已基因组测序植物列表

编号中文名拉丁名

发表时间 刊物科、属基因组大小1拟南芥Arabidopsis thaliana 2000.12

Nature 十字花科、鼠耳芥属125 Mb 2水稻Oryza sativa. ssp. indica 2002.04Science 禾本科、稻属466 Mb 3水稻Oryza sativa. ssp. japonica 2002.04Science 禾本科、稻属466 Mb 4杨树Populus trichocarpa

2006.09Science 杨柳科、杨属480 Mb 5葡萄Vitis vinifera 2007.09Nature 葡萄科、葡萄属

490 Mb 6衣藻Chlamydomonas reinhardtii 2007.01Science 衣藻科、衣藻属130 Mb 7小立碗藓Physcomitrella pattens

2008.01Science 葫芦藓科、小立碗藓属480 Mb 8番木瓜Carica papaya 2008.04Nature 番木瓜科、番木瓜属370 Mb 9百脉根Lotus japonicus 2008.05DNA Research

豆科、百脉根属472 Mb 10三角褐指藻Phaeodactylum tricornutum

2008.11Nature 褐指藻属27.4 Mb 11高粱Sorghum bicolor

2009.01Nature

禾本科、高粱属730 Mb 12玉米Zea mays ssp. mays 2009.11Science 禾本科、玉米属2300 Mb 13黄瓜Cucumis sativus 2009.11Nature Genetics

葫芦科、黄瓜属350 Mb 14大豆Glycine max 2010.01Nature

豆科、大豆属1100 Mb 15二穗短柄草Brachypodium distachyon 2010.02Nature 禾本科、短柄草属

260 Mb 16褐藻Ectocarpus 2010.06Nature 水云属 196 Mb 17团藻Volvox carteri

2010.07Science

团藻属138 Mb 18蓖麻Ricinus communis 2010.08Nature Biotechnology

大戟科、蓖麻属350 Mb 19小球藻Chlorella variabilis 2010.09Plant Cell 小球藻科46 Mb 20苹果Malus × domestica 2010.09Nature Genetics 蔷薇科、苹果属742 Mb 21森林草莓Fragaria vesca 2010.12Nature Genetics 蔷薇科、草莓属240 Mb 22可可树Theobroma cacao 2010.12Nature Genetics

梧桐科、可可属430- Mb 23野生大豆Glycine soja

2010.12PNAS 豆科、大豆属915.4 Mb 24褐潮藻类Aureococcus anophagefferens

2011.02PNAS 57 Mb 25

麻风树

Jatropha curcas

2010.12

DNA Research

大戟科、麻风树属

410 Mb

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26卷柏Selaginella moellendorffii 2011.05

Science 卷柏属

212 Mb 27枣椰树Phoenix dactylifera 2011.05Nature Biotechnology 棕榈科

685 Mb 28琴叶拟南芥Arabidopsis lyrata 2011.05Nature Genetics

十字花科、鼠耳芥属206.7 Mb 29马铃薯Solanum tuberosum 2011.07Nature 茄目、茄科、茄属

844 Mb 30条叶蓝芥Thellugiella parvula 2011.08Nature Genetics 盐芥属

140 Mb 31白菜Brassica rapa 2011.08Nature Genetics 十字花科、芸薹属485 Mb 32印度大麻Cannabis sativa 2011.01

Genome Biology 大麻属534 Mb 33木豆Cajanus cajan 2011.11Nature Biotechnology

豆科、木豆属833 Mb 34蒺藜苜蓿Medicago truncatula 2011.11Nature 豆科苜蓿属500 Mb 35蓝载藻Cyanophora paradoxa

2012.02Science 灰胞藻门70 Mb 36谷子Setaria italica 2012.05Nature Biotechnology 禾本科、狗尾草属490 Mb 37谷子Setaria italica 2012.05Nature Biotechnology

禾本科、狗尾草属510 Mb 38

番茄Solanum lycopersicum

2012.05

Nature 茄科、茄属900 Mb 39甜瓜Cucumis melo 2012.07PNAS 葫芦科、甜瓜属450 Mb 40亚麻Linum usitatissimum 2012.07Plant Journal 亚麻科、亚麻属373 Mb 41盐芥Thellungiella salsuginea

2012.07PNAS 十字花科、盐芥属260 Mb 42香蕉Musa acuminata 2012.07Nature 芭蕉科、芭蕉属523 Mb 43雷蒙德氏棉 Gossypium raimondii 2012.08Nature Genetics

锦葵科、棉属775.2 Mb 44大麦Hordeum vulgare 2012.01Nature

禾本科、大麦属 5.1 Gb 45梨Pyrus bretschneideri 2012.11Genome Research 蔷薇科、梨属527 Mb 46西瓜Citrullus lanatus 2012.11Nature Genetics 葫芦科、西瓜属425 Mb 47甜橙Citrus sinensis 2012.11Nature Genetics

芸香科、柑橘属367 Mb 48小麦Triticum aestivum 2012.11Nature 禾本科、小麦属17 Gb 49两种小型藻Bigelowiella natans, Guillardia

theta

2012.11Nature 95 Mb, 87 Mb 50棉花（雷蒙德氏棉）

Gossypium raimondii

2012.12Nature 锦葵科、棉属761.4 Mb 51梅花Prunus mume 2012.12Nature Communications 蔷薇科、梨属280 Mb 52

鹰嘴豆

Cicer arietinum

2013.01

Nature Biotechnology

豆科、鹰嘴豆属

738 Mb

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53橡胶树Hevea brasiliensis 2013.02

BMC Genomics 大戟科、橡胶树属

2.15 Gb 54毛竹Phyllostachys heterocycla 201

3.02Nature Genetics 竹科、钢竹属 2.075 Gb 55短花药野生稻

Oryza brachyantha 2013.03Nature Communications

禾本科稻属342 Mb-362 Mb

56小麦A Triticum urartu 2013.03Nature 禾本科、小麦属 4.94 Gb 57小麦D grassAegilops tauschii 2013.03Nature 禾本科、小麦属 4.36 Gb 58桃树Prunus persica 2013.03Nature Genetics 蔷薇科、梨属265 Mb 59

丝叶狸藻Utricularia gibba 2013.05

Nature 狸藻科、狸藻属82 Mb 60中国莲Nelumbo nucifera Gaertn

2013.05Genome Biology

睡莲科、莲属929 Mb 61挪威云杉Picea abies 2013.05Nature 松科、云杉属19.6 Gb 62海洋球石藻Emiliania huxleyi 2013.06Nature 定鞭藻纲141.7 Mb 63虫黄藻Symbiodinium minutum 2013.07Current Biology

甲藻门

1.5 Gb 64油棕榈Elaeis guineensis 2013.07Nature

棕榈科、油棕榈属

1.8 Gb 65

枣椰树Phoenix dactylifera 2013.08

Nature Communications

棕榈科、刺葵属671 Mb 66醉蝶花Tarenaya hassleriana 2013.08Plant Cell 醉蝶花科、醉蝶花属290 Mb 67莲Nelumbo nucifera 2013.08Plant Journal 睡莲科、莲属879 Mb 68桑树Morus notabilis 2013.09Nature Communications 桑科、桑属357 Mb 69猕猴桃

Actinidia chinensis 2013.01Nature Communications 猕猴桃属616.1 Mb 70胡杨Populus euphratica 2013.11Nature Communications

杨属496.5 Mb 71

八倍体草莓 F. x ananassa 2013.12DNA Research 草莓属

698 Mb 72康乃馨

Dianthus caryophyllus L.2013.12DNA Research

石竹属622 Mb 73甜菜

Beta vulgaris ssp. vulgaris 2013.12Nature 藜科甜菜属566.6 Mb 74无油樟（互叶梅）

Amborella trichopoda 2013.12Science 无油樟属748 Mb 75辣椒

Capsicum annuum 2014.01Nature Genetics 辣椒属 3.48 Gb 76芝麻Sesamum indicum 2014.02Genome Biology

胡麻科胡麻属274 Mb 77辣椒Capsicum annuum (Zunla-1)

2014.03PNAS 辣椒属 3.48 Gb 78火炬松Pinus taeda (Loblolly pine)2014.03Genome Biology 松属23.2 Gb 79

棉花（亚洲棉）

Gossypium arboreum

2014.05

Nature Genetics

锦葵科、棉属

1694 Mb

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80萝卜Raphanus sativus L. 2014.05

DNA Research 十字花科、萝卜属

402 Mb 81甘蓝Brassica oleracea 2014.05Nature Communications

十字花科、芸薹属630 Mb 82菜豆Phaseolus vulgaris L .

2014.06Nature Genetics 豆科，菜豆属587 Mb 83野生大豆Glycine soja 2014.07Nature Communications

豆科、大豆属868 Mb 84普通小麦Triticum aestivum 2014.07Science 禾本科17 Gb 85

野生西红柿Solanum pennellii 2014.07Nature Genetics

茄科942 Mb 86非洲野生稻Oryza glaberrima 2014.08

Nature Genetics

禾本科316 Mb 87油菜Brassica napus 2014.08Science 十字花科630 Mb 88中果咖啡Coffea canephora 2014.09Science 茜草科，咖啡属710 Mb 89茄子Solanum melongena

2014.09DNA Research 茄科、茄属1093 Mb 90多个野生大豆

Glycine soja 2014.09Nature Biotechnology 豆科、大豆属889.33~1,118.34 Mb

91枣Ziziphus jujuba 2014.10Nature Communications

鼠李科、枣属444 Mb

92绿豆Vigna radiata 2014.10Nature Communications 豆科、豇豆属

543 Mb 93啤酒花Humulus lupulus 2014.11Plant and Cell Physiology 大麻科、葎草属 2.57 Gb 94蝴蝶兰Phalaenopsis equestris 2014.11Nature Genetics 兰科、蝴蝶兰属 1.16 Gb 95铁皮石斛Dendrobium officinale

2014.12Molecular Plant 兰科、石斛属 1.35 Gb 96青稞Lasa goumang 2015.01PNAS 禾本科、大麦属 4.5 Gb 97报春花Primula veris

2015.01Genome Biology 报春花科、报春花属479 Mb 98陆地棉（南农）Gossypium hirsutum L. acc. TM-12015.03Nature Biotechnology 锦葵科、棉属 2.5 Gb 99陆地棉（棉花所）

Gossypium hirsutum L. acc. TM-1

2015.03Nature Biotechnology 锦葵科、棉属

2.173 Gb 100海带Saccharina japonica 2015.04Nature Communications 海带科、海带属537 Mb 101长春花Catharanthus roseus 2015.04The Plant Journal

夹竹桃科、长春花属

738 Mb 102科民茄Solanum commersor 2015.04Plant cell 茄科、茄属830 Mb 103茭白Zizania latifolia 2015.06The Plant Journal 禾本科、菰属590 Mb 104黑麦草Lolium perenne 2015.09The Plant Journal 禾本科、黑麦草属 2 Gb 105小豆Vigna angularis 2015.10Nature Communications

豆科、豇豆属542 Mb 106

菠萝

Ananas comosus

2015.11

Nature Genetics 凤梨科、凤梨属

526 Mb

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107复活草Oropetium thomaeum 2015.11Nature 虎尾草亚科245 Mb 108丹参Salvia miltiorrhiza 2015.12GigaScience 唇形科、鼠尾草属641 Mb 109铁皮石斛Dendrobium catenatum 2016.01Scientific Reports 兰科、石斛属 1.11 Gb

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植物园方案

植物园建设方案 一、建设规模及背景 随着城市化进程的快速推进，以及生态环境的恶化，城市居民对自然界植物的接触和了解越来越少，一个完善的自然生态系统已远离城市居民的生活。植物园作为一个生态系统、一个保留地，不仅能改善城区生态环境、保护生物多样性，还能开展科学研究，更能通过寓教于乐的方式普及植物知识，揭开自然界中千姿百态的植物奥秘，为市民提供一个集科普科教、观光休闲于一体的理想场所。 二、项目概况 本项目位于XX公园内，离市中心约3公里，其原址为市苗圃基地，占地面积为265000㎡（397亩）。该项目地块地势由东至西逐渐递增，最高地势达到1445.1米，而最低地势为1430.5米，由于地块较大，高差分布均匀，地表看去仍然为平地。土质理化性能好，结构疏松、通气，保水、保肥能力强，是适宜于园林植物生长的土壤。 三、总体规划定位 规划定位是以植物专类园为主要内容的观赏园艺型植物园，具有观光旅游、科普科研、生态示范等功能，突出时代特色和地域特色，将为广大市民提供一处休闲娱乐的好去处。 四、规划设计原则

1、生态环保原则 全园以乡土植物为基调植物，香樟、桂花为骨干树种加以配植垂柳、红枫、银杏、水杉、女贞、紫薇、杜鹃、山茶、火棘、竹类、鸢尾等，这些植物不仅最适宜在当地生长，管理和维护的成本也较低，还因为乡土树种的消失已经成为当代主要的环境问题，所以保护和利用乡土物种也是时代对于我们的要求。 2、以人为本原则 充分利用具有生态代表性且景观突出的植物群落作为环境设计的主体要素,同时辅以在当地表现良好的外来植物，从而打造出一个生态健康、季相分明且能充分调动游人“形、声、色、味、触”这五感的互动环境，让游人在观赏美丽的自然风光的同时，亦能体会到人与自然和谐共存美妙境界。 3、可行性原则 坚持以能够健康生长、管理容易、苗源丰富、移栽成活率高的植物为主体，形成大面积的绿色环境，适当配置观赏性高、能体现植物分类系统的珍贵树种。 五、功能分区及景观规划 （一）入口服务区 考虑到周边关系和日后交通需要，我们在园区南侧、东侧共设置三个入口，东侧的为主入口，入口附近设有停车场。服务区位于入口处，包括办公管理区、游客服务中心、服务网点等。游

诺禾致源高分文章集锦-植物基因组

陆地棉基因组测序揭示四倍体棉进化与纤维发育机制Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) provides a resource for fiber improvement 研究对象：陆地棉遗传标准系TM-1 期刊：Nature Biotechnology 影响因子：41.514 合作单位：南京农业大学 发表时间：2015年4月 摘 要 Upland cotton is a model for polyploid crop domestication and transgenic improvement. Here we sequenced the allotetraploid Gossypium hirsutum L. acc. TM-1 genome by integrating whole-genome shotgun reads, bacterial artificial chromosome (BAC)-end sequences and genotype-by-sequencing genetic maps. We assembled and annotated 32,032 A-subgenome genes and 34,402 D-subgenome genes. Structural rearrangements, gene loss, disrupted genes and sequence divergence were more common in the A subgenome than in the D subgenome, suggesting asymmetric evolution. However, no genome-wide expression dominance was found between the subgenomes. Genomic signatures of selection and domestication are associated with positively selected genes (PSGs) for fiber improvement in the A subgenome and for stress tolerance in the D subgenome. This draft genome sequence provides a resource for engineering superior cotton lines.关键词 陆地棉；de novo；四倍体 研究背景 陆地棉（Gossypium hirsutum L.）隶属锦葵目（Malvales），锦葵科（Malvaceae），棉属（Gossypium），因最早在美洲大陆种植而得名，是世界上最重要的棉花栽培品种，占全球棉花种植面积的90%以上。尽管陆地棉在棉花产业中占据核心地位，但由于其为异源四倍体，相关的全基因组测序工作一直难以开展。来自南京农业大学、北京诺禾致源、美国德克斯大学的国际团队，利用最新测序技术，成功构建了高质量的陆地棉全基因组图谱，为进一步改良棉花的农艺性状提供了基础，同时也为多倍体植物的形成和演化机制提供了新的启示。

植物数量性状全基因组选择研究进展

４期吴永升等：植物数量性状全基因组选择研究进展１５１１ 全基因组选择的概念和原理 全基因组选择（Ｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ＧＷＳ），又称基因组选择（Ｇｅｎｏｍｉｃｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ＧＳ），由Ｍｅｕ—ｗｉｓｓｅｎ于２００１年首先提出∞Ｊ。主要是通过全基因组中大量的分子标记和参照群体（ｔｒａｉｎｉｎｇｐｏｐｕｌａ—ｔｉｏｎ）的表型数据建立ＢＬＵＰ模型估计出每一标记的育种值，然后仅利用同样的分子标记估计出后代个体育种值并进行选择［７】。 全基因组选择理论主要利用连锁不平衡信息，即假设标记与其相邻的ＱＴＬ处于连锁不平衡状态，因而由相同标记估计的不同群体的染色体片段效应是相同的，这就要求标记密度足够高以使所有的ＱＴＬ与标记处于连锁不平衡（ＬＤ）状态哺Ｊ。而目前随着拟南芥、水稻、玉米等植物基因组序列图谱及ＳＮＰ图谱的完成或即将完成，提供了大量的ＳＮＰ标记用于基因组研究。而随着ＳＮＰ芯片等大规模高通量ＳＮＰ检测技术的发展和成本的降低，使得全基因组选择应用成为可能。 ２全基因组选择的基本方法及案例说明 ２．１全基因组选择的基本方法 全基因组选择在实施过程中应该包括以下几个基本步骤：在需要实行选择的参照群体中获取参照群体的基因型数据和表现型数据；然后，通过ＢＬＵＰ程序估计出每个标记位点的标记效应值，从而获得育种值；最后，在接下来每一轮的选择中，不再需要表型数据，根据每一轮次群体基因型信息估计育种值，直接选择群体的优良单株【９ｊ。 全基因组选择的核心过程就是用从参照群体中每一个体的表现型数据和基因型数据建立的数学模型来估算接下来的育种群体中仅有基因型数据的个体的ＧＥＢＶ值。由既有表现型数据又有基因型数据的每一个体组成的群体被成为参照群体。参照群体用来估计数学模型的参数，这个参数接着用来计算仅有基因型数据的育种个体ＧＥＢＶ值，然后根据计算的ＧＥＢＶ值对育种群体进行选择并提升到下一轮次的选择中。因此，通过模型来预测个体的育种值，可以不进行表型鉴定就直接对育种群体的个体进行选择（Ｍｅｕｖｉｓｓｅｎ，２００１）。为了使估算的ＧＥＢＶ值尽可能地准确，参照群体必须具有代表性，尽可能地代表接下来在育种过程中用全基因组选择方法来进行选择的分离群体。 ２．２全基因组选择方法案例 如图ｌ所示，在这个例子中，笔者的目标是把外来种质中的优良性状基因（包括产量、矮杆、抗逆等）导入本地优良的自交系，从而实现种质的改良 图１在玉米中利用全基因组选择方法导入外源种质 Ｆｉｇ．１Ｇｅｎｏｍｅｗｉｄｅｓｅｌｅｃｔｉｏｎｔｏ ｉｎｔｒｏｇｒ％ｅｘｏｔｉｃｔｒａｉｔｓｉｎｔｏａｄａｐｔｅｄｍａｉｚｅ

北京植物园温室馆详解

北京植物园温室馆详解 推荐理由： 水晶宫般的温室内地形起伏，小路蜿蜒，瀑布飞虹，溪水潺潺，千姿百态的植物形成赏心悦目的景观。新建温室计划展示植物3000-5000种，以发挥保存植物资源、保护植物多样性的功能，为群众提供观赏丰富多彩的植物景观、学习科学知识、具有较高品位的游览点。同时，又是进行园艺研究和国际交往的场所。 营业时间： 8:30am--4:30pm 门票: 50元 交通路线： 1、乘331、634、696、运通112路北京植物园站或卧佛寺站下车即到，乘360、318、714、698路植物园站下车北行200米即到； 2、乘地铁1号线到苹果园站下车可换乘运通112，乘地铁2号线到西直门站出D出口可换乘634路； 3、从北京站：乘坐地铁2号线到西直门站出D出口换乘634路； 4、从北京西站：a、乘坐374、437路到公主坟北站下车，换乘698路到植物园站下车北行200米即到；b、乘坐319、320路到西苑站下车，换乘634、331、696路到北京植物园站或卧佛寺站下车即到。 5、五环：出香山出口，经香泉环岛，往香山方向约300米即到； 6、四环：出香山出口，往香山方向，约10分钟车程； 7、三环：苏州桥出口向北进入万泉河快速路，由北五环入口进入北五环。 8、乘坐出租车经机场高速进入北五环，向西行驶约20分钟车程； 9、乘坐机场大巴到中关村站下车，乘坐出租车进入北四环，或乘坐696路公交车直达。 场馆介绍 北京植物园展览温室是北京市迎接建国50周年的重点工程，位于植物园中轴路西侧，建筑面积17000平方米，占地5.5公顷，投资2.6亿元。展览温室建

筑设计由北京建筑设计研究院承担，以“绿叶对根的回忆”构想为设计主题，独具匠心地设计了“根茎”交织的倾斜玻璃顶棚，仿佛一片绿叶飘落在西山脚下。展室植物布展设计由北京园林古建设计研究院承担。展览温室地下基础于1998年3月底动工修建，主体钢结构和玻璃幕墙将于1999年5月完成，2000年元月1日对外开放。展览温室划分为四个主要展区：热带雨林区、沙漠植物区、四季花园和专类植物展室。展示植物3100种60000余株，为群众提供观赏丰富多彩的植物景观、学习科学知识、具有较高品位的游览点。同时，又是进行园艺研究和国际交往的场所。展览温室工程荣获全国第十届优秀工程设计项目金质奖，2003年度国家优质工程银质奖，北京市第十届优秀工程设计一等奖，“大型展览温室植物引种与设计的研究”课题获北京市科技进步二等奖，被评为北京市九十年代十大建筑。北京植物园展览温室于1998年3月28日动工兴建，2000年1月1日开始接待游人，展览温室建筑面积9800平方米，占地5.5公顷，是目前亚洲最大，世界单体温室面积最大的展览温室，其面积比昆明世博会温室还大一倍，堪称中国建筑史上的大手笔。 展示品种 温室分为热带雨林室、沙漠植物室、兰花、凤梨及食虫植物室和四季花园等，展示热带、亚热带植物3100余种，展示独木成林、绞杀、板根、老茎生花等奇特现象。展览温室是进行植物科普教育的基地，也是进行植物资源保护和科学研究的主要场所。作为北京市迈向国际化大都市的标志性工程，展览厅温室正日益发挥着巨大的社会效益。

植物功能基因组学及其研究技术_崔兴国

第9卷　第1期2007年3月 衡水学院学报 J o u r n a l o f H e n g s h u i U n i v e r s i t y V o l.9,N o.1 Ma r.2007植物功能基因组学及其研究技术 崔兴国 (衡水学院　生命科学系,河北　衡水053000) 摘　要:植物基因组的研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究.植物功能基因组学研究是利用结构基因组学积累的数据,从中得到有价值的信息,阐述D N A序列的功能,从而对所有基因如何行使其职能并控制各种生命现象的问题作出回答.近年来植物功能基因组学的研究技术主要包括表达序列标签、基因表达的系列分析、D N A微阵列和反向遗传学等.对植物功能基因组学的研究将有利于我们对基因功能的理解和对植物形状的定性改造和利用. 关键词:植物;功能基因组学;研究技术 中图分类号:Q3-3 文献标识码:A 文章编号:1673-2065(2007)01-0023-04 基因是细胞的遗传物质,决定细胞的生物学形状,细胞的生物学功能最终是由大量的基因表达完成的.随着人类基因组“工作框架图”的完成,生命科学研究的重点已经从结构基因组学转移到了功能基因组学的研究,特别是模式植物拟南芥(A r a b i d o p-s i s t h a l i a n a)和水稻(O r y z a s a t i v a)基因组测序的完成,公共数据库中已经积累了大量基因序列信息,获得了许多与植物发育相关的功能基因,在此基础上应用实验分析方法并结合统计和计算机分析来研究基因的表达、调控与功能,并相应诞生和发展了一批新的研究技术,为功能基因组学的研究提供了必要而有效的技术支撑.功能基因组学研究的最终目标是解析所有基因的功能,即从基因水平上大规模批量鉴定基因的功能,进而全面研究控制植物生长发育及响应环境变化的遗传机制,在基因组序列与细胞学行为之间起到桥梁作用,共同承担起从整体水平上解析生命现象的重任. 1　植物功能基因组学研究 植物的生长和发育是一个有机体或有机体的一部分形态建成和功能按一定次序而进行的一系列生化代谢反应的总合,反应在分子水平上,它要求相应的遗传代谢途径必须按照特定的时空次序严格进行以保证正常发育.植物功能基因组研究就是要利用植物全基因组序列的信息,通过发展和应用系统基因组水平的实验方法来研究和鉴别基因组序列的作用;研究基因组的结构、组织与植物功能在细胞、有机体和进化上的关系以及基因与基因间的调控关系;从表达时间、表达部位和表达水平3个方面对目的基因在植物中的精细调控进行系统研究.当前植物功能基因组学研究主要集中于一年生的拟南芥与水稻两个物种上,这主要是由于它们的遗传背景清楚,基因组较小,基因结构简单而且易于进行分子生物学操作.拟南芥研究组“2010计划”的宏伟目标是充分利用拟南芥基因组计划获得的序列信息并结合功能基因组研究技术来获知其25000个基因的全部功能,例如开花的诱导过程是植物生活周期中最奇妙的过程,目前从拟南芥中鉴定了提早开花和延迟开花的多种突变体,显示植物开花受多个遗传基因的控制,如延迟开花的两个突变体是由等位基因 C O(C O N S T A N S)和L D(C O L D L U M I N I D E P E N- D E N S)突变引起,这两个基因均已被克隆,并使其在转基因植物的叶片中进行表达,将C O基因转移到拟南芥中,高效表达C O蛋白的转基因植株即使处于短日照条件下也会开花,这说明C O基因具有激活开花基因的作用.对模式植物功能基因组的研究将有助于整个植物基因组学的研究. 目前的功能基因组研究主要包括以下几个方面:(1)c D N A全长克隆与测序;(2)获得D N A芯片 ①收稿日期:2006-10-12 作者简介:崔兴国(1963-),女,河北冀州市人,衡水学院生命科学系副教授.

已完成基因组测序的生物(植物部分)分析解析

水稻、玉米、大豆、甘蓝、白菜、高粱、黄瓜、西瓜、马铃薯、番茄、拟南芥、杨树、麻风树、苹果、桃、葡萄、花生 拟南芥籼稻粳稻葡萄番木瓜高粱黄瓜玉米栽培大豆苹果蓖麻野草莓马铃薯白菜野生番茄番茄梨甜瓜香蕉亚麻大麦普通小麦西瓜甜橙陆地棉梅毛竹桃芝麻杨树麻风树卷柏狗尾草属花生甘蓝 物种基因组大小和开放阅读框文献 Sesamum indicum L. Sesame 芝麻（2n = 26）293.7 Mb, 10,656 orfs 1 Oryza brachyantha短药野生稻261 Mb, 32,038 orfs 2 Chondrus crispus Red seaweed爱尔兰海藻105 Mb, 9,606 orfs 3 Pyropia yezoensis susabi-nori海苔43 Mb, 10,327 orfs 4 Prunus persica Peach 桃226.6 of 265 Mb 27,852 orfs 5 Aegilops tauschii 山羊草（DD）4.23 Gb (97% of the 4.36), 43,150 orfs 6 Triticum urartu 乌拉尔图小麦（AA）4.66 Gb (94.3 % of 4.94 Gb, 34,879 orfs 7 moso bamboo (Phyllostachys heterocycla) 毛竹2.05 Gb (95%) 31,987 orfs 8 Cicer arietinum Chickpea鹰嘴豆~738-Mb，28,269 orfs 9 520 Mb (70% of 740 Mb), 27,571 orfs 10 Prunus mume 梅280 Mb, 31,390 orfs 11 Gossypium hirsutum L.陆地棉2.425 Gb 12 Gossypium hirsutum L. 雷蒙德氏棉761.8?Mb 13 Citrus sinensis甜橙87.3% of ~367 Mb, 29,445 orfs 14 甜橙367 Mb 15 Citrullus lanatus watermelon 西瓜353.5 of ~425 Mb (83.2%) 23,440 orfs 16 Betula nana dwarf birch，矮桦450 Mb 17

全基因组重测序数据分析

全基因组重测序数据分析 1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排 突变（deletioin, duplication 以及copy number variation）以及SNP的座位；针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析；我们将分析基因功能（包括miRNA），重组率（Recombination）情况，杂合性缺失（LOH）以及进化选择与mutation之间的关系；以及这些关系将怎样使 得在disease（cancer）genome中的mutation产生对应的易感机制和功能。我们将在基因组 学以及比较基因组学，群体遗传学综合层面上深入探索疾病基因组和癌症基因组。 实验设计与样本 （1）Case-Control 对照组设计； （2）家庭成员组设计：父母-子女组（4人、3人组或多人）； 初级数据分析 1．数据量产出：总碱基数量、Total Mapping Reads、Uniquely Mapping Reads统计，测序深度分析。 2．一致性序列组装：与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体基因组的一致序列。3．SNP检测及在基因组中的分布：提取全基因组中所有多态性位点，结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选，最终得到可信度高的SNP数据集。并根据参考基 因组信息对检测到的变异进行注释。 4．InDel检测及在基因组的分布: 在进行mapping的过程中，进行容gap的比对并检测可信的short InDel。在检测过程中，gap的长度为1~5个碱基。对于每个InDel的检测，至少需 要3个Paired-End序列的支持。 5．Structure Variation检测及在基因组中的分布: 能够检测到的结构变异类型主要有：插入、缺失、复制、倒位、易位等。根据测序个体序列与参考基因组序列比对分析结果，检测全基因组水平的结构变异并对检测到的变异进行注释。

植物园调查报告

中山植物园调查报告 一、中山植物园简介： 南京中山植物园坐落于南京市东郊的国家级钟山风景区内，占地186公顷,作为中国中、北亚热带的植物研究中心，植物园保存植物3000种以上；设有观赏植物中心、药用植物中心、植物信息中心、植物迁地保护重点实验室和华东地区最大的植物标本馆等。 园内分为南、北两个园区：北园是老园区，是我国中、北亚热带的植物研究中心，拥有专类园10个；设有观赏植物中心、药用植物中心、经济植物中心等南园是新园区，拥有以热带植物（三片叶子造型）为主体的11个区域，分别是展览温室、禾草园、水生园、城市景观植物区、岩石园、森林休闲区、孢子植物区、竹园、经济植物展示区、植物迷宫和原有的盲人植物园，收集活植物共3000余种。 二、植物园内植物种类的调查 1、药用植物中心： 马鞭草科——马鞭草；菊科——松果菊、黑心菊、金鸡菊、黄金菊、天人菊、硫化菊、海角菊；百合科——萱草、麦冬、天门冬、大花萱草；防已科——木防已、金线钓乌龟；锦葵科——锦葵、蜀葵；唇形科——薄荷、藿香；卫矛科——南蛇藤；禾本科——柠檬草；石蒜科——紫娇花；旋花科——茑萝；木樨科——连翘；桔梗科——桔梗；柳叶菜科——月见草；蓼科——何首乌；杜仲科——杜仲等。 在园林中，我们常见的的园林绿化植物有：马鞭草、松果掬、萱草、紫娇花、麦冬、金鸡菊、黄金菊、天人菊、硫化菊、月见草等。 马鞭草（马鞭草科）松果掬（菊科）

紫苑（菊科）金鸡菊（菊科） 紫娇花（石蒜科）月见草（柳叶菜科） 硫华菊 2、宿根花卉中心： 该类花卉的优点便是繁殖、管理简便，一年种植可多年开花，是城镇绿化、美化极适合的植物材料，在园林绿化中常用的有： 中名科名习性适用地区 瞿麦石竹科阳性，耐寒，喜肥沃，排水好华北，华中 耧斗菜毛莨科炎夏宜半阴，耐寒，宜湿润，排水好全国各地 芍药芍药科阳性，耐寒，喜深厚肥沃砂质土全国各地 蜀葵锦葵科阳性，耐寒，喜肥沃排水良好全国各地 大金鸡菊菊科阳性，耐寒，耐寒，不择土壤，逸为野生华北，华东

植物园园林树木

汉名学名科别形态识别要点观赏特性备注 银白杨Populus alba 杨柳 科 树皮白色，小枝 被白绒毛，短枝 叶卵圆形。 银白色的叶片和灰 白色的树干都与众 不同，，高大的树形 及卵圆形的树冠非 常美观。 花期4—5月， 果期5—6月。 灯台树Cornus controversa Hemsl 山茱 萸科 叶互生，簇生于 枝稍，叶广卵圆 形。 落叶乔木，树姿优 美奇特，叶形秀丽、 白花素雅，被称之 为园林绿化珍品。 花期在5—6 月，果期9—10 月。观察时为 花期。 花楸Sorbus pohuashanensis 蔷薇 科 奇数羽状复叶互 生，卵状披针形。 落叶乔木或大灌 木，枝叶秀丽，冠 形多姿，初夏白花 如雪，入秋叶紫果 红，是良好的园林 观赏树种。 花期5—6月， 果期9—10月。 中华槭Acer sinense Pax 槭树 科 单叶，近圆形， 掌状5裂。 落叶小乔木，枝条 横展，树姿优美， 是风景林中表现秋 色的重要中层树 木。 花期5月，果 期9月。 椤木石楠Photinia davidsoniae 蔷薇 科 叶片革质，长圆 形、倒披针形。 常绿乔木，树冠整 齐，耐修剪，是园 林和小庭园中很好 的骨干树种。 花期5月，果 期9—10月。 观察时为花 期。 海州常山Clerodendrum trichotomum Thunb 马鞭 草科 小枝四棱形，叶 卵形。 灌木或小乔木，花 序大，花果美丽， 植株繁茂，为良好 的观赏花木。 花期6—9月， 果期9—11月。 黄刺玫Rosa xanthina Lindl. 蔷薇 科 小枝褐色，有刺， 叶椭圆形，有锯 齿。 落叶灌木，开花时 一片金黄，是北方 春末夏初的重要观 赏花木。 花期5月-6月。 观察时为盛花 期。 五叶地锦P.thomsoni 葡萄 科 叶宽卵形，边缘 有粗锯齿。 落叶大藤本，秋季 叶色变红或黄，十 分艳丽。是垂直绿 化主要树种之一。 花期6月，果 期10月。 木槿Hibiscus syriacus 锦葵 科 叶菱形至三角状 卵形。 落叶灌木，花色多， 花型多，是优良的 园林观花树种。 花期6—9月 枸杞Lycium chinense 茄科果红色落叶灌木，主要做 药用。 刺五加Radix Acanthopanacis 五加 科 小叶5，椭圆状 倒卵形。 灌木，主要做药用。

植物基因组测序

千年基因将应邀参加第十六届全国植物基因组学大会 第十六届全国植物基因组学大会将于2015年8月19日-22日在陕西杨凌召开，千年基因应邀参加此次会议，并将在会场学术交流区设立展台。届时千年基因的技术团队会向大家展示我们最全面的测序平台、一站式的基因组学解决方案以及近年来在植物基因组学领域取得的科研成果，欢迎广大科研人员莅临指导交流！ 在测序平台方面，千年基因目前拥有国内最全面的测序平台，能够为科研人员提供一站式解决方案。以PacBio RS II三代平台为例，千年基因自去年提供PacBio RS II测序以来，通过项目经验的积累及严格的质量控制，目前各项数据指标已达国内最高水平。数据产出已稳步升级至1.4Gb/ SMRT cell，读长最长可达42 Kb，reads N50高达18Kb，远超PacBio官方提供的数据标准！在植物基因组de novo测序的研究中，千年基因提供的超长读长测序可更好地跨越基因组高重复序列、转座子区域以及大的拷贝数变异区域和结构变异区，从而实现对高杂合及高重复基因组的完美组装。在植物转录组测序的研究中，千年基因提供的超长读长测序无需拼接即可获得全长转录组序列信息，同时可获得全面的可变剪切、融合基因以及Isoform信息。另外，千年基因提供的HiSeq 4000及HiSeq 2000/2500测序可解决研究人员在植物基因组重测序、转录组测序、小RNA测序等方面的科研需求。 在项目经验方面，千年基因与来自全球的科研人员合作开展了大量植物基因组项目，相关成果已发表于Nature、Nature Genetics、Science等杂志。例如，油棕榈基因组项目在Nature 杂志同时发表两篇文章，辣椒基因组项目的成果发表于Nature Genetics，玉米基因组项目的成果发表于Science。在国外合作方面，千年基因与美国爱荷华州立大学Patrick Schnable教授领导的国际玉米基因组团队合作开展的上万份玉米样本重测序项目也正在进行中；千年基因与国际半干旱热带作物研究所建立长期战略合作关系，正在开展上千份木豆、鹰嘴豆及高粱样本的群体遗传学研究；同时千年基因与华盛顿大学的Evan Eugene Eichler院士及佐治亚大学的Jeffrey Lynn Bennetzen院士也有大量基因组项目合作。在国内合作方面，千年基因与广东省农科院、山东省农科院共同启动的花生基因组项目已全部完成de novo测序及数据挖掘，同时与中国科学院、北京大学、中国农业大学、中国科学技术大学、上海交通大学、

云南植物王国

植物王国 观赏植物 “天然花园”——云南 我省位于祖国西南边疆，地处热带北缘，是个多山的高原省份。全省地史古老，地形地貌复杂，有海拔高达五千多米、终年积雪的高山，有低至八十多米的热带河谷。气候更是复杂多样，从北到南，由高而低，寒、温、热三带兼而有之，“山高一丈，大不一样”的立体气候的特点十分明显。由于我省特殊的地理位置和地形气候的复杂多样，形成了种类繁多的植物，观赏花木资源也极为丰富，“植物王国”之称名副其实。其统计，我国有高等植物二万六千多种，而云南竟有一万三千多种上，占一半之多，其中观赏植物种类包括各花卉和庭园绿化、街道树种计二千一百多种。这是大自然赐予云南的宝贵财富，是云南自然资源的一大优势，正待我们很好地开发利用，为四化建设服务。 云南素有“天然花园”之称。花木资源之富，举世瞩目，引人入胜。早在十九世纪，这些奇特的植物资源即为西欧各国所垂涎，先后有英国、奥地利、联邦德国、瑞士、美国等国的人员计二十多人多次到云南大量采集植物标本，大力搜集我名花种苗，其中有个名叫傅礼士的英国人在云南竟呆了二十八年之久，先后采集了上千种花卉植物到英国。现在西欧各国争相种植的杜鹃、报春、龙胆、百合、绿绒蒿等名花大多来自云南，无乎他们说“云南是花圃”，可见云南名花的地位之高。英国邱皇家植物园和爱丁堡皇家植物园栽培有云南所产的杜鹃两百余种、报春花一百多种。 八大名花 据国内外的评价，云南最有名的观赏花卉是：山茶、杜鹃、报春、木兰、百合、兰花、龙胆、绿绒蒿“八大名花”。这其中，有的指一个种，包括若干园艺品种，如云南山茶∑的指一个科，包括若干野生种，如兰花、木兰；其余多指一个属或以一属为主加上亲缘相近的其它几个属的同类植物，如百合。 除八大名花之外，云南尚有不少珍奇种类和特产植物，如驰名中外的鸽子花（珙硐树），树形高大的冬樱花，鲜红烂漫的云南樱花，花色奇特的紫牡丹、黄牡丹，种类丰富的秋海棠，以及花形奇异的飞燕草、草乌花等等。 云南山茶甲天下 云南山茶，是我省的特产花木。它的树形和花朵都比国内外普通栽培的山茶花要大得多，是自然界少见的大常绿乔木。花色有硃红、紫红、粉红、玫红多种，还有红白相间的二色品种。它以花大色艳而著称于世，和向有“云南山茶甲天下”之美誉。其载培历史甚为悠久，是在明代即引入庭园种植。繁衍至今，有上百个品种。我省许多城镇，但凡风景名胜、古寺古庙、公私庭园都以它为最珍贵庭园观赏花木为八大名花之首，是我省目前重点出口的名贵花木。 “万朵山茶”树 位于丽江纳西族自治县城北郊、玉龙雪山西侧的玉峰寺有一棵古山茶树，一年开茶花上万朵，被誉为“山茶之王”，驰名中外。 这棵山茶树花名狮子头，每年立春时节初放，直至立夏，历时七个节令、一百多天，连续开花二十几批，每批开花知余朵，一批末焉一批又含苞待放，年开花两、三万朵，故称“万

全基因组从头测序(de novo测序)

全基因组从头测序(de novo测序) https://www.wendangku.net/doc/7d4702198.html,/view/351686f19e3143323968936a.html 从头测序即de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究。一个物种基因组序列图谱的完成，意味着这个物种学科和产业的新开端！这也将带动这个物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。华大科技利用新一代高通量测序技术，可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。包括研究内容、案例、技术流程、技术参数等，摘自深圳华大科技网站 https://www.wendangku.net/doc/7d4702198.html,/service-solutions/ngs/genomics/de-novo-sequencing/ 技术优势: 高通量测序：效率高，成本低；高深度测序：准确率高；全球领先的基因组组装软件：采用华大基因研究院自主研发的SOAPdenovo软件；经验丰富：华大科技已经成功完成上百个物种的全基因组从头测序。 研究内容: 基因组组装■K-mer分析以及基因组大小估计；■基因组杂合模拟（出现杂合时使用）； ■初步组装；■GC-Depth分布分析；■测序深 度分析。基因组注释■Repeat注释； ■基因预测；■基因功能注释；■ ncRNA 注释。动植物进化分析■基因家族鉴定（动物TreeFam；植物OrthoMCL）；■物种系统发育树构建； ■物种分歧时间估算（需要标定时间信息）；■基因组共线性分析； ■全基因组复制分析（动物WGAC；植物WGD）。微生物高级分析 ■基因组圈图；■共线性分析；■基因家族分析； ■CRISPR预测；■基因岛预测（毒力岛）； ■前噬菌体预测；■分泌蛋白预测。 熊猫基因组图谱Nature. 2010.463:311-317. 案例描述 大熊猫有21对染色体，基因组大小2.4 Gb，重复序列含量36%，基因2万多个。熊猫基因组图谱是世界上第一个完全采用新一代测序技术完成的基因组图谱，样品取自北京奥运会吉祥物大熊猫“晶晶”。部分研究成果测序分析结果表明，大熊猫不喜欢吃肉主要是因为T1R1基因失活，无法感觉到肉的鲜味。大熊猫基因组仍然具备很高的杂合率，从而推断具有较高的遗传多态性，不会濒于灭绝。研究人员全面掌握了大熊猫的基因资源，对其在分子水平上的保护具有重要意义。 黄瓜基因组图谱黄三文, 李瑞强, 王俊等. Nature Genetics. 2009. 案例描述国际黄瓜基因组计划是由中国农业科学院蔬菜花卉研究所于2007年初发起并组织，并由深圳华大基因研究院承担基因组测序和组装等技术工作。部分研究成果黄瓜基因组是世界上第一个蔬菜作物的基因组图谱。该项目首次将传

昆明的春天作文-小学作文：昆明植物园

昆明的春天作文|小学作文：昆明植物 园 【--春节祝福语】 1昆明植物园 今天来到昆明植物园游览。一进植物园，到处都是茂盛的绿色植物，让人有一种和大自然亲密接触的感觉。 首先我们来到了植物区，这里有杜仲、厚朴、山茱萸等许多我许多我叫不出名字的珍贵的中草药植物。因为今天我们重点要观赏的是郁金香，我们迫不及待地来到了郁金香园，一进园子，多少有点儿失望，我们只看到了红色、黄色、白色、粉色的郁金香，而那些稀有的黑郁金香、双色郁金香、紫郁金香都因为天气炎热的原因凋谢了，不过我们看到的那些盛开的郁金香还是很美丽的，我发现郁金香一 株只开一朵花，形状好像爸爸喝红酒用的杯子。我还知道了郁金香是荷兰的国花，它代表着美好的祝福。在植物园里我们看到了一棵参天巨松，这棵松树高耸入云，垂下来的树枝都已挨到了地面，形成了一把直径约八、九米的巨伞，可以供很多人在“伞”下乘凉，我猜想这棵松树应该生长了上百年了吧。最后，我们来到了植物馆，我们看到了许多千

奇百怪的植物，有会吃虫子的猪笼草、有叶子长到一定程度就变成红色花瓣似的叶子花、还有鹿角蕨、鸟巢蕨、苏铁等植物，据说蕨类植物比恐龙出现的还早呢！还有一些迷你植物种植在造型奇特的小花盆里，有夜晚会发光的芦荟——“不夜城”，而“犀牛”看起来就真的像犀牛的角一样尖利，有像一个个猴子头似的金黄色仙人球——“多头金丝猴”，还有看起来有点儿吓人的蒲包花。 这一天我的收获可真不少啊！ 2昆明植物园 昆明植物园是云南各种植物大荟萃的地方，也是农林科学家们群英会萃的地方。他们对我国和人民的贡献太多太多，太大太大。这里是不可多得的好地方，是云南人的骄傲。每到了这个季节，昆明的市民都会陆陆续续的来次赏枫，这里也成为了拍摄者的首选之地。 昆明植物园游记：枫叶红了 我常到植物园走走。俗话说：内行看门道，外行看热闹。我这个外行看到的是：植物园不管是春夏秋冬都能把大自然最美最好的景色展现给人们，什么时候到植物园，都会感到赏心悦目，流连忘返。

水生植物园景观设计11.15

水上公园水生植物区景观设计 摘要：天津市水上公园，是天津以“水”著称最大的综合性公园，因此，如何规划、设计、建设好公园的生态型水景景区，特别是水景植物的合理配置。本文重点对该公园的水生植物区的设计及建成后的效果进行介绍。 关键词：水生植物设计 1．引言 水来自于大自然，她带来动的喧器，静的和平，还有韵致无穷的倒影。水是风景设计中重要的组成部分。她为植物、鱼和野外生灵提供生存之地。当前，在可利用资源不断减少，水生态环境破坏严重的状态下，以“水”著称的天津水上公园如何恢复自然水体景观、改善水体质量，独辟一片“碧波荡漾，鱼鸟成群”的野趣盎然的自然生态美景，显得意义更为深远。 水生植物是园林水景的重要造景素材。一泓池水清澈见底，令人心旷神情，但若在池中、水畔栽数株植物，定会使水景陡然增色。而且，水生植物不仅具有较高的观赏价值，更重要的是它还能吸收水中的污染物，对水体起净化作用，是水体天然的净化器。水生植物不仅极大地丰富了园林的水体景观，还与水质处理系统、生态系统保护巧妙地结合为一体。因此巧妙运用具有较高观赏价值的水生植物，营造富有诗情画意、环境优雅的水生植物景观，最终在景观和生态系统水平上展示其美学价值，是水上公园水生植物观赏区营建的目标。 一、现状分析 水生植物观赏区位于公园东湖的水域内。北临芙蓉水榭，南至二岛长亭，西接二岛路，东近白堤桥（详见平面图1）。整个湖面面积达10000余m2。保留原有建筑物，规划区域内植物大部分生长良好，特别是亭榭周围，经过数十年的培育、管理，已形成一定规模的垂柳。水面大面积栽植的荷花。规划时要求进行充分的利用。 二、规划目标 水生植物区的设计思想是创造一个良性循环的生态系统，包括植物和其他生物体。这需要在充分考虑现状的基础上，打破原先单一的荷花池，发挥生物多样性，按照自然环境和生态平衡系统建立一个“生态型”的水生植物观赏区。科学合理地配置水体并营造景观，充分发挥水生植物的姿韵、线条、色彩等自然美，力求模拟并再现自然水景，最终达到自身的景观稳定。 三、设计原则

植物功能基因组学概述

植物功能基因组学概述 XXX* (XXXXX) 摘要：植物功能基因组学是从整体水平研究基因的功能及表达规律的科学。对植物功能基因组学的研究将助于我们对基因功能的理解和对植物性状的定性改造和利用。本文简要介绍了植物功能基因组学的概念、研究内容和研究方法。 关键词：植物；功能基因组学；ESTs；SAGE Summarize of Plant Functional Genomics XXX （XXXXX） Abstract：Plant functional genomics studies provide a novel approach to the identification of genome-wide gene expression. It is currently being widely focused on the gene expression by transcript profiling and takes us rapidly forward in our understanding of plant biological traits. In this review, comprehensive of concepts, research contents and methodologies regarding plant functional genomics and transcript profiling are described. Key words: Plant; functional genomics; ESTs; SAGE 1 植物功能基因组学 基因组学(Genomics)是20世纪最后10年研究最活跃的领域之一。基因组学是指对所有基因的结构和功能进行分析的一门学科, 1986年由美国科学家Thomas Roderick提出, 兴起于20世纪90年代[1]。基因组学研究分为结构基因组学( structural genomics) 和功能基因组学( functional genomics)。结构基因组学代表基因组分析的早期阶段, 以建立生物体高分辨率遗传、物理和转录图谱为主, 以研究基因序列为目标。功能基因组学(Functional genomics)的研究又被称为后基因组学(Post genomics)研究，它是利用结构基因组学提供的信息和产物，通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能，使得生物学研究从对单一基因或蛋白质的研究转向对多个基因或蛋白质同时进行系统研究。 植物功能基因组学是植物后基因时代研究的核心内容,它强调发展和应用整体的(基因 组水平或系统水平)实验方法分析基因组序列信息、阐明基因功能,其特点是采用高通量的实验方法结合大规模的数据统计计算方法进行研究。基本策略是从研究单一基因或蛋白质上升到从系统角度研究所有基因或蛋白质。在植物功能基因组学的研究中，拟南芥和水稻是两种最常用的模式植物。目前, 功能基因组学在水稻、拟南芥等模式植物中取得了较快进展, 主要原因在于这两种植物已完成全基因组测序工作[2], 获得了结构基因组数据, 且遗传背景清楚, 易于开展分子生物学研究, 已率先步入后基因组时代。 2 植物功能基因组学研究内容 2、1基因组多样性研究[1] *联系人Tel：XXXXX；E-mail：XXXXX

已基因组测序物种

已完成植物基因组测序情况（更新至2014年11月） 中文名拉丁名发表时间刊物科、属基因组大小拟南芥Arabidopsis thaliana 2000.12 Nature 十字花科、鼠耳芥属125M 水稻Oryza sativa. ssp. indica 2002.04 Science 禾本科、稻属466M 水稻Oryza sativa. ssp. japonica 2002.04 Science 禾本科、稻属466M 杨树Populus trichocarpa 2006.09 Science 杨柳科、杨属480M 葡萄Vitis vinifera 2007.09 Nature 葡萄科、葡萄属490M 衣藻Chlamydomonas reinhardtii 2007.01 Science 衣藻科、衣藻属130 M 小立碗藓Physcomitrella pattens 2008.01 Science 葫芦藓科、小立碗藓属480M 番木瓜Carica papaya 2008.04 Nature 番木瓜科、番木瓜属370M 百脉根Lotus japonicus 2008.05 DNA Res. 豆科472 Mb 三角褐指藻Phaeodactylum tricornutum 2008.11 Nature 褐指藻属27.4M 高粱Sorghum bicolor 2009.01 Nature 禾本科、高粱属730M 玉米Zea mays ssp. mays 2009.11 Science 禾本科、玉米属2300M 黄瓜Cucumis sativus 2009.11 Nature Genetics 葫芦科、黄瓜属350M 大豆Glycine max 2010.01 Nature 豆科、大豆属1100M 二穗短柄草Brachypodium distachyon 2010.02 Nature 禾本科、短柄草属260M 褐藻Ectocarpus 2010.06 Nature 水云属196M 团藻Volvox carteri 2010.07 Science 团藻属138M 蓖麻Ricinus communis 2010.08 Nature Biotechnology 大戟科、蓖麻属350M 小球藻Chlorella variabilis 2010.09 Plant Cell 小球藻科46M 苹果Malus × domestica 2010.09 Nature Genetics 蔷薇科、苹果属742M 森林草莓Fragaria vesca 2010.12 Nature Genetics 蔷薇科、草莓属240M 可可树Theobroma cacao 2010.12 Nature Genetics 梧桐科、可可属430-Mb 野生大豆Glycine soja 2010.12 PNAS 豆科、大豆属915.4 Mb 褐潮藻类Aureococcus anophagefferens 2011.02 PNAS 57M 麻风树Jatropha curcas 2010.12 DNA Res. 大戟科、麻风树属410M 卷柏Selaginella moellendorffii 2011.05 Science 卷柏属212M 枣椰树Phoenix dactylifera 2011.05 Nature biotechnology 棕榈科685M 琴叶拟南 芥 Arabidopsis lyrata 2011.05 Nature Genetics 十字花科、鼠耳芥属206.7 Mb 马铃薯Solanum tuberosum 2011.07 Nature 茄目、茄科、茄属844M 条叶蓝芥Thellugiella parvula 2011.08 Nature Genetics 盐芥属140M