castep scf参数设置

Setting up SCF parameters

SCF settings determine the algorithm that CASTEP uses to find the ground state of the electronic subsystem, as well as the accuracy required. Most of these settings do not need to be changed by the user. For example, the SCF tolerance is controlled by the global Quality option on the Setup tab. It can also be modified using the SCF tolerance option on the Electronic tab, however this is not recommended. Similarly, the maximum number of SCF cycles, which can be adjusted using Max. SCF cycles option on the SCF tab on the Electronic Options dialog, need not be changed under normal circumstances. The Max. SCF cycles setting determines how many SCF steps are taken by CASTEP before it moves atoms according to the task being performed (i.e. Geometry Optimization or Dynamics ).

Note. The CASTEP server automatically increases the number specified in the interface by a factor of three for metallic systems.

Electronic minimization algorithm

The algorithm that is used to solve the DFT equations is specified by the Electronic minimizer option on the SCF tab on the Electronic Options dialog. Density mixing is the recommended choice, in terms of both robustness and efficiency. We found it to be 2-4 times faster for insulators than the conjugate-gradient based All Bands/EDFT scheme. The Density mixing scheme is especially good for metallic systems, where speedups for metal surfaces compared to conjugate gradient schemes are in the region of 10-20. The only case where density mixing may not improve performance is for molecule in a box calculations.

The default density mixing settings use Pulay mixing and conjugate-gradient minimization of each electronic state. You should only attempt to change these parameters if SCF convergence is very poor. Sometimes it helps to reduce the length of the DIIS history from the default value of 20 to a smaller value (5-7). It might also be helpful to decrease the mixing amplitude from the default value of 0.5 to 0.1-0.2.

Variable electronic states occupancies

By default CASTEP uses variable electronic occupancies, thus effectively treating all systems as metallic. This is recommended, as it speeds up density mixing optimization, even for systems with large band gaps. The number of empty bands should be sufficiently large to cater for nearly degenerate bands close to the Fermi level. This is relevant for transition or rare earth metal compounds, where narrow d or f bands can be pinned at the Fermi level. If the number of bands used for such a system is insufficient, the SCF convergence will be very slow and probably oscillatory. Occupation numbers of the highest electronic states as reported in the .castep file are likely to be noticeably nonzero for at least some k-points.

SCF convergence with the Density mixing minimization scheme can sometimes be poor for metallic systems. If this is the case, the alternative All Bands/EDFT scheme, which is based on the ensemble density-functional theory (Marzari et al., 1997) offers a more robust alternative.

Tip. Slow SCF convergence is often indicative of an insufficient number of empty bands, especially in spin-polarized calculations. To check if this is the cause, inspect the occupancies of the highest energy electronic states. They should be very close to zero for all k-points in a calculation which is setup correctly.

Further information

Setting up electronic options

Electronic - CASTEP Calculation

SCF - Electronic Options

Density Mixing Options - SCF

简明常用血流动力学参数意义对照表

简明常用血流动力学参数意义对照表 1. LSI 左心搏指数 2. RSI 右心搏指数 3. LCI 左心排指数 4. RCI 右心排指数 以上四个指数代表心脏的功能指数，其中左心排指数最重要，等同于心脏指数（CI），一般来说，CI<1.5=预后极差；1.5—2.0= 心源性休克；2.0—2.2=前向性心功能不全。 5. CWT 心脏总功率：反映心脏的负荷，一般运动时，功率会增大，如果正常情况总功率偏大，则代表心脏负荷偏大；偏小则视情况而定，有身体强健者，心脏功率不必很大，但器质性偏小，则有可能造成供血不足，头晕眼花等等。 6. LWE 左心室有效功率 7. LTPF 左心室总泵力 8. LWT 左心室功率 9. LEWK 左心室机械效率 10. JP 左心室喷血压力：该指数与血压有关，如果该指数偏大，则需要小心高血压了。 11. VP 左心室有效泵力 12. EF 喷血分数：非常重要的指标，EF值长期偏小，则有很大可能性是心衰。 13. AWK 动脉机械效率 14. EPE 射流压力 15. LCRI 左室等容指数 16. RCRI 右室等容指数 15/16两个参数代表心脏的容血量，其意义不如有效循环容量重要。 17. LVDV 左室舒张末血量 18. LVDP 左室舒末期压力 19. CR 左室喷血阻抗 20. PDM 平均舒张压：高血压的判断指标之一 21. PSM 平均收缩压：高血压的判断指标之一 22. PPM 平均脉压：高血压的判断指标之一 23. MAP 平均动脉压：高血压的判断指标之一 24. HR 心率 25. CVPS 中心静脉收缩压 26. CVPM 中心静脉平均压：非常重要的指标 严重升高：1.静脉充盈过量（循环超负荷） 2.静脉充血（心脏压塞、PEEP

药代动力学参数

一、吸收 溶出度：药物分子在消化道中溶解的程度 生物利用度：药物吸收的程度 绝对生物利用度 最大血药浓度(Cmax) 达峰时间(Tmax) 二、分布 由于体内环境的非均一性（血液、组织），导致药物浓度变化的速度不同。 隔室(compartment)：同一隔室药物浓度的变化速度相同，均相。 一室模型：药物进入血液迅速分布全身，并不断被清除。 二室模型: 药物进入体内后，首先快速分布于组织中，然后进入较慢的消除过程。 表观分布体积(Vd)(aparent volume of distribution)：表征药物在体内被组织摄取的能力。表观容积大的药物体内存留时间较长。 药物浓度-时间曲线下面积(AUC）；系统药物暴露（Systemic Exposure） 血脑屏障；蛋白结合率；分布半衰期（t 1/2(α) 三、消除 消除(elimination)：原药在体内消失的过程。包括肾（尿）或胆汁（粪）或呼吸排泄及代谢转化的总和。

消除速率常数（elimination constants）：反映药物在体内消失的快慢。不完全反映药物的作用时间（代谢物也有活性）。 半寿期或半衰期（t1/2）：药物浓度或药量降低50%所需的时间。消除半衰期t1/2(β)）Terminal Half-life ，Elimination Half-life。 清除率（clearance，廓清率）或肾清除率（renal clearance）：反映药物或代谢物经肾被排出体外的速度。 一方面是药物对机体的作用，产生药效、毒性或副作用，表现为药物的药理作用或毒理作用，决定于特定的化学结构，具有较强的结构特异性。 另一方面是机体对药物的作用：吸收、分布，生物转化和排泄，表现为药物的药代动力学性质。主要取决于药物的溶解性、脂水分配系数、电荷等药物分子整体的理化性质，结构特异性不强。 药物的吸收是药物由给药部位通过生物膜进入血液循环的过程。 吸收部位 消化道（口服给药，口腔、胃、小肠、大肠）、呼吸道（鼻腔给药，肺）、肌肉（肌肉注射）、粘膜（栓剂）。 吸收部位不同，药物被吸收的程度和快慢，有差异（静注、肌注；皮下给药，口服。） 共性：药物是通过生物膜吸收的。 吸收过程 扩散

药代动力学参数

药代动力学参数 This model paper was revised by the Standardization Office on December 10, 2020

一、吸收 溶出度：药物分子在消化道中溶解的程度 生物利用度：药物吸收的程度 绝对生物利用度 最大血药浓度(Cmax) 达峰时间(Tmax) 二、分布 由于体内环境的非均一性（血液、组织），导致药物浓度变化的速度不同。 隔室(compartment)：同一隔室药物浓度的变化速度相同，均相。 一室模型：药物进入血液迅速分布全身，并不断被清除。 二室模型: 药物进入体内后，首先快速分布于组织中，然后进入较慢的消除过程。 表观分布体积(Vd)(aparent volume of distribution)：表征药物在体内被组织摄取的能力。表观容积大的药物体内存留时间较长。 药物浓度-时间曲线下面积(AUC）；系统药物暴露（Systemic Exposure） 血脑屏障；蛋白结合率；分布半衰期（t 1/2(α) 三、消除 消除(elimination)：原药在体内消失的过程。包括肾（尿）或胆汁（粪）或呼吸排泄及代谢转化的总和。

消除速率常数（elimination constants）：反映药物在体内消失的快慢。不完全反映药物的作用时间（代谢物也有活性）。 半寿期或半衰期（t1/2）：药物浓度或药量降低50%所需的时间。消除半衰期t1/2(β)）Terminal Half-life ，Elimination Half-life。 清除率（clearance，廓清率）或肾清除率（renal clearance）：反映药物或代谢物经肾被排出体外的速度。 一方面是药物对机体的作用，产生药效、毒性或副作用，表现为药物的药理作用或毒理作用，决定于特定的化学结构，具有较强的结构特异性。 另一方面是机体对药物的作用：吸收、分布，生物转化和排泄，表现为药物的药代动力学性质。主要取决于药物的溶解性、脂水分配系数、电荷等药物分子整体的理化性质，结构特异性不强。 药物的吸收是药物由给药部位通过生物膜进入血液循环的过程。 吸收部位 消化道（口服给药，口腔、胃、小肠、大肠）、呼吸道（鼻腔给药，肺）、肌肉（）、粘膜（栓剂）。 吸收部位不同，药物被吸收的程度和快慢，有差异（静注、肌注；皮下给药，口服。） 共性：药物是通过生物膜吸收的。 吸收过程 扩散

(2009)血流动力学参数集合

Sang-Wook Lee Biomedical Simulation Laboratory, University of Toronto, 5King’s College Road Toronto, Toronto,ON M5S3G8Canada; School of Mechanical and Automotive Engineering, University of Ulsan, Ulsan680-749,South Korea Luca Antiga Department of Bioengineering, Mario Negri Institute for Pharmacological Research, 24020Ranica(BG),Italy David A.Steinman1 Biomedical Simulation Laboratory, University of Toronto, 5King’s College Road Toronto, Toronto,ON M5S3G8Canada e-mail:steinman@mie.utoronto.ca Correlations Among Indicators of Disturbed Flow at the Normal Carotid Bifurcation A variety of hemodynamic wall parameters(HWP)has been proposed over the years to quantify hemodynamic disturbances as potential predictors or indicators of vascular wall dysfunction.The aim of this study was to determine whether some of these might,for practical purposes,be considered redundant.Image-based computational?uid dynamics simulations were carried out for N?50normal carotid bifurcations reconstructed from magnetic resonance imaging.Pairwise Spearman correlation analysis was performed for HWP quantifying wall shear stress magnitudes,spatial and temporal gradients,and harmonic contents.These were based on the spatial distributions of each HWP and, harmonic(DH)parameter were found to depend on how the wall shear stress magnitude was de?ned in the presence of?ow reversals.Many of the proposed HWP were found to provide essentially the same information about disturbed?ow at the normal carotid bifurcation.RRT is recommended as a robust single metric of low and oscillating shear. On the other hand,gradient-based HWP may be of limited utility in light of possible redundancies with other HWP,and practical challenges in their measurement.Further investigations are encouraged before these?ndings should be extrapolated to other vas-cular territories. ?DOI:10.1115/1.3127252? Keywords:wall shear stress,atherosclerosis,hemodynamic wall parameter,carotid bifurcation 1Introduction There is much evidence suggesting that initiation and progres-sion of atherosclerotic disease is in?uenced by“disturbed?ow”?1?.Notwithstanding the imprecise nature of this term?2?,various metrics have been proposed over the years to quantify?ow dis-turbances.Originally focused on the magnitudes of wall shear stress?WSS??3,4?these hemodynamic wall parameters?HWP?have since incorporated spatial and temporal gradients of WSS ?5–8?and,more recently,the harmonic content of time-varying WSS waveforms?2,9?. In a recent computational?uid dynamics?CFD?study of the relationship between geometry and disturbed?ow at the carotid bifurcations of young adults?10?,we noted that our?ndings were relatively insensitive to the choice of either time-averaged wall shear stress magnitude?TAWSS?or oscillatory shear index?OSI?as metrics of disturbed?ow.This was found to be explained by a strong and signi?cant inverse correlation between these two quan-tities.Such correlations among HWP are not unexpected,as rec-ognized early by Friedman and Deters?11?;however,they have been little-investigated in light of the growth in the number and complexity of candidate HWP. With this in mind,the objective of the present study was to use a representative sample of normal carotid bifurcation geometries to comprehensively test for correlations among established and recently-proposed HWP.Especially in the context of large-scale studies of so-called geometric and hemodynamic risk factors in atherosclerosis,we aimed to determine whether a subset of HWP, or even a single HWP,might serve as a suf?ciently robust marker of disturbed?ow. 2Materials and Methods 2.1Computational Fluid Dynamics.N=50anatomically re-alistic carotid bifurcation geometries were digitally reconstructed from black blood magnetic resonance imaging?MRI?of25osten- sibly healthy young adults,as described previously?12?.CFD simulations were carried out using a well-validated in-house ?nite-element-based CFD solver?13–15?.Quadratic tetrahedral- element meshes were generated by a commercial mesh generator ?ICEM-CFD;ANSYS,Berkeley,CA?using a nominally uniform node spacing of0.2mm,previously shown to be suf?cient for resolving wall shear stresses to within10%accuracy?16?.Rigid walls and Newtonian rheology were assumed.Pulsatile?ow boundary conditions were prescribed based on representative waveform shapes and allometrically-scaled inlet and outlet?ow rates.Further details of the CFD simulations are provided else- where?10?. For each tetrahedral element the vector WSS,?w,was calcu-lated as the projection of the stress tensor onto the element’s sur-face at each node,using the element’s quadratic shape functions. As nodes are connected to multiple elements,contributions to each nodal?w were averaged together.From these time-varying nodal WSS vectors,a variety of HWP were computed,as summa-rized in Table1,and detailed below. 1Corresponding author. Contributed by the Bioengineering Division of ASME for publication in the J OUR-NAL OF B IOMECHANICAL E NGINEERING.Manuscript received August12,2008;?nal manuscript received January1,2009;published online May11,2009.Review con-ducted by Fumihiko Kajiya.Paper presented at the2008Summer Bioengineering Conference?SBC2008?,Marco Island,FL,June25–29,2008.

常用的药物代谢动力学参数包括那些

常用的药物代谢动力学参 数包括那些 Prepared on 24 November 2020

常用的药物代谢动力学参数包括那些. （1）.表观分布容积 表示体内药量与血药浓度之间相互关系的一个比列常数。即体内药量按血浆中同样浓度分布时，所需体液的总容积。其数值反映了药物在体内的分布程度。表观分布容积是一个假设的容积，是假定药物在体内均匀分布情况下求得的药物分布容积，其意义在于：可计算出达到期望血浆药物浓度时的给药剂量；可以推测药物在体内的分布程度和组织中摄取程度。 （2）.血浆药物浓度 指药物吸收后在血浆内的总浓度，包括与血浆蛋白结合的或在血浆游离的药物，有时也可泛指药物在全血中的浓度。药物作用的强度与药物在血浆中的浓度成正比，同时药物在血浆中的浓度也随时间变化。 （3）.血药浓度—时间曲线 指给药后，以血浆（或尿液）药物浓度为纵坐标，时间为横坐标，绘制的曲线，简称药—时曲线，如图：

(4).血浆药物峰度浓度 简称峰浓度，指药—时曲线上的最高血浆药物浓度值，即用药后所能达到的最高血浆药物浓度，常以符号C max表示，单位以 ug/mL或者mg/L来表示。药物血浆浓度与药物的有效性与安全性直接相关。一般来说，峰浓度达到有效浓度才能显效，浓度越高效果越强，但超出安全范围则可出现毒性反应。另外，峰浓度还是衡量制剂吸收的一个重要指标。 （5）.血浆药物浓度达峰时间 简称达峰时间，指在给药后人体血浆药物浓度曲线上达到最高浓度（峰浓度）所需时间，常以符号t max表示，单位一小时或分钟表示。达峰时间短，表示药物吸收快、起效迅速，但同时消除也快；而达峰时间长，则表示药物吸收和起效较慢，药物作用持续的时间也越长。达峰时间是应用药物和研究自己的一个重要指标。（6）.血浆生物半衰期

常用的药物代谢动力学参数包括那些

常用的药物代谢动力学 参数包括那些 Document number【980KGB-6898YT-769T8CB-246UT-18GG08】

常用的药物代谢动力学参数包括那些. （1）.表观分布容积 表示体内药量与血药浓度之间相互关系的一个比列常数。即体内药量按血浆中同样浓度分布时，所需体液的总容积。其数值反映了药物在体内的分布程度。表观分布容积是一个假设的容积，是假定药物在体内均匀分布情况下求得的药物分布容积，其意义在于：可计算出达到期望血浆药物浓度时的给药剂量；可以推测药物在体内的分布程度和组织中摄取程度。 （2）.血浆药物浓度 指药物吸收后在血浆内的总浓度，包括与血浆蛋白结合的或在血浆游离的药物，有时也可泛指药物在全血中的浓度。药物作用的强度与药物在血浆中的浓度成正比，同时药物在血浆中的浓度也随时间变化。 （3）.血药浓度—时间曲线 指给药后，以血浆（或尿液）药物浓度为纵坐标，时间为横坐标，绘制的曲线，简称药—时曲线，如图：

(4).血浆药物峰度浓度 简称峰浓度，指药—时曲线上的最高血浆药物浓度值，即用药后所能达到的最高血浆药物浓度，常以符号Cmax表示，单位以ug/mL或者mg/L来表示。药物血浆浓度与药物的有效性与安全性直接相关。一般来说，峰浓度达到有效浓度才能显效，浓度越高效果越强，但超出安全范围则可出现毒性反应。另外，峰浓度还是衡量制剂吸收的一个重要指标。 （5）.血浆药物浓度达峰时间 简称达峰时间，指在给药后人体血浆药物浓度曲线上达到最高浓度（峰浓度）所需时间，常以符号tmax表示，单位一小时或分钟表示。达峰时间短，表示药物吸收快、起效迅速，但同时消除也快；而达峰时间长，则表示药物吸收和起效较慢，药物作用持续的时间也越长。达峰时间是应用药物和研究自己的一个重要指标。 （6）.血浆生物半衰期

血流动力学参数

血流动力学参数 关键词：血流动力学监测，参数，运用，意义 摘要：血流动力学监测已经广泛应用于危重症，但其数据多，每个参数因为它来源的监测手段和影响因素等等的不同，其临床意义不同。血流动力学监测的每个参数都有他的“背景”、有它的长处和短处。哪个参数有什么意义，怎样结合其它参数或临床等等都是我们应该掌握和经常思考的，而且只有在临床中不断运用、思考才能真正理解这些参数。本文介绍了直接测量所得指标：上肢动脉血压、心率、中心静脉压、右心房压、右心室压、肺动脉压、肺毛细血管嵌顿压、心输出量。由直接测量指标所派生的指标：心脏排血指数、心脏搏出量、肺血管阻力、心室做功指数和PICCO参数：血管外肺水、胸内血容量。介绍了临床应用于判断左心功能、疾病的鉴别、心功能状态的治疗原则、指导疾病的治疗等。 1、主要监测指标 1.1直接测量所得指标 1.1.1上肢动脉血压(AP) 正常值：收缩压1 2.0～18.7kPa(90～140mmHg)，舒张压8.0～12.0kPa(60～90mmHg)。心排量、全身血管阻力、大动脉壁弹性、循环容量及血液粘度等均可影响动脉血压。一般用袖带血压计测量。在休克或体循环直视心脏手术时，应以桡动脉穿刺直接测量为准[1]。血压是反应心排量水平和保证器官有效灌注的基础，过高时增大左室后负荷和心肌耗氧，过低不能保证重要器官有效灌注。当MAP低于75mmHg 时，心肌供血曲线变陡下降，因此，MAP75~80mmHg，是保证心肌供血大致正常的最低限度[2]。对原有高血压病人，合理的MAP应略高于此。 1.1.2心率(HR)正常值：60～100次/min。反映心泵对代谢改变、应激反应、容量改

药代主要参数

药代主要参数标准化工作室编码[XX968T-XX89628-XJ668-XT689N]

药物代谢动力学的主要参数 根据时间-药物浓度曲线，采用相应的药代动力学计算机程序包进行数学处理，可估算 出药物在体内吸收、分布、转化和排泄等相关的若干药代动力学参数（pharmacokineticparameters），以反映药物在体内的动力学规律和特点。常用的药代动力学参数有： （一）药峰时间（Tmax）和药峰浓度（Cmax） 药峰时间（Tmax）是指用药以后，血药浓度达到峰值所需的时间。药峰时间短，表示药物吸收快、起效迅速，但同时消除也快；药峰时间长，则表明药物吸收和起效较慢，但作用持续时间也往往较长（图3-7）。药峰时间是研究药物制剂的一个重要指标。 药峰浓度（Cmax）又称峰值（peakvalue），是指用药后所能达到的最高血药浓度（见图3-9）。药峰浓度与药物的临床应用密切相关，药峰浓度要达到有效浓度才能显效，但若高出安全范围则可表现为毒性反应。 （二）时量曲线下面积（areaunderthetimeconcentrationcurve，AUC） 又称曲线下面积，是指由坐标横轴与时间-药物浓度曲线围成的面积。它代表一段时间 内，血液中的药物的相对累积量，也是研究药物制剂的一个重要指标（图3-11）。其单位为μg/ml·h，通常采用梯形法计算，计算公式为： （三）生物利用度（bioavailability，afractionofdose，F） 生物利用度是指血管外给药时，药物吸收进入血液循环的相对数量。生物利用度也是 评价药物制剂质量的一个十分重要的指标。通常用吸收百分率表示，即给药量与吸收进入体循环的药量的比值（见式①）： 相对F是评价厂家产品质量的重要标准之一。如果制剂质量不合格，生物利用度低， 临床疗效肯定差。一般药典上都规定药厂生产的制剂，生物利用度的差距不应超过 ±10%。生物利用度的意义在于：①从制剂方面而言，剂量和剂型相同的药物，如果厂家的制剂工艺不同，甚至同一药厂生产的同一制剂的药物，仅因批号不同，都可以使药物的晶型、颗粒大小或其他物理特性，以及药物的生产质量控制等发生改变，从而影响药物的崩解和溶解度，使药物的生物利用度发生明显的改变，导致时间-药物浓度曲线的改变（见图3-12）。②从机体方面而言，剂量、剂型甚至制剂都完全相同的药物，因为在不同生理或病理条件下应用，也可引起生物利用度的改变，使时间-药物浓

无创心脏血流动力学监测仪的

无创心脏血流动力学监测仪的 工作原理、参数意义和临床价值 1 心脏血流动力学的监测方法 心脏血流动力学的监测方法可分为两大类。 1.1 有创法 是经典法。优点：准确；缺点：存在一定的潜在不安全性，操作技术水平要求高，不适于长时间、多次反复使用，监测参数少，适用范围受限（不适用于危重患者、轻症患者和健康人），监测费用高。 1.2 无创法 有多种方法，目前认为心阻抗法最好。优点：安全，操作简易，可长时间、多次反复使用，可迅速连续逐搏监测多个参数，适用范围广，监测费用低廉。心阻抗法过去由于受科学技术水平的限制，一些关键技术问题没有得到解决，如阻抗的信号噪声比小，信号基线受呼吸影响大，参数计算方法不当等，所以测出的参数值的准确性和重复性差，适用范围也受一定限制。现在一些关键技术问题已得到解决，心阻抗法与有创法的相关系数达0.9左右，一致性好。 2 心阻抗法的工作原理 2.1 心阻抗法的工作原理 左心室开始收缩后，……这就是心阻抗法的工作原理。 2.2 心阻抗法的工作波形图 阻抗图……代表阻抗减小，即血管容积增大；阻抗微分图……有4个主要的波，波的峰点、谷点和B点是……特征点……反映左心室射血随时间的变化规律，即血流动力学状态；心电图（ECG）:将Q起点作为一个心动周期的始点；心音图（PCG）:除必要时用于自动找点或人工调点外，也可单独用于对心音图的分析。 3 心阻抗法的临床价值 心脏血流动力学参数的监测，可以提供很多极有价值的生理信息，对医疗和科研都具有重要的临床价值。心阻抗法是一种安全、可靠、简易、准确、价廉、不影响心脏泵工作的监测心脏血流动力学参数的无创法。无创心脏血流动力学监测仪能够实时连续逐搏检测血流动力学参数。而且，由于它的准确性和重复性好，能提供长时间连续监测所需要的参数值变化趋势图，这在许多临床应用中，比单次检测参数值更有使用价值，因为医生们更关心通过观察血流动力学参数的变化，了解治疗效果，以改善治疗方案或及时进行抢救。 心阻抗法在有创法不能使用场合(危重患者、轻患者、导管禁忌患者和健康人)，是心脏病患者和健康人的无创心功能检测的理想方法。 心阻抗法在多个医学领域正在推广应用，现作简要介绍。 3.1 干部保健科及健康体检中心：