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分子生物学总结完整版

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分子生物学

第一章绪论

分子生物学研究内容有哪些方面?

1、结构分子生物学;

2、基因表达的调节与控制;

3、DNA重组技术及其应用;

4、结构基因组学、功能基因组学、生物信息学、系统生物学

第二章DNA and Chromosome

1、DNA的变性:在某些理化因素作用下,DNA双链解开成两条单链的过程。

2、DNA复性:变性DNA在适当条件下,分开的两条单链分子按照碱基互补原则重新恢复天然的双螺旋构象的现象。

3、Tm(熔链温度):DNA加热变性时,紫外吸收达到最大值的一半时的温度,即DNA分子内50%的双链结构被解开成单链分子时的温度)

4、退火:热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性,称为退火

5、假基因:基因组中存在的一段与正常基因非常相似但不能表达的DNA序列。以Ψ来表示。

6、C值矛盾或C值悖论:C值的大小与生物的复杂度和进化的地位并不一致,称为C值矛盾或C值悖论(C-Value Paradox)。

7、转座:可移动因子介导的遗传物质的重排现象。

8、转座子:染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分

9、DNA二级结构的特点:1)DNA分子是由两条相互平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成;2)DNA分子中的脱氧核苷酸和磷酸交替连接,排在外侧,构成基本骨架,碱基排列在外侧;3)DNA分子表面有大沟和小沟;4)两条链间存在碱基互补,通过氢键连系,且A=T、G ≡ C(碱基互补原则);5)螺旋的螺距为3.4nm,直径为2nm,相邻两个碱基对之间的垂直距离为0.34nm,每圈螺旋包含10个碱基对;6)碱基平面与螺旋纵轴接近垂直,糖环平面接近平行

10、真核生物基因组结构:编码蛋白质或RNA的编码序列和非编码序列,包括编码区两侧的调控序列和编码序列间的间隔序列。

特点:1)真核基因组结构庞大哺乳类生物大于2X109bp;2)单顺反子(单顺反子:一个基因单独转录,一个基因一条mRNA,翻译成一条多肽链;)3)基因不连续性断裂基因(interrupted gene)、内含子(intron)、外显子(exon);4)非编码区较多,多于编码序列(9:1) 5)含有大量重复序列

11、Histon(组蛋白)特点:极端保守性、无组织特异性、氨基酸分布的不对称性、可修饰作用、富含Lys的H5

12、核小体组成:由组蛋白和200bp DNA组成

13、转座的机制:转座时发生的插入作用有一个普遍的特征,那就是受体分子中有一段很短的被称为靶序列的DNA会被复制,使插入的转座子位于两个重复的靶序列之间。

复制型转座:整个转座子被复制,所移动和转位的仅为原转座子的拷贝。

非复制型转座:原始转座子作为一个可移动的实体直接被移位。

第三章DNA Replication and repair

1、半保留复制:DNA生物合成时,母链DNA解开为两股单链,各自作为模板(template)按碱

基配对规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的DNA,一股单链从亲代完整地接受过来,另一股单链则完全从新合成。两个子细胞的DNA都和亲代DNA碱基序列一致。这种复制方式称为半保留复制。

2、复制子:生物体内能独立进行复制的单位

3、前导链:以复制叉移动的方向为标准,一条模板链的走向是3’→5’,子代链复制时以5’→3’方向连续合成,这一条链称为前导链

4、滞后链:另一条模板链的走向是5’→3’,子代链通过不连续的5ˊ-3ˊ聚合而成,称为滞后链(lagging strand)。

5、冈崎片段:滞后链的合成是一段一段的。DNA复制时,由滞后链所形成的子代DNA短链称为冈崎片段

6、端粒:是真核生物线性染色体末端的特殊结构,含物种特异性(species-specific)的DNA 重复序列。

7、逆转录:以RNA为模板, 按照RNA中的核苷酸顺序合成DNA的过程,称为反转录(reverse transcription, RT)。该过程由逆转录酶催化进行,亦称反转录

8、DNA复制的主要特征:半保留复制、双向复制、半不连续复制、保真性

9、DNA复制的几种方式:

10、DNA polymerases(DNA聚合酶)in E. Coli及其主要功能

DNA Pol Ⅳ:din B编码

DNA Pol Ⅴ:umc C, umc D编码

两者涉及DNA的错误倾向修复(error-prone repair)。当DNA受到较严重损伤时,即可诱导产生这两个酶,使修复缺乏准确性(accuracy),因而出现高突变率。高突变率虽会杀死许多细胞,但至少可以克服复制障碍,使少数突变的细胞得以存活。

11、单链DNA结合蛋白(SSB):在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整。其作用是保证被解链酶解开的单链在复制完成之前能保持单链结构。

12、常见的真核细胞DNA聚合酶及其功能

13、原核生物DNA复制的过程(课本P50-P52)

1)复制的起始:识别起始点,合成引发体:在E.coli,DnaA蛋白识别并结合ori,DnaC 协助DnaB 蛋白(解链酶, helicase)结合于ori ,DNA双链局部被打开,引物酶及其他蛋白加入,形成引发体。

形成单链:促旋酶(II型拓扑异构酶)解开DNA超螺旋,解链酶解开双链,单链结合蛋白SSB结合于处于单链状态模板链上。

合成引物:前导链的引物由RNA聚合酶合成,滞后链的引物由引发酶合成。引物提供3’-OH,复制进入延伸阶段

2)复制的延伸:按照与模板链碱基配对的原则,在DNA聚合酶III的作用下,逐个加入脱氧核糖核酸,使链延长。

DNA聚合酶的即时校读和碱基选择功能,确保复制的保真性。

由于DNA双链走向相反,DNA聚合酶只能催化核苷酸从5’→3’方向合成,前导链的复制方向与解链方向一致,可以连续复制,而另一模板链沿5’→3’方向解开,随从链(滞后链)的复制方向与解链方向相反,复制只能在模板链解开一定长度后进行,因此随从链的合成是不连续的,形成的是若干个岗崎片段。DNA聚合酶I的3’-5’核酸外切酶活性去除RNA引物。DNA聚合酶I填补DNA间隙。连接酶使相邻两个DNA片段的3’-OH末端和5’-P末端形成3’,5’磷酸二酯键。

3)复制的终止:两个复制叉的汇合点就是复制的终点。两个复制叉向前推移,在终止区相遇而停止复制,复制体解体

14、DNA复制过程中后随链的合成:后随链开始合成DNA时,需要一段RNA引物、后随链的引发过程引发体来完成引发体像火车头一样在后随链分叉的方向上前进,并在模板上断断续续地引发生成后随链的引物RNA短链,再由DNA聚合酶III作用合成DNA,直到遇到下一个引物或冈崎片段为止。由RNaseH降解RNA引物并由DNA聚合酶I将缺口补齐,再由DNA连接酶将两个冈崎片段连接在一起形成大分子DNA。

15、与原核生物相比真核生物DNA复制的特点:DNA复制发生在细胞周期的S期;

染色体DNA有多个复制起点,为多复制子;

冈崎片段长约100—200 bp。

每个复制子在染色体DNA全部复制完成前,不能再开始新一轮复制;而在快速生长的原核中,起点可以连续发动复制。真核生物快速生长时,往往采用更多的复制起点。

复制叉移动速度较原核生物慢(1/20);

真核生物线性染色体两端有端粒结构,防止染色体间的末端连接和核酸酶降解。由端粒酶负责新合成链5 端RNA引物切除后的填补,保持端粒的一定长度。

16、几种修复机制:

1)直接修复2)错配修复3)切除修复4)重组修复5)SOS修复

第四章转录

概念:模板链与编码链:DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链,称为模板链(template strand),也称作有意义链或Watson链。相对的另一股单链是编码链(coding strand),也称为反义链或Crick链。

启动子:RNA聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA序列。

终止子(terminator):提供转录终止信号的DNA序列。

终止因子(termination factor) :协助RNA聚合酶识别终止信号的辅助因子(蛋白质)。

外显子&内含子:不编码的插入序列,称内含子;编码的序列称外显子。

断裂基因:大多数真核生物基因的核苷酸顺序不全部反映到蛋白质一级结构上。基因的编码序列被不编码的插入序列分割成几段,这样的基因称为断裂基因。

RNA编辑:mRNA分子由于核苷酸的缺失、插入或置换导致序列发生了不同于模板DNA的变化,这种现象称为RNA编辑。

RNA聚合酶组成: 1)原核生物——2个α亚基、1个β亚基、1个次β亚基、1个ω亚基、1个σ亚基构成RNA聚合酶的全酶。 2)真核生物——一般有8-16个亚基,有两个分子质量超过100000的大亚基,同种生物3类聚合酶(聚合酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)有共享小亚基的倾向即有几个小亚基是3类或2类聚合酶所共有的。σ70 识别的启动子:E. coli中σ70 识别的启动子包含2个保守的核心序列-10 区和-35 区:

-10 区(TATA box, Pribnow box)

中心位于转录起始位点上游10bp处,一致序列(Consensus sequence)为T80A95T45A60A50T96, 所以称-10

区。(右下角的数字表示该碱基在这个位置出现的百分率)

功能:与RNA聚合酶紧密结合;形成开放启动子复合体;使RNA聚合酶定向转录

-35 区(Sextama box)

中心位于转录起始位点上游35bp处,一致序列为T82T84G78A65C54A45。

功能:RNA聚合酶的识别位点,为转录选择模版;-10 区和-35 区距离相当稳定,过大过小会影响转录活性

转录的基本过程:起始(initiation)、延伸(elongation)、终止(termination)。

终止子的2个类型:强终止子(内部终止子)——不依赖于ρ因子

弱终止子——依赖于ρ因子

真核生物中的三种RNA聚合酶存在部位及作用

酶位置转录产物相对活性对α-鹅膏蕈碱的敏感性

RNA聚合酶Ⅰ核仁rRNA 50-70% 不敏感

RNA聚合酶Ⅱ核质hnRNA 20-40% 敏感

RNA聚合酶Ⅲ核质tRNA 约10% 存在物种特异性

真核生物mRNA 加工

5’capping(5’加帽)

3’polyadenylation(3’加poly A尾巴)

splicing(拼接)

primary product(原初产物): hnRNA ( intron, exon)

RNA editing(编辑)

modification(修饰)

原核和真核细胞的 mRNA 的异同

同:功能相同,即通过三联密码子翻译生成蛋白质

异:1)真核细胞5'端存在帽子结构;绝大多数具有多尾巴;2)原核细胞:mRNA半衰期短;许多原核生物mRNA可能以多顺反子的形式存在;5'端无帽子结构,3’端没有或只有较短的多(A)结构

第五章翻译

密码子:在mRNA的开放阅读框架区,以每3个相邻的核苷酸为一组,代表一种氨基酸(或其他信息),这种三联体形式的核苷酸序列称为密码子。

SD序列:在各种mRNA起始AUG上游约8~13核苷酸部位,存在一段由4~9个核苷酸组成的一致序列,富含嘌呤碱基,如-AGGAGG-,称为Shine-Dalgarno序列(S-D序列),又称核糖体结合位点(ribosomal binding site, RBS)。

密码子的特点:1. 方向性(directional)2. 连续性(non-punctuated)3. 简并性(degeneracy)

4. 摆动性(wobble)

5. 通用性(universal)

起始密码子(initiation codon):AUG

终止密码子(termination codon) :UAA、UAG、UGA

tRNA的二级构象特点:三叶草型四个环一个臂

tRNA的二级结构

——三叶草形、氨基酸臂、DHU环、反密码环、额外环、TΨC环

三种RNA在蛋白质生物合成中的作用:

mRNA的功能:把DNA所携带的遗传信息,按碱基互补配对原则,抄录并传送至核糖体,用以决定其合

成蛋白质的氨基酸排列顺序。

rRNA的功能:参与组成核蛋白体,作为蛋白质生物合成的场所。

tRNA的作用:运载氨基酸:氨基酸各由其特异的tRNA携带,一种氨基酸可有几种对应的tRNA,氨基酸结合在tRNA 3ˊ-CCA的位置,结合需要A TP供能;

充当“适配器”:每种tRNA的反密码子决定了所携带的氨基酸能准确地在mRNA上对号入座。

蛋白质合成的部位、过程?

核糖体是蛋白质合成的场所。

蛋白质合成过程:①翻译的起始核糖体与mRNA结合并与氨基酰-tRNA生成起始复合物;②肽链的延伸核糖体沿mRNA5’端向3’端移动,开始从N端向C端的多肽合成;③肽链的终止及释放核糖体从mRNA 上解离准备新一轮的合成反应。

原核细胞和真核细胞在合成蛋白质的起始有什么区别?(起始因子、起始氨酰-tRNA、核糖体不同等)

原核细胞真核细胞

起始因子IF-1,IF-2,IF-3 elF-3,eIF-2B、eIF-3、eIF-6

elF-5,

起始tRNA fMet-tRNAfMet Met-tRNAMet

核糖体30S小亚基首先与mRNA模板相结合,

再与fMet-tRNAfMet结合,最后与50S

大亚基结合。

40S小亚基首先与Met-tRNAMet相结合,再与

模板mRNA结合,最后与60S大亚基结合生成

80S·mRNA·Met-tRNAMet起始复合物

翻译的特点:

真核生物原核生物遗传密码相同相同

转录与翻译不偶联,mRNA的前体要加工偶联

起始因子多、起始复杂少

mRNA 5’端:帽子,3’端:尾巴,单顺反子

5’端:Kozazk序列无需加工,多顺反子,5’端:SD序列

核糖体大而复杂简单

起始tRNA tRNAimet tRNAifmet

合成过程需ATP,起始因子多,延长因子少

(EFT1、EFT2),一种释放因子需ATP、GTP,IF1、IF2、IF3 EF-TU、EF-TS、EFG、RF1、RF2、RF3

线粒体,叶绿体独立的蛋白质合成系统

肽链延长过程

1.进位(positioning)/注册(registration):根据mRNA下一组遗传密码指导,使相应氨基酰-tRNA进入核蛋白体A位。通过延伸因子EF-Ts再生GTP,形成EF-Tu?GTP复合物重新参与下一轮循环。需要消耗GTP,并需EF-Tu、EF-Ts两种延伸因子

2. 成肽(peptide bond formation):是由转肽酶(transpeptidase)催化的肽键形成过程

3. 转位(translocation):核糖体向mRNA3’端方向移动一个密码子。需要消耗GTP,并需EF-G延伸因子

真核生物肽链合成的延长过程与原核基本相似,但有不同的反应体系和延长因子。

另外,真核细胞核蛋白体没有E位,转位时卸载的tRNA直接从P位脱落。

蛋白质合成后的加工修饰有哪些内容

翻译后加工

一级结构的修饰:

N-端Met(fMet)去除

二硫键的形成

个别氨基酸的修饰羟化作用:羟脯氨酸

羟赖氨酸

酶活性中心的磷酸化

多蛋白的加工一条合成后的多肽链经加工产生多种不同活

性的蛋白质/多肽

高级结构的修饰:

亚基的聚合HbA亚单位聚合

结合蛋白质的合成糖蛋白的合成

辅基连接辅基(辅酶)与肽链的结合

蛋白转运的2种机制:翻译中转运(cotranslational transport):蛋白质合成与跨膜运送是同时进行的。翻译后转运(posttranslational transport) :蛋白质在核糖体上合成后释放到胞质中。当它们跨膜运

送时,合成过程已完成,故称为“转译后运送”

第六章分子生物学研究法

限制性核酸内切酶:( RE)是一类核酸内切酶,能识别双链DNA分子内部的特异序列, 并裂解磷酸二酯键。

载体:指基因工程中携带外源基因进入受体细胞的运载工具,其本质是DNA复制子。

核酸分子杂交:在DNA复性过程中,如果把不同DNA单链分子放在同一溶液中,或把DNA与RNA放在一起,只要在DNA或RNA的单链分子之间有一定的碱基配对关系,就可以在不同的分子之间形成杂化双链(heteroduplex)

Southern杂交:即将DNA经限制性酶切,凝胶电泳后,再转移至膜上与标记探针杂交的一种核酸分子杂交技术。特异性,敏感性,准确性具佳。主要用于检测基因组中特定的基因和序列,也常用于鉴定克隆DNA的特殊序列。

Northern杂交::即将电泳分离后的变性RNA吸印到适当的膜上再进行分子杂交的技术。

重组DNA技术中常用的工具酶:限制性核酸内切酶、DNA聚合酶Ⅰ、逆转录酶、T4DNA连接酶、碱性磷酸酶、末端转移酶、Taq DNA聚合酶。

重组DNA技术中常用的载体:载体按功能分为

克隆载体:为使插入的外源DNA序列被扩增而特意设计的载体称为克隆载体。质粒、噬菌体、柯斯质粒载体(又称黏粒载体)、酵母人工染色体、细菌人工染色体、动物病毒DNA改造的载体(如腺病毒,腺病毒相关病毒,逆转录病毒)

表达载体:为使插入的外源DNA序列可转录翻译成多肽链而特意设计的载体称为表达载体。根据宿主细胞分为:原核表达载体、真核表达载体。

PCR的反应体系:模板DNA、特异性引物、耐热DNA聚合酶、dNTPs、Mg2+。

PCR的原理:针对目的DNA的5 -和3 -端,设计一对特异引物,在每条引物的5 -端分别加上不同的RE位点,然后以目的DNA为模板,经PCR 扩增便可得到带有引物序列的目的DNA,再用相应RE切割PCR产物,产生黏端,随后便可与带有相同黏端的线性化载体进行有效连接。

PCR的用途:(一)目的基因的克隆(二)基因突变(三)DNA和RNA的微量分析(四)DNA序列测定(五)基因突变分析

第七章原核基因表达调控

操纵子:在原核生物中受同一蛋白质调控的一个转录功能单位,由启动子(promoter )、操纵基因(operator)和结构基因(structural gene)组成。

结构基因:编码蛋白质或RNA的基因。

调节基因:产生调控蛋白,调控结构基因表达的基因。

弱化子:指原核生物操纵子中,能显著减弱或终止转录作用的一段核苷酸序列。

转录因子:包括转录激活因子和转录阻遏因子。这类调节蛋白能识别并结合转录起始位点的上游序列或远端增强子元件,通过DNA—蛋白质相互作用。

魔斑核苷酸:是细菌生长过程中在缺乏氨基酸供应时产生的一个应急产物。主要是三磷酸鸟苷(GTP)合成的四磷酸鸟苷(ppGpp)和五磷酸鸟苷(pppGpp)。主要功能是干扰RNA聚合酶与启动子结合的专一性,诱发细菌的应急反应,帮助细菌在不良环境条件下得以存活。

简述乳糖操纵子在无乳糖、添加乳糖、葡萄糖和乳糖都存在时的工作原理。

1没有乳糖,只有葡萄糖时,不产生利用乳糖的酶。

①有葡萄糖及cAMP浓度低时,CAP活性低,没有正调控。

②没有乳糖,没有半乳糖时,阻遏蛋白可与操纵序列结合,起负调控作用。由于①、②转录受抑制,不产生利用乳糖的酶。

2.有葡萄糖,又有乳糖时,不利用乳糖。

①有葡萄糖及cAMP浓度低时,CAP活性低,没有正调控。

②有乳糖,有半乳糖,阻遏蛋白不可与操纵序列结合,无负调控。由于没有正调控,转录处于低水平状态,不产生利用乳糖的酶,细菌优先利用葡萄糖。没有葡萄糖,只有乳糖时,利用乳糖。

3.没有葡萄糖,只有乳糖时,利用乳糖。

①没有葡萄糖及cAMP浓度高时, CAP活性高,有正调控。

②有乳糖,有半乳糖,阻遏蛋白不可与操纵序列结合,无负调控。转录处于高水平,利用乳糖酶大量合成。乳糖操纵子的组成和作用机制

1、乳糖操纵子的组成:大肠杆菌乳糖操纵子含Z、Y、A三个结构基因,分别编码半乳糖苷酶、透酶和半乳糖苷乙酰转移酶,此外还有一个操纵序列O,一个启动子P和一个调节基因I.

2、作用机制:

1)阻遏蛋白的负性调节:没有乳糖存在时,I基因编码的阻遏蛋白结合于操纵序列O处,乳糖操纵子处于阻遏状态,不能合成分解乳糖的三种酶;有乳糖存在时,乳糖作为诱导物诱导阻遏蛋白变构,不能结合于操纵序列,乳糖操纵子被诱导开放合成分解乳糖的三种酶.所以,乳糖操纵子的这种调控机制为可诱导的负调控. 2)CAP的正性调节:在启动子上游有CAP结合位点,当大肠杆菌从以葡萄糖为碳源的环境转变为以乳糖为碳源的环境时,cAMP浓度升高,与CAP结合,使CAP发生变构,CAP结合于乳糖操纵子启动序列附近的CAP结合位点,激活RNA聚合酶活性,促进结构基因转录,调节蛋白结合于操纵子后促进结构基因的转录,对乳糖操纵子实行正调控,加速合成分解乳糖的三种酶.

3)协调调节:乳糖操纵子中的I基因编码的阻遏蛋白的负调控与CAP的正调控两种机制,互相协调、互相制约.

色氨酸调控机制:

大肠杆菌色氨酸操纵子的转录受阻遏机制和弱化机制两种机制的控制,前者通过阻遏蛋白和操纵基因的作用控制转录的起始,后者通过前导序列形成特殊的空间结构控制转录起始后是否进行下去。

)色氨酸操纵子的可阻遏系统:在阻遏系统中,起负调控的调节基因的产物是一个无活性的阻遏蛋白,色氨酸是辅阻遏物;当色氨酸不足时,阻遏蛋白无活性,不能和操纵基因结合,色氨酸操纵子能够转录;当色氨酸充足时,阻遏蛋白和它结合而被激活,从而结合到操纵基因上,而色氨酸操纵子的操纵基因位于启动基因内,因此,活性阻遏物的结合排斥了RNA聚合酶的结合,从而抑制了结构基因的表达。

弱化子工作的原理及其生物学意义

原理:原核生物中,转录和翻译偶连。前导区的转录紧接着前导mRNA的翻译;

前导肽mRNA含2个连续的Trp密码子,其翻译对运载色氨酸的tRNA浓度敏感。如果细胞中Trp浓度很低,核糖体就会在此暂停;核糖体的暂停改变前导mRNA的二级结构,4区被转录完成时核糖体才进行到1区,前导区结构为2&3配对,不形成内在性终止子(3-4配对)结构,转录继续。如果细胞中Trp浓度高,核糖体很快通过2个连续的Trp密码子,在4区被转录之前就到达2区,3&4配对,形成内在性终止子结构,转录终止。

生物学意义:氨基酸合成中的反馈抑制。经济的原则。

细菌利用阻遏和弱化双重机制感受细胞内外Trp的变化,精确调控Trp的合成。反应灵敏。

单独的弱化作用的效率很高,其他氨基酸操纵子如His、Leu,没有阻遏蛋白,全靠弱化作用调节。效率高。提供了一条不依靠调节蛋白,只依赖RNA结构的基因表达调控途径。

科学上,把培养基中营养缺乏,蛋白质合成停止后,RNA合成也趋于停止这种现象称为严紧控制(rel+);反之则称为松散控制(rel-)。

魔斑的主要作用:

(1) ppGpp—四磷酸鸟苷(魔斑I magic spot I)

调控一些反应的效应物,主要功能是:

①抑制rRNA基因的启动子与RNA聚合酶与结合的专一性;

②抑制多数或大多数基因转录的延伸。

(2) pppGpp—五磷酸鸟苷(魔斑II magic spot II)

当细胞缺乏氨基酸时产生ppGpp,可在很大范围内做出应急反应,如抑制核糖体和其他大分子的合成,活化某些氨基酸操纵子的转录表达,抑制与氨基酸运转无关的转运系统,活化蛋白水解酶等。

与O序列结合: Lac阻遏蛋白

与P序列结合: RNA聚合酶

与CAP结合: 环一磷酸腺苷

与CAP位点结合:CAP-cAMP

第八章真核基因表达调控

基因表达:基因转录成RNA再翻译成蛋白质的过程,称基因表达。对rRNA、tRNA基因来说,其表达就是基因的转录。

管家基因:其表达产物为细胞生命活动持续需要的、必不可少,如tRNA,rRNA基因,催化能量代谢的各种酶系,三羧酸循环中各种酶系等。

沉默子:某些基因含有负性调节元件——沉默子,当其结合特异蛋白因子时,对基因转录起阻遏作用。

顺式作用元件:影响自身基因表达活性的非编码DNA序列,包括启动子、增强子和沉默子。由于它们与特定的基因连锁在一起,因此称为顺式作用元件。

反式作用因子:是指能直接或间接与顺式作用元件结合、参与转录调控的蛋白质。由于它们反式地激活或抑制另一基因的转录,故称反式作用因子。

micro RNA:是一类由内源基因编码的长度约为22 个核苷酸的非编码单链RNA 分子,它们在动植物中参与转录后基因表达调控。大多数miRNA 基因以单拷贝、多拷贝或基因簇(cluster) 的形式存在于基因组中. 信号肽:在起始密码子后,有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA区域,该氨基酸序列就被称为信号肽序列,它负责把蛋白质导引到细胞含不同膜结构的亚细胞器内。

RNA聚合酶Ⅱ基础转录所需蛋白质因子: P304

DNA结合结构域:反式作用因子中的DNA结合结构域( DB) 每一个DNA结合结构域有一个与DNA 序列相互作用的基序(motif),多数基序含有一个插入DNA大沟的片段,能识别大沟的碱基序列。

常见有:螺旋-转角-螺旋、锌指结构、亮氨酸拉链、螺旋-环-螺旋、同源异形结构域。

DNA甲基化的作用:DNA甲基化能关闭某些基因的活性,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA 甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。研究证实,CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化导致了人体1/3以上由于碱基转换而引起的遗传病。

DNA甲基化抑制基因转录的机理:DNA甲基化导致某些区域DNA构象变化,从而影响了蛋白质与DNA的相互作用,抑制了转录因子与启动区DNA的结合效率。

原核生物与真核生物基因表达在哪个层次的调控最关键?

转录水平上的调控

原核生物是通过操纵子进行调控。真核生物每个基因都有其自身的基本启动子和调节元件,单独进行转录,但在相关基因之间也存在着协同调节

基因表达调控的生物学意义是什么?

维持个体生长、发育与分化;适应环境。

现代分子生物学_复习笔记完整版.doc

现代分子生物学 复习提纲 第一章绪论 第一节分子生物学的基本含义及主要研究内容 1 分子生物学Molecular Biology的基本含义 ?广义的分子生物学:以核酸和蛋白质等生物大分子的结构及其在遗传信息和细胞信息传递中的作用为研究 对象,从分子水平阐明生命现象和生物学规律。 ?狭义的分子生物学:偏重于核酸(基因)的分子生物学,主要研究基因或DNA的复制、转录、表达和调控 等过程,也涉及与这些过程相关的蛋白质和酶的结构与功能的研究。 1.1 分子生物学的三大原则 1) 构成生物大分子的单体是相同的 2) 生物遗传信息表达的中心法则相同 3) 生物大分子单体的排列(核苷酸、氨基酸)的不同 1.3 分子生物学的研究内容 ●DNA重组技术(基因工程) ●基因的表达调控 ●生物大分子的结构和功能研究(结构分子生物学) ●基因组、功能基因组与生物信息学研究 第二节分子生物学发展简史 1 准备和酝酿阶段 ?时间:19世纪后期到20世纪50年代初。 ?确定了生物遗传的物质基础是DNA。 DNA是遗传物质的证明实验一:肺炎双球菌转化实验 DNA是遗传物质的证明实验二:噬菌体感染大肠杆菌实验 RNA也是重要的遗传物质-----烟草花叶病毒的感染和繁殖过程 2 建立和发展阶段 ?1953年Watson和Crick的DNA双螺旋结构模型作为现代分子生物学诞生的里程碑。 ?主要进展包括: ?遗传信息传递中心法则的建立 3 发展阶段 ?基因工程技术作为新的里程碑,标志着人类深入认识生命本质并能动改造生命的新时期开始。 ? 第三节分子生物学与其他学科的关系 思考 ?证明DNA是遗传物质的实验有哪些? ?分子生物学的主要研究内容。 ?列举5~10位获诺贝尔奖的科学家,简要说明其贡献。

分子生物学总结(朱玉贤版)(2020年10月整理).pdf

结合着下载的资料复习吧~~~~ 绪论 分子生物学的发展简史 Schleiden和Schwann提出“细胞学说” 孟德尔提出了“遗传因子”的概念、分离定律、独立分配规律 Miescher首次从莱茵河鲑鱼精子中分离出DNA Morgan基因存在于染色体上、连锁遗传规律 Avery证明基因就是DNA分子,提出DNA是遗传信息的载体 McClintock首次提出转座子或跳跃基因概念 Watson和Crick提出DNA双螺旋模型 Crick提出了“中心法则” Meselson与Stah用N重同位素证明了DNA复制是一种半保留复制 Jacob和Monod提出了著名的乳糖操纵子模型 Arber首次发现DNA限制性内切酶的存在 Temin和Baltimore发现在病毒中存在以RNA为模板,逆转录成DNA的逆转录酶 哪几种经典实验证明了DNA是遗传物质? (Avery等进行的肺炎双球菌转化实验、Hershey 利用放射性同位素35S和32P分别标记T2噬菌体的蛋白质外壳和DNA) 第二章染色体与DNA 第一节染色体 一、真核细胞染色体的组成 DNA:组蛋白:非组蛋白:RNA = 1:1:(1-1.5):0.05 (一)蛋白质(组蛋白、非组蛋白) (1)组蛋白:H1、H2A、H2B、H3、H4 功能:①核小体组蛋白(H2A、H2B、H3、H4)作用是将DNA分子盘绕成核小体

②不参加核小体组建的组蛋白H1,在构成核小体时起连接作用 (2)非组蛋白:包括以DNA为底物的酶、作用于组蛋白的酶、RNA聚合酶等。常见的有(HMG蛋白、DNA结合蛋白) 二、染色质 染色体:分裂期由染色质聚缩形成。 染色质:线性复合结构,间期遗传物质存在形式。 常染色质(着色浅) 具间期染色质形态特征和着色特征染色质 异染色质(着色深) 结构性异染色质兼性异染色质 (在整个细胞周期内都处于凝集状态)(特定时期处于凝集状态)三、核小体 由H2A、H2B、H3、H4各2 分子组成的八聚体和绕在八聚体外的DNA、一分 子H1组成。八聚体在中央,DNA分子盘绕在外,由此形成核心颗粒。,H1结合在核心颗粒外侧DNA双链的进出口端,如搭扣将绕在八聚体外DNA链固定,核心颗粒之间的连接部分为连接DNA。 核小体的定位对转录有促进作用

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Section A 细胞与大分子 简述复杂大分子的生物学功能及与人类健康的关系。 Section C 核酸的性质 1.DNA的超螺旋结构的特点有哪些? A 发生在闭环双链DNA分子上 B DNA双链轴线高卷曲,与简单的环状相比,连接数发生变化 C 当DNA扭曲方向与双螺旋方向相同时,DNA变得紧绷,为正超螺旋,反之变得松弛为负超螺旋。自然界几乎所有DNA分子超螺旋都为负的,因为能量最低。 2.简述核酸的性质。 A 核酸的稳定性:由于核酸中碱基对的疏水效应以及电荷偶极作用而趋于稳定 B 酸效应:在强酸和高温条件下,核酸完全水解,而在稀酸条件下,DNA的核苷键被选择性地断裂生成脱嘌呤核酸 C 碱效应:当PH超出生理范围时(7-8),碱基的互变异构态发生变化 D 化学变性:一些化学物质如尿素,甲酰胺能破坏DNA和RNA二级结构中的 而使核酸变性。 E 粘性:DNA的粘性是由其形态决定的,DNA分子细长,称为高轴比,可被机械力和超声波剪切而粘性下降。 F 浮力密度:1.7g/cm^3,因此可利用高浓度分子质量的盐溶液进行纯化和分析 G 紫外线吸收:核酸中的芳香族碱基在269nm 处有最大光吸收 H 减色性,热变性,复性。 思考题:提取细菌的质粒依据是核酸的哪些性质? 质粒是抗性基因,,在基因组或者质粒DNA中用碱提取法。 Sectio C 课前提问 1.在1.5mL的离心管中有500μL,取出10 μL稀释至1000 μL后进行检测,测得A260=0.15。 问(1):试管中的DNA浓度是多少? 问(2):如果测得A280=0.078, .A260/A280=?说明什么问题? (1)稀释前的浓度:0.15/20=0.0075 稀释后的浓度:0.0075/100=0.75ug/ml (2)0.15/0.078=1.92〉1.8,说明DNA中混有RNA样品。 2.解释以下两幅图

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一、绪论 两个经典实验 1、肺炎球菌在老鼠体内的毒性实验:先将光滑型致病菌(S型)烧煮杀活性以后、以及活的粗糙型细菌(R型)分别侵染小鼠发现这些细菌自然丧失了治病能力;当他们将经烧煮杀死的S型细菌和活的R型细菌混合再感染小鼠时,实验小鼠每次都死亡。解剖死鼠,发现有大量活的S型细菌。实验表明,死细菌DNA 进行了可遗传的转化,从而导致小鼠死亡。 2、T2噬菌体感染大肠杆菌:当细菌培养基中分别带有35S或32P标记的氨基酸或核苷酸,子代噬菌体就相应含有35S标记的蛋白质或32P标记的核酸。分别用这些噬菌体感染没有放射性标记的细菌,经过1~2个噬菌体DNA 复制周期后进行检测,子代噬菌体中几乎不含带35S标记的蛋白质,但含30%以上的32P 标记。说明在噬菌体传代过程中发挥作用的可能是DNA而不是蛋白质。 基因的概念:基因是产生一条多肽链或功能RNA分子所必需的全部核苷酸序列。

二、染色体与DNA 嘌呤嘧啶 腺嘌呤鸟嘌呤胞嘧啶尿嘧啶胸腺嘧啶 染色体 性质:1、分子结构相对稳定;2、能够自我复制,使亲、子代之间保持连续性;3、能指导蛋白质的合成,从而控制生命过程;4、能产生可遗传的变异。 组蛋白一般特性:1、进化上极端保守,特别是H3、H4;2、无组织特异性;3、肽链上氨基酸分布的不对称性;4、存在较普遍的修饰作用;5、富含赖氨酸的组蛋白H5 非组蛋白:HMG蛋白;DNA结合蛋白;A24非组蛋白

真核生物基因组DNA 真核细胞基因组最大特点是它含有大量的重复序列,而且功能DNA序列大多被不编码蛋白质的非功能蛋白质所隔开。人们把一种生物单倍体基因组DNA的总量称为C值,在真核生物中C 值一般是随着生物进化而增加的,高等生物的C 值一般大于低等动物,但某些两栖类的C值甚至比哺乳动物还大,这就是著名的C值反常现象。真核细胞DNA序列可被分为3类:不重复序列、中度重复序列、高度重复序列。 真核生物基因组的特点:1、真核生物基因组庞大,一般都远大于原核生物的基因组;2、真核基因组存在大量的的重复序列;3、真核基因组的大部分为非编码序列,占整个基因组序列的90%以上,这是真核生物与细菌和病毒之间的最主要的区别;4、真核基因组的转录产物为单顺反之;5、真核基因组是断裂基因,有内含子结构;6、真核基因组存在大量的顺式元件,包括启动子、增强子、沉默子等;7、真核基因组中存在大量的DNA多态性;8、真核基因组具有端粒结构。

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分子生物学 第一章绪论 分子生物学研究内容有哪些方面? 1、结构分子生物学; 2、基因表达的调节与控制; 3、DNA重组技术及其应用; 4、结构基因组学、功能基因组学、生物信息学、系统生物学 第二章DNA and Chromosome 1、DNA的变性:在某些理化因素作用下,DNA双链解开成两条单链的过程。 2、DNA复性:变性DNA在适当条件下,分开的两条单链分子按照碱基互补原则重新恢复天然的双螺旋构象的现象。 3、Tm(熔链温度):DNA加热变性时,紫外吸收达到最大值的一半时的温度,即DNA分子内50%的双链结构被解开成单链分子时的温度) 4、退火:热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性,称为退火 5、假基因:基因组中存在的一段与正常基因非常相似但不能表达的DNA序列。以Ψ来表示。 6、C值矛盾或C值悖论:C值的大小与生物的复杂度和进化的地位并不一致,称为C值矛盾或C值悖论(C-Value Paradox)。 7、转座:可移动因子介导的遗传物质的重排现象。 8、转座子:染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分 9、DNA二级结构的特点:1)DNA分子是由两条相互平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成;2)DNA分子中的脱氧核苷酸和磷酸交替连接,排在外侧,构成基本骨架,碱基排列在外侧;3)DNA分子表面有大沟和小沟;4)两条链间存在碱基互补,通过氢键连系,且A=T、G ≡ C(碱基互补原则);5)螺旋的螺距为3.4nm,直径为2nm,相邻两个碱基对之间的垂直距离为0.34nm,每圈螺旋包含10个碱基对;6)碱基平面与螺旋纵轴接近垂直,糖环平面接近平行 10、真核生物基因组结构:编码蛋白质或RNA的编码序列和非编码序列,包括编码区两侧的调控序列和编码序列间的间隔序列。 特点:1)真核基因组结构庞大哺乳类生物大于2X109bp;2)单顺反子(单顺反子:一个基因单独转录,一个基因一条mRNA,翻译成一条多肽链;)3)基因不连续性断裂基因(interrupted gene)、内含子(intron)、外显子(exon);4)非编码区较多,多于编码序列(9:1) 5)含有大量重复序列 11、Histon(组蛋白)特点:极端保守性、无组织特异性、氨基酸分布的不对称性、可修饰作用、富含Lys的H5 12、核小体组成:由组蛋白和200bp DNA组成 13、转座的机制:转座时发生的插入作用有一个普遍的特征,那就是受体分子中有一段很短的被称为靶序列的DNA会被复制,使插入的转座子位于两个重复的靶序列之间。 复制型转座:整个转座子被复制,所移动和转位的仅为原转座子的拷贝。 非复制型转座:原始转座子作为一个可移动的实体直接被移位。 第三章DNA Replication and repair 1、半保留复制:DNA生物合成时,母链DNA解开为两股单链,各自作为模板(template)按碱

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第一章绪论 2.写出DNA和RNA的英文全称。 答:脱氧核糖核酸(DNA, Deoxyribonucleic acid),核糖核酸(RNA, Ribonucleic acid)4.早期主要有哪些实验证实DNA是遗传物质?写出这些实验的主要步骤。 答:一,肺炎双球菌感染实验,1,R型菌落粗糙,菌体无多糖荚膜,无毒,注入小鼠体内后,小鼠不死亡。2,S型菌落光滑,菌体有多糖荚膜,有毒,注入到小鼠体内可以使小鼠患病死亡。3,用加热的方法杀死S型细菌后注入到小鼠体内,小鼠不死亡; 二,噬菌体侵染细菌的实验:1,噬菌体侵染细菌的实验过程:吸附→侵入→复制→组装→释放。2,DNA中P的含量多,蛋白质中P的含量少;蛋白质中有S而DNA中没有S,所以用放射性同位素35S标记一部分噬菌体的蛋白质,用放射性同位素32P标记另一部分噬菌体的DNA。用35P标记蛋白质的噬菌体侵染后,细菌体内无放射性,即表明噬菌体的蛋白质没有进入细菌内部;而用32P标记DNA的噬菌体侵染细菌后,细菌体内有放射性,即表明噬菌体的DNA进入了细菌体内。 三,烟草TMV的重建实验:1957年,Fraenkel-Conrat等人,将两个不同的TMV株系(S株系和HR株系)的蛋白质和RNA分别提取出来,然后相互对换,将S株系的蛋白质和HR株系的RNA,或反过来将HR株系的蛋白质和S株系的RNA放在一起,重建形成两种杂种病毒,去感染烟草叶片。 6.说出分子生物学的主要研究内容。 答:1,DNA重组技术;2,基因表达调控研究;3,生物大分子的结构功能研究----结构分子生物学;4,基因组、功能基因组与生物信息学研究。 第二章染色体与DNA 3.简述真核生物染色体的组成及组装过程 真核生物染色体除了性细胞外全是二倍体,DNA以及大量蛋白质及核膜构成的核小体是染色体结构的最基本单位。核小体的核心是由4种组蛋白(H2A、H2B、H3和H4)构成的扁球状8聚体。 蛋白质包括组蛋白与非组蛋白。组蛋白是染色体的结构蛋白,它与DNA组成核小体,含有大量赖氨酸核精氨酸。非组蛋白包括酶类与细胞分裂有关的蛋白等,他们也有可能是染色体的结构成分 由DNA和组蛋白组成的染色体纤维细丝是许多核小体连成的念珠状结构。 1.由DNA与组蛋白包装成核小体,在组蛋白H1的介导下核小体彼此连接形成直径约10nm的核小体串珠结构,这是染色质包装的一级结构。 2.在有组蛋白H1存在的情况下,由直径10nm的核小体串珠结构螺旋盘绕,每圈6个核小体,形成外径为30nm,内径10nm,螺距11nm的螺线管,这是染色质包装的二级结构。 3.由螺线管进一步螺旋化形成直径为0.4μm的圆筒状结构,称为超螺线管,这是染色

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分子生物学总结完整版 1、结构分子生物学; 2、基因表达的调节与控制; 3、DNA重组技术及其应用; 4、结构基因组学、功能基因组学、生物信息学、系统生物学 第二章DNA and Chromosome 1、DNA的变性:在某些理化因素作用下,DNA双链解开成两条单链的过程。 2、 DNA复性:变性DNA在适当条件下,分开的两条单链分子按照碱基互补原则重新恢复天然的双螺旋构象的现象。 3、 Tm(熔链温度): DNA加热变性时,紫外吸收达到最大值的一半时的温度,即DNA分子内50%的双链结构被解开成单链分子时的温度) 4、退火:热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性,称为退火 5、假基因:基因组中存在的一段与正常基因非常相似但不能表达的DNA序列。以Ψ来表示。 6、 C值矛盾或C值悖论:C值的大小与生物的复杂度和进化的地位并不一致,称为C值矛盾或C值悖论(C-Value Paradox)。 7、转座:可移动因子介导的遗传物质的重排现象。 8、转座子:染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分

9、 DNA二级结构的特点:1)DNA分子是由两条相互平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成;2)DNA分子中的脱氧核苷酸和磷酸交替连接,排在外侧,构成基本骨架,碱基排列在外侧;3)DNA分子表面有大沟和小沟;4)两条链间存在碱基互补,通过氢键连系,且A=T、G ≡ C(碱基互补原则);5)螺旋的螺距为 3、4nm,直径为2nm,相邻两个碱基对之间的垂直距离为0、34nm,每圈螺旋包含10个碱基对;6)碱基平面与螺旋纵轴接近垂直,糖环平面接近平行 10、真核生物基因组结构:编码蛋白质或RNA的编码序列和非编码序列,包括编码区两侧的调控序列和编码序列间的间隔序列。特点:1)真核基因组结构庞大哺乳类生物大于2X109bp;2)单顺反子(单顺反子:一个基因单独转录,一个基因一条mRNA,翻译成一条多肽链;)3)基因不连续性断裂基因(interrupted gene)、内含子(intron)、外显子(exon);4)非编码区较多,多于编码序列(9:1) 5)含有大量重复序列1 1、Histon(组蛋白)特点:极端保守性、无组织特异性、氨基酸分布的不对称性、可修饰作用、富含Lys的H5 12、核小体组成: 由组蛋白和200bp DNA组成 13、转座的机制:转座时发生的插入作用有一个普遍的特征,那就是受体分子中有一段很短的被称为靶序列的DNA会被复

现代分子生物学(第4版)朱玉 贤 课后思考题答案

第一章 1 简述孟德尔、摩尔根和沃森等人对分子生物学发展的主要贡献 答:孟德尔的对分子生物学的发展的主要贡献在于他通过豌豆实验,发现了遗传规律、分离规律及自由组合规律;摩尔根的主要贡献在于发现染色体的遗传机制,创立染色体遗传理论,成为现代实验生物学奠基人;沃森和克里克在1953年提出DAN反向双平行双螺旋模型。 2写出DNARNA的英文全称 答:脱氧核糖核酸(DNA, Deoxyribonucleic acid),核糖核酸(RNA, Ribonucleic acid) 3试述“有其父必有其子”的生物学本质 答:其生物学本质是基因遗传。子代的性质由遗传所得的基因决定,而基因由于遗传的作用,其基因的一半来自于父方,一般来自于母方。4早期主要有哪些实验证实DNA是遗传物质?写出这些实验的主要步骤答:一,肺炎双球菌感染实验,1,R型菌落粗糙,菌体无多糖荚膜,无毒,注入小鼠体内后,小鼠不死亡。2,S型菌落光滑,菌体有多糖荚膜,有毒,注入到小鼠体内可以使小鼠患病死亡。3,用加热的方法杀死S型细菌后注入到小鼠体内,小鼠不死亡;二,噬菌体侵染细菌的实验:1,噬菌体侵染细菌的实验过程:吸附→侵入→复制→组装→释放。2,DNA中P的含量多,蛋白质中P的含量少;蛋白质中有S而DNA中没有S,所以用放射性同位素35S标记一部分噬菌体的蛋白质,用放射性同位素32P标记另一部分噬菌体的DNA。用35P标记蛋白质的噬菌体侵染后,细菌体内无放射性,即表明噬菌体的蛋白质没有进入细菌内部;而用32P标记DNA的噬菌体侵染细菌后,细菌体内有放射性,即表明噬菌体的DNA进入了细菌体内。三,烟草TMV的重建实验:1957年,Fraenkel-Conrat等人,将两个不同的TMV株系(S株系和HR株系)的蛋白质和RNA 分别提取出来,然后相互对换,将S株系的蛋白质和HR株系的RNA,或反过来将HR株系的蛋白质和S株系的RNA放在一起,重建形成两种杂种病毒,去感染烟草叶片。 5请定义DNA重组技术和基因工程技术 答:DNA重组技术:目的是将不同的DNA片段(如某个基因或基因的一部分)按照人们的设计定向连接起来,然后在特定的受体细胞中与载体同时复制并得到表达,产生影响受体细胞的新的遗传性状。基因工程技术:是除了包含DNA重组技术外还包括其他可能是生物细胞基因结构得到改造的体系,基因工程是指技术重组DNA技术的产业化设计与应用,包括上游技术和下游技术两大组成部分。上游技术指的是基因重

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第一章、基因的结构和功能实体及基因组 1、基因定义 基因(遗传因子)是遗传的物质基础,是DNA(脱氧核糖核酸)分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列的总称,携带有遗传信息的DNA序列,是具有遗传效应的DNA分子片段,是控制性状的基本遗传单位,通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息,从而控制生物个体的性状表现。 2、DNA修复 DNA修复(DNA repairing)是细胞对DNA受损伤后的一种反应,这种反应可能使DNA结构恢复原样,重新能执行它原来的功能;但有时并非能完全消除DNA的损伤,只是使细胞能够耐受这DNA的损伤而能继续生存。也许这未能完全修复而存留下来的损伤会在适合的条件下显示出来(如细胞的癌变等),但如果细胞不具备这修复功能,就无法对付经常在发生的DNA损伤事件,就不能生存。对不同的DNA损伤,细胞可以有不同的修复反应。3、DNA损伤 DNA损伤是复制过程中发生的DNA核苷酸序列永久性改变,并导致遗传特征改变的现象。情况分为:substitutation (替换)deletion (删除)insertion (插入)exon skipping (外显子跳跃)。 DNA损伤的改变类型:a、点突变:指DNA上单一碱基的变异。嘌呤替代嘌呤(A与G之间的相互替代)、嘧啶替代嘧啶(C与T之间的替代)称为转换(transition);嘌呤变嘧啶或嘧啶变嘌呤则称为颠换(transvertion)。b、缺失:指DNA链上一个或一段核苷酸的消失。c、插入:指一个或一段核苷酸插入到DNA链中。在为蛋白质编码的序列中如缺失及插入的核苷酸数不是3的整倍数,则发生读框移动(reading frame shift),使其后所译读的氨基酸序列全部混乱,称为移码突变(frame-shift mutaion)。d、倒位或转位:(transposition)指DNA链重组使其中一段核苷酸链方向倒置、或从一处迁移到另一处。 e、双链断裂:对单倍体细胞一个双链断裂就是致死性事件。 4、同源重组 同源重组,(Homologus Recombination)是指发生在姐妹染色单体(sister chromatin) 之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合。同源重组需要一系列的蛋白质催化,如原核生物细胞内的RecA、RecBCD、RecF、RecO、RecR等;以及真核生物细胞内的Rad51、Mre11-Rad50等等。同源重组反应通常根据交叉分子或holiday 结构(Holiday Juncture Structure) 的形成和拆分分为三个阶段,即前联会体阶段、联会体形成和Holiday 结构的拆分。 a、基因敲除 基因敲除(geneknockout),是指对一个结构已知但功能未知的基因,从分子水平上设计实验,将该基因去除,或用其它顺序相近基因取代,然后从整体观察实验动物,推测相应基因的功能。这与早期生理学研究中常用的切除部分-观察整体-推测功能的三部曲思想相似。基因敲除除可中止某一基因的表达外,还包括引入新基因及引入定点突变。既可以是用突变基因或其它基因敲除相应的正常基因,也可以用正常基因敲除相应的突变基因。 b、因转移法 同源重组(homologousrecombination)是将外源基因定位导人受体细胞染色体上的方法,因为在该座位有与导人基因同源的序列,通过单一或双交换,新基因片段可替换有缺陷的基因片段,达到修正缺陷基因的目的。位点特异性重组是发生在两条DNA链特异位点上的重组,重组的发生需一段同源序列即特异性位点(又称附着点;attachmentsite,att)和位点特异性的蛋白因子即重组酶参与催化。重组酶仅能催化特异性位点间的重组,因而重组具有特异性和高度保守性。

现代分子生物学考研复习重点

现代分子生物学考研复习资料整理 第一章绪论 分子生物学:是研究核酸、蛋白质等所有生物大分子的形态、结构及其重要性、规律性和相互关系的科学 分子生物学的主要研究内容 1、DNA重组技术 2、基因表达调控研究 3、生物大分子的结构功能研究——结构分子生物学 4、基因组、功能基因组与生物信息学研究 5、DNA的复制转录和翻译 第二章染色体与DNA 半保留复制:DNA在复制过程中碱基间的氢键首先断裂,双螺旋解旋并被分开,每条链分别作为模板合成新链,产生互补的两条链。这样新形成的两个DNA分子与原来DNA分子的碱基顺序完全一样,因此,每个子代分子的一条链来自亲代DNA,另一条链则是新合成的,所以这种复制方式被称为DNA半保留复制 DNA半不连续复制:DNA双螺旋的两条链反向平行,复制时,前导链DNA的合成以5′-3′方向,随着亲本双链体的解开而连续进行复制;后随链在合成过程中,一段亲本DNA单链首先暴露出来,然后以与复制叉移动相反的方向、按照5′-3′方向合成一系列的冈崎片段,然后再把它们连接成完整的后随链,这种前导链的连续复制和后随链的不连续复制称为DNA 的半不连续复制 原核生物基因组结构特点:1、基因组很小,大多只有一条染色体2、结构简练3、存在转录单元,多顺反子4、有重叠基因 真核生物基因组的结构特点:1、真核基因组庞大,一般都远大于原核生物的基因组2、真核基因组存在大量的重复序列3、真核基因组的大部分为非编码序列,占整个基因组序列的90%以上,该特点是真核生物与细菌和病毒之间最主要区别4、真核基因组的转录产物为单顺反子5、真核基因是断裂基因,有内含子结构6、真核基因组存在大量的顺式作用元件,包括启动子、增强子,沉默子等7、真核基因组中存在大量的DNA多态性8、真核基因组具有端粒结构 DNA转座(移位)是由可移位因子介导的遗传物质重排现象 DNA转座的遗传学效应:1、转座引入插入突变2、转座产生新的基因3、转座产生的染色体畸变4、转座引起生物进化 转座子分为插入序列和复合型转座子两大类 环状DNA复制方式:θ型、滚环型和D-环型 第三章生物信息的传递(上)从DNA到RNA 转录:指拷贝出一条与DNA链序列完全相同的RNA单链的过程 启动子:是一段位于结构基因5′段上游区的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确地结合并具有转录起始的特异性 原核生物启动子结构:存在位于-10bp处的TATA区和-35bp处的TTGACA区,其是RNA聚合酶与启动子的结合位点,能与σ因子相互识别而具有很高的亲和力 终止子:是给予RNA聚合酶转录终止信号的DNA序列(促进转录终止的DNA序列) 终止子的类型:不依赖于ρ因子和依赖于ρ因子 增强子:能增强或促进转录起始的序列 增强子的特点:1、远距离效应2、无方向性3、顺式调节4、无物种和基因的特异性5、具

现代分子生物学总结

第一章、基因的结构与功能实体及基因组 1、基因定义 基因(遗传因子)就是遗传的物质基础,就是DNA(脱氧核糖核酸)分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列的总称,携带有遗传信息的DNA序列,就是具有遗传效应的DNA分子片段,就是控制性状的基本遗传单位,通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息,从而控制生物个体的性状表现。 2、DNA修复 DNA修复(DNA repairing)就是细胞对DNA受损伤后的一种反应,这种反应可能使DNA结构恢复原样,重新能执行它原来的功能;但有时并非能完全消除DNA的损伤,只就是使细胞能够耐受这DNA的损伤而能继续生存。也许这未能完全修复而存留下来的损伤会在适合的条件下显示出来(如细胞的癌变等),但如果细胞不具备这修复功能,就无法对付经常在发生的DNA 损伤事件,就不能生存。对不同的DNA损伤,细胞可以有不同的修复反应。 3、DNA损伤 DNA损伤就是复制过程中发生的DNA核苷酸序列永久性改变,并导致遗传特征改变的现象。情况分为:substitutation (替换)deletion (删除)insertion (插入)exon skipping (外显子跳跃)。DNA损伤的改变类型:a、点突变:指DNA上单一碱基的变异。嘌呤替代嘌呤(A与G之间的相互替代)、嘧啶替代嘧啶(C与T之间的替代)称为转换(transition);嘌呤变嘧啶或嘧啶变嘌呤则称为颠换(transvertion)。b、缺失:指DNA链上一个或一段核苷酸的消失。c、插入:指一个或一段核苷酸插入到DNA链中。在为蛋白质编码的序列中如缺失及插入的核苷酸数不就是3的整倍数,则发生读框移动(reading frame shift),使其后所译读的氨基酸序列全部混乱,称为移码突变(frame-shift mutaion)。d、倒位或转位:(transposition) 指DNA链重组使其中一段核苷酸链方向倒置、或从一处迁移到另一处。e、双链断裂:对单倍体细胞一个双链断裂就就是致死性事件。 4、同源重组 同源重组,(Homologus Recombination)就是指发生在姐妹染色单体(sister chromatin) 之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合。同源重组需要一系列的蛋白质催化,如原核生物细胞内的RecA、RecBCD、RecF、RecO、RecR等;以及真核生物细胞内的Rad51、Mre11-Rad50等等。同源重组反应通常根据交叉分子或holiday结构(Holiday Juncture Structure) 的形成与拆分分为三个阶段,即前联会体阶段、联会体形成与Holiday 结构的拆分。 a、基因敲除 基因敲除(geneknockout),就是指对一个结构已知但功能未知的基因,从分子水平上设计实验,将该基因去除,或用其它顺序相近基因取代,然后从整体观察实验动物,推测相应基因的功能。这与早期生理学研究中常用的切除部分-观察整体-推测功能的三部曲思想相似。基因敲除除可中止某一基因的表达外,还包括引入新基因及引入定点突变。既可以就是用突变基因或其它基因敲除相应的正常基因,也可以用正常基因敲除相应的突变基因。 b、因转移法 同源重组(homologousrecombination)就是将外源基因定位导人受体细胞染色体上的方法,因为在该座位有与导人基因同源的序列,通过单一或双交换,新基因片段可替换有缺陷的基因片段,达到修正缺陷基因的目的。位点特异性重组就是发生在两条DNA链特异位点上的重组,重组的发生需一段同源序列即特异性位点(又称附着点;attachmentsite,att)与位点特异性的蛋白因子即重组酶参与催化。重组酶仅能催化特异性位点间的重组,因而重组具有特异性与高度保守性。 5、碱基错配对修复

分子生物学实习总结

分子生物学实习总结 三天的分子生物学实习,我能认真听老师的讲解和很好的按照老师的安排完成实验。期间,接触和学习到了很多有关分子生物学实验的方法、仪器的使用、技术,而且对分子生物学实验有一个大致的了解,学习到很多以前没有接触过的知识。 这几天来做的不足的地方有: 1.预习不够充分。只是浏览了实验报告上的原理、操作等内容,并没有深入了解每一个步骤的操作会对实验有什么的作用和影响。实验失败了,不能自主找到原因。 2.实验操作过程不够细心。实验要求十分细心,严谨和专注。实验中很多细小的地方还是没有很好的注意到。 3.遇到不懂的没有及时发问。实验就是一个让我们实操的过程,一边操作一边巩固书本上的知识。过程中,遇到不明白的地方应该及时问别人活着自己翻阅资料,力求把实验弄透彻。 但是我还是有很多收获的: 1.对分子生物学实验有了了解。例如实验的基本的流程和操作,常用的方法等基础知识已经有了一定了解,对以后的实验会有一定的帮助。 2.最基本的移液枪、离心机、涡旋器等的使用还有实验中的PCR仪、电泳等有一定的认。 3.学会了严谨和细心。实验所用的材料都是比较昂贵的,而且实验只要一步错了,就得重做。所以需要非常严谨。不仅仅是分子生物学实验,其他实验也要求,所以培养这个有点对以后的实验非常有好处。 4.学会了坚持。很多次因为实验做的时间很长,大家都会很累,但是,还是要坚持,一点点累都受不了是不能把实验做好的。开始慢慢了解到做科研的人员的辛酸,长时间整天呆在实验室做实验,这需要很大的毅力。 5.把握实验机会,让自己学得更多。实验过程中,只要有实操的机会,我都会去操作。因为说和做是不一样的。而且在操作中能加深巩固知识和学得更加深入。 三天的分子生物学实习虽然很累,因为要天天去院楼,而却实验时间都比较长。但是 还是很有意义的,因为学习到很到东西,收获了很多。 老师也为我们准备了很多的材料和准备,实验才做得那么快和顺利,其实,实验室简 化了很多了,而且我们所做的实验都是已经设计好的,按照操作做就行了。如果时间和资 金允许,应该设立一些自主完成的实验,这样可以培养我们更加多的能力,开阔知识面和 拓宽思维。

分子生物学总结

分子生物学总结 1.分子生物学的三大原则 根据“序列假说”、“中心法则”这两个基本原则,分子生物学作为所有生命物质的共性学科遵循“三大原则:其一,构成生物大分子的单体是相同的。在动物、植物、微生物3大系统的所有生物物种间都具有共同的核酸语言,即构成核酸大分子的单体均是A、T(U)、C、G。所有生物物种间都具有共同的蛋白质语言,即构成蛋白质大分子的单体均是20种基本氨基酸。 其二,生物大分子单体的排列决定了不同生物性状的差异和个性特征。 其三,所有遗传信息表达的中心法是相同的。 2.简述Morgan基因论 经典基因概念:即基因是孤立的排列在染色体上的实体,是具有特定功能的,能独立发生突变和遗传交换的,“三位一体”的、最小的遗传单位。 3.简述“顺反子假说”的主要内容 顺反子理论认为:基因(即顺反子)是染色体上的一个区段,在一个顺反子内有若干个交换单位,最小的交换单位被称为交换子。在一个顺反子中有若干个突变单位,最小的

突变单位被称为突变子。在一个顺反子结构区域内,若果发生突变就会导致功能丧失,所以顺反子即基因只是一个具有特定功能的、完整的、不可分割的最小的遗传单位。 4.名词解释:等位基因、全同等位基因、非全同等位基因等位基因(allele):同一座位存在的两个不同状态的基因 全同等位基因(homoallele):在同一基因座位(locus)中,同 一突变位点(site)向不同方向 发生突变所形成的等位基因非全同等位基因(heteroallele):在同一基因座位(locus) 中,不同突变位点(site)发 生突变所形成的等位基因 5.简述DNA作为遗传物质的优点(自然选择的优势) DNA作为主要的遗传物质的优点在于: 1)储存遗传信息量大,在1kb DNA序列中,就可能编码出41000种遗传信息 2)以A / T, C / G 互补配对形成的双螺旋,结构稳定,利于复制,便于转录,可以突变以求不断进化,方便修复以求遗传稳定; 3)核糖的2’ – OH 脱氧,使其在水中的稳定性高于RNA,DNA中有T无U,消除了C突变为U带来进化中的负担

现代分子生物学朱玉贤课后习题答案

现代分子生物学(第3版)朱玉坚第二章染色体与DNA课后思考 题答案 1 染色体具有哪些作为遗传物质的特征? 1 分子结构相对稳定 2 能够自我复制,使亲子代之间保持连续性 3 能够指导蛋白质的合成,从而控制整个生命过程 4 能够产生可遗传的变异 2.什么是核小体?简述其形成过程。 由DNA和组蛋白组成的染色质纤维细丝是许多核小体连成的念珠状结构。核小体是由H2A,H2B,H3,H4各两个分子生成的八聚体和由大约200bp的DNA组成的。八聚体在中间,DNA分子盘绕在外,而H1则在核小体外面。每个核小体只有一个H1。所以,核小体中组蛋白和DNA的比例是每200bpDNA有H2A,H2B,H3,H4各两个,H1一个。用核酸酶水解核小体后产生只含146bp核心颗粒,包括组蛋白八聚体及与其结合的146bpDNA,该序列绕在核心外面形成1.75圈,每圈约80bp。由许多核小体构成了连续的染色质DNA细丝。 核小体的形成是染色体中DNA压缩的第一阶段。在核小体中DNA盘绕组蛋白八聚体核心,从而使分子收缩至原尺寸的1/7。200bpDNA完全舒展时长约68nm,却被压缩在10nm的核小体中。核小体只是DNA压缩的第一步。 核小体长链200bp→核酸酶初步处理→核小体单体200bp→核酸酶继续处理→核心颗粒146bp 3简述真核生物染色体的组成及组装过程 除了性细胞外全是二倍体是有DNA以及大量蛋白质及核膜构成核小体是染色体结构的最基本单位。核小体的核心是由4种组蛋白(H2A、H2B、H3和H4)各两个分子构成的扁球状8聚体。 蛋白质包括组蛋白与非组蛋白。组蛋白是染色体的结构蛋白,它与DNA组成核小体,含有大量赖氨酸核精氨酸。非组蛋白包括酶类与细胞分裂有关的蛋白等,他们也有可能是染色体的结构成分 由DNA和组蛋白组成的染色体纤维细丝是许多核小体连成的念珠状结构---- 1.由DNA与组蛋白包装成核小体,在组蛋白H1的介导下核小体彼此连接形成直径约10nm的核小体串珠结构,这是染色质包装的一级结构。 2.在有组蛋白H1存在的情况下,由直径10nm的核小体串珠结构螺旋盘绕,每圈6个核小体,形成外径为30nm,内径10nm,螺距11nm的螺线管,这是染色质包装的二级结构。 3.由螺线管进一步螺旋化形成直径为0.4μm的圆筒状结构,称为超螺线管,这是染色质包装的三级结构。 4.这种超螺线管进一步螺旋折叠,形成长2-10μm的染色单体,即染色质包装的四级结构。 4. 简述DNA的一,二,三级结构的特征 DNA一级结构:4种核苷酸的的连接及排列顺序,表示了该DNA分子的化学结构 DNA二级结构:指两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构 DNA三级结构:指DNA双螺旋进一步扭曲盘绕所形成的特定空间结构 5.原核生物DNA具有哪些不同于真核生物DNA的特征? 1, 结构简练原核DNA分子的绝大部分是用来编码蛋白质,只有非常小的一部分不转录,这与真核DNA的冗余现象不同。 2, 存在转录单元原核生物DNA序列中功能相关的RNA和蛋白质基因,往往丛集在基因组的一个或几个特定部位,形成功能单元或转录单元,它们可被一起转录为含多个mRNA的分子,称为多顺反子mRNA。 3, 有重叠基因重叠基因,即同一段DNA能携带两种不同蛋白质信息。主要有以下几种情况①一个基因完全在另一个基因里面②部分重叠③两个基因只有一个碱基对是重叠的 6简述DNA双螺旋结构及其在现代分子生物学发展中的意义 DNA的双螺旋结构分为右手螺旋A-DNA B-DNA 左手螺旋Z-DNA DNA的二级结构是指两条都核苷酸链反向平行

分子生物学总结

SectionA 1 三个域:真细菌,古细菌,真核生物 2 组装中的主要作用力:非共价健作用力 SectionB 1 蛋白质纯化的分析方法 2

正电荷:天冬氨酸谷氨酸 负电荷:赖氨酸精氨酸组氨酸 极性:天冬酰胺谷氨酰胺苏氨酸丝氨酸半胱氨酸 非极性:脂肪族甘氨酸丙氨酸缬氨酸亮氨酸异亮氨酸甲硫氨酸脯氨酸芳香族苯丙氨酸酪氨酸色氨酸 Cys 二硫键 Gly 无手性 Pro 亚氨基酸 芳香族氨基酸最大吸收峰280mm 3 蛋白质的一级(决定蛋白折叠及其最后的形状的最重要的因素):氨基酸脱水缩合形成肽链N端到C端共价键 二级:多肽链中空间结构邻近的肽链骨架通过氢键形成的特殊结构。 α转角 β螺旋氢键为主要作用力 三级:多肽链中的所有二级结构和其他松散肽链区域(散环结构)通过各种分子间作用力(非共价键为主),弯曲、折叠成具有特定走向的紧密球状构象。 非共价键 四级:许多蛋白分子由多条多肽链(亚基,subunits )构成。组成蛋白的各亚基以各种非共价键作用力为主,结合形成的立体空间结构即为四级结构。非共价键 4 偶极:电子云在极性共价键的两原子间不均匀分布,使共价键两端的原子分别呈现不同的电性 兼性离子:具有正电荷(碱性),又具有负电荷(酸性)的分子 双极性分子:

Section C 1核酸的光学特性: 增色性:一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力增加的现象 减色性:一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力减少的现象 Reason: 碱基环暴露在环境中的越多,对紫外的吸收力越强 Absorbance(吸收值):Nucleotide > ssDNA/RNA > dsDNA 核酸的最大吸收峰260mm(碱基有芳香环) 芳香族氨基酸最大吸收峰280mm A260/A280: 纯的dsDNA:1.8 纯的RNA:2.0 纯的Protein:0.5 2 Tm 值(熔解温度):热变性时,使得DNA双链解开一半所需要的温度。 Tm=2x(A+T) + 4x(G+C) Tm值与DNA分子的长度,及GC的含量成正比 Annealing(退火):热变性的DNA经过缓慢冷却后复性 快速冷却:Stay as ssDNA 缓慢冷却: 复性成dsDNA 3 脱氧核糖核酸与核糖核苷酸得到画法 4 支持双螺旋结构的两个实验:查戈夫规则X射线晶体衍射 5 双螺旋的内容: 双链之间的关系:DNA分子由两条链组成 双链反向平行(5’3’方向) 两链的碱基通过氢键互补配对,A:T; G:C。 双链序列反向互补 各基团排列方式:糖-磷酸骨架DNA分子排列在外; 碱基对平面相互平行,排列在DNA分子的内部。 空间结构为:右手双螺旋结构 每转一圈~10个碱基对,每一圈长度33.2A 双链螺旋中形成大沟,小沟。 6 碱对DNA的影响:高pH值对DNA的影响比低pH值的要小。 高pH 值(pH>11)会改变碱基构象,使DNA变性(双链解旋,成单链)RNA的影响:高pH值,2’羟基会攻击磷酸二酯键,使其断裂,形成2’,3’-环式磷酸二酯键,从而使RNA分子断裂 7 共价闭合环状DNA (convalently closed circular DNA, cccDNA)。即通过共价键结合形成的封闭环状DNA分子。 8 超螺旋DNA(Supercoil DNA):松弛型双链DNA进一步旋转后,再形成闭环结构时,就会形成DNA超螺旋结构 L=T+W 判断是否为超螺旋正负超螺旋 9 拓扑异构酶:暂时断裂DNA分子中一条或两条单链上的磷酸二酯键,改变DNA分子的连接数及拓扑状态。 功能:消除DNA复制和转录等过程产生的超螺旋。 细胞中,Ⅰ型酶与Ⅱ型酶的活性保持一种平衡状态。Ⅱ型酶的“使DNA超螺旋化”与

分子生物学电子版(修正版)

:小核RNA,只存在于细胞核或者核质核仁中的一类小分子量的RNA,具有独特功能并且独立存在的实体,约为70-300个核苷酸,可参与真核生物的RNA剪接。 :即干扰RNA,一类小分子量的RNA,可以高效,特意地阻断体内同源基因的表达,促使同源mRNA降解,诱使细胞表现出特定的基因缺失。 3.核酶:一类具有催化活性的核糖核酸,呈锤头状,参加RNA的剪切和降解。与RNA酶有显 着区别,它是RNA,后者是蛋白质。 4.反义RNA又称调节RNA,是指能与特定mRNA互补结合的RNA片段,即碱基序列正好与有 意义的mRNA互补的RNA分子。 5三链DNA:是在DNA双螺旋结构基础上形成的,由多聚嘧啶核苷酸或者多聚嘌呤核苷酸与 DNA双螺旋形成的。/由于双螺旋的一股轻微折叠后,该股中的碱基可与双螺旋的碱基以 Hoogsteen氢键相连如TAT、CGC、TAA、CGG。 :即RNAi干扰,siRNA高效特异地阻断体内同源基因表达,促使同源RNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型的现象。 < 7.何谓反义RNA其功能和医学意义如何答:又称为调节RNA,是指能与特定mRNA互补结合 的RNA片段,也即碱基序列与有意义的mRNA互补的RNA分子。功能:a阻断mRNA的翻 译,b抑制DNA复制和mRNA的转录,c选择性的关闭基因。意义:参与基因调控:可用于 基因治疗(病毒、肿瘤); 8什么叫做核酶如何发挥作用有何应用价值答:即一类具有催化活性的核糖核酸。主要催化 RNA的剪接反应和剪切反应。应用意义:通过设计合成特异性切割病毒以及病毒的RNA的 核酶,对病毒和肿瘤的基因治疗将发挥重要作用。 9.何谓RNAi其作用机理和应用前景如何 答::即RNAi干扰,siRNA高效特异地阻断体内同源基因表达,促使同源RNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型的现象。作用机理:分为起始阶段和效应阶段。起始阶段Dicer 酶以依赖ATP的方式切割外源性的双链RNA为小分子干扰RNA,清除病毒,阻断转座子表 达;效应阶段小分子干扰RNA结合核酶复合物形成RNA诱导活化的复合物及RISC,然后RISC 结合至mRNA转录本上并切割它,从而发挥作用。应用前景:大通量研究基因功能的工具; 基因敲除中的应用;用于基因治疗;基因表达的调控。 第二章 1移动基因:又叫转位因子(transposable elements),由于它可以在染色体基因组上移动,甚至可在不同染色体间跃迁,故又称跳跃基因(jumping gene)。 2断裂基因:真核细胞的结构基因,其核苷酸序列中含有与氨基酸编码无关的DNA间隔区段,从而被分割成不连续的若干区域。将这种编码序列不连续,有间隔区段的DNA片断称为断 裂基因 3 RNA剪接:将断裂基因的内含子删除和表达子连接并最终形成成熟mRNA的过程。 ; 4 重叠基因:不同基因的核苷酸序列有时为相邻两个基因共用,将核苷酸彼此重叠的两个基 因称为重叠基因。 5 假基因:在珠蛋白基因簇各片段核苷酸序列分析时发现,除了有正常的功能基因之外,还 有功能失活的特殊序列片段,它不能行使表达功能。该类核苷酸序列中存在的无表达功能的 畸变核苷酸序列片段。 6 卫星DNA:又称随体DNA,不编码蛋白质和转录RNA的小片段高度重复一类小片段DNA序 列,多富含GC碱基在DNA浮力密度实验中会在主峰旁形成些小峰,形似卫星分布而称之。 一般5-10bp短序列,人类为171bp,保护和稳定染色体 7 基因组:表示某物种单倍体的总DNA。对于二倍体高等生物其配子的DNA总和即为一组基 因组不同生物基因组数目不同。

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