基于全基因组测序及外显子组测序的食管癌相关基因筛选及功能鉴定

目录

中文摘要 ................................................................................................................................ I 英文摘要 ............................................................................................................................. I V 常用缩写词中英文对照表.............................................................................................. VIII 第一部分全基因组测序及外显子组测序筛选食管鳞癌发生相关遗传变异 (1)

1前言 (1)

2材料与方法 (3)

2.1 材料 (3)

2.2 方法 (4)

3结果 (10)

3.1 病例信息 (10)

3.2 测序深度及测序覆盖度 (10)

3.3 单核苷酸变异及小片段插入/缺失(SNV & InDel) (10)

3.4 拷贝数变异(CNV) (14)

3.5 结构变异(SV) (14)

4讨论 (16)

5结论 (26)

6附表 (27)

7附图 (34)

第二部分ZNF750基因在食管鳞癌发生发展中的作用及机制研究 (43)

1前言 (43)

2材料与方法 (44)

2.1 材料 (44)

2.2 方法 (50)

3结果 (63)

3.1 ZNF750基因突变位点的Sanger 测序验证 (63)

3.2 ZNF750基因的拷贝数变异验证 (63)

3.3 ZNF750基因在癌组织及癌旁正常组织中的蛋白表达情况 (64)

3.4 野生型与突变型ZNF750在细胞内的定位 (64)

3.5 ZNF750敲除对食管癌细胞表型的影响 (65)

3.6 ZNF750过表达对食管癌细胞增殖、侵袭及迁移能力的影响 (66)

3.7 ZNF750下游靶基因KLF4的验证 (67)

4讨论 (68)

5结论 (73)

6附图 (74)

参考文献 (85)

综述 (98)

致谢 (128)

在学期间承担/参与的科研课题与研究成果 (130)

个人简介 (132)

山西医科大学博士学位论文

基于全基因组测序及外显子组测序的食管癌

相关基因筛选及功能鉴定

摘要

目的：

从基因组学水平系统分析与食管鳞癌发生发展相关的单核苷酸变异、拷贝数扩增/缺失及结构变异等各类遗传变异，绘制相应的食管癌基因组图谱及食管癌相关基因变异图谱，探索与食管鳞癌发生发展密切相关的驱动基因及相应信号调控网络；并在此基础上，对兴趣目的基因进行相应的生物学功能验证，研究目的基因在食管癌细胞与正常食管粘膜上皮细胞中的表达差异；明确目的基因野生型与突变体的定位是否有区别；探讨沉默及过表达目的基因对食管癌细胞增殖、侵袭及迁移能力的影响；并初步探讨其在食管鳞癌中的作用机制。

方法：

1、收集104例食管鳞癌患者的癌组织及配对癌旁正常组织样本，提取基因组DNA，14例进行全基因组测序，90例进行外显子组测序，对测序结果进行目标区域捕获测序验证。应用生物信息学方法分析各类遗传变异，鉴定与食管鳞癌发生密切相关的显著突变基因及富集的信号通路，并进行Ⅰ、Ⅲ期差异比较分析。

2、采用PCR sanger测序验证组学测序结果中ZNF750基因的突变位点；采用q-PCR分别验证及检测ZNF750在3例全基因组测序样本及6例外显子组突变样本中的拷贝数情况。

3、采用基于组织芯片的免疫组织化学技术研究食管鳞癌组织及正常食管粘膜组织中ZNF750蛋白表达量及表达部位的差异。

4、应用免疫荧光技术检测野生型ZNF750 与S70X突变体的细胞内定位。

5、（1）在内源性高表达ZNF750的KYSE150及KYSE140食管癌细胞中转染pLKO.1-puro-shRNA -ZNF750载体，敲低内源性ZNF750，通过MTT实验、RTCA 细胞实时分析实验、平板克隆形成实验在细胞水平观察该基因的敲低对食管鳞癌细

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