稻瘟病菌Rab族蛋白的结构及演化分析
热带作物学报３０卷
结构域分析结果表明．１１个假定蛋白由保守的Ｇ结构域和高度可变的Ｎ端和Ｃ端组成（见图１）。Ｇ结构域包含５个ａ螺旋（Ａ１２Ａ５）、６个Ｂ片层（Ｂ１２８６）和５个多肽环（Ｇ１２Ｇ５）１１８ｌ。ＧＴＰ的结合和水解，Ｇ结构域中构象发生变化的区域称为分子开关区域，包括分子开关Ｉ（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＳｗｉｔｃｈＩ）和分子开关ＩＩ【删。
Ｃｌｕ列Ｘ多重序列比对结果表明．这１１个假定蛋白都具有Ｒａｓ超家族蛋白特有的结构域．即ＧＤＰ／Ｇ１１Ｐ
结合和水解结构域，包括Ｇｌ。ＧＸ］ｏ（）（ＧＫＳ厂ｒ；Ｇ２，ｃｏ陀ｅ脆ｃｔｏｒｄｏｍａｉｎ厂ｒ；Ｇ３，ＤＸＸＧＱ，Ｈ厂ｒ；Ｇ４，１ⅢＫＸＤ（区别于Ｒｈｏ等家族的区域）；Ｇ５，Ｃ珞ＡＵ删ｔ１；以及与Ｒａｂ家族蛋白Ｃ端蛋白异戊二烯化作用直接相关并决定这些蛋白细胞膜定位的ＣＡＡＸ结构域㈣。
２期
张冬梅等：稻瘟病菌Ｒａｂ族蛋白的结构及演化分析
２０１
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说明：图中红色字母表示相应的Ｇ１～Ｇ５结构域，黑色字母分别表示Ｒａｈ和Ｒａｂ亚家族特异结构域。红色框表示Ｃ端保守结构域。在蛋白翻译后，该位置进行异戊二烯化修饰；蓝色和深蓝色框分别是５个ｎ螺旋和６个Ｂ片层。
图１
稻瘟病菌Ｒａｂ蛋白序列比对
２．２稻瘟病菌Ｒａｂ蛋白家族的系统进化关系
运用软件ＣｌｕｓｔａｌＸ
１．８３．对稻瘟病菌１１个
假定Ｒａｂ
Ｇ１【‰氨基酸序列进行多重序列比对。
利用ＭＥＧＡ３．１软件平均连接聚类法（ａｖｅｒａ卵ｌｉｎｌ【ａ即ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ）或除权配对法（Ｕｎｗｅｉｇｈｔｅｄ
Ｐａｉｒ
ＧｒｏｕｐＭｅｔｈｏｄ
ｗｉｔｈ
Ａｒｉｔｈｍａｔｉｃ，ＵＰＧＭＡ）对序列
系统进化关系进行分析，并得到了系统进化树№Ｇ∞鹎２Ｂ
ＭＧＧ０６１３５６ＭＧＧ０１０７９６ＭＯＧ０７’９１６
Ｍ∞０＂７９６
ＭＯＧ０１１８５６
ＭＧＧ０６２４’６ＭＯＧ０６９２０６Ｉ¨ＧＧ０１７２４６ＭＧＧ０８１４４６ＭＯＧ０４１４３６
№Ｇ００４∞６
（见图２）。从图中可以看出ＭＧＧ＿０１１８５和
图２稻瘟病菌Ｒａｂ族蛋白系统进化树
ＭＧＧ—０６２４ｌ具有很近的进化关系，也支持了表１中两者同属一个聚类群的结论。ＭＧＧ』９６２和
ＭＧ叫１３５也具有较近的亲缘关系。上述结论均可在多重序列比对（图１）结果中得到证实。同时，从进化
树上可以看出，稻瘟病菌的１１个Ｒａｂ汛ｅ８与Ｒａｕｓ超家族小Ｇ蛋白的另一家族的代表ＣＤＣ４２
稻瘟病菌Rab族蛋白的结构及演化分析
作者：张冬梅， 方坤海， 石振华， 王爱荣， 鲁国东， 王宗华， Zhang Dongmei， Fang
Kunhai， Shi Zhenhua， Wang Airong， Lu Guodong， Wang Zonghua
作者单位：张冬梅,方坤海,石振华,鲁国东,王宗华,Zhang Dongmei,Fang Kunhai,Shi Zhenhua,Lu Guodong,Wang Zonghua(福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室,福州
,350002)， 王爱荣,Wang Airong(福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室
,福州,350002;福建农林大学计算机与信息学院,福州,350002)
刊名：
热带作物学报
英文刊名：CHINESE JOURNAL OF TROPICAL CROPS
年，卷(期)：2009,30(2)
参考文献(21条)
1.Wennerberg K.Rossman K L.Der C J The Ras supeffamily at a glance 2005(05)
2.Novick P.Brennwald P Friends and family:the role of Bah GTPases in vesicular traffic 1993
3.Nuoffer C.Balch W E GTPases:muhifunctional molecular switches regulating vesicular traffic 1994
4.Pfeffer S R Bah GTPases:master regulators of membrane trafficking 1994(06)
5.Novick P.Zerial M The diversity of Bah proteins in vesicle transport 1997(09)
6.Stenmark H.Olkkonen V M The Bah GTPase family 2001(02)
7.James T Y.Kauff F.Schoeh C L Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny[外文期刊] 2006
8.Pereira-Leal J B The Ypt/Bab family and the evolution of trafficking in fungi 2008(09)
9.Schimmoller F.Simon I.Pfeffer S R Bah GTPases,Directors of vesicle docking 1998(35)
10.Farnsworth C C.Seabra M C.Ericsson L H Rab geranylgeranyl transferase catalyzes the geranylgeranylation of adjacent eysteines in the small GTPases Rab1A,Rab3A,and Rab5A 1994
11.Pfeffer S A model for Rab GTPase localization[外文期刊] 2005
12.Zerial M.McBride H Rab proteins as membrane organizers[外文期刊] 2001(02)
13.Sonnichsen B.De Rends S.Nielsen E Distinct membrane domains on endesomes in the recycling pathway visualized by multicolor imaging of Rab4,Rab5,and Rab11 2000
14.Barbero P.Bittova L.Pfeffer S R Visualization of Rab9-mediated vesicle transport from endosomes to the trans-Golgi in living cells[外文期刊] 2002
https://www.wendangku.net/doc/331039735.html,nzetti L.Palamidessi A.Areces L Rab5 is a signalling GTPase involved in actin remodelling by receptor tyrosine kinases[外文期刊] 2004
16.Nakaya M.Tanaka M.Okabe Y Opposite effects of Rho family GTPases on engulfment of apoptotic cells by macrophages[外文期刊] 2006
17.Kitano M.Nakaya M.Nakamura T Imaging of Rab5 activity identifies essential regulators for phagesome maturation 2008
18.BischoV F.Molendijk A.Rajendrakumar C V S GTP-hinding proteins in plants 1999
19.Bourne H R.Sanders D A.McCormick F The GTPase suporfamily:conserved structure and molecular mechanism 1991
20.Bock J B.Matern H T.Peden A A A genomie perspcetive on membrane compartment's organization 2001
21.Yu J.Hu S.Wang J A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L ssp.indica)[外文期刊] 2002
本文链接：https://www.wendangku.net/doc/331039735.html,/Periodical_rdzwxb200902016.aspx