FastDNA土壤样品提取试剂盒

FastDNA土壤样品提取试剂盒--上海金畔一、金畔生物介绍

上海金畔生物科技有限公司提供生命科学研究领域系列产品，包括色谱标准品、生化试剂、诊断试剂、实验耗材和仪器。标准品和试剂包括分子质量测量标准品、固体标准品、液体标准品、修饰性PEG等。免疫诊断试剂包括酶、单克隆抗体、多克隆抗体和ELisa试剂盒等多种产品。耗材和仪器包括培养基、移液器、动物饲料、离心机等实验室常用仪器耗材。因此我们拥有广泛的客户群，覆盖药物分析、食品安全、聚合物分析、环境监测、物化工程和生物制药等领域，主要客户广泛分布于食品、制药、政府机构、第三方检测、环境测试机构、化工、科研、生物工程等行业。

二、产品介绍

产品介绍

FastDNA?土壤样品提取试剂盒，可在30分钟之内，快速、有效地从土壤以及其他环境样品中提取基因组DNA。

FastDNA? Spin Kit for Soil（土壤基因组DNA提取试剂盒）用于从土壤中的所有生物包括细菌、酵母菌、真菌、藻类、线虫类甚至真细菌的孢子、芽孢中提取基因组DNA。而且它还可以提取其他环境样品的DNA，如沉积物、排泄物、废水、雪水等。只需500mg的样品即可得到足够的DNA。

适用研究范围

土壤样品，粪便样品，环境水样，废水样品，淤泥样品，沉积物，排泄物，废水及雪水等环境样品

试剂盒组成

货号品名规格

6914-050 Lysing Matrix E 50×2ml

6540-403 PPS（Protein Precipitation Solution） 25ml

6560-203 PPS FOR SOIL KIT 25ml

6540-408 Binding Matrix(DNA Binding Matrix Solution) 66ml

6540-405 SEWS-M(Salt/Ethanol Wash Solution) 12ml

6540-406 DES(DNA Elution Solution-Ultra Pure Water) 20ml

6560-205 Sodium Phosphate Buffer 60ml

6540-407 BBS gel loading dye 200ul

6511-202 MT Buffer 8ml

6560-210 SPIN Filters 50

6560-211 Catch Tubes 50

实验者需自备的仪器及耗材

FastPrep? Instrument （fastprep 仪器）Microcentrifuge that can freely spin 2.0 ml tubes （可装载2.0ml管子的离心机）

Microcentrifuge tubes (2.0 ml and 1.5 ml) （可装载1.5和2.0ml管子的离心机）

Clean 15 ml tubes for DNA binding （干净的15ml管用于DNA结合）Rotator or low-speed vortex (振荡器)

实验操作步骤说明（有Fastprep仪器情况下）

试剂准备：

1. 使用前先在SEWS-M Wash Solution中加入100 ml 100%的乙醇，混匀。在瓶子上做好标记，密闭储存于室温条件。

提取步骤：

1. 在样品处理管E中加入至多500 mg的土壤样品

2. 将978 μl的Sodium Phosphate Buffer加入到样品处理管E中

3. 再加入122 μl的 MT Buffer

（为了得到良好的样品处理效果，请在加入土壤样品及两个缓冲液后，在样品处理管中仍能保留有250 – 500μl 空间）

4. 将样品置于FastPrep?仪器上，样品处理条件一般为，时间：40秒，速度：6.0

（如果样品需要额外的处理时间，请在间隔期将样品处理管在冰上孵育至少2分钟，以免样品过热）

5. 14,000 x g离心5~10分钟

（如果把离心时间延长到15分钟，可以更好地使样品量较大的；或者细胞壁结构较复杂的细胞的碎片沉降到管底）

6. 将上清转移到一个干净的2.0 ml离心管中。加入250μL的PPS溶液（蛋白质沉淀溶液），用手摇晃10次，使之充分的混合。

7. 14,000 x g离心5分钟，将上清转移到一个干净的15ml管中

(此处也可使用2Ml管，但使用大管子能获得更好的混合和DNA绑定效果)

8. 重悬硅珠（Binding Matrix）溶液，将1.0 ml重悬液加入该15ml管中。

9. 使用振荡器或者手动震荡2分钟，将DNA绑定在硅珠上。将管子置于管架上，静置3分钟，使硅珠沉淀下来。

10. 小心地移除500μl的上清液，避免吸取到沉淀下来的硅珠。

11. 将硅珠在剩余的上清液中重悬。转移约600μl的重悬液至SPIN? Filter中，14,000 x g离心1分钟。弃去接液管中的废液，将15ml管中剩余的重悬液转移到SPIN? Filter再次离心弃去废液。

12. 加入500 μl事先准备好的SEWS-M溶液，用枪头轻轻吹打，小心地重悬沉淀。

13. 14,000 x g离心1分钟，弃去废液。

14. 不加其他溶液，将SPIN? Filter 14,000 x g离心2分钟，除去残留的SEWS-M溶液。弃去接液管，更换一个新的、干净的离心管。

15. 将SPIN? Filter置于室温下晾干5分钟

16.轻轻地用50-100 μl 的DES溶液（或者无菌/无DNA酶的水）重悬SPIN filter上的硅珠

（为了避免过度稀释纯化出的DNA，请尽量减少DES溶液的量，55?C孵育5分钟能帮助提高纯化产物的得率）

17. 14,000 x g离心1分钟使溶解的DNA转移到接液管中。弃去SPIN? Filter

（得到的纯化产物可直接用于PCR等其他下游的操作，4°C使用前保存或者-20°C长期保存。）

技术优势

1. 能有效的处理土壤样品中一些很难处理的组分如：真细菌孢子（eubacterial spores）、内芽孢（endospores）、格兰仕阳性菌（gram positive bacteria）、酵母（yeast）、线虫（nematodes）、海藻（algea）、真菌（fungi）等。

2. 样品处理过程中使用的 MT Buffer和Sodium Phosphate Buffer可在整个提取过程中有效的保护核酸，并最大限度的降低RNA污染。

3. 基于硅珠的纯化方法，可有效地去除腐植酸、多元酚等PCR抑制物

4. 纯化所得的DNA可直接用于PCR、酶切都后续实验之中。

5. 对腐植酸含量特别高的样品，附加额外的处理方法。

注：对于去除腐植酸的方法

在使用以下任何一种方法之前，请预先准备5.5M的异硫氰酸胍（Guanidine Thiocyanate）溶液

方法A：

1.当操作到土壤DNA提取试剂盒的第九步时，使用14,000 x g (~约5秒)的短时离

心替代硅珠的自然沉降，移除上清。

2.用1ml事先准备好的异硫氰酸胍溶液洗涤、重悬硅珠。

3.14,000 x g (~约5秒)短时离心该离心管，除去上清。

4.重复上述的洗涤步骤，直到硅珠恢复到原先的颜色。

5.最后一次洗涤之后，用1ml的异硫氰酸胍溶液重悬硅珠，将600μl重悬液转移到

SPIN filter里，14,000 x g离心1分钟。

6.移除接液管中的废液，将剩余的重悬液转移至SPIN filter里，14,000 x g离心

1分钟，弃去废液。

7.从提取试剂盒操作说明的第十二步开始继续操作。

方法B：

1.将下列成分混合于1.5ml的离心管中，组成腐植酸洗涤液：

978 μl Sodium Phosphate Buffer

122 μl MT Buffer

250 μl PPS

2.充分混匀后，全速离心1分钟，将上清转移到一个新的离心管中（容量大于或等

于2ml）

3.加入等体积的5.5M的异硫氰酸胍溶液、混匀。

4.完成了土壤试剂盒操作说明中的第九步后，将500μl的腐植酸洗涤液加入SPIN

filter

5.14,000 x g离心1分钟，弃去废液。

6.重复上述的洗涤步骤，直到硅珠恢复到原先的颜色。

7.从提取试剂盒操作说明的第十二步开始继续操作。

实验操作步骤说明（没有Fastprep仪器情况下）

1.称取0.3 g~0.4 g样品加入Lysing Matrix E Tube 中。（注意：需保证加完样品及所需溶液后，管中应留出不少于200 μL空间）

2.加入978 μL SPB，加入122 μL MT Buffer。

3.盖紧Lysing Matrix E Tube的盖子，将离心管置于涡旋混合仪上，对管内物质进行震荡破碎均质化，时间设定为40 s~50 s。（注意：时间不可过长，有可能打断基因组DNA片段降低提取质量）从各个角度都可以震荡一下，不要光是底部。

4.在8000 r/min转速下离心15 min，有利于去除体积较大或具有复杂细胞壁结构的样品碎屑。

5.将上清液用大口枪头吸出转入1.5 mL的微离心管中，加入250 μL PPS，手持离心管晃动10次以混匀。

6.在8000 r/min下离心5 min，用大口枪头将上清液转移至5 mL离心管中。

7.摇匀Binding Matrix后，吸取1.0 mL加入上一步离心管中。

8.将离心管上下颠倒2 min后，静置3 min，使DNA附着于Bingding Matrix上，并等待二氧化硅基质沉淀。（这一步根据沉淀情况时间可以适当延长）

9.小心移除600 μL上清液，避免吸出沉淀物。

10.将剩余的上清液与沉淀物重新混匀，吸取约600 μL混合液移入SPIN Filter中，8000 r/min

下离心1 min。

11.倒掉收集管中的液体，1重复上一步操作直至5 mL离心管中的液体吸尽。

12.加入已制备好的SEWS-M溶液500 μL，用小枪头小心混匀后，8000 r/min下离心1 min 后，弃去收集管中的液体。

13.为更好的去除杂离子，重复第12步，更换为1.5 mL离心管。

14.在8000 r/min下离心2 min，去除残留的SEWS-M溶液，然后更换为干净的1.5 mL离心管。（若发现残余溶液较多，可重复此步骤）

15.在室温下，将SPIN Filter风干5 min。（时间可以更久一些）

16.往SPIN Filter加入80 μL DES溶液，用小枪头小心使之与Binding Matrix混匀，65℃水浴15 min（有利于DNA的溶出）。8000 r/min下离心2 min，可得到约50 μL的DNA溶液。再加入80 μL DES溶液重复第16步操作，一共可得到约100 μL的DNA溶液。

17.弃去SPIN Filter，将提取好的DNA存于-20℃冰箱保存。

订购信息：

货号品名规格库存

6560-200FastDNA? SPIN kit for Soil50prep长期现货

参看文献

Soil -

Jacob B?lum et al. (2006). Appl. Envir. Microbiol., Vol 72: 1476 - 1486. Sediment -

Tracy J. Mincer et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 7019 - 7028. Snow samples -

Takahiro Segawa et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 123 - 130. Feces -

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Francis C.A. et al. (2005). PNAS. Vol 102: 14683 – 14688

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Akira Ando et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol. 71: 7075-7082

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