图文讲解如何通过Bankit获取GenBank登录号

用bankit向GenBank 提交序列

获取GenBank登陆号

一、登陆网址

l方式一：

https://www.wendangku.net/doc/952287108.html,/WebSub/?tool=ge nbank

一、登陆网址?方式二：

①在ncbi点nucleotide；

②找到Submit ；

③点击banklt即可进入界面。

二、点击Sign in to use BankIt

三、先注册一个账号

四、利用注册的账号登陆

五、点击New Submission

六、填写序列递交者的联系方式

七、填写序列递交者的名字及

所要递交的序列发表（待发表）文章的信息（1）

七、填写序列递交者的名字及

所要递交的序列发表（待发表）文章的信息（2）

八、填写测序技术的信息（包括序列的处理）

九、导入序列（1）

九、导入序列（2）方式一

九、导入序列（3）方式二

可以复制序列，

也可以导入文件

（文件的格式要

按BankIt的要求）

十、Organism信息

十一、Submission Category

十二、选择性填写Source Modifiers信息

十三、Features

十四、检查并递交

生物信息学 第二章 GenBank序列数据库

第二章GenBank序列数据库 简介 一级蛋白质和核酸数据库在分子生物学界是如此的司空见惯，以致于我们很少会去考虑这些普遍存在的工具是如何建立的。但是如果我们能够了解这些序列是如何汇集到一起的，这将有助于我们加深对生物学的理解，并且能够更加充分地发掘这些记录中蕴藏的信息。 GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。这些文件按类别分为几组：有些按照系统发生学划分，另外一些则按照生成这些序列数据的技术方法划分。目前GenBank中所有的记录均来自于最初作者向DNA序列数据库的直接提交。这些作者将序列数据作为论文的一部分来发表，或将数据直接公开。GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本DNA数据库（DDBJ）以及欧洲生物信息研究院的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（EMBL）一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。所有这三个中心都可 以独立地接受数据提交，而三个中心之间则逐日交换信息，并制作相同的充分详细的数据库向公众开放（虽然格式上有细微的差别，并且所使用的信息系统也略有不同）。 这一章描述GenBank数据库是如何构成的，它如何与蛋白质数据库相衔接，以及如何解释其中的数据成分。关于序列数据库，前人已经作了大量的工作，具体可参见（Schuler et al., 1996; Bairoch and Apweiller, 1997; Benson et al., 1997; George et al., 1997; Stoesser et al., 1997; Tateno et al., 1997）。所有这些论 文都指出了数据库快速增长的趋势，并对如何利用这些生物学资源提出了建议。出于科学研究的考虑，以及由于历史的原因，序列数据被分别存放在核苷酸和蛋白质数据库中。核苷酸序列是查询核苷酸数据库以及蛋白质数据库时的主要出发点，并且目前有一种趋势，将核苷酸数据库介入到蛋白质数据库的管理之中（正如我们下面将要看到的那样）。这并不奇怪，因为数据库维护者与数据提交者之

GenBank数据库简介

GenBank数据库简介 点击次数：791 发布日期：2008-5-11 仅供参考，谢绝转载，否则责任自负 1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）等数据库。GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。 2. 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 3. 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。 4. 增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。 5. 公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。 6. 公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。 7. 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 向GenBank提交数据： 1. 关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。 2. BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体） 3. Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI 的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体） 4. ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。 5. GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC 末端，及其他。 6. HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。） 7. STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。 8. 注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。 国际核苷酸序列数据库合作组织： 1. GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。? 2. DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。?

genbank简介+

GenBank Overview 基本信息 ?什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和 DDBJ。 ?纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 ?访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于 Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和 BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。 ?增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。 ?公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。 ?公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。 ?遗传密码- 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 （向）GenBank提交（数据） ?关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。 ?BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体） ?Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于

GenBank的检索

NCBI的检索 NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务（详见本章第四节）、匿名FTP服务。第四部分是NCBI的其它资源。 GenBank的检索 在NCBI主页的第二部分点击“Searching GenBank”，即可进入GenBank的检索屏幕。NCBI?提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS?检索和文本检索(Text Searching)。 一、Entrez浏览检索 1.Entrez检索的数据库及其检索信息 Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI?链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。 ????(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列； ????(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列； ????(3) 基因和染色体图像数据； ????(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构； ????(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。 ????2.Entrez检索功能 ????Entrez提供了以下三种检索功能。 ????(1)自由词检索功能 ????用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。 ????(2)索引词表(List Terms)检索功能 ????索引词表检索是当你键入检索词，Entrez?在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。?例如：在输入框中键入“P53”，选择文本字段(Text Words)和索引词表(List Terms)?检索功能，再点击“Search”，这时返回一个以“P53”开始的索引词表窗口，浏览选择一个或几个索引词，点击“Search”，Entrez将返回检索结果。

GenBank的一般介绍

GenBank的一般介绍 信息来源：生物谷更新时间：2003-10-12 2:33:00 GenBank 概述 ·什么是GenBank？GenBank 是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。 ·纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 ·访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez 更多的信息请看下文。用BLAST 来在GenBank 和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez 和BLAST 可以通过Query 和BLAST 服务器。另外一种选择是可以用FTP 下载整个的GenBank 和更新数据。 ·增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。 ·公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank 的分类，数据增长统计，GenBank 的引用。 ·公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。 ·遗传密码- 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 向GenBank提交数据 ·关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。 ·BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen 去除载体） ·Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的"network aware"模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体） ·ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE 实验的cDNA 序列。 ·GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap 获得的序列，cosmid/BAC/YAC 末端，及其他。 ·HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank 和Human Genome Sequencing页面上访问。） ·STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。 ·注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。

EMBL 和GenBank 数据库特征表说明符

EMBL和GenBank数据库特征表说明符 名称含义说明 Allele Related strain contains alternative gene form 等位基因不同形式Attenuator Sequence related to transcription termination 转录终止区 C_region Span of the C immunological feature C-免疫特征区 CAAT_signal CAAT box in eukaryotic promoters 真核生物启动子中CAAT盒CDS Sequence coding for amino acids in protein (includes stop codon) 蛋白质编码区 Conflict Independent sequence determinations differ 不同测定结果所得差异序列D-loop Displacement loop 转移环 D_segment Span of the D immunological feature D-免疫特征区 Enhancer Cis-acting enhancer of promoter function 启动子顺式作用增强子 GC_signal GC box in eukaryotic promoters 真核生物启动子中GC盒 Gene Region that defines a functional gene, possibly including upstream (promotor, enhancer, etc) and downstream control elements, and for which a name has been assigned. 基因区域，包括上游启动子、增强子和下游控制区 IDNA Intervening DNA eliminated by recombination 重组引入的插入区 Intron Transcribed region excised by mRNA splicing 内含子区域 J_region Span of the J immunological feature J-免疫特征区 LTR Long terminal repeat 长终止重复序列 mat_peptide Mature peptide coding region (does not include stop codon) 成熟肽编码区 Misc_binding Miscellaneous binding site 其它结合位点 Misc_difference Miscellaneous difference feature 其它特征区 Misc_feature Region of biological significance that cannot be described by any other feature 其它重要生物功能区Misc_recomb Miscellaneous recombination feature 其它重组特征区 Misc_RNA Miscellaneous transcript feature not defined by other RNA keys 其它转录特征区 Misc_signal Miscellaneous signal 其它信号区 Misc_structure Miscellaneous DNA or RNA structure 其它DNA或RNA结构Modified_base The indicated base is a modified nucleotide 修饰碱基 mRNA Messenger RNA mRNA区域 Mutation A mutation alters the sequence here 突变区 N_region Span of the N immunological feature N-免疫特征区 old_sequence Presented sequence revises a previous version 旧版本序列 polyA_signal Signal for cleavage & polyadenylation 多聚A信号区 polyA_site Site at which polyadenine is added to mRNA mRNA的多聚A添加位点precursor_RNA Any RNA species that is not yet the mature RNA product 前体RNA prim_transcript Primary (unprocessed) transcript 初始(未处理)转录区

GenBank数据库格式的详细说明

GenBank数据库格式的详细说明 Posted on 19 四月 2009 by 柳城，阅读 609 简洁版 GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。这些文件按类别分为几组：有些按照系统发生学划分，另外一些则按照生成这些序列数据的技术方法划分。目前GenBank中所有的记录均来自于最初作者向DNA序列数据库的直接提交。这些作者将序列数据作为论文的一部分来发表，或将数据直接公开。GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本DNA数据库（DDBJ）以及欧洲生物信息研究院的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（EMBL）一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。所有这三个中心都可以独立地接受数据提交，而三个中心之间则逐日交换信息，并制作相同的充分详细的数据库向公众开放（虽然格式上有细微的差别，并且所使用的信息系统也略有不同）。 GenBank数据库格式的详细说明 https://www.wendangku.net/doc/952287108.html,/Sitemap/samplerecord.html EMBL和GenBank数据库格式的对比 EMBL GenBank含义 ID LOCUS 序列名称 DE DEFINITION 序列简单说明 AC ACCESSION 序列编号 SV VERSION 序列版本号 KW KEYWORDS 与序列相关的关键词 OS SOURCE 序列来源的物种名 OC ORGANISM 序列来源的物种学名和分类学位置 RN REFERENCE 相关文献编号，或递交序列的注册信息 RA AUTHORS 相关文献作者，或递交序列的作者 RT TITLE 相关文献题目 RL JOURNAL 相关文献刊物杂志名，或递交序列的作者单位 RX MEDLINE 相关文献 Medline引文代码 RC REMARK 相关文献注释 RP 相关文献其它注释 CC COMMENT 关于序列的注释信息 DR 相关数据库交叉引用号 FH FEATURES 序列特征表起始 FT 序列特征表子项 SQ BASE COUNT 碱基种类统计数 空格ORIGIN 序列

GenBank数据库简介

基因酷https://www.wendangku.net/doc/952287108.html,系列电子书欢迎登陆基因酷FTP专区下载 GenBank数据库简介 基本信息 ： 1.GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库，一个所 有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）等数据库。 GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。 2.纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 3.访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基 因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。 4.增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8 （GenBank增长）小节。 5.公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。 6.公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。 7.遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 向GenBank提交数据 ： 1.关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。