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微机网络并行环境下重新开始块Davidson 方法的并行计算

微机网络并行环境下重新开始块Davidson 方法的并行计算
微机网络并行环境下重新开始块Davidson 方法的并行计算

第13卷第4期淮海工学院学报(自然科学版)V01.13No.42004年12月JournalofHuaihaiInstituteofTechnologyDec.2004

文章编号:1672—6685(2004)04一0032一04

微机网络并行环境下重新开始块Davidson

方法的并行计算

王顺绪1,王吉春

(1.淮海工学院数理科学系,江苏连云港222005;2.淮海工学院经济管理系,江苏连云港222001)

摘要:给出了基于微机网络并行计算环境的求解大型稀疏矩阵部分极端特征值问题Ax=膳的重新开始块Davidson方法,各结点机利用矩阵A和相应的投影子空间的部分正交基进行运算,若扩充子空间y的基超过棚时,则以最新的Ritz向量构成y,重新开始迭代。在Windows2000环境下安装MPI,构成分布式微机网络并行计算环境,在该并行环境下的数值试验表明所给算法非常有效。

关键词:特征值问题;MPI;微机网络并行;并行计算;重新开始块Davidson方法

中图分类号:TP399;0246文献标识码:A

ParallelA190rithm0fRestartingB10ckDaVidsonMethOd

BasedonPCNetworkParallelEnvironment

WANGShun—xul,WANGJi—chun2

(1.Dept.of

MathandPhysics,HuaihaiInstituteofTechnology,Lianyungang222005。China;

2.Dept.ofEconomics&Management。HuaihaiInstituteofTechnology,Lianyungang222001,China)Abstract:AparallelrestartingblockDavidsonmethodispresentedinthispaperforcalculatingextremeeigenpairsoflargesparsematrixAbasedonPCnetworkparallelenvironment.TheindiVidualprocessorsrununderthecontr01ofaprogrambaseonthepartialorthogonalbaseofprojectionsubspacey.Ifthedimensionofthesubspaceyisgreaterthan772,thesubspaceyisconstructedwithnewRitzVector,andtheiterationisrestarting.MPIisinstalledintheoperationsystemofwindows2000onmicrocomputerstoconstructaPCnetworkparallelcomputingenVironment.Theresultsofnumericalexperimentsshowthatthealgorithmishighlyeffective.Keywords:eigenproblem;MPI;PCnetworkparallelenvironment;parallelcomputing;restartingblockDavidsonmethod

引言

科学研究和工程领域中的很多问题最后可归结为大规模矩阵的特征值问题,而大规模矩阵特征值问题的计算是耗时较多的一个问题。随着计算机技术的发展,并行计算已经渗透到了科学计算的各个领域,改变了以往只停留在专家级的局面。特别是近些年来并行通用软件PVM和MPI的诞生,使

收稿日期:2004一02—15;修订日期:2004一lo—08得人们可以花费很少的投资建立自己的并行计算环境。本文研究的主要内容是微机网络并行计算环境下块Davidson方法的并行计算。

1Davidson方法和网络并行环境

1.1Davidson方法的一般过程

DavidsonER于1975年提出了一种计算大型

万方数据

第4期王顺绪等:微机网络并行环境下重新开始块Davidson方法的并行计算33

稀疏矩阵特征值问题Ax一膳的极端特征对的Davidson方法[¨,该方法利用Galerkin—Ritz投影技术,计算矩阵A的Ritz值和Ritz向量,在每个迭代步中Davidson方法使用预处理技术拓广投影子空间y的基。该法充分利用了已经获得的极端特征对的信息,因而可以在很少的迭代步内得到满足精度要求的解,Davidson方法是加速的JOCC方法[引,经典的Davidson方法如下[3|。

算法1经典的Davidson方法

选择初始迭代向量l,。,y。一■,]

for足一1,2,…,do

①计算wl—Ay。;②计算日。一y手w^;③计算H;的最大(或最小)特征对(触,弘);④计算Ritz向量x。一y。肌;⑤计算残量n一(雕J—A)墨;⑥收敛性检查,若||nII<£则停止;⑦若不收敛,则计算“+l一(胁,一D^).1n;(④y^+l—MGS(y^,“+1)。

endfor

在上述算法中D。代表A的对角矩阵,MGS代表修正的Gram—Schmidt正交化方法。由于Davidson方法的特殊性,在每次迭代中只需计算W。的最后1列、日t的最后1行和最后1列。

从下面的解释中可看出Davidson方法快速收敛的原因。用(A。,x,)(i一1,…,挖)表示矩阵A的特征对,假设置(i一1,…,押)线性无关并且lA,I≥IA。l≥

…≥‰I,则残量,.一>:d^,其中口i是常数,假设

●一1

∥l是A。的近似值,由于f一(卢lJ—D^)_1r≈"

≥:嘶(卢。一A。)-1zj,因此当户1和A。比较接近时,fl=1

在x。方向分量的系数比在其他方向系数的放大程度大得多,因而y包含了较多的工。方向的信息。

但算法1没有使用重新开始技术,致使矩阵y的列数越来越多,可能增加一些不必要的运算。Davidson方法诞生后,很多数学工作者对其进行了深入细致的研究,M.Grouzix等提出了块Davidson方法[3],该法可一次求出Z个极端特征对,块David—son方法是加速的块JOCC方法[2|。块Davidson方法具有良好的并行性,本文在上述工作的基础上给出了一种并行重新开始块Davidson方法,该法可一次并行求出矩阵A的z个极端特征对。

算法2块Davidson方法

首先选取各列正交的初始矩阵y。一[',。,l,2'.”,l,,]

for足一1,2…,do

①w。一Ay;;②H。=y2’w。;③计算日。的z个最大(或最小)特征对(丸∽弘.。)(i一1,…,z);④计算Ritz向量‰.。=y^肌.。(i一1,2,…,z);⑤计算残量n.,=(九.。,一A)工“(i一1,2,…,Z);⑥收敛性检查,若0n.i||<e(:一1,…,z)则停止;⑦若不收敛,则计算“.i—c^,jn.i(;一1,…,,);⑧若dim(y^)≤m—Z,则n+1一MGS(y^,如’1'“'2’…,如,,),否则y抖l—MGS(z^.1,…,z^∽“’1'如.2,…,“.f)。

endfor

在上述算法中C¨是第足次迭代的第i个预处理矩阵,C“可取为(丸.。,一M。)~,其中M-是矩阵A的一个近似。为了防止子空间y的维数过大而使用了重新开始技术,当’,的维数超过Ⅲ时y¨,一MGS(乩.1’…,z{.,,“.1,以,2,…,“.,)。

1.2微机网络并行环境

将多台微机按一定的拓扑结构连成一个分布式的并行计算环境,是并行计算的一个发展方向。这种并行环境的可扩展性好,但该系统无共享主存,因此要在这种环境下并行解决某一问题,必须使用一种消息传递机制,在各节点机之问进行数据交换,使用这种并行环境的难点之一是节点机之间的负载平衡和数据交换。

MPI(MessagePassingInterface)是目前比较著名的应用于并行环境的消息传递标准,许多组织对MPI标准付出了努力。MPICH是MPll.2标准的实现,也是应用范围最广的一种并行分布式环境,它可以和FORTRAN及C语言绑定使用,MPI最新标准MPl2还支持并行I/0,不仅各大并行机公司的产品支持MPI,而且目前已经普及的微机上也可以安装MPI,MPI的出现使各领域的科研工作者有更多机会接触并行计算。建立一个基于windows及Linux的并行环境可参阅文献[4]。

2块Davidson方法的并行特性分析

2.1并行特性分析及数据分配

在算法2中,经过是次迭代后,极端特征对的信息主要集中在Ritz向量‰.i(i=1,2,…,Z)中,为了减少向量组坼,i(i一1,2,…,Z)和饥(i一1,2,…,Z)之间的线性相关性以及减少迭代过程的运算量,当dim(y。)>优一Z时,将步骤⑧中y抖。一MGS(z^.1,…,z^.,,厶.1,以.2,…,“.,)换成y^+1一MGS(J^,1。…,x“),然后重新开始迭代,该步中不需计算向量组九.i(i一1,2,…,Z)。

万方数据

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块Davidson方法的主要计算过程是矩阵之间或矩阵和向量之间相乘,其并行性主要体现在算法2的①②④⑤⑥⑦⑧。③用来计算低阶矩阵肌的特征对,运算量较小,从实际应用的角度出发,为减少通讯开销,该过程可采用串行方法计算。

由于矩阵A对称稀疏,故使用一维变带宽存储技术存储矩阵A带宽以内的下三角部分,假设所使用的一维数组为SK,则SK(,D(i)一i+歹)一A(i,歹)(j≤i),每个结点机P。中都存放矩阵SK,经过数据交换后每个结点机中都拥有yt。

2.2微机网络并行环境下重新开始块Davidson方法的并行实现

下面分析块Davidson方法在处理机只中的执行过程。①w;一An的并行计算。假设y。最后z列在各节点机中的平均列分块为y¨(i一1,…,p),p是节点机的数量,则Pi独立计算w“=Ay¨。②日。一y2‘W。的并行计算,由于Pi中含有y-,因此各节点机可以独立计算y:和w“的乘积,即节点机P。计算矾..=订帆D主节点机(或其它节点机)接收到(H¨,日抛,…,日胁)后,结合日^一。得到日一,使用Jacobi方法计算日-的全部特征对,并确定出日t的z个极端特征对(九。弘.i)(i一1,…,Z),发送给各子进程。⑧Ritz向量工“=y。弘,i(i一1,2,…,z)的并行计算。假设y^一(弘.1’弘'2'…,弘.,)一(n.1'y舰,…,n.^),X^=(坼,1,工^.2,…,新.,)=(X^.1,X^.2,…,X舢),即X。和y;列分块的情况同日;的最后Z列的列分块,则凰,;一y^y“(i一1,…,p),也即节点机P。可以独立计算兄…④残量n.。一A工¨一九.i‰.j(i=1,…,Z)的并行计算。假设凡=(n.1’n.2’…,n.,)一(尺¨,…,风,。),即见的列分块同溉,由于风一A凰一x^diag(凡.1,…,九.f),所以峨.i—Axj.;一X女.f^,其中diag(^^.1l,…,^^.p)一diag(九.1,扎.2,…,九.f),即几,。是由P。所拥有的特征值组成的对角矩阵,所以P;独立计算地..及m.。各列的范数,并判别残量范数是否满足精度要求。⑤“=c¨n.i(i一1,…,z)的并行计算。取C¨=(凡,z,~D一)~,设n一(以.1'厶'2'…,“.,)一(n∽…,n.,),节点机Pr独立计算n,。一C¨尺¨,从而各结点机中可得到n+。的相应列块。

⑥y蚪。各列的MGS并行计算过程。采用列分块的形式,使节点机P。负责y抖。的优i列的MGS正交化过程的运算。当搬一dim(yt)<,时y蚪,=[y,,l,。,…,l,,]一[x¨,x地,…,凰.,],y抖,各列串行的MGS过程为

fori=】toZdo

晟一||nlI

qi—vi俾;

for歹一i+1toZdo

1,J=V』一(’’』,gf)gf

endfor

endfor

并行计算时,第一个节点机先计算p。一IIv,||及g。一',,/卢。,并将g。发送给其它节点机,然后所有结点机根据口。同时执行本地结点机中y块的消元过程v=_l,一(v,g,)91,直到第一结点机计算出‰.并且其它节点机根据口。.完成相应的消元过程后,第一结点机完成MGS过程,后面的结点机重复前面的过程,直到所有结点机都完成MGS过程。

同样当优一dim(y{)≥z时,yt+1一[y{,氏1,…,f。],在这种情况下y抖,中yt部分自身已经正交化,并且每个结点机含有y。,所以在这种情况下,正交化分两步:第一步,每个结点机根据y。进行当前结点机中以.i(i一1,…,z)的正交修正;第二步,同研一dim(n)<Z时情况。由此可见研一dim(y*)≥Z时MGS过程的并行度比m—dim(y。)<,时高,但总的来讲MGS过程是一个部分并行的过程。MGS过程结束后,通过相邻节点机之间交换n+。的列块,各结点机中得到完整的¨+,。

3数值试验及结论

计算姐阶矩阵A的前z阶最小特征对,

fi,i2歹;

A一(以,』)一<△”1I,Ii一歹I≤叫,i≠J;

【0,其它;

其中∞为矩阵A的半带宽,△为某一常数,该算例来自文献[5],本次数值试验使用了4台PIl300M微机,每台机器拥有64MB内存,使用MPI构成微机网络并行计算环境。

对上述算例,取△=o.75,迭代精度£=10~,分别就以一1024,2048,4096,L一2,4,6,8,训一64,164,264作了数值试验,从实验结果可知,本文讨论的并行重新开始块Davidson方法非常有效。当矩阵阶数和所求特征值数量一定时,叫越大并行效率越高,这是因为此时运算量增加但通讯量不变,从而导致并行效率增加明显,这一效果由图1可以看出。

当L,伽一定时,行的增加并没有使并行效率有明显增加,这是因为,虽然门的增加使得运算量增

万方数据

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加,但通讯量的增加也比较明显,因此并行效率的提高就显得不太明显了,这一现象体现在图2上。

如果将该程序在高级并行机上运行.则并行效率的提高还会更加明显,因为高级并行计算机上可以方便的实现通讯时间的重叠。

参考文献:

[1]DavidsonER.Theiterativecalculationofafewlow~[2]

图lL一8,n一2048时块Davidson方法

并行效率随,.,的变化

Fig.1ThechangesOfparalleIefficientwith’.,bytheparalIeIblockDavidsonmethodwhenL一8.厅=2048

[3]O

(J8

交o6

荽o4

02

图2L一4,'.,=164时块Davidson方法并行效率随n的变化Fig.2Thechangesofpara¨elefficientwith厅bytheparaIleIbJockDavidsOnmethOdwhen£=4,Ⅳ一164[4]

[5]

esteigenvaluesandcorrespondingeigenvectorsoflargereal—symmetricmatrices

[J].JournalofComputationalPhysics。1975.17(1):87—94.

SleijpenGLG.VanderVorstHA.AJacobi—Da—

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modificationoftheDavidsonmethod[J].Journalof

ComputationalPhysics,2(-()【.172(2):472—5L4.

作者简介:王顺绪(1962一),男,江苏连云港人.淮海工学院数理科学系副教授。硕士,主要从事并行算法方面的研究工作。

(责任编辑:吉美丽)

、,x、p、,l≯pppopp。p妒、p、pp≯ppppppp、妒、p、p、≯pppop、ppppp。’∥ppp、p、pu’\,、—,、,,、,∥?’、、j

更正

由于工作不慎,本刊2004年第3期“四苯基卟啉的合成及结构表征”一文中化学反应式发生错讹,现特作如下更正:

万方数据

并行计算综述

并行计算综述 姓名:尹航学号:S131020012 专业:计算机科学与技术摘要:本文对并行计算的基本概念和基本理论进行了分析和研究。主要内容有:并行计算提出的背景,目前国内外的研究现状,并行计算概念和并行计算机类型,并行计算的性能评价,并行计算模型,并行编程环境与并行编程语言。 关键词:并行计算;性能评价;并行计算模型;并行编程 1. 前言 网络并行计算是近几年国际上并行计算新出现的一个重要研究方向,也是热门课题。网络并行计算就是利用互联网上的计算机资源实现其它问题的计算,这种并行计算环境的显著优点是投资少、见效快、灵活性强等。由于科学计算的要求,越来越多的用户希望能具有并行计算的环境,但除了少数计算机大户(石油、天气预报等)外,很多用户由于工业资金的不足而不能使用并行计算机。一旦实现并行计算,就可以通过网络实现超级计算。这样,就不必要购买昂贵的并行计算机。 目前,国内一般的应用单位都具有局域网或广域网的结点,基本上具备网络计算的硬件环境。其次,网络并行计算的系统软件PVM是当前国际上公认的一种消息传递标准软件系统。有了该软件系统,可以在不具备并行机的情况下进行并行计算。该软件是美国国家基金资助的开放软件,没有版权问题。可以从国际互联网上获得其源代码及其相应的辅助工具程序。这无疑给人们对计算大问题带来了良好的机遇。这种计算环境特别适合我国国情。 近几年国内一些高校和科研院所投入了一些力量来进行并行计算软件的应用理论和方法的研究,并取得了可喜的成绩。到目前为止,网络并行计算已经在勘探地球物理、机械制造、计算数学、石油资源、数字模拟等许多应用领域开展研究。这将在计算机的应用的各应用领域科学开创一个崭新的环境。 2. 并行计算简介[1] 2.1并行计算与科学计算 并行计算(Parallel Computing),简单地讲,就是在并行计算机上所作的计算,它和常说的高性能计算(High Performance Computing)、超级计算(Super Computing)是同义词,因为任何高性能计算和超级计算都离不开并行技术。

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PCC性能改进

淮阴工学院 毕业设计外文资料翻译 学院:建筑工程学院 专业:土木工程房建方向 姓名:王玮 学号:1091401422 外文出处:MBTC DOT 3022 August 16 2012 附件: 1.外文资料翻译译文;2.外文原文。 指导教师评语: 签名: 年月日

以纳米技术为基础对硅酸盐 水泥混凝土的性能改进——第一阶段 Dr. R. Panneer Selvam ,Dr. Kevin Hall ,Sayantan Bhadra 摘要:对硅酸盐水泥混凝土(PCC)的纳米结构的基本认识是实现高性能和可持续性相关重大突破的关键。MBTC-研究(MBTC 2095/3004)使用分子动力学(MD)提供了对于水化硅酸钙(CSH)结构的新的理解(提供PCC强度和耐久性的主要成分);然而,由于MD方法能够考虑的原子数量,这项研究是有局限性的,特别是关于PCC中纳米水平上的力学性能。在这篇论文中为了断定CSH凝胶结构提出了离散元素法(DEM),报告了三个阶段中第一阶段所取得的进展。给出了DEM研究所用的现有的免费软件和商法典。制定了一种内部的DEM规范,对粘性材料采用压痕式加载。样本模型计算合理的说明了DEM规范的发展及应用。 关键词:纳米技术,硅酸盐水泥混凝土,离散单元法 第一章:引言 混凝土是使用最多的建筑材料,同时也是科学了解最少的材料。混凝土的寿命由于收缩裂缝、拉伸裂缝等受到限制。这主要是由于水泥浆复杂的无定形的结构。对于铜或铁来说很容易从实验中发现原子结构。由于超过5个不同的原子结合在一起形成水泥浆或CSH(Murray等人,2010& Janikiram Subramaniam等人2009),很难从实验来了解原子结构。对硅酸盐水泥混凝土(PCC)的纳米结构的基本认识是实现高性能和可持续性相关重大突破的关键。最近通过MBTC 2095/3004项目,使用分子动力学(MD)得出CSH原子结构的一些理解。Selvam教授和他的团队(2009 -2011)使用分子动力学(MD)建模提出了可能的CSH原子结构。从纳米水平到宏观水平进一步的相关性能的研究由于考量纳米长度变化时需要考虑的原子数量的限制而受到局限。 Nonat(2004)和Gauffinet(1998)等人观察到C-S-H凝胶有片晶型形态,薄片的大小约为60 ×30×5nm。从Dagleish拍摄的AFM图像(如图1.1)看出,CSH纤维可能的大小为60 nm x 300μm。为了理解这些纤维之间的相互作用,需要的计算尺

并行算法设计与分析考题与答案

《并行算法设计与分析》考题与答案 一、1.3,处理器PI的编号是: 解:对于n ×n 网孔结构,令位于第j行,第k 列(0≤j,k≤n-1)的处理器为P i(0≤i≤n2-1)。以16处理器网孔为例,n=4(假设j、k由0开始): 由p0=p(j,k)=p(0,0) P8=p(j,k)=p(2,0) P1=p(j,k)=p(0,1) P9=p(j,k)=p(2,1) P2=p(j,k)=p(0,2) P10=p(j,k)=p(2,2) P3=p(j,k)=p(0,3) P11=p(j,k)=p(2,3) P4=p(j,k)=p(1,0) P12=p(j,k)=p(3,0) P5=p(j,k)=p(1,1) P13=p(j,k)=p(3,1) P6=p(j,k)=p(1,2) P14=p(j,k)=p(3,2) P7=p(j,k)=p(1,3) P15=p(j,k)=p(3,3) 同时观察i和j、k之间的关系,可以得出i的表达式为:i= j * n+k

一、1.6矩阵相乘(心动算法) a)相乘过程 设 A 矩阵= 121221122121 4321 B 矩阵=1 23443212121121 2 【注】矩阵元素中A(i,l)表示自左向右移动的矩阵,B(l,j)表示自上向下移动的矩阵,黑色倾斜加粗标记表示已经计算出的矩阵元素,如12, C(i,j)= C(i,j)+ A(i,l)* B(l,j) 1 2、

4、

6、

8、

10 计算完毕 b)可以在10步后完成,移动矩阵长L=7,4*4矩阵N=4,所以需要L+N-1=10

蒙特卡罗方法并行计算

Monte Carlo Methods in Parallel Computing Chuanyi Ding ding@https://www.wendangku.net/doc/567922620.html, Eric Haskin haskin@https://www.wendangku.net/doc/567922620.html, Copyright by UNM/ARC November 1995 Outline What Is Monte Carlo? Example 1 - Monte Carlo Integration To Estimate Pi Example 2 - Monte Carlo solutions of Poisson's Equation Example 3 - Monte Carlo Estimates of Thermodynamic Properties General Remarks on Parallel Monte Carlo What is Monte Carlo? ? A powerful method that can be applied to otherwise intractable problems ? A game of chance devised so that the outcome from a large number of plays is the value of the quantity sought ?On computers random number generators let us play the game ?The game of chance can be a direct analog of the process being studied or artificial ?Different games can often be devised to solve the same problem ?The art of Monte Carlo is in devising a suitably efficient game.

MATLAB分布式并行计算服务器配置和使用方法Word版

Windows下MATLAB分布式并行计算服务器配置和使用方 法 1MATLAB分布式并行计算服务器介绍 MATLAB Distributed Computing Server可以使并行计算工具箱应用程序得到扩展,从而可以使用运行在任意数量计算机上的任意数量的worker。MATLAB Distributed Computing Server还支持交互式和批处理工作流。此外,使用Parallel Computing Toolbox 函数的MATLAB 应用程序还可利用MATLAB Compiler (MATLAB 编译器)编入独立的可执行程序和共享软件组件,以进行免费特许分发。这些可执行应用程序和共享库可以连接至MATLAB Distributed Computing Server的worker,并在计算机集群上执行MATLAB同时计算,加快大型作业执行速度,节省运行时间。 MATLAB Distributed Computing Server 支持多个调度程序:MathWorks 作业管理器(随产品提供)或任何其他第三方调度程序,例如Platform LSF、Microsoft Windows Compute Cluster Server(CCS)、Altair PBS Pro,以及TORQUE。 使用工具箱中的Configurations Manager(配置管理器),可以维护指定的设置,例如调度程序类型、路径设置,以及集群使用政策。通常,仅需更改配置名称即可在集群间或调度程序间切换。 MATLAB Distributed Computing Server 会在应用程序运行时在基于用户配置文件的集群上动态启用所需的许可证。这样,管理员便只需在集群上管理一个服务器许可证,而无需针对每位集群用户在集群上管理单独的工具箱和模块集许可证。 作业(Job)是在MATLAB中大量的操作运算。一个作业可以分解不同的部分称为任务(Task),客户可以决定如何更好的划分任务,各任务可以相同也可以不同。MALAB中定义并建立作业及其任务的会话(Session)被称为客户端会话,通常这是在你用来编写程序那台机器上进行的。客户端用并行计算工具箱来定义和建立作业及其任务,MDCE通过计算各个任务来执行作业并负责把结果返

显式有限元和隐式有限元

按照计算每一时刻动力反应是否需要求解线性方程组,可将直接积分法分为隐式积分方法和显式积分方法两类。 隐式积分法是根据当前时刻及前几时刻体系的动力反应值建立以下一时刻动力反应值为未知量的线性方程组,通过求解方程组确定下一时刻动力反应。隐式方法的研究和应用由来已久,常用的方法有线性加速度法、常平均加速度法、Newmark方法、Wilson-θ法、Houbolt 方法等。 显式积分法可由当前时刻及前几时刻的体系动力反应值直接外推下一时刻的动力反应值,不需要求解线性方程组,实现了时间离散的解耦。解方程组一般占整个有限元求解程序耗时的70%左右,因此,这一解耦技术对计算量的节省是可观的。 隐式方法大部分是无条件稳定的,显式方法为条件稳定。显式方法的稳定性可以按满足精度要求的空间步距确定满足数值积分稳定性要求的时问步距来实现。显式方法受条件稳定的限制,时间积分步长将取得较小,但计算经验表明,对于一些自由度数巨大且介质呈非线性的问题,显式法比隐式法所需的计算量要小得多。 因此,随着所考虑问题复杂性的增加,显式积分法得到重视。 对于显式与隐式有限元的理解 关键字: 有限元显式隐式 显式算法和隐式算法,有时也称为显式解法和隐式解法,是计算力学中常见的两个概念,但是它们并没有普遍认可的定义,下面只是我的一些个人理解。 一、两种算法的比较 1、显式算法 基于动力学方程,因此无需迭代;而静态隐式算法基于虚功原理,一般需要迭代计算。显式算法,最大优点是有较好的稳定性。 动态显式算法采用动力学方程的一些差分格式(如广泛使用的中心差分法、线性加速度法、Newmark法和wilson法等),不用直接求解切线刚度,不需要进行平衡迭代,计算速度快,时间步长只要取的足够小,一般不存在收敛性问题。因此需要的内存也比隐式算法要少。并且数值计算过程可以很容易地进行并行计算,程序编制也相对简单。但显式算法要求质量矩阵为对角矩阵,而且只有在单元积分点计算尽可能少时速度优势才能发挥, 因而往往采用减缩积分方法,容易激发沙漏模式,影响应力和应变的计算精度。 静态显式法基于率形式的平衡方程组与Euler向前差分法,不需要迭代求解。由于平衡方程式仅在率形式上得到满足,所以得出的结果会慢慢偏离正确值。为了减少相关误差,必须每步使用很小的增量。 除了欧拉向前差分法外,其它的差分格式都是隐式的方法,需要求解线性方程组。 2、隐式算法 隐式算法中,在每一增量步内都需要对静态平衡方程进行迭代求解,并且每次迭代都需要求解大型的线性方程组,这以过程需要占用相当数量的计算资源、磁盘空间和内存。该算法中的增量步可以比较大,至少可以比显式算法大得多,但是实际运算中上要受到迭代次数及非线性程度的限制,需要取一个合理值。 二、求解时间

计算机体系结构 习题与答案

第二章习题(P69-70) 一、复习题 1.简述冯?诺依曼原理,冯?诺依曼结构计算机包含哪几部分部件,其结构以何部件为中心? 答:冯?诺依曼理论的要点包括:指令像数据那样存放在存储器中,并可以像数据那样进行处理;指令格式使用二进制机器码表示;用程序存储控制方式工作。这3条合称冯?诺依曼原理 冯?诺依曼计算机由五大部分组成:运算器、控制器、存储器、输入设备、输出设备,整个结构一般以运算器为中心,也可以以控制器为中心。 (P51-P54) 2.简述计算机体系结构与组成、实现之间的关系。 答:计算机体系结构通常是指程序设计人员所见到的计算机系统的属性,是硬件子系统的结构概念及其功能特性。计算机组成(computer organization)是依据计算机体系结构确定并且分配了硬件系统的概念结构和功能特性的基础上,设计计算机各部件的具体组成,它们之间的连接关系,实现机器指令级的各种功能和特性。同时,为实现指令的控制功能,还需要设计相应的软件系统来构成一个完整的运算系统。计算机实现,是计算机组成的物理实现, 就是把完成逻辑设计的计算机组成方案转换为真实的计算机。计算机体系结构、计算机组成和计算机实现是三个不同的概念,各自有不同的含义,但是又有着密切的联系,而且随着时间和技术的进步,这些含意也会有所改变。在某些情况下,有时也无须特意地去区分计算机体系结构和计算机组成的不同含义。 (P47-P48) 3.根据指令系统结构划分,现代计算机包含哪两种主要的体系结构? 答:根据指令系统结构划分,现代计算机主要包含:CISC和RISC两种结构。 (P55) 4.简述RISC技术的特点? 答:从指令系统结构上看,RISC 体系结构一般具有如下特点: (1) 精简指令系统。可以通过对过去大量的机器语言程序进行指令使用频度的统计,来选取其中常用的基本指令,并根据对操作系统、高级语言和应用环境等的支持增设一些最常用的指令; (2) 减少指令系统可采用的寻址方式种类,一般限制在2或3种; (3) 在指令的功能、格式和编码设计上尽可能地简化和规整,让所有指令尽可能等长; (4) 单机器周期指令,即大多数的指令都可以在一个机器周期内完成,并且允许处理器在同一时间内执行一系列的指令。 (P57-58) 5.有人认为,RISC技术将全面替代CISC,这种观点是否正确,说明理由? 答:不正确。与CISC 架构相比较,RISC计算机具备结构简单、易于设计和程序执行效率高的特点,但并不能认为RISC 架构就可以取代CISC 架构。事实上,RISC 和CISC 各有优势,CISC计算机功能丰富,指令执行更加灵活,这些时RISC计算机无法比拟的,当今时代,两者正在逐步融合,成为CPU设计的新趋势。 (P55-59) 6.什么是流水线技术? 答:流水线技术,指的是允许一个机器周期内的计算机各处理步骤重叠进行。特别是,当执行一条指令时,可以读取下一条指令,也就意味着,在任何一个时刻可以有不止一条指令在“流水线”上,每条指令处在不同的执行阶段。这样,即便读取和执行每条指令的时间保持不变,而计算机的总的吞吐量提高了。 (P60-62) 7.多处理器结构包含哪几种主要的体系结构,分别有什么特点? 答:多处理器系统:主要通过资源共享,让共享输入/输出子系统、数据库资源及共享或不共享存储的一组处理机在统一的操作系统全盘控制下,实现软件和硬件各级上相互作用,达到时间和空间上的异步并行。 SIMD计算机有多个处理单元,由单一的指令部件控制,按照同一指令流的要求为他们

LBGK模型的分布式并行计算

万方数据

2LBGKD2Q9模型的并行计算 2.1数据分布 将流场划分成N。xN,的网格。设有P=只×Pv个进程参与并行计算,进程号P。=H以(0≤i<只,0≤J<尸v)。将数据按照重叠一条边的分块分布到各进程中。其中,进程P。存储并处理的数据网格点集,如图l所示。 图1进程珊存储并处理的区域(斜线处为重叠部分) 2.2交替方向的Jacobi迭代通信 Jacobi迭代是一类典型的通信迭代操作。文献[4】主要讨论了一个方向的Jacobi迭代。根据数据分布及计算要求,需要采用2个方向交替的Jacobi迭代通信操作。本文认为,“即发即收”的通信策略能有效避免完全的“先发后收”可能造成的通信数据“堆积”过多,从而避免数据的丢失。进程Pli的通信操作如下(见图2): (1)Ifi≠只一1then发送数据到进程P¨,; (2)Ifi≠0then从进程Pf_J,接收数据; (3)If,≠只-1then发送数据到进程Pml; (4)IfJ≠0then从进程P—l接收数据。 各进程并行执行上述操作。 图2交普方向的Jacobi迭代 2.3通信时间理论 由一般的通信模型可知,若发送、接收信息长度为n字节的数据所需时间为:丁(n)=口+n∥,其中,常数口为通信启动时间;∥为常系数,则上述一次交替方向的Jacobi迭代通信操作的时间约为 20e+2fl'N、.P,=1 P。=1 其他 其中,∥7=∥sizeof(double)。 一般情况下,当等3鲁,即等=鲁时,通信的数据量(字节数)是最少的,为4口+4∥,./丝堡。可见,通信的信息 V只×0 总量和通信时间随进程总数只×尸v的增加而减少。 由于c语言中数组是按“行”存放的(Fortran是按“列”存放的),当存放、发送列数据时,需要一定的辅助操作,这就增加了并行计算的计算时间,因此在只:Pv无法恰好等于Nx:N。时,需要综合考虑流场形状及大小、数据在内存中的按“行”(或按“列”)的存放方式,以确定数据的最佳分布方案。 3数值实验 数值实验是在“自强3000”计算机上进行的ou自强3000”计算机拥有174个计算结点,每个计算结点上有2个3.06CPU,2GB内存。本文的实验使用了其中的32个计算结点共64个CPU。程序采用MPI及C语言编写,程序执行时,每个计算结点中启动2个进程。数值实验针对不同规模的网格划分、不同进程数以及不同的数据分布方案进行了大量实验,测得如下结果:不同的流场规模对应着各自的最佳网格划分方式;计算次数越多,加速比越大,越能体现并行计算的优越性。 由表1数据可以得知,对于规模为Nx×N、,=400x400,数据划分成6×6块时的加速比最高,而对于MXNy=600x200,数据划分为12×3块则更具优越性。合适的划分方式可以使总体通信量减至最少,从而提高加速比和并行效率。另外,计算规模越大,加速比越大。 表1并行计算D2Q9模型的加速比(进程数为36) 在固定计算规模,增加处理器的情况下,并行系统的加速比会上升,并行效率会下降;在固定处理器数目,增加计算规模的情况下,并行系统的加速比和效率都会随之增加。 从表2可见,流场规模越大,并行计算的优越性越显著。因为此时计算规模(粒度)较大,相对于通信量占有一定的优势。由图3可见,加速比随进程数呈线性增长,这表明LBGKD2Q9模型的并行计算具有良好的可扩展性。 表2漉场规模固定时并行计算D2Q9模型的加速比 0816243240485664 numofprocess 图3藐场规模固定时D2Q9模型并行计算的加速比 4结束语 本文讨论了LBGKD2Q9模型的分布式并行计算,通过大量的数值实验重点研究了数据分布方案如何与问题规模匹配,以获得更高的并行效率的问题。展示了LBGK模型方法良好的并行性和可扩展性。得到了二维LBGK模型并行计算数据分布的一般原则、交替方向Jacobi迭代的通信策略。这些结论对进一步开展三维LBGK模型的并行计算及其他类似问题的并行计算有一定的指导意义。(下转第104页) 一101—万方数据

ANSYS高性能并行计算

ANSYS高性能并行计算 作者:安世亚太雷先华 高性能并行计算主要概念 ·高性能并行计算机分类 并行计算机主要可以分为如下四类:对称多处理共享存储并行机(SMP,Symmetric Multi-Processor)、分布式共享存储多处理机(DSM,Distributied Shared Memory)、大规模并行处理机(MPP,Massively Parallel Processor)和计算机集群系统(Cluster)。 这四类并行计算机也正好反映了高性能计算机系统的发展历程,前三类系统由于或多或少需要在CPU、内存、封装、互联、操作系统等方面进行定制,因而成本非常昂贵。最后一类,即计算机集群系统,由于几乎全采用商业化的非定制系统,具有极高的性能价格比,因而成为现代高性能并行计算的主流系统。它通过各种互联技术将多个计算机系统连接在一起,利用所有被连接系统的综合计算能力来处理大型计算问题,所以又通常被称为高性能计算集群。高性能并行计算的基本原理就是将问题分为若干部分,而相连的每台计算机(称为节点)均可同时参与问题的解决,从而显著缩短解决整个问题所需的计算时间。 ·集群互联网络 计算机集群系统的互联网络大体上经历了从Ethernet到Giganet、Myrinet、Infiniband、SCI、Quadrics(Q-net)等发展历程,在“延时”和“带宽”两个最主要指标上有了非常大的改善,下表即是常用的互联方式: ANSYS主要求解器的高性能并行计算特性

ANSYS系列CAE软件体系以功能齐全、多物理场耦合求解、以及协同仿真而著称于世。其核心是一系列面向各个方向应用的高级求解器,并行计算也主要是针对这些求解器而言。 ANSYS的主要求解器包括: Mechanical:隐式有限元方法结构力学求解器; CFX :全隐式耦合多重网格计算流体力学求解器; AUTODYN:显式有限元混合方法流固耦合高度非线性动力学求解器; LS-DYNA:显式有限元方法非线性结构动力学求解器; FEKO:有限元法、矩量法、高频近似方法相互混合的计算电磁学求解器; ·高性能并行计算的典型应用 现代CAE计算的发展方向主要有两个:系统级多体耦合计算和多物理场耦合计算,前者摒弃了以往只注重零部件级CAE仿真的传统,将整个对象的完整系统(如整机、整车)一次性纳入计算范畴;后者在以往只注重单一物理场分析(如结构力学、流体力学)的基础上,将影响系统性能的所有物理因素一次性纳入计算范畴,考虑各物理因素综合起来对分析对象的影响。因此,可以说,高性能并行计算也是CAE的发展方向,因为它是大规模CAE 应用的基石。例如,在航空航天领域,需要高性能并行计算的典型CAE应用有: –飞机/火箭/导弹等大型对象整体结构静力、动力响应、碰撞、安全性分析,整体外流场分析,多天线系统电磁兼容性及高频波段RCS分析,全模型流体-结构-电磁耦合分析;–航空发动机多级转子/静子联合瞬态流动分析,流体-结构-热耦合分析; –大型运载火箭/导弹发射过程及弹道分析…… · ANSYS求解器对高性能并行计算的支持 作为大型商用CAE软件的领头雁,ANSYS在对高性能并行计算的支持方面也走在所有CAE软件的前列,其各个求解器对高性能并行系统的支持可用下表描述:

并行计算(陈国良版)课后答案

第三章互连网络 对于一颗K级二叉树(根为0级,叶为k-1级),共有N=2^k-1个节点,当推广至m-元树时(即每个非叶节点有m个子节点)时,试写出总节点数N的表达式。 答: 推广至M元树时,k级M元树总结点数N的表达式为: N=1+m^1+m^2+...+m^(k-1)=(1-m^k)*1/(1-m); 二元胖树如图所示,此时所有非根节点均有2个父节点。如果将图中的每个椭圆均视为单个节点,并且成对节点间的多条边视为一条边,则他实际上就是一个二叉树。试问:如果不管椭圆,只把小方块视为节点,则他从叶到根形成什么样的多级互联网络 答:8输入的完全混洗三级互联网络。 四元胖树如图所示,试问:每个内节点有几个子节点和几个父节点你知道那个机器使用了此种形式的胖树 答:每个内节点有4个子节点,2个父节点。CM-5使用了此类胖树结构。 试构造一个N=64的立方环网络,并将其直径和节点度与N=64的超立方比较之,你的结论是什么 答:A N=64的立方环网络,为4立方环(将4维超立方每个顶点以4面体替代得到),直径d=9,节点度n=4 B N=64的超立方网络,为六维超立方(将一个立方体分为8个小立方,以每个小立方作为简单立方体的节点,互联成6维超立方),直径d=6,节点度n=6 一个N=2^k个节点的 de Bruijin 。 。。。试问:该网络的直径和对剖宽度是多少 答:N=2^k个节点的 de Bruijin网络直径d=k 对剖宽带w=2^(k-1)

一个N=2^n个节点的洗牌交换网络如图所示。试问:此网络节点度==网络直径==网络对剖宽度== 答:N=2^n个节点的洗牌交换网络,网络节点度为=2 ,网络直径=n-1 ,网络对剖宽度=4 一个N=(k+1)2^k个节点的蝶形网络如图所示。试问:此网络节点度=网络直径=网络对剖宽度= 答:N=(k+1)2^k个节点的蝶形网络,网络节点度=4 ,网络直径=2*k ,网络对剖宽度=2^k 对于如下列举的网络技术,用体系结构描述,速率范围,电缆长度等填充下表中的各项。(提示:根据讨论的时间年限,每项可能是一个范围) 答: 如图所示,信包的片0,1,2,3要分别去向目的地A,B,C,D。此时片0占据信道CB,片1占据信道DC,片2占据信道AD,片3占据信道BA。试问: 1)这将会发生什么现象 2)如果采用X-Y选路策略,可避免上述现象吗为什么 答: 1)通路中形成环,发生死锁

并行计算试题及复习资料

计算机学院研究生《并行计算》课程 考试试题 (2010级研究生,2011.1) 1.(12分)定义图中节点u 和v 之间的距离为从u 到v 最短路径的长度。已知一个d 维的超立方体,1)指定其中的一个源节点s ,问有多少个节点与s 的距离为i ,其中0≤i ≤d 。证明你的结论。2)证明如果在一个超立方体中节点u 与节点v 的距离为i ,则存在i !条从u 到v 的长度为i 的路径。 1)有i d C 个节点与s 的距离为i 。 证明:由超立方体的性质知: 一个d 维的超立方体的每个节点都可由d 位二进制来表示,则与某个节 点的距离为i 的节点必定在这d 位二进制中有i 位与之不同,那么随机从d 位中选择i 位就有i d C 种选择方式,即与s 的距离为i 得节点就有i d C 个。 2) 证明:由1)所述可知: 节点u 与节点v 的距离为i 则分别表示u 、v 节点的二进制位数中有i 位是不同的。设节点u 表示为:121D .........j j i j i d D D D D D +-+,节点v 表示为: ''121D .........j j i j i d D D D D D +-+,则现在就是要求得从 121D .........j j i j i d D D D D D +-+变换到''121D .........j j i j i d D D D D D +-+ 的途径有多 少种。那么利用组合理论知识可知共有*(1)*(2)*...*2*1i i i --即!i 中途径。所以存在i !条从u 到v 的长度为i 的路径。 2.(18分)6个并行程序的执行时间,用I-VI 表示,在1-8个处理器上执行了测试。下表表示了各程序达到的加速比。

分布式与并行计算报告

并行计算技术及其应用简介 XX (XXX,XX,XXX) 摘要:并行计算是实现高性能计算的主要技术手段。在本文中从并行计算的发展历程开始介绍,总结了并行计算在发展过程中所面临的问题以及其发展历程中出现的重要技术。通过分析在当前比较常用的实现并行计算的框架和技术,来对并行计算的现状进行阐述。常用的并行架构分为SMP(多处理系统)、NUMA (非统一内存存储)、MPP(巨型并行处理)以及集群。涉及并行计算的编程模型有MPI、PVM、OpenMP、TBB及Cilk++等。并结合当前研究比较多的云计算和大数据来探讨并行计算的应用。最后通过MPI编程模型,进行了并行编程的简单实验。 关键词:并行计算;框架;编写模型;应用;实验 A Succinct Survey about Parallel Computing Technology and It’s Application Abstract:Parallel computing is the main technology to implement high performance computing. This paper starts from the history of the development of Parallel Computing. It summarizes the problems faced in the development of parallel computing and the important technologies in the course of its development. Through the analysis of framework and technology commonly used in parallel computing currently,to explain the current situation of parallel computing.Framework commonly used in parallel are SMP(multi processing system),NUMA(non uniform memory storage),MPP(massively parallel processing) and cluster.The programming models of parallel computing are MPI, PVM, OpenMP, TBB and Cilk++, etc.Explored the application of parallel computing combined with cloud computing and big data which are very popular in current research.Finally ,through the MPI programming model,a simple experiment of parallel programming is carried out. Key words:parallel computing; framework; programming model; application; experiment 1引言 近年来多核处理器的快速发展,使得当前软件技术面临巨大的挑战。单纯的提高单机性能,已经不能满足软件发展的需求,特别是在处理一些大的计算问题上,单机性能越发显得不足。在最近AlphaGo与李世石的围棋大战中,AlphaGo就使用了分布式并行计算技术,才能获得强大的搜索计算能力。并行计算正是在这种背景下,应运而生。并行计算或称平行计算时相对于串行计算来说的。它是一种一次可执行多个指令的算法,目的是提高计算速度,及通过扩大问题求解规模,解决大型而复杂的计算问题。可分为时间上的并行和空间上的并行。时间上的并行就是指流水线技术,而空间上的并行则是指用多个处理器并发的执行计算。其中空间上的并行,也是本文主要的关注点。 并行计算(Parallel Computing)是指同时使用多种计算资源解决计算问题的过程,是提高计算机系统计算速度和处理能力的一种有效手段。它的基本思想是用多个处理器来协同求解同一问题,即将被求解的问题分解成若干个部分,各部分均由一个独立的处理机来并行计算。并行计算系统既可以是专门设计的,含有多个处理器的超级计算机,也可以是以某种方式互联的若干台的独立计算机构成的集群。通过并行计算集群完成数据的处理,再将处理的结果返回给用户。 目前常用的并行计算技术中,有调用系统函数启动多线程以及利用多种并行编程语言开发并行程序,常用的并行模型有MPI、PVM、OpenMP、TBB、Cilk++等。利用这些并行技术可以充分利用多核资源适应目前快速发展的社会需求。并行技术不仅要提高并行效率,也要在一定程度上减轻软件开发人员负担,如近年来的TBB、Cilk++并行模型就在一定程度上减少了开发难度,提高了开发效率,使得并行软件开发人员把更多精力专注于如何提高算法本身效率,而非把时间和精力放在如何去并行一个算法。

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