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DNAStar中文说明书

DNAStar中文使用说明书 编者:宋晨 一、EditSeq......................................................................................................................................2 三、

MapDraw................................................................................................................................23 四、MegAlign................................................................................................................................32 五、

PrimerSelect............................................................................................................................42 六、Protean....................................................................................................................................54 七、

SeqMan II 开始 (64)

http://www.wendangku.net/doc/6eacb74c2e3f5727a5e9629e.html 生物秀-专心做生物!生 物 秀

一、EditSeq

打开已有序列

我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA ”和用Windows 打开“tethis21.seq”开始。

假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq 打开序列的同时,用Set Ends 命令去除5’和3’污染序列。

从文件菜单(FILE MENU),选择Open。

打开文件夹“Demo Sequences”单击选定单击位于对话框右下角的序列“TETHIS21”。 Set Ends 按

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,点

钮。Set Ends 被打开(如右)。

在5’框和3’框中键入50和850击OK。单击Open 打开序列。

当EditSeq 窗口打开时,序列长度显示在右上角。通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的801 bp 的片段。Set Ends 选择在全部Lasergene 应用程序中都可以使用。

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寻找开放读框

在这入门的一部分中,我们将确定序列中最大的ORF,并翻译它。 从SEARCH MENU 找到ORF,点

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击打开会出现右边的对话框。

单击Find Next 寻找第一个

ORF 的位置。

继续点击Find Next 直到你把ORF 的位置选定在位置183-455。ORF

的坐标会出现在EditSeq 窗口的顶端附近。

DNA 序列翻译

这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF,不过任何序列中的读框内部分翻译。如果你的选择是在三联码的读框内,三

联码指示棒显示为实心黑线(如左图)。如果

都可以用下面的方法进行

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你的选择是不在三联码的读框内,左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三的倍数。

选定ORF,

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从GOODIES MENU ranslate)。 翻译的蛋白

菜单中选择

翻译(T 质序列出现在一个新的未命

名窗口中(如右

图)

。它是使用标准的遗传密码翻译的。

使用其它遗传密码

根据你的序列的来源,你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中,我们将标准的遗传密码转换成Ciliate Macronuclear 密码 。

从GOODIES MENU 菜单选择Genetic Codes

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打开,子菜单显示如左。

单击“Ciliate Macronuclear”就实现了

遗传密码的转换,EditSeq 现在使用的就

是Ciliate Macronuclear 的遗传密码。

同样可以将遗传密码转换为其它类型。 遗传密码的编辑

这一节中我们修改Ciliate Macronuclea 从GOODIES MENU 菜单选r 的遗传密码。

择Edit

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点击DNA

单击任何要编辑的密码,

密码子,单击Set Starts

按钮。第二的遗传密码Selected Code。这将打开右面的窗

口,窗口显示遗传密码是怎样翻译

DNA 和RNA 序列的。

如以DNA 形式展示密码,按钮。

编辑时,从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。

如使用不同的启始窗就会被打开,可以进行起始密码子选择。

就会变成绿色,而且

列的反向互补及反向转换单击任何氨基酸(或者codon 位置),该密码子旁边出现一个箭头,它就被设定为起始密码子了。如要去除,只需单击它即可。如不保存,则单击取消;如要保存,单击保存为。 序

列的正确输入。

ENU 菜单,选反向互补序列(Reverse Complement)

AST 检索下面的步骤可以用于反向测定的序 选定序列。

从GOODIES M 或者把序列颠倒过来(Reverse Sequence)命令,则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。 BL

NCBI 的BLAST 服务器上对TETHIS21序列进行相似性比 数据库默下面我们将在较。注意为了进行BLAST 查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网,跳过这部分,继续下一部分。

选定序,或者从EDIT 菜单中选择Select All。

从网络检索菜单(NET SEARCH

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MENU),选择BLAST 查找。BLAST

对话框就会出现。

程序默认为blastn,认是nr,参数转换请参照帮助。 单击OK 开始查找。

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寻找结果显示为两部

分(如下)。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字,下面的部分显示上面部分具体结果。有关“score s 网点——http://www 一般来说,更主要的score 性。

BLAST 结果窗最上边的3钮被用来打开,或者保存检索到的序列,

或者让你了解更多的有关信息。

选定序列与提交序列(上边序列)比较的”和“expectation”的详细的信息在NCBI’http://www.wendangku.net/doc/6eacb74c2e3f5727a5e9629e.html/BLAST.——可以找到。和更低的expectation 提示较好的相似

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的对话框出现。

序列。如果EditSeq 提示至少2序

一个单独的EditSeq 窗口。

下面 小的灰色的对话框出

现。

下面我们从用“Create Document”钮来打开评分最高的5序列开始: 单击Create Document。一个小

在左上角有一个下拉菜单显示

默认(default)。单击下拉菜单框中写入5。

,选顶端(Top)。并在右面的文本 单击OK,EditSeq 自动查对多余列是同一个,请点击OK。EditSeq 将从因特网数据库下在单一的序列,并分别打开

我们用“Batch Save”钮将3-10序列保存为EditSeq 文件: 选定从顶端起第3个序列。单击Batch

Save。

单击下拉菜单,选Next。并在右面的文本框中写入8。 点击Set Location,显示文件夹对话框。

选定你 要保存序列的位置。单击OK 回到灰色的对话框。 EditSeq

少2序列是同一个,请

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最后我们可以使用“Launch Browser”钮查看序列的详细信息 选择Launch

单击OK 保存序列,文件扩展为“.seq”。在下载过程期间,自动查对重复的序列。如果EditSeq 提示至点击OK。

除非你收到错误信息,否则可以认为你的序列已经成功下载。 选定序列。

Browser。

你的网络浏览器

将打开右面的窗

口。

序列信息查看

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现在我们要使用EditSeq 果你倒是

希望全选序列,从EDIT MENU 菜

ct All。

菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信息。

选定序列的一部分。

如单,选择Sele

从GOODIES MENU 菜单,选DNA Statistics。就会出现右面的窗口,

显示序列信息。

序列校读

在我们学习保存和输出序列之前,下熟悉一下EditSeq的校读功能 这功能能帮助你校正测序胶中的错读。

(序列窗口底部张开的嘴),或者从SPEECH MENU,

选Proof-Read Sequence。

声就会开始朗读所选的序列。(注:如果你听不见任何声

CH MENU菜单,选择Faster or

序列 选定序列。

单击校对发音图标 电子的音音,检查你的计算机的喇叭是否已经打开。)

要改变音声read-back的速度,从SPEE Slower。

要停止校读,点击图标(手),或者从SPEECH MENU菜单,选择

Proof-Read Sequence。

的保存与输出

首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单,选New中的New DNA,或者New Protein。

机会发出警告。

后,我们将序列保存为EditSeq文件:

将序列写入出现的窗口。

如果你输入非法字符,计算然

从文件菜单,选Save。

式。

名。

序列),或者Export All As One(多

Export All As One的时候,如果DNA和蛋白质文列类型与你保存的类型是一致的。列保存为FASTA格式。

选定保存位置。

给序列命名。 单击保存则可。

以GenBank或GCG格式保存序列:

从文件菜单,选Export。

选定保存位置。

为sequence(s)选格 给sequence(s)命 单击保存则可。

以FASTA格式保存序列:

从文件菜单,选Export(1个个序列)。当使用件同时存在,激活窗口的序EditSeq仅仅将写入的序 选定保存位置。

选FASTA格式。

给sequence(s)命名。

单击保存则可。

二、GeneQuest

GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因,并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature:包括ORFS、拼接点连接,转录因子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。通过应用“methods”到序列,序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的feature。和其它的Lasergene应用程序一样,GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。

GeneQuest能直接打开DNASTAR,ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登录号或名称,你可以直接打开序列。另外,你还可以在Entrez 数据库进行序列查找和输入。

打开已有分析文件

在这一节中,我们将对已有的GeneQuest文件(也叫做GeneQuest分析)“Nematode R01H10.”进行操作。

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从文件菜单,选择Open打开一

个和右边相似的窗口。

在苹果计算机上,从Show菜单

中选择GeneQuestDocument文

件。在Windows上,从文件类型

菜单(Files of Type)的中选择

GeneQuest Documents。

用文件管理系统打开名为“Demo Sequences.”的文件夹。双击Nematode R01H10,就可以打开下面的窗口。

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GeneQuest的DNA分析方法

趣的features 。打开序列后,你会示在窗口内。在下一部分中,我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。

列。

算参数。

合位点数据库。

Repeats-Inverted Repeats ——寻找反向重复序列。

Repeats-Dyad Repeats ——寻找Dyad 重复和palindromes 。 Repeats-Direct Repeats ——寻找正向重复序列。

Gene Finding - DNA Finder ————在打开的DNA 序列中寻找指定DNA 序列。分别显示正义连和反义连的寻找结果。

Gene Finding - Protein Finder ——在打开的蛋白质序列中寻找指定DNA 序列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。

Enzymes-Restriction Map ——用DNASTAR 酶目录中的酶分析打开的序列,并以图形方式展示。

Coding Prediction - Borodovsky ——用Borodovsky ’s Markov 方法

打开GeneQuest 文件后,下一步是选择应用方法。应用方法后,结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴发现只有几种方法应用后的结果展 Title ——给文件取名。

Ruler ——在文件中加入标尺。Sequence ——显示文件中的序Patterns-Matrix ——方法的运Patterns-Signal ——转录因子结 Patterns-Type-In Patterns ——使用键盘输入运算所需的Pattern 参数。

来识别潜在的基因编码区,并以图形方式展示。

omplexity ——根据

有基因编码提示信息的区域。

4种碱基、A+T 和G+C 的

预测。

用分析方法操作 Coding Prediction - Starts Stops ORFs ——根据指定的ORFs 的最小

长度,寻找可能的开放读框,可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。

Coding Prediction —Local Compositional C Shannon 信息学原理寻找 Base Contents-Base Distribution ——序列上频率、分布,以及AT 和gc 分布区域。 Bent DNA - Bending Index ——DNA 折叠

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调用新的GeneQuest 方法的步骤是:从More Methods 中选择方法,加入的拖取结果放在本Ben MENU 选择Show Available Methods 可以打开方法帘,也可以通过

方法帘(method curtain ),待方法运行完毕后,选择性

入分析界面

(assay surface )

即可(见右图)。

节中,我们

使用Bent DNA -

ding Index 方

法进行分析。

ANALYSIS

拖动分析界面左上角的小环的打开方法帘。方法帘中包括已经用于 s 打开一个下拉菜单,其中尤可以用于方法数字表示应用的次数。因为点击三角形,会发现图标前没有数字。

点击白颜色的位置去除对图标的选择。

方法参数改变分析的全部方法。

你将注意到方法帘没有Bent DNA - Bending Index method 。在方法

帘的顶端,点击More Method 分析的所有方法,点击Bent DNA - Bending Index method ,该就进入了方法帘。

若查看方法帘中的方法是否已经被应用,点击其右边的三角形。如

果图标前有数字表明该方法已经使用,我们还没有应用Bent DNA - Bending Index ,所以 单击选定“Bend Region,”,将其拖到分析

界面,释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显示出来。

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下面我们改变方法的参数,然后将分析结果与参数改变前的结果进行比较。

重复前面的操作,在方法帘中加入一个新的Bent DNA - Bending

Index ,并把它拖如分析界面。现在你应该有2个完全一样的折叠区分析结果。

任何一个结果,将打开一个参数对话框。

双击方法帘中改变弧长度参数为30,单击OK 。分析界面上就会出现根据此参数计

算得到的结果。

:如果你再次拖入新(注的方法时,参数的改变会自动应用到新的方法

上)。

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结果展示优化

组合或移动展示的结果:单击位于GeneQuest 窗口左侧的调色板工

具中的的选择器(手图标),在分析界面中可以随意拖动任何展示的结果到任何位置。

改变方法格式:单击目的选择器(手图标),可以选择分析界面上

的任何方法。从OPTIONS MENU 菜单选择Line Color ,打开彩色选择子菜单。选定颜色后,方法题目和结果显示都将变成那个颜色。另外,你可以用类似的指令进行操作:Line Weight 、 Fill Color and Fill Pattern 。

去除方法:单击选择方法帘中显示的方法,用退位或删除键去除应

用的方法即可注意任何你除掉的方法都是能从Methods menu 菜单再一次被使用。

注释Features

当你用Genbank 输入序列时,序列中标注的Features 会自动转换为图形命令显示在方法帘中。这些Features 可以象任何别的方法那样拖到分析界面上显示。

eneQuest 也允许你为你的DNA 序列制作新Features :

单击位于GeneQuest 窗口的左侧的调色板工具(箭图标)。 然后点击选定2641-4257的Informative Region 。

点击调色板工具(铅笔图标),或者从SITES & FEATURES MENU

选择New Featur ,打开一个

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Feature Editor 对话框(如

右图)

你打开Feature Editor 时,

首先进入Location 设定。点

击“Info region ”进入Title box ,点击“Segment A ”进入Segment Name box ,接着,在对话框的底部选择标题和区段名字的位置。

点击Description 按钮进入新的Feature Editor 窗口。如果你愿意,可

以在note 中对Feature 做标注,在key 种选择Feature 的种类。

点击Style 按钮进入最后的Feature Editor 窗口,选择字型,大小和颜

色,以及你喜欢图型用于新建的feature 。

点击OK 关闭Feature Editor 窗口。一个图形化展示的“Info region ”

就会出现在分析窗口的底部。

下面我们把新建的feature 与另外一个feature 整合起来。

G

单击调色板工具(箭图标)。选定你刚做好的feature ,单击工具调

方法而存在,

BLAST检索色板工具上的(链图标)。

然后点击名为“R01H10.4——CDS.”的feature ,再点击连接(链图

标)。

这样你的“Info region ”featur 将继续作为没有联系的但是,它的拷贝将作为R01H10.4featur 的一部分出现。

GeneQuest 为你的序列在因特网或企业内部互联网数据库上进行相似性检索提供2不同的方法。BLAST Selection 指令允许你使用序列的任何一部分进行检索。BLAST ORF 需要你首先选择序列的ORF ,然后他就可以自动翻译,在蛋白质数据库中进行检索。在这一节中,我们用BLAST 在NCBI 上检索与Nematode R01H10相似的序列。

注意必须保证您的计算机与因特网相连。否则,跳过这一部分。 单击范围选择器调色板工具(箭图标)。

如同在右边被显示的那样,单击任何“R01H10.5”的feature 。注意

此时选定的仅仅

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是外显子部分

(exons ),内含

子部分被自动去

除。

从网络检索菜

单,选BLAST Selection 。会

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不做参数改变,这样,程序

开始查找。

索到序列(上序列)比较的具体结果。有关"score"和"expectation"的详细的信息在NCBI's 网点来说,更主要的score 结果窗最上边的4钮被用

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来打开,或者保存检索到

的序列,或者让你了解更

多的有关信息。“Put In

Document ”按钮相当于

bla ne Finding-Protein Finder )

窗口中选择一个检索结果。

ment 。保存对话窗将打开。

命名。单击保存。

序列将象应用方法那样以短的垂直的竖线自动出现在分析界

面的底部。垂直的竖线显示BLAST 结果的位置。

出现左面的BLAST 对话框。

是blastn ,数据库是nr 。

单击同意寻找结果显示为两部分(如下)。上边的部分是按可能性的顺序显示检的序列的名字,下面的部分显示上面部分选定序列与提交边--http://www.wendangku.net/doc/6eacb74c2e3f5727a5e9629e.html/BLAST.--可以找到。一般和更低的expectation 提示较好的相似性。

BLAST Gene Finding - DNA

Finder ,在打开序列中寻找检索到的序列。(如果我们使用blastp 或stx ,则相当于Ge 在BLAST 结果单击Put In Docu 选定保存位置,并你选的