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分子原子原胞晶体显示软件Visual Molecular Dynamics 使用说明

简介:

这个教程为新用户介绍了VMD的用法。老用户也可以用本教程进一步熟悉程序的应用,以更好地利用VMD。本教程是针对VMD 1.8.3设计的,需要约3个小时来完成。

本教程新增的内容可用三个独立的单元讲解。第一个单元主要内容是分子图形表现方法

基础,还会介绍制作形象逼真的图像要了解的知识。另外的两个单元是针对高级用户,介

绍了VMD的脚本。尽管非技术性用户可以略去脚本的阅读,但是我们鼓励每个人都去试一

试着读一下,因为它会提供一些有力而易用的工具,这些工具是简单的图形用户界面所无法

提供的。

本教程以一种有趣的小蛋白质泛素的研究为例来说明VMD的应用。在本文中,一些资

料是在小框中出现的。这些小框中包括教程的补充内容,例如泛素扮演的生物学角色,使用VMD的一些提示和捷径等等。

如果你有对本教程的评论和问题,请发邮件至tutorial-l@ks.uiuc.edu。邮件列表可以在http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/mailing list/tutorial-l/.中找到。

分子原子原胞晶体显示软件Visual Molecular Dynamics 使用说明

泛素本教程会用VMD来显示泛素。泛素是一个由76个氨基酸组成

的小蛋白质,在所有的真核生物中普遍存在。在所有真核生物蛋白

质中,泛素是最为保守的蛋白质之一(在昆虫,鱼,牛和人中,前

74个氨基酸是完全一样的)。它已被证明存在于细胞核、细胞质和

细胞表面。它首要的功能是介导蛋白质降解,在降解过程中,作为

细胞内蛋白水解酶识别的标志。

需要的程序:

以下是本教程中需要的程序

VMD: 可以从http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/下载(在所有平台上均可使用)。

绘图程序:要观看从VMD输出的图像,需要专门的程序。VMD有一个内置的绘图程序,

也可以应用外部程序。应用什么程序是由你的操作系统决定的。例如:

– Unix/Linux: xmgrace, http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/

– Windows: Excel, http://www.wendangku.net/doc/42fa110f52ea551810a687e3.html /en-us/FX010*********.aspx

(需要购买)

– Mac/Multiple Platforms: Mathematica, http://www.wendangku.net/doc/42fa110f52ea551810a687e3.html /

(需要购买); gnuplot, http://www.wendangku.net/doc/42fa110f52ea551810a687e3.html /(免费下载)

现在开始学习VMD

你可以在VMD-tutorial-files目录里找到本教程的文件。如图1所示的VMD-tutorial-files的

文件和目录