡到75%酒精里。

低分子量蛋白质Marker(14.4kD-97.4kD)使用说明

低分子量蛋白质Marker（14.4kD-97.4kD)使用说明 货号：PR1400 规格：20T 保存：-20℃可保存至少一年。避免反复冻融，建议分装保存。 产品简介： 低分子量蛋白质Marker包含6种蛋白质混合物的冻干粉，分子量范围为14.4kD-97.4kD，每种蛋白的含量约为20-30μg。经过SDS-PAGE（聚丙烯酰胺凝胶）电泳后，用考马斯亮蓝染色可以得到分布均匀密度相近的6条带。可以用来判断SDS-PAGE电泳后蛋白质的分子量。 使用说明： 1.开封后，溶于400μL体积的1×蛋白上样缓冲液（含巯基还原剂），于沸水浴中加热5分钟，冷却后可根据需要进行小量分装，每管20μL，-20℃贮存，每次取一管使用。 2.如长期贮存后使用，使用前最好取分装后的小管沸水浴预热3-5分钟后再上样电泳，用考马斯亮蓝G-250染色后可见6条蛋白带(见下示意图)。 注意事项： 1.建议分离胶浓度12%，浓缩胶浓度5%，制胶时先配制分离胶，聚合后再配制浓缩胶。电泳时，80v电压大约跑1小时后，待指示剂沿到达分离胶上沿时，将电压调至120v，直到电泳结

束。整个电泳过程大约需3-4个小时。 2.电泳之后可将胶进行染色观察，如果使用配方进行染色时效果不好或考虑其毒性，请选择考马斯亮蓝蛋白胶快速染色液，该试剂具有染色快，无毒，灵敏性高等特点，是常规染色液的替代品。 相关试剂： P10154×蛋白上样缓冲液（含DTT） P10164×蛋白上样缓冲液（含巯基还原剂） T10705×Tris-甘氨酸电泳缓冲液 P1300-1SDS-PAGE凝胶制备试剂盒 P1300-500考马斯亮蓝快速染色液

蛋白亚细胞定位方法

1.挑单克隆斑加到30ml LB中，加AMP。37℃摇过夜。 2.分别取15ml菌液加到1L的LB中，加AMP，继续在37℃下摇至OD600=0.5-0.6,严格 控制OD。 3. 加IPTG，使终浓度达到0.2mM , 18℃摇过夜。 4. 在4℃下以7700 × g (e.g. 8000 rpm)离心10min. 5. 弃去上清，放在冰上。 6. 加入30~50ml ice-cold 1× PBS，用移液器悬浮细胞。 7. 用超声波超生。取一部分超生后的产物用SDS-PAGE检测。 8. 向溶液中加入20%的Trion x-100，使终浓度达到1%。Mix gently for 30 min to aid in solubilization of the fusion protein。应该是在冰上。 9. 10 000 rpm 离心for 10 min at 4 °C. 转移上清到一个新的容器中。 1× PBS (ice-cold): Dilute 10× PBS with sterile H2O. Store at 4 °C. 10× PBS is 1.4 M NaCl, 27 mM KCl, 100 mM Na2HPO4, 18 mM KH2PO4, pH 7.3. 1×PBS is 140 mM NaCl ; 2.7 mM KCl; 10 mM Na2HPO4; 1.8 mM KH2PO4, pH7.3 1L, 1×PBS配方如下：称取NaCl 8.18g; KCl 0.2g; Na2HPO4.12H2O 3.58g ; KH2PO4 0.245g 溶于800ml水中，用HCl调节PH=7.3，最后加蒸馏水定容至1L,高温高压灭菌。