基础Pymol命令

基础Pymol命令

这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：

Pymol> log_open log-file-name.pml

如果你想终止记录，只需要键入：

Pymol> log_close

好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：

Pymol> load 2vlo.pdb

现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：

Pymol> load 2vlo.pdb, test

下面说说如何来操作你新建的对象。

首先：

Pymol> show representation

Pymol> hide representation

其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。

例如当我们键入：

Pymol> hide lines

Pymol> show ribbon

我们将得到如下结果：

也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：

Pymol> label all, chains

这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。

好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：

Pymol> hide ribbon, chain f+g+h+i+j

上面的东东还可以这样完成：

Pymol> select test, chain f+g+h+i+j

Pymol> hide ribbon, test

上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。

比如你可以：

Pymol> hide everything, test

Pymol> show cartoon, test

这样你会得到：

说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：

Pymol> select selection-name, selection-expression

其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要避免使用：

! @ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ? /

如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：

Pymol> delete selection-name

Pymol> delete object-name

下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings －Colors中找到：

Pymol> color color-name

Pymol> color color-name, selection-expression

比如我们可以：

Pymol> color red, ss h

Pymol> color yellow, ss s

Pymol> color green, ss l+""

其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+""代表Loop和所以其他结构。

这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Beta sheet变成黄色；把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：

Pymol可以同时打开多个pdb文件：

Pymol> load object-name-1.pdb

Pymol> load object-name-2.pdb

如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：

Pymol> disable object-name-1

Pymol> enable object-name-1

你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。

Pymol> disable selection-name

使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。

放大选定目标：

Pymol> zoom selection-name

定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：：Pymol> orient selection-name

你也可以用view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：

Pymol> view key, action

其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者recall。如果不加任何“action”，则默认为recall：

Pymol> view v1, store

Pymol> view v1, recall

Pymol> view v1

说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。

1. 使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：

Pymol> log_open script-file-name

这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令：

Pymol> @script-file-name

不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用get_view命令。

你可以选择外部GUI窗口中的File －Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。

你可以随时编辑该文档。

在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。

2. 如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外

部GUI窗口里面的File －Save Session，创建一个会话文件（.pse）。

该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行log_open命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（@），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File －Open。

什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是Pymol所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。

3. 如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可

以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效：

Pymol> ray

Pymol> png your_path/image_name

最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。

Pymol命令的语法与目标选择的表达

上次介绍一些Pymol的基本命令。现在来具体说说Pymol命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol 来说是至关重要的。

从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：

Pymol> keyword argument

其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量：

Pymol> quit

当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择all就是zoom的默认变量：

Pymol> zoom

Pymol> zoom all

还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它的用法如下：Pymol> color color-name

Pymol> color color-name, selection-expression

第一个color虽然只带一个变量"color-name"，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成"color-name"的颜色。第二个color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了"selection-expression"，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成"color-name"定义的颜色。

要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号","隔开。

通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如"color-name"，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如"selection-expression"，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东东，我称之为选择表达，对Pymol命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一下。

选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]组成，但是因避免使用下列符号：

! @ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ? /

选择表达由所谓的"selector"加上"identifier"组成，其中"selector"定义了某类属性，而"identifier"则在该类属性下需要被选择的部分。如下例：

Pymol> select test, name c+o+n+ca

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the 4.5.x series.

Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, em acs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate (i.e., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP). Now that the crystal waters are gone and we have verified that all the necessary atoms are present, the PDB file should contain only protein atoms, and is ready to be input into the first GROMACS tool, pdb2gmx. The purpose of pdb2gmx is to generate three files: 1.The topology for the molecule. 2. A position restraint file. 3. A post-processed structure file. The topology (topol.top by default) contains all the information necessary to define the molecule within a simulation. This information includes nonbonded parameters (atom types and charges) as well as bonded parameters (bonds, angles, and dihedrals). We will take a more detailed look at the topology once it has been generated. Execute pdb2gmx by issuing the following command: pdb2gmx -f 1AKI.pdb-o 1AKI_processed.gro-water spce The structure will be processed by pdb2gmx, and you will be prompted to choose a force

APBS教程

目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件（PDB2PQR） 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献 ５.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子 ６.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点

8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例 方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程 这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.wendangku.net/doc/149311855.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。 重要信息 注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现，而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。 提示 本教程仍在完善之中，并且会在下一版本的APBS 开 发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。

Suse_Linux常用命令小结

1、Suse9下配置默认网关 a、在/etc/sysconfig/network/routes文件下添加如下行: default 网关IP地址 - - b、重启网络服务 # /etc/init.d/xinetd restart # rcnetwork restart c、查看路由 # netstat -r 2、Suse9下开启telnet服务 a、修改/etc/xinetd.d/telnet文件:disnable=no 如果/etc/xinetd.d下不存在telnet文件，可能是telnet服务包没有安装，需要通过光盘安装好。 b、修改/etc/pam.d/login文件，注释如下行,允许root用户telnet "auth required pam_securetty.so" c、编辑/etc/securetty文件 # vi /etc/securetty 在文件中增加下面的内容： pts/0 pts/1 pts/2 pts/3 pts/4 pts/5 pts/6 pts/7 pts/8 pts/9

d、重启网络服务 # /etc/init.d/xinetd restart # rcnetwork restart 3、Suse9下开启FTP服务 a、修改/etc/xinetd.d/vsftpd文件:disnable=no b、修改/etc/vsftpd.conf文件，取消如下行的注释： write_enable=YES local_enable=YES local_umask=022 ascii_upload_enable=YES ascii_download_enable=YES c、修改/etc/ftpusers,注释掉允许ftp的用户，如root d、重启网络服务 # /etc/init.d/xinetd restart 4、Suse9下配置rlogin a、配置用户$HOME目录下的.rhosts文件 # vi .rhosts 主机名1 用户名 主机名2 用户名 b、修改/etc/xinetd.d/rlogin文件:disnable=no c、修改/etc/pam.d/rlogin文件，注释如下行,允许root用户rlogin "auth required pam_securetty.so" d、重启网络服务 # /etc/init.d/xinetd restart 5、查看版本、内核 # cat /etc/issue Welcome to SUSE LINUX Enterprise Server 9 (i586) - Kernel \r (\l).

pymol使用教程

pymol使用教程

简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.wendangku.net/doc/149311855.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.

GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).

linux常用命令大全

& &命令可用在其他任何命令的后面，它用来通知计算机在后台运行某一命令。通过把作业放在后台，用户可以继续使用当前的shell来处理其他命令；如果命令在前台运行的话，那么用户在此进程结束前不能继续使用当前的shell。 adduser adduser命令由root或其他具有权限的管理员用来创建新用户，跟在adduser命令后面的是所要创建的帐号名，例如：adduser flying alias alias命令用来设置命令的别名或替代名。一般说来别名往往是实际命令名的缩写。例如用户为ls设置一个别名dir： alias dir=ls 若仅输入alias本身时，系统将显示当前所有的别名。 bg bg命令用来迫使被挂起的进程在后台运行。例如，当你已经在前台启动了一个命令时（没有在此命令后使用&），你才想到这一命令将运行较长一段时间，但你这时还需使用shell。在这种情况下，可通过ctrl+z挂起当前运行的进程。此时你既可以使它长期挂起，也可以通过输入bg把这一进程放到后台运行。这样shell就可以用来执行其他的命令了。 cat cat通常是用来在屏幕上滚动显示文件的内容。它的格式是： cat〈filename〉 cd cd用来改变目录。这一命令非常有用，它有三种典型的使用方法。 cd移到目录树的上一层 cd~移动到用户的主目录，与单独使用cd相同 cd directory name改变到指定的目录 cp cp用来拷贝对象。例如要把file1拷贝到file2，用如下命令： cp file1 file2 dd dd命令用来转换文件格式。 fg fg命令用来激活某个被挂起的进程并使它在前台运行。当有一个进程正在运行时，由于某种原因需要挂起它，在执行完其他任务后，需要重新把这一进程调到前台运行，这时便可用bg命令使这一进程继续运行。 find find命令用来查找指定目录的文件。当找到后将按照用户的要求对文件进行处理。语法是： find以它为起点进行搜索的目录想要查找的文件名或元字符对文件执行的操作 grep grep命令用来在指定的对象中搜索指定的文本。语法是：grep〈text〉〈file〉。它还可以和其他命令的结果联合使用，例如： ps -ef|grep-v root 这一命令要求grep接受ps命令的输出，并除去所有包含单词root的进程（-v的含义是显示与文本不匹配的内容）。在不使用-v选项时，这一命令将显示进程清单中所有包含单词root的进程。 halt halt命令用来通知内核关闭系统，它是一个只能由超级用户执行的命令。 hostname 既可以用来显示系统当前的主机名或域名，也可用来设置系统的主机名。 login 当向系统注册时，将使用login。login命令也可用来随时从这一用户改变到另一用户。 logout

pymol 基本操作

简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 2.然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 3.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svnpymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install

linux常用的60个命令

Linux必学的60个命令 Linux必学的60个命令 Linux提供了大量的命令，利用它可以有效地完成大量的工作，如磁盘操作、文件存取、目录操作、进程管理、文件权限设定等。所以，在Linux系统上工作离不开使用系统提供的命令。要想真正理解Linux系统，就必须从Linux命令学起，通过基础的命令学习可以进一步理解Linux系统。不同Linux发行版的命令数量不一样，但Linux发行版本最少的命令也有200多个。这里笔者把比较重要和使用频率最多的命令，按照它们在系统中的作用分成下面六个部分一一介绍。 ◆安装和登录命令：login、shutdown、halt、reboot、install、mount、umount、chsh、exit、last； ◆文件处理命令：file、mkdir、grep、dd、find、mv、ls、diff、cat、ln； ◆系统管理相关命令：df、top、free、quota、at、lp、adduser、groupadd、kill、crontab； ◆网络操作命令：ifconfig、ip、ping、netstat、telnet、ftp、route、rlogin、rcp、finger、mail、nslookup； ◆系统安全相关命令：passwd、su、umask、chgrp、chmod、chown、chattr、sudo ps、who； ◆其它命令：tar、unzip、gunzip、unarj、mtools、man、unendcode、uudecode。 本文以Mandrake Linux 9.1(Kenrel 2.4.21)为例，介绍Linux下的安装和登录命令。immortality按：请用ctrl+f在本页中查找某一部分的内容或某一命令的用法。

常用总结linux命令

Linux与unix对比： 1. Unix的历史久于linux. Linux的思想源于Unix 2. UNIX是商业软件，而Linux是自由软件，免费、公开源代码。 3. linux的核心是免费，核心开放自由使用．而unix的核心并不公开。 Linux的应用领域： 服务端，嵌入式，家庭信息的系统 网络嵌入式：虚拟私有网络（VPN），路由器（Router） 家电生活：影像电话、数字监视系统 服务端：web服务器，Linux系统 Linux有哪些版本： Febora，ubuntu，redhat（中国），debian，centOS Vmware虚拟机的介绍： 虚拟机的定义：是指通过软件模拟的具有完整硬件系统功能的、运行在一个完全隔离环境中的完整计算机系统。 虚拟机的特点： 1.基于一台电脑 2.虚拟多台计算机 3.便于安装和删除 Vmware虚拟机操作 1.虚拟机界面布局 2.虚拟机操作功能 3.新建虚拟机系统 虚拟机与物理机的异同： 虚拟机使用的技术：虚拟技术 虚拟机与物理机异同 1. 保证主机的快速运行，减少不必要的垃圾安装程序 2.安全性高：保密比较好的，单独在一个环境下面运行 3.使用方便：在虚拟机中随便安装和彻底删除 4.费用便宜：维护降低，降低软硬件设备的成本 1.2 安装Linux时最少需要两个分区硬盘分区（至少分／、swap（Swap交换分区设为物理内存的二倍）， 可多分一个/home作为练习） Linux的安装步骤： 1、载入系统数据 2、系统分区划分 3、系统初始配置 Linux的系统目录： / 根目录，存放系统命令和用户数据等 /boot 存放与Linux启动相关的程序 /home 用户目录，存放普通用户的数据 /tmp 临时文件 /usr 是存放软件的地方,如有可能应将最大空间分给它 /usr/local 自已安装程序安装在此

pymol用法(教程二)

[转载]PyMOL用法（教程二） 基础Pymol命令 这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全： Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录，只需要键入： Pymol> log_close 好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）： Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项

目的名字（如test）： Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。 首先： Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。 使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入： Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： Pymol> label all, chains

最新pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action， S：显示这个对象的某种样式， H：隐藏某种样式， L：显示某种label， C：显示的颜色 下面是操作过程： 点击all中的H，选择everything，隐藏所有 点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择 点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体 点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选 择rename selection，窗口中出现，更改sele 为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调 整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键： IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择 red red，把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是

residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键 ，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing 转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改 pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png

Linux常用命令详解(配合示例说明,清晰易懂)

Linux常用命令详解 (常用、详细) BISTU 自动化学院 刷碗小工(frisen.imtm) 2010年11月 开源社区，造福大家，版权所有，翻录不究（初次接触Linux命令可能对以下说明有不少疑问，可待看完一遍后再回头细看） （配合Ctrl + F可快速查找你想了解的命令）

索引：(待完善) 文件说明：Linux命令很多，但最常用的80个左右 文档内容充实，用示例说明命令如何使用笔者力求语言简洁，清晰易懂 由于忙于其他事情，改进排版的工作只能搁置了 最后，望此文档能为大家Linux学习之路献微薄之力 一、路径： 执行命令前必须要考虑的一步是命令的路径，若是路径错误或是没有正确的指定，可能导致错误的执行或是找不到该命令。要知道设置的路径，可执行以下命令： 一般而言，本书的命令位于/bin、usr/bin、/sbin、/usr/sbin之中。若读者执行了命令却出现“command not find”或是“命令不存在”的字样，就必须要确定该命令的位置是否在命令的路径中，或是系统上根本没有安装该套件。 二、命令顺序： 若在shell内置的命令/bin以及/usr/bin之下都出现了命令pwd，那当我们执行该命令时，会执行哪一个？答案是第一优先执行shell内置的命令，再执行路径中的设置；因此若有相同名称的命令时，必须要注意顺序设置，或是直接输入完整路径。 三、参数(或称选项)顺序： 一般除了特殊情况，参数是没有顺序的。举例而言，输入“–a –v”与输入“–v –a”以及“–av”的执行效果是相同的。但若该参数后指定了要接的文件或特殊对象，如“–a cmd1 –v cmd2”，则不能任意改变选项顺序。 四、常用参数： 下面所列的是常见的参数(选项)意义： --help，-h 显示帮助信息 --version，-V 显示版本信息 -v 繁琐模式(显示命令完整的执行过程) -i 交谈模式(指定界面) -l 长列表输出格式 -q，-s 安静模式(不显示任何输出或错误信息) -R 递归模式(连同目录下所有文件和子目录一起处理) -z 压缩 五、命令的结合与定向： 命令中除了一般命令外，还有管道（或称途径）（|）与定向（>或>>）。 管道（途径）的用法： “命令一[选项]”| “命令二[选项]”，也就是将“命令一[选项]”的输出结果传到“命令二[选项]”，通过命令二的处理之后才输出到标准输出(屏幕)上。比如“ls /etc”会列出etc下的所有文件，若加上“| less”，也就是“ls /etc | less”，则会将“ls /etc”的结果通过less分页输出。 定向的用法： 将结果定向到命令的输出设备，一般不加文件名意为将结果输出到屏幕，若是在定向后加上文件名，则会将命令的执行结果输出到定向的文件，例如“ls > temp.txt”，就会将ls 的结果输出到文件temp.txt中。“>”与“>>”的差异在于前者是覆盖，而后者是附加。 六、命令中的命令： 许多命令在执行后，会进入该命令的操作模式，如fdisk、pine、top等，进入后我们必须要使用该命令中的命令，才能正确执行；而一般要退出该命令，可以输入exit、q、quit或是按【Ctrl+C】组合

Suse_Linux常用命令小结

Suse Linux常用命令 目录 1、Suse9下配置默认网关 (1) 2、Suse9下开启telnet服务 (1) 3、Suse9下开启FTP服务 (2) 4、Suse9下配置rlogin (2) 5、查看版本、内核 (2) 6、查看CPU、MEM (3) 7、查看操作系统位数 (3) 8、查看VCS双机软件版本 (3) 9、主机名修改 (3) 10、检查系统分区 (4) 11、检查内存空间 (4) 12、检查时区设置 (4) 13、修改时区设置 (4) 14、系统时间设置 (4) 15、重新设置光纤驱动 (4) 16、检查磁盘分区信息 (4) 17、创建物理卷 (4) 18、查看已经创建的PV (5) 19、创建卷组 (5) 20、创建逻辑卷 (5) 21、查看创建的卷组和逻辑卷 (5) 22、创建文件系统 (5) 23、激活/去激活卷组 (5) 24、查找卷组信息 (5) 25、IP地址配置（临时生效，系统重启后会丢失） (5) 26、IP地址配置（永久生效） (6) 27、配置IP地址与节点名映射关系 (7) 28、激活/去激活网卡 (7) 29、配置双机ssh信任关系（两个节点上都要执行该操作） (7) 30、配置用户的.rhosts文件 (8) 31、配置心跳网卡信息 (8) 32、修改主机名 (9) 33、VCS涉及主机名的修改 (10) 34、XDM配置 (10) 35、Suse10sp1下开启FTP服务 (11) 36、查看操作系统补丁 (12) 37、查看操作版本 (12)

1、Suse9下配置默认网关 a、在/etc/sysconfig/network/routes文件下添加如下行: default 网关IP地址 - - b、重启网络服务 # /etc/init.d/xinetd restart # rcnetwork restart c、查看路由 # netstat -r 2、Suse9下开启telnet服务 a、修改/etc/xinetd.d/telnet文件:disnable=no 如果/etc/xinetd.d下不存在telnet文件，可能是telnet服务包没有安装，需要通过光盘安装好。 b、修改/etc/pam.d/login文件，注释如下行,允许root用户telnet "auth required pam_securetty.so" c、编辑/etc/securetty文件 # vi /etc/securetty 在文件中增加下面的内容： pts/0 pts/1 pts/2 pts/3 pts/4 pts/5 pts/6 pts/7 pts/8 pts/9 d、重启网络服务

Linux常用命令分类汇总

初学Linux时最让人觉得困惑的是有太多太多的命令需要去记，往往会出现想执行一个操作不知道用什么命令，知道命令却不知道该怎么用的时候，这里对Linux系统中的常用命令做一个简单的汇总，希望对初学的朋友有所帮助。 Linux命令的基本格式： command option parameter(object) command就是要执行的操作，option指出怎么执行这个操作，parameter则是要操作的对象。例如想查看一个目录的内容，“查看”是动作，“目录”是对象，如果加一个“详细”的话，那么“详细”就是选项了。 #ls -l /root ls: command -l: option /root:parameter 了解了这一点之后，我们即可知道：所有的命令都有其操作对象，也就是说命令的作用范围是有限的;同是，对于同一种对象，能在其上进行的操作也是特定的。因此，我们可以根据对象的不同而对Linux中的常用命令进行分类.（没有给出具体的用法，有时间再添加:-) ) 目录文件类命令： cd切换目录 dir显示目录内容 ls显示目录内容 cat显示文件内容，适合小文件 less分屏显示文件内容，可前后翻阅 more分屏显示文件内容，不可向前翻阅 head显示文件头部内容 tail显示文件尾部内容 touch创建文件或更新文件访问时间 mkdir创建目录 rmdir删除目录 rm删除文件或目录(-r) cp复制文件或目录 mv移动或改名 chown修改文件所有者 chgrp修改文件所属组 chmod修改文件目录权限 find查找文件或目录 tar打包工具 gzip/gunzip压缩工具 bzip2/bunzip2压缩工具 vi文本编辑工具 用户类命令： useradd添加用户

pymol 基本操作

简介＆安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py"表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子(molucule）的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧. 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 ＄ mkdir pymol—src ＄ svn co pymol-src 然后进入源代码目录 ＃ cd pymol-src 开始依次编译 ＃ python setup.py install # python setup2。py install

软件测试常用的Linux命令总结

软件测试常用的Linux命令总结 软件测试人员要跟系统软件经常打交道，所以掌握多一点linux命令是非常有必要的。下面由小编整理了软件侧市场有的Linux命令总结，希望对你有帮助。 软件测试常用的Linux命令总结——初级篇 1 目录与文件操作 1.1 ls(初级) 使用权限：所有人 功能: 显示指定工作目录下之内容(列出目前工作目录所含之档案及子目录)。 参数: -a 显示所有档案及目录(ls内定将档案名或目录名称开头为"."的视为隐藏档，不会列出)

-l 除档案名称外，亦将档案型态、权限、拥有者、档案大小等资讯详细列出 -r 将档案以相反次序显示(原定依英文字母次序) -t 将档案依建立时间之先后次序列出 -A 同-a ，但不列出"." (目前目录) 及".." (父目录) -F 在列出的档案名称后加一符号;例如可执行档则加"*", 目录则加"/" -R 若目录下有档案，则以下之档案亦皆依序列出 范例： 列出目前工作目录下所有名称是s 开头的档案，愈新的排愈后面: ls -ltr s*

将/bin 目录以下所有目录及档案详细资料列出: ls -lR /bin 列出目前工作目录下所有档案及目录;目录于名称后加"/", 可执行档于名称后加"*" ls –AF常用方式及使用技巧：ls –l 以列表形式输出当前目录中存在的文件ls –lt 按照修改时间倒序排序，即最新的在最上面展示 1.2 ll(初级) ls –l的缩写形式 cd(初级) 使用权限: 所有使用者 使用方式: cd [dirName]