Image J分析粒径尺寸及分布
Morphological study: focal contacts formation
For quantification of vinculin positive contacts areas, we used the freeware
image analysis ImageJ (NIH, https://www.wendangku.net/doc/2a11764150.html,/ij/). We opened the raw image,
converted it to an 8-bit file, and used the unsharp mask feature (settings 1:0.2) before removing the image background (rolling ball radius 10). After smoothing, the
resulting image, which appears similar to the original photomicrograph but with minimal background, was then converted to a binary image by setting a threshold.
Threshold values were determined empirically by selecting a setting, which gave the most accurate binary image for a subset of randomly selected photomicrographs with varying peptides densities. The cell area was determined by manual delineation
on raw fluorescent images, total contact area and mean contact area per cell
were calculated by ‘‘analyse particules’’ in Image J, contacts smaller than 3 pixels
were not taken into account.
首先用工具栏里的直线工具，沿SEM、TEM的标尺（bar）拉出一条等长的直线，在菜单栏里找到measure点击，得到标尺对应的长度数据（弹出的数据栏）；接着用同样的步骤测量你的particles;最后导出你的数据，放到excel、origin里处理就行了~
测量的值是相对值，要利用bar的相对值和实际值进行换算~乘下除下就行了~
首先要在measur 里面选择spatial calibration，将这里面标尺与自己图片里面的标尺对应，最后选择measurements，features里面选择直线。自己在图片里面画线，用长度除以晶粒数就ok了
不知道这个是不是你想要的。可以用line profile测量尺寸，但是你要知道imageJ是根据光的强弱来测量的，不一定准，如果你的图片使用AFM做的，可以直接用AFM的软件处理会更准确。
最后一张图是3D效果。
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好几次在论坛里看到有虫友问关于金相图片中如何测量颗粒尺寸以及使用什么图像处理软件的问题，作为一个去年刚毕业并有过相关金相图片处理经验的过来人，决定写下关于这方面的经验，希望对大家有一定的帮助，在这里我使用的图片处理软件有两个：PHOTOSHOP和IMAGE-PRO-PLUS。现在介绍如下：
1，首先我们用PHOTOSHOP把金相图片中需要测量的颗粒尽可能的用魔棒工具选择出来然后进行反选把背景删掉，例如：原始的金相图片为
，然后我们用PHOTOSHOP把里
面要测量的颗粒选出后的图片为，到这里前期的处理工作做完了，下面我们将使用IMAGE-PRO-PLUS来进行相应的颗粒尺寸测量
2，首先打开IMAGE-PRO-PLUS，选择COMPLETE点OK,进入软件后点DONE,然后点FILE-OPEN,打开你刚用PHOTOSHOP处理后的图片，点这个图标对金相图片进行处理（可
以使金相中的颗粒看的更加清楚,处理完后点击图标然后会弹出个对话框
,这里有三个选项
，一般你的颗粒是暗色的，背景是白色的话就选择DARK 这个选项，反之也行，择好后点COUNT按键，这样软件就会自动给你金相图片中的颗粒进
行编号。如图，进行完编号后我们就开始来进行相应的测量了。
3，在2中弹出的对话框里选择MEASURE按键，选择下拉列表中的SELECT MEASUREMENTS,弹出对话框
，在下拉列表中选择你要测量的各项数据，如果是测量颗粒尺寸的话一般选择AREA(颗粒面积)、perimeter(颗粒的周长)、DIAMETER(MEAN)(颗粒平均尺寸)（一般不建议选这项，因为用软件测出的颗粒尺寸值会有误差，后面会讲）。选好后如图
，然后点下面的MEASURE，这样软件就会自动测量。点完MEASURE后刚才的对话框会自动关闭，然后我们回来刚才的那个COUNT/SIZE对话框，选择对话框上面的VIEW按键，选择里面的MEASUREDATA,这样就会出现刚才我们测量的那些颗粒的相关数据，如图
，金相图片中选择的颗粒的相关数据都在里面（面积，周长，颗粒平均尺寸），然后我们只要把这些数据导出就行，选择FILE-EXPORT OPTIONS,选择里面的导入EXCEL,点OK，然后新建个空白EXCEL，用右键复制就行，这样刚才测量的数据都在EXCEL里面了。
4，到这一步基本上测量结果就结束了，颗粒尺寸也得到了，但一般情况下不建议使用这项数据，因为会存在偏差。一般情况下是用公式来计算的。我们知道金相中的颗粒都是形状不一的，而我们使用的颗粒尺寸一般是指等径圆直径即把颗粒尺寸换算成相同面积相同周长的圆的直径，所以要用到下面的计算公式。
等径圆的直径=2*SQRT(面积/3.14) 其中SQRT是EXCEL中的求平方根
颗粒的图形有状因子=4*3.14*（面积）/（周长的平方），一般形关因子不能大于1，因为圆的形状因子等于1，形状因子越接近1说明该颗粒越圆整。
5，最后把得到的各个等径圆直径取个平均值就可以知道金相中颗粒的平均粒径了。