锌指蛋白395的生物信息学分析叶俊华

ZNF395的生物信息学分析

2006级本硕四班 叶俊华

指导老师：吴炳礼，许丽艳，李恩民

ZNF395, 全称为Zinc Finger Protein395, 又被称为PBF ，PRF1，DBP2，PRF-1，Si-1-8-14或DKFZp434K1210。其氨基酸序列为

该基因包含了一个锌指motif 。如下图所示：

280-305 YK C LWPN C GKVLRSIVGIKR H VKAL H 一个锌指motif 的三维结构如下：

ZNF395在染色体中的定位为：chr8p21.1

（图MASVLSRRLGKRSLLGARVLGPSASEGPSAAPPSEPLLEGAAPQPFTTSDDTP CQEQPKEVLKAPSTSGLQQV AFQPGQKVYVWYGGQECTGLVEQHSWMEGQ VTVWLLEQKLQVCCRVEEVWLAELQGPCPQAPPLEPGAQALAYRPVSRNID VPKRKSDA VEMDEMMAAMVLTSLSCSPVVQSPPGTEANFSASRAACDPWKE SGDISDSGSSTTSGHWSGSSGVSTPSPPHPQASPKYLGDAFGSPQTDHGFETDP DPFLLDEPAPRKRKNSVKVMYKCLWPNCGKVLRSIVGIKRHVKALHLGDTV DSDQFKREEDFYYTEVQLKEESAAAAAAAAAGTPVPGTPTSEPAPTPSMTGL PLSALPPPLHKAQSSGPEHPGPESSLPSGALSKSAPGSFWHIQADHAYQALPSF QIPVSPHIYTSVSW AAAPSAACSLSPVRSRSLSFSEPQQPAPAMKSHLIVTSPPR AQSGARKARGEAKKCRKVYGIEHRDQWCTACRWKKACQRFLD

1），全长513AA，包含两个内含子和九个外显子（图2），ZNF395及其邻近基因：

图1

ZNF395基因结构示意图：

图2

在获得ZNF395的基本信息后，为了进一步了解其功能，又做了几项的生物信息学分析：

1.在http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/上预测信号肽，得到SignalP-NN（图

3）和Signalp-HMM(图4)结果分析。

图3

图4

分析结果表明，该蛋白序列含有一段可疑的信号肽序列。

2.在http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/进行O型糖基化修饰预测，得到如

下结果：

从结果中可以看到，ZNF395的216，217，224，225，229，343，348，350，351，356，358，360等等部位可能发生糖基化修饰。糖基化修饰位点相对较多。

3.在http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/上进行N型糖基化修饰预测，结果未发现N型糖基化修饰位点（图5）