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6.用GOLD对接

用GOLD进行对接1.使用Wizard 进行对接:进入后直接选择wizard

6.用GOLD对接

2. 按照给出的流程一步一步做就行了:

6.用GOLD对接

首先选择用来对接的蛋白:

6.用GOLD对接

然后选择下一步对蛋白进行准备:

6.用GOLD对接

选择Global Option旁边的3MXF

6.用GOLD对接

点AddHydrogens进行加氢处理

6.用GOLD对接

点Protonation &Tautomers下面的Extrace/Delet Waters可以选定对接时想保留的水分子(可以从主窗口中点选)

6.用GOLD对接

勾选后选择

6.用GOLD对接

以取出对接时想保留的水,保存

然后点

6.用GOLD对接

删掉剩余的水分子。

然后再进行下一步,可以删除和保留PDB里的ligand

6.用GOLD对接

与上一步水分子一个道理,可以取出ligand(可用来检查对接的重现性)

6.用GOLD对接

下一步Define the binding Site

6.用GOLD对接

选中ligand后定义结合位点,此时该ligand周围的残基变成灰色

6.用GOLD对接

下一步对接采用的模板,直接跳过

6.用GOLD对接

然后就可以选用来对接的分子了:

6.用GOLD对接

单击add添加想要用来对接的分子

6.用GOLD对接

然后下一步选用对接的评分函数,这里选择默认的GoldScore

6.用GOLD对接

然后选择遗传算法的速度

6.用GOLD对接

也可以点More进行进一步的调整

6.用GOLD对接

然后就Finish了

6.用GOLD对接

点RunGOLD后,选择储存的路径等等,就可以运行了。

6.用GOLD对接

3.但是,其实可以做一些调整设置,我们这里点Advanced,就变成了一开始的GOLD Setup,但不用惊慌,之前的设置已经保存在里面了(其实一开始就可以在这里进行设置)我们这里选Output Options,取消对于Savelone pairs的勾选

6.用GOLD对接

这样的话,输出的结果文件就不会有lonepair了(感兴趣的读者可以试试不取消这一项,在maestro中打开输出结果是什么样的)

另外,也可以根据需要在这里做其他方面的设置。

ByZhouyang

2014/03/05

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