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如何解决本地Blast建库时出现的磁盘空间不足的问题

如何解决本地Blast建库时出现的磁盘空间不足的问题

本地Blast建库时为什么会出现磁盘空间不足,该怎么解决?

你是否会疑问,为什么在建立本地比对库(local blast)时,输入代码后会报错“磁盘空间不足”(如下图),而我的磁盘明明还有几百个G,为什么会这样呢?或许有时候发现在建库时输入makeblastdb -h的建库查看命令后会出现不是内部也不是外部命令的情况。下面我们就来解决一下这些问题。

要解决以上问题中的“既不是内部也不是外部命令”的情况,我们首先要保证自己的电脑磁盘里安装的有Blast软件。如果我们电脑里没有安装此软件的话就会出现无法调用建库命令的现象。

为了解决“磁盘空间不足”问题,首先我们需要做的就是要检查一下自己电脑里所下载的Blast 的版本类型。

Blast本地化详细流程

Blast 2.4.0+本地化详细流程(基于Windows系统) 1.程序获得。从NCBI上下载Blast本地化程序,下载地址: ftp://https://www.wendangku.net/doc/413525333.html,/blast/executables/blast+/LATEST/ 64×安装版▲ 64×解压(绿色)版▲ 最好安装或解压到X盘根目录:如X:\blast,尽量简短,方便后边命令输入。 2.原始序列获得。方法1:找到转录组测序数据unigene数据库文件:unigene.fasta 或unigene.fa,若为unigene.fa则直接改后缀为.fasta即可。找到或修改后将数据库文件移动至Blast本地化程序目录“X:\blast\bin”。方法2:从NCBI中的ftp 库下载所需要库,链ftp://https://www.wendangku.net/doc/413525333.html,/blast/db/FASTA/,其中nr.gz为非冗余的数据库,nt.gz为核酸数据库,month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用WINRAR解压缩,然后用makeblastdb.exe格式化。方法3:利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载,这需要安装perl程序。 注释:上述三种方法各有优缺点,前两种下载速度较快,但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化(转化成二进制数据),第三种方法下载速度较慢,但是NCBI 中已经格式化好的,在进行本地检索时不需再进行格式化,直接用即可。 3.用文本编辑器(txt文件改名字及后缀)创建一个ncbi.ini文件,文件包含下 面内容:[NCBI]Data="C:\blast\data\" 先新建TXT文件,然后改属性,将ncbi.ini文件存放到C:\Windows 4.将Blast本地化程序目录添加路径中(该步骤非必须,但会给以后的操作带来 方便),方法: a)右击我的电脑选择属性,选择高级,点击环境变量,设置环境变量 b)系统变量中,选择Path,点击“编辑”,在变量值的后面添加Blast本地化 程序所在路径,E:\blast 点击确定,将安装路径添加到path。 5.运行MS-DOC。打开DOC窗口(点击开始,选择运行,打开的输入框中输 入“CMD”,确定),访问Blast本地化程序所在文件夹,依次输入:(1)X: 回车;(2)cd blast\bin,回车。

电脑总是提示内存磁盘空间不足快速解决方案

虚拟内存 内存在计算机中的作用很大,电脑中所有运行的程序都需要经过内存来执行,如果执行的程序很大或很多,就会导致内存消耗殆尽。为了解决这个问题,W INDOWS中运用了虚拟内存技术,即拿出一部分硬盘空间来充当内存使用,当内存占用完时,电脑就会自动调用硬盘来充当内存,以缓解内存的紧张。举一个例子来说,如果电脑只有128MB物理内存的话,当读取一个容量为200MB的文件时,就必须要用到比较大的虚拟内存,文件被内存读取之后就会先储存到虚拟内存,等待内存把文件全部储存到虚拟内存之后,跟着就会把虚拟内里储存的文件释放到原来的安装目录里了。下面,就让我们一起来看看如何对虚拟内存进行设置吧。 虚拟内存的设置 对于虚拟内存主要设置两点,即内存大小和分页位置,内存大小就是设置虚拟内存最小为多少和最大为多少;而分页位置则是设置虚拟内存应使用那个分区中的硬盘空间。对于内存大小的设置,如何得到最小值和最大值呢?你可以通过下面的方法获得:选择“开始→程序→附件→系统工具→系统监视器”(如果系统工具中没有,可以通过“添加/删除程序”中的W INDOWS安装程序进行安装)打开系统监视器,然后选择“编辑→添加项目”,在“类型”项中选择“内存管理程序”,在右侧的列表选择“交换文件大小”。这样随着你的操作,会显示出交换文件值的波动情况,你可以把经常要使用到的程序打开,然后对它们进行使用,这时查看一下系统监视器中的表现值,由于用户每次使用电脑时的情况都不尽相同,因此,最好能够通过较长时间对交换文件进行监视来找出最符合您的交换文件的数值,这样才能保证系统性能稳定以及保持在最佳的状态。 找出最合适的范围值后,在设置虚拟内存时,用鼠标右键点击“我的电脑”,选择“属性”,弹出系统属性窗口,选择“性能”标签,点击下面“虚拟内存”按钮,弹出虚拟内存设置窗口,点击“用户自己指定虚拟内存设置”单选按钮,“硬盘”选较大剩余空间的分区,然后在“最小值”和“最大值”文本框中输入合适的范围值。如果您感觉使用系统监视器来获得最大和最小值有些麻烦的话,这里完全可以选择“让W INDOWS管理虚拟内存设置”。 调整分页位置 W INDOWS 9X的虚拟内存分页位置,其实就是保存在C盘根目录下的一个虚拟内存文件(也称为交换文件)W IN386.SWP,它的存放位置可以是任何一个分区,如果系统盘C容量有限,我们可以把W IN386.SWP调到别的分区中,方法是在记事本中打开S YSTEM.INI(C:\W INDOWS下)文件,在[386E NH]小节中,将“P AGING D RIVE=C:W INDOWS W IN386.SWP”,改为其他分区的路径,如将交换文件放在D:中,则改为“P AGING D RIVE=D:W IN386.SWP”,如没有上述语句可以直接键入即可。 而对于使用W INDOWS 2000和W INDOWS XP的,可以选择“控制面板→系统→高级→性能”中的“设置→高级→更改”,打开虚拟内存设置窗口,在驱动器[卷标]中默认选择的是系统所在的分区,如果想更改到其他分区中,首先要把原先的分区设置为无分页文件,然后再选择其他分区。 或者,W IN XP一般要求物理内存在256M以上。如果你喜欢玩大型3D游戏,而内存(包括显存)又不够大,系统会经常提示说虚拟内存不够,系统会自动调整(虚拟内存设置为系统管理)。

本地blast的详细用法∷柳城

本地blast的详细用法 Posted on 03 四月 2009 by 柳城,阅读 9,626 本地blast的详细使用方法 blast all -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10 解释如下: blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字!(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助,但是英文的) -p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序,所谓子程序,就是针对不同的需要,如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对,选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸 blastp 是蛋白质对蛋白质序列等等,一共5个自程序。 -i: i 是input的简写,意思是输入文件,就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式) -d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb) -o: o是output的简写,意思是结果文件名字,这个根据你自己的习惯起名字,可以带路径,(上边两个参数-i -d 也都可以带路径) *注意以上4个参数是必须的,缺一不可,下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数,如果你不加也没有关系,blastall程序本身会给一个默认值! -a: 是指计算时要用的CPU个数,我的机器有两个CPU,所以用-a 2,这样可以并行化进行计算,提高速度,当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数,系统默认值为1,就是一个CPU -F: 是filter的简写,blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调,默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项,T/F T就是ture,真,你可以理解为打开该功能; F就是false,假,理解为关闭该功能) -T: 是HTML的简写,是指blast结果文件是否用HTML格式,默认是F!如果你想用IE看,我建议用-T T -e: 是Expectation value,期望值,默认是10,我用的10-10! BLASTALL 用法 a.格式化序列数据库 格式化序列数据库— —formatdb formatdb简单介绍: formatdb处理的都是格式为 ASN.1和FASTA,而且不论是核苷酸序列数据库,还是蛋白质序列数据库;不论是使用Blastall ,还是Blastpgp,Mega Blast应用程序,这一步都是不可少的。 formatdb命令行参数: formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示(见附录二)和介绍, 主要参数的说明:

种音频格式介绍及音质压缩比的比较

目录 前言 (1) 1. 数码音乐简介 (2) 2. WMV格式 (4) 3. MP3格式 (4) 4. WMA格式 (5) 5. Mp3Pro格式 (5) 6. MOD格式 (6) 7. RA系列 (6) 8. MD格式 (7) 9. ASF格式 (7) 10. AAC格式 (7) 11. VQF格式 (8) 12. MID格式 (8) 13. OGG格式 (9) 14. M4A格式 (9) 15. AAC+格式 (10) 16. AIFF与AU格式 (10) 17. CD格式 (11) 18. WAV格式 (11) 19. FLAC格式 (12) 20. APE格式 (13) 21. 压缩比比较: (13) 22. 音质比较: (14) 前言

在日常生活中,我们会听各种音乐,而这些音乐大多数都是以数码的形式传播的,无论是在电脑上试听或下载还是在MP3或CD机上试听。当然也会经常看到各式各类的诸如MP3、WMV、APE等格式,但你是否明白这些格式的意思呢?下面小编就为你整理了一些这方面的内容,希望能有帮助。 1.数码音乐简介 数字音源,也就是数字音频格式,最早指的是CD,CD经过压缩之后,又衍生出多种适于在随身听上播放的格式,这些压缩过的格式,我们可以分为两大类:有损压缩的和无损压缩的。这里所说的压缩,是指把PCM编码的或者是WAV格式的音频流经过特殊的压缩处理,转换成其他格式,从而达到减小文件体积的效果。有损/无损,是指经过压缩过后,新文件所保留的声音信号相对于原来的PCM/WAV 格式的信号是否有所削减。 PCM编码是Pulse Code Modulation的缩写,又叫脉冲编码调制,它是数字通信的编码方式之一,其编码主要过程是将话音、图像等模拟信号每隔一定时间进行取样,使其离散化,同时将抽样值按分层单位四舍五入取整量化,同时将抽样值按一组二进制码来表示抽样脉冲的幅值。 数码音频信号的最终形式仍然是“0/1”构成的。它们可能是任何排列和组合,比如“0001110101”或者“11100001010”。当然,组合不同,其效果当然就不一样。看到这里,应该有朋友注意到了。如果声音是用“00101010”这样的形式来记录,那最终形态岂不就是一个“点”,也就是一个简单的“开关”过程而已。声音是连续不断的,怎么能用“点”来记录呢?这样我们听到的声音不就应该是一段一段的吗?道理不难理解。回家打开日光灯,你能发现日光灯在闪吗?不能?其实日光灯的确是在不停闪烁的。看过动画片吧,那些都是用一格一格的静止的图画连接成的。一格一格的图画我们也可以简单的理解为一个一个的“点”。人对自然界的感觉是有极限的,视觉和听觉都是如此。动画片能产生连贯的动作是因为这些“点”在人的视觉未能及时做出反映的情况下让人产生的一种错觉,除了机器,人是无法把这些“点”区分开的。声音也是如此。如果声音闪动的频率很快,人也是

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍: 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST: 下面是具体操作方法 1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3,blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4,注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5,blast结果的图形显示。没啥好说的。 6,blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了,E值越小也是这样。7,blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)。加上长度的话,就有四个标准了。如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp(看上面的图),就说明比对到的序列要长一

为什么C盘越来越小,C盘空间不足的解决方法

为什么C盘越来越小,C盘空间不足的解决方法时间:2011-08-28 14:26来源:互联网作者:lucky7团队点击:43838次 Win7教程(https://www.wendangku.net/doc/413525333.html,):为什么C盘越来越小,C盘空间不足的解决方法 首先我们要知道的是,实际上Windows 7 并没有占用那么大空间,除了要包含虚拟内存等文件,也是为了保证系统使用更流畅。当然,推荐大家在安装时给C盘的分区在30G或者更高,因为现在很多朋友都是将软件安装在C盘,并且日常使用也会造成C盘容量的减少,所以有条件的话分配大一点的空间比较好。 通常我们在安装完Windows 7之后,C盘中主要会有如下几个文件夹,也是空间占用的主要来源: Program Files:应用程序文件夹,一般软件默认都会安装在这里(64位用户会多出一个Program Files (X86)文件夹,是系统中32位软件的安装目录,是正常的)ProgramData:系统文件夹,放置程序的使用数据、设置等文件,不建议删除。Windows:存放操作系统主要文件的文件夹,非常重要 用户:保存着用户的配置文件和数据,Windows 7中的“用户”文件夹其实就是XP中的Documents and Settings文件夹。 hiberfil.sys:系统的休眠功能所占用的硬盘空间的文件 pagefile.sys:虚拟内存页面文件

还有一些其他文件夹: $RECYCLE.BIN :系统文件夹,也就是的“回收站”,是不能删除的 System Volume Information:系统卷标信息文件。这个文件夹里就存储着系统还原的备份信息。 PerfLogs:Windows的日志信息文件,如磁盘扫描错误信息。PerfLogs是系统自动生成的。 MSOCache:Office的本地安装源 以上就是“C盘”中的主要文件和文件夹内容,另外在使用过程中还会出现一些其他文件,比如说可能会有以数字字母命名的文件,这个可能是Windows Update的更新临时文件夹,通常会自动删除的。 下面详细说一下Windows文件夹和用户文件夹: Windows文件夹: 这个文件夹中保存这Windows系统的主要文件,其中占用最大的文件夹为system32和winsxs。 System32:系统重要文件夹,包含大量用户Windows的文件,主要为Dll、CPL、驱动以及支持系统运行的一些文件。 Winsxs:Winsxs 是VISTA/Windows 7 的Windows 目录下一个非常重要的文件夹,该文件夹里边有很多重要的组件,版本也很复杂,为了保证Windows 的正常运行,里面的文件是不可删除的。 用户文件夹:

音频压缩

音频压缩技术指的是对原始数字音频信号流(PCM编码)运用适当的数字信号 处理技术,在不损失有用信息量,或所引入损失可忽略的条件下,降低(压缩)其码率,也称为压缩编码。它必须具有相应的逆变换,称为解压缩或解码。音频信号在通过一个编解码系统后可能引入大量的噪声和一定的失真。 、音频压缩算法的主要分类及典型代表 一般来讲,可以将音频压缩技术分为无损(lossless)压缩及有损(lossy)压缩两大类,而按照压缩方案的不同,又可将其划分为时域压缩、变换压缩、子带压缩,以及多种技术相互融合的混合压缩等等。各种不同的压缩技术,其算法的复杂程度(包括时间复杂度和空间复杂度)、音频质量、算法效率(即压缩比例),以及编解码延时等都有很大的不同。各种压缩技术的应用场合也因之而各不相同。 (1)时域压缩(或称为波形编码)技术是指直接针对音频PCM码流的样值 进行处理,通过静音检测、非线性量化、差分等手段对码流进行压缩。此类压缩技术的共同特点是算法复杂度低,声音质量一般,压缩比小(CD音质> 400kbps),编解码延时最短(相对其它技术)。此类压缩技术一般多用于语音压缩,低码率应用(源信号带宽小)的场合。时域压缩技术主要包括G.711、ADPCM、LPC、CELP,以及在这些技术上发展起来的块压扩技术如NICAM、子带ADPCM (SB-ADPCM)技术如G.721、G.722、Apt-X等。 (2)子带压缩技术是以子带编码理论为基础的一种编码方法。子带编码理论最早是由Crochiere等于1976年提出的。其基本思想是将信号分解为若干子频带内的分量之和,然后对各子带分量根据其不同的分布特性采取不同的压缩策略以降低码率。通常的子带压缩技术和下面介绍的变换压缩技术都是根据人对声音信号的感知模型(心理声学模型),通过对信号频谱的分析来决定子带样值或频域样值的量化阶数和其它参数选择的,因此又可称为感知型(Perceptual)压缩编码。这两种压缩方式相对时域压缩技术而言要复杂得多,同时编码效率、声音质量也大幅提高,编码延时相应增加。一般来讲,子带编码的复杂度要略低于变换编码,编码延时也相对较短。 由于在子带压缩技术中主要应用了心理声学中的声音掩蔽模型,因而在对信号进行压缩时引入了大量的量化噪声。然而,根据人类的听觉掩蔽曲线,在解码后,这些噪声被有用的声音信号掩蔽掉了,人耳无法察觉;同时由于子带分析的运用,各频带内的噪声将被限制在频带内,不会对其它频带的信号产生影响。因而在编码时各子带的量化阶数不同,采用了动态比特分配技术,这也正是此类技术压缩效率高的主要原因。在一定的码率条件下,此类技术可以达到“完全透明”的声音质量(EBU音质标准)。 子带压缩技术目前广泛应用于数字声音节目的存储与制作和数字化广播中。典型的代表有著名的MPEG-1层Ⅰ、层Ⅱ(MUSICAM),以及用于Philips DCC 中的PASC(Precision Adaptive Subband Coding,精确自适应子带编码)等。

本地Blast

本地Blast使用说明 一、软件的下载安装 1.1安装流程 建议安装在非系统盘,如将下载的 BLAST 程序安装到 E:\blast,生成bin、doc 两个子目录,其中 bin 是程序目录,doc 是文档目录,这样就安装完毕了。 1.2 设置环境变量 右键点击“我的电脑”-“属性”,然后选择“高级系统设置”标签-“环境变量”(图1),在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值,即“E:\Blast\bin”。此时点击“新建”-变量名“BLASTDB”,变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径,图2)。 二、查看程序版本信息 点击 Windows 的“开始”菜单下的“运行”,输入“cmd”调出 MS-DOS 命令行,转到 Blast 安装目录,输入命令“blastn -version”即可查看版本,若能显示说明本地blast 已经安装成功。 三、使用 3.1本地数据库的构建 下载所需的数据(Fasta格式),将X 放到E:\blast\db 文件夹下,然后调出MS-DOS 命令行,转到E:\blast\db 文件夹下运行以下命令:格式化

数据库,命令为: makeblastdb -in 数据库文件 -dbtype 序列类型(核酸:nul;蛋白:prot)-title database_title-parse_seqids -out database_name-logfile File_Name 格式化数据库后,创建三个主要的文件——库索引(indices),序列(sequences)和头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别是:.pin、.psq、.phr(对蛋白质序列)或.nin、.nsq、.nhr(对核酸序列)。而其他的序列识别符和索引则包含在.psi和.psd(或.nsi 和.nsd)中。 3.2核酸序列相似性搜索 blastn -db database_name -query input_file -out output_file -outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos" 备注:qacc:查询序列Acession号;sacc:目标序列Acession号; qstart qend:分别表示查询序列比对上的起始、终止位置; sstart send:分别表示目标序列比对上的起始、终止位置; length:长度; bitscore:得分; evalue:E-Value值; pident:一致性; ppos:相似性 3.3 查看并获取目标序列: blastdbcmd -db refseq_rna -entry 224071016 -out test.fa 可以从数据库中提取gi号为224071016的序列,并且以fasta格式存入文 件 3.4蛋白质序列相似性搜索 Blastp -db database_name-query input_file -out output_file -outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos" 3.5 查看并获取目标序列:重复3.3

教你C盘空间不足的有效清理方法

网友分享:教你C盘空间不足的有效清理方法 1.关闭系统还原:我的电脑属性/系统还原/关闭所有磁盘上的系统还原,以后就不能用系统还原了! 2.关闭系统休眠:控制面板/电源/休眠/在启动系统休眠前面的勾去掉 3.移动虚拟内存,我的电脑属性/高级/性能/设置/高级/更改/选C盘也就是系统盘,选无分页面,然后把虚拟内存设置到其磁盘,要剩余磁盘空间多的磁盘,比如D,E,F等盘.设成内存的1.5~2.5倍,大小可设成一样! 5.清理IE临时文件夹,internet选项,删除临时文件和脱机文件 6.删除系统日志和程序日志,我的电脑/控制面板/管理工具/计算机管理/事件查看器/应用程序,鼠标右键/清除所事件,在依次清除系统日志 7.清理系统缓存:2000系统是:C:\WINNT\system32\dllcache下的所有文件 XP系统是:C:\windows\system32\dllcache下的所有文件清理系统缓存(打开我的电脑/工具/文件和文件夹选项/隐藏受保护的系统文件的勾去掉在把显示全部文件勾上)。也可以直接运行sfc.exe /purgecache命令自动删除。 8.清空回收站 9.删除c:\windows\SoftwareDistribution\Download下的文件(系统更新时下载的文件如你装好了更新也就没有用了) 10.删除c:\windows\RegisteredPackages下所有目录 11.删除C:\WINDOWS\Downloaded Program Files下所有的文件 12.我的电脑文件夹选项查看隐藏已知受系统保护的文件勾去掉,显示所有文件勾上确定。删除c:\windows\所有带$的文件(系统更新后的备份文件) 13.用优化大师清理C盘垃圾和注册表垃圾 (优化大师相对还是比较安全的,扫描到的全部删除就行了!) 14.中了毒(蠕虫)会不断复制垃圾文件,占用大量的系统盘空间,导致系统瘫痪,建议用主流杀毒软件升级到最新病毒库进行查杀. 主要讲讲Windows操作系统在C盘空间不足的情况下,我们可以通过那

NCBI中Blast种类及使用简介

NCBI中Blast种类及使用简介 NCBI中Blast种类简介 1. Blast Assembled Genomes 在一个选择的物种基因组序列中去搜索。 2.Basic Blast 2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索,包括3个程序 2.1.1 Blastn----核酸序列(n)到核酸序列数据库中搜索,是一种标准的搜索。 2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较 2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。 2.2 Protein Blast 2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索,是一种标准的搜索。 2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐,从这个对齐,一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料库,以找到额外的显著对齐,这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。 2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。 2.3 Translating BLAST 2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。 2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成

MONKEY’S AUDIO软件压缩解压缩APE与WAV音乐格式方法

一、APE与WAV音乐格式 1、WAV WAV为微软公司(Microsoft)开发的一种声音文件格式,用于保存Windows平 台的音频信息资源,该格式也支持MSADPCM,CCITT A LAW等多种压缩运算 法,支持多种音频数字,取样频率和声道,标准格式化的WAV文件和CD格式 一样,也是44.1K的取样频率,16位量化数字。 WAV音频格式的优点包括:简单的编/解码(几乎直接存储来自模/数转换器 (ADC)的信号)、普遍的认同/支持以及无损耗存储。 常见的WAV文件使用PCM无压缩编码,这使WAV文件的质量极高,体积也出 奇大,对于PCM WAV,恐怕也只有无损压缩的音频(例如ape和flac)才能和 其有相同的质量,平时我们常见的mp3(即使码率为320kbps),wma和wav 的质量都差很远! 2、APE WAV作为数字音乐文件格式的标准,因格式容量过大,使用起来很不方便。因 此,一般情况下我们把它压缩为MP3或APE格式。 压缩方法分为无损压缩(常见的有.ape和.flac),有损压缩(常见的有.mp3),以及混成压缩(常见的有.mpeg)。 APE的本质,其实它是一种无损压缩音频格式。减小文件体积的同时,得到的 文件与压缩前的源文件完全一致。 所以APE被誉为“无损音频压缩格式”,APE音频文件是可以直接被播放的。 二、压缩APE与解压缩WAV 由于刻录CD的需要与多少车型不支持APE音乐格式.我们需要把WAV音乐文件还原.软件有Monkey’s Audio与Foobar2000等.本教程讲解第一个(Monkey’s Audio).

方法: 1、群文件下载MonkeysAudio中文版软件,如图: 2、下完成后,双击安装,一直点击下一步,直到安装完成. 3、安装完成后,打开软件,如图所示:

Blast本地化安装图解

Blast本地化:window平台下blast软件的安装boyun发表于 2009-07-09 17:08 | 阅读 1 views 1.对于windows 2000/xp 用户,下载blast- 2.2.18-ia32-win32.exe安装文件 ftp://https://www.wendangku.net/doc/413525333.html,/blast/executables/LATEST/blast- 2.2.18-ia32-win32.exe 2.创建一个新目录,例如C:\blast,将下载的文件blast-2.2.18-ia32-win32.exe复制到该目录,双击这个文件,自解压产生bin、data、doc 三个目录,bin是程序目录,data是程序使用数据的目录,doc是文档目录。 表:bin目录中的程序 程序说明 bl2seq.exe进行两条序列比对 blastall.exe做普通的blast比对 blastclust.exe blastpgp.exe copymat.exe fastacmd.exe通过gi号,接收号等,在数据库中检索序 列 formatdb.exe格式化数据库 formatrpsdb.exe impala.exe makemat.exe megablast.exe megablast程序 rpsblast.exe seedtop.exe 3.用文本编辑器创建一个ncbi.ini文件,文件包含下面内容:[NCBI] Data="C:\blast\data\" 将ncbi.ini文件存放到系统的Windows 或者 WINNT目录。 4.将”C:\blast\bin”目录添加路径中(该步骤非必须,但会给以后的操作带来方便),方法:

Word报告磁盘空间已满时怎么解决方法

Word报告磁盘空间已满时怎么解决方法 在WORD编辑文档保存时,提示“磁盘已满或打开文件过多”,哪个区都不让保存,新建一个文档,复制过去,也是一样。查看各个磁盘的剩余空间,每个磁盘剩余空间都有很大。 解决: 打开C:\Documents and Settings\adiministrater\Local Settings\,在Temp 文件夹上击鼠标右键,选属性,发现只读属性打开,取消“只读”的勾选,确定即可。还可进入Temp把里面的文件全部删除,有提示删除不掉的,可以从后面分批删除,留下几下正在使用的即可。这些文件都是临时文件,没有用的。 再试试保存,应该可以了。 有时候,当要保存一个文件时,Word会弹出一个对话框说是磁盘空间已满,无法保存文件,可实际上磁盘上空间还很大。这是非常令人恼火的一件事情。这一信息最常见的原因是Temp文件夹已经达到了一个文件夹中可以包含的最多文件数的上限。这时的解决方法很简单:在【资源管理器】中右击安装有Windows系统的磁盘,在出现的快捷菜单中单击【属性】,将出现【属性】对话框,从【常规】选项卡中选择【磁盘清理】按钮,此时将出现如图11.2所示的【磁盘清理】对话框。执行磁盘清理完毕以后,Windows会弹出一个新的对话框。 在【要删除的文件】框中选中【临时文件】选项,然后选择【确定】。Windows将删除临时文件。要人工删除临时文件,进入临时文件夹,删除任何旧的临时文件(临时文件以波浪号开始,以.tmp扩展名结束,返回Word,再次试着保存文件。如果此时还不能正确保存文档,可以采取以下的方法,步骤如下: (l)按Ctrl+A选定整个文档。 (2)按Ctrl+C将整个文档复制到内存中。 (3)关闭Word程序。此时系统会提示:"您将大量文本放在了'剪贴板'中,是否希望在退出Word后这些文本仍可用于其他程序?"。 (4)选择【是】按钮。

不能打印,磁盘空间不足

1.能够进入操作系统 尝试开机按F8进入安全模式,在安全模式下调整msconfig设置,禁用部分启动项。启动时加载过多的应用程序会使Windows因系统资源严重。 2.设置足够的虚拟内存 虚拟内存不足也会造成系统多任务运算错误,我们可以通过时常删除一些临时文件和交换文件对此问题加以解决,此外还可以在“系统属性”下手动配置虚拟内存,把虚拟内存的默认位置转到其他逻辑盘下。并设置得大一些。 3. 给硬盘保留足够空间 核实机器的系统盘符大小,看是否因为系统盘的空间太小,而导致的提示错误。可以建议用户使用第三方磁盘划分软件更改系统盘的大小(如PQ分区软件) 4. 整理磁盘碎片. 1.系统安装有可能是全新安装但是未格盘,所以你原来的文件也在里面叠加以后就无空间了。 2.你的磁盘虽然还有很大空间,但是磁盘(C)磁盘碎片太多,连续空间不足,系统运行受到影响,就会出现这样的提示。具体的解决办法如下: 右键我的电脑--管理--磁盘碎片整理程序--鼠标指向C盘--点击分析--系统提示需要整理时再进行整理(按你的情况最好是整理一下)。其他盘符整理方法相同。提示:磁盘碎片整理时,时间较长,你要有耐心。为了减少整理时间和提高整理效果,关闭所有运行的程序,并将防火墙和杀毒软件关闭或退出,另外,在安全模式下进行碎片整理效果更佳。同时保证系统分区的剩余空间要大于15% 3.重新合理设置虚拟内存,具体步骤如下: 右键单击“我的电脑”→属性→高级→性能设置→高级→虚拟内存更改→选择虚拟内存(页面文件)存放的分区→自定义大小→确定最大值和最小值→设置→确定。提示:自定义虚拟内存,最好给它一个固定值,这样就不容易产生磁盘碎片,具体数值根据你的物理内存大小来定,一般是128MB物理内存设2 -3倍,256MB/384MB设1.5-2倍,512MB设1—1.5倍,1GB设0.5倍。 4.关闭系统还原,具体步骤如下: 我的电脑--属性--系统还原--关闭所有磁盘上的系统还原 5.是否装了Symantec(一种杀毒软件),没有卸载干净?网上有报,Symantec 如果没有卸载干净,安装瑞星就会出现这个问题。 你出问题前才安装诺顿软件Symantec的,那表示你不安装前是正常的,那你为何不先关掉Symantec看看在试试呢? 记我所知Symantec吃的内存非常重,是不是Symantec的问题呢? Temporary Internet Files 可能会隐藏,但是可以在浏览器的Internet选项打开并修改文件夹; 清理2临时文件,Temp Ie + 整理硬盘碎片 360清理换一个读图软件

数字音频技术_MP3_的压缩编码原理与制作方法.

第4卷第2期长沙航空职业技术学院学报CHANGSHAAERONAUTICALVOCATIONALANDTECHNICAL2004年6月COLLEGEJOURNAL Vol.4No.2 Jun.2004 数字音频技术(MP3)的压缩编码原理与制作方法 张晓婷 (珠海市工业学校,广东珠海519015) 摘要:,,同时介绍专业制作 MP3的方法。 关键词;制作经验与技巧+11文献标识码:A文章编号:1671-9654(2004)02-051-06 CompressionCodingPrincipleandFactureof DigitalAudioFrequencyTechnique(MP3) ZHANGXiao2ting (ZhuhaiIndustrySchool,ZhuhaiGuangdong519015) Abstract: FromtheperspectiveofAudioCompressionTheory,thepaperdiscussesformatofaudioFreque ncytech2 nique(MP3)andcompressioncodingprincipleandalsointroducesthefactureofaudioFrequen cytechnique(MP3). Keywords: FomatofaudioFrequencytechnique(MP3);compressioncodingprinciple;facture 一、引言 数字技术的出现与应用为人类带来了深远的影响,特别是互联网的普及,使数字音频技术得到更为广泛的应用,并具有良好的市场前景。与之相关的数字音频压缩技术也得到了充分的发展,一些著名的研究机构和公司都致力于开发专利技术和产品。其中,MP3便是目前为止开发得最为成功的数字音频压缩技术之一。 二、MP3简介 (一)数字音频MP3的格式 MP3音频格式诞生于20世纪80年代,全名MPEGAudiolayer3,是 MPEG(MovingPicturesEx2pertGroup运动图像专家组)当初和影像压缩格式同时开发的音频压缩格式,是MPEG21标准中的第三个层次,是综合了MPEGAudiolayer2和ASPEC优点的混合压缩技术,音频质量好,主要用于MP3音频压缩,典型的码流为每通道64Kbit/s。 (二)数字音频MP3压缩的优点

音频压缩领域,有两种压缩方式

在音频压缩领域,有两种压缩方式,分别是有损压缩和无损压缩!我们常见到的MP3、WMA、OGG被称为有损压缩,有损压缩顾名思义就是降低音频采样频率与比特率,输出的音频文件会比原文件小。另一种音频压缩被称为无损压缩,也就是我们今天所要说的主题内容。无损压缩能够在100%保存原文件的所有数据的前提下,将音频文件的体积压缩的更小,而将压缩后的音频文件还原后,能够实现与源文件相同的大小、相同的码率。目前无损压缩格式有APE、FLAC、WavPack、LPAC、WMALossless、AppleLossless、La、OptimFROG、Shorten,而常见的、主流的无损压缩格式目前只有APE、FLAC。下面就针对这两种无损压缩格式进行一下对比! APE是Monkey's Audio,一种无损压缩格式。这种格式的压缩比远低于其他音频格式,但能够做到真正无损,同时其开放源码的特性,也获得了不少音乐发烧友的青睐。在现有不少无损压缩方案中,APE是一种有着突出性能的格式,令人满意的压缩比以及飞快的压缩速度,在国内应用比较广泛,成为了不少朋友私下交流发烧音乐的选择之一。 目前,基于国产炬力ATJ 2097解码芯片的MP3大厂中,已有厂商如:昂达的VX939、台电科技的C133+支持APE格式! FLAC是Free Lossless Audio Codec的简称,是一种非常成熟的无损压缩格式,名气不在APE 之下!该格式的源码完全开放,而且兼容几乎所有的操作系统平台。它的编码算法相当成熟,已经通过了严格的测试,当在编码损坏时依然能正常播放。另外,该格式是最先得到广泛硬件支持的无损格式,世界知名数码产品如:Rio公司的硬盘随身听Karma,建伍的车载音响MusicKeg以及PhatBox公司的数码播放机都能支持FLAC格式。 目前采用闪存芯片的随身听还少有支持FLAC无损压缩格式,但就在近日,国内知名厂商台电科技的TL-T19第二代双核心电影MP3,已经宣布对FLAC无损压缩格式的支持,这是国内目前为止第一款支持FLAC无损压缩格式的电影MP3,也是目前世界上少有的几款支持FLAC音乐的闪存MP3。 前面已经说明,无损压缩是在保证不损失源文件所有码率的前提下,将音频文件压缩的更小,也就是说这两种音频格式都能保证源文件码率的无损。但两种压缩格式毕竟为两种压缩算法,下面列举一下两种压缩格式的异同点: 相同点: 一、压缩比决定无损压缩文件所占存储空间 FLAC与AEP的压缩比基本相同,FLAC的压缩比为58.70%,而APE的压缩比则要更高一些,为55.50%,都能压缩到接近源文件一半大小。 二、编码速度考验用户的耐心,速度快者优 非常值得赞扬的是,FLAC与APE的编码速度都相差无几,这是因为两者的压缩技术是开源的,开发者可以借鉴两者在编码上的不同优势进行开发,不过目前编码速度最快的是WavPack和Shorten两种无损压缩格式,但这两种格式的非开源性限制了其普及。

数字音频压缩原理

数字音频压缩原理 由于压缩编码过程是一个极其复杂的数学运算过程,一般读者不会对它们有兴趣。然而,用一些通俗易懂的文字来说明数字文件可以压缩而不丢失重要数据的基本概念,对理解还是有帮助的。 常见的PCM(Pulse code modulation,脉冲编码调制)可以将脉冲音频信号编码调制为数字格式。理论上讲,PCM可以将输入信号源的全部脉冲音频信号转换为数字信号,例如101011100100101100010111。在解码后再变为与输入信号源完全相同的脉冲音频信号,用于播出。 值得一提的是,现实中的编码调制并不是将输入信号源的全部脉冲音频信号转换为数字信号,而是通过不同的采样频率和量化精度,仅将输入信号源的部分脉冲音频信号转换为数字信号。在满足不同欣赏质量的前提下,尽量减少数字文件的体积。从这一点上讲,通过编码调制后的数字信号还原后是不可能恢复出与源脉冲音频信号完全相同的脉冲音频信号的。关于编码调制的采样频率和量化精度等,不是本文的重点,就不展开讲了。 常见的LPCM(Linear Pulse Code Modulation,线性脉冲编码调制)就是一种非压缩音频数字化技术。在普通CD,及其它各种要求高音频质量的场合中已经得到广泛的应用。其音频质量主要取决于编码调制时采样频率和量化精度。 但是,这种无压缩技术产生的数字文件还是很大的。难以存储在一些容量较小的存储设备中。 比如:电影光盘。在视频文件占用了大部分存储空间的情况下(视频质量越好,占用的空间越大),留给音频信号的空间就相当有限。因此,压缩技术就应运而生了。 之所以用“原理”二字,是因为常用的无损压缩技术实际执行过程是很复杂的。 去0法 任何电影的声轨都不可能总是有声音存在的,有些镜头是没有声音的。 假定一段声轨中有一半时间有声音,而另一半是完全没有声音。这声轨可能的数据流是10101110010100000 0000000。这些0反映了场景里寂静无声,但仍然要占用存储空间。使用无损压缩后,数据流中的0全部被丢弃,变成1_1_111__1_1____________。使所需占用的空间减少了很多。而在解码时,0会被解码技术填充进去,使数据流又恢复为101011100101000000000000。 短代长法 对出现频率高(重复出现)的数据串,用比较短的数据串代替。 例如,数据串101011100100101100010111在整个信号流中出现了N次,那么完全没有必要每次都完整地记录、存储这个数据串。而是仅用001来标记这个数据串N次,也就是只占据N个001的空间。在解码时,通过数据串代码表查询到001所对应的是101011100100101100010111,再把这个长数据串“填”到其原来的位置即可。这样就节省了很多的空间。 如果短代长法+去0法,那节省的空间就更多了。 复杂的压缩技术 当然,实际的音频数据流绝不可能那么简单,因此压缩算法就指导编码器对实际音频信号流进行实时分析,进行压缩处理。还有像如何将可变码流百分百地同步还原成恒定码流,或者加入音质控制体系等等。 可见,成为一种完整的音频格式,或者其采用的压缩音频算法,不仅仅像丢失0和简化重复那么简单。而是采取更复杂的统计模型来分析数据构成形式,再进行丢弃或不丢弃哪些数据的操作。 值得指出的是,都是无损压缩的话,不管压缩比(或数据流量、占用空间)大小如何,解码还原出来的音频信号就与不压缩时一模一样。 由此可见,无压缩和无损压缩解码还原出来的音频信号是一样的。没有孰优孰劣之分。 但是,对于有些存储设备来讲,无损压缩的数据流体积可能还是过大。那就不得退而求有损压缩了。

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