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几种提取方法比较

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磁珠法分离纯化DNA原理及其步骤

磁珠法分离纯化DNA原理及其步骤 日期:2012-05-22 来源:互联网 标签:核酸纯化核酸分离磁珠法纯化DNA 摘要: 磁珠法纯化DNA主要是利用利息交换吸附材料吸附核酸,从而将核酸和蛋白质等其细胞中其他物质分离。本文主要概述了磁珠法纯化DNA原理、核酸分离与纯化的原则、核酸分离与纯化的步骤。 欢度大力神杯之夏,参与BRAND竞猜活动,获赠BRAND产品! GeneCopoeia:qPCR mix免费试用体验活动开始! 磁珠法纯化DNA主要是利用利息交换吸附材料吸附核酸,从而将核酸和蛋白质等其细胞中其他物质分离。本文主要概述了磁珠法纯化DNA原理、核酸分离与纯化的原则、核酸分离与纯化的步骤。 磁珠法纯化DNA原理 磁珠法核酸纯化技术采用了纳米级磁珠微珠,这种磁珠微珠的表面标记了一种官能团,能同核酸发生吸附反应。硅磁(Magnetic Silica Particle)就是指磁珠微珠表面包裹一层硅材料,来吸附核酸,其纯化原理类型于玻璃奶的纯化方式。离心磁珠是指磁珠微珠表面包裹了一层可发生离心交换的材料(如DEAE,COOH)等,从而达到吸附核酸目的。不同性质的磁珠微珠所对应的纯化原理是不一致。使用磁珠法来纯化核酸的最大优点就是自动化。磁珠在磁场条件下可以发生聚集或分散,从而可彻底摆脱离心等所需的手工操作流程。Omega拥有全面的磁珠法核酸分离试剂盒,基于这种技术的试剂盒,名称前都有’Mag-Bind’。 核酸分离与纯化的原则 核酸在细胞中总是与各种蛋白质结合在一起的。核酸的分离主要是指将核酸与蛋白质、多糖、脂肪等生物大分子物质分开。在分离核酸时应遵循以下原则:保证核酸分子一级结构的完整性:排除其他分子污染。 核酸分离与纯化的步骤 大多数核酸分离与纯化的方法一般都包括了细胞裂解、酶处理、核酸与其他生物大分子物质分离、核酸纯化等几个主要步骤。每一步骤又可由多种不同的方法单独或联合实现。 1. 细胞裂解:核酸必须从细胞或其他生物物质中释放出来。细胞裂解可通过机械作用、化学作用、酶作用等方法实现。 (1) 机械作用:包括低渗裂解、超声裂解、微波裂解、冻融裂解和颗粒破碎等物理裂解方法。这些方法用机械力使细胞破碎,但机械力也可引起核酸链的断裂,因而不适用于高分子量长链核酸的分离。有报道超声裂解法提取的核酸片段长度从< 500bp ~> 20kb 之间,而颗粒匀浆法提取的核酸一般< 10kb。

步态识别方法的分类及各类方法的比较

步态识别方法的分类及各类方法的比较 程汝珍1,2 1河海大学计算机及信息工程学院,江苏南京(210098) 2水文水资源与水利工程科学国家重点实验室,江苏南京(210098) E-mail:chengruzhen@https://www.wendangku.net/doc/9b11107386.html, 摘要:步态识别是生物特征识别技术中的一个新兴领域,它旨在根据个体的行走方式识别身份。步态识别主要是针对含有人的运动图像序列进行分析处理,所涉及到的几项关键技术包括:视频处理、图像处理、模式识别。步态识别分析可以划分为特征抽取、特征处理和识别分类三个阶段。在最近的文献中已经有许多研究尝试,提出了许多步态识别的具体方法。但国内外尚无将步态识别技术分类,本文提出了步态识别的六类分类法,且初步比较了每类方法的适用范围和优缺点,使读者较为全面了解步态识别技术现状。 关键词:步态识别;分类;适用范围;优缺点;比较 中图分类号:TP391.4 1.引言 步态识别是生物特征识别技术中的一个新兴领域,它旨在根据个体的行走方式识别身份[1]。根据早期的医学研究[2]人的步态有24个不同的分量,在考虑所有的步态运动分量的情况下步态是唯一的。精神物理学[3]中的研究结果显示即使通过受损的步态信息人们也能够识别出身份,这表明在步态信号中存在身份信息。 步态识别主要是针对含有人的运动图像序列进行分析处理,所涉及到的几项关键技术包括:视频处理、图像处理、模式识别[4]。步态识别分析可以划分为特征抽取、特征处理和识别分类三个阶段[5]。 步态识别部分 图1 步态自动识别系统框图 Fig1 the framework of gait automatic recognition system 步态识别系统的一般框架如图所示[6]。监控摄像机首先捕捉监控领域来人的行走视频,然后送入计算机进行检测和跟踪,提取人的步态特征,最后结合已经存储的步态模式进行身份识别。若发现该人是罪犯或嫌疑人,系统将自动发出警告。

文本特征提取方法

https://www.wendangku.net/doc/9b11107386.html,/u2/80678/showart_1931389.html 一、课题背景概述 文本挖掘是一门交叉性学科,涉及数据挖掘、机器学习、模式识别、人工智能、统计学、计算机语言学、计算机网络技术、信息学等多个领域。文本挖掘就是从大量的文档中发现隐含知识和模式的一种方法和工具,它从数据挖掘发展而来,但与传统的数据挖掘又有许多不同。文本挖掘的对象是海量、异构、分布的文档(web);文档内容是人类所使用的自然语言,缺乏计算机可理解的语义。传统数据挖掘所处理的数据是结构化的,而文档(web)都是半结构或无结构的。所以,文本挖掘面临的首要问题是如何在计算机中合理地表示文本,使之既要包含足够的信息以反映文本的特征,又不至于过于复杂使学习算法无法处理。在浩如烟海的网络信息中,80%的信息是以文本的形式存放的,WEB文本挖掘是WEB内容挖掘的一种重要形式。 文本的表示及其特征项的选取是文本挖掘、信息检索的一个基本问题,它把从文本中抽取出的特征词进行量化来表示文本信息。将它们从一个无结构的原始文本转化为结构化的计算机可以识别处理的信息,即对文本进行科学的抽象,建立它的数学模型,用以描述和代替文本。使计算机能够通过对这种模型的计算和操作来实现对文本的识别。由于文本是非结构化的数据,要想从大量的文本中挖掘有用的信息就必须首先将文本转化为可处理的结构化形式。目前人们通常采用向量空间模型来描述文本向量,但是如果直接用分词算法和词频统计方法得到的特征项来表示文本向量中的各个维,那么这个向量的维度将是非常的大。这种未经处理的文本矢量不仅给后续工作带来巨大的计算开销,使整个处理过程的效率非常低下,而且会损害分类、聚类算法的精确性,从而使所得到的结果很难令人满意。因此,必须对文本向量做进一步净化处理,在保证原文含义的基础上,找出对文本特征类别最具代表性的文本特征。为了解决这个问题,最有效的办法就是通过特征选择来降维。 目前有关文本表示的研究主要集中于文本表示模型的选择和特征词选择算法的选取上。用于表示文本的基本单位通常称为文本的特征或特征项。特征项必须具备一定的特性:1)特征项要能够确实标识文本内容;2)特征项具有将目标文本与其他文本相区分的能力;3)特征项的个数不能太多;4)特征项分离要比较容易实现。在中文文本中可以采用字、词或短语作为表示文本的特征项。相比较而言,词比字具有更强的表达能力,而词和短语相比,词的切分难度比短语的切分难度小得多。因此,目前大多数中文文本分类系统都采用词作为特征项,称作特征词。这些特征词作为文档的中间表示形式,用来实现文档与文档、文档与用户目标之间的相似度计算。如果把所有的词都作为特征项,那么特征向量的维数将过于巨大,从而导致计算量太大,在这样的情况下,要完成文本分类几乎是不可能的。特征抽取的主要功能是在不损伤文本核心信息的情况下尽量减少要处理的单词数,以此来降低向量空间维数,从而简化计算,提高文本处理的速度和效率。文本特征选择对文本内容的过滤和分类、聚类处理、自动摘要以及用户兴趣模式发现、知识发现等有关方面的研究都有非常重要的影响。通常根据某个特征评估函数计算各个特征的评分值,然后按评分值对这些特征进行排序,选取若干个评分值最高的作为特征词,这就是特征抽取(Feature Selection)。

磁珠法

磁珠法提取DNA试剂盒 磁珠法提取DNA试剂盒,它是生物科学和纳米材料科学二者合一的高新技术产品,是我国DNA提取技术和纯化技术的一次大的突破,它彻底的解决了我国DNA的提取与纯化长期依赖进口的局面,其价格只有进口产品的1/3。 中文名 磁珠法提取DNA试剂盒 属性 高新技术产品 学科 生物科学和纳米材料科学二者合一 贡献 一次大的突破 价格 进口产品的1/3 技术现状 两个问题 目录 1背景 2DNA提取技术现状 3发展历程 4适用范围 5优势 1背景 众所周知,DNA提取技术是分子生物学研究的基础技术。提取DNA的纯度及结构的实验,是进行基因工程各项研究所必须的条件,DNA提取技术是DNA检验的第一步骤,也是最关键的步骤。能否成功地进行DNA检验,完全取决于能否从生物检材中获得纯量的DNA。DNA提取技术的优劣,将直接关系下游实验的安全与成败。 2DNA提取技术现状 就我国的DNA提取技术现状来讲,主要存在以下两个问题: 1,技术发展滞后。现在采用的DNA提取技术仍然停留chelex—100法。有机提取法等常规方法上,存在着提取DNA不纯、耗时、效率低,不能定量提取和DNA提取后扩增成功率低等诸多缺陷。 2,缺少自主的知识产权。美国、德国、挪威、芬兰等国家的生物公司,这些年来相继开发的新的DNA提取试剂盒,成功的解决了DNA提取纯化和定量提取等很多的难题,尤其是

磁珠法可以实现自动化提取的技术更加的诱人。但由于这些试剂盒基于专利技术,价格昂贵,不可能在国内推广使用。应用于建立DNA数据库所需大量的生物样本的提取,更是可望不可及的事情。 3发展历程 2005年7月25日,磁珠法提取DNA试剂盒在公安部第三期法医物证检验技术推广班上受到参会百余名专家学者的一致认可。 2005年11月30日,磁珠法提取DNA试剂盒通过公安部刑事技术产品质量监督检验中心检验。 2005年8月12日,磁珠法提取DNA试剂盒在教育部、初高中生物实验课经验交流会议上受到来自生物实验课知道老师的一致认可和好评。 2006年3月,中国动植物检验检疫所、国家质检总局食品安全局,农业部食品局达成意向,由动植物检验检疫研究所牵头,用磁珠法提取DNA试剂盒进行食品和实用油脂中转基因植物成分定性检测、试验。 4适用范围 磁珠法提取DNA试剂盒是纳米技术、分子生物学技术、生物医学技术和法医学技术的综合高科技产品。可广泛应用于分子生物学中的基因组研究、分子进化研究、医学中遗传病的研究、突变基因的检测、肿瘤的筛查、HPV等的检测、HLA分型、移植配型等、法医学生物样本血斑、精斑、头发、烟蒂等现场证物的检测、和司法上的亲子鉴定、血缘关系的鉴定等提供证据、考古学、大中小学的生物试验等许多领域。磁珠法提取DNA试剂盒要比传统的方法,例如:Chelex100 法、有机法、二氧化硅法、盐析法等更为简单、方便,转移离心管的次数较少,不易污染等。磁珠法在DNA纯化、微量检裁及PCR扩增等方面是其它方法不可代替的。 5优势 独特的裂解液/蛋白酶K迅速裂解细胞并灭活细胞内核酸酶,然后基因组DNA选择性吸附于磁珠,再通过一系列快速的漂洗-分离的步骤,抑制物去除液和漂洗液将细胞代谢物、蛋白等杂质去除,最后用双蒸水即可将纯净基因组DNA从磁珠上洗脱。 产品特点: ·不使用有毒的苯酚等试剂,也不需要乙醇沉淀等步骤,而且省去了离心步骤。 ·快速简捷,一般可在36分钟内完成。 ·不用多次漂洗磁珠也可确保高纯度,提取出的基因组DNA OD260/OD280典型的比值达1.7-1.9, 长度可达2 0 k b - 5 0 k b,可直接用于P C R、Southern-blot和各种酶切反应。 ·洗脱液可以用双蒸水代替,不影响下游酶切、连接等反应。 ·适用范围: 新鲜植物、动物组织,高温干燥过 DNA破坏比较严重的植物、动物组织,海洋生物,法医鉴定,新鲜哺乳动物血液或干血点,转基因食品

有机物分离和提纯的常用方法(实用)

有机物分离和提纯的常用方法 分离和提纯有机物的一般原则是:根据混合物中各成分的化学性质和物理性质的差异进行化学和物理处理,以达到处理和提纯的目的,其中化学处理往往是为物理处理作准备,最后均要用物理方法进行分离和提纯。 方法和操作简述如下: 1. 分液法��常用于两种均不溶于水或一种溶于水,而另一种不溶于水的有机物的分离和提纯。步骤如下: 分液前所加试剂必须与其中一种有机物反应生成溶于水的物质或溶解其中一种有机物,使其分层。如分离溴乙烷与乙醇(一种溶于水,另一种不溶于水): 又如分离苯和苯酚: 2. 蒸馏法��适用于均溶于水或均不溶于水的几种液态有机混合物的分离和提纯。步骤为: 蒸馏前所加化学试剂必须与其中部分有机物反应生成难挥发的化合物,且本身也难挥发。如分离乙酸和乙醇(均溶于水):

3. 洗气法��适用于气体混合物的分离提纯。步骤为: 例如: 此外,蛋白质的提纯和分离,用渗析法;肥皂与甘油的分离,用盐析法。 有机物分离和提纯的常用方法 1,洗气 2,萃取分液溴苯(Br2),硝基苯(NO2),苯(苯酚),乙酸乙酯(乙酸) 3, a,制无水酒精:加新制生石灰蒸馏 b,酒精(羧酸)加新制生石灰(或NaOH固体)蒸馏c,乙醚中混有乙醇:加Na,蒸馏 d,液态烃:分馏 4,渗析 a,蛋白质中含有Na2SO4 b,淀粉中KI 5,升华奈(NaCl) 鉴别有机物的常用试剂 所谓鉴别,就是根据给定的两种或两种以上的被检物质的性质,用物理方法或化学方法,通过必要的化学实验,根据产生的不同现象,把它们一一区别开来.有机物的鉴别主要是利用官能团的特征反应进行鉴别.鉴别有机物常用的试剂及特征反应有以下几种: 1. 水 适用于不溶于水,且密度不同的有机物的鉴别.例如:苯与硝基苯. 2. 溴水 (1)与分子结构中含有C=C键或键的有机物发生加成反应而褪色.例如:烯烃,炔烃和二烯烃等. (2)与含有醛基的物质发生氧化还原反应而褪色.例如:醛类,甲酸. (3)与苯酚发生取代反应而褪色,且生成白色沉淀. 3. 酸性溶液 (1)与分子结构中含有C=C键或键的不饱和有机物发生氧化还原反应而褪色.例如:烯烃,炔烃和二烯烃等. (2)苯的同系物的侧链被氧化而褪色.例如:甲苯,二甲苯等. (3)与含有羟基,醛基的物质发生氧化还原反应而使褪色.例如:醇类,醛类,单糖等. 4. 银氨溶液(托伦试剂) 与含有醛基的物质水浴加热发生银镜反应.例如:醛类,甲酸,甲酸酯和葡萄糖等. 5. 新制悬浊液(费林试剂) (1)与较强酸性的有机酸反应,混合液澄清.例如:甲酸,乙酸等. (2)与多元醇生成绛蓝色溶液.如丙三醇. (3)与含有醛基的物质混合加热,产生砖红色沉淀.例如:醛类,甲酸,甲酸酯和葡萄糖等. 6. 金属钠 与含有羟基的物质发生置换反应产生无色气体.例如:醇类,酸类等. 7. 溶液 与苯酚反应生成紫色溶液. 8. 碘水 遇到淀粉生成蓝色溶液. 9. 溶液 与酸性较强的羧酸反应产生气体.如:乙酸和苯甲酸等.

磁珠法血液DNA提取试剂盒-说明书

血液DNA提取试剂盒(磁珠法) 【简介】 血液DNA提取试剂盒(磁珠法)适用血液的基因组DNA提取,尤其适用于人类以及哺乳动物的血液基因组DNA提取。配合核酸自动纯化仪(GNT-SI系列),可实现一键式、自动化操作 【组分】 【血液DNA提取试剂盒(磁珠法)操作说明】(以实际说明书为准) 1、取抗凝全血到离心管中,加入Buffer LB1、Buffer LB2,混合均匀后,将离心管置于水 浴锅中,水浴30min 2、将离心管取出,加入异丙醇,Magnetic Beads。颠倒混匀数次(期间应静置数秒后继续 颠倒混匀),将离心管置于磁力架,磁分离,吸弃废液 3、将离心管从磁力架上取下,加入Buffer WB I。颠倒混匀数次(期间应静置数秒后继续 颠倒混匀),将离心管置于磁力架,磁分离,吸弃废液 4、将离心管从磁力架上取下,加入Buffer WB II,颠倒混匀数次(期间应静置数秒后继续 颠倒混匀),将离心管置于磁力架,磁分离,吸弃废液 5、重复步骤5一次,并将废液完全吸弃干净 6、将离心管从磁力架上取下,室温下开盖静置5min 7、加入Elution Buffer,磁珠完全混匀后,置于水浴锅中,水浴10min 8、将离心管置于磁力架,磁分离,小心吸取上清至新的离心管中,进行下游实验 【特点】 1、得率高:200ul人类抗凝全血的普遍产量可达3-8ug 2、纯度高:OD260/280稳定在1.8左右,OD260/230稳定在1.8以上 3、操作简便:手工提取过程无需离心 4、自动化:具有成熟的自动化方案,可配合核酸自动纯化仪,实现一键式操作

【提取效果】 如有侵权请联系告知删除,感谢你们的配合!

特征提取方法

4.2.2 特征提取方法 图像经过一系列的预处理之后,原来大小不同、分布不规则的各个字符变成了一个个大小相同、排列整齐的字符。下面接要从被分割归一处理完毕的字符中,提取最能体现这个字符特点的特征向量。将提取出训练样本中的特征向量代入BP网络之中就可以对网络进行训练,提取出待识别的样本中的特征向量代入到训练好的BP网络中,就可以对汉字进行识别。 特征向量的提取方法多种多样,可以分为基于结构特征的方法和基于像素分布特征的方法,下面给予简单介绍,并说明本文所用的方法。 (1)结构特征。结构特征充分利用了字符本身的特点,由于车牌字符通常都是较规范的印刷体,因此可以较容易地从字符图像上得到它的字符笔画信息,并可根据这些信息来判别字符。例如,汉字的笔画可以简化为4类:横、竖、左斜和右斜。根据长度不同又可分为长横、短横、长竖和短竖等。将汉字分块,并提取每一块的笔画特征,就可得到一个关于笔画的矩阵,以此作为特征来识别汉字。 (2)像素分布特征。像素分布特征的提取方法很多,常见的有水平、垂直投影的特征,微结构特征和周边特征等。水平、垂直投影的特征是计算字符图像在水平和垂直方向上像素值的多少,以此作为特征。微结构法将图像分为几个小块,统计每个小块的像素分布。周边特征则计算从边界到字符的距离。优点是排除了尺寸、方向变化带来的干扰,缺点是当字符出现笔划融合、断裂、部分缺失时不适用。 ①逐像素特征提取法 这是一种最简单的特征提取方法。它可以对图像进行逐行逐列的扫描,当遇到黑色像素时取其特征值为1,遇到白色像素时取其特征值为0,这样当扫描结束后就获得一个维数与图像中的像素点的个数相同的特征向量矩阵。 这种特征提取方法的特点就是算法简单,运算速度快,可以使BP网络很快的收敛,训练效果好,更重要的是对于数字图像这样特征较少的图像,这种方法提取的信息量最大,所以对于本系统来说,这种方法较为适用。但是它的缺点也很明显,就是适应性不强,所以本文没有选用这种方法。 ②骨架特征提取法

步态识别论文

课程论文 步态识别 学号:12426009 班级:通信122 :楚舒琦 目录 摘要 (3) 一、背景介绍 (4)

二、相关研究 (4) 三、主题(算法) (5) 3.1基于线图模型的动态特征提取 (6) 3.2基于整体的静态特征提取 (8) 3.3识别 (9) 四、实验 (9) 五、结果讨论 (12) 六、总结 (12) 七、应用前景 (13) 八、技术难点及解决途径 (14) 8.1技术难点 (14) 8.2解决途径 (15) 九、参考文献 (16)

摘要 步态识别是一种新兴的生物特征识别技术,旨在通过人们走路的姿态进行身份识别,与其他的生物识别技术相比,步态识别具有非接触远距离和不容易伪装的优点。在智能视频监控领域,比面像识别更具优势。对步态识别的优缺点以及步态识别所涉及到的运动分割、特征提取与选择、模式识别算法进行了综述,并对步态识别中存在的问题与未来的研究方向进行了讨论。 关键词:生物特征识别;步态识别;特征提取;运动分割;动态时间规正

一、背景介绍 步态是指人们行走时的方式,这是一种复杂的行为特征。罪犯或许会给自己化装,不让自己身上的哪怕一根毛发掉在作案现场,但有样东西他们是很难控制的,这就是走路的姿势。英国南安普敦大学电子与计算机系的马克·尼克松教授的研究显示,人人都有截然不同的走路姿势,因为人们在肌肉的力量、肌腱和骨骼长度、骨骼密度、视觉的灵敏程度、协调能力、经历、体重、重心、肌肉或骨骼受损的程度、生理条件以及个人走路的"风格"上都存在细微差异。对一个人来说,要伪装走路姿势非常困难,不管罪犯是否带着面具自然地走向银行出纳员还是从犯罪现场逃跑,他们的步态就可以让他们露出马脚。 人类自身很善于进行步态识别,在一定距离之外都有经验能够根据人的步态辨别出熟悉的人。步态识别的输入是一段行走的视频图像序列,因此其数据采集与面像识别类似,具有非侵犯性和可接受性。但是,由于序列图像的数据量较大,因此步态识别的计算复杂性比较高,处理起来也比较困难。尽管生物力学中对于步态进行了大量的研究工作,基于步态的身份鉴别的研究工作却是刚刚开始。步态识别主要提取的特征是人体每个关节的运动。到目前为止,还没有商业化的基于步态的身份鉴别系统。 二、相关研究 信息融合:感知融合是人类感知外部世界的本能之一。人类可以非常自然地运用这一能力把来自人体各个感知器官眼耳鼻四肢的信息图像声音气味触觉组合起来并使用先验知识去估计理解和识别周围的环境以及正在发生的事情。融合理论正是对人类这一本能的模仿旨在利用计算机技术对按时序获得的多源观测信息在一定准则下加以自动分析综合以完成所需的决策和估计任务而进行的信息处理过程。 信息融合的基本原理就像人脑综合处理信息一样充分利用多源信息通过对这些多源的观测信息的合理支配和使用把多源信息在空间或时间上的冗余或互补依据某种准则来进行组合以获得被测对象的一致性解释或描述。按照信息抽象的个层次可将信息融合分为3级(像素级融合特征级融合和决策级融合)。 像素级融合是在采集到的原始数据上进行的融合是原始测报未经预处理之前就进行的综合和分析是最低层次的融合。

图像特征提取方法

图像特征提取方法 摘要 特征提取是计算机视觉和图像处理中的一个概念。它指的是使用计算机提取图像信息,决定每个图像的点是否属于一个图像特征。特征提取的结果是把图像上的点分为不同的子集,这些子集往往属于孤立的点、连续的曲线或者连续的区域。 至今为止特征没有万能和精确的图像特征定义。特征的精确定义往往由问题或者应用类型决定。特征是一个数字图像中“有趣”的部分,它是许多计算机图像分析算法的起点。因此一个算法是否成功往往由它使用和定义的特征决定。因此特征提取最重要的一个特性是“可重复性”:同一场景的不同图像所提取的特征应该是相同的。 特征提取是图象处理中的一个初级运算,也就是说它是对一个图像进行的第一个运算处理。它检查每个像素来确定该像素是否代表一个特征。假如它是一个更大的算法的一部分,那么这个算法一般只检查图像的特征区域。作为特征提取的一个前提运算,输入图像一般通过高斯模糊核在尺度空间中被平滑。此后通过局部导数运算来计算图像的一个或多个特征。 常用的图像特征有颜色特征、纹理特征、形状特征、空间关系特征。当光差图像时,常 常看到的是连续的纹理与灰度级相似的区域,他们相结合形成物体。但如果物体的尺寸很小 或者对比度不高,通常要采用较高的分辨率观察:如果物体的尺寸很大或对比度很强,只需 要降低分辨率。如果物体尺寸有大有小,或对比有强有弱的情况下同事存在,这时提取图像 的特征对进行图像研究有优势。 常用的特征提取方法有:Fourier变换法、窗口Fourier变换(Gabor)、小波变换法、最 小二乘法、边界方向直方图法、基于Tamura纹理特征的纹理特征提取等。

设计内容 课程设计的内容与要求(包括原始数据、技术参数、条件、设计要求等):一、课程设计的内容 本设计采用边界方向直方图法、基于PCA的图像数据特征提取、基于Tamura纹理特征的纹理特征提取、颜色直方图提取颜色特征等等四种方法设计。 (1)边界方向直方图法 由于单一特征不足以准确地描述图像特征,提出了一种结合颜色特征和边界方向特征的图像检索方法.针对传统颜色直方图中图像对所有像素具有相同重要性的问题进行了改进,提出了像素加权的改进颜色直方图方法;然后采用非分割图像的边界方向直方图方法提取图像的形状特征,该方法相对分割方法具有简单、有效等特点,并对图像的缩放、旋转以及视角具有不变性.为进一步提高图像检索的质量引入相关反馈机制,动态调整两幅图像相似度中颜色特征和方向特征的权值系数,并给出了相应的权值调整算法.实验结果表明,上述方法明显地优于其它方法.小波理论和几个其他课题相关。所有小波变换可以视为时域频域的形式,所以和调和分析相关。所有实际有用的离散小波变换使用包含有限脉冲响应滤波器的滤波器段(filterbank)。构成CWT的小波受海森堡的测不准原理制约,或者说,离散小波基可以在测不准原理的其他形式的上下文中考虑。 通过边缘检测,把图像分为边缘区域和非边缘区域,然后在边缘区域内进行边缘定位.根据局部区域内边缘的直线特性,求得小邻域内直线段的高精度位置;再根据边缘区域内边缘的全局直线特性,用线段的中点来拟合整个直线边缘,得到亚像素精度的图像边缘.在拟合的过程中,根据直线段转角的变化剔除了噪声点,提高了定位精度.并且,根据角度和距离区分出不同直线和它们的交点,给出了图像精确的矢量化结果 图像的边界是指其周围像素灰度有阶跃变化或屋顶变化的那些像素的集合,边界广泛的存在于物体和背 景之间、物体和物体之间,它是图像分割所依赖的重要特征.边界方向直方图具有尺度不变性,能够比较好的 描述图像的大体形状.边界直方图一般是通过边界算子提取边界,得到边界信息后,需要表征这些图像的边 界,对于每一个边界点,根据图像中该点的梯度方向计算出该边界点处法向量的方向角,将空间量化为M级, 计算每个边界点处法向量的方向角落在M级中的频率,这样便得到了边界方向直方图. 图像中像素的梯度向量可以表示为[ ( ,),),( ,),)] ,其中Gx( ,),),G ( ,),)可以用下面的

磁珠法核酸分离技术概况

磁珠法核酸分离技术概况 传统的核酸分离技术包含沉淀,离心等过程,这些纯化方法的步骤繁杂、费时长、收率低,接触有毒试剂,很难实现自动化操作;而采用磁性微球做载体进行核酸分离技术就能很好地克服这些缺点,实现样品的快速、高效制备,是未来核酸纯化方法发展的一个重要方向。 一、磁珠法提取核酸简介 磁珠法提取核酸是通过细胞裂解液裂解细胞,从细胞中游离出来的核酸分子被特异的吸附到磁性颗粒表面,而蛋白质等杂质不被吸附而留在溶液中。反应一定时间之后,再在磁场作用下,使磁性颗粒与液体分开,回收颗粒(即磁珠-DNA 混合物),再用洗脱液洗脱即可以得到纯净的DNA。 磁珠法不需要离心、不需要加入多种试剂,操作简单,符合核酸自动化提取要求,是未来核酸纯化方法发展的一个重要方向。 二、技术路线简易流程 样品裂解—磁珠与待分离DNA特异性结合—磁珠-DNA混合物的洗涤—磁珠与待分离DNA的洗脱分离(即结合-洗涤-洗脱三步)。 细胞裂解后,向裂解液中加入磁珠,当溶液的PH值小于6.5时,磁珠选择性的与优化的DNA结合,此时将吸附有DNA的磁珠置于磁场中,通过缓冲液去除没有被吸附的杂质(蛋白等),然后将磁珠置于PH值8.5的缓冲液中,纯化的DNA即可进入缓冲液中。 三、优点 配合微纳米磁珠核酸提纯试剂,优化样品回收和提纯效果,直接用于后续实验。 1、自动化操作保证了实验结果稳定,避免人工操作引起的差异及错误。 2、自动化操作系统,严格控制孔孔之间污染,避免操作人员的污染和被污染。 四、临床应用 乙肝、丙肝、艾滋病、流行性病毒、感染性疾病等。

下图是国外kingfisher磁珠法核酸提取技术原理图,供参考。

肺结节检测中特征提取方法研究

小型微型计算机系统JournalofChineseComputerSystems2009年10月第10期V01.30No.102009 肺结节检测中特征提取方法研究 何中市1,梁琰1,黄学全2,王健2 1(重庆大学计算机学院,重庆400044) 2(第三军医大学西南医院放射科,重庆400038) E—mail:zshe@cqu.edu.ca 摘要:计算机辅助诊断(Computer—AidedDiagnosis,CAD)系统为肺癌的早期检测和诊断提供了有力的支持.本文对孤立性肺结节特征提取问题进行研究.通过对肺结节和肺内各组织在序列CT图像上的医学征象分析和研究对比,结合专家提供的知识,提出了肺结节特征提取总体方案.该方案分别从肺部CT图像的灰度特征、肺结节形态、纹理、空间上下文特征等几个方面,对关键的医学征象进行图像分析,从而实现对ROI(RegionsofInterest)区域的特征提取和量化;提出特征提取的评价方案,实验结果表明,本文提取的特征提取方案是有效的.利用本文提取的特征,肺结节检测正确率达到93.05%,敏感率为94.53%. 关键词:孤立性;肺结节;特征提取;CT图像;特征评价 中图分类号:TP391文献标识码:A文章编号:1000—1220(2009)10—2073-05 ResearchontheFeatureExtractionApproachforSPNsDetection 腼Zhong—shil,LIANGYanl,HUANGXue—quan2,WANGJian2 1(CollegeofComputerScience,c‰增幻增Univers毋,Chongqing400044,China) 2(DepartmentofRadiology,Southwest丑却池z,ThirdMilitaryMedwalUniversityofChinesePL4,Chongqing400038,China) Abstract:Imageprocessingtechniqueshaveprovedtobeeffectiveforimprovementofradiologists7diagnosisofpubmonarynodules.Inthispaper,wepresentastrategybasedonfeatureextractiontechniqueaimedatSolitaryPulmonaryNodules(SPN)detection.Infeatureextractionscheme,36featureswereobtained,contained3greylevelfeatures,16morphologicalfeatures,10texturefeaturesand7spatialcontextfeatures.Andtheclassifier(SVM)runningwiththeextractedfeaturesachievescomparativeresults,withare-suitof93.05%innoduledetectionaccuracyand94.53%insensitivity. Keywords:isolated;solitarypulmonarynodules;featureextraction;CTimages;featureassessment 1引言 近几年,随着影像检查技术的改进,临床结果初步证明CT扫描是检测早期无症状肺癌最有效的影像学方法。1J.肺部疾病在CT影像上通常表现为孤立性肺结节(SolitaryPul—monaryNodules,SPNs),因此,对孤立性肺结节的检测和识别是对肺部疾病诊断最重要的途径.计算机辅助诊断系统一方面,大大减轻了医生的工作量,提高了工作效率;另一方面,使影像诊断更加客观化,提高诊断的效率和正确效率.因此,用计算机进行肺结节辅助诊断,提取肺结节特征,检测肺结节,是具有十分重要的意义和研究价值的. 在孤立性肺结节自动识别中,肺结节的特征提取及表示是其关键问题之一,它是进行识别的重要手段.关于肺结节检测方法有很多。2…,但对肺结节医学征象描述并不充分.目前一般常用面积、周长等形态方面进行肺结节特征提取.对肺结节的形态、全局、局部上下文特征以及病理征象的分析不足,使得特征提取描述不到位,影响识别准备率.同时也欠缺对识别结果的解释.正因为对提取的特征与肺结节医学征象问的对应关系分析不足,无法对识别结果进行医学知识上的解释, 特征提取特征评价 懂歪母 I里斗1显查鲎堑卜_倒1J躺l 帽霭瓣||描述程度l 1絮嚣卜 lJs、,M识 --|别性能 图1SPNs诊断框架图 Fig.1OverviewofSPNsdetection 而只有”是”或”否”的识别结果,无法给医生提供更多的信息.本文围绕以上几个问题,意在提供全面的、系统的量化信息,便于医学专家诊断的客观化、效率化.本文对孤立性肺结节特征提取问题进行研究.通过对肺结节和肺内各组织在序列CT图像上的医学征象分析和研究对比,提出了肺结节特征提取总体方案.该方案分别从肺部CT图像的灰度特征、形 收稿日期:2008-08-30基金项目:重庆市重大科技专项项目(CSTC,2008AB5038)资助;重庆市自然科学基金项目(CSTC,2007BB2134))资助.作者简介:何中市,男,1965年生,博士,教授,研究方向为人工智能、机器学习与数据挖掘等;梁琰,女,1982年生,博士研究生,图像处理、模式识别;黄学金,男,1966年生,博士,副教授,研究方向为影像诊断和介入放射学;王健,男,1964年生,博士,教授,研究方向为影像诊断和介入放射学.

用磁珠法来提取核酸中使用的裂解液的作用原理分析

磁珠法核酸提取裂解液的作用原理 文章来源:洛阳吉恩特生物科技有限公司 磁珠法核酸提取是以纳米生物磁珠为载体的一种新型核酸提取技术,核酸分子可与磁珠表面的硅羟基发生特异性识别与结合,在外部磁场的作用下发生聚集或分散,彻底摆脱传统核酸提取过程中离心、抽取上清液等手工操作流程,从而实现核酸的自动化提取。广泛应用于临床疾病诊断、输血安全、法医学鉴定、环境微生物检测、食品安全检测、分子生物学研究等多种领域。 磁珠法核酸提取一般包括裂解、结合、洗涤、洗脱四个主要步骤,每一步骤又可由多种不同的方法单独或联合实现,其中裂解环节是决定提取之质量的重中之重,经常也会有老师问到应该如何对裂解液进行优化。那么,我们就来分析一下配置裂解液经常用的试剂及其作用原理。 1、盐酸胍、尿素 盐酸胍在浓度为4-8mol时可断裂氢键,有两种可能机制:1、变性蛋白和盐酸胍、尿素优先结合,形成变性蛋白-变性剂复合物,当复合物被除去,引起N-D 反应平衡向右移动,随着变性剂浓度增加,天然状态的蛋白不断转变为复合物,最终导致蛋白质完全变性;2、盐酸胍、尿素对氨基酸具有增溶作用,能形成氢键,当浓度高时,能破坏水的氢键结构,成为非极性残基的较好溶剂,使蛋白质内部的疏水残基伸展和溶解性加强,盐酸胍、尿素引起的蛋白变性往往是不可逆的。 同时盐酸胍是一个核酸酶的强抑制剂,但并不是一种足够强的变性剂,可以允许完整的RNA从富含RNase的组织中提取出来。高浓度尿素同样可以使蛋白质变性并抑制Rnase活性。 2、异硫氰酸胍 蛋白质变性剂,能迅速溶解蛋白质,导致细胞结构破碎,核蛋白由于其二级结构的破坏消失而迅速与核酸分离。在通常使用的蛋白质变性剂中作用最强的是异硫氰酸胍,它们可以使多数蛋白质转换成一种随机的卷曲状态。含有强力的阴离子和阳离子基团,它们可以形成较强的氢键。在还原剂存在的情况下,异硫氰酸胍可以断裂氢键,而去垢剂,如SDS存在的情况下,可以破坏疏水作用。

物质分离和提纯的方法与技巧

物质分离和提纯的方法与技巧 物质的分离是通过适当的方法,把混合物中各组成物质彼此分开,并且恢复到各种物质原来的状态,分别得到纯净物;而物质的提纯是通过适当的方法把混入某物质的少量杂质除去,以便获得相对纯净的物质,又称除杂。 物质的除杂从内容上看,它包含着常见酸碱盐及其他重要物质的性质及特殊化学反应的知识;从过程上看,它是一个原理确定、试剂选择与实验方案确定、操作实施的过程,其考查热点和趋势是化学知识与实验操作的结合,理论与生产实践的结合。 1、主要方法 物质的分离和提纯常用方法有物理方法和化学方法两种,见下表: 2、用化学方法分离和提纯物质的原则 不增:在除杂的过程中不能引入新的杂质; 不减:在除杂的过程中,不能减少或损耗被提纯物质的质量; 不变:在除杂过程中,除杂剂不能使被提纯物质改变; 易分:被提纯物质与杂质或杂质转化成的新物质易于分离; 务尽:选择除杂剂要注意反应进行的程度,除杂越彻底越好。

3、酸、碱、盐溶液中的除杂技巧 ①被提纯物质与杂质所含阳离子相同时,选取与杂质中的阴离子不共存的阳离子,再与被提纯物中的阴离子组合出除杂试剂,如Na2SO4(NaOH):可选用稀H2SO4为除杂剂(生成物为Na2SO4和H2O,达到目的)。KCl(K2SO4):可选用BaCl2溶液为除杂试剂(生成物为BaSO KCl,达到目的)。 4和 ②被提纯物质与杂质所含阴离子相同时,选取与杂质中的阳离子不共存的阴离子,再与被提纯物中的阳离子组合出除杂试剂,如NaCl(BaCl2):可选用Na2SO4溶液为除杂试剂(生成物为BaSO4和NaCl,达到目的)。KNO3(AgNO3):可选用KCl2溶液为除杂试剂(生成物为AgCl和KNO3 ,达到目的)。 ③被提纯物质与杂质所含阴、阳离子都不相同时,选取与杂质中的阴、阳离子都不共存的阴、阳离子组合出除杂试剂。如NaNO3(CuSO4):可选用Ba(OH)2溶液为除杂试剂(生成物为 Cu(OH)2沉淀和BaSO4沉淀,达到目的)。 4、除杂方法的几个优化原则: ①若同时有多种方法能除去杂质,要选择那些简单易行、除杂彻底的方法; ②应尽量选择既可除去杂质,又可增加保留物质的方法,即“一举两得”; ③先考虑物理方法,再用化学方法。 5、除去食盐中可溶性杂质的方法 重结晶后的食盐中还含有硫酸钠、氯化镁、氯化钙等可溶性杂质,它们在溶液中主要以SO42-、 Ca2+、Mg2+ 的形式存在,为将这些杂质离子除净,应注意所加试剂要过量,过量试剂要除去,所以除杂时所加试剂顺序要求是:a、Na2CO3必须在BaCl2之后加;b、过滤之后再加适量盐酸。 试剂加入顺序有多种选择,如: (a)BaCl2、NaOH、Na2CO3、过滤、HCl (b)BaCl2、Na2CO3、NaOH、过滤、HCl (c)NaOH、BaCl2、Na2CO3、过滤、HCl

磁珠法提取核酸的3种样本处理方法

磁珠法提取核酸的3种样本处理方法 转自:洛阳吉恩特生物科技有限公司磁珠法核酸提取实验室以生物磁珠为载体提取核酸,所有反应是在液体体系中进行的,但生物样本多种多样,有液体也有固体,或者固液混合体,大多数生物样本在进行核酸提取纯化之前需要进行一定的前处理,液化、富集、除杂等都是常见的前处理方式。 一、液化 将固体样本转化为液体样本是最重要的样本前处理方法,固体样本是很难直接在试剂盒的作用下用于提取核酸的。固体样本跟杂质一样,会严重阻碍磁珠吸附核酸,并且耗损大量的磁珠位点,很难取得良好的提取效果。 常见的固体样本如植物组织、动物组织、泥土、浓痰等。 植物组织和动物组织,可剪取适量的样本,在研钵内快速研磨。研磨时如果需要保护RNA,可以采用液氮研磨的方式。如果不需要提取RNA,也可以加入裂解液或者生理盐水帮助研磨成匀浆状态。 泥土的处理方式主要是通过浸泡。因为从泥土中提取核酸,并非提取泥土本身,而是提取泥土中存在的微生物的核酸。使用生理盐水或者其他适当缓冲液体浸泡泥土,如果是较为干硬致密的泥土,浸泡前可以先碾碎成小颗粒,浸泡过程中可用小棒搅动帮助泥土分散。浸泡一段时间后,将泥浆用三层滤纸过滤,过滤所得的液体,即可用于磁珠法提取。 如浓痰、脓液等固液混合又较为黏腻的生物样本,可以先使用氢氧化钠液体进行碱解液化,再酸中和后,作为液体样本进行磁珠法提取。 以上方法处理固体样本,所得的液体,可能并不完全清澈透明,杂质还是相对较多的,如果必要,使用离心的方式,可以除去更多的杂质,但相对应该控制离心速度在10000r/min以下,否则核酸也会一起随杂质被离心下去。 二、富集 很多时候,用磁珠法提取的核酸都是微量或者痕量的样本,直接使用样本进行操作,所能得到的核酸很少,这就要求下游的检测试剂灵敏度很高,如果检测试剂灵敏度不足,在样本痕量的情况下,很可能检测不出,出现假阴性。所以对于微量样本和痕量样本,可以进行富集前处理。 有些时候,样本属于常量样本,但下游实验需求核酸量大,也需要对样本进

常见的分离与提纯的方法

常见的分离与提纯的方法: (1)物质分离与提纯常用的物理方法 粗盐提纯时把粗盐 溶于水, 溶于水的杂质除去 KNO3 变化大, 度随温度变化小, 用该法从二者的混 合液中提纯 从食盐水溶液中提 取食盐晶体 制无水乙醇 灰 浓硫酸或 2]

CCl4 2 水、苯的分离除去

除去 体, 过盛有饱和 溶液的洗气瓶 粗碘中碘与钾、钠、钙、镁的碘化物混合, 特点将碘与杂质分开 精制除去中的

的NaOH溶液,生成Fe(OH)3和NaAlO2,过滤后,分别再加盐酸重新生成Fe3+和Al3+。注意转化过程中尽量减少被分离物质的损失.而且转化后的物质要易恢复为原物质。 ④酸碱法 被提纯物质不与酸或碱反应,而杂质可与酸或碱发生反应,可用酸或碱作除杂试剂。例如:用盐酸除去SiO2中的石灰石,用氢氧化钠除去铁粉中的铝粉。 ⑤氧化还原法 a.对混合物中混有的还原性杂质,可加入适当的氧化剂将杂质氧化为被提纯物质。例如:将氯水滴入混有FeCl2的FeCl3溶液中,除去FeCl2杂质。 b.对混合物中混有的氧化性杂质,可加入适当还原剂将杂质还原为被提纯物质。例如:将过量铁粉加入混有FeCl3的FeCl2溶液中,振荡过滤,除去FeCl3 杂质。 ⑥调节pH法 通过加入试剂来调节溶液的pH,使溶液中某组分沉淀而分离的方法。一般加入相应的难溶或微溶物来调节。例如:在CaCl2溶液中含有FeCl3杂质,由于Fe3+水解,溶液呈酸性,可采用调节溶液pH的方法将Fe3+沉淀除去,为此,可向溶液中加氧化钙或氢氧化钙或碳酸钙等。 ⑦电解法 此法利用电解原理来分离、提纯物质。例如:电解精炼铜,将粗铜作阳极,精铜作阴极,电解液为含铜离子的溶液,通直流电,在阳极铜及比铜活泼的杂质金属失电子,在阴极只有铜离子得电子析出,从而提纯了铜。

核酸提取的一些常规方法

1. 乙醇沉淀乙醇沉淀乙醇沉淀乙醇沉淀DNA原理是什么原理是什么原理是什么原理是什么????乙醇能够消除核酸的水化层,使带负电荷的磷酸基团暴露出来。Na+之类的平衡离子能够与这些带电基团结合,在沉淀形成部位降低多核苷酸链之间的排斥作用。因此只有在阳离子的量足以中和暴露的磷酸残基的电荷时才会发生乙醇沉淀。 最常用的阳离子:1)醋酸铵:贮存液10.0mol/L 终浓度 2.0~2.5mol/L 常用于减少多余的杂质(如DNTP及多糖)与核酸的共沉淀。例如在2mol/L醋酸铵存在的情况下连续两次DNA沉淀可从DNA制品中除去>99%的dNTP。在通过琼脂糖酶消化琼脂糖之后沉淀核酸时,使用醋酸铵也是最佳选择,这种阳离子可以减少寡糖消化产物共沉淀的可能性。然而若用沉淀的核酸进行磷酸化时,就不要用醋酸铵沉淀核酸,因为铵离子能够抑制T4噬菌体多核苷酸激酶。2)氯化锂:贮存液8.0mol/L 终浓度0.8mol/L 常用于需高浓度乙醇进行的沉淀(如沉淀RNA)。LiCl在乙醇溶液中的溶解度很高而且不随核酸共沉淀。小分子RNA(如tRNA及5S RNA)在高离子强度下(没有乙醇时)是可溶的,而大分子RNA则不溶。可以利用这个差异在高浓度LiCl(0.8mol/L)中纯化大分子RNA。3)氯化钠:贮存液 5.0mol/L 终浓度0.2 mol/L (0.2 mol/L)用于DNA样品中存在SDS时。这种去污剂在70%乙醇中仍为可溶。4)醋酸钠:贮存液 3.0mol/L(ph5.2)终浓度0.3 mol/L (0.3mol/L,ph5.2)在DNA和RNA的常规沉淀中最为常用。 2. 乙醇沉淀乙醇沉淀乙醇沉淀乙醇沉淀DNA和异丙醇沉淀和异丙醇沉淀和异丙醇沉淀和异丙醇沉淀DNA的区别是什么的区别是什么的区别是什么的区别是什么???? 异丙醇和酒精都是有机溶剂,一般来讲,提取质粒的时候一开始都要用异丙醇沉淀,因为异丙醇沉淀的效果要好一些,如二楼所讲,但最后大多用酒精沉淀,因为酒精容易挥发,对下游的实验影响小。异丙醇比较疏水,能很更好地沉淀核酸,用乙醇的目的是去盐,它比异丙醇更亲水,所以能去掉一些盐离子。有时还用70%的乙醇洗样品也是为了增加盐的溶解度。在沉淀核酸时可用乙醇与异丙醇,乙醇的极性要强于异丙醇,所以一般用2倍体积乙醇沉淀,但在多糖、蛋白含量高时,用异丙醇沉淀可部分克服这种污染,尤其用异丙醇在室温下沉淀对摆脱多糖、杂蛋白污染更为有效。异丙醇沉淀核酸时,高浓度盐存在将使大量多糖存在在溶液中,从而可达到去多糖的作用。但高浓度的盐存在会影响核酸的进一步操作,因此必须用乙醇多次洗涤脱盐。 异丙醇沉淀核酸:优点:为所需容积小且速度快,适用于浓度低,而体积大DNA样品的沉淀。0.54~1.0倍体积的异丙醇可选择性沉淀DNA和大分子rRNA和mRNA;但对5sRNA、tRNA和多糖产物不产生沉淀,一般不需要在低温条件下长时间放置。缺点:易使盐类(如NaCl、蔗糖)与DNA共沉淀;在DNA沉淀中异丙醇难以挥发除去,所以常规需要用70%的乙醇漂洗DNA沉淀数次。 乙醇沉淀核酸:沉淀DNA乙醇是首选的有机溶剂,对盐类沉淀少,DNA沉淀中所含的衡量乙醇易蒸发去处,不影响以后的实验。在适当的盐浓度下,2倍样品容积的95%乙醇可有效沉淀DNA,对于RNA则需要将乙醇量增加至2.5倍. 缺点是总体积较大。需在-20度放置很长时间,30分钟-1小时。同样需要70%乙醇洗涤 “蛋白质的变性”是指蛋白质分子中的次级键被破坏。主要是氢键和离子键。甲醇、乙醇、丙酮等有机溶剂可以提供自己的羟基或羰基上的氢或氧去形成氢键,从而破坏了蛋白质中原有的氢键,使蛋白质变性。而引起蛋白质沉淀的原因一方面是由于甲醇、乙醇、丙酮等有机溶剂加入水中使溶剂介电常数降低,增加了相反电荷的吸引力,另一方面是因为这些有机溶剂是强亲水试剂,争夺蛋白质分子表面的水化水,破坏蛋白质胶体分子表面的水化层而使分子聚集沉淀。

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