文档库 最新最全的文档下载
当前位置:文档库 › 氨氧化古细菌_AOA_的研究进展[1]

氨氧化古细菌_AOA_的研究进展[1]

氨氧化古细菌_AOA_的研究进展[1]
氨氧化古细菌_AOA_的研究进展[1]

第34卷第2期2009年2月

上海化工ShanghaiChemical

Industry

氨氧化古细菌(AOA)的研究进展

陈熙张明郭怡雯

华东师范大学环境科学系(上海200062)

摘要一直以来,氨氧化细菌(AOB)是硝化反应中负责将NH4+转化成为NO2-的一类无机自养微生物。近几年来国外一些学者于海洋中发现氨氧化古细菌(AOA)存在,它们同样广泛存在于土壤、自然水体、污水处理

厂、垃圾渗滤液等产生硝化反应的环境中,负责将氨转化为亚硝酸盐。甚至在某些生态环境中,AOA占主导

地位。概述了国外对不同环境下氨氧化古细菌种群多样性的差异,以及各类环境中共有的氨氧化古细菌种

类。最后,对今后氨氧化菌深入研究的方向及其功能作了进一步的展望。

关键字氨氧化古细菌系统发育生态分布

中图分类号Q9.9.11+1

1氨氧化古细菌在生态环境中的分布

1.1AOA的发现

氨氧化细菌(AOB)在泥土、淡水、海水层、河口

以及沉积物等各种生态环境中已经得到了广泛关

注,并在海洋的上层和深海层中的生物地球化学循

环中起到了关键作用。但是近年来,越来越多的研究

表明,在氨氧化培养中,有硝化作用的古细菌在海洋

泉古菌中有很高的丰富度。这在氨氧化菌的研究方

面是一个极大的突破。Landmark用独立培养的方法

揭示了有很大一部分泉古菌生长在冰冷的含氧海水

中[1-2],例如,海洋泉古菌在全世界的海洋中有1028之

多。这种数量上的优势表明了氨氧化古细菌(AOA)

在全球生态地球化学循环中占有重要地位。

2005年,Venter等进一步深入研究了浮游生物

古细菌的新陈代谢能力,并在含马尾藻海洋中,通过

对DNA序列的打靶,研究了微生物基因的多样性。

基于他的发现,一个独特的氨单(加)氧酶基因位于

相关古细菌的scaffold处,Venter等认为一些古细菌

也许具有能够执行化能自养硝化作用的能力[3]。同

年,Konneke等从热带海洋水族馆鱼缸里的岩石土

壤底层中分离出一株氨氧化古细菌,命名为Ni-

trosopumilusmaritimus。通过定量PCR的测定,证明

了这些含丰富泉古菌的培养揭示了氨氧化成亚硝酸

盐的氧化速率与泉古菌丰富度的增加一致[4]。

1.2在环境中的分布及环境因子对其分布的影响

硝化反应,是微生物的连续氧化过程,将氨氧化

到亚硝酸盐再到硝酸盐,它是生物地球化学氮循环

中关键的一步。氨氧化微生物催化硝化反应中限速

的第一步——

—氨氧化为亚硝酸盐。直到前些年,氨氧

化的微生物群落才逐渐开始被研究清楚,β-和

γ-变形菌纲的好氧无机化能自养细菌是目前得到

肯定的氨氧化微生物群。但是近几年,对氨氧化菌的

研究有了很大的变化和进展[5]。首先,厌氧氨氧化被

认为是一种生物过程的新分支[6-7];不久,属于泉古菌

属的氨氧化古细菌(AOA)的分离培养带来了一次飞

跃性的进展[4]。研究发现,在一些不同类型的土壤,北

海、大西洋、太平洋和黑海这些陆地和海洋生态系统

中,AOA的数量超过了氨氧化细菌(AOB)。更进一

步的分子学研究也证明了AOA与海洋海绵体可以

共生存[9-12],而且针对AOA的amoA基因的很多研究

样品来自范围更广泛的生态环境中[13-15,16-19]。硝化反

应中AOA的发现是微生物的进化历史和多样性研

究的巨大变革。

1.2.1土壤环境

2006年,S.Leininger等取土壤样品,通过设定

amoA基因和四醚脂(泉古菌的特征物质)对泉古菌

可能的生态影响进行量化研究,发现AOA的种群结

构在不同土层深度是不同的,这也反映了可能存在

不同生态类型的AOA。同时,通过为古细菌的amoA

和16SrRNA基因设计的5种不同引物结合体,得到

AOA比AOB更占具主导地位的结果[20]。

这是第一个关于自然湖水的研究,尤其是针对

其中的根际沉积物。古细菌的AOA序列属于

··

上海化工第34卷

Francis等[3]定义的水体/沉积物菌种(种A1)和土壤/沉积物菌种(种B),而且它们在微生物根际和非根际沉积物中的菌种类型是不同的。研究结果表明,在水生植物根际沉积物中,AOA在数量上是AOB的500 ̄8000倍。同样的结论在某些土壤生态系统[22]和陆生植物根际环境[23-24]中也可以得出。尽管会呈现空间和季节性的变化,但是AOA在L.uniflora的根际环境的氨氧化群落中,始终占主导位置。这种趋势暗示了AOA很可能比AOB更能够适应根际的微需氧环境或者更能优先利用根部释放的能源[25-26]。

在根际土壤中,根系释放的O2、CO2等对AOA有很大的影响。在缺氧条件下培养,检测到土壤中AOA的amoA基因数量很低,而且氨氧化能力也极大地降低。Bowatte等在2007年研究了根系周围的CO2升高对根系AOB和AOA群落的影响,结果发现AOB的amoA基因在根系土壤和非根系土壤中几乎没有变化;而AOA的amoA基因则占多数,AOA∶AOB的范围在1.2 ̄69.3。值得一提的是,在根际土壤中硝酸盐增加时,古细菌amoA基因的cDNA拷贝数有显著的增加,这表明了在含水量大的土壤中,硝酸盐可以反硝化为氨,增加了古细菌amoA基因在RNA水平的表达。因此,很有可能AOA在水稻根系土壤中古细菌占主导地位[21]。

2008年,Tourna等针对不同环境因子对氨氧化菌的影响进行研究,他们从苏格兰农业大学、Craib-stone、Aberdeen、Scotland采集表层10cm的土壤样品,研究发现非嗜热氨氧化泉古菌的氨氧化作用是以AOA和AOB中amoA基因丰富度为基础,而不是AOA和AOB的活性。在硝化反应过程中,DGGE和16SrRNA以及amoA基因分析都没有检测到AOB群落结构的变化;而AOA在高温培养时期,群落结构发生了很大的变化。在高温期,随着AOA的序列类型相对丰富度的增加,其群落结构也有很大的变化,海洋古细菌种有所增加,土壤古细菌反而没有增加。这种现象说明了非嗜热泉古菌在土壤硝化反应中起到了重要的作用[27]。

1.2.2水体环境

众所周知,海洋是硝化的重要场所,古细菌在海洋中的微生物群体中占主要优势,在SantaBarbara海峡,泉古菌门和亚硝酸盐的浓度显然是随着时间而相互联系。可以认为古细菌的一个部分重要的作用是氧化重新矿化的NH4+(例如,执行化能自养硝

化作用的第一步),更可能的是,也许水体中的AOA控制着古细菌更广泛的模式[28]。这些研究都表明,泉古菌的一些特定的类群,主要功能是自养氨氧化。海洋泉古菌被证明在海洋氨氧化反应中起到很重要的作用,因此对海洋生物化学循环有着不可忽视的作用。

近年来,一株自养氨氧化菌Nitrosopumilusmaritimus的培养为一些海洋浮游泉古菌的氨氧化能力提供了确凿的证明。Mincer等2007年的研究数据表明,泉古菌和Nitrospina主要分布在海洋上层透光带地区以下,只有冬天深层洋流混合时期,这些浮游泉古菌能在表层有适量的分布。相反的,广古菌在蒙特雷湾的分布与浮游泉古菌相关,当亚硝酸盐出现最高值时,广古菌在表层水体体现高的丰富度。这也说明了这些浮游广古菌可以利用这些亚硝酸盐。尽管对浮游广古菌的生理学特性还没有很深入地研究,但是它们在公共海域的表层透光带地区的分布与它们基因组中proteorhodopsin基因的存在相一致。

2007年,Hatzenpichler等首次证实了嗜热AOA的高丰富度,同时第一次在细胞级别上证实了这些AOA属于土壤泉古菌1.1b。他们在46℃的温泉中进行氨氧化富集培养,从中筛选出氨氧化微生物。经过16SrRNA、克隆、RFLP筛选并测序,发现温泉中得到的46组序列均属于土壤泉古菌1.1b,通过amoA、amoB基因扩增,相似度都大于99%。他们又通过催化报告分子沉淀-荧光原位杂交(CARD-FISH)和膜显微自显影(MAR)方法证明了这些嗜中温古细菌在氨中的代谢活性:当氨浓度在0.14和0.79mM时AOA的活性最高;当氨浓度在3.08mmol/L时对AOA的活性有部分抑制[5]。

同年,Sahan等对Westerschelde入海口沉积物中的氨氧化菌的时空分布进行了研究,amoA基因的数值分析表明,盐度、温度、亚硝酸盐浓度和净初级生产率对AOA的分布有较大的影响。温度和盐度的变化使得样品中的AOA群落分离开,2月、3月和4月;5月、7月和9月。本文中发现净第一生产力的增加使9月的样品中AOA群落增加了几乎3倍。另外,虽然亚硝酸盐的浓度对AOB种群分布没什么影响,但是可能对AOA的分布有一定的影响。1999年,Murray等对SantaBarbara渠道的研究也得到了相似的结论。2006年,Wuchter等对北海的研究中发

2··

第2期陈熙等:氨氧化古细菌(AOA)的研究进展

现,海洋泉古菌的丰富度与亚硝酸盐呈正相关,但是β-和γ-变形菌纲的丰度几乎没什么变化。当然,过高的亚硝酸盐浓度对泉古菌的生长也是有抑制作用的[29]。

2氨氧化古细菌(AOA)有关16SrRNA和amoA基因的研究进展

针对硝化反应限制速率的第一步——

—氨氧化反应的研究,一直都集中在AOB。在基于16SrRNA(确定了β-和γ-变形菌纲的AOB)的研究中,AOB序列分布明显的地域性与入海口大梯度变化的盐度,氨浓度和氧浓度相联系[30];在amoA基因(编码了氨加单氧酶的α亚基)的研究中,也得到同样类似的结论[31-32]。尽管这些数据为入海口沉积物中AOB的动力学研究作出了显著贡献,但是目前由于在硝化反应中发现优势微生物种群——

—古细菌,所以有关微生物的氨氧化反应和硝化反应必须在此基础上进行重新评估。

古细菌是由一类独一无二、数量巨大的微生物群落组成[33-35],仅在海洋中,就发现适温古细菌之王——

—泉古菌存在,数量高达1028。尽管这类微生物在海洋生物化学循环中的作用还有待进一步探究,但是系统发育的多重汇集菌株表明,多数泉古菌负责氨氧化反应。这些在针对氨加单氧酶(amo)基因的宏基因组研究有:与马尾藻海中支架相关联的古细菌中的amo[36],来自1.1b土壤泉古菌中一个16Sr-RNA基因,在相同的43kb宏基因片段上的amo[37],还有对Nitrosopumilusmaritimus的培养,它是1.1a海洋泉古菌的一株,化能自养生长,将氨氧化成亚硝酸盐,同时包含被公认的amoA、amoB、amoC基因[8],这些基因可以编码尿素酶、尿素吸收、氨的转运和硝酸还原酶和亚硝酸还原酶。

古细菌的amoA基因在海洋和海底沉积物中的广泛存在表明,这种氧化氨能力是泉古菌的重要功能,同时也是海洋生物化学循环中的重要反应。事实上,Ingalls等证明了北太平洋海域中层的古细菌,其中83%是化能自养的——

—与氨氧化反应的要求相一致[38]。古细菌的海绵共生体——

—Cenarchaeumsymbiosum的基因组可以编码一种自养的碳修复途径,还可以编码于N.maritimus相似的amoA、amoB、amoC[39]。最近的研究,Park等证明AOA在硝化废水处理系统中的存在,而Wuchter等发现在北海和古

细菌的amoA基因拷贝数量是细菌的10 ̄1000倍,同时还证明这些海域中大多数浮游泉古菌都是AOA,它们在氨氧化中占数量上的优势[40]。相似的结论在土壤分析中也可以得到:古细菌的amoA基因拷贝数是细菌的3000倍,而且这些基因都与泉古菌特殊脂相关,例如crenarchaeol[41]。

Beman等对高营养的亚典型入海口沉积物中的AOA和AOB进行研究,发现了两种AOA类群。经过对这些古细菌的amoA基因库的系统发育研究和数值分析,看到这些AOA类群呈现空间结构分布,一类与1.1a泉古菌相关联,另一类与1.1b泉古菌相一致。同时,在所研究的入海口沉积物中,AOA很有可能比AOB有更广泛的分布和丰富度[42]。

2005年,Christa等通过对一些泉古菌16SrRNA或者古细菌特定的核心区基因鉴定,rRNA操纵子的结构和多基因分析,低GC含量和预测的蛋白都证实了Crenarchaeol脂类来源于这些多基因片断。尤其是两个编码与氨单加氧酶亚基有关的蛋白质的基因(amoA/B),这个酶也是硝化细菌氨氧化作用的关键酶。对于这两个基因的辨认得到了一个结论:非嗜热的泉古菌利用氨作为他们重要的能量来源[43]。

从样品中40种古细菌的amoA基因中得到16种不同的克隆型,其中包括深海古细菌属,这类菌在北太平洋,黑海和蒙特雷湾入海口都被检测到。

在日本东南海水体中的菌株基本都包含amoA基因,这也暗示了古细菌有可能主要负责海洋中化能自养硝化反应中的第一步。由此推断,与深海古细菌属amoA基因相关的AOA很有可能是东南海2000m洋层硝化反应中的重要微生物种群。海底0~5cm沉积物中的克隆体大多属于沉积物A菌属,包含化能自养AOA的amoA基因“CandidatusNitrosopumilusMaritimus”。但是它与这个菌属中的其他菌株相似度并不高,表明它代表了一株深海低温沉积物(0.2℃)中,独立的嗜冷AOA菌种(CBK-G3N131)[44]。

研究表明,独特的AOA群落与每个地理位置都相关联,在这些研究区域内,不同的分支往往和单个样品点相联系。在Elkhorn泥沼的样品中,其克隆文库中发现具有不同的丰富度水平和稀少的组合重叠。来自于Tóbari区域内部的序列都归属于土壤/沉积物的分支,但是没有一个来自于海湾口的序列归属于这个分支。此外,来自于这个位点内部的古细

··

[1][2][3]FuhrmanJA,McCallumK,DavisA.Novelmajorar-chaebacterialgroupfrommarineplankton[J].Nature,1992,356:148-149.

DeLongEF.Archaeaincoastalmarineenvironments[J].ProcNatlAcadSciUSA,1992,89:5685-5689.ChristopherA,Francis,KathrynJ,etal.Ubiquityanddiversityofammonia-oxidizingarchaeainwater

菌amoA文库在所研究分析的沉积物文库中多样性是最低的,其中河口的多样性最为丰富。正如早期间接提到的,旧金山北部海湾的amoA序列也许代表着一个独特的低盐AOA类型。

尽管四种沉积性环境具有完全不同的自然和生物地球化学的环境,但是都含有一个主要的亲缘分支。这个分支也包括来自于东部热带北太平洋——

—未归属于任何水体分支的一个序列,而且这个分支也许代表着全球海洋中所有的AOA群落[28]。

从上述的相关研究看出,氨氧化古细菌大多分布在低温和中温的环境中。直到最近,在陆地温泉中发现了一种膜表面的脂crenarchaeol。Torre等2007年对一种嗜热的自养氨氧化古细菌在74℃进行培养。在60 ̄80℃不同温度下接种温泉底泥中的菌种,发现大于74℃时,几乎检测不到亚硝酸盐产物;而在72℃时,有稳定的氨氧化反应发生。这些氨氧化菌的最适生长温度在65 ̄72℃。通过FISH检测,这些氨氧化菌中大于90%为AOA。由此可以确认高温硝化反应中氨氧化古细菌的分布。所有检测到的泉古菌中,都包含多种环戊烷的GDGT脂,而非高温泉古菌包括一种结构不同的crenarchaeol脂。这类能在72℃生长的古细菌的关键脂是crenarchaeol,经脂类分析确认,它是GDGT的主要组成。这些发现很大程度上突破了硝化反应的高温限制,也说明这种氨氧化的能力广泛分布在泉古菌中[45]。

Steger等筛选了取自加勒比海、地中海和西太平洋的海绵体样品,通过古细菌amoA基因扩增表明,这些海绵体中存在的古细菌是已经公认的AOA。除了这些来自海绵体的amoA基因外,还有一些菌株包含来自珊瑚的amoA基因。由此可以看出,海绵体中的amoA基因多样性比珊瑚和海洋沉积物中要低。然而,海洋水体拥有更高的amoA基因多样性。FISH和16SrRNA检测证实,海绵体上的AOA很可能是降解氨的重要作用者[46]。

3氨氧化古细菌的研究前景

目前,对好氧氨氧化菌的研究已经涉及到诸多方面。其代谢方式的多样性使人们认识到天然水环境中尚存在未知的氮元素生物循环途径,而对这些循环途径的研究又为开发更节约能源、更符合可持续发展要求的废水脱氮技术提供了生物学基础。2005年,中国科学院微生物研究所的刘志培等以硅

胶平板分离出一株异氧氨氧化菌H9菌株,经16Sr-RNA序列分析等初步鉴定该菌属于假诺卡氏菌属。该菌株具有将氨氧化为硝酸的能力,明显不同于自养型的硝化作用过程需要亚硝化细菌和硝化细菌的密切协作才能把氨氧化成硝酸的特点[47]。由此可以看出,对氨氧化菌与其他相关菌种之间的协作、竞争关系的研究也为污水中多种污染物联合处理工艺的开发提供了更多的可能性[48]。

对于最新发现的AOA,它的生存环境是类似黑海的贫氧沉积物和水柱中,也已经被一些研究者发现并得到证实。AOA是否在低溶解氧的硝化作用或“硝化细菌反硝化作用”中占主要地位,仍需要定量的有关这些污水厂中AOA的活性和丰富度的资料。还有个值得注意的现象是,一些细菌的加单氧酶基因用它们的引物不能被扩增,而古细菌的加单氧酶基因可以被扩增出。

尽管目前还没有检测出在活性污泥环境中的AOA的活性或相对丰富度,但是AOA的分子基因标记的存在,包括一个古细菌加单氧酶基因(amoA)的类群(类群D),这个类群可能广泛地存在在活性污泥反应器中。更重要的是,国外研究者提供了污水厂生物反应器中的AOA研究基础,包括对AOB和AOA在氨氧化过程中相对贡献的评估,适合AOA生长和AOA活性稳定的操作条件。可以让我们更深入地对AOA的多样性和分布规律进行量化研究。

为了进一步利用这一类特殊的微生物资源为生态环境、农业生产以及人体健康服务,可以充分利用现代分子生物学手段,研究污水处理系统好氧氨氧化菌与亚硝酸盐氧化菌以及其他相关菌种协作、竞争机制,以开发高效能含氮污水短程硝化,反硝化脱氮工艺技术;利用现代微生物分子技术,对不同生态环境条件下的特殊AOB菌种,检测其是否有基因漂移或者对其进行遗传改造,强化硝化过程相关酶基因的表达及其产物的代谢活性和环境适应性,提高高浓度氨氮废水的生物处理能力[49]。

参考文献:

上海化工第34卷4

··

[22][23][24][25][26][27][28][29][30][31][32][33][34]第2期

陈熙等:氨氧化古细菌(AOA)的研究进展

LeiningerS,TUrich,MSchloter,etal.Archaeapre-

dominateamongammonia-oxidizingprokaryotesinsoils.[J].Nature,2006,442:806-809.

SimonHM,JADodsworth,etal.Crenarchaeotacolo-

nizeterrestrialplantroots.[J].Environ.Microbiol.,2000,2:495-505.

SimonHM,CEJahn,LTBergerud,etal.Cultivation

ofmesophilicsoilcrenarchaeotesinenrichmentculturesfromplantroots.[J].Appl.Environ.Microbiol.,2005,

71:4751-4760.

BemanJM,KJRoberts,LWegley,etal.Distribution

anddiversityofarchaealammoniamonooxygenasegenesassociatedwithcorals.[J].Appl.Environ.Microbiol.,2007,73:5642-5647.

DuhamelS,SJacquet.Flowcytometricanalysisofbac-

teriaandvirus-likeparticlesinlakesediments[J].Mi-crobiol.Methods,2006,64:316-332.

MariaTourna,ThomasEFreitag,etal.Growth,activity

andtemperatureresponsesofammonia-oxidizingarchaeaandbacteriainsoilmicrocosms.[J].EnvironmentalMi-crobiology,2008,10(5):1357-1364.

ChristopherAFrancis,KathrynJRoberts,etal.Ubiq-

uityanddiversityofammonia-oxidizingarchaeainwa-tercolumnsandsedimentsoftheocean.[J].Environ-mentalScience,2005,102(41):14683-14688.EmelSahan,GerardMuyzer.Diversityandspatio-tempo-

raldistributionofammonia-oxidizingArchaeaandBac-teriainsedimentsoftheWesterscheldeestuary.[J].FEMSMicrobiolEcol,2006,

64:175-186.

MJ,AGSpeksnijder,GAKowalchuk,etal.Shiftsin

thedominantpopulationsofammonia-oxidizing-sub-classProteobacteriaalongtheeutrophicSheldeestuaryAquat.[J].Microb.Ecol.,2001,23:225-236.

BernhardAE,TDonn,AEGiblin,etal.Lossofdi-

versityofammonia-oxidizingbacteriacorrelateswithin-creasingsalinityinanestuarysystem.[J].Environ.Mi-crobiol.,2005,7:1289-1297.

Francis,CA,GDO’Mullan,etal.Diversityofam-

moniamonooxygenase(amoA)genesacrossenvironmentalgradientsinChesapeakeBaysediments.[J].Geobiology,2003,1:129-140.

DeLongEF.Archaeaincoastalmarineenvironments.

[J].Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1992,89:5685-5689.

FuhrmanJA,KMcCallum,AADavis.Novelmajor

archaebacterialgroupfrommarineplankton.[J].Nature,1992,356:148-149.

[4]

[5]

[6][7][8][9]

[10][11][12][13][14][15][16][17][18][19][20][21]columnsandsedimentsoftheocean[J].EnvironmentalScience,2005,102(41):14683-14688.MartinKonneke,AnneEBernhard,Jose’R.delaTorre,etal.Isolationofanautotrophicammonia-oxidiz-ingmarine

archaeon

[J].

Nature,

2005,

437(22):

543-546.

RolandHatzenpichler,ElenaVLebedeva,EvaSpieck,etal.Amoderatelythermophilicammonia-oxidizingcre-narchaeotefromahotspring[J].PNAS,2008,105(6):

2134-2139.SchmidtI,SliekersO,SchmidM,etal.FEMSMicro-biolEcol,2002,39:175-181.

StrousM,FuerstJA,KramerEH,etal.Nature,1999,400:446-449.

HallamSJ,KonstantinidisKT,PutnamN,etal.ProcNatlAcadSciUSA,2006103:18296-18301.HallamSJ,MincerTJ,SchleperC,etal.PLoSBiol,2006,4:195.

PrestonCM,WuKY,MolinskiTF,etal.ProcNatlA-

cadSciUSA,1996,93:6241-6246.

StegerD,Ettinger-EpsteinP,WhalanS,etal.Environ

Microbiol,2007,10:1462-2920.

WuchterC,AbbasB,CoolenMJ,etal.ProcNatlAcad

SciUSA,2006,103:12317-12322.Martina

Herrmann,Aaron

Saunders,AndreasSchramm.ArchaeaDominatetheAmmonia-OxidizingCommunity

in

the

Rhizosphere

of

the

Freshwater

MacrophyteLittorellauniflora.[J].AppliedandEnviron-mentalMicrobiology,2008,74(10):3279-3283.MincerTJ,ChurchMJ,TaylorLT,etal.EnvironMi-

crobiol,2007,9:1162-1175.

LamP,JensenMM,LavikG,etal.ProcNatlAcad

SciUSA,2007,104:7104-7109.

BemanJM,FrancisCA.ApplEnvironMicrobio,2006,

l72:7767-7777.

FrancisCA,RobertsKJ,BemanJM,etal.ProcNatl

AcadSciUSA,2005,102:14683-14688.

HeJ,ShenJ,ZhangL,etal.EnvironMicrobiol,2007,

9:2364-2374.

ParkHD,WellsGF,BaeH,etal.ApplEnvironMi-

crobiol,2006,72:5643-5647.

SLeininger,TUrich,MSchloter,etal.Archaeapre-

dominateamongammonia-oxidizingprokaryotesinsoils.[J].Nature,2006,442(17):806-809.

Xue-PingChen,Yong-GuanZhu,etal.Ammonia-oxi-

dizingarchaea:importantplayersinpaddyrhizospheresoil?[J].EnvironmentalMicrobiology,2008,45:1-10.

5··

[35]

[36][37][38][39][40][41][42][43]

[44]

[45]

[46]

[47]

[48]

[49]

[50]

[51]

Advances on Ecological Research of Ammonia-

oxidizing Archaea

Chen Xi Zhang Ming Guo Yiwen

Abstract:For long times,ammonia oxidation by ammonia-oxidizing bacteria(AOB)is the key process in the nitration reaction.These ammonia-oxidizing bacteria are a kind of inorganic autotrophic microorganism who have the responsibility of transferring NH4+to NO2-.But in these several years,some foreign researchers found ammonia-oxi-dizing archaea(AOA)who exist in the marine.They are generally in the environment which contains nitration reac-tion,such as soils,fresh water,wastewater treatment systems.soils and even wastewater treatment.AOA have the same function as AOB,and in some certain habit,the AOA are the predominant oxidizer.We also summarize the diversity difference between the AOA in various environments.Here we describe our perspectives for the future re-search of AOA in applied ecology and environmental protection.

Keywords:Ammonia-oxidizing archaea;Phylogeny;Ecological distribution

上海化工第34卷

KarnerMB,EFDeLong,DMKarl.Archaealdomi-

nanceinthemesopelagiczoneofthePacificOcean.

[J].Nature,2001,409:507-510.

VenterJC,KRemington,JFHeidelberg,etal.Envi-

ronmentalgenomeshotgunsequencingoftheSargasso

Sea.[J].Science,2004,304:66-74.

TreuschAH,SLeininger,AKletzin,etal.Novel

genesfornitritereductaseandAmo-relatedproteins

indicatearoleofuncultivatedmesophiliccrenarchaeota

innitrogencycling.Environ.Microbiol.,2005,7:

1985-1995.

IngallsAE,SRShah,RLHansman,etal.Quantify-

ingarchaealcommunityautotrophyinthemesopelagic

oceanusingnaturalradiocarbon.[J].Proc.Natl.Acad.

Sci.USA,2006,103:6442-6447.

HallamSJ,TJMincer,CSchleper,etal.Pathwaysof

carbonassimilationandammoniaoxidationsuggestedby

environmentalgenomicanalysesofmarinecrenarchaeota.

[J].PLOSBiology.,2006,4:395.

WuchterC,BAbbas,MJL,etal.Archaealnitrifica-

tionintheocean.[J].Proc.Natl.Acad.Sci.USA,2006,

103:12317-12322.

LeiningerS,TUrich,MSchloter,etal.Archaeapre-

dominateamongammonia-oxidizingprokaryotesinsoils.

[J].Nature,2006,442:806.

JMichaelBeman,ChristopherAFrancis.Diversityof

Ammonia-OxidizingArchaeaandBacteriainthe

SedimentsofaHypernutrifiedSubtropicalEstuary:

BahiadelTo'bari,Mexico.[J].Appliedand

EnvironmentalMicrobiology,2006,72(12):7767-7777.

ChristaSchleper,GermanJurgens,MelanieJonuscheit.

GenomicStudiesOfUncultivatedArchaea.[J].Micro-

bilolgy,2005,3:479-488.

TatsunoriNakagawa,KojiMori,ChiakiKato,etal.Dis-

trubutionofCold-AdaptedAmmonia-OxidizingMicroor-

ganismsintheDeeo-OceanoftheNortheasternJapan

Sea.MicrobesEnviron.,2007,22(4):365-372.

JoséRdelaTorre,ChristopherBWalker,etal.Cul-

tivationofathermophilicammoniaoxidizingarchaeon

synthesizingcrenarchaeol.[J].EnvironmentalMicrobiology,

2008,10(1):810-818.

DorisSteger,PiersEttinger-Epstein,StephenWhalan,

etal.Diversityandmodeoftransmissionofammoni-

a-oxidizingarchaeainmarinesponges[J].Environmental

Microbiology,2008,10(4):1087-1094.

刘志培,贾省芬,俞志明.新型异养氨氧化菌的分离鉴

定及氨氧化特性.[J].环境污染与防治,2005,27(5):

337-339.

李小鹏,张代均,曹琳.氨氧化菌在污水生物处理中的

作用.[J].中国给水排水,2004,20(5):24-27.

郝永俊,吴松维,吴伟祥.好氧氨氧化菌的种群生态学

研究进展.[J].生态学报,2007,27(3):1573-1582.

Hee-DeungPark,GeorgeFWells,HyokwanBae,etal.

OccurrenceofAmmonia-OxidizingArchaeainWastew-

aterTreatmentPlantBioreactors.[J].AppliedandEnvi-

ronmentalMicrobiology,2008,72(8):5643-5647.

TracyJMincer,MatthewJChurch,etal.Quantitative

distributionofpresumptivearchaealandbacterial

nitrifiersinMontereyBayandtheNorthPacific

SubtropicalGyre.[J].EnvironmentalMicrobiology,2007,

9(5):1162-1175.

收稿日期:2008年11月6

··

红菌与厌氧氨氧化菌

红菌与厌氧氨氧化菌 摘要: 红菌为野生珍贵的食用真菌。食用能增强人体免疫力,有补血养元、抗肿瘤之神功。但红菌的菌丝不能分离,故至今无法进行人工栽培,日见珍贵。而平日人们俗称的“红菌”,其实是厌氧氨氧化菌,成熟的厌氧氨氧化污泥呈现美丽的深红色,所以俗称红菌。厌氧氨氧化菌是一类细菌。它们对全球氮循环具有重要意义,也是污水处理中重要的细菌。 关键词: 红菌厌氧氨氧化菌微生物污水处理 引言: 近年来,有关厌氧氨氧化过程这一特殊的生化机制以及微生物类群的研究引起了人们的极大关注,尤其是这类微生物的生态环境可能比人们预想的范围更加广泛。对于这类菌的深入认识将大大促进它们在污水处理工程中的应用。而厌氧氨氧化菌的俗称“红菌”也是一种极其珍贵的食用真菌,其独特疗效使其日渐珍贵。 一、红菌 1、红菌简介 红菌(属名Rhodobium),又名正红菇、真红菇,长于原始森林中的一种珍稀野生食用菌,其生长条件十分讲究,只有在气温高,雨水多的夏秋季节原始森林中才有生长红菌的可能,除此以外的其它山地便无法长出。主要产在广西省容县浪水乡、藤县一带,尤其在浪水乡、象棋等红菌特别出名。 2、野生红菌成分 红菌含高蛋白及丰富的维生素B、D、E,碳水化合物,氨基酸,人体必须的微量元素(铁、锌、硒、锰等)等,红菌的菌丝不能分离,故至今无法进行人工栽培,日见珍贵。红菌身含有5种多糖、16种氨基酸和28种脂肪酸。多糖含量约为2.47%,其中单糖和寡糖占总糖的33.9%,氨基酸含量14.7%,其中人体必需、半必需氨基酸占氨基酸含量的54.4%。 3、红菌个体形态特征 红菌菌盖呈扁半球形,中部下凹,深菜红色、紫红色,菌肉白色,汤色粉红。生长环境无污染,夏秋人工采摘、晒干,数量稀少。 4、野生红菌功能 红菌为野生珍贵的食用真菌,它具有安神补血,特别适合产妇及贫血者食用,其味较之

微生物论文——古细菌

古细菌研究进展 (************** 生命科学学院黑龙江大学哈尔滨 15080) 摘要:主要对生物分类的三域学说,古细菌域生物的特征、形态做了简要介绍,并阐述了几类古细菌的分子机制及其研究进展与发展前景。 关键词:古细菌生物分类的三域学说嗜热菌嗜盐菌产甲烷菌。 Archaea research progress (************** , College of Life Science, Heilongjiang University, Harbin, 150080) Abstract: Mainly on the taxonomy of the three domain Archaea domain theory, biological characteristic, form briefly, and expounds several archaeal molecular mechanism and its research progress and development prospect of. Key Words: Archaea The biological classification of three domain theory Thermophilic bacteria Halophilic bacteria Methane producing bacteria 多年来,科学家们一直认为地球上的生命由原核生物和真核生物两大类组成,到20世纪70年代后期,这个概念受到了Woese研究的挑战。1977年Woese 等选择了16SrRNA作为研究生物进化的分子计时器,因为它们为生物细胞所共有,其功能同源,且最为古老,即含保守序列,又含可变序列,分子大小也较适合操作,更重要的是它的序列变化速度与进化距离相适应。Woese等在比较了来自不同原核生物及真核生物的16SrRNA序列的相似性后发现,原来被认为是细菌的甲烷球菌代表着一种即不同于真核生物,也不同于细菌的生命形式。他们认为这是地球上的第三生命形式,并命名为古细菌。据此,Woese于1990年提出了生物的三域分类学说, ,即认为生命是由细菌域(Bacteria)、古菌域(Archaea)和真核生物域(Eucarya)所构成,并由此构建了一个生命进化总树。之后,人们将其他序列的生物大分子用于生命进化的研究中,如RNA聚合酶的亚基,延伸因子EF-Tu、ATPase 等。其研究结果也支持Woese的三域生命学说,进一步证明了古菌是地球上一种独特的生命形式。从此人类开始了对古细菌研究的新篇章。 古菌是一群具有独特的基因结构或系统发育生物大分子序列的单细胞生 物,多生活在各种极端的自然环境中,如海洋底部的高压热溢口、热泉、盐碱湖等。 目前,可在实验室培养的古菌主要包括三大类:产甲烷菌、极端嗜热菌和极端嗜盐 菌。产甲烷菌生活于富含有机质且严格的无氧环境中,参与地球上的碳素循环, 是能合成甲烷的生物;极端嗜盐菌生活于盐湖、盐田及盐腌制品表面,能够在盐饱 和的环境中生长;极端嗜热菌通常分布于含硫或硫化物的陆相或水相地质热点, 它们中绝大多数严格厌氧,在获得能量时完成硫的转化尽管不同的古菌生活习性 大相径庭,但它们却有共同的、有别于其他生物的细胞学及生物化学特征。

植物内生细菌研究进展

植物内生细菌研究进展 摘要:植物内生细菌是植物微生态系统的重要组成部分,具有广阔的理论研究价值和开发应用前景。本文从植物内生细菌的概念、生物学作用及其应用等方面对近年来植物内生细菌的研究现状进行了综述,并展望其应用前景,以便为进一步研究和应用这类微生物提供信息。 关键词: 植物内生细菌,固氮作用,绿色菌肥 引言: 植物内生细菌系统地分布于植物体内,与植物在长期系统发育共进化过程中建立了一种和谙联合的关系。植物内生细菌有丰 富的种群多样性,对宿主植物具有内生固氮、生物防治以及促 进生长等多种生物学作用,可应用于防治植物病害、植物内生 细菌联合的生物修复以及作为外源基因的载体等具有广泛的 开发和应用价值,已成为国内外研究的热点。在人们日益重视 人与自然和谐相处的今天,研究和利用植物内生细菌对于替代 或减少农药和化肥的使用,改善农业生态系统,保持植物微生 态系统的生物多样性以及维护农田生态平衡实现可持续发展 都有重要意义。 正文: 1.植物内生菌的发展及概念 植物内生细菌名称的由来是经历了几十年的发展才逐渐形成的。1876 年, Pasteur 从无菌葡萄果汁中提取出内生细菌, 内生细菌由

此逐渐引起了人们的关注[1], 传统观念曾认为健康植物体内不含细菌,从健康植物体内分离获得的细菌是由于消毒不严而受污染引起。直至上世纪20~50 年代, 人们陆续从 30 多种健康植物体内分离到多种内生细菌, 植物体内含有细菌的事实才被肯定。1866 年 De Bary 为将植物组织内生活的微生物与植物表面生长的表生菌(Epiphyte)区别开来, 首先提出了内生菌的概念[2]。1992年Kloeooer 首次提出了“植物内生细菌”(endophytic bacteria)的概念[3]。1995年Wilson将植物内生菌的概念概括为: 植物内生菌是指能在整个或部分生活周期中侵染活植物体, 但对植物组织不引起明显症状的微生物, 包括真菌和细菌[4], 1997 年 Hallmann 等又对植物内生细菌的概念进行了补充, 认为植物内生菌可从植物表面或从植物内部获得, 且它们的存在未使植物的表型特征和功能有任何改变[5]。.综上所述,植物内生细菌至今尚无统一的定义.但普遍认可它应具有如下特征:一是能在活体植物内定殖;二是不引起寄主植物组织结构发生明显变化;三是在正常情况下,一般不引起寄主植物出现病害症状.符合这3个特征的微生物基本上属于内生菌的范畴[6]。 2.内生细菌的种类 内生细菌具有丰富的物种多样性。通过对棉花、水稻、玉米、甘蔗、马铃薯、柑橘等50多种农作物以及果树、蔬菜、杂草中的内生细菌进行的研究[7一15],发现了包括革兰氏阳性和阴性菌共计54个属。各种农作物及果树等经济作物中发现的内生细菌已超过120种,

氨氧化古细菌(AOA)的研究进展②

氨氧化古细菌(AOA)的研究进展 周博 (生物技术4班生命科学学院黑龙江大学哈尔滨 150080 ) 摘要:一直以来,氨氧化细菌(AOB)是硝化反应中负责将NH4+ 转化成为NO2- 的一类无机自养微生物。近几年来国外一些学者于海洋中发现氨氧化古细菌(AOA)存在,它们同样广泛存在于土壤、自然水体、污水处理厂、垃圾渗滤液等产生硝化反应的环境中,负责将氨转化为亚硝酸盐。甚至在某些生态环境中,AOA 占主导地位。概述了国外对不同环境下氨氧化古细菌种群多样性的差异,以及各类环境中共有的氨氧化古细菌种类。最后,对今后氨氧化菌深入研究的方向及其功能作了进一步的展望。 关键字:氨氧化古细菌系统发育生态分布 Advances on Ecological Research of Ammoniaoxidizing ZhouBo (The 4th class of Biotechnology , College of Life Science, Heilongjiang University, Harbin, 150080) Abstract:For long times, ammonia oxidation by ammonia-oxidizing bacteria (AOB)is the key process in thenitration reaction. These ammonia-oxidizing bacteria are a kind of inorganic autotrophic microorganism who have theresponsibility of transferring NH4+ to NO2-. But in these several years, some foreign researchers found ammonia-oxidizingarchaea (AOA)who exist in the marine. They are generally in the environment which contains nitration reaction,such as soils, fresh water, wastewater treatment systems. soils and even wastewater treatment. AOA have thesame function as AOB, and in some certain habit, the AOA are the predominant oxidizer. We also summarize thediversity difference between the AOA in various environments. Here we describe our perspectives for the future researchof AOA in applied ecology and environmental protection. Keywords:Ammonia-oxidizing archaea; Phylogeny; Ecological distribution 氨氧化古细菌(AOA)有关16SrRNA和amoA基因的研究进展 针对硝化反应限制速率的第一步———氨氧化反应的研究,一直都集中在AOB。在基于16SrRNA(确定了β- 和γ- 变形菌纲的AOB) 的研究中,AOB序列分布明显的地域性与入海口大梯度变化的盐度,氨浓度和氧浓度相联系[1];在amoA 基因(编码了氨加单氧酶的α亚基)的研究中,也得到同样类似的结论[2-3]。尽管这些数据为入海口沉积物中AOB的动力学研究作出了显著贡献,但是目前由于在硝化反应中发现优势微生物种群———古细菌,所以有关微生物的氨氧化反应和硝化反应必须在此基础上进行重新评估。

细菌对植物病害生物防治研究进展_许彦君

■ No.5.2011 摘要:细菌作为重要的生防因子在植物病害防治上具有重要作用,文章介绍了生防细菌研究进展,包括细菌作为生防因子的优势、细菌对植物病害的作用机制、生防细菌定殖、生防细菌鉴定、影响生防细菌效果的环境因素、重要的生防细菌假单胞菌和芽孢杆菌应用研究及生防细菌菌剂开发,并对未来生防细菌的遗传改造等生物工程进行了展望。 关键词:细菌;生物防治;假单胞菌;芽孢杆菌;鉴定Abstract:Bacteria plays a important action as biological control factor on plant diseases.Advance in the bacteria biological con ?trol for plant diseases were reviewed in this paper ,with particu ?lar reference to the advantage to control plant diseases,mecha ?nism,colonization,identification,environment factors,applica ?tion of Pseudomonas spp.and Bacillus spp.and development of bacterial agent,with expectation in the future studies on the gene engineering of bacteria.Key words:Bacterial;Biological control;Pseudomonas spp.; Bacillus spp.;Identification 利用生防细菌来防治植物病害成为国内外在生物防治研究中的一个热点。近年来,利用生防细菌或其代谢产物调控寄主植物根际周围益害微生物的平衡从而达到控病保产的目的,这也是防治土传病害的重要途径(郭荣君等,1998)。大量的研究表明,生防细菌不仅在其生长发育过程中产生多种拮抗性或竞争性的代谢产物,通过直接或间接作用,达到阻碍或杀死病原菌的效果,而且 细菌大多对植物具有较好的亲合性,易于定殖(R.Grosch,1999)。 1细菌作为生防因子的优势 生防细菌主要优势有:(1)生防细菌的种类和数量众多,在植物根际和地上部大量存在;(2)生防细菌对病原菌的作用方式较广,可以通过竞争、拮抗和寄生、诱导植物产生抗性等方式对病原菌产生影响;(3)具有惊人的繁殖速度;(4)多数生防细菌可从植物根际和叶部分离得到,接种后易于在植物上定植,生防效果持久稳定;(5)细菌大多可以人工培养,便于控制,在实践中易于操作(程亮等,2003);(6)其遗传和生化分析简单,容易产生大量的次生代谢物;(7)有些细菌不仅能防治病害而且可以增加作物产量。2生防细菌作用机制 目前认为生防细菌主要是通过对营养和位点的竞争以及产生抗生素的拮抗作用来达到生防效果。主要的作用模式包括:抗生物质的产生;通过产生噬铁素对铁原子的竞争(L.Cindy 等,2002);对位点和营养的竞争(O.G.G.Knox 等,2000);诱导植物抗性机制的表达(L.C.Van Loon 等,1998;杨海莲等,2000);降解病原菌产生的致病物质,如毒素等;分泌细胞壁降解酶,如几丁质酶和?-1,3葡聚糖酶等(J.M.Whipps,2001)。有的拮抗菌株以一种机制为主,有的同时依赖多种机制,但是对不同的病害又可能表现出不同的 收稿日期:2011-10-08*基金项目:黑龙江省“十一五”科技攻关项目(GA06B101-1-5);黑龙江省“十一五”重点项目(GB06B105) **通讯作者:许艳丽,女,研究员,博士生导师,研究方向为植物线虫病害、作物病虫害生物生态控制。E-mail:xyll@https://www.wendangku.net/doc/763751228.html, 细菌对植物病害生物防治研究进展 * 许彦君1,刘海龙2,刘新晶3,许艳丽4** (1.黑龙江省双城市朝阳乡农业服务中心,黑龙江双城150134;2.黑龙江倍丰农业生产资料集团有限公司,哈尔滨150020; 3.黑龙江生态工程职业学院,哈尔滨 150025;4.中国科学院东北地理与农业生态研究所,哈尔滨150081) 中图分类号:S476+.8 文献标志码:A 文章编号:1674-3547(2011)05-0018-06 病虫防治 18

氨氧化菌活性测定

1.3.3菌株硝化活性的测定 使用溶液培养法[9,12],接种菌株于氨氧化细菌液体富集试管中,30℃恒温培养20d后,通过测定培养液中NO2-的累积量计算分离获得菌株的亚硝化速率,分析菌株的硝化活性。 林先贵,胡君利,楮海燕等.土壤氨氧化细菌对大气CO2浓度增高的响应[J].农村生态环境,2005,21(1):44-46 [9]许光辉,郑洪元.土壤微生物分析方法手册[M].北京:农业出版社,1986:113-116 [12]孙克江,郑金来.土壤中硝化细菌的分离及初步研究[J].环境与健康杂志,2002,19(3):238-239 1.3复合流湿地各基质层氨氧化菌活性测定 对复合流湿地各取样口采集的样品,分别准确称取100 g混匀基质,置于250 mL三角瓶中,加入100 mL NH4+培养液(氨氮浓度为25 mg/L),用脱脂棉塞住瓶口,在恒温振荡器中(25℃,150-160r/min)振荡24 h,离心后过滤,测定滤液中的NO3--N浓度,用基质硝化作用产生的NO3--N的量表示氨氧化菌的活性[测定结果以单位质量(1 kg)烘干基质单位时间(1 h)内产生的NO3--N的量(mg)表示[6]。 黄德锋,李田.复合垂直流湿地氨氧化菌种群结构及活性的空间分布.环境科学.2008,29(8):2160-2165. [6]丁晔,韩志英,吴坚阳,等.不同基质垂直流人上湿地对猪场污水季

节性处理效果的研究[J].环境科学学报,2006,26(7):1093-1100. 1.7土壤氨氧化菌硝化能力 使用无机液体培养基(LM)对土壤氨氧化菌进行分离纯化培养。取10 g土壤(潮土,黄泥土,红壤))加入装有100 ml灭菌培养基的250 ml 三角瓶中。180 r/min,26℃,黑暗培养14d后,将10 ml培养液转接到100ml含5m mol/L NH4+-N的磷酸缓冲液(Ph 5.8,7.0,8.0),同上条件培养14 d后,测定NH4+-N,NO2-,NO3-浓度。由于该方法纯化出来的氨氧化菌一直伴随有亚硝酸氧化菌,产生的亚硝酸盐立即氧化为硝酸盐。所以以土壤中NO3-和NO2-浓度之和占NH4+-N, NO2-和NO3-浓度之和的百分数表示不同土壤分离出的氨氧化细菌硝化能力。 袁飞,冉炜,胡江,等.变性梯度凝胶电泳法研究我国不同土壤氨氧化细菌群落组成及活性[J],生态学报,2005,25(6):1318-1324.

土壤氨氧化细菌和氨氧化古菌的研究进展

土壤中的氨氧化微生物硝化作用(Nitrification)是指生物利用氧气将氨氧化为亚硝酸盐继而将亚硝酸盐氧化为硝酸盐的作用。 氨氧化作用是硝化作用的第一个反应步骤,也是限速步骤,是全球氮循环的中心环节。氨氧化为亚硝酸盐的过程是由两群微生物完成:氨氧化细菌(AOB)与氨氧化古菌(AOA)。研究最多的土壤中的氨氧化细菌属于亚硝化单胞菌属与亚硝化球菌属。尽管在土壤中氨氧化同时发生在细菌和古菌之中,但古菌的氨氧化作用却同时在土壤以及海洋环境中占首要地位。 氨氧化细菌是执行硝化作用第一步的关键微生物,即将氨氧化为亚硝酸盐,该步骤也是硝化速率的限制性步骤。自养型氨氧化细菌可分为两大类, 一类属于γ-变形细菌(γ-proteobacteria),只存在于海洋和咸水中,另一类属于β-变形细菌(β-proteobacteria),土壤中的氨氧化细菌均属此类。氨氧化细菌通过单加氧酶(amoA)活性控制氨氧化成亚硝酸盐的速率。最新研究发现具有amoA 基因的泉古菌门的古细菌,进一步研究证实自然界中存在具有氨氧化功能的氨氧化古菌,且陆地生态系统中氨氧化古菌的数量和分布比氨氧化细菌更丰富。 第二步(将亚硝酸盐氧化为硝酸盐)主要是由细菌中的硝化杆菌属来完成。以上步骤都会产生能量并偶联合成腺苷三磷酸,硝化有机体都是化能自养菌并且利用二氧化碳作为他们生长的碳源。一些氨氧化细菌具有一种称为脲酶的酶,这种酶催化尿素分子分解为两分子的氨以及一分子的二氧化碳。人们发现欧洲亚硝化单胞菌与土壤生的氨氧化细菌群一样,可以通过卡尔文循环同化脲酶反应生成的二氧化碳以产生生物质能,并通过将氨(脲酶的另一产物)氧化为亚硝酸盐的过程收获能量。这一特性可解释为什么在酸性环境中存在尿素的情况下会促进氨氧化细菌的生长。 早年通过同位素示踪技术的研究发现,14C—衰减性无机碳和H132 CO3都能嵌合到生长旺盛的泉古菌细胞上,结合对古代泉古菌的类脂特征分析均表明这些中温海洋泉古菌营自养型生长。运用单细胞水平上的放射性自显影技术与染色技术相结合的方法也证实了泉古菌对无机碳的结合作用,但这些研究不能确定泉古菌自养生长的能量来源。直到最近,Venter等用鸟枪法对Sargasso海中的宏基因组进行测序分析后发现,文库中存在新的泉古菌氨单加氧酶基因( amoA)序列;Treusch等在一个43 kb的土壤宏基因组片段中也发现泉古菌的amoA 基因。这两个研究首次揭示了未培养的中温泉古菌中氨氧化基因的存在。Kênneke等成功地从海水中分离到一株泉古菌Nitrosopum ilus maritim us,该菌具有氨单加氧酶基因的所有成员amoA,amoB和amoC,且以氨为唯一能源进行自养生长。这一发现有力地证实了泉古菌amoA基因与氨氧化作用之间的关系。 AOA和AOB的数量和多样性组成对不同土壤环境条件变化的响应不同,暗示二者在不

海洋氮循环中细菌的厌氧氨氧化_洪义国

Mini -Review 小型综述 微生物学报Acta Micro biologica Sinica 49(3):281-286;4M arch 2009ISSN 0001-6209;CN 11-1995 Q http : journals .im .ac .cn actamicrocn 基金项目:国家自然科学基金(30800032);广东省自然科学基金(84510301001692);中科院院长专项启动基金(07Y Q091001) *通信作者。Tel :+86-20-89023345;E -mai :jdgu @hkucc .hku .hk 作者简介:洪义国(1974-),内蒙赤峰人,博士,主要从事海洋环境与分子微生物学的研究。E -mail :yghong @scsio .ac .cn 收稿日期:2008-09-30;修回日期:2008-12-08 海洋氮循环中细菌的厌氧氨氧化 洪义国1,李猛2,顾继东 1,2* (1中国科学院南海海洋研究所,中国科学院热带海洋环境动力学重点实验室,广州510301) (2香港大学生物科学学院,香港) 摘要:细菌厌氧氨氧化过程是在一类特殊细菌的厌氧氨氧化体内完成的以氨作为电子供体硝酸盐作为电子受体的一种新型脱氮反应。厌氧氨氧化菌的发现,改变人们对传统氮的生物地球化学循环的认识:反硝化细菌并不是大气中氮气产生的唯一生物类群。而且越来越多的证据表明,细菌厌氧氨氧化与全球的氮物质循环密切相关,估计海洋细菌的厌氧氨氧化过程占到全球海洋氮气产生的一半左右。由于氮与碳的循环密切相关,因此可以推测,细菌的厌氧氨氧化会影响大气中的二氧化碳浓度,从而对全球气候变化产生重要影响。另外,由于细菌厌氧氨氧化菌实现了氨氮的短程转化,缩短了氮素的转化过程,因此为开发更节约能源、更符合可持续发展要求的废水脱氮新技术提供了生物学基础。关键词:厌氧氨氧化(Ana mmox )细菌;海洋氮循环;厌氧氨氧化体 中图分类号:Q938.1 文献标识码:A 文章编号:0001-6209(2009)03-0281-06 氮是生命活动必需的元素,是组成蛋白质、核酸等生物大分子以及氨基酸、维生素等小分子化合物的重要成分。氮通过在自然界中的不断循环,维持着整个生物圈的生态平衡和物种的不断进化。通过科学家们大量的长期的研究,目前对氮的生物地球化学循环有了基本的了解 [1] 。传统的观点认为,大 气中的氮气主要来源于微生物的硝化(Nitrification )和反硝化作用(Denitrification ),氨(NH 3)只能在有氧条件下才能被氧化成亚硝氮(NO -2)或硝氮(NO - 3),NO -2或NO -3再被还原成氮气(N 2)释放。近年来,微生物家发现了在厌氧条件下微生物能够以NO -2 作为电子受体将NH 3氧化成N 2的过程,而且认识到这一过程在自然界的氮循环中可能发挥极其重要的作用。这一发现改变人们对传统氮的生物地球化学循环的认识,近十年来在这一领域取得了很多突破性进展。 1 厌氧氨氧化的发现缘于偶然 长期以来,NH + 4的氧化一直被认为是在绝对有氧条件下进行的。1977年,Broda 根据热力学反应自由能计算和生物进化关系的分析,推测自然界中可能存在化能自养微生物将NH + 4氧化成N 2,但一直没有找到实验证据 [2] 。在上个世纪90年代,在荷 兰Delft 一个酵母厂的污水脱氮流化床反应器中,工人们发现了一个奇怪的现象,反应器中有NH + 4消失,且随NH + 4和NO - 3的消耗,有N 2生成。这一发现与原来认为的只有在有氧条件下才能去除NH + 4 的认识相违背。Delft 大学的微生物学家Gijs Kuenen 对这一现象进行详细研究,Kuenen 认为这一神秘的现象一定是由一种特殊的微生物作用完成的,而且这种微生物的发现可能为废水处理提供新的方法。如果这种微生物广泛分布在自然界中,那么这种代 DOI :10.13343/j .cn ki .wsxb .2009.03.009

古细菌的介绍及其与真细菌的比较

古细菌的介绍及其与真细菌的比较 **** ***** ******** ·定义 古细菌(archaeobacteria),(又可叫做古生菌、古菌、古核生物的结构核细胞或原细菌),是一类多生活在极端的生态环境中的特殊细菌。 ·生存环境及形态 很多古菌是生存在极端环境中的。一些生存在极高的温度(经常100℃以上)下,比如间歇泉或者海底黑烟囱中。还有的生存在很冷的环境或者高盐、强酸或强碱性的水中。然而也有些古菌是嗜中性的,能够在沼泽、废水和土壤中被发现。很多产甲烷的古菌生存在动物的消化道中,如反刍动物、白蚁或者人类。古菌通常对其它生物无害,且未知有致病古菌 单个古菌细胞直径在到15微米之间,有一些种类形成细胞团簇或者纤维,长度可达200微米。它们可有各种形状,如球形、杆形、螺旋形、叶状或方形。它们具有多种代谢类型。值得注意的是,盐杆菌可以利用光能制造ATP,尽管古菌不能像其他利用光能的生物一样利用电子链传导实现光合作用。 ·代表性古细菌 极端嗜热菌(themophiles):能生长在90℃以上的高温环境。斯坦福大学科学家发现的古细菌,最适生长温度为100℃,80℃以下即失活;德国的斯梯特()研究组在意大利海底发现的一族古细菌,能生活在110℃以上高温中,最适生长温度为98℃,降至84℃即停止生长;美国的. Baross发现一些从火山口中分离出的细菌可以生活在250℃的环境中。嗜热菌的营养范围很广,多为异养菌,其中许多能将硫氧化以取得能量。 极端嗜盐菌(extremehalophiles):生活在高盐度环境中,盐度可达25%,如死海和盐湖中。 极端嗜酸菌(acidophiles):能生活在pH值1以下的环境中,往往也是嗜高温菌,生活在火山地区的酸性热水中,能氧化硫,硫酸作为代谢产物排出体外。 极端嗜碱菌(alkaliphiles):多数生活在盐碱湖或碱湖、碱池中,生活环境pH 值可达以上,最适pH值8~10。 产甲烷菌(metnanogens):是严格厌氧的生物,能利用CO2使H2氧化,生成甲烷,同时释放能量。CO2+4H2→CH4+2H2O+能量 ·嗜热细菌 嗜热细菌只有在高温下才能良好地生长。迄今为止已分离出50多种嗜热细菌。在这些细菌中有一种最抗热的菌株(Phyolobous fumarii),在105℃繁殖率最高,甚至在高达113℃也能增殖。有人认为嗜热细菌生存的极限温度可能是150℃,若超过这一温度,无论哪种生命形式都不可避免地使维持DNA和其他重要的生命大分子完整性的化学键遭到破坏。 深海极端嗜热和产甲烷细菌,备受人们关注,因为它位于生命进化系统树的根部附近,对它进行深入研究,可能有助于我们弄清世界上最早的细胞是如何生存的问题。PCR 技术中所使用的Taq酶就是从水生嗜热菌)中分离到的。

氨氧化菌的分离及其氨氧化条件优化【文献综述】

毕业论文文献综述 生物工程 氨氧化菌的分离及其氨氧化条件优化 摘要:本文对氨氧化菌的研究现状及其在固定化微生物技术的应用进行了介绍。描述了固定化微生物在国内外处理氨氮废水、含酚废水以及其他有机废水处理中的研究现状。指出了微生物固定化技术的应用存在的问题,并提出了氨氧化生物脱氮技术未来的主要发展方向。 关键词:氨氧化菌,氨氮,硝化作用,生物脱氮,固定化技术 Ammonium oxidation bacteria research and application progress Abstract:in this paper, ammonium oxidation bacterium research status and the application of the immobilized microorganisms technology were introduced. Describes the immobilized microorganism at home and abroad, the treatment of ammonia nitrogen wastewater, of hydroxybenzene wastewater and other organic wastewater treatment of the current research status. Points out the immobilized microorganisms technology application existing problems, and puts forward the ammonium oxidation biodenitrification technology the main development direction in the future. Keywords:ammonium oxidation bacteria; ammonia nitrogen; nitrification; biodenitrification; immobilized technology 引言: 目前, 含氮化合物引起的水体污染和富营养化日益加剧, 已经造成了生态破坏、资源匮乏、水环境污染等严重后果。 生物脱氮技术能够有效地去除污染水体和富营养化水体及底泥环境中的氮素, 具有十分重要的意义和极大的实用价值。生物脱氮的理论基础是微生物作用下的硝化作用和反硝化作用。硝化作用(nitrification) 作为自然界氮循环的重要环节之一, 是指NH4+ 或NH3被氧化为NO2- 至NO3- 的一系列生化反应。亚硝化作用则是硝化作用从NH4+ 或NH3到NO2- 的反应过程, 是氮素循环的重要环节, 由氨氧化细菌(NH3oxidizers, 又被称为初级硝化细菌primary nitrifiers) 、亚硝化细菌(ammonia oxidizing bacteria) 来完成。从氮转化的角度来看, 亚硝化细菌在生态圈中居于重要地位[1-2], 它们转化无机氨态氮为亚硝酸盐氮, 与氨化细菌、硝化细菌等其它微生物共同作用, 推动氮素循环的不断进行[3-4]。作为生物脱氮硝化阶段的重要限速步骤, 亚硝化的作用机理和基于亚硝化作用的生物脱氮技术的深入系统研究、开发, 能为高效节能的氨氮废水生物处理工艺提供新的理论和思路。 1.氨氧化微生物 参与亚硝化作用的微生物主要是亚硝酸细菌,或称氨氧化细菌, 有自养型和异养型之分。

内生真菌研究进展

植物内生真菌研究进展 植物内生真菌(Endophytic fungus)是指在生活史中某一阶段或整个阶段存在于健康植物组织内部,对植物组织没有引起明显病症或对宿主没有造成明显伤害的真菌。内生真菌在植物组织中普遍存在,具有丰富的物种多样性。它是生活在植物组织内的一类微生物, 是植物微生态系统中的天然组成成分,且长期生活在植物体内的特殊环境中, 与寄主协同进化, 根据内共生理论, 内生真菌可能产生与宿主相同或相似的具有生物活性的次生代谢产物。1898年,Vogl等人从黑麦草Lolium temulentum L. 种子内分离出第一株内生真菌,引起了人们对植物内生真菌的注意。特别是美国学者从短叶红豆杉Taxus brevifolia的韧皮部分离到一株产抗癌物质紫杉醇的内生真菌,更是掀起了各国学者对内生真菌的研究热潮。 1 植物内生真菌的研究方向 内生真菌活性成分的筛选有两条思路。一是根据部分内生真菌具有合成和宿主植物相同或相似活性成分的能力这一特点,从药用植物中寻找具有合成确定化合物的内生真菌,常用方法是对分离得到的内生真菌培养液提取物通过色谱技术、单克隆抗体免疫检测等手段来确定该内生菌是否有产生目的化合物的能力。这一思路目标明确、针对性强、工作量相对较小,是目前从内生真菌中筛选活性物质的主要方法,采用这种方法已从多种资源缺乏的药用植物的内生菌中分离得到了和宿主植物相同或相似的活性物质。这种思路具有一定的偶然性,因为不能证实所有的植物中都存活着具有合成和宿主植物相同或相似活性物质的内生真菌。二是按照传统的化合物分离纯化鉴定的思路,寻找未知但具有特定活性的化合物。首先是按照目的选择不同的筛选模型进行活性菌株的筛选。其次是对筛选出的活性菌株发酵培养、分离纯化活性物质,再对活性物质进行理化研究及结构鉴定。 2 内生真菌药用活性物质及其生物学作用 2.1 抗肿瘤活性物质 2.1.1萜类化合物 紫杉醇是存在于各种紫杉属植物树皮和树叶中的萜类化合物, 被当今世界上认为是广谱、活性最强的抗癌药物。由于紫杉属植物中紫杉醇含量极低,加之紫杉属植物生长极其缓慢,自然资源非常缺乏。1993 年美国学者Stierle 等首次从短叶紫杉( Taxus brevifolia) 的韧皮部中分离出一种新的内生真菌( Taxomyces an2dreanae),可在半合成培养液中产生紫杉醇和紫杉烷类化合物。这一发现为用微生物发酵法生产紫杉醇以解决紫杉醇药源危机提供了一条新途径,并成为从药用植物中分离内生菌热潮的开端。2006年, 田仁鹏等从生长在

氨氧化微生物总结

氨氧化微生物的研究 这篇文章是本人通过查阅文献总结。 氮循环在整个地球生态物质循环中起着重要的作用,其中微生物在地球氮循环中扮演着关键的角色。,但目前为止,微生物氮代谢机制依然存在许多未解之谜。本文通过氨氧化微生物的发展历史,现状进行了大致的概括,并进一步概述了氨氧化微生物的生理特性,且对今后的氨氧化微生物研究重点进行了一定的展望。氮循环是描述自然界中氮单质和含氮化合物之间相互转换过程的生态系统的物质循环。微生物在其中发挥了主要作用。氮循环主要由固氮、氨化、硝化、反硝化等过程组成。 目前,氮化合物引起的水体污染和富营养化日益加剧,已经造成了生态破坏、资源匮乏、水环境污染等严重后果。生物脱氮技术能够有效地去除污染水体和富营养化水体及底泥环境中的氮素,具有十分重要的意义和极大的实用价值。生物脱氮的理论基础是微生物作用下的硝化作用和反硝化作用。硝化作用作为自然界氮循环的重要环节之一,是指NH4+或NH3被氧化为NO2-至NO3-的一系列生化反应。亚硝化作用则是硝化作用从NH4+或NH3到NO2-的反应过程,是氮素循环的重要环节,由氨氧化细菌(又被称为初级硝化细菌)、亚硝化细菌来完成。从氮转化的角度来看,亚硝化细菌在生态圈中居于重要地位,它们转化无机氨态氮为亚硝酸盐氮,与氨化细菌、硝化细菌等其它微生物共同作用,推动氮素循环的不断进行。作为生物脱氮硝化阶段的重要限速步骤,受到广泛关注。在第一株氨氧化细菌(Ammonia-oxidizing bacteria,AOB)被成功分离的一个多世纪里,AOB 都被认为是唯一具有氨氧化能力的微生物,直到21世纪初,古菌氨单加氧酶α 亚基基因(Ammonia monooxygenase α-subunit ,amoA)的发现以及氨氧化古菌Nitrosopumilus maritimus SCM1的分离培养,才使好氧氨氧化微生物从细菌域扩展到古菌域。氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)的发现,重新激起了人们对氨氧化微生物的研究热情。目前,在土壤、湖泊、河口、深海、污水处理池等多种环境中均发现了大量AOA和AOB的16S rRNA 基因、amoA 基因。AOA 和AOB 的研究对环境保护、工农业生产等都具有重要意义。虽然好氧氨氧化微生物的生理学、生态学、基因组学、蛋白质组学等方面的研究使我们对它们有了一定了解,但由于研究方法的限制及其分布的复杂性和对环境胁迫的敏感

厌氧氨氧化菌特性及其在生物脱氮中的应用_祖波

厌氧氨氧化菌特性及其在生物脱氮中的应用 *祖 波1 张代钧1,2** 白玉华1 (重庆大学环境科学系 重庆 400030)1 (重庆大学西南资源开发及环境灾害控制工程教育部重点试验室 重庆 400030)2 *国家自然科学基金资助(No .50378094) 教育部优秀青年教师基金项目(No .教人司[2003]355号) **通讯作者 Tel /Fax :86-023-********,E -mail :dzhang @cqu .edu .cn 收稿日期:2005-05-09,修回日期:2005-07-11 摘要:在无分子氧环境中,同时存在NH +4和NO -2时,NH +4作为反硝化的无机电子供体, NO -2作为电子受体,生成氮气,这一过程称为厌氧氨氧化。目前已经发现了3种厌氧氨氧 化菌(B rocad i a ana mm oxidan s ,K uenenia st u tt gartiensis ,Sca li ndua s or ok i n ii );对厌氧氨氧化 菌的细胞色素、营养物质、抑制物、结构特征和生化反应机理的研究表明,厌氧氨氧化菌 具有多种代谢能力。基于部分硝化至亚硝酸盐,然后与氨一起厌氧氨氧化,以及厌氧氨氧 化菌与好氧氨氧化菌或甲烷菌的协同耦合作用,提出了几种生物脱氮的新工艺(ANAM -M OX 、SHA RON -ANAMM OX 、CANON 和甲烷化与厌氧氨氧化耦合工艺)。 关键词:厌氧氨氧化菌,ANAMM OX ,CANON ,S HARON -ANAMM OX 中图分类号:X 703 文献标识码:A 文章编号:0253-2654(2006)01-0149-05 The Character and App lication of Ana mm ox Bat er i a i n W aste wat er B i ot reat m ent *ZU Bo 1 ZHANG Dai -Jun 1,2** B A IYu -H ua 1 (D e part m en t ofE nvir on m en t a lS cience ,Cho ngq i ng Un iver sity ,Cho ngqi ng 400030) 1(Key Lab or a t or y fo r t he E xp l oit a tio n ofS o u t h wester n R es o urce &the Envi r on men t a lD is asterCon t r o l Eng i neering ,M i n istr y of Educati o n ,Chongqi ng 400030)2Ab stract :An aerob i c amm on i u m oxi dati on i s a ne w p roces s in w h i ch a mm on i u m is oxidized w ith n itrit e as t h e e - l ectron accep t or under anox i c cond iti ons ,prod u ci ng d i n itrogen gas .Th ree ana mm ox b act eria (B r o cad i a ana m - m oxi da n s ,Kuene n i a st u tt gartie n sis ,Sca li ndua s o ro ki n ii )have been f ound recentl y .Th e investigation on cyto -ch ro m e s pectra ,nu triti on ,i nhibit ors ,cell struct u res and b i oche m istry reacti on m echan is m s i n ana mm ox bact eri - a i nd icat ed t hat ana mmox bacteria had t he poten ti a l of d i verse me t abo l ic t ypes .Several novelm i cro b ial n itrogen re m ovalp rocess esh ave been devel op ed (ANA MMOX process 、S HARON -ANAMMOX p rocess 、CANON p rocess an d i n t egrati on ofm ethanogenesisw it h anaer obic a mmon i u m oxi dation ). K ey words :Ana mmox bact eri a ,ANAMMOX ,CANON ,S HAR ON -ANA MMOX 1977年B roda 指出,化能自养细菌能以NO -3、CO 2和NO -2作为氧化剂把NH +4氧化 为N 2。推测自然界可能存在以NO -2为电子受体的厌氧氨氧化反应[1]。后来有研究发现氨氧化菌N itroso m onas europaea 和N itr os omonas e u tropha 能同时硝化与反硝化,利用NH 2OH 还原NO -2或NO 2,或者在缺氧条件下利用NH +4作为电子供体,把NH +4转化为N 2。在利用NO 2为电子受体时,其厌氧氨氧化的最大速率(以单位蛋白质计)约为2nm ol /(m in m g )。然而在反硝化的小试实验中发现了一种特殊自养菌的优势微生物群体,它以NO -2为电子受体,最大比氨氧化速率(以单位蛋白质计)为55nmo l /(m i n m g )。

海洋氧化亚氮研究现状与展望

Advances in Geosciences地球科学前沿, 2014, 4, 115-121 Published Online June 2014 in Hans. https://www.wendangku.net/doc/763751228.html,/journal/ag https://www.wendangku.net/doc/763751228.html,/10.12677/ag.2014.43014 Research Status and Prospect of Marine Nitrous Oxide Hua Lin College of the Environment and Ecology, Xiamen University, Xiamen Email: linhua@https://www.wendangku.net/doc/763751228.html, Received: Apr. 11th, 2014; revised: May 12th, 2014; accepted: May 21st, 2014 Copyright ? 2014 by author and Hans Publishers Inc. This work is licensed under the Creative Commons Attribution International License (CC BY). https://www.wendangku.net/doc/763751228.html,/licenses/by/4.0/ Abstract Nitrous oxide (N2O) is an important greenhouse gas, playing a significant role in the global climate system. The world ocean is believed to be a net natural source of atmospheric N2O, among which the coastal ocean is responsible for a large part of the oceanic N2O emissions. In this paper, the present research progresses of the marine N2O dissolution, fluxes and behavior are reviewed, and in addition, new methods determining the dissolved N2O are introduced, including stable isotopes application and wavelength-scanned cavity ring-down spectrophotometer, so as to provide novel techniques for researching of ocean N2O cycle in the future. Keywords Nitrous Oxide, Distribution, Mechanism, Flux 海洋氧化亚氮研究现状 与展望 林华 厦门大学环境与生态学院,厦门 Email:linhua@https://www.wendangku.net/doc/763751228.html, 收稿日期:2014年4月11日;修回日期:2014年5月12日;录用日期:2014年5月21日

相关文档