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Vasp入门+实例

VASP表面计算步骤小结

VASP表面计算步骤小结(侯博士)一、概述 vasp用“slab”模型来模拟表面体系结构。 vasp计算表面的大概步骤是: 材料体性质的计算;表面模型的构造;表面结构的优化;表面性质的计算。 二、分步介绍 1、材料体性质计算: 本步是为了确定表面计算时所需的一些重要参数:ENCUT、SIGMA(smearing 方法为ISMEAR=1 或0时;而通常表面体系结构优化时选择这种smearing方法)、晶格参数。 <一> 在计算前,要明确:何种PP;ENCUT;KPOINTS ;SIGMA;PREC;EX-CO,这其实是准备proper input files。 a. 何种PP 选择的PP能使计算得到的单个原子能量值在1meV~10meV之间。[参见P 21]所求得的单原子能量(对称性破缺时)可用来提高结合能的精度。 b. ENCUT [ 参见P 14 ] 选择的ENCUT应使得总能变化在0.001eV左右为宜。 注意:试探值最小为POTCAR中的ENMAX(多个时,取最大的),递增间隔50; 另外,在进行变体积的结构优化时,最好保证ENCUT=1.3ENMAX,以得到合理精度。 c. PREC [参见P 16] 控制计算精度的最重要参数,决定了(未指定时)ENCUT、FFT网格、ROPT取值。 一般计算取NORMAL;当要提高Stress tensor计算精度时,HIGH 或ACCURATE,并手动设置ENCUT。 d. EDIFF & EDIFFG [参见P16] EDIFF 判断电子结构部分自恰迭代时自恰与否,一般取默认值=1E-4; EDIFFG 控制离子部分驰豫 e. ISTART & ICHARGE [参见P 16] ISTART = 1, ICHARG = 11:能带结构、电子态密度计算时; ISTART =0, ICHARG = 2:其余计算 ISTART = 1,ICHARG = 1(其他所有不改变):断点后续算设置 f. GGA & VOSKOWN [参见P 16] GGA=91: Perdew -Wang 91; GGA=PE: Perdew-Burke-Ernzerhof VOSKOWN=1( GGA=91时);VOSKOWN=默认(其余情况) g. ISIF [参见P 16] 控制结构参数之优化。在对原胞进行变形状或者体积的优化时,ENCUT要取大(比如1.3ENMAX或PREC=HIGH),以消除Pulay Stress导致的误差。 h. ISMEAR & SIGMA [参见P 18] 进行任何静态计算时,且K点数目大于4,ISMEAR=-5; 当原胞太大,导致K点数目小于4时,ISMEAR = 0,并且要设置一个SIGMA; 对绝缘体和半导体,不论是静态计算还是结构优化,ISMEAR = -5; 对金属体系,SMEAR=1和 2,并且设置一个SIGMA; 能带结构计算,用默认值:ISMEAR=1,SIGMA=0.2; 一般来说,对于任何体系,任何计算,采用ISMEAR=0,并选择合适的SIGMA都会得到合理结果。 选择的SIGMA应使得entropy T*S EENTRO 绝对值最小。K 点数目变化后,SIGMA需再优化。 i. RWIGS [参见P 19] 一般取POTCAR中以A为单问的RWIGS值。 j. K points [参见P 19] 选择的K点应使得总能变化在0.001eV左右即可。 k. 一些重要的参数在默认下的值NSW =0,IBRION=-1,ISIF=2:静态计算。

vasp在计算磁性的实例和讨论

兄弟,问3个问题 1,vasp在计算磁性的时候,oszicar中得到的磁矩和outcar中得到各原子磁矩之和不一致,在投稿的是否曾碰到有审稿人质疑,对于这个不一致你们一般是怎么解释的了? 2,另外,磁性计算应该比较负责。你应该还使用别的程序计算过磁性,与vasp结果比较是否一致,对磁性计算采用的程序有什么推荐。 ps:由于曾使用vasp和dmol算过非周期体系磁性,结构对磁性影响非常大,因此使用这两个程序计算的磁性要一致很麻烦。还不敢确定到底是哪个程序可能不可靠。 3,如果采用vasp计算磁性,对采用的方法和设置有什么推荐。 1,OSZICAR中得到的磁矩是OUTCAR中最后一步得到的总磁矩是相等的。总磁矩和各原子的磁矩(RMT球内的磁矩)之和之差就是间隙区的磁矩。因为有间隙区存在,不一致是正常的。 2,如果算磁性,全电子的结果更精确,我的一些计算结果显示磁性原子对在最近邻的位置时,PAW与FPLAW给出的能量差不一致,在长程时符合的很好。虽然并没有改变定性结论。感觉PAW似乎不能很好地描述较强耦合。我试图在找出原因,主要使用exciting和vasp做比较。计算磁性推荐使用FP-LAPW, FP-LMTO, FPLO很吸引人(不过是商业的),后者是O(N)算法。 3,使用vasp计算磁性,注意不同的初始磁矩是否收敛为同一个磁矩。倒没有特别要注意的地方,个人认为。 归根结底,需要一个优秀的交换关联形式出现 VASP计算是否也是像计算DOS和能带一样要进行三步(结构优化,静态自洽计算,非自洽计算),然后看最后一步的出的磁矩呢? 一直想计算固体中某个原子的磁矩,根据OUTCAR的结果似乎不能分析,因为它里面总磁矩跟OSZICAR的值有一定的差别,据说是OUTCAR中只考虑WS半径内磁矩造成的。最近看到一个帖子说是可以用bader电荷分析方法分析原子磁矩。如法炮制之后发现给出的总磁矩与OSZICAR的结果符合的甚好,可是觉得没有根据,有谁知道这样做的依据吗,欢迎讨论! 设置ISPIN=2计算得到的态密度成为自旋态密度。 设置ISPIN=2就可以计算磁性,铁磁和反铁磁在MAG里设置。最后得到的DOS是分up和down的。 磁性计算 (2006-12-03 21:02) 标签: - 分类:Vasp ·磁性计算

vasp计算参数设置

软件主要功能: 采用周期性边界条件(或超原胞模型)处理原子、分子、团簇、纳米线(或管)、薄膜、晶体、准晶和无定性材料,以及表面体系和固体 l 计算材料的结构参数(键长、键角、晶格常数、原子位置等)和构型 l 计算材料的状态方程和力学性质(体弹性模量和弹性常数) l 计算材料的电子结构(能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF) l 计算材料的光学性质 l 计算材料的磁学性质 l 计算材料的晶格动力学性质(声子谱等) l 表面体系的模拟(重构、表面态和STM模拟) l 从头分子动力学模拟 l 计算材料的激发态(GW准粒子修正) 计算主要的四个参数文件:INCAR ,POSCAR,POTCAR ,KPOINTS,下面简要介绍,详细权威的请参照手册 INCAR文件: 该文件控制VASP进行何种性质的计算,并设置了计算方法中一些重要的参数,这些参数主要包括以下几类: l 对所计算的体系进行注释:SYSTEM l 定义如何输入或构造初始的电荷密度和波函数:ISTART,ICHARG,INIWA V l 定义电子的优化 –平面波切断动能和缀加电荷时的切断值:ENCUT,ENAUG –电子部分优化的方法:ALGO,IALGO,LDIAG –电荷密度混合的方法:IMIX,AMIX,AMIN,BMIX,AMIX_MAG,BMIX_MAG,WC,INIMIX,MIXPRE,MAXMIX –自洽迭代步数和收敛标准:NELM,NELMIN,NELMDL,EDIFF l 定义离子或原子的优化 –原子位置优化的方法、移动的步长和步数:IBRION,NFREE,POTIM,NSW –分子动力学相关参数:SMASS,TEBEG,TEEND,POMASS,NBLOCK,KBLOCK,PSTRESS –离子弛豫收敛标准:EDIFFG l 定义态密度积分的方法和参数 –smearing方法和参数:ISMEAR,SIGMA –计算态密度时能量范围和点数:EMIN,EMAX,NEDOS –计算分波态密度的参数:RWIGS,LORBIT l 其它 –计算精度控制:PREC –磁性计算:ISPIN,MAGMOM,NUPDOWN –交换关联函数:GGA,VOSKOWN –计算ELF和总的局域势:LELF,LVTOT –结构优化参数:ISIF –等等。 主要参数说明如下: ? SYSTEM:该输入文件所要执行的任务的名字。取值:字符串,缺省值:SYSTEM

VASP几个计算实例

用VASP计算H原子的能量 氢原子的能量为。在这一节中,我们用VASP计算H原子的能量。对于原子计算,我们可以采用如下的INCAR文件 PREC=ACCURATE NELMDL=5make five delays till charge mixing ISMEAR=0;SIGMA=0.05use smearing method 采用如下的KPOINTS文件。由于增加K点的数目只能改进描述原子间的相互作用,而在单原子计算中并不需要。所以我们只需要一个K点。 Monkhorst Pack0Monkhorst Pack 111 000 采用如下的POSCAR文件 atom1 15.00000.00000.00000 .0000015.00000.00000 .00000.0000015.00000 1 cart 000 采用标准的H的POTCAR 得到结果如下: k-point1:0.00000.00000.0000 band No.band energies occupation 1-6.3145 1.00000 2-0.05270.00000 30.48290.00000 40.48290.00000 我们可以看到,电子的能级不为。 Free energy of the ion-electron system(eV) --------------------------------------------------- alpha Z PSCENC=0.00060791 Ewald energy TEWEN=-1.36188267 -1/2Hartree DENC=-6.27429270 -V(xc)+E(xc)XCENC= 1.90099128 PAW double counting=0.000000000.00000000 entropy T*S EENTRO=-0.02820948 eigenvalues EBANDS=-6.31447362 atomic energy EATOM=12.04670449 ---------------------------------------------------

VASP计算前的各种测试

BatchDoc Word文档批量处理工具 (计算前的)验证 一、检验赝势的好坏: (一)方法:对单个原子进行计算; (二)要求:1、对称性和自旋极化均采用默认值; 2、ENCUT要足够大; 3、原胞的大小要足够大,一般设置为15 ?足矣,对某些元素还可以取得更小一些。 (三)以计算单个Fe原子为例: 1、INCAR文件: SYSTEM = Fe atom ENCUT = 450.00 eV NELMDL = 5 ! make five delays till charge mixing,详细意义见注释一 ISMEAR = 0 SIGMA=0.1 2、POSCAR文件: atom 15.00 1.00 0.00 0.00 0.00 1.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1 Direct 0 0 0 3、KPOINTS文件:(详细解释见注释二。) Automatic Gamma 1 1 1 0 0 0 4、POTCAR文件:(略) 注释一:关键词“NELMDL”: A)此关键词的用途:指定计算开始时电子非自洽迭代的步数(即

NELMDL gives the number of non-selfconsistent steps at the beginning), 文档批量处理工具BatchDoc Word 文档批量处理工具BatchDoc Word densitycharge fastermake calculations 。目的是“非自洽”指的是保持“非自Charge density is used to set up the Hamiltonian, 所以不变,由于洽”也指保持初始的哈密顿量不变。: B)默认值(default value)(时) 当ISTART=0, INIWANELMDL = -5 V=1, and IALGO=8 ) ISTART=0, INIWA V=1, and IALGO=48( NELMDL = -12 时当 ) 其他情况下NELMDL = 0 ( NELMDL might be positive or negative. ionic each applied means A positive number that after a delay is (movement -- in general not a convenient option. )在每次核运动之后(只在A negative value results in a delay only for the start-configuration. 第一步核运动之前)NELMDL”为什么可以减少计算所需的时间?C)关键词“ the the is Charge density used Hamiltonian, to set then up wavefunctions are optimized iteratively so that they get closer to the exact a optimized wavefunctions wavefunctions of Hamiltonian. this From the old with density charge is calculated, the which is then mixed new Manual P105input-charge density. A brief flowchart is given below.(参自页) 是比较离谱的,在前一般情况下,the initial guessed wavefunctions 不变、保持初始的density次非自洽迭代过程中保持NELMDLcharge

用vasp计算硅的能带结构

用vasp计算硅的能带结构 在最此次仿真之前,因为从未用过vasp软件,所以必须得学习此软件及一些能带的知识。vasp是使用赝势和平面波基组,进行从头量子力学分子动力学计算的软件包。用vasp计算硅的能带结构首先要了解晶体硅的结构,它是两个嵌套在一起的FCC布拉菲晶格,相对的位置为 (a/4,a/4,a/4), 其中a=5.4A是大的正方晶格的晶格常数。在计算中,我们采用FCC的原胞,每个原胞里有两个硅原子。 VASP计算需要以下的四个文件:INCAR(控制参数), KPOINTS(倒空间撒点), POSCAR(原子坐标), POTCAR(赝势文件) 为了计算能带结构,我们首先要进行一次自洽计算,得到体系正确的基态电子密度。然后固定此电荷分布,对于选定的特殊的K点进一步进行非自洽的能带计算。有了需要的K点的能量本征值,也就得到了我们所需要的能带。 步骤一.—自洽计算产生正确的基态电子密度: 以下是用到的各个文件样本: INCAR 文件: SYSTEM = Si Startparameter for this run: NWRITE = 2; LPETIM=F write-flag & timer PREC = medium medium, high low ISTART = 0 job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG = 2 charge: 1-file 2-atom 10-const ISPIN = 1 spin polarized calculation? Electronic Relaxation 1 NELM = 90; NELMIN= 8; NELMDL= 10 # of ELM steps EDIFF = 0.1E-03 stopping-criterion for ELM LREAL = .FALSE. real-space projection Ionic relaxation EDIFFG = 0.1E-02 stopping-criterion for IOM NSW = 0 number of steps for IOM IBRION = 2 ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG ISIF = 2 stress and relaxation POTIM = 0.10 time-step for ionic-motion TEIN = 0.0 initial temperature TEBEG = 0.0; TEEND = 0.0 temperature during run

VASP磁性计算总结篇_共7页

以下是从VASP在线说明书整理出来的非线性磁矩和自旋轨道耦合的计算说明。非线性磁矩计算: 1)计算非磁性基态产生WAVECAR和CHGCAR文件。 2)然后INCAR中加上 ISPIN=2 ICHARG=1 或 11 !读取WAVECAR和CHGCAR文件 LNONCOLLINEAR=.TRUE. MAGMOM= 注意:①对于非线性磁矩计算,要在x, y 和 z方向分别加上磁矩,如MAGMOM = 1 0 0 0 1 0 !表示第一个原子在x方向,第二个原子的y方向有磁矩 ②在任何时候,指定MAGMOM值的前提是ICHARG=2(没有WAVECAR和CHGCAR文件)或者ICHARG=1 或11(有WAVECAR和CHGCAR文件),但是前一 步的计算是非磁性的(ISPIN=1)。 磁各向异性能(自旋轨道耦合)计算: 注意: LSORBIT=.TRUE. 会自动打开LNONCOLLINEAR= .TRUE.选项,且自旋轨 道计算只适用于PAW赝势,不适于超软赝势。 自旋轨道耦合效应就意味着能量对磁矩的方向存在依赖,即存在磁各向异性能(MAE),所以要定义初始磁矩的方向。如下: LSORBIT = .TRUE. SAXIS = s_x s_y s_z (quantisation axis for spin) 默认值: SAXIS=(0+,0,1),即x方向有正的无限小的磁矩,Z方向有磁矩。 要使初始的磁矩方向平行于选定方向,有以下两种方法: MAGMOM = x y z ! local magnetic moment in x,y,z SAXIS = 0 0 1 ! quantisation axis parallel to z or MAGMOM = 0 0 total_magnetic_moment ! local magnetic moment parallel to SAXIS (注意每个原子分别指定) SAXIS = x y z !quantisation axis parallel to vector (x,y,z),如 0 0 1 两种方法原则上应该是等价的,但是实际上第二种方法更精确。第二种方法允许读取已存在的WAVECAR(来自线性或者非磁性计算)文件,并且继续另一个

VASP经典学习教程,有用

VASP 学习教程太原理工大学量子化学课题组 2012/5/25 太原

目录 第一章Linux命令 (1) 1.1 常用命令 (1) 1.1.1 浏览目录 (1) 1.1.2 浏览文件 (1) 1.1.3 目录操作 (1) 1.1.4 文件操作 (1) 1.1.5 系统信息 (1) 第二章SSH软件使用 (2) 2.1 软件界面 (2) 2.2 SSH transfer的应用 (3) 2.2.1 文件传输 (3) 2.2.2 简单应用 (3) 第三章V ASP的四个输入文件 (3) 3.1 INCAR (3) 3.2 KPOINTS (4) 3.3 POSCAR (4) 3.4 POTCAR (5) 第四章实例 (5) 4.1 模型的构建 (5) 4.2 V ASP计算 (8) 4.2.1 参数测试 (8) 4.2.2 晶胞优化(Cu) (13) 4.2.3 Cu(100)表面的能量 (2) 4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 (2) 4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 (4) 4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 (5) 4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 (6) 4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 (7) 4.2.9 过渡态计算 (8)

第一章Linux命令 1.1 常用命令 1.1.1 浏览目录 cd: 进入某个目录。如:cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录;cd / 根目录; ls: 显示目录下的文件。 注:输入目录名时,可只输入前3个字母,按Tab键补全。1.1.2 浏览文件 cat:显示文件内容。如:cat INCAR 如果文件较大,可用:cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件:cat A B > C (A和B的内容合并,A在前,B在后) 1.1.3 目录操作 mkdir:建立目录;rmdir:删除目录。 如:mkdir T-CH3-Rh111 1.1.4 文件操作 rm:删除文件;vi:编辑文件;cp:拷贝文件 mv:移动文件;pwd:显示当前路径。 如:rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件) rm -rf abc (强制删除文件abc) tar:解压缩文件。压缩文件??rar 1.1.5 系统信息 df:分区占用大小。如:df -h du:各级目录的大小。 top:运行的任务。 ps ax:查看详细任务。 kill:杀死任务。如:kill 12058 (杀死PID为12058的任务)注:PID为top命令的第一列数字。

用VASP进行Partial Charge分析实例

用VASP进行Partial Charge分析实例 VASP Version : 4.6 在这篇文章中,我将首先介绍Partial Charge的概念,以及如何用VASP具体的计算Partial Charge。首先,所谓的Partial Charge是针对与Total Charge来说的,指的是某个能量范围、某个K点或者某个特定的态所对应的电荷密度。在文献中最常见的是价带顶部,导带底部,表面态或者局域态所对应的Partial Charge。通过分析这些态所对应的Partial Charge,可以得到体系的一些性质,比如局域态具体的是局域在哪个原子上等。我将通过具体的例子说明如何用VASP进行Partial Charge Analysis。 进行Partial Charge Analysis的第一步是进行自洽的计算,得到体系的电子结构。这一步的计算采用通常的INCAR和KPOINTS文件。在自洽计算结束后,我们需要保存WAVECAR文件。(通过在INCAR文件中设置LWAVE=TRUE实现)在这个例子中,假设我们需要计算一个硅纳米线的导带和价带的Partial Charge。硅纳米线的结构如下: 第二步是画出能带结构,以决定你需要画哪条能带的那个K点的态所对应的Partial Charge。关于具体如何用VASP画能带,请参见用VASP4.6计算晶体硅能带实例一文。我们得到硅纳米线的能带结构如下: 画能带时有些小技巧。你可以用一些支持列模块的编辑器,如UltraEdit,将OUTCAR里的各个K点所对应的本征值粘贴到Origin中。这一步完成后,在Origin中做一个矩阵转置,然后将K点坐标贴到第一列,并将其设为X坐标。如此画出来的基本上就是能带图了。在Origin 中可以通过设置纵轴范围来更加清楚的区分费米能级附近的各条能带。如上的硅纳米线所对应的能带结构图如下: 决定画哪条能带,或者那些感兴趣的K点之后,有如下几种方法计算不同的Partial Charge。如果你希望计算价带顶端的Partial Charge,则需要首先通过能带结构图确定价带的能带标号。需要注意,进行Partial Charge分析必须要保留有自洽计算的WAVECAR才可以。 第一种Partial Charge分析的INCAR ISTART = 1 job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG = 1 charge: 1-file 2-atom 10-const LPARD=.TRUE. IBAND= 20 21 22 23 KPUSE= 1 2 3 4 LSEPB=.TRUE. LSEPK=.TRUE. 这样的INCAR给出的是指定能带,指定K点所对应的Partial Charge。分析导带、价带等的Partial Charge特性,通常采用的都是这种模式。 第二种Partial Charge分析的INCAR ISTART = 1 job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG = 1 charge: 1-file 2-atom 10-const LPARD=.TRUE. EINT = -10.3 -5.1 LSEPB=.FALSE. LSEPK=.FALSE. 这样的INCAR给出的是在能量之间的Partial Charge。这种模式适合于分析某个能量区间内的波函数的性质。 第三种Partial Charge分析的INCAR ISTART = 1 job : 0-new 1-cont 2-samecut

VASP磁性计算总结篇

在线说明书整理出来的非线性磁矩和自旋轨道耦以下是从VASP 合的计算说明。非线性磁矩计算:和CHGCAR文件。1)计算非 磁性基态产生WAVECAR)然后INCAR中加上2ISPIN=2文件和CHGCAR11 !读取WAVECAR ICHARG=1 或LNONCOLLINEAR=.TRUE. MAGMOM= 注意:①对于非线性磁矩计算,要在x, y 和 z方向分别加上磁 矩,如 MAGMOM = 1 0 0 0 1 0 !表示第一个原子在x方向,第二个 原子的y方向有磁矩 ②在任何时候,指定MAGMOM值的前提是ICHARG=2(没有WAVECAR 和CHGCAR文件)或者ICHARG=1 或11(有WAVECAR和CHGCAR文件),但是前一步的计算是非磁性的(ISPIN=1)。 磁各向异性能(自旋轨道耦合)计算: 注意: LSORBIT=.TRUE. 会自动打开LNONCOLLINEAR= .TRUE.选 项,且自旋轨道计算只适用于PAW赝势,不适于超软赝势。. 自旋轨道耦合效应就意味着能量对磁矩的方向存在依赖,即存在 磁各向异性能(MAE),所以要定义初始磁矩的方向。如下:LSORBIT = .TRUE. SAXIS = s_x s_y s_z (quantisation axis for spin) 默认值: SAXIS=(0+,0,1),即x方向有正的无限小的磁矩,Z

方向有磁矩。 要使初始的磁矩方向平行于选定方向,有以下两种方法:MAGMOM = x y z ! local magnetic moment in x,y,z SAXIS = 0 0 1 ! quantisation axis parallel to z or MAGMOM = 0 0 total_magnetic_moment ! local magnetic moment parallel to SAXIS (注意每个原子分别指定) SAXIS = x y z ! quantisation axis parallel to vector (x,y,z),如 0 0 1 两种方法原则上应该是等价的,但是实际上第二种方法更精确。第二种方法允许读取已存在的WAVECAR(来自线性或者非磁性计算)文件,并且继续另一个自旋方向的计算(改变SAXIS 值而MAGMOM保持不变)。当读取一个非线性磁矩计算的WAVECAR时,自旋方向会指定平行于SAXIS。 计算磁各向异性的推荐步骤是:(注文件CHGCAR首先计算线性磁矩以产生WAVECAR 和 1)LMAXMIX)。意加入INCAR中加入:2)然后LSORBIT = .TRUE.ICHARG = 11 ! non selfconsistent run, read CHGCAR !或 ICHARG ==1 优化到易磁化轴,但此时应提高EDIFF的精度LMAXMIX = 4 ! for d elements increase LMAXMIX to 4,

1-VASP计算教程第一课-认识VASP的输入和输出

V ASP计算教程 第一课认识V ASP的输入和输出 课程目标: 通过计算孤立氧原子的能量,初步认识V ASP的输入和输出。 课程正文: 一、V ASP的输入文件(lecture1-01) V ASP的基本输入文件共有四个:POSCAR,INCAR,KPOINTS,POTCAR。其中POSCAR是结构文件(计算的体系是什么);INCAR是参数文件(怎么计算);KPOINTS是K点文件,决定了在体系的哪些点进行计算;POTCAR是赝势文件,包含了相应体系的元素的基本信息。 1、POSCAR 以孤立氧原子为例,创建相应的结构文件。V ASP要求计算的结构必须是周期体系,因此我们的结构可以描述为“一个足够大的晶胞(盒子)中存在一个氧原子”,之所以强调“足够大”,是因为晶胞具有周期性,晶胞足够大,氧原子之间的相互作用才可以忽略不计。POSCAR文件内容如下: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 1 O atom 2 1.0 3 8.00 0.00 0.00 4 0.00 8.00 0.00 5 0.00 0.00 8.00 6 O 7 1 8 Cartesian 9 0.00 0.00 0.00 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 在这里,灰色背景及其中的数字为行号,POSCAR文件中并不包含。其中,第1行的“O atom”是体系的名称,可以根据个人的喜好进行命名(如可以替换为isolated O,single O atom,one Oxygen atom等),方便对计算任务的记忆与理解,不同的命名不会影响计算;第2行的

个人非常好的VASP学习与总结

精析V ASP

目录 第一章LINUX命令1 1.1 常用命令1 1.1.1 浏览目录1 1.1.2 浏览文件1 1.1.3 目录操作1 1.1.4 文件操作1 1.1.5 系统信息1 第二章SSH软件使用2 2.1 软件界面2 2.2 SSH transfer的应用3 2.2.1 文件传输3 2.2.2 简单应用3 第三章VASP的四个输入文件3 3.1 INCAR 3 3.2 KPOINTS 4 3.3 POSCAR 4 3.4 POTCAR 5 第四章实例5 4.1 模型的构建5 4.2 VASP计算8 4.2.1 参数测试(VASP)参数设置这里给出了赝势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。 是都要验证吗?还是只要验证其中一些?8 4.2.2 晶胞优化(Cu) 13 4.2.3 Cu(100)表面的能量2 4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化2 4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位4 4.2.6 H吸附于Cu100表面H位5 4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位6 4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面7 4.2.9 过渡态计算8

第一章Linux命令 1.1 常用命令 1.1.1 浏览目录 cd: 进入某个目录。如:cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录;cd / 根目录; ls: 显示目录下的文件。 注:输入目录名时,可只输入前3个字母,按Tab键补全。1.1.2 浏览文件 cat:显示文件内容。如:cat INCAR 如果文件较大,可用:cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件:cat A B > C (A和B的内容合并,A在前,B在后) 1.1.3 目录操作 mkdir:建立目录;rmdir:删除目录。 如:mkdir T-CH3-Rh111 1.1.4 文件操作 rm:删除文件;vi:编辑文件;cp:拷贝文件 mv:移动文件;pwd:显示当前路径。 如:rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件) rm -rf abc (强制删除文件abc) tar:解压缩文件。压缩文件??rar 1.1.5 系统信息 df:分区占用大小。如:df -h du:各级目录的大小。 top:运行的任务。 ps ax:查看详细任务。 kill:杀死任务。如:kill 12058 (杀死PID为12058的任务)注:PID为top命令的第一列数字。

VASP的具体计算流程

VASP的具体计算流程 1!open Files 2!read header of POSCAR file 3!read pseudopotentials 4!read INCAR 5!core level shift related items(parses INCAR) 6!loop over different smearing parameters 7!now read in Pseudopotential 8!LDA+U initialisation(parses INCAR) 10!optics initialisation(parses INCAR) 11!Read POSCAR Startjob and Continuation-job 12!diverse INCAR readers 13!exchange correlation table 14!init all chains(INCAR reader) 15!xml finish copying parameters from INCAR to xml file 16!for static calculations or relaxation jobs DYN%VEL is meaningless 17!initialize the symmetry stuff 18!Read KPOINTS 19!at this point we have enough information to !create a param.inc file 20!set the basic quantities in WDES !and set the grids 21!Write all important information 22!write out the lattice parameters 23!write out k-points,weights,size&positions 24!write out initial header for PCDAT,XDATCAR 25!write out initial header for DOS 26!write out initial header for EIGENvalueS

vasp计算Li

Li ENCUT 100 200 300 400 500 600 700 E0 -0.66503193 -0.66526964 -0.66525281 -0.66525230 -0.66522329 -0.66523161 -0.66524084 K 点200 K 点 1*1*1 3*3*3 5*5*5 7*7*7 9*9*9 E0 -1.6767358 -0.66526964 -0.67936645 -0.69369771 -0.68867548

pot 晶格 常数 3.31 3.32 3.33 3.34 3.35 3.36 3.37 3.38 3.39 E0 -4.246 9949 -4.247 7411 -4.248 2822 -4.248 5845 -4.248 7123 -4.248 4492 -4.247 8476 -4.246 8952 -4.245 6598 Pot-gga 晶格常 数 3.36 3.37 3.38 3.39 3.40 3.41 3.42 3.43 3.44 E0 -3.973 1718 -3.973 6083 -3.973 9027 -3.973 7258 -3.973 3548 -3.973 3771 -3.972 5164 -3.971 6524 -3.970 4861

Potpaw 晶格常 数 3.3 3.31 3.32 3.33 3.34 3.35 3.36 3.37 3.38 E0 -4.241 2149 -4.242 4354 -4.243 3627 -4.243 9694 -4.244 3490 -4.244 6975 -4.244 4009 -4.243 7757 -4.242 9186 Potpaw-gga 晶格常 数 3.30 3.31 3.32 3.33 3.34 3.35 3.36 3.37 3.38 E0 -4.241 2149 -4.242 4354 -4.243 3627 -4.243 9694 -4.244 3490 -4.244 6975 -4.244 4009 -4.243 7757 -4.242 9186

VASP计算DOS-Al

V ASP计算DOS V ASP中电子态密度计算的流程 主要分成三步:一、结构优化;二、静态自洽计算;三、非自洽计算以Al-FCC为例子 第一步结构优化阿 输入文件(INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINT) INCAR文件 System=Al ISTART=0 ISMEAR=1 SIGMA=0.2 ISPIN=2 GGA=91; VOSKOWN=1; EDIFF=0.1E-05; EDIFFG=-0.01 IBRION=2 NSW=50 ISIF=2 (OR 3) NPAR=10 POTCAR 文件直接在势库中拷贝 POSCAR文件 Al 4.05

1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 4 Direct 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5 KPOINT 文件 Automatic generation Mohkorst Pack 15 15 15 0.0 0.0 0.0 第二步静态自洽计算 INCAR:PREC = Medium,ISTART = 0,ICHARG = 2,ISMEAR = -5 输入文件(INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINT) INCAR文件 System=Al

ISTART=0 ISMEAR=1 SIGMA=0.2 ISPIN=2 GGA=91; VOSKOWN=1; EDIFF=0.1E-05; EDIFFG=-0.01 #IBRION=2 #NSW=50 #ISIF=2 (OR 3) NPAR=10 POTCAR 文件直接在势库中拷贝 POSCAR文件 Al 4.05 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 4 Selective Dynamic Direct 0.0 0.0 0.0 T T T

VASP计算实例

VASP计算实例目录 一、氢气分子H2键长的计算 3 1. 基本文件 3 2. 赝势类型的选择 3 3. 截断能ENCUT参数的选择 4 4. KPOINTS参数选择 5 5. 对晶格常数进行优化 6 二、 Si晶体晶格常数计算 8 1. 赝势类型选择 8 2. 截断能(ENCUT)参数的选定 9 3. KPOINTS参数的选定 11 4. SIGMA参数的选定 12 5. 晶格常数计算结果 13 三、 Si元素单原子能量计算 14 1. 由内聚能倒推单原子能量 14 2. 基本文件 15

3. 单原子能量计算 15 四、 Si的VASP力学常数计算 16 1. 计算所需文件 16 2. 计算与数据处理 17 3. 计算所用到的公式: 18 五、 SI晶体的电子结构 19 1. 采用VASP计算能带的步骤 19 2. 电荷分布计算结果 20 能带计算和结果 21 3. 态密度计算和结果 21 六、 Si晶体介电函数和光学性质的计算 22 1. 计算步骤 22 2. 用到的文件 23 3. 计算结果 26 七、 VASP的声子谱计算 29 1. 计算步骤 29 2. 基本文件 30

3. 声子谱、声子态密度计算和结果 33 4. 热学性质计算和结果 34 八、化合物 键长计算 35 1. 计算步骤 35 2. 基本文件 35 一、氢气分子H2键长的计算 1. 基本文件 准备基本文件INCAR、POTCAR、POSCAR、KPOINT以及脚本文件encut、k、optimize 2. 赝势类型的选择 输入文件如下其中参数要靠经验初选 INCAR: System = F2 ISTART = 0 ICHARG = 2

VASP计算方法

V ASP计算方法总结1 静态计算 计算方法: IBRION = -1 NSW = 0 2 结构优化 计算方法: ①只进行离子弛豫 IBRION = 2 ISIF = 2 ②块体晶格参数优化 IBRION = 2 ISIF = 3 ③二维材料晶格参数优化

3 表面能 计算方法: 1) 块体晶体晶格参数优化;静态计算;得能量Eb 2) 优化的块体切slab ;静态计算;得Es1 3) 将slab 模型离子弛豫;静态计算;得Es2 4) γ = (Es1 – N *(Eb / n ))/ 2A + (Es2 – Es1)/ A 计算步骤: 4 功函数 计算方法: 1) 块体晶格参数优化;切slab 模型;离子弛豫 2) 修改INCAR (LVHAR = .TRUE.);静态计算 3) W = Ve - EF 表面能 1stru static 2slab 3optislab static

计算步骤: 5 吸附能 计算方法: 1) 块体和二维材料(D)晶格参数优化 2) 块体切slab ;构建slab 吸附模型 3) slab 吸附模型去slab ;二维材料离子弛豫;静态计算 4) slab 吸附模型去二维材料;slab 离子弛豫;静态计算 5) slab 吸附模型离子弛豫;静态计算 6) E abs = E metal-D – E metal – E D 计算步骤: 表面能 1stru static 2slab 3optislab static workfunction 吸附能 1stru static 2slab static 3slabD static

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