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KEGG上的信号通路图怎么看

KEGG上的信号通路图怎么看?

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想要把自己研究的分子扯上明星分子或者明星通路?那是不难,难的是具体到底要怎么去扯,芯片结果啊,生信结果啊,都会给你提示,但真的要具体扯上去,还得看懂那些七七八八的信号通路图。

KEGG Pathway上有着大量的信号通路图,画得一个复杂啊!巨坑爹有没有?曾经有师弟说我之前曾经把Wnt通路描述错了,他师兄告诉他,应该是GSK-3β磷酸化抑制β-Catenin降解,并促进它入核的。在这里,我们只能默默地祝福这位师兄了……

那我们就用Wnt通路来做例子吧。先上KEGG下载一个Wnt的信号通路图,如下:

KEGG上的信号通路图怎么看

绝壁是很高大上的不是么?这要咋看呢?其实这张图上把三个Wnt通路都画上去了,也就是Wnt/β-Catenin(经典Wnt通路),Wnt/PCP(平面的细胞极性途径)和Wnt/Ca2+(Wnt/钙离子)三条信号通路组成,我们就删减一下,就光看经典的Wnt通路,就变成了下面这个模样:

KEGG上的信号通路图怎么看

感觉还是很高大上有木有?那就再删减一下,把它变成经典Wnt信号通路的骨架会是什么样呢?就是这样:

KEGG上的信号通路图怎么看

简洁明快了吧,但要怎么来看懂这样的图呢?我们来看一下KEGG Pathway的具体图例:

KEGG上的信号通路图怎么看

把这些图例用来解释经典Wnt信号通路骨架图,就变成了:

KEGG上的信号通路图怎么看

看懂了么?那给你从左到右解释一下:

1)Wnt激活膜上受体,将信号传递到第二信使Dvl,活化的Dvl抑制由Axin、APC 和GSK-3β组成的复合物的活性,使β-catenin不能被GSK-3β磷酸化。

2)磷酸化的β-catenin才可通过泛素化(ubiquitination)而被胞浆内的蛋白酶体所降解,由于非磷酸化的β-catenin不能被蛋白酶体降解,从而导致β-catenin在胞浆内积聚,并移向核内。

3)当游离的β-catenin进入细胞核内,即可与转录因子TCF/LEF结合,激活TCF 转录活性,调节靶基因的表达。

那我们回过来看复杂一点的图上都讲了啥?(看不清可以点击图片即可放大)

KEGG上的信号通路图怎么看

这个就是整个经典Wnt信号通路的调控机制了。我说看帖的你,明白KEGG的信号通路该怎么看了吧!要是已经明白了的话,是不是应该拿去教育教育你师兄,别把师弟师妹带坏了呢?