小木虫 Diamond 软件问题集锦

小木虫Diamond软件问题集锦

1. Diamond出图时怎么设置dpi数目

我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有96dpi,但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,还是96dpi. 答: 呵呵,发现在tools 下拉菜单的option 里.

2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是

3.1d 版本.

答: 这个是在diamond中的' 原子设置中' 中选的, 具体如下: picture-------atoms design-------style and colors-------style 中选择octant 即可.

3.怎样建立氢键我这儿有一个cif 文件,一个tab 文件和两个已经用diamond作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请diamond高手用word 或pdf 写出作图过程.

答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好.

4.怎样建立单个分子

diamond一打开cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子.

答:好像最新的更新包已经改过这个bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键delete, 就ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不用画就没问题了.以上拙见,仅供参考. 答:diamond打开cif 时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步. 请教diamond画C60 遇到的问题(1)我这个C60 在画多面体的时候,中间inset 的atom 的半径在每个面上都要自己一个一个去设定radium,有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到. (2)当我把中间的dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为0 后,如果想改C60 的每个面的颜色的画,这个怎么改的? (3)最后问一下,我保存的图片中背景的diamond demonstrator 如何去掉. 另献上我第一幅diamond图,如下. 6. 7. 答:1. 可以在atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的应该是未破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒diamond中如何在螺旋链中插入一根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如何画出单,双螺旋结构? 答:插入几个哑原子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些Diamond的说明,其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的. 找到了这个文件,感谢原作者Crystalsnet,我把它上传到纳米盘,你自己下载下来看看就知道怎么做了. 答:在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这两个原子间成建,设置一下键参数就可以了! 答:具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的中心位置,分别insert atoms , 再连接心连接, insert bond, 在按你的意思edit the bond. 如何去掉M-C,M-H 连接打开一个晶体数据后,在connectivity 中把M-C,M-H 去掉后.再点complete fragments 第3 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 8. 9. 10. 11. 12. 13. 后,这些M-C,M-H 又连上了,求助高手. 答:点下connect now 再确定试试. diamond里面如何定义元素化合价怎么样定义元素的化合价,然后使半径比例随之改变??默认设置好像都是原子半径. 答:问题解决了,在atomic parameter 里面. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了,是怎么回事今天用diamond画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了,不知是怎么回事?请高手指点,谢谢! 答:试试在"Type of sphere"中把Rmax 值设大一些. 答:或者试试用小太阳符号"Fill coordination directly". 修改Diamond的默认单胞数我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为 2 了,也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元,在哪改回去吖? 答:菜单栏的picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾,下一步-->在fill cell range with 项里选择需要的单胞数,按完成.OK!每次用diamond打开cif 文件时,在引导项中注意选择单胞数,就可以控制显示的单胞数了. 在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢如题.我怎么选connectivity,设上DMAX,按OK,不管用呢? 答:我这么做也不管用,后来就在读入cif 之后先不生成图,先在connectivity 里设定要的健长范围就可以了. 答:那是没有设上,该了之后要再点一下需设原子才行. 答:管用的,应该是你操作有问题. 怎么取消透视图我用的是 3.0 读完cif 之后出现的直接是透视图,怎么取消啊? 答:应该是用Representation Settings. 答:用central projection 命令! 绘制黄色和蓝色矩形请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画?通过原子建立平面时, 所得的矩形太大,不知道如何调整到所要的大小. 答: 好像Diamond里没法加这样的矩形框, 这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的,或者不是用Diamond绘制的,比如,可以在Word 里加矩形框,然后设置透明度或许可以. 答:在Diamond里加平面是很大,因为平面是无限延伸的,像这种有限的平面实际是些多面体,通过共面的点建立的,像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况,就是这么做出来的,你可以尝试一下. 答:不错,用加多面体的方法,借助哑原子可以做的. 第 4 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 14. Diamond结构图寻求完美的颜色对比见识一下各位高手所作的MS 或Diamond做晶体的结构图,主要想参照一下颜色搭配! 答:在polyhedra designs 和atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀. 第5 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 15. 如何去掉Diamond中画的图Diamond背景字样求助Diamond中画的图copy到word中总有Diamond背景字样,如何去掉呀? 答:你用的那个版本没有破解. 16. 溶剂水没加氢如何画氢键我最近想画个氢键堆积图, 可是溶剂水没加氢, diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢用键显示不出来,求助高手我应该怎么办啊? 答:先加上氢了,或者你把所有的氢都删掉,直接把O-O 之间用虚线连起来就可以了. 答:不加H 直接连接O..O 键容易被审稿人质疑的.最好还是想办法加加H. . 答:给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的,然后再去固定住一般就可以的. 答:我都是参照文献的氢键数值,直接在Diamond里设定 D...A 距离然后连接. 实在想做的完美,可以在解析结构时,使用envi X 2,找出原子X 周围较为合理的H, 然后将其固定, 后者先在Diamond里找出形成氢键 D...A 的原子对, 然后在解析结构时在这两个原子之间加入Dummy,并将Dummy 定义为H,然后对H 进行固定,这样可能就合适了. 答:具体的情况很复杂,加H 的技巧很多,实在一言难尽. 17. diamond中怎么画堆积图diamond中怎么画堆积图啊?有机配体要怎么删除啊? 答:啥样的堆积图?把原子半径改大一点不行吗? 答:估计是你填充单胞不够. 18. 原子坐标图中的错误是怎么回事?怎样避免?谢谢. 答: 你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了, 不能移开一点再贴上来吗?只能帮你猜谜了,估计是原子坐标没给,因为其它地方不会提示这个错误的. 答:他好像不是从文件读入的结构信息,而是自己手动输入的,一般绘图软件都可以手动输入的. 19. 如想构造多面体请问如想构造多面体,中心原子有两个如CeVO4,中心原子为Ce 和V 以配位原子为第6 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 O 来构造两套多面体用什么办法? 答:先选中中心原子,然后在object 里选polyhedra,然后选ligand 做边,如此重复两次就能得到两个多面体. 答:一般XP 都是画配位环境图,基本上所有的图都能用Diamond做. 答:CeVO4 多面体骨架图: 20. 怎样美化diamond图实在没办法,自己对照着说明第一次画图,是LiYF4 晶体. 白钨矿型四方晶系,空间点群C6 4h-I4 1/a,晶胞参数a=5.167,c=10.794 我自己画得不知道是什么,求哪位帮帮忙啊. 第7 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 21. 22. 23. 24. 25. 26. 答:原子比例不太合适,原子小些棍粗些会比较美观;还有坐标上的箭头最好去掉然后把abc 字体改大点,不然这样的图放到文章上字会看不清楚. 画拓扑重在选择节点,看你选择什么作为结构单元,如果是选某种原子那很方便,在diamond菜单中改变这种原子之间的默认键长; 如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心,那就需要在shelx 程序中添加原子(cent/x 命令) ,然后再在diamond中改变默认键长.首先自己要了解清楚你的结构,然后选择合适的节点,有的时候从不同角度理解结构,可能会选择不同的节点. 答:画拓扑的话,做好用一下olex,可以自动简化节点. diamond保存图片时可以设置分辨率吗用diamond画图,保存图片选择tif 格式直接保存后,像素很低,感觉不清楚.diamond里可以设置,像素,分辨率,再保存吗? 答:当然可以.在layout 里设置一下,600 最好. 答:一般300 就可以了. 答: "当然可以.在layout 里设置一下,600 最好. "这个好象是对bmp 起作用. 关于diamond中氢键粗线设置问题如题,在diamond中,由build-create h-bond 产生的氢键为较细的虚线,如何把氢键设置得粗一点我试了一下, 如果在picture-bond design 设置粗细, 则氢键也会变成实线, 与其他的化学键分不开.麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式? 答:首先进入edit,选edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型,比如NO键,选中design, 通过调节radius可以调节键的粗细, 然后在fragmenta tion里输入大于1的数字线就成虚线了,我一般选4,你可以自己调节. 答:你可以全选键然后加粗,点应用,不点确定. 控制晶体的层状结构数目Diamond画单晶的结构图,把CIF 文件导入后,用grow 命令的话,晶体的层状结构会一下长很多层,用什么命令才能实现我让它长两层就长两层?我想让它长三层就长三层? 答:用对称操作一个一个加,对称操作码在platon 里面. 答; structure/fill/cell range 里面可以控制大小. 使用diamond生成氢键在使用diamond画图时, craete H-bonds 总是不成功, 没有氢键产生; 实际上存在氢键, 有哪位虫友也遇到过类似问题,帮小弟一把! 答:你设置供体和受体之间的距离了吗?先设置好氢键的距离. 答:必须有氢,否则无法craete H-bonds. Diamond里面如何选择一个分子请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子?(除了destroy 的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外) 就像xp 里面的uniq 命令那样,谢谢. 答:右键有一个"select molecule" . 如何用diamond画C-H……pai 和pai……pai 堆积如何用diamond画C-H……pai 和pai……pai 堆积,请多指教. 答:用假原子,可以完成. 答: picture 中的bond designs, 用出现复选框, Atom groups 中选择对象, style 在在and colors 中有一个fragmetation 选项,在它的旁边有一个可供选择的小箭头,按向上的箭头,选择你想要的虚线度,数字越大,虚线的长度越小. 先选定原子,在Diamond(一般是左下角)的picture 工具栏里有一个图标,中间是个第8 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 27. 28. 29. 30. 31. 棕黄色的小圆球,外面有一圈虚线,按一下那个图标试试看,应该可以. 或者在build 中的fix spere 即可. 或者click built---fill----Rectangular---Area. 怎么插入假原子请教DIAMOND里,怎么在两原子中心插入一个假原子.谢谢! 答:选定两个原子insert 就好啦,呵呵. 如何看两个原子间的距离请问用DIAMOND画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点. 答:在build 功能里,连及INSERT--bond 两个原子,右键点击即可察看. 答:tool -----measure distance,然后在分别点击你所测的两个原子,将鼠标放到一个原子上就会出现距离. 怎样在diamond里测面与面之间的距离想通过测面面之间的距离来说明π-π 堆积,可是在diamond里面怎样测啊? 答:Diamond的帮助文件里都有详细说明,自己查一下.平行平面之间的距离实际上就是点到面的距离.Diamond可以非常方便的测出,用Tools/Measure Planes etc 命令. 答:先选中一个平面中所需原子, Objects->planes-> creat plane from atoms;同样建立第二个平面.;tools->calculate->distance from planes.Diamond里面原子符号的上标怎么弄想标原子名称,而且有对称符号,如i, ii, iii之类的,请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊?谢谢! 答:可object--->text 然后打i, 加入后移动到某原子那, 比如Cd1i (i 为上标). 答:要标某原子, 点到那原子, right click, add--->label. 答:画完图后在photoshop 中处理就行. 答:点右键add: atom label;点右键edit atom label 中content 的下拉菜单,找到(individual type) ;然后在下面ndividual 对话中输入你要表达的内容,点OK 就行了. 答:我一般在微软的画图工具中进行标记. 如何用diamond画纳米空心管最近看到了一篇关于纳米管的文献, 很好奇里面的空心管是如何画出来的, 我用diamond画出了那种圆柱管,但不知道怎样把它弄成空心的,因此在这里请教一下高手了. 答:可以参考,photoshop 画空心圆第9 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 32. 33. 34. 35. 36. 用椭圆选择工具画圆,然后"描边" ,选择好描边的宽度,颜色,位置就可以了.其中, 描边的位置有居内,居中,局外三种,我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三种位置有什么区别. 但是描边的宽度大到一定像素(比如30)就不圆了.这时候的方法是,新建图层上做圆形选区,填充一个颜色,然后变换选区,删掉多余的. 具体做法:Alt+Delete 填充前景色——右键"变换选区"——Shift+Alt+鼠标拖动角部控制块,以中心为固定点等比缩小合适大小——按下Enter 键确定——按下Delete 键删除移动后的选区内容. 变换选区也可以通过按键"Alt+s+t" (Alt+s 是键盘打开"选择"菜单的方式,T是选择菜单下的"变换选区" )实现. 如果使用快捷键"Ctrl+T" ,这是"自由变换"快捷键.它是对被选中的对象进行变换, 不针对选区自身. 如果使用"Ctrl+Alt+T" ,则是对选中对象的复制并进行自由变换.这个当它出现和变换选区一样的手柄框时, 可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了, 而且是对复制的对象进行变换,也不是对该选区进行变换. 怎样去掉不合理的键有些键是不合理的键连,怎样才能去掉这些键? 答:build--->connectivity 可以改吧. 答:如果你要删除的是一类键,可以在右侧下拉框找到table of bond group,上面会有键的列表,找到你要删的一类键,右键select by group,发现图片上所有的这类键的会被选中.然后再图片上对准选中的其中一个键,右键选删除便可. 答:在buil——connectivity 里,上面是键的类型,下面的框是键长,在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉,下面的键长可以输入你认为合适的范围. 怎样在grow的时候添加上非键的原子我在用diamond的时候,在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未被增加,请问这个问题怎么解决啊? 答:grow 只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸,非键的原子当然就不会增加了. 如果要非键原子一同产生的话可以用fill 功能.diamond画图如何只长几个分子我用diamond画图,是多核的配合物,我想只长出几个分子,怎样可以实现呢,如果把一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊. 答:用GET MOLECULES 命令就可以做到. 答:你的如果不是多核应该很好画的,选中任意一个原子,按住ctrl+alt+S 就可以长出该原子附件的所有原子,叙述不大清楚,楼主试试就可以吧. 答:选中一原子--build---fixed spheres--设置数值. 如何改变背景颜色背景色是黑色怎么变成白色啊? 答:在picture-layout-background 里,也可以刚进去软件时设置. 用diamond输出黑白图因为投稿彩图收费的问题,所以我打算用黑白图画晶体,可是我只会画彩图,不知道怎么弄成黑白的,请高手指点,不胜感激! 答:这个问题很好解决.你将Diamond图片贴到Word 里后,在设置对象格式里将图片颜色设为灰度就可以了. 答:你也可以在用Diamond绘图时就把它绘成灰白的,因为原子的颜色等在Diamond第10 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦里是可以调整的. 37. 用diamond计算MOF微孔得到一个MOF,但不知道怎么算孔有多大? 答:孔隙率还是孔直径?孔隙率的话用PLATON 算,孔直径的话就直接量距离再减范德华半径. 38.diamond的legend问题在diamond中如何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来而只显示图中有的原子. 答:这个没法隐藏的,不过你可以在Structure/Atomic Parameters 对话框里将你不需要的原子删除, 然后再绘图就可以了. 还有一个办法就是做好图后在Build/Atom Groups 对话框中将你计划要隐藏的原子Assign 给其它原子就可以了. 答:可以隐藏,在编辑legend 里面最下面的Select 里,将需要隐藏的原子勾掉就可以了. 答:把鼠标放在legend 上面.点右键,弹出对话框,在display 前的筐子里的钩子去掉即可. 第11 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 39. 请问怎样在diamond里面看配位数我的理解是这样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在diamond里面,做配位多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最大距离,这样一来配位多面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办? 答:你应该现在Build/Connectivity 调整键长,然后再做多面体就可以了. 答:这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了,一般的金属(如主族金属,过渡金属,稀土金属)与常见的配位原子(O 和N)之间的键长都不超过3.0.有的文章即使报道超过3.0 的也不称之为键长, 而是叫做弱作用. 这种弱作用也可以参与多面体的形成.个人意见,仅供参考. 40. Diamond 3 里面如何画示意箭头Diamond 3 里面如何画示意箭头答:我都是先画好图再在PPT 里加的. 答:画好后,转为 .tif 文件后用画图软件添加. 41. Diamond中晶胞的白线如何去除Diamond中晶胞的白线如何去除答:Build/Destroy/All Cell Edges. 答:可以在快截菜单栏点那个X,然后选择cell edge. 42. 求助-如何在diamond中画C-H...π相互作用图急求助高手指点,如何在diamond中画C-H...π相互作用图啊,非常感谢! 答: 你先找到芳香环的中心并给出一个dummy,然后连接H 与dummy, 再把dummy 设置为invisible 就行了. 43. diamond和XP画图及处理图片问题用diamond和Xp画图画完图后,大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的?我们是画完图后存成.bmp格式(diamond画图时) ,然后用HyperSnap-DX 5(一种截图软件) 将图片截出来,再直接复制到word文档中,可是这样处理的图像虽然看起来很清楚, 但是打印出来的图像质量很不好(虚) ,请教一下高手,怎么处理才能使打印出来的图像不虚? 答:diamond可以调分辨率的同时我们一般保存为tif 不要bmp 不知道别人如何. 答:直接在pdf 中截图贴进word 也可以啊.要看杂志的,有的杂志要求你提供pdf, 有的是ps,tif,bmp 等不同的. 44. diamond里面的坐标我的diamond里面的坐标看不见了, 我设置好的为什么看不见呢, objects——coordination system,但是还是看不见无论是在边上还是在中心,都看不见,郁闷. 答:在objects-coordination system 里面将X, Y 的值改一下,可能会找到. 第12 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 45. 讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的,这个不太明白啊.大家来讨论一下吧!例如我的一个晶体数据用XP画时,显示高氯酸根中的氧原子与Cu之间有虚线连接(即弱的相互作用) ,而用Mercury看时高氯酸根中的氧原子与Cu则是之间连接了起来,当用Diamond画时单核的Cu则由高氯酸根中的氧原子连接成了一维的链,到底以哪一为准啊? 答:看一下距离吧~和经典键长对比下个人觉得以xp 为准. 答: 主要是设置的键长不同画出来的结构就不同看一下Cu 与O 之间的距离再与经典键长比较看是否成键. 答:diamond的键长也是设置的,在编辑(edit)中就可以随意设置,你所说的问题是diamond默认的. 第13 页共13 页

工科软件宝典

嘿，大家好，这是我的小木虫论坛邀请好友链接： https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/bbs/index.php?friend=1014881 希望大家多多支持，邀请好友能得金币！ 小木虫论坛是国内学术科研第一论坛，你的许多问题在里面都往往能找到答案！ Science.General通用科学工具软件 CAD计算机辅助设计 CAE计算机辅助工程 CAM计算机辅助制造 CFD计算流体动力学 EDA电子设计自动化（Electronic Design Automation) EFD (Engineering Fluid Dynamics 工程流体动力学), 属于CFD 软件的一个分支 FDA（Flight Data Analysis)飞行数据分析 FEA有限元分析Finite Element Analysis MCU(Micro Control Unit)中文名称为微控制单元 Others其他 Reverse.Engineering逆向工程 Virtual.Protot虚拟。。 Virtual.Reality虚拟现实，虚拟现实是利用电脑模拟产生一个三维空间的虚拟世界

CAD： 一、Product.Development.Aids 1.Cadenas Partsolutions v8.1.06 中文版(工模具三维零部件): 2.INNEO Startup TOOLS v2009 (产品开发辅助环境) 二、tools 1.AllyCAD v3.5 R12 1CD(专业CAD软件) 2.《智能工程绘图工具包》(CAD SCHROER STHENO ADVANCED V 3.1.1) 3.ITI_TRANSCENDATA_CADFIX，CADFIX能够找出并评估模型中几何以及拓扑的缺陷 4.TRANSCENDATA.CADfix 7.1-MAGNiTUDE CAD修复，它支持多种格式之间的转换 5.Transmagic.Expert.v7.0.SP2-SHooTERS 三维CAD转换软件 三、《CAD/CAE/CAM一体化软件》(DASSAULT SYSTEMES CATIA V5R18 SP6)...CATIA是法国达索飞机公司开发的高档CAD/CAM 软件 四、PTC 1.PTC.InterComm.Expert.v5. 2.F000-ZWTiSO 电子设计协同 2.ProE零件库 3.PTC.Mathcad.v1 4.0.M030 工程计算 4.《PTC PRO ENGINEER WILDFIRECAD/CAM/CAE集成软件》

小木虫软件的使用

首先将所要进行分析的数据整理成fasta格式的，整理成一个TXT文档的，然后进行clustalx比对，会生成两个文件和这两种格式的，然后打开MEGA4.0，File----convert to MEGA format----选择之前clustal生成的这个文件，按照提示点击OK，将转换好的 文件格式再次保存，file ---save –选择一个保存地点，会在你选定的保存地点生成一个， 然后关闭生成的文件，再次file---open data---选择之前存的该文件，打开后，按照默认提示选择pro or nucleotide，然后再次MEGA 主窗口中的phylogeny---bootstrap test of phylogeny---NJ—按照默认提示选择compute，系统树就建好了， 如果想对数的外部结构等等进行一系列改造，可以选择不同形状的树谱结构，然后view下面的一系列参数也是可以改变树谱本身的一些特点的，比如字体大小颜色等等 系统发育树的构建及其后期编辑

又到了研究生写毕业论文的时候了，这几天两个师妹相继让我教他们构建系统发育树。索性就做一个图文的帖子，方便大家。纯技术贴，不涉及建树序列的选择、系统发育树如何看等理论性问题。要问的话，送一句话，自己多找几篇文章看看人家怎么分析系统发育树的。 1) FASTA 格式序列文本 FASTA是最为常用的序列格式，几乎所有序列分析软件都能识别这种格式的序列。构树之前先将所选的序列都粘贴在一个txt文本文件中，然后每条序列以>开头，后面可以接序列描述性语言，比如属名，种名等。然后换行粘贴序列，序列的最后用空格结束，这就是一个FASTA格式的序列了。需要注意的一点是每条序列的名字的前10个字符不要完全相同。为了方便起见，最好将此文件放在桌面上。编辑后的序列见下图： 2) Clustal X进行多序列比对 下载此软件，解压之后直接用。解压图如下：

小木虫XRD问题集锦

小木虫XRD问题集锦
（第一期）
2006 年 10 月 1 日

小木虫荣誉出品
目录
前言 ……………………………………………………………………………………… 问题－：XRD 数据分析讨论 …………………………………………………………… 问题二：双相合金晶胞参数的测定 …………………………………………………… 问题三：很少的粉末样品怎么做粉末XRD …………………………………………… 问题五：XRD拆峰问题如何解决 ……………………………………………………… 问题六：关于XRD知识的问题 ………………………………………………………… 问题八：纳米复合物怎么测XRD ……………………………………………………… 问题九：怎样在origin中处理XRD图………………………………………………… 1 2 8 9 12 13 16 16
问题四：不同掺杂金属量的TiO2 看晶形的变化与是否将金属离子掺进去怎么做 … 11
问题七：XRD样品相组成分析…………………………………………………………… 13
问题十：XRD峰强度问题 ………………………………………………………………… 17 问题十一：样品量少能做XRD粉末衍射吗……………………………………………… 17 问题十二：4 种xrd分析软件功能优劣评比…………………………………………… 问题十四：使用XRD衍射是否可以得到某粉末中的金属含量………………………… 问题十五：如何扣除粉末XRD仪器固有半高宽………………………………………… 问题十六：用XRD测织构，样品如何制备 …………………………………………… 问题十七： 小角度XRD与介孔有序的关系 ……………………………………………… 问题十八：XRD分析时候主要看哪几个指标…………………………………………… 18 20 21 21 22 22 问题十三：用origin做好看的XRD图…………………………………………………… 19
问题十九：EDS与XRD的区别 …………………………………………………………… 23 问题二十：xrd的文本导入excle中的问题 …………………………………………… 23
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在小木虫获取金币的方法

金币，是小木虫论坛最为重要地一个元素. 使用金币，您可以在小木虫论坛更好地进行附件资源下载、文献求助、悬赏问问题、祈福、散金、送他人小红花等等功能.资料个人收集整理，勿做商业用途 可以说，不想要金币地虫子不是好虫子. 如何获得金币，是所有虫子都关心地问题. 我们针对常见地获得金币地途径进行了总结，特别提供给您： 坚持每天访问论坛领取红包 每天坚持访问小木虫论坛，就可以每天领取一次金币红包.连续天后，还可以一次性获得个金币. 另外，在特殊地日子里，我们会全论坛公告，额外派发节日红包. 领取每日红包来这里： 您也可以通过微信领取红包，每天可以领取个金币哦 微信设置向导参考这里： 首次设置自己地研究方向 成为小木虫会员后，请设置自己地研究方向，这可以让您更好地找到志同道合地学术之友.首次设置，可以获得个金币地奖励.资料个人收集整理，勿做商业用途 可以来这里设置自己地研究方向： 首次成功订阅小木虫每周邮件 小木虫会摘录每周最精彩地资源和话题，发送到您地邮箱里面.成功订阅小木虫论坛每周邮件后，阅读每期内容，都可以获得个金币地奖励.资料个人收集整理，勿做商业用途 可以来这里进行邮件地订阅： 邀请好友来小木虫论坛 复制属于自己地邀请地址，通过、、邮件，或者发到其他论坛上面，邀请好友加入小木虫. 只要有人通过自己地邀请链接访问小木虫，并注册成为小木虫地合格会员，您就可以获得个金币奖励. 来这里获取自己地邀请地址： 领取金币彩蛋 金币彩蛋会在您访问论坛地时候，随机出现.您访问论坛地时间越长，碰到金币彩蛋地概率就越大.每天最多可以获得个金币地彩蛋.资料个人收集整理，勿做商业用途 来这里查看彩蛋获取地榜单： 祈福散金贴里面快速跟帖 论坛中有大量地祈福类、散金类地帖子，这样地帖子，一般跟帖就有金币到手. 所以，要多在论坛呆着，多逛逛，看着有自动散金币地帖子，就立马跑过去捞一点吧，晚了估计就没有了.一般会得到个金币地奖励.资料个人收集整理，勿做商业用途 来这里查看热门地悬赏贴： 提供优秀地资源下载 手头有好地资源，就赶快分享给大家吧.发布主题地时候，记得选择“资源贴”类型. 别人下载后，可以对您地资源进行不同星级地评价.评价一次，您就可以获得最高个金币.一

小木虫 Diamond 软件问题集锦

小木虫Diamond软件问题集锦 1. Diamond出图时怎么设置dpi数目 我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有96dpi,但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,还是96dpi. 答: 呵呵,发现在tools 下拉菜单的option 里. 2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是 3.1d 版本. 答: 这个是在diamond中的' 原子设置中' 中选的, 具体如下: picture-------atoms design-------style and colors-------style 中选择octant 即可. 3.怎样建立氢键我这儿有一个cif 文件,一个tab 文件和两个已经用diamond作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请diamond高手用word 或pdf 写出作图过程. 答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好. 4.怎样建立单个分子 diamond一打开cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子. 答:好像最新的更新包已经改过这个bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键delete, 就ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不用画就没问题了.以上拙见,仅供参考. 答:diamond打开cif 时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步. 请教diamond画C60 遇到的问题(1)我这个C60 在画多面体的时候,中间inset 的atom 的半径在每个面上都要自己一个一个去设定radium,有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到. (2)当我把中间的dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为0 后,如果想改C60 的每个面的颜色的画,这个怎么改的? (3)最后问一下,我保存的图片中背景的diamond demonstrator 如何去掉. 另献上我第一幅diamond图,如下. 6. 7. 答:1. 可以在atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的应该是未破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒diamond中如何在螺旋链中插入一根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如何画出单,双螺旋结构? 答:插入几个哑原子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些Diamond的说明,其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的. 找到了这个文件,感谢原作者Crystalsnet,我把它上传到纳米盘,你自己下载下来看看就知道怎么做了. 答:在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这两个原子间成建,设置一下键参数就可以了! 答:具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的中心位置,分别insert atoms , 再连接心连接, insert bond, 在按你的意思edit the bond. 如何去掉M-C,M-H 连接打开一个晶体数据后,在connectivity 中把M-C,M-H 去掉后.再点complete fragments 第3 页共13 页

期刊心得小木虫

国内部分理工科核心期刊投稿心得 开心快乐abcd收录日期: 2010-04-08发布日期: 2010-03-28 1、【杂志名称】计算机应用研究 【杂志文章包含专业】建模，仿真，网络，人工智能，比较杂。 【投稿联系方式】http: 【投稿费用】250元/页 【杂志级别】国家一级期刊，全国中文核心期刊 【稿酬回报】无 【投稿感受】增刊录用率始终保持在100%，想上增刊，交钱就行（250元/页），正刊录用与否与文章质量关系不 太密切，有基金可能好点。无审稿费，1~2月就知道结果了！不过该刊物许多高校不认可，不承认它是核心期刊。 2、【杂志名称】火力与指挥控制 【杂志文章包含专业】武器装备方面建模，仿真，评估等。主要针对军工方面文章。 【投稿费用】版面费600元，审稿费50元。如果稿件质量高，免版面费。 【杂志级别】中文核心期刊，科技论文统计源期刊。 【稿酬回报】有，但不多，百十来元吧。

【投稿感受】录用率较高，70％左右，审稿周期2个月，发表周期1年左右。编辑态度较好。 【其他】如果忙着毕业，或评职称，可以投。 3、【杂志名称】系统仿真学报 【杂志文章包含专业】建模，仿真，计算机技术，网络，评估等。内容较杂。 【投稿费用】版面费1200元左右，审稿费150元(中文)。 【杂志级别】中文核心期刊，EI统计源期刊。 【稿酬回报】有，但不多，百十来元吧。 【投稿感受】录用率不高20％左右，审稿周期2个月，发表周期 1."3年左右。编辑态度较好。论文要求仿真结果。【其他】2005年，论文被EI检索率90％以上。 4、【杂志名称】《宇航学报》 【杂志文章包含专业】飞行理论、航天飞行器系统、导弹系统、空气动力学、测量与信息传输、制导与控制、飞 行器能源、遥感飞行器设计与制造、惯性技术、推进技术、计算机应用、材料与工艺、发射工程、结构强度、目 标与环境、计量与测试、质量与可靠性等。 【投稿联系方式】yhxbbjb@ 【投稿费用】审稿费80元，版面费1100左右

Diamond晶体软件问题集锦

小木虫Diamond软件问题集锦 晶体版版主yanhualover 2010年6月13日

1.Diamond出图时怎么设置dpi数目 我在使用Diamond出图时分辨率并不算小，可是编辑说我的图只有96dpi，但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置？ 答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap，然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以。如果是JPG格式，还是96dpi. 答: 呵呵，发现在tools下拉菜单的option里. 2.Diamond椭球图阴影画图 如图中所示，怎么画出每个椭球中的阴影部分？我用的是3.1d版本. 答:这个是在diamond中的'原子设置中'中选的，具体如下：picture-------atoms design-------style and colors-------style中选择octant即可。 3.怎样建立氢键 我这儿有一个cif文件，一个tab文件和两个已经用diamond作好的图，但不知道这两个图是怎么画出来的，想知道作图过程，请diamond高手用word或pdf写出作图过程。

答：没什么技术含量的吧，堆积一下，删掉多余的原子，创建氢键就好。 4.怎样建立单个分子 diamond一打开cif，就是堆积图，怎么才能显示一个分子。 答：好像最新的更新包已经改过这个bug了。但是因为没有对应的破解程序，所以俺还是用以前的3.0，经常遇到这个问题。如果你的分子间没有作用，即：没有乱七八糟的键连在一起，选中一个原子，然后，ctrol+M, 选中一个分子，然后，反选，即选中除该分子之外的所有分子，然后一键 delete, 就ok了。如果分子连成片，就删吧。 对于非中心分子，即含反离子的分子结构要小心，不要把反离子漏掉了。当然，如果不用画就没问题了。以上拙见，仅供参考。 答：diamond打开cif时选“建立单个分子”，然后点完成，不要点下一步。 5.请教diamond画C60遇到的问题 （1）我这个C60在画多面体的时候，中间inset 的atom的半径在每个面上都要自己一个一个去设定radium，有没有同类原子半径一起设置的？里面没有找到。 （2）当我把中间的 dummy原子（就是为了画多面体的时候新加入的）的半径设为0后，如果想改C60的每个面的颜色的画，这个怎么改的？ （3）最后问一下，我保存的图片中背景的 diamond demonstrator 如何去掉。 另献上我第一幅diamond图，如下。 答：1. 可以在atom设置里找到假原子直接设置2. 以假原子为中心画多面体3. 你用的应该是未破解版本。 6.diamond中如何在螺旋链中插入一根棒 diamond中如何在螺旋链中插入一根棒，以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构，如何画出单，双螺旋结构？ 答：插入几个哑原子，然后连键，进行一些设置就可以了。前段时间有人传了一些Diamond的说明，其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的。 找到了这个文件，感谢原作者Crystalsnet，我把它上传到纳米盘，你自己下载下来看看就知道怎么做了。 答：在孔道两侧虚拟两个原子，然后在这两个原子间成建，设置一下键参数就可以了！ 答：具体说，选择两端的几个院子，再找这几个的中心位置，分别insert atoms , 再连接心连接， insert bond, 在按你的意思edit the bond。 7.如何去掉M-C,M-H连接 打开一个晶体数据后，在connectivity中把M-C,M-H去掉后。再点complete fragments

Intel Visual Fortran安装+使用详细讲解教学文案

I n t e l V i s u a l F o r t r a n安装+使用 详细讲解

Intel Visual Fortran安装+使用详细讲解 好久都没有用Fortran了，这两周由于帮老师做事，就写了两个插值程序。刚刚去论坛里面搜了一下关于IVF的帖子，发现不是很多，个人感觉某些不怎么详细，从我第一次接触IVF已经有三年了，下面我就把我对于IVF的认识和理解跟大家分享咯，求各位同仁不喜勿喷... 简介:Intel Visual Fortran(IVF)和Compaq Visual Fortran(CVF)类似，都是用来编写Fortran语言的一个编译器，IVF看名字就知道，它是由Intel公司开发，而CVF则是由HP公司开发，之前看到一个帖子说，HP公司的CVF开发团队加盟到了Intel公司，或者可以说Intel公司收购了HP公司的这个团队，而 CVF6.6从2006年开始就不再开发新的CVF系列版本了，这么多年以来CVF 也确实没有6.7、6.8......之后的版本出现，转而出现的确实IVF2010， IVF2011,IVF2013的新版本的出现。这就说明IVF是以后的主流趋势，而CVF 只能成为我们的回忆，值得一提的是，IVF肯定是在CVF的基础上发展起来的，因此我们用到IVF的时候，会有一种熟悉的感觉。 Q1：为什么要用Intel Visual Fortran？ 我第一次接触到IVF是当时我的电脑(Win7)不能正常使用CVF版本，会出现各种意想不到的问题(反正我是遇到过得，搞得编程的心情都没有了)，论坛里面也有一些什么破解的方法，都不管用，于是就在“小木虫”论坛里面看到了IVF，到目前为止，我用IVF在Win7的32位和64位的电脑上没有出现任何不兼容的问题（CVF是不支持64位机子的）。我自己的理解是新版本的出现，先不从稳定不稳定来说，肯定是有它的优势所在，Fortran标准的版本也在逐步的

三元相图软件安装与使用指南

三元相图软件安装与使用指南 日前，我在小木虫网站上传了二元合金相图软件和三元相图软件，有部分虫友反映三元相图软件的安装与使用有些问题，因此，我制作了本指南，希望能对广大虫友有所帮助。 本人电脑系统：Windows xp sp3， Vista和Windows 7系统可能无法兼容此软件。 一、三元相图软件安状 1．将下载到的三元相图软件解压到非系统盘（如：D:\）下，打开文件夹“三元相图软件”，运行SETUP．EXE文件，出现如下界面： 点击“Continue”，出现如下界面：

输入一个用户名，单位名可不输。然后“确认”，知道出现如下界面： 点击“OK”后出现如下界面： 点击电脑图标（如图示），进入如下界面：

直接“Continue”，出现如下界面： 点击“OK”，软件到此安装完毕。

2．运行软件 点击“开始”，运行TERNARY中的Ternary Phase Diagrams，如下图： 出现如下界面（根据电脑配置，有时候也不会出现此界面） 出现这种情况是因为你的机器配置太好，内存过多造成，呵呵！ 按如下方法解决： 开始---运行---msconfig---Boot.ini---高级----MAXMEN设置为768，重起电脑。出现如下界面，打钩确认。 再次运行运行TERNARY中的Ternary Phase Diagrams，出现如下界面：

根据系统配置不同，有的在设置好运行的时候会要求输入cdkey，见压缩文件cdkey.txt文件，手动输入即可，复制不行（有时需要输入几次，若出现错误，忽略退出重新运行即可）。 点击“确认”，出现如下界面，选择“三元相图软件”文件夹中“data”文件夹在你电脑上的位置（见前面开始解压文件的位置）。确认无误后出现如下界面： 至此，软件设置完成，点击Keywords，输入相关元素符号查询即可（输一个元素符号，点击一次后面的“Search”，最后点“OK”），如下：

读取节点数据小木虫论坛

ansys结果数据提取 Sample Text 小弟，我在LS-DANY中模拟了一个波沿管道传播的过程，现在需要批量提取数据。现在知道每个节点的节点号，能够用命令流，把数据倒出来。ps我需要的是节点位移随时间的变化 使用列表变量来提取数据。 如果需要提取的节点数据不多，可以使用 GUI 操作；如果需要提取的节点数据 2楼: Originally posted by htbbzzg at 2013-05-08 18:08:41 如果你是使用的 ANSYS/Ls-Dyna，可以在时间历程后处理中通过定义变量，然后使用列表变量来提取数据。 如果需要提取的节点数据不多，可以使用 GUI 操作；如果需要提取的节点数据 很多，可以通过 APDL 编程来实现。 编程 1 选择所有要提取结果的节点，假设共 NN 个节点； 2 确定要提取结果的时间点，假设共 NT 个时间点； 3 定义一个 NT*NN 的数组，用以存放一种结果的数据； 4 对第一种要提取的结果类型提取结果如下： 对节点进行循环： 使用 *get 命令提取该节点的结果数据，并写入数组中适当的位置(具体请见帮助文件中关于 *get 命令的说明)； 对所有需要的节点提取结果数据完成后，将该数组中的结果数据写到硬盘上 (*vwrite 命令) 5 然后，对下一种结果类型重复上述操作，直到提取了所有需要的结果类 4楼: Originally posted by htbbzzg at 2013-05-09 08:45:29 没法详细讲解，给你一个大致的流程吧： 1 选择所有要提取结果的节点，假设共 NN 个节点； 2 确定要提取结果的时间点，假设共 NT 个时间点；

小木虫-Diamond-软件问题集锦教学内容

小木虫-D i a m o n d-软件问题集锦

小木虫Diamond软件问题集锦 1. Diamond出图时怎么设置dpi数目 我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有 96dpi,但杂志要求至少 600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,还是 96dpi. 答: 呵呵,发现在 tools 下拉菜单的option 里. 2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是 3.1d版本. 答 : 这个是在diamond中的 ' 原子设置中 ' 中选的 , 具体如下 : picture-------atoms design-------style and colors-------style 中选择 octant 即可. 3.怎样建立氢键我这儿有一个 cif 文件,一个 tab 文件和两个已经 用diamond作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程, 请diamond高手用 word 或 pdf 写出作图过程. 答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好. 4.怎样建立单个分子 diamond一打开 cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子. 答:好像最新的更新包已经改过这个 bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键 delete, 就 ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果

ORCA从头算电子结构程序

【分享】ORCA从头算电子结构程序 从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和相对论效应，特别着重于开壳层分子的光谱计算。可以进行几何优化计算，以及预测大量的不同理论级别的光谱参数。除了可以使用Hartree-Fock理论以外，还可以使用密度泛函理论（DFT），半经验方法，以及基于组态相互作用和耦合簇（即将加入）的高级别从头计算量子化学方法。ORCA的特点：用户友好性，易用性，效率，并行化，其它图形程序的接口，平台无关的可移植性，以及用于开壳层分子光谱参数计算的独特方法。 理论方法： 半经验的AM1，PM3，ZINDO（包括ZINDO/S，ZINDO/1，ZINDO/2），NDDO（包括NDDO/1，NDDO/2），MNDO。可以通过输入设定经验参数。 Hartree-Fock（RHF，UHF，ROHF，CASSCF）。 DFT（RDFT，UDFT，RODFT），包括大量的交换、关联泛函（HFS，LSD/LDA，VWN3，VWN5，PWLDA，BP86，BL YP，OL YP，XL YP，PBE，RPBE，REVPBE，PW91，GL YP，PWP，等），以及混合泛函（B1L YP，B3L YP，B3L YP/G，PBE0，X3L YP，O3L YP，B1P，B3P，B3PW）。 RI-DFT。 高阶的从头计算方法（MP，CI，CEPA），着重于MR-CI型的多参考方法用于基态和激发态的计算。 耦合对程序（CISD，CEPA，QCISD，CCSD）。 自旋-轨道CI程序。 基于限制活性空间和完全活性空间的多参考方法：MR-CI(+Q)，MR-ACPF，MR-ACPF/2，MR-ACPF/2a，MR-AQCC，MR- CEPA0，MR-MP2，MR-MP3（不推荐），MR-MP4，以及面向光谱的组态相互作用方法和耦合对方法（SORCI和SORCP）。SORCI 和SORCP是ORCA独有的多参考方法，比MRCI计算量小，比MRPT更稳定，可用于400~700个基函数的较大分子（依赖于硬件）。 常规MP2，直接MP2，和RI-MP2。 几何优化和过渡态。对于所有的SCF方法，可以用冗余内坐标计算解析梯度进行几何优化。振动频率计算。 用TDDFT、CIS、ZINDO进行单重、三重态激发能的计算，此外还支持开壳层体系（UHF/UDFT）。对于TDDFT，还可以用梯度渐进校正方法计算高激发态。 势能曲面扫描。如果TDDFT IS与此方法结合使用，可以得到激发态的势能面。 标量相对论用零阶正则近似（ZORA），无限阶正则近似（IORA），或1~5阶的Douglas-Kroll-Hess（DKH）方法处理。 用COSMO方法计算溶剂效应。 读入自定义的点电荷，可以接到其它的QM/MM程序。 基组： 内置大量Gaussian型基组。包括：Pople型基组，Dunning的相关一致基组，Turbomole的基组，用于特殊计算（极化率、EPR、NMR、过渡金属）的基组，库仑拟合辅助基组，关联计算辅助基组。 ORCA还可以使用STO基组（尚未包含在此发布版中）。 布居、特性分析等： Mulliken，L?wdin和Mayer分析。

Intel Visual Fortran安装+使用详细讲解

Intel Visual Fortran安装+使用详细讲解 好久都没有用Fortran了，这两周由于帮老师做事，就写了两个插值程序。刚刚去论坛里面搜了一下关于IVF的帖子，发现不是很多，个人感觉某些不怎么详细，从我第一次接触IVF 已经有三年了，下面我就把我对于IVF的认识和理解跟大家分享咯，求各位同仁不喜勿喷... 简介:Intel Visual Fortran(IVF)和Compaq Visual Fortran(CVF)类似，都是用来编写Fortran语言的一个编译器，IVF看名字就知道，它是由Intel公司开发，而CVF则是由HP公司开发，之前看到一个帖子说，HP公司的CVF开发团队加盟到了Intel公司，或者可以说Intel公司收购了HP公司的这个团队，而CVF6.6从2006年开始就不再开发新的CVF系列版本了，这么多年以来CVF也确实没有 6.7、6.8......之后的版本出现，转而出现的确实IVF2010，IVF2011,IVF2013的新版本的出现。这就说明IVF是以后的主流趋势，而CVF只能成为我们的回忆，值得一提的是，IVF肯定是在CVF的基础上发展起来的，因此我们用到IVF的时候，会有一种熟悉的感觉。 Q1：为什么要用Intel Visual Fortran？ 我第一次接触到IVF是当时我的电脑(Win7)不能正常使用CVF版本，会出现各种意想不到的问题(反正我是遇到过得，搞得编程的心情都没有了)，论坛里面也有一些什么破解的方法，都不管用，于是就在“小木虫”论坛里面看到了IVF，到目前为止，我用IVF在Win7的32位和64位的电脑上没有出现任何不兼容的问题（CVF是不支持64位机子的）。我自己的理解是新版本的出现，先不从稳定不稳定来说，肯定是有它的优势所在，Fortran标准的版本也在逐步的修改，比如将面向对象这些加入进来，以前版本的编辑器或许就不能支持了。因此，用IVF编写Fortran程序是一种与时俱进的趋势。 Q2：如何获取Intel Visual Fortran？ 在百度或者家园论坛里面搜一下就会有很多相关下载的帖子，我自己也搜集了一些，下面就把我目前用到的版本给大家分享 https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,poser.XE.2011.5.221.ISO-TBE.iso 链接:https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/s/1pJiB7iN提取密码:5p02 Intel_Visual_Fortran_XE2011.lic链接:https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/s/1bnH5Uyz提取密码:ady4 第一个是IVF的安装包 第二个就是IVF的licence文件（在安装过程中需要用到） Q3：如何在电脑中安装Intel Visual Fortran？ （建议电脑是XP系统的坛友，还是用CVF，电脑是Win7/8的坛友就可以安装IVF） IVF的安装比CVF的安装稍微麻烦一点的就是在安装过程这一步，在安装上面下载的IVF 安装包之前，需要提前安装一个东西，那就是Microsoft Visual Studio ****(VS)这个集成开发环境(IDE)，可以简单的理解为，IVF就是VS里面的一个用于编写Fortran的插件，下面我也提供一个我的VS2010版本的下载。(市场上最新的是VS2013) Visual Studio 2010 简体中文专业版（MSDN原版下载内置KEY）.iso 链接:https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/s/1kTsnilh提取密码:w7yv 因此，安装IVF的步骤就是：首先在电脑上安装VS，然后再安装IVF。千万不要将顺序弄

小木虫文献管理软件endnote问题总结

使用Endnote和word链接时常出的问题及解决办法 经常在使用在endnote中，遇到一些麻烦，到网上找原因啊，最后卸载重装，还是不行，浪费了很多时间，现介绍几点常见的问题： 1 重装后word里边endnote不见了 解决办法1：打开WORD,选择菜单栏“工具”，再选择“自定义”，打开后在“endnote”选项前打钩。然后就可以看到了 解决办法2：如果说找不到word里面的endnote插件了，工具栏菜单里也找不到，那就在endnote安装目录里找到EN8Cwyw.dot/EN8Cwyw.WordXP.wll这2个文件，copy到C:\Documents and Settings\你的用户名\Application Data\Microsoft\Word\STARTUP，重启一下word，这样endnote插件就在word 中出现了。 2 Endnote管理的文献在word中乱套 解决办法1：在word中，选择菜单工具-选项-视图取消勾选域代码就可以了 3 使用过程中不知名的问题导致Word自动禁用了Endnote工具条。 解决办法1：启动了Word，点“帮助”－“关于Microsoft Office Word”，点击“禁用项目”，选取带有Endnote字样的列表项，启用！重启Word，问题解决！ 4 一般杂志社要求参考文献中期刊显示缩写，但有些要求全名；但当你修改了

edit–>output style–>open style manage选项，在journal中选中了“use full jounral name”的选项，可是，每次显示还是只显示期刊的缩写，而没有期刊全名。这就要求我们自己设计一下，请看：endnote插入完整期刊名文献的完美解决！ 设计时，不必”一个杂志一个杂志的填入”，期刊的缩写和全名一次导之！！EndNote本身提供三个不同学科（医学、化学、人文科学）的期刊全文及缩写列表，就在C:\Program Files\EndNote8\Term Lists中！你可以把他们导入你的Journals term list ! 现在就按我的步骤一步步下来吧： ⒈打开你的文献库（File→Open→Open Library……）; ⒉Tools→Open Term Lists→Journals Term List; ⒊在Terms中将所有期刊列表选中（反黑）→Delete Term； ⒋在Lists中，选中Journals →Import List； ⒌ 选择C:\Program Files\EndNote8\Term Lists，看到Medical.txt(医学类杂志)并选中后，按“打开”，EndNote自动导入，（⒋和⒌这两步重复进行可把 Chemical.txt化学和Humanitites.txt人文科学也导入） ; ⒍现在，回到Terms可看到共导入12110个期刊（三个不同学科即医学、化学、人文科学都导入的结果，你也可任选1或2个学科导入），选中任意一个期刊→Edit Term； 怎样？期刊的全名和缩写都有，您甚至可在此修改期刊的缩写，满足投稿的需要! 注意：你如果有多个数据库，则每个数据库都要如此设计一次！

你常要用到的生物科研软件(从科研到发文章)

你常要用到的生物科研软件（从科研到发文章） 本文来自小木虫网站 1.文献管理与分析： EndNote X1，文献管理软件，平时方便论文管理，写文章的时候插入文献也是相当的方便； RefViz 2.1，文献分析软件，与EndNote结合使用，分析文献，可以省掉大把自己看自己归纳的时间； ReferenceManager似乎很久没有更新了，Thomoson看来以后可能只管EndNote 了。 2.分子生物学综合软件： Vector NTI 10.3，分子生物学的综合软件，什么功能几乎都全了； BioEdit 7，杂七杂八的功能凑在一起的一个分子生物学软件，有些罕见的Vector NTI所没有的功能； DNAMAN 6，与Vector NTI类似的一个软件，但是图型化上做的很差，集成度和序列的管理功能比Vector NTI差的不是一点点，罕用，但有时候有些序列的格式非得要用它的样子排，没有办法； 3. 大分子二维/三维结构绘图软件： PyMol 0.99，有1.0，可惜要钱了，也没有P-J。蛋白质三维结构查看软件，神奇的就在于它可以编辑小范围内的结构； DeepViewer 3.7，PDB Viewer的换汤不换药升级版，在预测功能上有所突破，期待新版本的出现令其可与PyMol有的一拼，谁叫PyMol在Windows下开始收钱呢？为了一个PyMol装个Linux似乎还没有这样大的动力； RNADraw 1.1，RNA和DNA二级结构的分析软件，可以分析做PCR的时候的引物的二聚体，更直观一些； Accelery Insight II，Linux下的大型三维结构模拟软件，2.1 G！据称是非常强大。为了这个装个Linux似乎还说的过去。 4. 质粒绘图软件： Vector NTI和DNAMAN其实也可以画，但是不如下面这几个来的专业或方便：SimVector 4，与Primer Premier同一家公司的软件，画质粒的一个软件，效果还行，与VectorNTI画出来的风格不一样，有的杂志喜欢； WinPlas 2.7，很老的质粒绘图软件，很久没有升级了，画出来的质量非常差，可是小，比较快； Visual Cloning 3.2.4，一个界面豪华的质粒及克隆整个过程的画图软件，大而慢，选用。 5. 引物设计软件： Primer premier 5，引物设计软件，大家都用，我也用； Oligo 6.7包1，引物设计软件，大家都用，我还用，设计Fusion PCR和In-Fusion 连接的引物的时候，比Primer premier直观一些；

期刊心得小木虫

国内部分理工科核心期刊投稿心得 作者: 开心快乐abcd 收录日期: 2010-04-08 发布日期: 2010-03-28 1、【杂志名称】计算机应用研究 【杂志文章包含专业】建模，仿真，网络，人工智能，比较杂。 【投稿联系方式】https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/注册在线投稿审稿 【投稿费用】250元/页 【杂志级别】国家一级期刊，全国中文核心期刊 【稿酬回报】无 【投稿感受】增刊录用率始终保持在100%，想上增刊，交钱就行（250元/页），正刊录用与否与文章质量关系不太密切，有基金可能好点。无审稿费，1~2月就知道结果了！不过该刊物许多高校不认可，不承认它是核心期刊。 2、【杂志名称】火力与指挥控制 【杂志文章包含专业】武器装备方面建模，仿真，评估等。主要针对军工方面文章。 【投稿联系方式】hlyz@https://www.wendangku.net/doc/368474628.html, 【投稿费用】版面费600元，审稿费50元。如果稿件质量高，免版面费。 【杂志级别】中文核心期刊，科技论文统计源期刊。 【稿酬回报】有，但不多，百十来元吧。 【投稿感受】录用率较高，70％左右，审稿周期2个月，发表周期1年左右。编辑态度较好。 【其他】如果忙着毕业，或评职称，可以投。 3、【杂志名称】系统仿真学报 【杂志文章包含专业】建模，仿真，计算机技术，网络，评估等。内容较杂。 【投稿联系绞健?/font >https://www.wendangku.net/doc/368474628.html, 【投稿费用】版面费1200元左右，审稿费150元(中文)。 【杂志级别】中文核心期刊，EI统计源期刊。 【稿酬回报】有，但不多，百十来元吧。 【投稿感受】录用率不高20％左右，审稿周期2个月，发表周期1.3年左右。编辑态度较好。论文要求仿真结果。

小木虫_Origin_使用问题集锦

1. 请教怎样反读出origin曲线上全部数据点？ 如，我用10个数据点画出了一条origin曲线，并存为project的.OPJ格式。 但，现在我想利用OPJ文件从这条曲线上均匀的取出100个数据点的数值，该如何做？注：要一切都使用origin软件完成，不用其他曲线识别软件。 https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/bbs/viewthread.php?tid=1390313 Answer： ORIGIN中，在分析菜单（或统计菜单）中有插值命令，打开设置对话框，输入数据的起点和终点以及插值点的个数，OK！生成新的插值曲线和对应的数据表格。 2. origin中非线性拟合中logistic模型的疑问？ origin 中非线性拟合中的logistic模型为 y = A2 + (A1-A2)/(1 + (x/x0)^p) 其初始参数设置为 sort(x_y_curve); //smooth(x_y_curve, 2); x0 = xaty50( x_y_curve ); p = 3.0; if( yatxmin( x_y_curve ) > yatxmax( x_y_curve ) ) { A1 = max( y_data ); A2 = min( y_data ); } else { A1 = min( y_data ); A2 = max( y_data ); } 而据我看到的logistic的模型都是（自己origin中自定义的） y =A1/(1+(A1/A2-1)*exp(-k*x)) 也就是说 origin 中的logistic有4个数值需要确定，而自定义的有3个数值 从结果来看，没有太大区别，但为什么函数不一样呢？ 不是学数学，高人能否详细说明下。 https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/bbs/viewthread.php?tid=1391522 Answer: 你可以看一下这个文档，里面有数种不同形式的 logistic 模型： https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/web/packages/drc/drc.pdf 当然，这是一个 R (https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,) 包的文档，但不妨碍你看其中的公式。 R 是开源的啊，以 GPL 发布，可以从https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,上了解更多。 3. 如何用origin做出附件中的图：其中标注的三角形、方块是怎么整上去的？ https://www.wendangku.net/doc/368474628.html,/bbs/viewthread.php?tid=1393739 Answer: