猪瘟病毒石门株NS4B基因的序列测定及分析
猪瘟病毒石门株NS4B基因的序列测定及分析
X
黄茜华张楚瑜
(武汉大学病毒研究所,武汉430072)
摘要采用RT-PCR技术,利用2对引物,从猪瘟病毒(CSFV)强毒石门株感染的猪血中成功扩增了NS4B基因,片段大小分别为757bp和774bp。克隆后经酶切鉴定,自动测序和序列分析,结果显示该基因较为保守,与其他猪瘟病毒毒株均有很高的同源性,与同属的BVDV SD-1株和NADL株也有较高的同源性。
关键词猪瘟病毒石门株;NS4B基因;序列分析
中图法分类号S852.65,S858.28
猪瘟是由猪瘟病毒引起的一类危害最为严重的传染病。猪瘟病毒(CSFV)属于黄病毒科瘟病毒属。同属的还有牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和绵羊边界病毒(BDV)。基因组为单股正链RNA,长度约为12.3@103b,含有一个大的开放读码框架(ORF),编码一个约由4000个氨基酸残基组成的多聚蛋白前体。NS4B基因位于基因组偏3c端部分,编码一个由347个氨基酸残基组成的非结构蛋白[1,2],它在病毒生命周期中的功能尚不清楚。
CSFV石门株是1945年从石家庄分离的,是我国的标准强毒株。笔者扩增了石门株NS4B基因,对其进行了克隆和测序,为我们对石门株进行分子水平的研究奠定了基础。
1材料和方法
1.1材料
猪瘟病毒石门株AV1411(04/08/87)购自中国兽药监察所。TG1菌由本室保存。pGEM-T 载体购自Promeg a公司。M-M LV逆转录酶购自GIBCO/BRL公司。各种内切酶、修饰酶和试剂为华美公司和上海生工产品。
1.2方法
1.2.1病毒增殖与RNA提取
采用2月龄猪瘟非免疫猪(购自湖北省生药厂)增殖病毒,异硫氢酸胍-酚-氯仿一步法提取感染猪血总RNA。
1.2.2引物设计
根据已报道的猪瘟病毒/C0株序列[3],借助计算机辅助设计了2对引物。正向引物是PF7196:5c GCTGAGAATGCCCTGTTAGTAG3c;PF7901:5c GCC AC AGCTCTCAAACTA TTC3c;反向引物: PR7952:5c GTA TGACAACGCTCTCCAATC3c; PR8674:5c GCAGAGAAATGAACCCTCCTCC3c。PF7196-PR7952扩增片段长757bp,PF7901-PR8674扩增片段长774bp。由上海生工生物工程有限公司合成,纯度为测序级。
1.2.3RT-PCR
按照常规方法进行,同时设阴性对照。
1.2.4扩增产物的克隆
按照Promeg a公司的pGEM-T vector sys-tem说明书进行。碱裂解法提取质粒,经限制性内切酶酶切及PCR方法鉴定阳性克隆。
1.2.5序列测定
用T7和SP6正向和反向引物进行自动测序。
1.2.6序列分析和同源性比较
采用DNASIS和PROSIS软件(Hitachi Soft-w are Eng ineering Co.Ltd.)。
第19卷第1期Vol.19No.1
湖北农学院学报
Journal of Hubei Agricultural College
1999年2月
Feb.1999
X收稿日期:1998-10-14
国家攀登计划85-41资助项目
第一作者简介:黄茜华,女,30岁,武汉大学病毒研究所硕士研究生
2结果与讨论
2.1PCR扩增片段的克隆及鉴定
扩增片段与pGEM-T载体连接,构建成质粒pGEM757和pGEM774。根据已公布的猪瘟病毒序列[3~6],预测pGEM757含有保守的Eco R ?酶切位点,pGEM774含Pvuò酶切位点,酶切结果与预测完全一致。笔者还利用扩增产物及克隆质粒做模板进行二次扩增,也都获得了预期大小的片段,证明克隆成功(图略)。
2.2石门株NS4B基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列
猪瘟病毒石门株NS4B基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列见图1。该2对引物扩增了包括NS4B全基因在内的两个cDNA片段,NS4B基因长为1041个碱基,在基因组中的位置为7382 ~8422nt。
***DNA TRANSLATION***
1GCT CAG GGG GAT GT G CAG AGA T GT GTG GAA GCT ATG ACC AAT TAT GCA48 1Al a Gln Gly Asp Val Gln Arg Cys Val Gl u Ala M et Thr Asn T yr Ala16 49AGA GAG GGT AT C CAA T TC AT G AAG TCT CAG GCA CTG AAG GTG AAA GAA96 17Arg Glu Gly Ile Gln Phe M et Lys S er Gln Ala Leu Lys Val Lys Glu32 97ACC CCC ACT TAC AAA GAG ACA ATG GAC ACT GTG ACA GAC TAT GTA AAG144 33T hr Pro Thr Tyr Lys Glu T hr M et Asp T hr Val Thr Asp Tyr Val Lys48 145AAA TTC ATG GAG GCG CT G AAG GAC AGT AAA GAA GAC ATC AT G AAA T AT192 49Lys Phe M et Glu Ala Leu Lys Asp S er Lys Glu Asp Ile M et Lys T yr64 193GGG T TG TGG GGG ACG CAC ACA GCC T TA TAT AAG AGC ATC AGT GCC AGG240 65Gly Leu Trp Gly Thr H is T hr Ala L eu Tyr Lys Ser Ile Ser Ala Arg80 241CTT GGG AGT GAG ACT GCA T TC GCC ACC CTG GT C GT G AAG TGG CT G GCA288 81Leu Gly Ser Glu Thr Ala Phe Ala T hr Leu Val Val Lys T rp Leu Ala96 289T TT GGG GGG GAA TCA AT A GCA GAC CAT GT C AAA CAA GCA GCC ACA GAC336 97Phe Gly Gly Glu Ser Ile Ala Asp His Val Lys Gln Ala Ala T hr Asp112 337T TG GT C GTT TAC TAT ATC ATC AAC AGA CCT CAG TT C CCA GGA GAC ACG384 113Leu Val Val Tyr Tyr Ile Ile Asn Arg Pro Gl n Phe Pro Gly Asp T hr128 385GAG ACA CAA CAG GAA GGA AGG AAA TTT GTG GCC AGC CTA CT G GTC TCA432 129Glu T hr Gln Gln Glu Gly Arg Lys Phe Val Ala Ser Leu Leu Val S er144 433GCT CTA GCT ACT TAC ACG T AC AAA AGC T GG AAT TAC AAT AAT CT G TCC480 145Al a Leu Ala Thr Tyr Thr T yr Lys S er Trp Asn Tyr Asn Asn Leu S er160 481AAG ATA GTT GAA CCG GCT TT G GCC ACT CTA CCC TAT GCC GCC ACA GCT528 161Lys Ile Val Glu Pro Ala Leu Ala T hr Leu Pro Tyr Ala Ala T hr Ala176 529CTC AAA CTA TT C GCC CCC ACA CGA T TG GAG AGT GTA GTC ATA T TG AGT576 177Leu Lys Leu Phe Ala Pro T hr Arg L eu Gl u Ser Val Val Ile Leu S er192 577ACC GCA AT C TAC AAA ACC T AC CT A TCA AT C AGG CGC GGA AAA AGC GAT624 193T hr Ala Ile Tyr Lys Thr T yr Leu S er Ile Arg Arg Gly Lys Ser Asp208 625GGT T TG CTA GGC ACA GGG GTT AGT GCG GCT ATG GAG ATC AT G T CA CAA672 209Gly Leu Leu Gly Thr Gly Val Ser Ala Ala M et Glu Ile M et Ser Gln224 673AAT CCA GTA TCT GT G GGC ATA GCA GTC ATG CTA GGG GT A GGG GCC GTG720 225Asn Pro Val Ser Val Gly Ile Ala Val M et Leu Gly Val Gly Ala Val240 721GCA GCC CAC AAT GCA AT T GAA GCC AGT GAG CAG AAG AGA ACA CT A CTC768 241Al a Ala His Asn Ala Ile Glu Ala S er Gl u Gl n Lys Arg Th r Leu Leu256 769ATG AAA GTT TT T GT A AAG AAC TTC T TG GAC CAG GCA GCC ACT GAT GAA816 257M et Lys Val Phe Val Lys As n Phe L eu Asp Gl n Ala Ala Th r Asp Glu272 817T TA GT C AAG GAG AGT CCT GAG AAA ATA ATA ATG GCT TT G T TT GAA GCA864 273Leu Val Lys Glu Ser Pro Glu Lys Ile Ile M et Ala Leu Phe Glu Ala288 865GTG CAG ACA GT C GGC AAC CCT CTT AGA CTA GTA TAC CAC CT T TAT GGA912 289Val Gln Thr Val Gly Asn Pro Leu Arg Leu Val Tyr H i s Leu T yr Gly304 913GTT TTT TAT AAG GGG TGG GAG GCA AAA GAG TTG GCC CAA AGG ACA GCC960 305Val Phe Tyr Lys Gly Trp Glu Ala Lys Gl u Leu Ala Gln Arg T hr Ala320 961GGT AGG AAC CTT T TC ACT TT G ATA ATG TT C GAG GCT GT G GAA CT A CT G1008 321Gly Arg Asn Leu Phe Thr Leu Ile M et Phe Glu Ala Val Glu Leu Leu336 1009GGA GTA GAT AGT GAA GGA AAG ATC CGC CAG CTA1041 337Gly Val Asp Ser Glu Gly Lys Ile Arg Gln Leu347图1猪瘟病毒石门株NS4B基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列
Figu re1Th e nu cleotide and de duced amino acid sequ ence of NS4B gen e of CSFV strain Shimen
54湖北农学院学报1999年
2.3 NS4B 基因与其他瘟病毒的核苷酸和氨基酸序列同源性比较
石门株NS4B 基因的核苷酸和氨基酸序列与另外5株CSFV 及2株BVDV 的同源性比较见表1。表1 石门株N S4B 基因与其他瘟病毒的核苷酸和氨基酸序列同源性比较Table 1 N ucleotide and deduced amino aci d sequence homology comparison of
NS 4B gene of CSFV Shimen s trai n with other pestiviruses
%
比较项目毒 株
CSF V
AL D [3]GPE -[3]/C 0[4]Brescia [5]Alfort [6]BVDV SD -1[7]NADL [8]
核苷酸序列97.697.595.096.086.970.470.7氨基酸序列
99.198.898.397.796.3
77.378.1
从表1可知,NS4B 基因在瘟病毒中较保守,在猪瘟病毒各毒株间有较高的同源性。与2株BVDV 基因的同源性也较高。NS4B 蛋白的功能尚不清楚,我们获得了该基因的克隆,测定了序列,为
今后的功能研究提供了前提,也为本室石门株全序列测定工作的最后完成奠定了基础。
参考文献
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Sequencing and Analyses of NS 4B G ene of
Classical S wine Fever Virus Strain Shimen
Huang Qianhua Zhang Chuyu
(I nstitute o f Vir ology ,Wuhan University ,Wuhan 430072)
Abstract Using tw o specific pairs of primers,the NS4B gene of classical sw ine fever virus (CSFV)strain Shimen w as amplified w ith RT -PCR method from the total RNA ex tracted from the anticoagulated blood of classical sw ine fever virus (CSFV)strain Shimen infected pig.T he am plified fragments w ere 757bp and 774bp in leng th,respectively.Each fragment w as cloned and identified by restriction endonuclease,then automatically sequenced.Sequence homology analyses revealed that NS4B w as comparatively conserva -tive .It has hig h homology with other CSFV strains.It also has high homology w ith other pestivirus strains,namely,BVDV strain SD-1and NADL.
Key words classical sw ine fever virus strain Shimen;NS4B gene;sequence analyses
55
第1期 黄茜华等:猪瘟病毒石门株N S4B 基因的序列测定及分析
不同来源鼠伤寒沙门菌的侵袭力及毒力基因表达
不同来源鼠伤寒沙门菌的侵袭力及毒力基因表达 不同来源鼠伤寒沙门菌的侵袭力及毒力基因表达不同来源鼠伤寒沙门菌的侵袭力及毒力基因表达戴随（天津市第五中心医院检验科，天津300450）摘要：目的探讨不同来源的鼠伤寒沙门菌侵袭力和毒力基因表达的差异。方法从腹泻患者粪便﹑河水及土壤中共分离出鼠伤寒沙门菌（分别简称为临床株﹑水体株﹑土壤株）34株，分析菌株在上皮细胞黏附﹑侵袭以及巨噬细胞内复制能力的差异；选择与黏附﹑侵袭以及复制阶段相关的毒力基因（鞭毛合成位点filC，致病岛1位点hilA﹑invI，致病岛2位点ssrA﹑sseF），通过实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）检测不同来源细菌的毒力基因表达差异。结果土壤株和水体株的黏附力和侵袭力与标准菌株（ATCC 14028）类似，但80%左右的临床株表现出比标准菌株（ATCC 14028）更高的黏附力和侵袭力。在巨噬细胞内的复制结果显示，临床株﹑土壤株以及水体株的胞内复制能力均与标准菌株（ATCC 14028）类似。不同菌株的毒力基因表达情况与细胞黏附﹑侵袭及胞内复制结果相吻合。高侵袭力临床株在黏附期filC基因以及侵袭期hilA﹑invI基因的表达量显著高于标准菌株（ATCC 14028）（P＜0.05），而胞内复制期ssrA和sseF基因的表达量与标准菌株（ATCC 14028）类似。土壤株和水体株在不同时期的基因表达量均
与标准菌株（ATCC 14028）类似。结论鼠伤寒沙门菌临床株显示出较环境菌株更强的黏附力﹑侵袭力及更多的相应毒 力基因表达量，应着重加强对医院内沙门菌感染的防控措施，降低医源性沙门菌的感染率。关键词：鼠伤寒沙门菌；侵袭力；毒力基因表达鼠伤寒沙门菌是一种重要的人畜共患致病菌，广泛寄生于人和动物肠道内。其通过粪口途径传播，主要引起肠胃炎，在免疫功能低下的个体如老人和小孩中能引起全身性中毒症状，严重者可致死[1]。鼠伤寒沙门菌的致病过程分为肠道感染和细胞内感染2个阶段：细菌黏附并侵入小肠上皮细胞，为肠道感染阶段；细菌进入上皮细胞或巨噬细胞内，然后在胞内复制，为细胞内感染阶段。其致病能力与多种毒力因子相关，包括致病岛1﹑致病岛2﹑鞭毛﹑菌毛等[2]，其中影响入侵过程的主要毒力因子为致病岛1，影响胞内复制的主要毒力因子为致病岛2[1-2]。致病菌毒力强弱与细菌来源相关[3-4]。目前，针对沙门菌来源与其致病性之间关系的研究报道甚少。本研究以分离自腹泻患者粪便﹑土壤以及河水的共计34株鼠伤寒沙门菌为研究对象，分析菌株在黏附﹑侵袭﹑胞内复制以及毒力基因表达方面 的差异，为进一步研究鼠伤寒沙门菌的致病特性提供新的实验数据，以期为更好地防控沙门菌感染提供新的思路。1 材料和方法 1.1 菌株与细胞系研究对象为分离得到的34株 鼠伤寒沙门菌，其中包括从医院腹泻患者粪便中获得的18
鳗弧菌毒力相关基因的研究进展
鳗弧菌毒力相关基因的研究进展 3 戈 蕾 1,2 黄 233 李 琪 1 (教育部海水养殖重点实验室中国海洋大学生命科学与技术学部 青岛 266003)1 (农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放试验室中国水产科学院黄海水产研究所 青岛 266071)2 摘要:鳗弧菌是引起多种海水鱼类出血性败血症的病原菌。其致病机理与各个毒力基因的协同作用密切相关。文中综述了鳗弧菌的主要毒力基因,包括编码外毒素、粘附因子、侵袭因子、细胞表面成分以及铁吸收系统的基因和部分检测方法。 关键词:鳗弧菌,毒力相关基因,检测 中图分类号:Q93919 文献标识码:A 文章编号:025322654(2007)0320584203 Advance in Studies on Virulence G enes of Vibrio anguillarum G E Lei 1,2 H UANGJie 2 LI Qi 1 (K ey Lab o f Mariculture Ministry o f Education ,Ocean Univer sity o f China ,Qingdao 266003)1 (K ey Lab for Sustainable Utilization o f Marine Fisheries Resource ,Ministry o f Agriculture Yellow Sea Fisheries Research Institute , Chinese Academy o f Fishery Science ,Qingdao 266071) 2 Abstract :Vibriosis is fish disease responsible for considerable econom ic hardship to mariculture operation w orldwide.Vibrio anguillarum is an im portant in fectious agent.The first step of in fection requires attachment of the bacterium to the host.The flagellum has been suggested to be inv olved in virulence as a m otility organelle that carries an adhesive com ponent.The iron 2uptake system of v .anguillarum is im portant to the pathogenic process.Extracellular com pounds such as hem olysin and metalloprotease have been inv olved in virulence too.The article reviews all factors including ex otoxin ,adherence factors ,invasion factors ,cell sur face com ponents and iron 2uptake system.K ey w ords :Vibrio anguillarum ,Virulence gene ,Detection 3农业部948项目资助(N o.20052Z 50) 33通讯作者 T el :0532285823062,E 2mail :aqudis @https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html, 收稿日期:2006206230,修回日期:2006208221 弧菌病是世界范围内对海水养殖业造成严重经济损失的鱼类疾病,主要由鳗弧菌、创伤弧菌、溶藻胶弧菌和哈维氏弧菌等引起[1]。鳗弧菌(Vibrio anguillarum )隶属于弧菌科 (vibrionaceae )弧菌属(Vibrio )[2],是引起多种海水鱼类出血性 败血症的病原菌[3]。国内外学者多方面研究后普遍认为鳗弧菌的致病性与其产生的毒素密切相关。许多学者从分子水平对鳗弧菌开展了研究,为阐明鳗弧菌的致病机理提供了一些理论依据,并建立起针对几种主要毒力因子的检测手段。本文综述了鳗弧菌主要毒力相关基因及其检测手段,以期为鳗弧菌致病机理的研究及鳗弧菌的防治提供参考和借鉴。 1 主要毒力相关基因 111 外毒素(exotoxin) 11111 溶血素(hem olysin ):目前国内外研究资料表明鳗弧菌有6条溶血素基因序列:vah 1、vah 2、vah 3、vah 4、vah 5和M3株的溶血素基因。Hirono 克隆了一个5kb 的溶血素片段,其中一个是vah 1的开放阅读框2253bp ,对应751个氨基酸残基[4]。邹玉霞等用PCR 扩增出鳗弧菌M3株的溶血素基因,推测的氨基酸编码序列与已发表的A 型血清的鳗弧菌 PT 84057株有86%的相似性,并证明所克隆的溶血素基因对 鳗弧菌M3的毒力没有直接的作用[5]。在随机基因组测序中,鳗弧菌所有的溶血素基因与弧菌属的其它物种如O1型霍乱弧菌E1T or 、副溶血弧菌和创伤弧菌的溶血素基因相似程度都很高[6]。 R odkhum (2005)对vah 2、vah 3、vah 4、vah 5等4个溶血素 基因进行了克隆和测序,4个基因都有很多开放阅读框,分别编码含有291、690、200和585个氨基酸残基的多肽,预测分子量分别为33kD 、75kD 、22kD 和66kD ,vah 2的产物与假定的创伤弧菌Y J016的溶血素有89%的相似性,vah 3的产物 ?485?微生物学通报2007年34(3)
细菌毒力岛的研究进展
细菌毒力岛的研究进展 1 毒力岛基本特征及分类 1.1基本特征 毒力岛(virulenceisland)又称致病性岛(pathogenicity island),是近年来在细菌分子学研究领域出现的新概念。1997年Hacker等对毒力岛下了较为精确的定义:即毒力岛是编码细菌毒力基因簇的一分子量相对较大的染色体DNA片段。毒力岛具有下列基本特征[1～4]:(1)编码细菌毒力基因簇的一个相对分子质量较大的(20～100k左右)染色体DNA片段。(2)一些毒力岛的两侧具有重复序列和插入元件,但是也可以没有。(3)毒力岛往往位于细菌染色体的tRNA基因位点内或附近,或者位于与噬菌体整合有关的位点,肠致病性大肠杆菌(EPEC)的LEE毒力岛就位于转运RNAselC位点[2,3]。(4)毒力岛DNA片段的G+Cmol%、密码使用和宿主细菌染色体有明显差异,有的比宿主细胞的G+Cmol%明显高,有的明显低。(5)毒力岛编码的基因产物许多是分泌性蛋白和细胞表面蛋白,如溶血素、菌毛和血红素结合因子,一些毒力岛编码细菌的分泌系统(如Ⅲ型分泌系统)、信息传导系统和调节系统。(6)一种病原菌可以有一个或几个毒力岛。(7)一部分学者认为,细菌的毒力岛应该包括位于噬菌体和质粒上的、与细菌的毒力有关的、其G+C 百分比和密码使用与宿主细胞明显不同的DNA片段。(8)毒力岛可能与新发现的病原性细菌有关。 1.2 分类 目前发现的毒力岛根据其G+C百分比与宿主菌的差异,可分成两类:即高G+C 毒力岛,如小肠结肠炎耶尔森菌的毒力岛；低G+C毒力岛,如大肠杆菌、沙门氏菌以及幽门螺杆菌中的毒力岛。根据毒力岛编码的产物性质可分为致病性岛和共生岛两大类。 2 结构与功能 2.1 结构 毒力岛是由独特的DNA片段构成,其不同来源的毒力岛的分子量、密码使用、G+C百分比各异。毒力岛主要含有与细菌毒力有关的基因,此外,RS和IR在毒力岛上也比较常见,而且,IR的类型也多种多样。大多数毒力岛在染色体上的位置
功能基因的序列比对方法
功能基因的序列比对 <1>.切除载体和(或)引物 a.打开所有的原始引物序列于一个EditSeq的窗口中 b. export all as one c.保存 d.打开这个保存的文件，开始切除载体和引物 e.选择载体插入点两侧的序列(10-15个的样子)搜索注意：不存在正反向的问题，都是一个
方向，因为测序的时候是选择两个载体上的引物其中的一条来往后测序的！ 切完之后另存为 f. 重新打开这个文件，开始切除引物 方法同切载体，但是要注意正反向的问题。比如mcrA基因，其引物为Forward: 5'-GGTGGTGTMGGATTCACACARTAYGCWACAGC-3' Reverse: 5'-TTCATTGCRTAGTTWGGRTAGTT-3'
先找Forward 5’端，此时只找到的部分序列。切去5’端。 然后再切这些切掉5’端序列的3’端的序列，此时其3’端序列应该是Reverse 的反向互补序列。 切去这个反向互补序列，这样一来这个些序列就已经被切去两端的引物了。 但此时还剩下另一部分未切除任何引物的序列，此时记下这些序列的编号，先切去Reverse 5’
端。 再用Forward 的反向互补序列切去3’端，这样剩下的序列也都被切除两端的引物了。 <2>将所有序列调整为同向序列： a. 选择前面记录编号的序列，将这些序列一个个都转换为其反向互补序列。这样一来所有的序列都成为同向序列了，即在DNA两条反向互补链的其中一条上的比较了。
b. 保存该文件 <3> 生成OTUs Google 搜索”Fastgroup II” 或https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/fg_tools.htm
DNA序列比对同源性分析图解BLAST
1、进入网页：https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/BLAST/ 2、点击Search for short, nearly exact matches 3、在search栏中输入引物系列： 注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’; 5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’ （1）输入方法可先输入上游引物，进行blast程序，同样方法在进行下游引物的blast程序。 这种方法叫繁琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。
（2）简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。输入上下游引物系列都从5’——3’。 A、输入上游引物空格输入下游引物 B、输入上游引物回车输入下游引物 4、在options for advanced blasting中： select from 栏通过菜单选择Homo sapiens Expect后面的数字改为10
5、在format中： select from 栏通过菜单选择Homo sapiens Expect后面的数字填上0 10
6、点击网页中最下面的“BLAST！” 7、出现新的网页，点击Format！
8、等待若干秒之后，出现results of BLAST的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果。（1）图形格式： 图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40～50分 图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40～50分，而与下游引物不互补 图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分，而与上游引物不匹配 通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。
核酸和蛋白质序列分析
核酸和蛋白质序列分析 在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG 岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原性位点预测，可以对基因编码蛋白的性质作出初步判断和预测。尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为膜蛋白，这对确定实验研究方向有重要的参考意义。此外，通过相似性搜索、功能位点分析、结构分析、查询基因表达谱聚簇数据库、基因敲除数据库、基因组上下游邻居等，尽量挖掘网络数据库中的信息，可以对基因功能作出推论。上述技术路线可为其它类似分子的生物信息学分析提供借鉴。本路线图及推荐网址已建立超级链接，放在北京大学人类疾病基因研究中心网站 （https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/science/bioinfomatics.htm）,可以直接点击进入检索网站。 下面介绍其中一些基本分析。值得注意的是，在对序列进行分析时，首先应当明确序列的性质,是mRNA序列还是基因组序列？是计算机拼接得到还是经过PCR扩增测序得到？是原核生物还是真核生物？这些决定了分析方法的选择和分析结果的解释。 （一）核酸序列分析 1、双序列比对（pairwise alignment） 双序列比对是指比较两条序列的相似性和寻找相似碱基及氨基酸的对应位置，它是用计算机进行序列分析的强大工具，分为全局比对和局部比对两类，各以Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法为代表。由于这些算法都是启发式（heuristic）的算法，因此并没有最优值。根据比对的需要，选用适当的比对工具，在比对时适当调整空格罚分（gap penalty）和空格延伸罚分（gap extension penalty），以获得更优的比对。 除了利用BLAST、FASTA等局部比对工具进行序列对数据库的搜索外，我们还推荐使用EMBOSS软件包中的Needle软件 （http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS/），和Pairwise BLAST
DNA测序结果分析比对(实例)
DNA测序结果分析比对（实例） 关键词：dna测序结果2013-08-22 11:59来源：互联网点击次数：14423 从测序公司得到的一份DNA测序结果通常包含.seq格式的测序结果序列文本和.ab1格式的测序图两个文件，下面是一份测序结果的实例： CYP3A4-E1-1-1(E1B).ab1 CYP3A4-E1-1-1(E1B).seq .seq文件可以用系统自带的记事本程序打开，.ab1文件需要用专门的软件打开。软件名称：Chromas 软件Chromas下载 .seq文件打开后如下图： .ab1文件打开后如下图： 通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成，代表不同的碱基序列。测序图的两端（下图原图的后半段被剪切掉了）大约50个碱
基的测序图部分通常杂质的干扰较大，无法判读，这是正常现象。这也提醒我们在做引物设计时，要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近（通常要大于50个碱基距离），以免测序后难以分析比对。 我的课题是研究基因多态性的，因此下面要介绍的内容也主要以判读测序图中的等位基因突变位点为主。 实际上，要在一份测序图中找到真正确实的等位基因多态位点并不是一件容易的事情。一般认为等位基因位点假如在测序图上出现像套叠的两个峰，就是杂合子位点。实际比对后才知道，情况并非那么简单，下面测序图中标出的两个套峰均不是杂合子位点，如图并说明如下：
说明： 第一组套峰，两峰的轴线并不在同一位置，左侧的T峰是干扰峰；第二组套峰，虽两峰轴线位置相同，但两峰的位置太靠近了，不是杂合子峰，蓝色的C峰是干扰峰通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同的峰组成，此处的序列被机器误判为“C”，实际的序列应为“A”，通常一个高大碱基峰的前面 1~2个位点很容易产生一个相同碱基的干扰峰，峰的高度大约是高大碱基峰的1/2，离得越近受干扰越大。 一个摸索出来的规律是：主峰通常在干扰峰的右侧，干扰峰并不一定比主峰低。最关键的一点是一定要拿疑似为杂合子峰的测序图位点与测序结果的文本序列和基因库中的比对结果相比较；一个位点的多个样本相比较；你得出的该位点的突变率与权威文献或数据库中的突变率相比较。 通常，对于一个疑似突变位点来说，即使是国际上权威组织大样本的测序结果中都没有报道的话，那么单纯通过测序结果就判定它是突变点，是并不严谨的，因一份 PCR产物中各个碱基的实际含量并不相同，很难避免不产生误差的。对于一个未知突变位点的发现，通常还需要用到更精确的酶切技术。 (责任编辑：大汉昆仑王)
基因序列分析word版
南开大学数学院“学而思”杯数学建模比赛 编号专用页 赛区评阅编号（由赛区组委会评阅前进行编号）： 全国统一编号（由赛区组委会送交全国前编号）： 全国评阅编号（由全国组委会评阅前进行编号）：
A 题：基因序列分析 摘要 本文通过对比HIV病毒基因序列，找出不同阶段的DNA基因序列的异同，进而分析基因位点的相关性，从而对比找出HIV病毒基因序列中较为重要的位点，为HIV病毒研究提供更多的研究方法与思路。 针对问题一：我们利用点矩阵分析及统计各碱基含量的百分比的方法，对比两文件中具有相同序列名的基因序列及具有不同序列名的基因序列，找出两者的异同，得出结论。两者的相似性表现在：同名序列具有子序列关系，不同名序列具有相当的相似性，各种碱基的含量具有稳定性。两者的不同点表现在：基因规模有很大差异，不同名序列出现了具有突变特点的基因序列差异。 针对问题二：我们首先利用DNAwalk法对HIV病毒基因序列位点进行分析，在分析的过程中发现由于基因和基因组序列中存在着高度的不均一性，即不同位置的碱基密度存在着很大的差异，因而DNAwalk法不太适合基因序列的分析，转而使用DFA模型对HIV 基因的相关性进行分析和度量，得出了与DNAwalk模型相同的结论。 针对问题三：在前两问的分析基础上，结合前两问的分析结果及HIV病毒高度变异性的特点，我们得出重要的基因位点应满足下列条件：1、该基因位点位于Ⅱ基因序列，2、该基因位点所在序列的序列名应不同于Ⅰ中的序列名，3、该基因位点在问题二的分析中具有较高的相关性。 关键字：矩阵分析 DNAwalk DFA模型
问题重述 人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus，HIV)，简称艾滋病病毒，会造成人类免疫系统的缺陷, 导致艾滋病（AIDS）. HIV基因组翻译成蛋白的过程相对复杂, 它会重复交叉使用某些基因片段。病毒序列在进化和传播的过程中主要是envelope 基因变化很快。详细描述可见HIV的生活史。由于现有的抗艾滋病病毒药对HIV无法根治，因此就将“责任”归咎高变异性. 目前, 很多的HIV序列已经被测定出来, 附件给出了一些HIV的序列. 我们试图通过对HIV序列的分析来断定这些序列上哪些位置比较重要, 从而给艾滋病的研究一些帮助. 例如, 某些位置上的突变可能会影响到HIV的传播机制, 如果我们瞄准这些位置设计药物, 可能会对艾滋病的传播起到抑制作用. HIV基因组序列大约长10k，HIV1_GENOME_DNA.fasta包含了1400余条基因组的序列，因为在序列突变的过程中，有一些核酸会消失，这些消失的核酸在文件中使用”-“来表示。表示此处发生了一次删除突变。也就是说, 文件中所有序列都是”对齐”的. 这样, 我们可以知道这些序列中某一个特定位点上核酸的分布情况. 另外，HIV基因组中包含了若干个编码蛋白质的基因，编码后的蛋白质可以行使病毒传播，致病等功能。HIV1_ENV_DNA.fasta是其中一个编码蛋白质基因的序列，HIV1_ENV_PRO.fasta是编码后的蛋白序列。它们同样是已经比对好的。基于以上说明，我们来分析如下问题： (1)对于HIV1_ENV和HIV_GENOME的DNA序列，构造数学方法对序列的位点进行分析， 指出这两者之间的异同。 (2)HIV序列位点之间或者某些位点之间是否存在相关性？如果存在，那么如何去度 量这种相关性？ (3)对这些序列进行进一步的分析，找到你认为的HIV中较为重要的位点，并说明这 些位点为什么重要。 知识背景 本文通过对HIV病毒的基因信息进行分析，从而得出HIV病毒基因中比较重要的位点，由于本问题专业性较强，所以我们将先对其中相关知识做出阐述： 1、名词解释： 基因组：Genome,生物所携带的遗传信息的总和，即单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。 基因位点：基因在染色体上占有的特定位置。 染色体：由脱氧核糖核苷酸、蛋白质和少量核糖核酸组成的线状或棒状物，是生物主要遗传物质的载体。因是细胞中可被碱性染料着色的物质而得名。 核糖体：结合着辅助蛋白质因子的多个核糖体RNA(rRNA)亚基组成的细胞器。 碱基：指嘌呤和嘧啶的衍生物，是核酸、核苷、核苷酸的成分。 2、一般细胞遗传信息传递相关原理 DNA转录成RNA，RNA再被翻译成蛋白质执行相应的功能。DNA碱基的序列决定了蛋白质的结构，但DNA并非直接翻译成蛋白质，基因组DNA先通过转录生成信使RNA(mRNA)，单链的mRNA随后将离开细胞核，指导蛋白质的合成。这一过程称为翻译，由核糖体负责完成。构成蛋白质的20种氨基酸通过转运RNA（tRNA）的作用到达核糖体，在核糖体的作用下，mRNA分子的核苷酸序列被翻译成相应的氨基酸，形成肽键。
基因组序列的差异分析
基因组序列的差异分析 ----mVISTA的在线使用说明 当然，除了在线版的，我们还可以在网站上填写信息申请离线的软件。但我试用了一下，需要先自己比对，然后要按照一定的格式来制作文件，当然你还必须得安装java才能运行软件；总之，我感觉没有在线版的方便。 1 将数据放入服务器中 在首页，你将被要求确定你想要分析的基因组序列的数量。输入这个数字之后，点击“提交”，将带你到主提交页面。 mVISTA服务器最多可以同时处理100条序列。 1.1主提交页面必填的内容 E-mail 地址 通过E-mail，我们可以提示你的在线处理已经得到结果。
序列 你可以用2种方式来上传你的序列： 1.使用“Browse”按钮从你的电脑上，上传纯文本的Fasta格式文件。如果是一个作为参 考的生物体的DNA序列必须作为一个contig提交(可以进行一定的定向排列将多个片段合并为一个contig)，而其他非参考序列可以在一个或多个contig中提交(draft)。 Fasta格式的示例序列(您可以在NCBI站点上找到关于该格式的更多细节)： >mouse ATCACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTCTCTCT … ！！！注意:序列里面我们只接受字母CAGTN和X。请确保提交序列是作为一种纯文本格式，而不是Word或HTML文件格式。 如果您以FASTA格式提交序列，我们建议您为它取一个有意义的名称（比如直接是你的物种名之类的），因为这些名称将出现在我们生成的图形中。如果您使用的是一个draft草图序列，那么结果中每个contigs的命名都将按照您在“>”符号后指示的命名进行。 2.您可以给出它的GenBank登录号，系统将自动从GenBank数据库里进行检索序列。 在这两种情况下，序列的总大小都不应超过10M，而且任何一条序列都不应超过2M。 1.2主提交页面选填的内容 这些选项允许您自定义您的VISTA分析。您可以使用独立获得的基因注释，选择合适的Repeat Masker选项，给分析的序列指定名称，并改变序列保存分析的参数。如果您没有填写这些选填选项，我们将使用它们的默认值。 比对程序 根据您分析的具体内容(参见“about”-链接中的详细信息)，您可以选择以下比对程序之一：1、AVID----全局两两比对。如果您选择使用这个程序，其中一个序列应该被完成比对，其他 所有序列可以完成或以草图draft格式完成。对于集合中所有已完成的序列，AVID生成所有相对所有成对的比对结果，可以使用任何序列作为基础(参考)来显示。如果某些序列是草图格式，AVID将生成它们与最终序列的比对，这将被用作基础(参考)。这是该服务器上唯一可以处理草图序列的比对程序。 （小知识：草图序列与完整序列DNA sequence, draft: Sequence of a DNA with less accuracy than a finished sequence. In a draft sequence, some segments are missing or are in the wrong order or are oriented incorrectly. A draft sequence is as opposed to a finished DNA sequence.）2、LAGAN----完成完整序列的全局两两比对和多重比对。如果某些序列是草图格式，您的查 询将被重定向到AVID以获得两两比对。多重比对将由VISTA可视化，它将计算并显示序列的保守区，以您指示的任何序列作为参考。这是该服务器上唯一能够产生真正的多重
BLAST_核酸氨基酸序列相似性比较
BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较 Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLA ST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。 BLAST的功能 BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。 BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(19 90)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。从最初的BLAST发展到现在NC BI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要 么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。 所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。 通常根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来决定选用何种BLAST。假如是作核酸－核酸查询，有两种BLAST供选择，通常默认为BLASTN。如要用TBLASTX也可，但记住此时不考虑缺口。 BLAST适用于本地查询。可以下载公共数据库，对于该数据库的更新和维护是必不可少的。如果要直接到网上查询也可以（即ＮetＢlast），但记住如果你认为自己的序列很有价值的话，还是谨慎为宜。 如何访问在线的BLAST功能服务? 您只要通过浏览器访问Blast主页(https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/) 。所有的查询和分析都通过浏览器来完成，就象您在您的本地机上一样方便和快捷。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
实验--基因结构预测分析
学院：______ 班级:_______ 学号:_________ 姓名:__________ 成绩：______ 实验五基因结构预测分析 目的： 1、熟悉并掌握从基因组核酸序列中发现基因的方法。 内容： 1、用NCBI的ORF Finder分析原核生物核酸序列或真核生物的cDNA序列中的开放阅读框； 2、使用GENSCAN在线软件预测真核生物基因； 3、使用POL YAH在线预测转录终止信号； 4、使用PromoterScan在线预测启动子区域。 操作及问题： 随着测序技术的不断发展，越来越多的模式生物启动了全基因组测序计划，完成全基因组测序的物种也越来越多，使得基因结构和功能的预测成为可能。同时，通过基因组文库筛选也可得到目的基因所在克隆。获得克隆序列后，同样也需要对目的基因做结构预测以便指导后续功能研究。本实验介绍几种常用的基因预测分析工具，预测核酸序列的开放阅读框、转录终止信号、启动子、CpG岛等信息。 一、开放阅读框（open reading frame，ORF）的识别 ORF是指从核酸序列上5’端翻译起始密码子到终止密码子的蛋白质编码序列。原核生物与真核生物的基因结构存在很大不同，真核生物的ORF除外显子（平均150bp）外，还含有内含子，因此真核生物基因的预测远比原核生物复杂。 （一）利用NCBI ORF Finder预测原核生物核酸序列或真核生物的cDNA序列中的开放阅读框。https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/gorf/gorf.html 1、在NCBI上查找AC 号为AE008569 的核酸记录。（见实验五中的AE008569.mht） 问题1：这个序列的名称？ 问题2：这个序列来源物种所属的生物学大分类？
实验三蛋白序列比对到基因组
实验三蛋白序列比对到基因组（GeneWise and exonerate）实验目的 1）了解基因结构，acceptor, sponsor 等概念 2）理解将蛋白序列比对到基因组的应用 3）掌握利用GeneWise 将蛋白序列定位到基因组上并得到基因结构 实验数据及软件 ftp://172.28.137.55/pub/lab_materia/biosoft/lab03/ 1、Genewise 简介 Genewise 是EBI 的Ewan Birney
基因序列分析的步骤和方法
基因序列分析的步骤和方法 拖鞋兰，大陆也有叫“鞋兰”的，指的是兰科植物中，它的下花瓣变形成奇特袋状花器一族的总称，中文名称的由来是源自于英文对这一族群的俗称”Lady Slipper Orchids”，当年订定这一花种中文名字的植物学者就将其直译为「拖鞋兰」，说真格的，这名称有点失之粗鄙，实在很难从字义上去意会这一群具观赏价值，又饶富趣味的兰属是甚么样子；做为商品的推广，近年来有不少有心人呼吁为其另立新词，吾人宁愿称其为「仙履兰」，即表达其传奇、趣味，又隐含高贵气质之意，同时也符合其中一属的学名。属于兰科，杓兰亚科，有四种遗产基因：凤仙花、Phragmipedium、Selenipedium和Mexipedium Google图片搜索：Google Image Search 为了访问在美国欧洲的基因数据库肯能要使用twisted，是python2.7的标准库。- 序列分析的步骤： 首先查看科学论文数据库例如，PubMed 从基因数据库例如GenBank中下载序列文件 https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/DIST/docs/tutorial/examples/ls_orchid.fasta https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/DIST/docs/tutorial/examples/ls_orchid.gbk 把序列信息转换成python可用的数据结构； 分析阶段：翻译、转录、权计算、k最近邻居、朴素贝叶斯算法等等 >>> from Bio import SeqIO >>> for seq_record in SeqIO.parse("ls_orchid.fasta", "fasta"): ... print seq_record.id ... print repr(seq_record.seq) ... print len(seq_record) ...... Found 94 records The last record Z78439.1 Seq('CATTGTTGAGATCACATAATAATTGATCGAGTTAATCTGGAGGATC
功能基因的序列比对方法
<1>.切除载体和(或)引物 a.打开所有的原始引物序列于一个EditSeq的窗口中 b. export all as one c.保存 d.打开这个保存的文件，开始切除载体和引物 e.选择载体插入点两侧的序列(10-15个的样子)搜索注意：不存在正反向的问题，都是一个方向，因为测序的时候是选择两个载体上的引物其中的一条来往后测序的！ 切完之后另存为 f.重新打开这个文件，开始切除引物 方法同切载体，但是要注意正反向的问题。比如mcrA基因，其引物为 Forward: 5'-GGTGGTGTMGGATTCACACARTAYGCWACAGC-3' Reverse: 5'-TTCATTGCRTAGTTWGGRTAGTT-3' 先找Forward 5’端，此时只找到的部分序列。切去5’端。 然后再切这些切掉5’端序列的3’端的序列，此时其3’端序列应该是Reverse 的反向互补序列。 切去这个反向互补序列，这样一来这个些序列就已经被切去两端的引物了。 但此时还剩下另一部分未切除任何引物的序列，此时记下这些序列的编号，先切去Reverse 5’端。 再用Forward 的反向互补序列切去3’端，这样剩下的序列也都被切除两端的引物了。 <2>将所有序列调整为同向序列：
a.选择前面记录编号的序列，将这些序列一个个都转换为其反向互补序列。这样一来所有的序列都成为同向序列了，即在DNA两条反向互补链的其中一条上的比较了。 b.保存该文件 <3>生成OTUs Google 搜索”Fastgroup II” 或grouping--注意勾选的选项) Choose method 里面相似度可以选97%或98% 提交之后出现的窗口如 可以看到被分为了10个OUT 每个OUT都自动选择了一个代表序列。全选将其复制到word中，备用。并把其中的那些代表序列都复制下来粘贴到TXT 保存。 <4>寻找嵌合体:一般是对16S rRNA来说的 两个网站： (或搜decipher chimera) (或搜bellerophon chimera check) <5>翻译 网站： 在保存有OTUs的TXT文件中，一个一个翻译成蛋白质序列。最后保存。 在用Expasy翻译的时候选择第二个选项 点击翻译
基因序列分析软件DNAStar简介
生物信息 基因序列分析软件DNAStar简介 郑伟文，林营志，刘波，曹宜，苏明星，朱育菁，蓝江林，车建美，郑斯平，陈坚 （福建省农科院生物技术中心） 1．设计公司 Sequence Analysis Software for Macintosh and Windows，GETTING STARTED，Introductory Tour of the LASERGENE System，MAY 2001，L A S E R G E N E f o r W i n d o w s & M a c i n t o s h，DNASTAR, Inc.，1228 South Park Street，Madison, Wisconsin 53715，(608) 258-7420，Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.，All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is，prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.，Sixth Edition, May 2001，Printed in Madison, Wisconsin, USA，Trademark Information。 2．应用程序 在安装Lasergene网络系统之前要熟悉以下术语：应用程序：指EditSeq, GeneMan, GeneQuest, MapDraw，MegAlign, PrimerSelect, Protean, and SeqMan II。应用程序服务器：是指存储应用程序的电脑，通常与dongle 服务，器是同一个服务器，但也可以不同，当在局部硬盘上安装网络程序，时，也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务，器，而且应用程序服务器不一定是苹果机，储存应用程序的机器也不一定必须能够运行该程序，仅仅是储存而已。 3．安装方式 3.1通过英特网升级 如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。 必备条件您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。 3.2程序升级 备份您已有的Lasergene，找到您要升级的执行程序，并把它转移到备份的文件夹中。连接到DNAstar 网站的主页(https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,)，从菜单中的Customers中点击Lasergene Updates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面。找到windows软件（Windows 95/98/NT Software.），就可以下载您想要的模块了。模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩完毕。 看到“Application name”has been updated.说明升级完毕。 3.3软件安装 从CD在PC机（Windows）上安装Lasergene。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。必备条件，一张个人的Lasergene安装盘；一张Lasergene软件光碟；足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。从光盘安装Lasergene，插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则出现下面的窗口，点击继续，则出现安装窗口。随后一次出现下面窗口，请按照提示做出选择然后点击Next，直至完成安装（图1）。
Gene 序列分析
Gene 序列分析 原文https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/vionit/blog/item/98edb0dc706167a2cc116651.html 核酸和蛋白质序列分析 在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原性位点预测，可以对基因编码蛋白的性质作出初步判断和预测。尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为膜蛋白，这对确定实验研究方向有重要的参考意义。此外，通过相似性搜索、功能位点分析、结构分析、查询基因表达谱聚簇数据库、基因敲除数据库、基因组上下游邻居等，尽量挖掘网络数据库中的信息，可以对基因功能作出推论。上述技术路线可为其它类似分子的生物信息学分析提供借鉴。本路线图及推荐网址已建立超级链接，放在北京大学人类疾病基因研究中心网站（https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/science/bioinfomatics.htm）,可以直接点击进入检索网站。 下面介绍其中一些基本分析。值得注意的是，在对序列进行分析时，首先应当明确序列的性质是mRNA序列还是基因组序列？是计算机拼接得到还是经过PCR扩增测序得到？是原核生物还是真核生物？这些决定了分析方法的选择和分析结果的解释。 （一）核酸序列分析 1、双序列比对（pairwise alignment） 双序列比对是指比较两条序列的相似性和寻找相似碱基及氨基酸的对应位置，它是用计算机进行序列分析的强大工具，分为全局比对和局部比对两类，各以Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法为代表。由于这些算法都是启发式（heuristic）的算法，因此并没有最优值。根据比对的需要，选用适当的比对工具，在比对时适当调整空格罚分（gap penalty）和空格延伸罚分（gap extension penalty），以获得更优的比对。 除了利用BLAST、FASTA等局部比对工具进行序列对数据库的搜索外我们还推荐使用EMBOSS软件包中的Needle软件（http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS/），和Pairwise BLAST （https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/BLAST/）。以上介绍的这些双序列比对工具的使用都比较简单，一般输入所比较的序列即可。 （1）BLAST和FASTA FASTA（https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/fasta33/）和BLAST（https://www.wendangku.net/doc/cb11551986.html,/BLAST/）是目前运用较为广泛的相似性搜索工具。这两个工具都采用局部比对的方法，选择计分矩阵对序列计分，通过分值的大小和统计学显著性分析确定有意义的局部比对。使用FASTA和BLAST，进行数据库搜索，找到与查询序列有一定相似性的序列。一般认为，如果蛋白的序列一致性为25-30%,则可认为序列同源。 BLAST根据搜索序列和数据库的不同类型分为5种（表2），另外PSI-BLAST通过迭代搜索，可以搜索到与查询序列相似性较低的序列。其中BLASTN、BLASTP在实践中最为常用，TBLASTN 在搜索相似序列进行新基因预测时特别有用。 使用BLAST时，先选择需要使用的BLAST程序，然后提供相应的查询序列，选择所比对的数据库即可。 (2)Needle和Pairwise BLAST：其中Needle适用于蛋白质和DNA序列，而Pairwise BLAST仅适用于DNA序列（3）相似性和同源性：必须指出，相似性（similarity）和同源性( homology)是两个完全不同的概念。同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的