生物信息学期末考试重点总结
第一章DNA、RNA和蛋白质序列信息资源
生物信息学的概念：专指应用信息技术储存和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据，也称分子生物信息学。
三大核酸序列数据库GenBank(NCBI)美国国家生物技术信息中心，EMBL欧洲分子生物学实验，DDBJ日本DNA序列资料库
序列信息通常用FASTA和GenBank两种格式显示
第二章双序列比对
数据库查询：指对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配。
数据库搜索：通过特定相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。
区别：数据库搜索专门针对核酸和蛋白质序列数据库而言，其搜索对象不是数据库的注释信息，而是序列信息。
检测序列：新测定的，希望通过数据库搜索确定其性质或功能的序列
目标序列：通过数据库搜索得到的和检测序列具有一定相似性的序列
同源性的意义：具有共同祖先。
两个物种中有两个性状满足下列任一条件，就可称为同源性状：
（1）它们与这些物种的祖先类群中所发现的某个性状相同
（2）（2）它们是具有祖先一后裔的不同性状
同源（homology）-具有共同的祖先同源序列：共同祖先趋异进化形成
垂直同源（ortholog）种系形成过程中起源于一个共同祖先的不同种系中的DNA或蛋白质序列
水平同源（paralog）由序列复制事件产生的
相似（similarity）用来描述检测和目标序列之间相同DNA/蛋白质序列占比高低。
同源序列一般是相似的，但相似序列不一定是同源的。
相似性：大于50%可认为是同源性序列，小于20%无法确定同源性
目的：通过数据库搜索，推测该未知序列可能属于哪个基因家族，具有哪些生物学功能。
可能找到已知三维结构的同源蛋白质而推测其可能的空间结构。在序列数据库中对查询序列进行同源性比对.
整体比对：从全长序列出发（分子系统学）局部比对：序列部分区域相似性（分子结构与功能性研究）
数据库搜索的基础是序列的相似性比对，即双序列比对(pairwise alignment)。
核酸打分矩阵：
等价矩阵表：考虑碱基的同一性，即两个序列之间完全相同的匹配碱基数目（相同打1，不相同打0）;
BLAST打分矩阵：完全相同得五分，不相同减四分;
转换—颠换矩阵：完全匹配得1分,G（鸟嘌呤）--A（腺嘌呤），C(胞嘧啶)—T（胸腺嘧啶）相转换得-1分，不匹配不转换，得-5分。
蛋白质打分矩阵：相似性打分矩阵，基于远距离进化过程中观察到的残基替换率，并用不同的分数值表征不同残基之间的相似性程度。恰当选择相似性分数矩阵，可以提高序列比对的灵敏度。
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：局部相似性比对搜索程序，基于查找完全匹配的短小序列片段，并将它们延伸得到较长的相似性匹配。
思路：先找到检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段作为内核向两端延伸，以找出尽可能长的相似性片段BLAST优点：使用方便、功能齐全，速度快、结果可信，NCBI精心维护、持续开发，配套数据库不断更新，免费服务（NCBI、EBI、TIGR），免费下载，本地安装
BLAST的查询序列和数据库的类型
数据库类型方法
程序名
查询序列Input
blastp蛋白质1蛋白质蛋白质查询序列搜索蛋白质序列数据库
blastn核酸1核酸核酸查询序列搜索核酸序列数据库
balstx核酸6蛋白质将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索蛋白质序列数据库tblastn蛋白质6核酸蛋白质查询序列搜索核酸序列数据库，核酸序列按6条链翻译成蛋白质tblastx核酸36核酸将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后收缩有核酸序列数据库按6条翻
译成的蛋白质序列的数据库
序列比对数学模型分两类：整体比对（从全长序列出发，考虑序列的整体相似性）局部比对（考虑序列部分区域的相似性）多序列比对的意义：
（1）蛋白质序列，更能从比对中发现保守区域，可以更好地推测未知蛋白质的功能
（2）从一个家族中多个相关蛋白的对比中可以发现隐含其中的系统发育的关系，从而更好地理解蛋白质的进化
（3）对未知蛋白质的结构进行预测，推测哪些区域构成了蛋白质的活性位点，哪些区域维持了蛋白质的空间构象（4）如果由与这些蛋白质相关的DNA序列，DNA能提供更多的有关进化历程的信息
FASTA格式
特点：批量处理
第一行以“>”开头+序列的标识符+序列的描述信息，换行后是序列信息
第三章多序列比对
多序列比对：把2条以上可能有系统进化关系的序列（相似度不一定很高）进行比对的方法。
相同或者相似的氨基酸残基排在同一列上，这些对齐的残基在进化意义上是同源的：来自共同的祖先。并且从结构角度，这些残基也是同源的。
多重比对的近似方法ClustalW法：渐近比对
渐进比对：先对所有的序列计算两两比对的分值（产生原始相似值），然后从关系最近的一堆序列开始，逐步加入其他序列。应用最广的多序列比对工具：ClustalW2
三个步骤：
1)构建双序列比对（成对比对）：两两比对得到相似度矩阵或者距离矩阵
2)建立向导树:使用相似度矩阵产生向导树
3)按向导树累进比对：把最相似的两条序列构成一个比对，按向导树，把下一条序列加入比对直到最后。
第四章序列特征分析
基因：基因是负载特定生物遗传信息的DNA分子片段，在一定的条件下能够表达这种遗传信息，产生特定的生理功能。
严格来说“基因”：产生一条多肽链或功能RNA所必须的全部核苷酸序列。
原核生物基因结构
操纵子模型结构
结构基因的表达受到操纵基因的调控。调节基因能产生作用于操纵基因的阻遏物（一种蛋白质），操纵基因靠近它所控制的结构基因，阻遏物与操纵基因的结合能阻止结构基因的转录。
DNA序列特征分析
进行序列比对和从序列中找到基因及其表达调控信息。
识别与基因相关的特殊序列信号，如启动子、起始密码子，通过信号识别大致确定基因所在的区域；
预测基因的编码区域，或预测外显子所在的区域。
在此基础上，结合两个方面的结果确定基因的位置和结构。
开放阅读框ORF
?指从5‘端开始翻译起始密码子（ATG）到终止密码子的编码蛋白质的碱基序列。
?每个序列都有6个可能的开放阅读框，目的是从6个可能的开放阅读框中找出1个正确的开放阅读框。
?根据这个开放阅读框翻译得到的氨基酸序列才是真正表达的蛋白质产物。
真核生物的开放阅读框
真核生物不仅含有编码蛋白的外显子，而且还有内含子，且内含子将开放阅读框分割为若干个小片段。
开放阅读框的长度变化范围非常大，因此真核生物的基因预测远比原核生物困难。
真核生物中，外显子与内含子之间的连接绝大部分情况下满足GT-AG规律，即内含子为：5'-GT……AG-3'。GENSCAN识别基因开放阅读框
根据基因组DNA序列来预测开放阅读框及基因结构信息
CpG岛——CPG plot预测分析CpG岛
CpG岛是指DNA序列上的一个区域，此区域含有大量相联的胞嘧啶C、鸟嘌呤G、和相连的磷酸酯键p 基因组中平均每100Kb出现，其中GC含量大于50%，长度超过200bp。
CpG岛位于基因的启动子和第一个外显子区，约有60%~80%的启动子和起始外显子含有CpG岛；
搜索CpG岛可以为基因及其启动子预测提供重要线索。
转录终止信号——POLYAH(识别3'端剪切和PolyA区域)
转录终止信号是在mRNA序列的3'端终止密码子下游位置上的加尾信号。
真核细胞mRNA转录后处理的最主要步骤：5`帽子结构的形成→内含子的剪切→3'端的多聚腺苷酸化(poly A) poly A与mRNA稳定性的调节、mRNA的细胞内转运、翻译的起始以及其他的细胞机制和疾病机制有着重要关系。启动子——PromoterScan预测分析启动子区域
●启动子是基因的一个组成部分，控制转录的起始时间和表达的程度。
●启动子本身并不控制基因活动，是通过与转录因子的蛋白质结合而控制基因活动的。
密码子偏好性——CodonW分析密码子偏好性（同时处理2000条以上序列）
?密码子使用偏性：指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均匀使用现象。
蛋白质序列特征分析——ProtParam蛋白质理化性质分析
基本假设：蛋白质的空间结构由蛋白质序列所决定，即可根据蛋白质序列预测蛋白质结构(第二遗传密码)，MiRNA:由内源基因编码的长度为22个核苷酸的非编码单链RNA分子，在植物中参与转录后基因表达调控
蛋白质的亲水性或疏水性—ProtScale分析蛋白质的亲水，疏水性
◆氨基酸的亲疏水性是构成蛋白质折叠的主要驱动力，一般通过亲水性分布图反映蛋白质的折叠情况。
◆分析结果中的峰值表示疏水者为正值，亲水者为负
蛋白质的跨膜区——TMpred分析蛋白质的跨膜区
基于对TMbase数据库的统计分析来预测蛋白质跨膜区和跨膜方向。图形显示结构峰值指可能的跨膜螺旋区
信号肽——SignalP分析蛋白质的分泌型前导肽
?指新合成多肽链中用于指导蛋白质跨膜转移的末端（通常为N末端）的氨基酸序列。信号肽中至少含有一个带正电荷的氨基酸，中部有一个高度疏水区以通过细胞膜。
蛋白质的前导肽
在线粒体蛋白质的跨膜转运过程中，通过线粒体膜的蛋白质在转运之前大多数以前体形式存在，它由成熟蛋白质和N 端的段前导肽组成。
蛋白质的卷曲螺旋—COILS分析蛋白质的卷曲螺旋（得分决定查询序列形成卷曲螺旋的概率）
蛋白质空间结构中的一种，由2～7个α螺旋相互缠绕而形成超螺旋结构的总称。
第五章分子进化分析
氨基酸序列进化分析：氨基酸序列更为保守，对年代跨度大的进化分析有帮助；数学模型较DNA远为简单。
系统进化树：所有生物都可以追溯到共同的祖先；生物的产生和分化就像树一样生长、分叉；是表明被认为具有共同祖先的各物种相互间进化关系的树形图。
?直系同源(orthologs):同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的。
?旁系同源(paralogs):同源的基因是由于基因复制产生的。
?分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。
系统进化树的种类
●物种树：代表一个物种或群体进化历史的系统进化树，两个物种分歧的时间为两个物种发生生殖隔离的时间。
●基因树：由来自各个物种的一个基因构建的系统进化树（不完全等同于物种树），表示基因分离的时间。
系统发育树分析步骤：
多序列比对（自动比对手工校正）→选择建树方法以及替代模型→建立进化树→进化树评估
方法：最大简约法，距离法，最大似然法
第六章表达序列分析*
表达序列：基因组表达为RNA的序列
表达序列标签EST(只有500碱基)：从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5′末端或3′末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得约60-500bp的一段cDNA序列。
EST数据分析
1.非标准化cDNA文库的构建(适用于表达谱研究、测序成本较高)
2.标准化cDNA文库的构建(高表达基因降低，低表达基因提高)（检测低丰度表达基因、不能用于表达谱研究）EST数据库EST收录于GenBank，EBI和DDBJ
常用EST数据库dbEST，UniGene，Gene Indices
EST数据分析方法：随机提取克隆进行5‘或3‘端测序→序列前处理→聚类和拼接→基因注释及功能分类→后续分析
基因表达系列分析
SAGE 技术原理简介基因表达序列分析（SAGE ）
高通量、平行性检测
三个基本要点
1.
9-14bp 的短核苷酸序列“标签”（Tag ）可以特异确定一个转录本2.
串联体分子批量分析mRNA(平行检测)3.各转录本的表达水平可以用特定标签被测得的次数定量
大致顺序
标签，pcr 扩增,连接，测序，检测表达量，统计数标签出现次数，进行比对，实现不同样本多序列分析
高通量测序及分析读长
通量方法454
长低焦磷酸测序无法准确测量同聚物的长度Illumina 短高边合成边测序，桥式PCR ，可逆终止物
可以解决同聚物长度的准确测量
Abi solid短高连接酶法
转录本：指一个细胞内基因组DNA转录得到的所有转录产物以及转录物在细胞特定发育时期或特定生理条件下的表达水平;转录本主要包括mRNA，small RNA，non-coding RNA
主要的测序平台：Illumina
Roche454：454Pyrosequencing基于磁珠的焦磷酸测序
（1）DNA文库制备
利用喷雾法将待测DNA打断成300-800bp长的小片段，并在片段两端加上不同的接头，或将待测DNA变性后用杂交引物进行PCR扩增，连接载体，构建单链DNA文库。
（2）Emulsion PCR（乳液PCR，其实是一个注水到油的独特过程）
将这些单链DNA结合在水油包被的直径约28um的磁珠上，并在其上面孵育、退火。
乳液PCR最大的特点是可以形成数目庞大的独立反应空间以进行DNA扩增。
关键技术是“注水到油”（水包油），基本过程是在PCR反应前，将包含PCR所有反应成分的水溶液注入到高速旋转的矿物油表面，水溶液瞬间形成无数个被矿物油包裹的小水滴。这些小水滴就构成了独立的PCR反应空间。理想状态下，每个小
水滴只含一个DNA模板和一个磁珠。
这些被小水滴包被的磁珠表面含有与接头互补的DNA序列，因此这些单链DNA序列能够特异地结合在磁珠上。同时孵育体系中含有PCR反应试剂，所以保证了每个与磁珠结合的小片段都能独立进行PCR扩增，并且扩增产物仍可以结合到磁珠上。当反应完成后，可以破坏孵育体系并将带有DNA的磁珠富集下来。进过扩增，每个小片段都将被扩增约100万倍，从而达到下一步测序所要求的DNA量。
（3）焦磷酸测序
测序前需要先用一种聚合酶和单链结合蛋白处理带有DNA的磁珠，接着将磁珠放在一种PTP平板上。
平板上特制有许多直径约为44um的小孔，每个小孔仅能容纳一个磁珠，通过这种方法来固定每个磁珠的位置，检测接下来的测序反应过程。
测序方法采用焦磷酸测序法，将一种比PTP板上小孔直径更小的磁珠放入小孔中，启动测序反应。
测序反应以磁珠上大量扩增出的单链DNA为模板，每次反应加入一种dNTP进行合成反应。
如果dNTP能与待测序列配对，则会在合成后释放焦磷酸基团。
释放的焦磷酸基团会与反应体系中的ATP硫酸化学酶反应生成ATP。生成的ATP和荧光素酶共同氧化使测序反应中的荧光素分子并发出荧光，同时由PTP板另一侧的CCD照相机记录，最后通过计算机进行光信号处理而获得最终的测序结果。
由于每一种dNTP在反应中产生的荧光颜色不同，因此可以根据荧光的颜色来判断被测分子的序列。
反应结束后，游离的dNTP会在双磷酸酶的作用下降解ATP，从而导致荧光淬灭，以便使测序反应进入下一个循环。
由于454测序技术中，每个测序反应都在PTP板上独立的小孔中进行，因而能大大降低相互间的干扰和测序偏差。
Illumina：边合成边测序
（1）
DNA待测文库构建超声波把待测的DNA样本打断成小片段（200-500bp序列片段）并在这些小片段的两端添加上不同的接头，构建出单链DNA文库。
（2）Flowcell
Flowcell是用于吸附流动DNA片段的槽道，当文库建好后，这些文库中的DNA在通过flowcell的时候会随机附着在
flowcell表面的channel上。每个Flowcell有8个channel，每个channel的表面都附有很多接头，这些接头能和建库过程中加在DNA片段两端的接头相互配对（这就是为什么flowcell能吸附建库后的DNA的原因），并能支持DNA在其表面进行桥式PCR的扩增。
（3）桥式PCR扩增与变性
桥式PCR以Flowcell表面所固定的接头为模板，进行桥形扩增。经过不断的扩增和变性循环，最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束，每一个束都含有单个DNA模板的很多分拷贝，进行这一过程的目的在于实现将碱基的信号强
度放大，以达到测序所需的信号要求。
（4）测序边合成边测序方法
向反应体系中同时添加DNA聚合酶、接头引物和带有碱基特异荧光标记的4中dNTP（如同Sanger测序法）。
这些dNTP的3’-OH被化学方法所保护，因而每次只能添加一个dNTP。
在dNTP被添加到合成链上后，所有未使用的游离dNTP和DNA聚合酶会被洗脱掉。
再加入激发荧光所需的缓冲液，用激光激发荧光信号，并有光学设备完成荧光信号的记录，最后利用计算机分析将光学信号转化为测序碱基。
这样荧光信号记录完成后，再加入化学试剂淬灭荧光信号并去除dNTP3’-OH保护基团，以便能进行下一轮的测序反
应。
Illumina的这种测序技术每次只添加一个dNTP的特点能够很好的地解决同聚物长度的准确测量问题，
主要测序错误来源是碱基的替换，目前它的测序错误率在1%-1.5%之间，测序周期以人类基因组重测序为例，30x测序深度大约为1周。
第七章基因芯片
微阵列技术优势：
●可以并行地宏量获取生物信息
●以核酸杂交为基础的基因水平的表达监控、多态性和基因型
●对基因表达调控有更深入的了解。
基因芯片分析流程
载体：固体支架(玻璃、塑料、金属、硅)DNA微型阵列（遗传物质）
荧光标记杂交探针（DNA分子）分子杂交：DNA/DNA杂交的生化原理研究
基因芯片技术的特点：
?高度并行性：提高实验进程、利于显示图谱的快速对照和阅读。
?高通量:(104-106)
?多样性：可进行样品的多方面分析，提高精确性，减少误差。
?微型化：减少试剂用量和反应液体积，提高样品浓度和反应速率。
?自动化：降低成本，保证质量而且灵敏度高。
系统学中用来作探针的序列主要有三种：线粒体DNA，叶绿体DNA，rDNA(核糖体DNA),另外还有单拷贝DNA。
基因芯片的基本原理：基因芯片是将几万个寡核苷酸或DNA作为探针密集排列于硅片等固相支持物上，将研究样品标记后微点阵杂交并进行检测，根据杂交信号强弱及探针位置和序列，可以确定靶DNA的表达情况以及突变和多态性存在与否
基因芯片的种类：A长探针芯片（大于100nm）B短探针芯片(20nm左右)
基因芯片的基本原理：核酸分子的互补配对
基因芯片或DNA芯片（Genechip）：是根据核酸杂交的原理，将大量探针分子固定于支持物上，然后与标记的样品进行杂
交，通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。
杂交图谱的采集和分析
1.荧光芯片扫描仪
2.图像分析和数据处理软件
DNA芯片技术的应用
1.基因表达分析
2.基因组研究
3.药物研究与开发（药物筛选、新药发现、合理用药、中草药、鉴定、真假药鉴定）
4.检测基因点突变及多态性
第八章基因注释与功能分类
基因注释数据库
基因本体（gene ontology,GO）数据库
结构化标准生物学模型，建立基因及其产物知识的标准词汇体系，涵盖了基因的细胞组分、分子功能、生物学过程。GO术语在多个合作数据库中的统一使用，促进了各类数据库对基因描述的一致性。
GO注释系统三个分支：生物学过程、分子功能、细胞组分
注释系统中每一个结点(node)都是基因或蛋白的一种描述,结点之间保持严格的关系
可视化视图清晰显示了分子功能记录之间构成的复杂网状结构，既有上下隶属关系，也存在平行关系。
京都基因与基因组百科全书KEGG
系统分析基因功能、基因组信息，整合了基因组学、生物化学以及系统功能组学的信息，把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。
整合代谢途径查询（代谢及有机物的生物降解，对催化各步反应的酶进行了全面的注解）
全局通路图（通路模块、连续的反应步骤,操纵子,调控单元,基因组比对得到的系统发生单元和分子复合物）KEGG数据库是进行生物体内代谢分析、代谢网络分析等研究的强有力工具之一。
基因集功能富集分析
?基因直接注释的结果是得到大量的功能结点,但功能具有概念上的交叠现象,
?对得到的功能结点加以过滤和筛选，以便获得更有意义的功能信息。
富集分析算法（分析一组基因在某个功能结点上是否过出现）
基因功能预测
基因功能预测算法：
基于GO数据库或KEGG数据库，利用高通量的基因表达和蛋白质互作数据进行功能预测，其中一些新开发的方法试
图整合多种数据类型，通过构建功能相关网络的方式预测基因功能。
?首先，从总体上、宏观地概括抽取信息，如不同样本间、不同时间点间全部差异基因；
?其次，通过GO或KEGG分析，从GO分类结果找到实验涉及的显著功能类别或将差异基因映射到通路中，根据基
因在通路中的位置及表达水平的变化算出受影响显著的通路，从而预测未知的基因功能等。
GO体系结构比较基因功能
如果两个基因产物的功能相似，那么它们的表达也就相近，同时它们在GO中注解的结点就相似，所以只要能找出GO 中结点对的相似度，就可以近似估计两基因表达的相似度，从而判断两基因产物的功能的相似度。
KEGG的基因功能预测
通路分析法利用的资源是许多已经研究清楚的基因之间的相互作用(生物学通路)。把表达发生变化的基因集导入通路分析软件中，得到变化的基因都存在于哪些已知通路中，并通过统计学方法计算哪些通路与基因表达的变化最为相关。
第九章蛋白质分析与蛋白质组学
主要研究内容：
1.蛋白质组的组成成分，即蛋白质组的表达模式
2.蛋白质翻译后修饰
3.蛋白质-蛋白质相互作用
第二节蛋白质分析方法
肽质量指纹谱具有特征性)(是鉴定蛋白质的常用参数)
一、蛋白质的指纹特征(
(1)由于蛋白质的氨基酸序列不同，蛋白质被识别特异酶切位点的蛋白酶水解后，产生的肽片段序列也各不相同，其
肽混合物质量数亦具有特征性，称为肽质量指纹谱（PMF），即蛋白质的指纹特征。
(2)过程：质谱指纹分析需要经过蛋白质原位酶解（包括蛋白质凝胶的脱色、还原和烷基化、酶解、萃取及合并萃取
液冻干后进行质谱分析）、MALDI-TOF肽质量指纹图测定（包括蛋白样品脱盐及制备、质谱仪进行肽质量指纹图测定）及蛋白质鉴定数据库搜寻等三个步骤。
(3).肽质量指纹谱可用作其他测定参数
?测定不同物种间的保留特性，从而推断分子的功能。由生物多样性和进化上远离引起的氨基酸残基取代，显示了蛋白中的特征功能区。
?在一个蛋白消解物中，用来检测在化学或酶处理前后的“非匹配”（即和预测片段不符）的肽，从而表征蛋白的修饰。
二、蛋白质的定位、修饰
蛋白质功能模式是揭示蛋白质组成员间的相互作用、相互协调的关系，了解蛋白质的结构与功能的相互关系，以基因结构与蛋白质结构功能的关系。
蛋白质定位、蛋白质翻译后修饰、蛋白质-蛋白质相互作用都是目前其研究的重要内容。
蛋白质定位
1)蛋白质的定位基于十二类亚细胞结构（细胞膜、细胞质基质、内质网、高尔基体、溶酶体、过氧化物酶体、线粒体、叶
绿体、细胞骨架、液泡、细胞核、细胞外基质。）
2)蛋白质在细胞内合成后的转运与定位两种机制（翻译后转运、共翻译转运）
3)对蛋白质的亚细胞定位进行分析与预测，加速蛋白质亚细胞定位的研究。
蛋白质翻译后修饰（PTM）
蛋白质在翻译中或翻译后会在个别氨基酸链上共价结合各种非肽类基团，形成翻译后修饰，是一个动态变化过程。
蛋白质行使正常生理功能所必需的
?使蛋白质结构更为复杂，功能更为完善，调节更为精细，作用更为专一。
?常见的蛋白质翻译后修饰类型：磷酸化、糖基化、甲基化、泛素化、脂基化等。
基于质谱数据鉴定(根据质量偏移)翻译后修饰的结果分析采用数据库搜索法：（数据库搜索法、从头测序法）
蛋白质-蛋白质相互作用
蛋白质相互作用是细胞进行一切代谢活动的基础
?生命的基本过程就是不同功能蛋白质在时空上有序和协同作用的结果。
?蛋白质的特定结构域是介导蛋白质-蛋白质间相互作用的基础
鉴定蛋白质-蛋白质间的相互作用的主要方法酵母双杂交技术
原理：酵母双杂交系统的建立得力于对真核细胞调控转录起始过程的认识。研究发现，许多真核生物的转录激活因子都是由两个可以分开的、功能上相互独立的结构域(domain)组成的。例如，酵母的转录激活因子GAL4，在N端有一个由147个氨基酸组成的DNA结合域(DNA binding domain,BD)，C端有一个由113个氨基酸组成的转录激活域(transcription activation domain,AD)。GAL4分子的DNA结合域可以和上游激活序列(upstream activating sequence，UAS)结合，而转录激活域则能激活UAS下游的基因进行转录。但是，单独的DNA结合域不能激活基因转录，单独的转录激活域也不能激活UAS的下游基因，它们之间只有通过某种方式结合在一起才具有完整的转录激活因子的功能。
流程：
1.利用GAL4的功能特点，通过两个杂交蛋白在酵母细胞中的相互结合及对报告基因的转录激活来捕获新的蛋白质
2.视已知蛋白的cDNA序列为诱饵(bait)，将其与DNA结合域融合，构建成诱饵质粒。
3.将待筛选蛋白的cDNA序列与转录激活域融合，构建成文库质粒。
4.将这两个质粒共转化于酵母细胞中。
5.酵母细胞中，已分离的DNA结合域和转录激活域不会相互作用，但诱饵蛋白若能与待筛选的未知蛋白特异性地相互作用，则可激活报告基因的转录；反之，则不能。利用4种报告基因的表达，便可捕捉到新的蛋白质。
优点：蛋白--蛋白相互作用是细胞进行一切代谢活动的基础。酵母双杂交系统的建立为研究这一问题提供了有利的手
段和方法。
缺点：它并非对所有蛋白质都适用，这是由其原理所决定的。双杂交系统要求两种杂交体蛋白都是融合蛋白，都必须能进入细胞核内。因为融合蛋白相互作用激活报告基因转录是在细胞核内发生的。
假阳性的发生较为频繁。所谓假阳性，即指未能与诱饵蛋白发生作用而被误认为是阳性反应的蛋白。而且部分假阳性原因不清，可能与酵母中其他蛋白质的作用有关。
在酵母菌株中大量表达外源蛋白将产生毒性作用，从而影响菌株生长和报告基因的表达。
蛋白质分析软件与数据库
?蛋白质的分析指对未知或已知蛋白质结构及功能的预测与解析。
蛋白质组学数据的获取与分析
维凝胶电泳分析技术(2-DE)目前所有电泳技术中分辨率最高、信息最多的技术
?第一向是等电聚焦(IEF)，蛋白质沿pH梯度分离至各自的等电点。
?第二向是SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)，蛋白质进行分子量的分离。
?固相pH梯度-SDS双向凝胶电泳(IPG-DALT电泳)是目前最常用的2DE技术。
质谱分析法是按照离子的质荷比（m/z）大小对离子进行分离和测定从而对样品进行定性和定量分析的一种方法。
蛋白质芯片分析技术：是一种高通量的、小型化的、平行性的生物检测技术
◆固定有保持天然活性的蛋白质、能与蛋白质特异性结合的DNA和RNA、糖类、合成多肽及其他能够从复杂蛋
白质混合物中特异性地捕获目的蛋白的小分子物质的微阵列。
◆特点：特异性强、敏感性高、通量高、重复性好、应用性强、适用范围广。
酵母双杂交系统(yeast two-hybrid system)是一种直接于酵母细胞内检测
蛋白质-蛋白质相互作用而且灵敏度很高的分子生物学方法。
（一）酵母双杂交系统原理
●上游激活序列(UAS)
●氨基(N)端DNA结合结构域(DNA-BD)；羧基(C)端的转录激活结构域(TAD)；
●“诱饵”蛋白X；“猎物”蛋白Y
（二）酵母双杂交系统特点与优点
●实现了真正的克隆基因目标化；
●在细胞内进行并完成的，反映了蛋白在体内的交互作用；
●可以高灵敏度地检测蛋白与蛋白之间的交互作用。
（三）酵母双杂交系统的局限性及优化
●酵母细胞转化效率低（酵母交配技术）；
●杂交过程在细胞核内完成，不便于研究膜蛋白、分泌蛋白、膜受体及胞质蛋白（分离的泛素系统）；
●结果假阳性、假阴性较高（双筛选系统、三筛选系统）。
第十章蛋白质结构分析
蛋白质结构实验分析三大技术平台
（一）X-衍射蛋白质晶体结构分析
?分辨率最高的结构测定方法（高通量晶体结构分析）
?成本相对低，步骤较少
（二）核磁共振波谱分析
?分析蛋白质的结构与性质（NMR技术）成本高，步骤多，无需制备晶体标本
?适用于蛋白质折叠、局部动力学或构象分析、蛋白-蛋白相互作用
（三）冷冻电镜技术
?唯一的能研究小到蛋白质、蛋白质复合物，大到细胞器甚至整个细胞的方法。
?适合于内在膜蛋白的分析
?观察生物大分子在天然状态下的结构；
?把细胞在其生理活动的某些特定时刻固定下来，显示此时的结构特点
?通过不同功能状态的瞬时构象变化来研究生物分子的功能。
蛋白质结构的预测
蛋白质结构的密码隐藏在序列中---通过序列来解开蛋白质的结构
二级结构：蛋白质空间结构信息获取结构域信息（Jpred和SOMPA二级结构预测方法）分析氨基酸C-C键的距离，结构域的稳定性，与折叠方面确认蛋白质结构域的子结构。
三级结构：自由建模、比较建模、穿线（同源模型法）
比较建模（同源建模法SWISS-MODEL）（可信度较高）
基于进化相关序列具有相似的三维结构，且进化过程中三维结构比序列保守（相似的功能意味着相似的结构），而利用进化相关的结构模板信息建模。
比较建模步骤：（依照已知来判定序列结构）
1.靶序列查询
2.靶序列与模板序列比对
3.序列保守型建模
4.侧链建模，优化侧链位置
5.评估、优化
少至3个氨基酸的突变就可与引入根本不同的折叠方法
基于结构预测蛋白质功能
如蛋白质间序列相似性高于40%，该蛋白质同其相似序列蛋白可能有保守序列发挥的相同生物化学作用
当序列保守性低于40%时，可从高级结构预测功能（功能域和结构域）。高级结构预测功能实际上是预测蛋白质的每项基本生物化学作用。蛋白质特定的空间结构是行使生物功能的基础。
生物信息研究中常用蛋白质数据库的总结复习进程
生物信息研究中常用蛋白质数据库的总结
生物信息研究中常用蛋白质数据库简述 内蒙古工业大学理学院呼和浩特孙利霞 2010.1.5 摘要：在后基因组时代生物信息学的研究当中，离不开各种生物信息学数据库。尤其在蛋白质从序列到功能的研究当中，目前各种行之有效的方法都是基于各种层次和结构的蛋白质数据库。随着计算机技术及网络技术的发展，目前的蛋白质数据库不论是所包含数据量还是功能都日新月异，新的数据库层出不穷。一个新手面对如此浩瀚的数据量往往无从下手。本文粗浅地为目前蛋白质数据库的使用勾画出一个轮廓，作为自己蛋白质研究入门的一个引导。 关键词：蛋白质；数据库 0 引言 随着科技的发展，个人的知识往往赶不上快速膨胀的信息量，人们为了解决这个问题，便创建了形形色色的数据库。蛋白质数据库是指：在蛋白质研究领域根据实际需要，对蛋白质序列、蛋白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建出具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。蛋白质数据库总体上可分为两大类：蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库，蛋白质序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X-衍射和核磁共振结构测定（详见图1）。这些数据库是分子生物信息学的基本数据资源。上世纪90年代，我国从事蛋白质研究的学者使用的蛋白质数据库储存介质还是国外实验室发布的激光光盘[1]。信息的传播储存甚为不便。随着蛋白质研究的发展飞快，同时伴随着计算机和因特网发展，蛋白质数据库的储存传播方式也发生的巨大的变化。进入21世纪后，我们所用的各种蛋白质数据库都发展成为存储在网络服务器上，基于“服务器—客户机”的访问查询方式。伴随着计算机及物理测试技术的发展数据库的容量和功能成数量级膨胀。但是面对如此浩瀚的数据，新手往往感到无从下手，在需要时找不到自己需要的合适数据库。 本文从目前蛋白质数据库建立的的逻辑层次出发，系统地简绍了常用蛋白质数据的概况，它们的查询方法以及它们相互之间的联系。同时尽量不涉及数
小学教师年度考核个人工作总结优秀范文
小学教师年度考核个人工作总结优秀范文 一年来，在教育教学工作中，我始终坚持党的教育方针，面向全体学生，教书育人，为人师表，确立“以学生为主体”，“以培养学生主动发展”为中心的教学思想，重视学生的个性发展，重视激发学生的创造能力，培养学生德、智、体、美、劳全面发展。在这年里，我在思想上严于律己，热爱教育事业。时时以一个团员的身份来约束自己，鞭策自己。对自己要求严格，力争在思想上、工作上在同事、学生的心目中树立起榜样的作用。我还积极参加各类政治业务学习，努力提高自己的政治水平和业务水平。服从学校的工作安排，配合领导和老师们做好校内外的各项工作。 在教学工作方面，我争取多听课，从中学习别人的长处，领悟其中的教学艺术。每上一节课，我都做好充分的准备，我的信念是决不打无准备的仗。在备课过程中认真分析教材，根据教材的特点及学生的实际情况设计教案。 培优辅差是今年教学工作的重头戏，因为一个班级里面总存在尖子生和后进生。对于后进生，我总是给予特殊的照顾，首先是课堂上多提问，多巡视，多辅导。然后是在课堂上对他们的点滴进步给予大力的表扬，课后多找他们谈心、交朋友，树立起他们的信心和激发他们学习的兴趣。通过尖子生来带动、促进后进生的提高。经过自己的不懈努力，学生得到了全面的发展。 在班主任工作方面，我非常重视学生的思想教育工作。通过班会、晨会、思想品德课及结合各科教材对学生进行爱祖国、爱人民、爱集体、爱老动、爱学习等的思想教育。使学生能养成良好的班风、学风。班干部是老师的左右手，所以我把培养得力的班干部作为班主任工作的一项重要内容。我还常给班干部定时开会，了解他们工作的情况，鼓励他们大胆开展工作。使班干部能在同学中树立起威信，成为同学学习的榜样。 年度总结 一、在思想上，爱国爱党，积极向上。 我积极参加政治学习，为了提高自己的思想觉悟，每周五我认真学习教师职业道德。我还深知要教育好学生，教师必须先以身作则，时时做到教书育人、为人师表，以自己的人格、行为去感染学生。作为一名教师自身的师表形象要时刻注意，我在注意自身师表形象的同时非常重视对学生的全面培养。 因为我深信良好的品行是每个人身上最美的东西，针对社会这一大气候和学生这一小气候我把学生的德育工作放到了最重要的地位。在工作中，我积极、主动、勤恳、责任心较强，乐于接受学校布置的各项工作；任劳任怨。在不断的学习中，努力使自己的思想觉悟、理论水平、业务能力都得到较快的提高。加快形成自己的上课风格。 二、在教育教学上，敬业爱岗，严谨治教。 作为一名普通的小学语文教师，最紧迫的问题是具有新的教学理念、刻苦钻研如何把课上得生动而有趣，才能够抓住学生的兴趣，从而显现出独特的上课风格。教学质量是学校的生命线，深感肩负责任之重大，虽工作繁杂，但不敢懈怠。为此，我从以下几个方面努力提
生物信息学期末考试重点
第一讲 生物信息学（Bioinformatics）是20世纪80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新型交叉学科，它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合。 生物信息学通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。 生物信息学不仅是一门学科，更是一种重要的研究开发平台与工具，是今后进行几乎所有生命科学研究的推手。 生物技术与生物信息学的区别及联系 生物信息学的发展历史 ?人类基因组计划（HGP） ?人类基因组计划由美国科学家于1985年提出，1990年启动。根据该计划，在2015年要把人体约4万个基因的密码全部揭开，同时绘制出人类基因的谱图，也就是说，要揭开组成人体4万个基因的30亿个碱基对的秘密。HGP与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划，被誉为生命科学的登月计划。(百度百科) 随着基因组计划的不断发展，海量的生物学数据必须通过生物信息学的手段进行收集、分析和整理后，才能成为有用的信息和知识。换句话说，人类基因组计划为生物信息学提供了兴盛的契机。上文所说的基因、碱基对、遗传密码子等术语都是生物信息学需要着重研究的地方。 ：
】 第二讲回顾细胞结构 细胞是所有生命形式结构和功能的基本单位 细胞组成 细胞膜主要由脂类和蛋白质组成的环绕在细胞表面的双层膜结构 细胞质细胞膜与细胞核之间的区域：包含液体流质，夹杂物存储的营养、分泌物、天然色素和细胞器 细胞器细胞内完成特定功能的结构：线粒体、核糖体、高尔基体、溶酶体等 细胞核最大的细胞器 DNA的结构 碱基（腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶G） 。 核苷酸 核苷酸是构成DNA分子的重要模块。每个核苷酸分子由一分子称作脱氧核糖的戊 糖（五碳糖）、一分子磷酸和一分子碱基构成。每种核苷酸都有一个碱基对，也就 是A、T、C、G 基因是什么 基因是遗传物质的基本单位 基因就是核苷酸序列。 大部分的基因大约是1000-4000个核苷酸那么长。 基因通过控制蛋白质的合成，从微观和宏观上影响细胞、组织和器官的产生。 基因在染色体上。
教务处期末考试工作总结
教务处期末考试工作总结 > 期末考试工作总结 本次期末考试学校领导一如既往地给予高度重视，把严肃考风考纪作为一项重要工作来抓。袁炎清副校长主持召开了全校考前动员会，参加人员包括：教务处、学工处、保卫处、后勤管理处和质管办有关领导，各教学单位副主任、系主任、教学秘书、大队长、中队长以及各系学生代表。会议要求各教学单位切实加强考风考纪建设，教务处要认真做好期末考试各项组织安排，学工处要抓好学生诚信考试教育，保卫处、后勤管理处要及时做好对考场秩序和环境卫生的管理，同学们要自觉遵守学校的各项考试纪律，各方同心同力，确保期末考试顺利有序进行。本次期末考试教务处采取了一些创新做法：为了进一步规范考务管理，制定了《监考操作规程》并于考前印发给所有监考人员和巡考人员;为了提高考务工作效率，首次采取现场办公措施，将考务办公搬到教学楼一楼大厅进行。经过各方的共同努力，本次期末考试工作圆满顺利完成，并取得零作弊的明显成效。现具体总结如下： 本学期考试主要集中在第17周和第19周,共安排584个班次考试，安排重修考试275人次。 一、考试组织工作 1.成立巡考组，对监考进行监督和指导 为确保考试顺利进行，成立巡考小组，由袁炎清副校长担任总巡考，教务处、学工处、质管办领导担任副总巡考，各教学部门领导担任巡考，负责考试的巡查与监督，并将巡考责任落实到专人专区。 2.考前准备工作 ①通过考前动员会，发动广大师生认真学习《考核教务管理规定》，明确监考职责，强调考试纪律; ②提前编制好考试日程表，组织试卷的缮印和分装，并认真检查核对，做到考场安排和试卷分装零差错; ③改进监考过程，新编了《监考操作规程》和《考试记录表》并配发各考场，对监考过程进一步规范，同时在《考试记录表》中提供准确的考生名单，方便监考教师核对考生信息，并使考试过程有据可查。 3、考试过程情况 校领导对考试工作非常重视，亲临考试第一线巡视指导，了解考情，提出意见和建议，推动了考试工作的改进和完善。 本学期首次在考试现场设立考务办公室，加强了考试过程和管理，并快速处理和协调考试过程中出现的有关情况。 本次考试，巡考人员基本按时到岗，对监考人员、考生、考试组织等方面情况进行了监督检查，对存在的问题及时地提出了意见或建议。 本次考试，绝大部分监考教师都能按时到岗，认真履行监考职责，较好地维护考试纪律。 二、工作成效 领导的重视，师生的共同努力，创造了良好的考试氛围，考风考纪有了显著的改善，首次实现零违纪、零作弊。 三、存在的问题。 虽然本次考风考纪有了显著的改善，但在本次考试过程中，也还存在以下方面的不足：
数据挖掘与分析心得体会
正如柏拉图所说：需要是发明之母。随着信息时代的步伐不断迈进，大量数据日积月累。我们迫切需要一种工具来满足从数据中发现知识的需求！而数据挖掘便应运而生了。正如书中所说：数据挖掘已经并且将继续在我们从数据时代大步跨入信息时代的历程中做出贡献。 1、数据挖掘 数据挖掘应当更正确的命名为：“从数据中挖掘知识”，不过后者显得过长了些。而“挖掘”一词确是生动形象的！人们把数据挖掘视为“数据中的知识发现（KDD）”的同义词，而另一些人只是把数据挖掘视为知识发现过程的一个基本步骤！ 由此而产生数据挖掘的定义：从大量数据中挖掘有趣模式和知识的过程！数据源包括数据库、数据仓库、Web、其他信息存储库或动态地流入系统的数据。作为知识发现过程，它通常包括数据清理、数据集成、数据变换、模式发现、模式评估和知识表示六个步骤。 数据挖掘处理数据之多，挖掘模式之有趣，使用技术之大量，应用范围之广泛都将会是前所未有的；而数据挖掘任务之重也一直并存。这些问题将继续激励数据挖掘的进一步研究与改进！ 2、数据分析 数据分析是指用适当的统计方法对收集来的大量第一手资料和第二手资料进行分析，以求最大化地开发数据资料的功能，发挥数据的作用。是为了提取有用信息和形成结论而对数据加以详细研究和概括总结的过程。 数据分析有极广泛的应用范围。典型的数据分析可能包含以下三个步： 1、探索性数据分析：当数据刚取得时，可能杂乱无章，看不出规律，通过作图、造表、用各种形式的方程拟合，计算某些特征量等手段探索规律性的可能形式，即往什么方向和用何种方式去寻找和揭示隐含在数据中的规律性。 2、模型选定分析，在探索性分析的基础上提出一类或几类可能的模型，然后通过进一步的分析从中挑选一定的模型。 3、推断分析：通常使用数理统计方法对所定模型或估计的可靠程度和精确程度作出推断。 数据分析的目的是把隐没在一大批看来杂乱无章的数据中的信息集中、萃取和提炼出来，以找出所研究对象的内在规律。在实用中，数据分析可帮助人们作出判断，以便采取适当行动。数据分析是组织有目的地收集数据、分析数据，使之成为信息的过程。这一过程是质量管理体系的支持过程。在产品的整个寿命周期，包括从市场调研到售后服务和最终处置的各
小学教师个人工作总结 (5000字)
小学教师个人工作总结 一学期的工作很快就要结束了，回顾一学期的工作，忙忙碌碌，得失兼有，为了在今后的工作中能发扬成绩，改进不足，现在我就把 自己这学期的工作作如下总结： 一思想方面：本人思想端正，拥护党的正确领导，关心国家大事，并且能积极参加政治学习。积极参加学校的各项活动，认真学习 了《教育法》，并自学有关教育教学的相关理论知识。 二、教学方面：本学期我担任三五年级英语教师一职。我觉得自己的担子好重、压力好大。因此教学上我不敢有一丝马虎，努力转变自己的观念，力求使自己的教学方法适应学生的学习方法，不断改进自己的缺点。因此备课时我认真钻研教材、教参，学习新课标，虚心向其他老师学习、请教。力求吃透教材，找准重点、难点。为了上好一节课，我上网查资料，集中别人的优点确定自己的教学思路，为了学生能更直观地感受所学的知识内容，我积极查找课件，制作课件，准备、制作教具。尝试运用多种教学方法，从学生的实际出发，注意调动学生学习的积极性和创造性思维，使学生有举一反三的能力。课后认真总结上课中所出现的突发事件、临时灵感，写好反思。 三、德育工作：德育是学校工作中的重中之重，师爱是伟大的、神圣的。师爱是人类复杂情感中最高尚的情感，它凝结着教师无私奉献的精神。爱就是责任，尊重、理解、信任学生是消除教育盲点的基础。尊重学生要尊重学生的人格，教师与学生虽然处在教育教学过程中的不同的地位，但在人格上应该是平等的，这就是要求教师不能盛气凌人，更不能利用教师的地位和权力污辱学生；理解学生要从青少年的心理发展特点出发，理解他们的要求和想法，理解他们幼稚和天真；信任学生要信任他们的潜在能力，放手让学生在实践中锻炼，在磨练中成长。只有这样，学生才能与教师缩小心理距离。教师的责任不仅在于教授学生知识，更在于引导他们学会生活和生存的基本技 能，及做人的基本行为准则。 教育工作，是一项常做常新、永无止境的工作。社会在发展，时代在前进，学生的特点和问题也在发生着不断的变化。作为有责任感的教育工作者，必须以高度的敏感性和自觉性，及时发现、研究和解决学生教育和管理工作中的新情况、新问题，掌握其特点、发现其规律，尽职尽责地做好工作，以完成我们肩负的神圣历史使命。总之，一学期以来能按时完成教学任务及各项工作。在今后的 工作中，一定扬长避短，做好本职工作。 小学班主任工作总结 时间飞逝，转眼间一学期的教学工作已接近尾声，为了更好地做好今后的工作，总结经验、吸取教训，本人就以这学年的工作小结如下： 一、思想工作方面 俗话说：“活到老，学到老”，本人一直在各方面严格要求自己，努力地提高自己，以便使自己更好地适应教育教学的改革浪潮。通过阅读部分道德修养书籍，勇于解剖自己，分析自己，正视自己，提高自身素质。 二、教育工作方面 这学年，本人担任四年级班主任，班级人数较多，又一直面临着新改科的实际。因此，我在教育教学工作中遇到了不少困难。针对这些情况，我虚心向有经验的教师及兄弟学校的同行讨教经验。平时积极参加校级教研活动，认真记录好听课笔记。在教学中，认真钻研新大纲、把握教学的重点难点，积极开拓教学思路，试着把一些先进的教学理论、科学的教学方法及先进现代教学手段运用于课堂教学中，努力培养学生的合作交流、自主探究、勇于创新的能力。另外，本人在搞好教学工作的同时，还很注重阅读有关教育教学的书籍，并进行
最新生物信息学考试复习
——古A．名词解释 1. 生物信息学：广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取，加工，储存，分配，分析和解释。狭义是指综合应用信息科学，数学理论，方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片：将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上，通过物理吸附达到固定化（cDNA芯片），也可以在固相表面直接化学合成，得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交，经过计算机扫描和数据处理，进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI：National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL：European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分，是综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物：PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST：Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF：Open Reading Frame.由起始密码子开始，到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列，一个未知的基因，理论上具有6个ORF。 9. 启动子：是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成，核心启动子包括-35区（Sextama box）TTGACA，-10区（Pribnow Box）TATAAT，以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成，启动子基本元件包括启动子上游元件（GC岛，CAAT盒），核心启动子（TATA Box，+1区帽子位点）组成。 10. motif：模体，基序，是序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树：通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性：序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 13. 同源性：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。
高校期末考试工作总结范文
高校期末考试工作总结范文 ----WORD文档，下载后可编辑修改---- 下面是小编收集整理的范本，欢迎您借鉴参考阅读和下载，侵删。您的努力学习是为了更美好的未来！ 高校期末考试工作总结范文篇一根据黑电大发文件规定，?我校及所属四县电大20XX-20XX学年度第二学期期末考试于20XX年7月8日至7月13日进行，现已圆满结束。这次考试为期6天，本次共计3595人次参加了168个学科考试。在校领导的高度重视和指导下，在全体教职员工和各系、处、科、室的鼎力合作下，克服了“考生多、考场少、考试时间紧”等实际困难，使这次考试获得了圆满的成功，给下学期工作创造了良好的开端。 纵观这次考试，有以下几个特点： 1、领导高度重视，全体教职工配合默契 考试是学校工作中的一件大事，是检查教学质量的一个重要手段之一，而抓好考风考纪则是提高教学质量的一个重要途径。本学期开学伊始，校领导就提出要严肃考风考纪，端正学习风气，并由教务处制定了《监考教师奖惩条例》。各科室将这指示精神积极落实在日常工作中，狠抓教学管理，加强晚自习检查，这为严肃考风考纪奠定了良好的基础。20XX年6月底，由各个教研室组织分别在各班召开了学生考前动员大会，20XX年7月6日又召开了考务工作会议，会议由副校长邵文梅主持，，教务处主任陈英宣读了本次考试文件，刘鹏斌校长做了重要讲话，重申要严格考风考纪，并对肇源、肇州、林甸、杜蒙电大提出了新的要求。由于领导的高度重视，为考试工作创造了良好的开端。 考试期间，校领导亲自挂帅，刘鹏斌任主考，邵文梅任副主考。几位领导深入考场检查指导，邵校长连续6天亲自坐镇指挥，及时处理考试过程中遇到的问题，刘校长、孙校长在百忙之中抽出时间亲临考场检查巡视，在他们的带动下，全体监考人员和工作人员热情高涨，相互协调，紧密配合，不拖不靠，各司其职，使得这次考试进行得非常顺利。 2、加前考前教育，树立良好的学风 由于“端正学习风气，严肃考风考纪”的精神得到了贯彻落实，又召开了考前动员大会，使得考前教育工作做得非常充分。由于动员会，培训监考人等工作
计算机专业认识实习报告
认识实习心得 计算机112班ZZM 11月18日到22日是认知实习周，我们计算机专业在老师的精心安排下，组织了许多专业知识讲座，以及实地参观学习。在此之前，一提到实习，总感觉有一种神秘感，不知道我们这个专业实习能干什么？实习之后，我懂得了不少经验和道理。 讲座内容涉及职场礼仪、计算机专业技术、科技研发、创业等，实地参观无锡（国家）软件园、常州北大众志公司、常州同惠电子厂等。丰富多彩的讲座以及身临科研开发的第一线不仅拓宽了我们的视野，也使我们在专业知识的学习上明确了方向，对未来的职业选择奠定了一定的基础。下面简单的说下实习的具体感受。 第一天由无锡NIIT学校副校长郑老师做了关于职场上礼仪的讲座。郑老师从4大方面若干小点阐述了职场对礼仪的要求。首先是为什么要学习职场礼仪。古人云：“礼”者，敬人也。一是严于律己，二是尊敬他人，并且强调要学会用正确的方法尊敬别人。关于基本礼仪要求：首先强调的是个人卫生，个人的整体形象。如果一个人邋邋遢遢，个人生活一团糟，相信不会有哪个HR会看上你，并且相信你会为公司带来经济效益。其次，礼貌待人，一个人很有礼貌的去做事，可以给人的感觉是这个人很有素养，举止得体，这样会加重别人信任你的砝码。接着是关于友善，生活中难免会遇到一些竞争者，我们要正确的认识两者间的关系，友善的处理好关系有助于工作的开展，而不是盲目的排挤打压。要学会用真诚去感化别人，真诚待人。接着是尊重他人的情感，学着站在别人的角度思考问题，感受别人的心情。最好能够尝试理解他人。还有就是善待来访，善用敬语。一些基本的礼节问题讨论结束后，郑老师开始向我们介绍在公司里，作为一名员工应当具有的礼节行为。一名员工最基本的礼节行为就是要守时，如果有特殊情况不能及时赶到，应当立即打电话告知对方。时间是最宝贵的，误时的结果会让你在别人心中的形象大打折扣，会认为你不是一个严谨的人。其次就是远离流言蜚语，嘴巴一定要管好，不能四处散播不良言论，必须要为自己所说的话负责。当然还有些细节问题，例如衣着得体，讲究个人卫生；不带病上班；控制饮酒；不带不速之客；杜绝轻浮举止等，郑老师也一一作了详细解答。郑老师切身说法，列举自己生活里的例子给大家做分析，说心得。同学们听后感慨颇多。 第二天我们计算机专业进行了第二次学术报告讲座，课题为机器学习。平时学习的范围比较狭隘，很少接触到类似于这种高端的技术范畴。学院万建武老师首先从机器学习这一概念的提出及发展情况做了简单的介绍，通俗意义上讲就是让机器有自我学习的能力。目前国类研究人员还是很多的，很多高等学府都相应的开设了课程，例如北大、清华、交大等，一些重要的知名大企业技术核心也涉及到了，如阿里巴巴、百度，中国移动等，其中阿里巴巴的淘宝网站应用最为广泛。它机器会根据用户的购买喜好，以及用户的购买力进行自学习，然后在淘宝的产品库中智能的推荐该用户能够喜欢以及能够支付的产品，通过高效的算法使得自身的商品最大化的推销出去。接着，老师介绍了他本人感兴趣的研究方向，希望给与我们一些指导。视频追踪、机器排错。视频追踪类似于相机里的聚焦并锁定人物头像，视频追踪技术用来分析人物的动作形态，并且排除外界环境的干扰，要将人物的整个信息记录下来。然后老师提出了进行这项研究所需具备的条件，要喜欢接受挑战，有好的外语阅读能力，好的数学基础（线性代数、概率统计、优化、实变、泛函），对照老师提出的基本要求，自己这方面的能力还有待加强。老师举了一些眼下热门的技术使用，网络安全、门禁的入侵检测、生物信息学等。当然这项高端的技术也面临着诸多挑战问题，（1）泛化问题，机器进过学习后得出的结论，今后10年是否准确？（2）运行的速度，比如训练时间VS测试时间。（3）可理解性的问题，是否能让其他人更好的理解规则和模型，市场上的技术封装“黑盒子”能否满足需要？（4）数据利用能力（5）代价敏感，应用到的模识别，以及降维算法。很好的例子就是人脸识别。此次讲座让我不仅接触到了前沿的科技，热的研究方向，而且也让我深刻感受到稳扎基础，拓宽知识面的重要性！
小学教师个人工作总结
小学教师个人工作总结 1、重学习，提高综合素质。 在工作中，我重视加强理论学习，全面提高思想政治素质。以1名合格的党员标准，爱岗敬业，认真、专心做好每项教育教学工作，关心学生成长。同事之间团结和睦。思想上能够与时俱进，时刻严格要求自己，力求在工作、生活中处处起模范作用。 2、剖析问题，用创先争优寻觅不足 根据我的学习体会，对个人存在问题进行了更深层次的剖析，存在的不足主要有：业务水平到达1定高度后，有前行滞缓的现象。特别，上完课身心俱疲，有些茫然，暂时失去了业务水平提升新的目标，加上身体欠佳缘由，造成了在工作中遇到繁琐、复杂的事情，会抱有躲避心态。教科研这1块缺少继续向上攀登的勇气和刻苦研究、坚持不懈、锲而不舍的学习精神和态度。缺少了以往韧劲。 3、深入学习，用创先争优探索方向。 对存在的不足，我决心捉住这次创先争优活动的大好机会，加强学习，拓宽思路，采取措施，狠抓落实，用创先争优的正确理念为方向引导和增进各项工作顺利展开。 第1、在转变教育观念上见成效。 我还要继续认真学习创先争优的本质核心，要自觉对比创先争优的要求，进1步解放思想，检查梳理自己的思想观念，破除各种不合时宜的思想观念，使思想更加符合创先争优的要求，内化于心，践之于行。 第2、在提高本身素质上见成效。 沿袭守旧，墨守成规，是办不好人民满意的教育的。要把教育办得人民满意，就必须与时俱进，开辟进取。作为1名党员必须带
头全力以赴，倾力前行，有1份热发1分光。最平常之事、最关键的地方、最困难之时或许正是考验自己党性原则和思想境地的时候；只有勤勤奋恳，奋发工作，光明磊落，坚持真谛，保持良好心态，不气馁，不畏缩，不自暴自弃，不怨天尤人，1如既往，为人民的教育事业奋斗不止，才能得到组织认可、社会认可和大众认可。另外在业务水平提升上我应秉持学无止境，更上1层楼的精神。活到老学到老，并充分发挥中年教师的辐射带动作用，带动身旁的年轻老师1起整体提升业务水平。 在今后的阶段，我将进1步深入学习，巩固学习成果。进1步排找本身存在的问题，认真剖析问题，并在实际教育教学工作中，克服本身缺点，争优创先。 1、基本情形： 本学期我继续担负2年级的语文教学工作。现将1学期以来的具体情形总结以下：本班共有学生2人，基础知识比较好，各方面本事也比较突出。他们作业认真，进取回答问题，有着较好的学习习惯 2、主要工作和成绩 我始终依照语文学科管理制度严格管理学生，注意培养学生养成良好的学习习惯。在教学中，始终以1个新教师的身份要求自我，虚心向有经验的教师学习，切实做好1切教学常规工作，并坚持做好培优扶差工作。 1、良好习惯的培养。 我要求学生每学1篇课文之前都要先预习，预习要求有：读课文3遍，在文中画诞生字。查字典给1类生字组词，并读两遍。查找与课文相干的资料。第2天早读我还要检查预习情形，逐渐让学生
分子与合成生物学知识点总结
1.(生命的起源)三界的分类：古细菌、细菌、真核生物 2.小分子：氨基酸、糖类、核苷酸 77% 3.大分子：核酸、蛋白质、脂质 23% 4.古细菌更类似于真核细胞，原核细菌是真正的细菌 5.合成生物学的定义：设计和构建自然界中没有发现的生物功能和生物系统。构造生物零件装置和能量，药物以及科技系统中应用工程原则和数学模型。 组装各领域专业知识的研究领域为了理解，构建，修饰生物系统。 合成生物学的目标：①操纵基因元件，将基础生物分子整合到基因线路上，来创造新性状，表达复杂的生物功能。②从稳定、标准、已经改良好的基因模块来构建生物体系。 合成生物学的目的：改造系统、系统化构建 .合成生物学与其他学科的不同：抽象性、模块性、标准化、设计和模型 6.根据进化树，古细菌和真核生物都来自细菌。 7.生物膜的作用：隔离、储存能量、物质传递、信号传导、阻断毒性 8.内共生学说：古细菌的真核细胞吞噬异样细菌，成为它的线粒体。 吞噬自养细菌，成为它的叶绿体。 9.基因的概念：基因是生物有机体遗传的分子单元 基因在染色体上 是有机体中可以编码多肽和RNA的DNA序列 10.DNA的结构和功能： 遗传信息在DNA链的核苷酸序列中 遗传信息指导合成蛋白质 基因两条链碱基配对以氢键链接 一条链模板、半保留复制5-3、3端游离羟基、糖在外，碱基在内 11.染色体结构与基因表达： 染色质的基本组成单位是核小体 核小体是组蛋白八聚体2H2A 2H2B 2H3 2H4 H1与核小体间DNA链接 染色质改造：连接DNA长度可变，结合DNA结构可变 12.三个重要的DNA序列：端粒、复制起始区、着丝点 13.核小体的N端修饰（共价修饰）： DNA甲基化和组蛋白去乙酰化协同作用共同参与转录阻遏。 磷酸化使生物学过程发生 14.转录抑制与异染色质有关 15.第三章总结：间期染色质解旋很难看见 基因表达loop结构处 常染色质结构疏松表达活跃，能编码蛋白质。 异染色质粘稠不编码。如端粒、中心粒、着丝粒 有丝分裂染色体是压缩的，有序的，染色体在细胞核中的存放时空间有序的 16.分子机器：调节DNA的蛋白质 DNA：连接酶、解旋酶（95℃）、拓扑异构酶 钳蛋白、结合蛋白
关于小学学校年度工作总结范文十篇
关于小学学校年度工作总结范文十篇 关于小学学校年度工作总结范文十篇 总结是指社会团体、企业单位和个人对某一阶段的学习、工作或其完成情况加以回顾和分析，得出教训和一些规律性认识的一种书面材料，它能帮我们理顺知识结构，突出重点，突破难点，不如立即行动起来写一份总结吧。那么你真的懂得怎么写总结吗？下面是小编为大家收集的小学学校年度工作总结10篇，仅供参考，大家一起来看看吧。 小学学校年度工作总结篇1 瑞雪迎丰年，红梅昭新篇。回眸20xx，这是我校喜获丰收的一年，是我们勤恳付出的一年，更是我校体育工作喜结硕果的一年。本着全面落实“健康第一”的思想，学校体育工作牢固树立和坚持教育面向全体学生的原则，做到夯实体育工作基础、完善体育工作机制、打造体育工作品牌，提高体育工作实效。 一、重点工作完成情况 在迎接Xx省义务教育标准化学校验收工作中，学校的体育工作获得了高度的赞扬。在迎接检查的这段时间里，在温校长的精心部署和全面的指挥下，在全组同事的团结一心，通力合作下，大家各负其责，废寝忘食的努力下，学校的各项体育工作取得了完美的结果。尤其是迎检的材料更得到了区领导“全区最好的”的最高评价。同时学校也得到了市领导“内涵丰富的名优学校”的肯定。这些成绩的取得，再次展示了体育组团结协作的实干精神和敬业高效的工作作风。 二、常规工作完成情况 （一）夯实常规工作 体育课圆满的完成了教学任务，以“健康第一”为指导，切实抓好体育教学工作。在学习落实“课标”的教育理念，改革学习方式、教学方法和评价方式的同时，体育教师在教学实践中认真反思，努力钻研，不断地更新教育观念，恰当地选用新的教法和新的学法。 （二）紧抓特色工作 “二操一活动”多年来一直有序的开展，学校“两操一活动”是反映学生整体面貌的形象“工程”，是学校整体推进素质教育的一个窗口，抓好“两操”也是学校管理工作方面的一项
生物信息学期末考试重点
1、生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解 释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计 算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技 术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。 2、数据库（Database）是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库，它产生于 距今六十多年前，随着信息技术和市场的发展，特别是二十世纪九十年代以后， 数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种数据管理的方 式。数据库有很多种类型，从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数 据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。 3、表达序列标签从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短 的cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。EST 来源于一定环境下一个组织总 mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。 4、开放阅读框是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列，可编码相应的蛋白。 ORF识别包括检测六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的 DNA序列而其内部不包含启动子或终止子，符合这些条件的序列有可能对应一个 真正的单一的基因产物。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编 码基因的部分或全部的先决条件。 5、蛋白质的一级结构在每种蛋白质中氨基酸按照一定的数目和组成进行排列，并进 一步折叠成特定的空间结构前者我们称为蛋白质的一级结构，也叫初级结构或基 本结构。蛋白质一级结构是理解蛋白质结构、作用机制以及与其同源蛋白质生理 功能的必要基础。 6、基因识别是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别 DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因， 也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。基因识别是基 因组研究的基础。
学校期末工作总结
学校期末工作总结 还没来得及挥别2018，2018年就悄然而至。站在新年的门槛上，回首往事，感觉丰盈而沉甸;展望未来，让人兴奋而期待。 过去的2018，乘着十九大胜利召开的东风，在县教科局的指导关怀下，我校全体师生，在以惠校长为核心的领导班子的带动、帮助、影响中，不忘初心志始坚，紧跟核心共奋进。戮力同心，继往开来，用自己的实际行动践行了爱岗敬业、团结协作、崇德博学、自强卓越的北联精神。 现将一学期的工作向关心、支持北杜坞学校的各界人士做一简单的总结汇报： 我联校本学期的各项工作紧锣密鼓、有条不紊地开展，为各校互相交流，搭建了很好的平台，起到了极大的促进作用。我校依托联校搭建的良好平台，可以说是好戏连台。 第一，借助平台，提高办学水平。 暑假开学至今，五个月20周的时间，我校教师除了搞好课堂教学，完成局里各股室上传下达的各项任务外，我校共迎接联校开学工作检查1次，常规检查3次，安全检查5次，元旦艺术展演1次。县安全排查2次，十九大宣讲1次，消防宣讲1次，感恩教育1次，市级幼儿园验收1次，赴县参加艺术展演1次，共
计17余次，且成绩喜人。这些工作，对于提升教师的整体素养，规范我们的办学行为，起到了极大的促进作用。 第二，不断学习，提升教师素质。 我校教师都努力做一名学习型教师，每位教师开学至今，写笔记，钻业务，修师德，树师魂，共写笔记三本，既提升了教师的专业素养，又为我们的教学提供了源头活水。 第三，狠抓教研，提高教学质量。 我们学校主要是通过每周一的例会和听评课两个渠道加强教研、交流。例会上，除了工作上的上传下达，思想上的引导点拨，我们还对教师业务方面进行专门的辅导交流，包括知识新授，学生管理，高效复习等等。 听评课时，就是扎扎实实的常态课。评课时，就目前而言，现阶段，我们没有高深的理论，而是就课堂常规和习惯养成作为出发点和落脚点，指导老师们的课堂。本学期，每位老师被听评课两次，包括幼儿园。 我们也坚信，我们定能打胜仗，事实证明我们也能行。在本学期的期中、期末考试的抽考中，被抽考科目一共八科，我校三年级英语总排第一，四年级语文均分第一;除此之外，还有二年级数学，六年级科学等四科进入联校前三名;五年级
分子生物学复习题(有详细答案)
分子生物学复习题(有详细答案)
绪论 思考题：（P9） 1.从广义和狭义上写出分子生物学的定义？ 广义上讲的分子生物学包括对蛋白质和核酸等生物大分子结构与功能的研究，以及从分子水平上阐明生命的现象和生物学规律。 狭义的概念，即将分子生物学的范畴偏重于核酸（基因）的分子生物学，主要研究基因或DNA结构与功能、复制、转录、表达和调节控制等过程。其中也涉及与这些过程相关的蛋白质和酶的结构与功能的研究。 2、现代分子生物学研究的主要内容有哪几个方面？什么是反向生物学？什么是 后基因组时代？ 研究内容： DNA的复制、转录和翻译；基因表达调控的研究；DNA重组技术和结构分子生物学。 反向生物学：是指利用重组DNA技术和离体定向诱变的方法研究已知结构的基因相应的功能，在体外使基因突变，再导入体内，检测突变的遗传效应，即以表型来探索基因结构。 后基因组时代：研究细胞全部基因的表达图式和全部蛋白质图式，人类基因组研究由结构向功能转移。 3、写出三个分子生物写学展的主要大事件（年代、发明者、简要内容） 1953年Watson和Click发表了“脱氧核糖核苷酸的结构”的著名论文，提出了DNA的双螺旋结构模型。 1972~1973年，重组DNA时代的到来。H.Boyer和P.Berg等发展了重组DNA 技术，并完成了第一个细菌基因的克隆，开创了基因工程新纪元。 1990~2003年美、日、英、法、俄、中六国完成人类基因组计划。解读人类遗传密码。 4、21世纪分子生物学的发展趋势是怎样的？ 随着基因组计划的完成，人类已经掌握了模式生物的所有遗传密码。又迎来了后基因组时代，人类基因组的研究重点由结构向功能转移。相关学说理论相应诞生，如功能基因组学、蛋白质组学和生物信息学。生命科学又进入了一个全新的时代。 第四章 思考题：（P130） 1、基因的概念如何？基因的研究分为几个发展阶段？ 概念：基因是原核、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应的核苷酸序列，是遗传的基本单位和突变单位以及控制形状的功能单位。 发展阶段：○120世纪50年代以前，主要从细胞的染色体水平上进行研究，属于基因的染色体遗传学阶段。 ○220世纪50年代以后，主要从DNA大分子水平上进行研究，属于分
生物信息学试题复习参考(张弓)
2014-2015学年生物信息学期末考试题 写在前面：这是我考试时候写的答案的大致内容，具体文字我已经不记得了，给大家一个参考，希望对大家复习有帮助。因为我也是扣了很多分，所以答案也有很多错的，大家不要尽信。祝大家考试顺利。 一、实验设计和基础分析 以下qPT-PCR实验方案有哪些错误？请标出错误，并说明原因和写出正确方案。 目的：比较肺癌细胞迁移前后的X基因转录水平表达量 方法：（1）用Trizol法提取细胞总RNA，并用跑胶、OD260/280等方法确认无降解。 （2）用poly-dT引物进行反转录 （3）设计基因特异性PCR引物，用qPCR仪测定X基因和GAPDH基因的Ct值。GAPDH作为内参。 （4）以2^-ΔΔCt方法计算X基因相对于GAPDH的相对含量 （5）比较迁移前后的相对表达量，做三个重复，用t-test进行统计检验，P<0.05为差异显著 1.错误：不能用GAPDH基因作为定量标准；原因：癌症迁移前后GAPDH基因的表达量已经改变了，做定量标准不准确；方案：采用外参（如：其他物种的基因） 2.错误：不能用t-test进行统计检验；原因：t-test进行统计检验的前提是数据呈正态分布，基因表达量不一定呈正太分布；方案：将数据取log10，对数化。 上述两个是我考试时候写的答案，后来经提醒：还发现了一个错误：不能用poly-dT引物进行反转录；原因：。。。。。。；方案：用Oligodt进行逆转录。 二、双序列比对的生物学意义解释 两种细菌的同源蛋白质endonuclease III，长度都为200氨基酸左右，其功能相同，蛋白质序列使用BLAST 可以比对上，同源性高达57%，但其编码DNA序列用BLAST却无法比对上，为了尽可能提高亲缘关系较远的序列的比对效率，比对已经使用BLAST网站上Somewhat similar sequence选项，默认参数（见下图）：
小学期末考试总结12篇 -精编
《小学期末考试总结》 小学期末考试总结（一）： xxxx年秋季学期已经结束，xxxx年1月5日、1月6日两天，按照相关要求，我校组织了期末考试，在学校领导的指导下，在广大教师的努力下，这次考试顺利完成。现将考试工作总结如下： 一、成绩分析 成绩统计： 从成绩统计看，六一班语文考得较好，其它年级的语文考得都很不理想，个性是一年级语文的平均分只有56.07分，一年级、二年级、三年级及六二班数学考得较好，而其它年级都考得不好，英语科五年级考得较好，其它年级考得很不理想，如六二班英语及格率只有10%，无优生，平均分只有35.25分。能够看出，本次考试总体都不太理想，个性是英语学科考得较差，针对出现的问题，下学期需要学校加强管理，需要老师多下工夫加以补救。 二、改善办法 这些问题的存在学校要高度重视，认真总结，发现问题，及时整改。针对以上存在的状况，我想我们在gkstk.end#级语文96.96分，二年级语文95.42分，一年级数学94.88分，而年级数学93.17分，六年级数学92.89分，六年级英语92.67分，镇平均成绩在90分以下的有13个学科，分别是：三年级语文89.40分，四年级语文86.91分，五年级语文87.36分，三年级数学88.99分，四年级数学89.96分，五年级数学88.28分，三年级英语85.84分，四年级英语85.21分，五年级英语86.29分，三年级科学82.83分，四年级科学76.67分，五年级科学81.66分，六年级科学学科84.54分，其中成绩最高的是一年级语文96.96分，最低的是四年级科学76.67分。 4、学校内部学生成绩也存在必须差距 在这一点表此刻两个方面上：同一班级不同学科的成绩存在必须差距，同一教师任教的不同班级的成绩存在必须差距。比如说，汤溪小学某班，除了语文学科成绩位列全镇第二外，这个般的英语、数学成绩处在全镇末尾，科学成绩处在倒数第二;再比如汤溪小学的某年级为同一老师任教英语，但成绩最高的一个班级为91.87分，而成绩最差的一个班级成绩为78.01分，整整相差了13.86分。 二、一些做法 这些问题的存在学校要高度重视，认真总结，发现问题，及时整改。针对以上存在的状况，我想我们在上看到考上清华的一个学生谈自己的学习体会时说的话，他说：优秀学生在学习上大多注意做到三先三后、三戒三倡。这三先三后的学习方法是：先预习后听课;先复习后做作业;先独立思考后请教别人。这说法，同学们并不陌生，可不少同学就是不愿意老老实实去实践，嘴巴喊难，行动懒惰，不去尝试，当然没有收获。其实，实行三先三后的学习方法，突出表现为我们学生对自学潜力、独立思考潜力和解决问题潜力的自我培养。这种自学潜力一旦构成，学习的被动局面就有可能改变，学习成绩就有可能上升。
生物信息学期末复习知识点总结
生物信息学：利用数学、物理、化学的理论、技术和方法，以计算机为工具，对生命现象加以研究，得到深层次的生物学知识。 研究任务：收集与管理生物分子数据，对数据进行处理分析，为其它生物学研究提供服务 四大“模式生物”：酵母、线虫、果蝇、小鼠 糖的生物功能，作为燃料（是生命活动所需的能源），重要的中间代谢物，参与生物大分子组成，作为信号分子 脂类的生物功能，构成生物膜的骨架，储存能量（效率是糖的2倍左右），构成生物表面的保护层、保温层，重要的生物学活性物质蛋白质的生物功能，是遗传信息转化成生物结构和功能的表达者；参与基因表达的调节，以及细胞中氧化还原反应、电子传递、神经传递、学习记忆等重要生命过程；酶（一类重要的蛋白质）在细胞和生物体内各种生化反应中起催化作用； 蛋白质的空间结构 一级结构(primary structure)多肽链中氨基酸数目、种类和线性排列顺序 二级结构(secondary structure)氢键形成 -螺旋( -helix)-折叠 ( -sheet) 三级结构(tertiary structure)肽链进一步沿多方向盘绕成紧密的近似球状结构 四级结构(quaternary structure)具有特定构象的肽链进一步结合，并在空间相互作用检索方法：1）追溯法：通过已知文献后附有的参考文献中提供的线索来查找文献。（2）常用法：利用各种检索工具来查找文献。（3）循环法：是将常用法和追溯法交替使用的一种综合文献检索方法。 （4）浏览法：是从本专业期刊或其它类型的原始文献中直接查阅文献资料。 检索途径：著者途径：分类途径：主题途径：其它途径； 检索过程：（1）分析研究课题（2）制定检索策略（3）查找文献线索（4）获得原始文献大规模基因组DNA测序： 鸟枪法（ Shot-gun sequencing）方法：借助物理或化学的手段将整个基因组随机打断成一定大小的片段进行测序，再根据序列间的重叠关系进行计算机排序与组装，确定它们在基因组中的位置。 适用范围：主要用于重复序列少、相对简单的原核生物基因组的测序工作。不适用于分析较大的、更复杂的基因组。优点：速度快、简单易行、成本低 克隆重叠群法(clone contig sequencing)方法：先将染色体打成比较大的片段(几十-几百Kb)，利用分子标记将这些大片段排成重叠的克隆群，分别测序后拼装。需要绘制物理图谱，以鸟枪法为基础。适用范围：较大的、更复杂的基因组 蛋白质结构解析：X射线晶体衍射；核磁共振波谱学 其他方法：扫描隧道电子显微镜–圆二色谱一级数据库：直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类、整理和注释。 二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上，针对不同的研究内容和需要，对生物学知识和信息的进一步整理得到的数据库。 序列比较的根本任务是：通过比较生物分子序列，发现他们之间的 相似性，找出序列之间共同的区域，同时辨别序列之间的差异。 同源性：是指序列们是由共同祖先进化而来，讲两条序列的同源关系，只有两种情况：同源、不同源。相似性：指序列间的差别，是一个度量。 同源与相似的关系：一般认为序列相似性达到一定程度，即可认为是同源，但不绝对。序列比对算法实现：点阵分析：寻找序列间可能的性状对位排列；寻找蛋白质、DNA序列中正向或反向重复；预测RNA中自补区域；直观，整体水平；动态规划算法：精确而全面，非常耗费资源；启发式算法 滑动窗口技术：使用滑动窗口代替一次一个位点的比较是解决这个问题的有效方法。 动态规划算法计算过程：1计算过程从d 0 ,