ncbi中查找基因序列的方法和三个登录号

ncbi中查找基因序列的方法和三个号码

一．例子：查找酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）里的海藻糖合成酶基因（tps1）

即可出现很多条目，找到Saccharomyces cerevisiae的就是NC_001134了，点击后就进入该基因所在染色体的界面了，再在“编辑”中“查找”tps1就可以看该基因所在的位置，再点击CDS或者GeneID:852423都可以出现相关链接！

当然，如果你在文献查到目的蛋白的序列号如NP_009684.1或者GeneID:852423，那分别在Search后选择Protein或者Gene也可以出现相关链接！

二．基因CDS区界面的3个号码

https://www.wendangku.net/doc/2a7664203.html,/entrez/viewer.fcgi?val=50593115&from=488899&to=490386& view=gbwithparts

找到后，我发现该界面有3个标记，一个是NC_001134 ，其次是gi:50593115，最后是FEATURES中的gene中的/db_xref= “GeneID:852423”，他们分别是什么号码，用在什么地方呢？尝试中，终于发现，

在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是NC_001134，最终go 到该基因所在染色体全长序列的信息，所以NC_001134应该是该染色体的登录号吧？

在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是50593115，最终go到该基因所在染色体全长序列的信息，所以50593115应该是该染色体的号吧？

在Search“Gene”时，for后面是852423，最终go到该基因的信息，所以852423应该是该基因的登录号吧？所以我们如果要记住目的基因在ncbi中的位置就记住这个GeneID！

其他像NP_009684当然是基因编码的蛋白质的登录号啦，不说了。

我们在文献中查到的基因往往给的是Gene ID

三．引物设计第一步--找编码序列的方法

在Search“Gene”时，for后面是852423，最终go到目的基因的信息

点击中的FASTA,获得的就是mRNA的非模

板链（其实就是mRNA里的U换成了T），也可以说是CDNA的互补片段，因为与编码的蛋白质一一对应，所以也就是引物设计真正的模板！引物设计后面的PCR要克隆的就是这段序列！所以千万不要搞错了！点击GENBANK，获得的是CDS区的序列和相关信息，这个CDS区包括CDNA，也包括其他不编码的序列，所以PCR没必要把CDS区全部克隆出来！其实在CDS界面（或者说点击GENBANK后出现的界面里），把Display里的GENBANK （full）改成FASTA也可以！

其实在该界面中我们还可以了解到其他信息

1.点击reference sequence details，可以看到NP_009684.1，点击他，可以看到目的蛋白质

的信息

2.点击获得的是目的基因的图谱，然后点击

TPS1后面的sv，也可以看到编码序列了，当然这里的DNA序列和蛋白质一一对应，更说明是设计引物的模板（这个图谱界面也可以在2的点击GENBANK后获得的CDS区中点击852423链接获得，或者说条条链接通罗马！）

四．关于CDS和CDNA的关系

ncbi中的CDS就是编码序列，包括CDNA全部，也含有其他序列，毕竟CDNA是人为根据mRNA反转录得到的，而CDS区生物本身的，有些不编码的序列，好像CDNA是纯净物，CDS有点渣子，呵呵。CDNA的互补序列既然是与编码的蛋白质一一对应的，当然是ATG起始的，TAA TAG TGA终止的。