第1章 化学信息学概述
化学信息学课件
第一章化学信息概论 一、化学信息学的产生和发展 信息：实物的存在方式和运动状态的记录，它精确地描述物体或事件，并且可借助于一定的物质载体进行存储和传播。 化学学科的重要性化学信息量的快速增长 化学信息学：是应用信息学方法解决化学问题的学科。（化学信息学是信息科学与化学的交叉学科。）（利用数学、统计学与计算机科学的理论、方法和网络技术作为手段，研究化学信息的获取、表示、管理、传播、分析、加工和应用，在此基础上进行知识创新，促进化学学科的发展。） 二、化学信息学的研究领域 应用现代信息技术构建信息处理系统，处理长期积累的大量化学信息资源，帮助化学家组织、分析和理解已知的科学数据，正确地预测化学物质的性质，开发新化合物、材料和方法。 应用计算机科学方法或信息学解决化学问题，对化学信息进行有效的存储、操作和处理，使化学信息合理地提升为化学知识。 研究内容：化学、化工文献学；化学知识体系的计算机表示、管理与网络传输；化学图形学；化学信息的解析与处理；化学知识的计算机推演；化学教育与教学的现代技术与远程信息资源。 三、信息资源检索的意义与作用 ?? 启迪创新：科研工作具有继承和创新两重性，要求科研人员在探索未知进行创新之前，应该尽 可能地继承和利用与之相关的信息。 ?? 拓宽视野：21世纪信息与知识的积累日新月异，出现了大量的边缘科学和交叉科学。面对知识 频繁更新的世界，需要接受终身教育，在不断的教育中更新知识，适应环境的变化。 ?? 培养能力：现代教育不单纯是知识的传授，更重要是要大力进行各种能力的培养，其中包括自 学能力、思维能力、研究能力、表达能力、创新能力、终生教育能力、组织管理能力和收集处理信息的能力。 ?? 提高素质：信息素质是信息社会中实现对知识的探索和发现的综合能力，它是进入信息社会赖 以生存的通行证。
化学键理论概述(作业)
化学键理论概述（作业） 7-1从电负性数据判断下列化合物中哪些是离子化合物？哪些是共价化合物？ NaF ； AgBr ； RbF ； HI ； CuI ； HBr ； CsCl ； 答：题设元素的鲍林电负性为： 根据化学键理论，如果要生成离子键，成键原子的元素电负性差异必须大于1.7（即：离子百分数大于50%），反之只能形成共价键。而离子化合物是由离子键形成的化合物，共价化合物是由共价键形成的化合物，故可以通过判断化合物中化学键的类型判断化合物是离子护额合物还是共价化合物。其判断结果如下： 物质类型判断表 7-2.试证明立方晶系AB 型离子晶体配位数为4和配位数为8的介稳定状态中r + /r -分别为0.225和0.732。 证明：如果晶体处于介稳定状态，则离子间全接触（同号和异号之间皆接触）； （1）在配位数为4的立方晶体中, ∠ACB= cos109.5° 5 .109cos ))((2)()()2(5 .109cos )()(2)()() (2;2 2 2 2 2 2 -+-+-+-+-- -+++++++=?++=?= +==r r r r r r r r r BC AC AC BC AB r AB r r AC BC 根据余弦定律： 225 .015 .109cos 11=-+=- + r r 7-4.根据已知的下列数据，由伯恩－哈伯循环计算BaCl 2的Δf H m 0；
氯分子的解离能：242kJ·mol-1；钡的升华热：193kJ·mol-1； 钡的第一电离能：503kJ·mol-1；钡的第二电离能：965kJ·mol-1； 氯的电子亲和能：349kJ·mol-1；氯化钡的晶格能：2027kJ·mol-1； 解：根据化学热力学理论，物质的生成焓是指：在标准态下，由稳定单质生成1mol纯化合 物的热效应。对于BaCl 2的Δ f H m 0对于的反应为： Ba（s）＋ Cl 2（g）＝BaCl 2 （s） 根据离子键理论，晶格能的定义为：在标准状态下，将1mol离子晶体拆散为气态阳离子和气态阳离子所需要的能量.对于BaCl 2 为： BaCl 2 （s）＝Ba2＋（g）＋ 2Cl－（g） 根据化学热力学由原理设计如下伯恩－哈伯循环。 f H0 = -U + (S + D + I + 2E) = -2027 +[193+242+503+965+2×(-)349] = -822.00 kJ· mol-1； 答：由伯恩－哈伯循环计算BaCl 2的Δ f H m 0为-822.00 kJ·mol-1； 7-8.简述价层电子对互斥理论的主要内容,试用价层电子对互斥理论判断下列分子或离子的空间构型。 BeCl2；BCl3；NH4+；H2O；ClF3；PCl5；I3-；ICl4－； ClO2－；PO43-；CO2；SO2；NOCl；POCl3； 解：价层电子对互斥理论的主要内容有：对于ABm型分子，分子的几何构型与中心原子A 的价层电子对构型有关。其中，中心原子的价层电子对数、电子对的性质（成键电子、孤对电子）、电子对之间的夹角等决定其几何构型。分子的稳定构型是价层电子对构型中斥力最小的构型。 根据价层电子对互斥理论，题设分子或离子的空间构型为： (1)对于BeCl2分子； 中心Be的价层电子对数＝（2＋2×1）/2＝2， 其中成键电子对数＝2；故孤对电子对数＝2－2＝0 所以分子的空间构型为直线型。 （2）对于BCl3分子； 中心B的价层电子对数＝（3＋3×1）/2＝3， 其中成键电子对数＝3；故孤对电＝0 所以分子的空间构型为平面正三角形； （3）对于NH4+分子；
化学信息学总结
总结 化学信息学是化学领域中近几年发展起来的一个新的分支，是建立在多学科基础上的交叉学科，利用计算机技术和计算机网络技术，对化学信息进行表示，管理，分析，模拟和传播,以实现化学信息的提取，转化与共享，揭示化学信息的实质与内在联系，促进化学学科的知识创新。 当今时代信息具有四大特点：信息量大、延伸范围广、传播速度快、交叉性能强。这些信息的记载、组织与交流对化学学科的发展起到越来越重要的推动作用，同时也成为化学学科的一个重要组成部分。化学信息可分为两大部分，即化学物质的化学信息和媒体形式的化学信息。前者是利用科学的原理和方法通过测量得到的化学成分的相关信息，如物质的物理、化学性质，物质中各成分的定性、定量以及结构信息等。后者是化学信息的记录形式，如图书、期刊、专利等。化学信息的传播使化学工作者们共享测量的原理、方法及测量结果。学生们要想充分利用有益的测量数据和结果，必须首先学会整合信息内容，提高自己整合信息的综合能力。既不能丢掉有用信息，又不能使用虚假信息。其次，还要学会表示、管理、变换和使用化学信息。当前最先进的手段是利用计算机表示和管理化学信息，因为计算机能方便地将数据信息的数字符号保存、读入、计算和输出。同时，计算机也可以把化学信息中的结构信息用线性编码等方式表示出来。并能保证结构信息的“惟一性”和“无二义性”。化学信息学从计算机与Internet基础开始，到联机文献检索、到数据库的资源与使用、再到信息的表示方式以及小波分析等方面作了详细地介绍和阐述，已经不再是原来的狭义的信息检索等方面的内容。这门交叉性较强的学科势必能使学生具备完善的分析、处理、变换和使用信息的能力。即综合整合信息的能力。 化学信息学是培养学生信息素质的重要学科。信息素质是一种涉及信息内容、传播、分析、信息检索以及评价各方面的综合能力。化学信息学可以提高其自觉筛选吸收信息的能力，养成创新思维习惯，自觉具有课题查新的意识，具备渴求知识的欲望，掌握必备的信息处理能力，提高在今后工作岗位上的竞争力，适应日后深造和社会终身学习的客观要求。化学信息学能培养高职学生的创新人格。化学信息学首先能培养学生的良好信息素质，良好的信息素质会使学生在走入社会之后具备较好的独立性、坚持性、合作性以及自信心和责任心等，而这五个要素是学生创新人格的具体体现。有了良好的独立性，学生在智力活动和实际活动中能够独立自主地发现问题和解决问题。有了良好的坚持性，学生会在创新活动中冷静面对和睿智的思考他所面临的一切困难。会在诸多困难中寻找到一丝曙光，为自己找到达到创新目标的途径和方法。化学信息学在利用计算机和网络技术的基础上，本身就特别强调广域的合作性，有了良好信息素质的学生一定不会为了独立的个性素质而舍弃合作。相反，会更乐于接触更多的人，也会把自己的想法和做法与合作者共享。良好的信息素质当然也加强了学生们的责任心和自信心。 一学期化学信息课让我感悟良多。老师课上讲的随时会让学生重复，以巩固新知识。也会让学生自己课下搜集信息，在课堂上与同学分享，增加与老师的互动，同时老师也会给我们很多意见。再此感谢老师。还有希望老师可以向学校建议化学信息学最好在机房上，这样可以增强每个学生的动手能力。
化学信息学考题
15、广义的信息检索包含两个过程（ B ） A、检索与利用 B、存储与检索 C、存储与利用 D、检索与报道 17、狭义的专利文献是指（ C ） A、专利公报 B、专利目录 C、专利说明书 D、专利索引 18、中国国家标准的代码是（ A ） A、GB B、CB C、ZG D、CG 19、政府出版物主要包括两大类型的文献（ B ） A、专利与标准 B、行政文件与科技文献 C、图书与期刊 D、档案与标准 20、ISBN是( B )的缩写 A、国际标准刊号 B、国际标准书号 C、连续出版物代码 D、国内统一刊号 1. 文献是记录有知识的（ A ） A 载体 B 纸张 C 光盘 D 磁盘 2. 下列哪种文献属于一次文献( A ) A 期刊论文 B 百科全书 C 综述 D 文摘 3. 下列哪种文献属于二次文献( D ) A 专利文献 B 学位论文 C 会议文献 D 目录 4. 下列哪种文献属于三次文献( C ) A 标准文献 B 学位论文 C 综述 D 文摘 5. 下列选项中属于连续出版物类型的选项有（ C ） A 图书 B 学位论文 C 科技期刊 D 会议文献 6. 下列选项中属于特种文献类型的有（ D ） A 报纸 B 图书 C 科技期刊 D 标准文献 7. 纸质信息源的载体是（ D ） A 光盘 B 缩微平片 C 感光材料 D 纸张
8. 以刊载新闻和评论为主的文献是（ B ） A 图书 B 报纸 C 期刊 D 会议文献 9. 使用分类语言对信息进行描述和标引，主要是可以把（ B ）的信息集中在一起。 A 同一作者 B 同一学科 C 同一主题 D A+B+C 1、根据国家相关标准，文献的定义是指“记录有（A ）的一切载体”。 A.情报 B.信息 C.知识 D.数据 2、以作者本人取得的成果为依据而创作的论文、报告等，并经公开发表或出版的各种文献，称为（ B ） A.零次文献 B.一次文献 C.二次文献 D.三次文献 3、文摘、题录、目录等属于（ B ） A.一次文献 B.二次文献 C.零次文献 D.三次文献 4、手稿、私人笔记等属于（ C）文献，辞典、手册等属于（）文献 A.一次，三 次 B.零次，二次 C.零次，三次 D.一次，二次 5、按照出版时间的先后，应将各个级别的文献排列成（ A ） A.三次文献、二次文献、一次文献 B.一次文献、三次文献、二次文献 C.一次文献、二次文献、三次文献 D.二次文献、三次文献、一次文献 6、（ B ）的主要功能是检索、通报、控制一次文献，帮助人们在较短时间内获取较多的文献信息。 A.零次文献 B.二次文献 C.一次文献 D.三次文献 7、一次文献、二次文献、三次文献是按照（ A ）进行区分的。 A.内容的公开次数 B.原创的层次 C.印刷的次数 D.评论的次数 8、从文献的（ C ）角度区分，可将文献分为印刷型、缩微型等。 A.内容的公开次数 B.载体类型 C.出版类型 D.公开程度 9、具有固定名称、统一出版形式和一定出版规律的定期或不定期的连续出版物，称为（ D ） A.图书 B.会议文献 C.学位论文 D.期刊 10、利用文献后面所附的参考文献进行检索的方法称为（ A ） A.追溯法 B.直接 法 C.抽查法 D.综合法 11、中国图书馆图书分类法的分类号采用了（ A ） A.拼音字母+数字 B.英语字母+数字 C.全部拼音字母 D.全部数字
《化学信息学》教学大纲
《化学信息学》教学大纲 一、课程基本信息 课程编号：84110123 课程中文名称：化学信息学 课程英文名称：Chemical Informatics 课程类型：专业必选课 总学时：42学时 学分：3 适用专业：化学 先修课程：无机化学、有机化学、物理化学 开课院系：化学学院 二、课程性质和任务 本课程是化学—生物学实验班的专业必选课，辅助专业课应用的一门技术基础课。本课程将全面介绍化学信息学的发展和现状，检索方法和文献情报的搜集整理。使学生掌握一般化学化工参考工具书，化学情报，化学化工核心期刊的检索方法，了解互联网的知识。并使学生利用专业课、完善学生的知识体系的能力得以提升，为今后实际工作打下坚实的基础。
三、课程教学目标 在学完本课程之后，学生能够： 1.了解化学信息学的发展和现状 2.了解化学信息的出版形式和存储方法 3.掌握各种信息资料的检索方法 4.掌握化学信息的搜集整理 5.掌握一般化学化工参考工具书，ISI数据库，美国化学文摘，化学化工核心期刊的检索方法。 6.了解互联网的一般知识。 四、理论教学环节和实践教学环节 第一章绪论 【教学目标】介绍化学文献的发展历史、化学情报检索系统的建立以及化学文献查阅的意义。 【教学重点】了解化学文献的发展历史。 【教学难点】情报检索系统。 【学时数】 2学时。 【考核知识点与考核要求】化学文献的发展历史、化学情报检索系统的建立以及 化学文献查阅的意义。 第一节化学文献的发展 本节应了解、理解、掌握的基本概念、基本理论 1、了解化学文献的发展历史。 2、理解当今化学文献总的特点。 第二节化学文献源概述 本节应了解、理解、掌握的基本概念、基本理论 1、掌握化学文献源的构成：图书、期刊、科技报告、学位论文、会议资料、专 利文献、技术标准、技术档案和产品样本。 2、掌握化学文献源的特点及作用。 第三节化学情报检索系统的建立和发展 本节应了解、理解、掌握的基本概念、基本理论 1、掌握一次文献、二次文献和三次文献的概念。 2、化学情报检索系统的建立。 3、了解化学情报检索系统的发展过程。
第七章化学键理论概述
化学键理论概述 7－1 离子键理论 1916 年德国科学家科塞尔（Kossel ）提出离子键理论。 7－1－1 离子键的形成 电子转移形成离子，相应的电子构型变为稀有气体原子的电子层构型，形成稳定的离子。正、负离子在静电引力的作用下结合在一起，形成离子化合物。 正、负离子之间的静电引力就是离子键。r q q V 04ε -+?-=吸引 离子间距与势能V 的变化曲线 7―1―2 离子键的性质离子键的本质是静电作用力。 离子的电荷越大，离子间的距离 越小，离子间的静电引力越强。 静电引力的实质，决定了一个离子与任何方向的电性不同的离
子相吸引而成键，所以离子键无方向性；而且只要是正负离子之间，则彼此吸引，即离子键无饱和性。 但是每个离子周围排列的相反电荷离子的数目是一定的，这个数目是与正负离子半径的大小和所带电荷多少等有关。离子键形成的重要条件就是元素之间的电负性差值较大。一般来说，元素的电负性差越大，形成的离子键越强。化合物中不存在百分之百的离子键 一般用离子性百分数来表示键的离子性的相对大小。一般认为，?χ> 1.7，发生电子转移，主要形成离子键。?χ< 1.7，不发生电子转移，主要形成共价键。 7―1―3 离子键的强度键能 1 mol 气态分子，离解成气态原子时，所吸收的能量，为离子键的键能，用E i表示。 键能E i越大，表示离子键越强。晶格能在标准状态下，将1mol 离子型晶体分解成 1 mol 气态正、负离子时需要的能量，用U表示。晶格能U越大，表示晶体分解成离子时 吸收的能量越多，说明离子键越强。离子键的强度通常用晶格能的大小来衡量。所以，离子化合物中离子键力是晶体中吸引力和排斥力综合平衡的结果。离子型化合物在通常状态下是以阴、阳离子聚集在一起形成的巨分子的形式存在。 所以离子化合物的化学结合力不是简单的两个阴、阳离子之间的结合，而是整块晶体之内的整个结合力。因此，用晶格能描述离
化学信息学化学信息学试题
【化学信息学期末考试】 第一部分、选择题（选项框的是单选题，选项框的是多选题，共50题，100分）： 1、不是国际著名的四大检索工具是___。 B A. SCI B. CA C. ISTP D. EI 2、检索字段最多的数据库是_____。 B A. Web of Science B. CrossFire Beilstein/Gmelin C. 中国期刊全文数据库 D. CA on CD 3、CC 集检索时，检索字段必须是_____。 B A. BASIC B. Set combination C. Full Source D. Title Word 4、不带有化学结构和化学反应检索的数据库是___。 C A. Web of Science Scholar on CD D CrossFire Beilstein/Gmelin 5、某一期刊的影响因子高，它不可___。 A A. 说明期刊中特定论文的质量高 B. 说明期刊中论文平均被引用率高 C. 作为作者投稿的选择对象 D. 反映期刊的整体学术水平高 6、提高查准率的方法有___。 b A. 增加“逻辑或”组合 B. 正确使用“逻辑与”和“逻辑非” C. 使用截词检索 D. 减少限制条件 7、检索前对检索结果进行限定，不能达到____的作用。 d A. 减少检索结果的输出量 B. 提高检索速度 C. 提高检索结果的相关性 D. 提高查全率 8、利用 Web of Science 检索黄本立院士 2005 年在 Chinese Journal of Analytical Chemistry 期刊上发表的文献被其它文献引用的情况，正确的方法是使用___。 D A. 普通检索 B. 高级检索 C. 作者索引检索 D. 引文检索 9、CrossFire Beilstein/Gmelin的明显特异点是______。 b A. 可进行化合物检索 B. 可进行化学反应检索 C. 可进行事实数据检索 D. 可进行文献检索 10、中国期刊网全文数据库不具有的功能是。 b A. 标记文献记录直接存盘输出 B. 跨库统一检索 C. 扩展检索 D. 相似文献链接 11、Web of Knowledge 最有特色的检索方法是______。 A A. 相关法 B. 普查法 C. 追溯法 D. 跟踪法 12、不能进行检索表达式的存储并将其作为以后再检索的数据库为_ A A. SciFinder Scholar B. CA on CD C. Web of Knowledge D. CrossFire Beilstein/Gmelin 13、不带有文献被引用信息的系统是______。 d A. 中国期刊全文数据库 B. SciFinder Scholar C. Web of Knowledge D. CA on CD 14、需要输入 CA 检索的正确主题词，可以通过以下___ 查询确定。 C A. 普通主题索引 B. 化学物质索引 C. 索引指南 D. 关键词索引 15、以下哪项不是 CA on CD 的特点___。 D A. 提供了化学物质与分子式的层次检索 B. 收集化学化工类文献最多的数据库 C. 检索词检索通过检索表达式实现 D. 可一次性检索多年的文献资料 16、Scirus科学搜索引擎的明显特点是___。 A A. 链接到可获得全文网站 B. 带有类似结果 C. 对检索结果进行二次检索 D. 可标记并输出搜索引擎的检索结果 17、Web of Knowledge 已注册用户登录到数据库后，无法进行以下操作____。 b A. 运行已存储的检索历史 B. 使用数据库的 Alert 功能 C. 将检索结果存储在服务器上 D. 修改用户的个人信息 18、电子期刊的最主要功能是____。 c A. 获取原始文献 B. 检索文献 C. 文献浏览 D. 检索出版物 19、CA on CD 检索分子式 H4SiO4 时，正确输入格式是___。 D A. O4SiH4 B. SiO4H4 C. H4SiO4 D. H4O4Si 20、在检索结果中不带有相关（相似）记录的是______。 b A. Web of Knowledge B. SciFinder Scholar C. 中国期刊全文数据库 D. Scirus 21、EndNote 的明显优点不是______。 D A. 可方便地进行多种数据库文献数据的导入 B. 可方便地进行数据库内文献信息检索 C. 可方便地生成特定格式论文参考文献目录 D. 可方便地进行论文的边写边引 22、下列电子期刊中收录期刊数量最多的是_____。 D A. ACS B. SpringerLink(439) C. Wiley InterScience(586) D. Science Direct(1800) 23、不是专利权主要特征的是___。 C A. 独占性 B. 时间性 C. 公开性 D. 地域性 24、收录化学化工期刊种类最多的文献数据库是______。 c A. Science Direct B. CrossFire Beilstein/Gmelin C. SciFinder Scholar D. Web of Science 25、Web of Knowledge的注册用户通过 E-mail 无法实现____。d
化学信息学和国外软件
1.什么是化学信息学？ 化学信息学是化学领域中近几年发展起来的一个新的分支，是建立在多学科基础上的交叉学科，利用计算机技术和计算机网络技术，对化学信息进行表示，管理，分析，模拟和传播，以实现化学信息的提取，转化与共享，揭示化学信息的实质与内在联系，促进化学学科的知识创新。 化学信息学是一门应用信息学方法来解决化学问题的学科。20世纪中后期，伴随着计算机技术的发展，化学家开始意识到，多年来所积累的大量信息，只有通过计算机技术才能让科学界容易获得和处理，换言之，这些信息必须通过数据库的形式存在，才能为科学界所用。这一新领域出现以后，没有一个恰当的名称。活跃在这个领域的化学家总是说他们在“化学信息”领域工作。然而，因为这一名称难以将处理化学文献的工作和发展计算机方法来处理化学信息的研究分别开来。所以，一些化学家就称之为“计算机化学”，以强调采用计算机技术来处理化学信息工作的重要性。 2.化学信息如何分类? 化学信息学的研究内容的包含范围，不同的学者有不同阐述。缪强认为包括以下六个方面：“化学、化工文献学；化学知识体系的计算机表示、管理与网络传输；化学图形学；化学信息的解析与处理；化学知识的计算机推演；化学教育与教学的现代技术与远程信息资源”。徐筱杰认为化学信息学内容包括：“化学信息的组织、管理、检索和使用；分子结构的编码、描述、三维结构的构建；化学信息的加工、处理及深化；计算组合化学；化学体系中信息的交换及传递；分子的物理化学性质预测”。邵学广等人认为化学信息学的研究内容主要包括：“利用计算机技术和计算机网络技术对化学信息进行表示和管理；利用计算机网络技术对化学信息进行收集、传播和共享；化学体系的计算机模拟或建模；利用计算机技术对复杂的化学信息进行解析，以快捷方便的方式最大限度地提取和利用有用信息”。 3.通过网络了解国外有哪些分子模拟及化工模拟软件，并指出每个软件的优缺点以及应用领域。 (1)GROMACS GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。 优点： (1) GROMACS进行了大量的算法的优化，使其计算功能更强大。例如：在计算矩阵的逆时，算法的内循环会根据自身系统的特点自动选择由C语言或Fortran来编译。GROMACS中对Altivec loops的计算，无论是在Linux还是MacOSX.系统上，它都要比其它软件快3-10倍，而且GROMACS提高计算速度的同时也保证了计算精度。 (2) GROMACS具有友好的用户界面，拓扑文件和参数文件都以文档的形式给出。在程序运行过程中，并不用输入脚本注释语言。所有GROMACS的操作都是通过简单的命令行操作进行的。而且运行的过程是分步的，随时可以检查模拟的正确性和可行性，可以减少时间上的浪费。
化学键理论概述
第四章 化学键理论概述 §4-1 价层电子对互斥理论简介(Valence Shell-Electron Pair Repulsion model, VSEPR) 化学价理论的主要目标是说明分子结构，更重要的是预见分子结构。价键理论和分子 轨道理论在此方面是很有用的工具，近年来，又发展起来了一种概念上比较简单，能较好地 判断和解释许多共价分子的空间构型的价层电子对互斥理论。 4-1-1 基本要点 ⑴共价分子中，中心原子与周围配置的原子或原子团（称之为配体）所形成的几何结构（空间构型），主要决定于中心原子价电子层中电子对的互相排斥作用，排斥力最小的结构 最稳定。 例如BeF2分子中，提供的价电子为： Be2s2 F 2p x1(2p5) 形成两条共价键，故中心原子价电子层中有两队电子，这两对电子只有彼此处在Be原子核相 对的两侧，才能使排斥力最小。因此BeF2 应该是直线形的 F—Be—F。 又如CH4 中 C 2s22p2 H1s1. C原子出四个电子，四个H原子各出一个电子，共8个价电子，形成四条共价键，因此，在C 原子的价电子层中有四对电子，这四对电子按四面体伸向四面体的顶角排布，才能使斥力最小，因此 CH4 是四面体形的。 ⑵价层中相邻电子对之间斥力大小决定于电子对之间的夹角和电子对的成键情况。 ①电子对之间夹角越小斥力越大。因此考虑排斥力时首先考虑夹角最小时电子对之间的 斥力。 ②考虑电子对的成键情况，有： 孤电子对-孤电子对斥力>孤电子对-成键电子对>成键电子对-成键电子对。 LP-LP>LP-BP>Bp-BP. 孤电子对（Lone Pair electron,LP） 成键电子对(Bond Pair electron,BP) ③由于重键比单键所含电子数多，故有：叁键>双键>单键. ⑶共价分子(含离子)的几何构型主要决定于中心原子的价层电子对的数目和类型(LP或BP). 中心原子价层电子对数与电子对几何结构的关系见p66表4.12。 中心原子价层电子对数与几何结构的关系 ⑷当分子中有双键、叁键等重键时，可将双键的两对电子和叁键的三对电子看作为一个
Pipeline Pilot 在化学信息学中的运用
Pipeline Pilot（PP）是美国Accelrys公司旗下用于信息整合和流程定制的软件，是一款功能强大的信息整合和流程定制的科学平台，其在优化研究创新周期、提高工作效率与减少研究和IT经费方面能发挥巨大作用。通过Pipeline Pilot，用户不仅能够整合和挖掘杂乱无章的海量研究数据，自动化数据的分析流程，而且还可以实现企业级的研究成果快速分析、可视化与共享，提升大范围的协作能力。 Pipeline Pilot Chemistry 模块提供了多种对化合物的筛选和学习方法，实现化合物的性质计算、分析和处理等功能，并能将您的化合物与其他数据库中的化合物进行对比，发现其中性质独特、结构新颖的分子。另外还能快速枚举和分析组合化学的反应产物，识别一系列化合物中的公共子结构，实现第三方处理程序与Pipeline Pilot 的无缝连接，自动执行对化合物的全部分析过程。 授课对象： 药物设计者，化学信息学者，药物化学家。 课程安排： 本课程教学的主要内容包括两个部分： 一、Pipeline Pilot基础内容培训 ? Pipeline Pilot基础架构简介 ? Pipeline Pilot操作界面介绍 ? 构建第一个protocol ? 熟悉Pipeline Pilot的Components ? 基本的数据操作和筛选 ? PilotScript介绍 ? 数据的合并 ? Subprotocol的创建和处理 ? 将构建好的Protocols发布到Web Services ? 课程讨论及答疑 二、Pipeline Pilot 在化学信息学中的运用 ? Pipeline Pilot Chemistry模块概述 ? 计算化合物的理化性质 ? 标准化和处理分子结构 ? 分子指纹的介绍和使用 ? 化合物的相似性搜索 ? 化合物的聚类分析 ? 分子筛选：子结构、类药性、HTS筛选 ? 组合化学库的设计：通过化学反应和R基团方法 ? 生成SAR（构效关系）Table ? 识别化合物的MCSS（最大公共子结构） ? 利用生物等电子体进行先导化合物优化 ? 枚举化合物的互变异构体和立体化合物结构 ? 课程讨论及答疑
化学信息学论文
α-氨基酸不对称合成的新进展 摘要： 氨基酸的不对称合成是不对称合成方法中的重要组成部分．本文着重从不对称反应形成C-C化学键的角度出发，综述了近年来α-氨基酸不对称合成的最新进展。 关键词：．α-氨基酸；不对称合成；化学键 不对称合成技术是有机合成化学的一个重要组成部分，近几十年来，不对称合成领域一直是众多化学家和科研人员研究的热点．光学活性的α-氨基酸具有重要的生物活性和生理作用，是抗生素等药物、农药及食物配合剂的重要前体．光学活性的α-氨基酸还可以作为手性导剂应用于不对称合成中。它也是合成一系列肽的重要前体．α-氨基酸的不对称合成因此成为化学界研究和关注的焦点之一．在过去30年间，化学家对各种化学键的形成反应如C-H，C-C，C—O，C-N 键的形成反应等都进行了深入系统的研究。并合成了各种各样的手性催化剂及手性氨基酸．本文从化学键形成的角度出发，对α-氨基酸的不对称合成的进展进行浅显的评述。 1.手性辅基诱导下的亲电取代反应 最初的研究主要是含有手性辅基甘氨酸席夫碱类似物在手性辅基诱导下进行亲电取代反应，亲电试剂多为碘代烃、溴代烃、氯代烃、酮、反应后脱去手性辅基得到光活性α-氨基酸．手性辅基种类繁多，Abellan等已作了全面的综述．用(3R，4S)-1，5一二甲基一4．苯基咪唑啉．2一酮作手性助剂(Scheme 1)，碱性条件下亲电试剂对甘氨酸席夫碱类似物进行亲电取代反应，光活性α-氨基酸成功地用Li0H从含手性辅基的中间体上切割下来。 2.不对称的strecker型反应用于a-氨基酸的合成 strecker型反应是a一氨基酸合成中的一类重要反应。特别适用N-取代α-氨基酸的合成．而对于游离的a一氨基酸，只需去除N-取代基即可。 光学纯的胺与醛或酮生成含手性辅基的席夫碱广泛用作光活性a一氨基酸前体，经过Strecker反应可用于手性a一氨基酸的合成．常用的手性胺有a一苯乙胺a-氨基醇及其衍生物，亚磺酰胺．例如，Davis等发现光活性的对甲苯亚磺酰亚胺以及叔丁基亚磺酰亚胺与Et2AlCN／i—PrOH可以发生strecker反应，反应具有较好的对映选择性。．侯雪龙等进一步发现，在KF作用下三甲基硅腈与对甲苯亚磺酰亚胺发生Strecker反应。也具有较高的对映选择性。 最近，吕龙等报道了含三氟甲基的（R)-N-叔丁基亚磺酰基酮亚胺与TMSCN 的strecker反应．研究发现，通过溶剂效应获得较高的对映选择性，并将该方法成功地应用于a-三氟甲基-a-氨基酸的合成。
中国海洋大学本科生课程大纲-化学信息学(化学专业)
中国海洋大学本科生课程大纲 课程属性：公共基础/通识教育/学科基础/专业知识/工作技能，课程性质：必修、选修 一、课程介绍 1.课程描述： 化学信息学是信息科学与化学的交叉学科，是一门利用计算机和计算机网络技术，对化学信息进行表示、管理、分析、模拟和传播，实现化学信息的提取、转化与共享，揭示化学信息的内在实质与内在联系的学科。 本课程主要针对高年级化学专业学生开设，课程包括化学信息学的若干基本内容：化学信息学的产生、发展和现状、化学信息的出版形式和存储方法、化学信息的检索对象及检索常识、常用化学数据库的检索方法、专利及专利文献检索方法、电子图书的检索方法、文献管理的发展现状及文献管理软件的应用、科技论文写作的常识等。通过课程学习，要求学生了解化学信息学的基本理论和方法，掌握一般化学化工参考工具书，科技网站、化学数据库等的检索方法，并能够利用这些方法并借助计算机软件对化学信息进行搜集、管理和应用，使得学生通过本课程的学习完善化学知识体系，提高化学信息搜集和管理的能力，为科技论文写作打下坚实的基础。 2.设计思路： 本课程引导化学专业学生运用信息学的方法来解决化学问题。基于教学课时的限制和学生，本课程内容采用了狭义化学信息学的概念，课程内容包括五个模块：化学 - 1 -
信息学理论、化学科技文献及检索概论、专业化学信息检索方法、化学信息管理方法及科技论文写作。 化学信息学是信息科学与化学的交叉学科，随着现代信息技术的发展，化学信息的数量与日俱增、形式更加多样化。课程内容包括信息和信息学的概念和特征，化学信息的产生、发展和现状，化学信息学的定义、研究范围和研究意义等。 化学科技文献及其检索是化学信息学研究的主要对象，课程介绍化学文献源的构成、化学文献体系的建立和发展；基于此，课程侧重于化学科技文献检索的意义和方法，化学文献检索理论及应用，机检的基础知识等。 化学文献信息的检索方法是本课程的重点，课程将按照检索文献信息专业性程度的不同，由浅入深地引导学生掌握专业文献的检索方法，包括科普新闻信息检索、web 资源检索、专业化学信息检索，其中专业化学信息检索按照文献源的不同，分别探讨科技图书、期刊及与期刊有关的中外化学资源数据库、世界三大引文数据库、专利及专利文献检索、标准文献检索等，重点强调对于化学专业文献资源的获取方法，探讨不同检索途径的优势，并给出检索实例讲解其电子资源的获取步骤，引导学生掌握文献检索方案的建立和完善的思路。 基于对化学文献及其数据库的了解和初步的检索实践，掌握科学的检索方法，但当检索到的文献信息总量达到一定程度的时候，信息的有效收集和管理就直接决定了后续科研工作的效率。故化学文献的管理中主要涉及文献管理的发展历程、传统文献方式及其弊端、文献管理软件工作原理、常用文献管理工具简介；Noteexpress简介、主程序介绍、功能说明、软件使用常见问题。 文献检索和管理的目的是为科研工作提供有效信息，建立科学研究方法，进而提高科研效率和水平。科学研究方法的建立，包括以下内容：科技论文作者的素养和学术道德、科研课题的选题、科学实验的步骤、科研成果的发表等。而科技论文则是科 - 1 -
化学信息学(计算机化学)学科发展
银川能源学院 化工信息学结课论文题目：化学信息学(计算机化学)学科发展 学生姓名杜波阳 学号1210140167 指导教师徐丽娟 院系石油化工学院 专业班级化工（本）1204 设计时间2015.6.24-2015.7.1
分析教研室 目录 目录 0 化学信息学(计算机化学)学科发展 (1) 一、计算机化学是当前化工发展的新任务 (2) 1.1化学信息学的发展历史 (2) 二、化学信息学为本科学生提供解决问题的新方法 (5) 2.1化学信息学定义的提出 (5) 2.2 化学信息学发展现状 (6) 三、化学信息学能提高学生整合信息内容的能力 (8) 3.1化学信息学能提高学生整合 (8) 3.2化学信息学未来发展趋势 (9) 四结语 (10) 参考文献 (11)
化学信息学(计算机化学)学科发展 摘要：化学信息学是一门伴随着计算机等科技发展而形成的一门新的交叉领域的学科,作为化学学科的一个分支学科,它注重的是与计算机以及网络的联系.从它的名字上可以看出,信息在这这门学科中占据着重要的作用.所以我觉得,文献在化学信息学中发挥了很关键的作用.怎样查阅文献怎样理解文献,将会是我们初学本门学科的学生要掌握的基础技能.化学信息学中中的化学并不是我们广义上的化学含义,主要是指分子,或者结构信息,化学信息学中"信息"的意思是信息科学和信息理论 . 关键词：化学分子结构，计算机化学，信息量
一．计算机化学是当前化工发展的新任务 1.1化学信息学的发展历史 化学信息学是一门以计算机技术、计算机网络技术、信息技术为基础的解决化学问题的学科，那么它的发展必然与计算机技术的发展密不可分。20世纪中后期，伴随着计算机的出现及其技术的高速发展，化学信息学也开始随之发展而起。1973年，NSTO高级研究所夏 季学校举办了一个研讨班，研讨班的名称定为“化学信息学的计算机表征与处理”，将大量采用计算机处理化学过程或用计算机技术分析化学信息的不同领域的科学家聚集在一起。由于他们都是利用计算机辅助化学研究，当聚在一起，他们意识到一个新的研究领域已经形成。从此计算机科学和信息学方法悄然进入化学领域。1987年，法国化 学家列恩（J.M Lehn）在研究复杂分子的反应过程中发现分子具有自组织、自识别的化学智能反应现象，识别的概念包含着信息的展示、传递、鉴别和响应等过程，列恩首次提出“化学信息学”的概念，这也就是化学信息学研究的开始。在列恩教授提出“化学信息学”的概念后，国外一些大学就开设了化学信息学课程并确定为研究生的研究方向。于是大量从事化学信息研究的个人、团体开始出现，化学信息学在这段时间内迅速发展。2000年，Wendy A.Warr博士在第218节 美国化学学会国家会议和博览会上做了一个关于“化学信息学的定义”的报告，将化学信息学的发展又一次推向高潮。进入新世纪后，随着计算机及网络技术的迅猛进步，计算机技术能解决的化学问题越来越
化学键理论与分子几何构型例题教学提纲
170℃ 四、化学键理论与分子几何构型 1. NO 的生物活性已引起科学家高度重视，它与O 2－ 反应，生成A 。在生理pH 条件下， A 的t 1/2= 1～2秒。 (1) 写出A 的可能的Lewis 结构式，标出形式电荷。判断它们的稳定性。 (2) A 与水中的CO 2迅速一对一地结合，试写出此物种可能的路易斯结构式，表示 出形式电荷，判断其稳定性。 (3) 含Cu +的酶可把NO 2－转化为NO ，写出此反应方程式。 (4) 在固定器皿中，把NO 压缩到100atm ，发现气体压强迅速降至略小于原压强的 2/3，写出反应方程式，并解释为什么最后的气体总压略小于原压的2/3。 2. 试画出N 5+离子的Lewis 所有可能结构式，标出形式电荷，讨论各自稳定性，写出各 氮原子之间的键级。你认为N 5+的性质如何？它应在什么溶剂中制得。 3. 在地球的电离层中，可能存在下列离子：ArCl +、OF +、NO +、PS +、SCl +。请你预测 哪一种离子最稳定？哪一种离子最不稳定？说明理由。 4. 硼与氮形成类似苯的化合物，俗称无机苯。它是无色液体，具有芳香性。 (1) 写出其分子式，画出其结构式并标出形式电荷。 (2) 写出无机苯与HCl 发生加成反应的方程式 (3) 无机苯的三甲基取代物遇水会发生水解反应，试判断各种取代物的水解方程式， 并以此判断取代物可能的结构式。 (4) 硼氮化合物可形成二元固体聚合物，指出这种聚合物的可能结构，并说明是否具 有导电性。 (5) 画出Ca 2(B 5O 9)Cl·2H 2O 中聚硼阴离子单元的结构示意图，指明阴离子单元的电 荷与硼的哪种结构式有关。 5. 用VSEPR 理论判断下列物种的中心原子采取何种杂化类型，指出可能的几何构型。 (1)IF 3 (2)ClO 3－ (3)AsCl 3(CF 3)2 (4)SnCl 2 (5)TeCl 4 (6)GaF 63－ 6. 试从结构及化学键角度回答下列问题：一氧化碳、二氧化碳、甲醛、甲酸等分子 (1) 画出各分子的立体构型，并标明各原子间成键情况（σ、π、Πm n ） (2) 估计分子中碳—氧键的键长变化规律 7. 近期报导了用二聚三甲基铝[Al(CH 3)3]2 (A)和2, 6 —二异丙基苯胺(B)为原料，通过 两步反应，得到一种环铝氮烷的衍生物(D)： 第一步：A + 2B === C + 2CH 4 第二步：□C □D + □CH 4 （□中填入适当系数）请回答下列问题： (1) 分别写出两步反应配平的化学方程式（A 、B 、C 、D 要用结构简式表示 (2) 写出D 的结构式 (3) 设在第一步反应中，A 与过量B 完全反应，产物中的甲烷又全部挥发，对反应后
【化学信息学】化学信息学试题
化学信息学期末考试】 第一部分、选择题( 选项框的是单选题，1、不是国际著名的四大检索工具是___ A. SCI B. CA C. ISTP 2、检索字段最多的数据库是_________________________________ 。B 选项框的是多选题，共50题，100 分) B D. EI C. Web of Knowledge D. CrossFire Beilstein/Gmelin 13、 不带有文献被引用信息的系统是 ____________ 。 d A. 中国期刊全文数据库 B. SciFinder Scholar A. Web of Science C. 中国期刊全文数据库 B. CrossFire Beilstein/Gmelin D. CA on CD C. Web of Knowledge D. CA on CD 14、需要输入CA 检索的正确主题词，可以通过以下___ 查询确定。C A. 普通主题索引 B. 化学物质索引 C. 索引指南 D. 关键词索引 3、CC 集检索时，检索字段必须是_______ 。B A. BASIC B. Set combination C. Full Source D. Title Word 4、不带有化学结构和化学反应检索的数据库是___。C A. Web of Science B.SciFinder Scholar Beilstein/Gmelin 5、某一期刊的影响因子高，它不可___ A. 说明期刊中特定论文的质量高B. C. 作为作者投稿的选择对象 D. 6、提高查准率的方法有___。b A. 增加“逻辑或”组合B. C. 使用截词检索 D. 7、检索前对检索结果进行限定，不能达到 A. 减少检索结果的输出量 B. C. 提高检索结果的相关性 D. 8、利用Web of Science 检索黄本立院士C.CA on CD D CrossFire 。 A 说明期刊中论文平均被引用率高反映期刊的整体学术水平高 正确使用“逻辑与”和“逻辑非” 减少限制条件 ___的作用。d 提高检索速度提高 查全率 2005 年在Chinese Journal of 15、以下哪项不是CA on CD 的特点A. 提供了化学物质与分子式的层次检索 C. 检索词检索通过检索表达式实现16、 Scirus 科学搜索引擎的明显特点是A. 链 接到可获得全文网站 C. 对检索结果进行 二次检索17、Web of Knowledge B. 。 D B. 收集化学化工类文献最多的数据库 D. 可一次性检索多年的文献资料___。A 带有类似结果可标记并输出搜索引擎 的检索结果 。 b A. 运行已存储的检索历史 B.使用数据库的Alert 功能 C.将检索结果存储在服务器上 D.修改用户的个人信息 18 、 电子期刊的最主要功能是____。c A.获取原始文献 B. 检索文献 C.文献浏览 D.检索出版物 D. 已注册用户登录到数据库后，无法进行以下操作 Analytical Chemistry 使用___。 D A. 普通检索 C. 作者索引检索期刊上发表的文献被其它文献引用的情况，正确的方法是B. D. 高级检索 引文检索 9、CrossFire Beilstein/Gmelin A. 可进行化合物检索 C. 可进行事实数据检索 的明显特异点是_______ 。b B. 可进行化学反应检索D. 可进行文献检索 10、中国期刊网全文数据库不具有的功能是。b A. 标记文献记录直接存盘输出 B. 跨库统一检索 C. 扩展检索 D. 相似文献链接 11、Web of Knowledge 最有特色的检索方法是_________ 。A A. 相关法 B. 普查法 C. 追溯法 D. 跟踪法12、不能进行检索表达式的存储并将其作为以后再检索的数据库为_ A 19、CA on CD 检索分子式H4SiO4 时，正确输入格式是___。D A. O4SiH4 B. SiO4H4 C. H4SiO4 D. H4O4Si 20、在检索结果中不带有相关(相似)记录的是_________________________________ 。 b A. Web of Knowledge B. SciFinder Scholar C. 中国期刊全文数据库 D. Scirus 21、EndNote 的明显优点不是_______ 。D A. 可方便地进行多种数据库文献数据的导入 B. 可方便地进行数据库内文献信息检索 C. 可方便地生成特定格式论文参考文献目录 D. 可方便地进行论文的边写边引 22、下列电子期刊中收录期刊数量最多的是________ 。D A. ACS B. SpringerLink(439) C. Wiley InterScience(586) D. Science Direct(1800) 23、不是专利权主要特征的是___。 C A. 独占性 B. 时间性 C. 公开性 D. 地域性24、收录化学化工期刊种类最多的文献数据库是___________________________________ 。c A. Science Direct B. CrossFire Beilstein/Gmelin A. SciFinder Scholar B. CA on CD C. SciFinder Scholar D. Web of Science