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MOE分子对接教程

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1.在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白(PDB或moe文件)

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点击Compute→prepare→Protonate3D(使质子化)

点击OK。打开SEQ面板

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删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子

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在MOE窗口右边点击SiteView

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点击System,改变配体颜色

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使得小配体显示绿色C骨架

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在MOE窗口点击Surface→recepter

在MOE窗口点击Surface→Surface and Maps 改变口袋表面的透明度

在Surface and Maps面板调节如图所示

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在MOE窗口会看到如下图所示:

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接下来对接一个小配体

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点击Compute→dock

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在Recepter选项选择Recepter+Solvent 其它选择默认值。

点击Run。

在表单你会看到有不同的构象对接结果,包括RMSD值。

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口袋对接结果

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2.创建一个药效团模型

在MOE窗口点击Compute→Pharmacophore→Query Editor

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点击R,这样会创建基于受体的药效团特征。

点击口袋中显示的小球,然后点击feature,这样在对接口袋就会显示药效团。

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3.化合物数据库的对接

关闭Pharmacophore Query Editor面板

在MOE窗口点击Compute→Dock

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Output选项选择一个对接结果数据库名字,这里命名为moe_dock2 Receptor选项为Recepter+Solvent

Ligand选项为MDB File,选择要对接的pde5inhibitors.mdb

(这里说明一下,mdb格式是MOE独有的,用的不多,但是可以将常用的sdf和mol2格式转化为mdb格式,方法为将sdf或mol2文件用MOE打开成表单,再save as成mdb格式。)

其他值默认,点击Run。等待计算...

对接完后,关闭药效团编辑器面板