NCBI信息查询-2011

NCBI信息查询

1．按照下列步骤进行查询：

1）检索核酸序列库(主要是Genbank)，Nymphaeaceae（睡莲科）：

进入NCBI主页，https://www.wendangku.net/doc/4a15559815.html,；

选库“nucleotide”（主要是Genbank），索引框中输入“Nymphaeaceae”，检索；

在目录中找到Accession: FJ416902.1的记录，点击进入；

查看其Genbank格式记录中的各种信息；用Fasta 格式显示（左上角）。

（问题：Fasta格式和Genbank格式有什么不同，它由哪几部分组成？）

拷贝序列（从“>”开始，即包括注释行），备份至word 文档--- blast.doc。

2）试用BLASTn（用以上拷贝的序列）：

点击NCBI主页右侧栏（Popular Resources）的BLAST链接，进入Blast网页，然后选择Basic BLAST 下面的“nucleotide BLAST”；

将上面所拷贝的序列（Fasta格式，从“>”开始，包括注释行）粘贴到序列输入窗口；

选库“nucleotide collection（nr/nt）”（主要是Genbank）；选Optimize for: BLASTn。

按BLAST键，进入等待界面，等待数秒或数十秒，进入BLAST查询结果画面；

观察BLAST查询结果的题头信息——

理解各项所代表的意义。问题：左侧栏中Description的内容是什么？来源于哪里？

观察此查询结果的具体内容：

A. Graphic summary: Distribution of N Blast Hits on the Query Sequence；

B. Descriptions: Sequences producing significant alignments（注意：分数最高的应该就是你所拷贝片断的来源序列, E值随分数降低而增大）；

C. Alignments（具体比对）；其实，在上面的Graphic summary点击命中序列的色条，可直接进入相应的Alignments信息。

将上述Blastn 的三种结果也拷贝到blast.doc。

作业：自己按照此思路设计一个例子（换个关键词），并仔细观察理解“沿途经过”的

各个页面的各种信息。将你的例子的结果信息（包括Fasta格式的提交序列和Blast的三种结果）存到另一个以你名字命名的word文档，删减压缩至两页以内，打印出来，下次理论课时由学习委员统一上交。

2．练习（在以上任务完成后可以做）：

1）学用“Entrez”集成检索工具：进入NCBI主页，选库“All Database”，索引框输入“DCC AND "V ogelstein B" [AU]”（DCC是指“直肠癌”），等待跨库检索的结果。点击Nucleotide 库的检索命中链接，看相关的记录。点击题目链接可看具体信息页面，点击右侧“Links”菜单，选相关链接，如“gene”，“protein”，和“PubMed”看相关信息，等等……甚至可以直接Blast此序列（找到了直接Blast的链接了吗？）。

2）以“DCC”为关键词，试查询Unitprot：https://www.wendangku.net/doc/4a15559815.html,/中的相关信息。

3）用类似刚才试用BLASTn的方法试用BLASTp，注意程序选择和库选择，详细观察查询结果。