1、REST功能连接操作手册

一、用rest做功能连接

具体见视频教程rest1

功能连接要在预处理的结果上先进行滤波，然后用滤波后的图像来提取时间序列。

因为在做FC的时候，一般会去除两个协变量的影响：一个为头动参数的，另一个为全脑、脑脊液及白质三者信号的影响。所以一般的FC可以分为三步来完成：

第一步，数据准备。将预处理的数据滤波，放在Preprocessing\FunImgARWSDCF文件夹下；

第二步，合并协变量并去除。先提取大脑的全脑、脑脊液和白质信号作为协变量，具体做法为在REST/Fun.Connectivity中，将三者作为三个ROI，先提取所有被试的这三个ROI的时间序列。首先在Data Directory上方的空白处点击右键选择Add recursively all sub-folders of a directory，找到所有被试预处理之后的文件夹（如果用dparsf做的预处理则为FunImgARWS 文件夹），这样可以一次性导入所有被试每个session的数据；然后选择ROI-wise/Add-ROI，选择第二个Predifined-ROI最后一个，找到REST所在目录下的Mask文件夹，将全脑、脑脊液和白质61*71*61的三个文件一个一个地导入；最后设置好输出目录，点击DO all即可；

然后将每个被试的头动参数和全脑信号参数合并到一起，并建立所有被试协变量的列表文件。这一步可以利用matlab语句来实现（注意协变量列表文件的格式，应如下图所示）。具体语句参照E:\Data_analysis\FN_Connectivity_Network\batch_scripts。

协变量的去除既可以用REST\Utilities下的Regress out covariates功能来专门去除，也可以在REST\Fun.Connectivity中去

除。建议先专门去除。

Tips: 在REST中如果要求每个

被试某个voxel与其头动参数

（一列时间序列），同样需要

制作相应的列表文件

第三步，提取感兴趣区域ROI的时间序列。其实步骤和第二步提取全脑、脑脊液和白质一样，只不过ROI mask换一下。但是由于每个被试的协变量不一样，所以这里需要先建立一个协变量文件（CovList.txt），将每个被试每个run对应的合并协变量文件写入。提取出来的结果为一个被试某两个脑区的一个相关系数值，存为一个txt文件。其中log文件存放了提取时间序列时的相关参数。最后用Extract_correlation_coefficient.m来提取所有被试某个FC 的相关系数（相关系数要转换为Z分数）。

结果说明：

FCMap_sub*.txt存放的是每个被试每两个ROI的相关系数矩阵，其中前面加z的，如zFCMap*.txt为进行z转换之后的相关矩阵；

ROI_FCMap_sub*.txt存放的是每个被试每个ROI原始的时间序列，其中每一列为一个ROI的时间序列。

Tips：添加ROI文件时可以一次性添加多个，也可以做成ROI列表文件来添加。

第四步，把这些相关系数（zFC*.txt）提取出来和被试行为/问卷数据做相关。

注释：为什么要把求得的ROI之间的相关系数进行z变换呢？因为相关系数的值域为[-1，1]，不符合正态分布，无法用于后续的相关分析，所以要进行z变换，把离散值—连续分布。

二、具体操作

1、添加所有被试预处理后的数据进行滤波，Add recursively all sub-folders of a directory

选中Detrend选项；