SNP 单核苷酸多态性
SNP
SNP，念法为〔snIp〕，全称Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种,即转换和颠换,二者之比为2：1[1] 。SNP 在CG 序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T ,原因是CG中的C 常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言,SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×10E6 个。因此,SNP成为第三代遗传标志,人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。
理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的。这种变异可能是转换(C T，在其互补链上则为G A)，也可能是颠换(C A，G T，C G，A T)。转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3，其它几种变异的发生几率相似。Wang等的研究也证明了这一点。转换的几率之所以高，可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。
在基因组DNA中，任何碱基均有可能发生变异，因此SNP既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。总的来说，位于编码区内的SNP(coding SNP,cSNP)比较少，因为在外显子内，其变异率仅及周围序列的1/5。但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，因此cSNP的研究更受关注。
从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种：一种是同义cSNP(synonymous cSNP),即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；另一种是非同义cSNP(non-synonymous cSNP),指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。cSNP中约有一半为非同义cSNP。
先形成的SNP在人群中常有更高的频率，后形成的SNP所占的比率较低。各地各民族人群中特定SNP并非一定都存在，其所占比率也不尽相同，但大约有85%应是共通的。
2、 SNP适于快速、规模化筛查。组成DNA的碱基虽然有4种，但SNP一般只有两种碱基组成，所以它是一种二态的标记，即二等位基因（biallelic）。由于SNP的二态性，非此即彼，在基因组筛选中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的长度，这就利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。
第一代遗传标志:限制性片段长度多态性RFLP5[];第二代遗传标记为微卫星标志MS,又称短串联重复STR,是指DNA基因组中小于10个核昔酸的简单重复序列,在染色体上分布较均匀,信息量明显高于RFPL成为遗传连锁分析的有用标志6[]。同时MS也成为物理图谱的标志,从而促进了遗传图谱与物理图谱的整合7[];第三代遗传标志:单核昔酸多态性标志s砷,主要是指在基因组水平上由单个核昔酸的变异所引起的DNA序列多态性。
目前人类疾病基因定位的理论策略主要包括以下三种分析方法:基于连锁(Linkgae)的分析方法、基于关联(Associatino)或连锁不平衡LD伍nikageDiseuqiilbrium)的分析方法和基因芯片表达数据分析方法。这几种方法都是非常有用的工具,并且在搜寻潜在复杂性状的基因时,三者可以相互补充。
基因定位的连锁分析方法一般是以有关遗传标志为“路标”,以被定位基因与其连锁基因的重组率为“遗传学距离”,进行基因定位。连锁分析考察同一染色体上两个基因座的物理距离是否相临近。两个连锁的(物理上临近的)基因座上等位基因更易于一起分离,即它们一起作为一个单位由父母传递给后代,这种现象偏离了自由组合的孟德尔第二定律。人们认为,已知的标记系统和待推定的疾病基因座之间的连锁证据是此疾病由一种遗传机制造成的最有力的统计证据。连锁分析仅涉及到基因座的位置,用位置来定位基因,而不考虑此基因的生化功能。这种方法称为“定位克隆”(Positionaleloning)[“]。一个家庭中父亲(母亲)的两个基
因座上等位基因由于连锁而共同分离的情况可能与另一个家庭中发生的分离情况不同。由连
锁而发生的共分离现象只能在家庭内部才可以观察到,因此,考察连锁必须有家庭数据。连锁分析方法主要分为基于模型的参数分析法,及与模型无关的非参数分析法。基于模型的参数分析
法如对数优势记分法,在分析前要已知所研究性状的遗传模式、等位基因的数目及每种基因型的外显率,分析中仅仅未知的变量是重组率夕。非参数方法中常是通过测量家系中两个患病或两个非患病个体或一个患者及一个非患者标记基因的相似程度来判断致病基因与标记基因是否连锁,这种相似或相异程度常用同胞或亲属对间共享mo(IdenticalByoescent)或BIs(IdenticalBystate)的概率来评价,主要的非参数方法有患病同胞对法和患病家系成员法。
关联研究和连锁不平衡分析是一种基于观察的标记位点等位基因与致病基因位点间存在连锁不平衡LD的分析法。连锁不平衡表示两位点是紧密连锁的,两位点越靠近则LD程度越强。因此,标记位点与致病基因越近、突变率越低、杂合度越高,用标记检出致病基因位点的机率就越高。主要的关联分析方法有群体关联分析和以家系为基础的连锁不平衡分析。传统的病例一对照研究是基于群体而非家系的疾病关联分析,它通过随机选择病例和对照,然后比较其在标记等位基因和基因型频率上的差异来说明位点与疾病的关联性。其缺点是:阳性结果可能由混杂因素造成,如不同分层人群(straitfidePpoulaitno)s混杂在一起造成的虚假联系。为了克服不同分层人群混杂的影响,相应产生了基于家庭的病例一对照研究方法。近年来有人提倡用患者核心家系成员(双亲及同胞)作为相关分析对照组,如单倍型相对风险率分析HRR(HpalotyPeRelative瓦Sk)[`2]及传递/连锁不平衡分析ToT(TransmissionoisequilibriumTe)st【`'】等,其中较受推崇的是TDT。
连锁分析与关联分析在鉴定复杂性状基因上有一定的局限性,用这些方法很难发现大量相关基因的交互作用。而基因芯片表达数据,一份基因芯片表达数据通常包含上千个基因的表达水平,因此包含了基因间的相互影响的大量的生物信息。
基因芯片技术是90年代的重大科技进展之一,既有重要的基础研究价值,又有明显的产业化前景。基因芯片(gneechip)也叫DNA芯片或DNA微阵列。采用原位合成或显微打印技术,将大量的DNA探针固化于硅片等支持物表面,产生二维DNA探针阵列,然后与标记的样品进行杂交,检测杂交信号的强度及分布,进而对靶分子的序列和数量进行分析,可以快速、并行、高效地检测基因表达水平。
目前,常用的统计分析方法有差异表达分析,聚类分析。差异表达分析通过组间比较,找到那些在不同组织之间和同一组织的不同条件和状态(如正常与有病)下的有差异表达的基因,差异性表达分析常用到一些参数方法,如t检验、方差分析与线性模型。聚类分析则将有相似表达行为的基因进行归类。目前人类疾病基因定位的理论策略主要包括以下三种分析方法:基于连锁(Linkgae)的分析方法、基于关联(Associatino)或连锁不平衡LD伍nikageDiseuqiilbrium)的分析方法和基因芯片表达数据分析方法。这几种方法都是非常有用的工具,并且在搜寻潜在复杂性状的基因时,三者可以相互补充。
基因定位的连锁分析方法一般是以有关遗传标志为“路标”,以被定位基因与其连锁基因的重组率为“遗传学距离”,进行基因定位。连锁分析考察同一染色体上两个基因座的物理距离是否相临近。两个连锁的(物理上临近的)基因座上等位基因更易于一起分离,即它们一起作为一个单位由父母传递给后代,这种现象偏离了自由组合的孟德尔第二定律。人们认为,已知的标记系统和待推定的疾病基因座之间的连锁证据是此疾病由一种遗传机制造成的最有力的统计证据。连锁分析仅涉及到基因座的位置,用位置来定位基因,而不考虑此基因的生化功能。这种方法称为“定位克隆”(Positionaleloning)[“]。一个家庭中父亲(母亲)的两个基因座上等位基因由于连锁而共同分离的情况可能与另一个家庭中发生的分离情况不同。由连锁而发生的共分离现象只能在家庭内部才可以观察到,因此,考察连锁必须有家庭数据。连锁分析方法主要分为基于模型的参数分析法,及与模型无关的非参数分析法。基于模型的参数
分析哈尔滨工业大学工学硕士学位论文聚类分析可分为两类:无监督的聚类分析与有监督的聚类分析【`“】。
2.SNP的检测：
以下介绍的READIT? SNP基因多型性系统即为一种基因多型性和SNP检测的新技术，制造公司为Promega。
READIT?测试可检测PCR样品的特异序列，确定特异序列存在时便产生信号。具有特定序列的片段，经由特异性杂交及两个热稳定酶的作用(READase?聚合酶和READase?激酶)，产生扩增作用并产生ATP。再加入荧光素酶/荧光素试剂，即可产生仪器能检测的荧光，再经由配备的READIT?计算软件，可将荧光加以分析，并确认每个样品的基因型，因此便可简单地找出SNP基因多型性的存在。这个系统还可以对扩增的样品作插入、缺失、移位及进行病原菌的检测。(10)
单核苷酸多态性（英语：S ingle N ucleotide P olymorphism，简称SNP，读作/snip/）指的是由单个核苷酸—A,T,C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。例如，来自两个不同个体的DNA 片段，AAGCCTA和AAGCTTA为等位基因。几乎所有常见的单核苷酸多态性（SNP）位点只有两个等位基因。单核苷酸多态性（SNP）位点的分布是不均匀的，在非编码区比在编码区更常见。一般来说，自然选择倾向于保留最利于遗传适应性的单核苷酸多态性（SNP）位点。[1]其他因素，如基因重组和突变率也可判断单核苷酸多态性（SNP）位点的密度。[2]
单核苷酸多态性（SNP）的密度可以通过微卫星DNA进行预测。AT微卫星是单核苷酸多态性（SNP）密度有效的检测方式，在单核苷酸多态性（SNP)显著降低及较低GC含量的区域，AT出现大片重复。[3]
在一个种群中，单核苷酸多态性（SNP）可以以次要等位基因频率的形式体现，即那些等位基因频率很低的基因座。单核苷酸多态性（SNP）等位基因的频率在不同人群中具有差异性，因此，常见于某地区或民族的单核苷酸多态性（SNP）等位基因在其他的地区或民族则可能很少见。
DNA指纹图谱是指个体间的遗传变异（尤其是在基因组的非编码区），常被用于法医学。同时，这些遗传变异也构成了人体对疾病易感性的差异，以及疾病的严重程度及治疗效果的差异。例如，载脂蛋白E（APOE）的单碱基突变与阿尔兹海默病发生高风险相关。[4]
人类遗传基因的各种差异，90%可归因于SNP引起的基因变异。在人类基因组中，每隔100至300个碱基就会存在一处SNP位点。每3个SNP位点中有2个会是胞嘧啶（C）和胸腺嘧啶（T）的相互转变。
类型[编辑]
SNP类型
?非编码区
?编码区
o同义
o非同义
?错义
?无义
单核苷酸多态性（SNP）根据其在基因中的位置，可以分为基因编码区、基因非编码区、基因间隔区（基因之间的区域）。由于基因序列的简并性，含有编码序列的单核苷酸多态性（SNP）不一定会改变蛋白的氨基酸序列。
编码区的单核苷酸多态性（SNP）有两种类型:同义和非同义。同义单核苷酸多态性（SNP）并不影响蛋白质序列，而非同义单核苷酸多态性（SNP）则会改变蛋白质的氨基酸序列。
不在蛋白质编码区的单核苷酸多态性（SNP）仍可能影响基因剪接、转录子结合、信使RNA降解或非编码区的RNA序列。受到这种单核苷酸多态性（SNP）影响的基因表达被称为单核苷酸多态性表达（ESNP），可能发生在此基因的上游或下游。
单核苷酸多态性（SNP）可能分布于编码基因段或非编码基因段。由于存在冗余基因序列，编码段中的单核苷酸多态性（SNP）不一定会影响蛋白质中的氨基酸序列。
单核苷酸多态性（SNP）分析[编辑]
用于发现新SNP及检测已知SNP的分析方法包括：
?DNA测序[5]；
?毛细管电泳[6]；
?质谱法[7]；
?单链构象多态性（SSCP）；
?电化学分析；
?变性HPLC与凝胶电泳；
?限制性片段长度多态性；
?杂交分析；
数据库或工作组名称主要特点
SNPedia 维基风格的数据库，可用于支持人类基因组注释，解释和分析
OMIM数据库描述多态性与疾病之间的关联（例如以文本形式给出疾病）
人类基因突变数据库提供人类遗传性疾病和功能性单核苷酸多态性（SNP）的基因突变
GWAS中央允许用户查看目前单个或多个全基因组关联研究（GWAS）的大体水平
国际单核苷酸多态性（SNP）图谱工作组通过校对嵌入的较大克隆体的基因组序列绘制出基因库中每个单核苷酸多态性（SNP）的周围序列[23]
国际人类基因组单体图谱计划在每个项目中研究能识别标记的单核苷酸多态性（SNP）用于确定单倍体的采集
命名[编辑]
单核苷酸多态性（SNP）的命名可能容易混淆：单个的单核苷酸多态性（SNP）可能有几种表现形式，并且尚未达成共识。其中一种单核苷酸多态性（SNP）的书写形式是采用前缀，以及周期和“大于”符号来表示野生型和改变后的核苷酸或氨基酸，如c.76A>T。[24][25][26]如上文所示，通常采用核苷酸多态性数据库的rs号来表示。
单核苷酸多态性分析[编辑]
发现新的单核苷酸多态性位点及检测已知的单核苷酸多态性位点常用的分析方法包括：
?DNA测序；[27]
?毛细管电泳法；[28]
?质谱分析法；[29]
?单链构象多态性分析（SSCP；
?电化学分析法；
?变性高效液相色谱和凝胶电泳；
?限制性片段长度多态性分析；
?杂交分析
单核苷酸多态性模拟及标签单核苷酸多态性 (tag SNP) 免费工具：[编辑] ?GW Asimulator
?PLINK（模块）
标签单核苷酸多态性(SNP)表示基因组中具有高的连锁不平衡的区域中具有代表性的单核苷酸多态性（tag SNP）。它可以识别遗传变异和关联的表型基因分型，而无需在染色体区域每个单核苷酸多态性(SNP)进行基因分型，这减少了与疾病相关的基因组分型(genotyping)的费用和时间，因为它不需要研究每一个个体的单核苷酸多态性(SNP)。国际HapMap计划其中一个应用是由人类基因组图谱，获得标签SNP信息，从而减少了遗传研究的基因组分型的费用和时间。[30]
Tagger是一种可用于评估和基因型数据选择标签单核苷酸多态性(tag SNP) 的工具，可用于如国际HapMap项目的资料。它是由保罗·德·巴克(Paul de Bakker)在马萨诸塞州医院(Massachusetts General Hospital)人类遗传研究中心和哈佛医学院Broad研究院的大卫阿特舒勒和马克- 达利在中心(Labs of David Altshuler and Mark Daly)的实验室开发。[31]
CLUSTAG和WCLUSTAG是免费软件，包含集群和覆盖算法(cluster and
set-cover algorithms)来获得一组标签单核苷酸多态性(tag SNP)位点，用来代表一个染色体区域所有已知的单核苷酸多态性(SNP)。该程序用Java实现，并且可以在Windows平台和Unix环境中运行。它们是由区小勇(SIO-IONG AO)等人在香港大学开发的。[32][33]
3.SNP信息相关网站
怎么找SNP信息网站：
进入Google搜寻网，键入SNP database后按搜寻即可。
以下介绍几个重要的SNP信息网站：
１． TSC website https://www.wendangku.net/doc/c117704434.html,/
TSC（The SNP Consortium Ltd.）是一个非营利性基金会，其组成目的是“发展在人类基因体中超过300万个以上的SNPs的资料、将数据收集成数据库，并且不以智慧财产权法律为限制（without intellectual property restrictions）、公开地向大众提供信息”。网站的主要功能如下：
(1) Allele Frequency/Genotype Project：提供三个世界主要人类族群的6万个SNPs frequency。
(2) The SNP Consortium Linkage Map Project：提供human chromosome的TSC-linkage map查询服务。
(3) All TSC protocols：提供所有SNP实验的相关protocols。
(4) Search the TSC database：提供由internal TSC IDs来搜寻SNPs的服务。
(5) News related to The SNP Consortium：持续提供SNP的相关研究讯息。其网站内亦提供Glossary，以及其他资料查询，是个很丰富的网站。重点是，其一切信息都是免费的。
２． dbSNP Home Page https://www.wendangku.net/doc/c117704434.html,/SNP/index.html
此网站是由NIH之下的NCBI所架设。在网站具有非常庞大的数据库，提供许多不同项目的搜寻服务，且不侷限于人类SNP信息，也提供其他生物的SNP信息。值得一提的是，NCBI在网站中对SNP有简单的介绍，可帮助了解SNP的意义及在各种生物方面的应用。是非常有用的数据库网站。
其他的SNP信息网站：
１．HGBASE-Human Genic Bi Allelic Sequences http://hgbase.interactiva.de/
HGBASE (human genic bi-allelic sequences) is a database of intra-genic (promoter to end of transcription) sequence polymorphism. Its primary purpose is to facilitate genotype-phenotype association studies based upon the rapidly growing number of known， gene related， single nucleotide polymorphisms (SNPs).
２．UDB， The Unified Database http://genecards.weizmann.ac.il/udb/ The Unified Database (UD presents an integrated map for each human chromosome， based on data integrated by the GeneLoc algorithm. ３．SVD - Sequence Variation Database project https://www.wendangku.net/doc/c117704434.html,/mutations/
４． Human SNP Database https://www.wendangku.net/doc/c117704434.html,/snp/human/
可由SNP名称或序列免费查询相关资料，并附有人类23条染色体的chromosome marker map（但没有Y染色体的）
５． JSPN Database http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
日本人的SNP数据库，有SNP的chromosome map（22＋X、Y），并可利用BLAST 作序列比对。
基因定位方法的研究
2
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1引言
目前人类疾病基因定位的理论策略主要包括以下三种分析方法:基于连锁
的分析方法、基于关联或连锁不平衡LD的分析方法和基因芯片表达数据分析
方法。这几种方法都是非常有用的工具,并且在搜寻潜在复杂性状的基因时,
三者可以相互补充。在本文中我们主要对前两种利用遗传标记进行基因定位的方法进行了研究。
在基因病研究中,各种常用遗传分析方法都是建立在一种生物现象一染
色体重组基础之上的,染色体上的两个位点间相距越远,发生重组的机率越高。因此,由标记位点与疾病位点间的重组率可估算出两者间的遗传距离及连锁程度。在家系中,重组率可通过连锁分析的方法进行计算;而在无亲缘关系的群体中,重组以连锁不平衡的形式表现出来,这是进行关联分析的基础。
.22基本概念
(1)连锁与重组率
每个基因都按一定的顺序排列在染色体上,同一条染色体上的基因互相连
锁,倾向于共同地传给子代。另一方面,细胞在第一次减数分裂时,同源染色
体的两条非姐妹染色单体之间可发生交换(crossingove)r,这种交换发生在染色体交叉(Chiasm)a的地方。从而在第二次减数分裂完成后形成的四个配子中可出现基因重组。在两对非等位基因之间发生交换的频率称为重组率(RecombinationFrequency)。一般说来,两对非等位基因之间的相对距离越大,基因交换和重组的概率越高。当两个位点紧密连锁时,则重组率接近于
0。当两个位点在一条染色体上相距很远,则在它们之间染色体发生奇数次交换与偶数次交换的概率大致相等,重组率将接近于0.5,这时难以区分这两个
位点是在同一条染色体上,还是在不同染色体上【`5】。
(2)基因的交叉干涉及图距
基因的交叉干涉(GeneticChiasmnIteerfrence)是指染色体一段区域中发生
交换影响邻近区域中的交换。一般认为,在人类染色体中存在正交叉干涉,即滨工业大学工学硕士学位论文
的方法对统计量Z进行显著性检验,以判断Ml是否成立。
LODS法对连锁的判断能力较强,不仅能确定连锁程度,而且可确定遗传
距离。另外,LODS值计算一般以递归式进行,即数据被分为多个适当大小的
子集,一次计算一个子集,其结果附加到下一个子集中,依次类推。因此,运
用LODS法时,不同家系的计算结果可以相加,无时间限制,直至可做出判断
为止。
当致病基因的遗传模型被正确建立时,LODS法的分析效力高于其它方
法,但作为一种参数连锁分析方法,它对遗传参数如基因频率、基因传递率及外显率等依赖性较大,其分析结果受到遗传模型设定的影响,错误的模型可能会导致错误的结论。因此,该法主要适用于已知遗传方式的单基因遗传病的基因定位。
2
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3
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2非参数分析法
此法不依赖于疾病的遗传模式,被认为是多基因疾病的理想分析法。这是
一种建立在等位基因共享基础上的分析法,其研究对象限于家系中成对的患病成员,通过比较两个患病者在同一座位上获得的来自共同祖先的同一等位基因的频率,将之与按孟德尔独立分离方式所应获得的期望频率相比较,若两者间差异有显著性,则可认为该等位基因与致病基因之间存在连锁不平衡。常用的
非参数分析法有患病同胞对法和患病家系成员法。
(1)患病同胞对法
患病同胞对法AsP(Aeffctedsib一Pai)r[`8】的原理是,如同胞对均为患者,他们将共有带有致病基因的那段染色体,通过标记物确定个体的基因型,可找出
染色体上共有超出理论值的区域,从而对疾病基因进行定位。
APs法分析中引入一个基本概念,即血缘一致性BIo[`9],是指子代中共有
的一段DNA区域或共有的等位基因来源于一个共同祖先。显然,同胞对携带
BID的机会要高于其他亲属对,更明显高于随机孟德尔分离群体20[】。一般来说,当ASP中某个遗传标记的BID超过随机同胞对的5%一10%(P<住05)
时,即可对该标记与某个易感基因存在连锁关系做出初步判断。两组间BID频率的差异可经xZ检验确认。
理想的ASP研究应具备双亲样本资料,以此来判断受累同胞对的标记等
位基因是否同源,即来自双亲中的同一个等位基因。另外,ASP法常需分析大
量的患病同胞对(一般需要400对或更多),才能得出比较满意的结果,取样
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较困难。该法还由于研究对象限于同胞对,因此浪费了许多家系结构所含的信息。这些均限制了ASP连锁分析的应用。
(2)患病家系成员法
患病家系成员法APM(AeffctedPedigreeMember)[2`]是AsP的延伸,其原
理与ASP法相同,只是把研究对象扩展到整个家系的所有成员(包括患病的
成对远亲),从而解决ASP法分析时家系资料不足的问题。APM法与ASP法
不同的是,以分析家系中所有个体的状态一致性BIS以代替BID,即两者在同
一标记座位上存在相同等位基因,不论其是否来源于同一祖先。这造成了它在某些可以确定BID的情况下仍然使用BIS,浪费了一部分信息,所以其分析遗
传标记和易感基因连锁的有效性则比ASP低。它只能确定致病基因与一个较
大的染色体区域的连锁关系,而不能用于致病基因的精细定位。目前,APM
法较多用于同胞对收集较困难的晚发性多基因遗传病的遗传分析。
ASP法和APM法均是对等位基因共享进行估计,结果以最大LODS值
MLs(MxaimumLdocsore)表示。在材料适当的情况下,其分析效能同参数分
析方法相当。因此,非参数分析方法常可用标准的连锁程序进行计算。应用非参数分析方法分析是不需要准确设定疾病的遗传模式,不受遗传参数的影响, 对遗传异质性容许度大,且对系谱材料要求低,所以适用于不符合孟德尔遗传
方式的复杂疾病的连锁定位分析。另外,该法可研究两个不相连锁位点对疾病的联合作用,即多位点分析,以解析复杂疾病易感基因间的相互关系。但非参
数分析法在检出效力及分析可靠性上较参数连锁分析低,它也不能像LODS法
那样得出遗传标记和易感基因之间的距离。
2
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4关联或连锁不平衡的分析方法
如果两个基因座上的等位基因是随机关联的,即不独立,这种情况就叫做
等位基因关联(AlellciAssocaitoin)或者连锁不平衡Lo[22]。关联通常反映了分子
标记与性状功能突变之间在统计学上的非独立性(连锁不平衡),但并不一定
意味着因果关系。
如果一个群体在初始状态下连锁不平衡(占。#0),在随机婚配条件下,在n
代以后,有占。二(l一印”氏。因此连锁不平衡状态随着代数增加逐渐演变为平衡状态。当连锁很弱,即重组率e很大(接近1/2)时,连锁不平衡参数将随
着代数的增加而迅速减小。如果两个基因座紧密连锁,重组率e很小(接近O),则不平衡状态将持续很多代,因此,在实际研究中,大的连锁不平衡参数
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值在一定程度上可以被认为是连锁的证据。
连锁分析考察重组,因此,考察连锁必须有家庭数据,而由等位基因关联
性(或连锁不平衡性)可以由一般的群体数据观察到,有的连锁不平衡现象可
能是因为群体混杂造成的,但过大的连锁不平衡通常被视为紧密连锁的证据。传统的连锁分析的结果通常是将基因定位在较大(例如一3OcM)的基因组区
域,而连锁不平衡被视为一种精细定位的方法。0(tt1999)指出,对于那些远系繁殖的大群体,连锁不平衡通常只能延伸到o.3cM。
关联分析方法23[】是一种基于观察的标记位点等位基因与致病基因位点间存在连锁不平衡(DL)的分析法。连锁不平衡表示两位点是紧密连锁的,两位点越靠近则LD程度越强。因此,标记位点与致病基因越近、突变率越低、杂合度
越高,用标记检出致病基因位点的机率就越高。
2
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4
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1群体关联分析
这是一种建立在群体水平上的关联研究方法,又称病例一对照研究,是基
于群体而非家系的疾病关联分析,它通过随机选择病例和对照,然后比较其在
标记等位基因和基因型频率上的差异来说明位点与疾病的关联性。其缺点是: 阳性结果可能由混杂因素造成,如不同分层人群(straitfidePpoulatoins)混杂在
一起造成的虚假联系。为了克服不同分层人群混杂的影响,相应产生了基于家庭的病例一对照研究方法。
2
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4
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2以家系为基础的连锁不平衡分析
(1)单倍型相对风险分析
单倍型相对风险分析HRR是基于家系的病例一对照研究方法。例如:假
定在一个标记基因座上有两个等位基因,假设确定了n个患病的子女,他们分
别来自n个不同的家庭。在这n个家庭中,父母将有4n个标记基因,其中Zn
个传递给了下一代,构成病例组(受累传递组)个体的基因型;另外Zn个没
有传递,作为对照组(未传递组)虚拟个体的基因型。通过传统的病例一对照
研究,比较传递组与未传递组的标记等位基因和基因型频率是否有差异。
(2)传递不平衡检验
TDT是1993年Psielmna提出的一种基于连锁不平衡的分析方法,一般用
于亲代的标记等位基因是杂合型,观察可能的易感标记等位基因传递给患病子
代的概率。统计用卡方检验比较致病基因在传递及不传递等位基因中的频率。滨工业大学工学硕士学位论文
一个区域中的交换将减少邻近区域中交换发生的机会。图函数(MpaFuncitno) 常用来将非加性的重组率转换成可加的图距(MpaDistnaec)。不同的图函数对应不同的交叉干涉模型或交叉分布假设【`6】。
2
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3连锁分析方法
基因定位的连锁分析方法一般是以有关遗传标志为“路标”,以被定位基
因与其连锁基因的重组率为“遗传学距离”,进行基因定位。
连锁分析考察同一染色体上两个基因座的物理距离是否相临近。两个连锁
的(物理上临近的)基因座上等位基因更易于一起分离,即它们一起作为一个
单位由父母传递给后代,这种现象偏离了自由组合的孟德尔第二定律。连锁分析是用来确定人类基因组上疾病易感基因位置的一种方法。人们认为,已知的标记系统和待推定的疾病基因座之间的连锁证据是此疾病由一种遗传机制造成的最有力的统计证据。连锁分析仅涉及到基因座的位置,用位置来定位基因, 而不考虑此基因的生化功能。这种方法称为“定位克隆”。
一个家庭中父亲(母亲)的两个基因座上等位基因由于连锁而共同分离的
情况可能与另一个家庭中发生的分离情况不同。由连锁而发生的共分离现象只能在家庭内部才可以观察到,因此,考察连锁必须有家庭数据。
连锁分析是基因定位中的主要策略之一,它是利用家系遗传信息中基因间
的重组率计算出两基因之间的染色体图距。根据疾病有无合适的遗传模式,可分为基于模型的参数分析法,和与模型无关的非参数分析法。
.23
.
1参数分析法
优势对数分数法Loos(Logoddsscore)法[`7]是由著名的遗传学家Newton Mortno于1955年在FISher似然性估计的原理上提出的一种参数分析法,亦称为模式依赖的连锁分析法,即一般所指的连锁分析法。主要检测在两基因以某一重组率(自相连锁时,出现这种情况的似然性(L)有多大。LODS法计算的统
计量是Z(Lodscore),计算公式为式(2一l):
Z(夕)=logL(夕)/L(l/2)(2一l)
可简单定义为(O三夕<0.5)与不连锁归二0.5)的相似性的比值的对数。该分析方法利用一个家系中所有成员之间的遗传信息,为致病基因选择一个合适的遗传模式Ml,将致病基因指定于一个特定座位。另设一个模型MO,符合无
效假设即致病基因与Ml中所涉及的染色体区域无连锁关系。通过LdoSocer 滨工业大学工学硕士学位论文
设b为父母传递相关等位基因Al的例数,c为传递无关等位基因AZ的例数, 则xZ二b(一)c(/b+)c;无效假设:创1一2印二O(其中占为连锁不平衡常数, 夕为重组率),拒绝无效假设就意味着两位点间存在连锁不平衡且连锁。一般情况下,当通过病例一对照研究已经揭示在人群水平上某标记位点与某性状(如疾病)间存在某种关联性(无论是真实还是虚假的关联)时,进行传递/不平衡检验可排除可能的虚假关联。
传递不平衡检验TDT方法是假定在一个疾病基因座上有两个等位基因Dl
和DZ,在标记基因座上有两个等位基因Ml和MZ。假设确定了n个患病的子
女,他们分别来自n个不同的家庭。在这n个家庭中,父母将有4n个标记基
因,其中Zn个传递给了下一代,另外Zn个没有传递。若标记基因座在疾病基
因座的附近,且疾病等位基因源于最近的一次基因突变,那么,与疾病等位基
因相关联的标记等位基因将以更高的频率出现在患病的个体中(相对于正常个
体而言),这个关联的标记等位基因相对于另一个标记等位基因的不平衡传递
表明了标记基因座和疾病基因座之间存在连锁与关联。
与非参数连锁分析方法相比,TDT只需家系中有一个患病子代,资料收
集相对较容易。另外,在存在连锁不平衡的前提下,TDT方法比非参数连锁分
析法(ASP,APM)灵敏度高,对于遗传效能较弱的位点也能检测到,而且与上述
方法相比,达到同样的检验效能所需的样本量大大减少。但对于与致病位点紧
密连锁而与标记位点不存在连锁不平衡的位点(即连锁平衡),TDT不能提供连
锁证据。另外,由于这种方法需要有双亲资料,在一些发病较晚的疾病中双亲
多已亡故,故不易获得标本。因而许多遗传流行病学家提出许多改进方法,如curtis提出的以正常同胞对为对照的方法以及Speilmna提出的同胞一
TDT(sTDT)的方法等。
2
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5连锁与关联分析方法的比较
关联分析与连锁分析有本质的区别,关联分析检测在一个群体中疾病和等
位基因的相关性存在与否,连锁分析检测在一个家系中等位基因与疾病的传递
是否相关。前者侧重群体的基因频率,后者侧重基因的遗传特性。关联分析为
非参数性分析且样本容易收集,适合于多基因遗传病的分析。另外,关联分析
的检出率较连锁分析高,检出距离也较连锁分析准确。因此,在复杂疾病的分
析中,关联分析比连锁分析更为优越24[】。但相关分析也有缺点,其最大的潜在问题是对照组的选择。患病组与对照组种族及临床情况若不匹配,尤其是种族
组成差异造成的两组间标记位点等位基因频率及易感基因频率的差异,则可导
致假阳性结果,即群体分层问题。解决的措施一是尽可能选择一个相对同源的
群体,如相同地区、年龄、种族的人群或在一些人口流动性极小、相对比较均
一的隔离人群中进行相关分析,二是选择以受累家系为基础的内在对照组25[】。2
.
6本章小结
本章主要介绍了两类人类疾病基因定位的方法:基于连锁的分析方法、基
于关联或连锁不平衡的分析方法。它们都是建立在染色体重组生物现象基础之上的,以遗传标记作为路标,通过标记位点与疾病位点间的重组率来估算两者
间的遗传距离进而来定位致病基因。基于连锁的分析方法中介绍了优势对数分数法、患病同胞对法、患病家系成员法;基于关联的分析方法中介绍了群体关
联分析、单倍型相对风险分析、传递不平衡检验等方法,并分析了各种方法的
应用范围和局限。
单核苷酸多态性(SNP)实验
单核苷酸多态性（SNP）实验 SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。 实验方法原理： SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。一般认为，相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。于是，我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型（haplotype）。大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型（每个具有至少5%的频率），它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是我们一旦掌握了这个区域的单体型，就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型，获取大部分的遗传多态模式。 实验材料： 组织样品 试剂、试剂盒： 液氮、PBS、GA缓冲液、GB缓冲液、蛋白酶K、无水乙醇、蛋白液、漂洗液等 仪器、耗材： 离心管、离心机、废液收集管、吸附柱、水浴锅、分光光度计、低温冰箱等 实验步骤：
一、DNA抽提 1. 取新鲜肌肉组织约100 mg，PBS漂洗干净，置于1.5 ml离心管中，加入液氮，迅速磨碎。 2. 加200 μl 缓冲液GA，震荡至彻底悬浮。加入20 μl 蛋白酶K（20 mg/ml）溶液，混匀。 3. 加220 μl 缓冲液GB，充分混匀，37℃消化过夜，溶液变清亮。加220 μl 无水乙醇，充分混匀，此时可能会出现絮状沉淀。 4. 将上述一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB 中，（吸附柱放入废液收集管中）12 000 rpm 离心30 秒，弃掉废液。 5. 加入500 μl 去蛋白液GD（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），12 000 rpm 离心30 秒，弃掉废液。 6. 加入700 μl 漂洗液GW（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），12 000 rpm离心30 秒，弃掉废液。加入500 μl 漂洗液GW，12 000 rpm 离心30 秒，弃掉废液。将吸附柱CB 放回废液收集管中，12 000 rpm 离心2 分钟，尽量除去漂洗液。 7. 将吸附柱CB 转入一个干净的离心管中，加入100 μl 洗脱缓冲液（洗脱缓冲液应在60-70℃水浴预热），混匀，室温放置15 分钟，12 000 rpm 离心30 秒。洗脱第二次，将洗脱缓冲液50 μl 加入吸附柱中，室温放置15 分钟，12 000 rpm 离心30 秒。 8. 采用Beckman DU 640 spectrophotometer 检测提取到的基因组DNA 浓度，在OD260 处有显著吸收峰。同时检测纯度，OD260/280 的值应为为1.7-1.9。 9. 从原液中取出相应体积DNA 溶液，稀释致50 ng/ul，原液置于-70℃保存，稀释液置于-20℃保存。 二、PCR扩增目的片段
JAVA复习题 有答案
复习题 一、选择题 1、下列Java标志符中合法的是：（） A H3_sum B -name C student# D 9_Hello123 2.Java源文件和编译后的文件扩展名分别为（） A. .class和.java B. .java和.class C. .class和.class D. .java和.java 3．对于同一消息，对象可以产生不同的行为，这称为类的什么特性？（）A）继承性B）封装性C）多态性D）抽象性 4、用来引入包语句的关键词是：（） A）import B）abstract C）package D）extends 5．对于小程序，当离开包含Applet的主页后又再返回时将调用（）方法。A）start( ) B）init( ) C）destroy( ) D）stop( ) 6.下列对Java中的继承描述错误的说法是（） A.子类只能有一个父类 B.子类可作为另一个子类的父类 C.子类可以访问父类的私有属性 D.子类继承父类的方法访问权限保持不变 7．哪种循环在条件表达式被计算之前至少执行循环体语句一次？( ) A）do-while循环B）for循环C）while循环D）以上都不是 8.定义数组String[] a={"ab","abc","abcd","abcde"}，数组中a[1]指的是（）。 A.ab B.abc C.abcde D.数组越界 9．如果希望组件从左往右,从上到下自动布局界面，应使用哪种布局？（）A）没有B）BorderLayout C）FlowLayout D）GridLayout 10.下列说法正确的是（） A. 最终类在特殊情况下可以有子类 B. 抽象类只能有一个子类 C. 多态可以通过方法重写和方法重载实现 D. 抽象类不可以声明成员变量和成员方法，只能声明抽象方法 11．下列语句中访问类的方法正确的是：（） A）https://www.wendangku.net/doc/c117704434.html, B）https://www.wendangku.net/doc/c117704434.html,( ) C）book->name D）book_name 12．下列选项中哪个是类Pen的构造方法（） A）public void Pen() {} B）public static Pen() {} C）public Pen() {} D）public static void Pen() {} 13.单击菜单触发的事件是？（） A. ActionEvent B.ItemEvent C.MouseEvent D. KeyEvent 14．关于try/catch/finally结构的异常捕获和处理，说法错误的是（）A）try部分是必须的B）catch部分也是必须的 C）可以有多个catch部分D）finally部分也是必须的
c练习题带答案
c练习题带答案集团标准化工作小组 #Q8QGGQT-GX8G08Q8-
一、选择题 1.C++语言属于( C )。 A）自然语言 B）机器语言 C）面向对象语言 D）汇编语言2.下面选项中不属于面向对象程序设计特征的是(C) 。 A）继承性 B）多态性 C）相似性 D）封装性 3.可用作C++语言用户标识符的一组标识符是( B )。 A） void define +WORD B） a3_b3 _123 YN C） for -abc Case D） 2a DO sizeof 4.假定一个二维数组的定义语句为“int a[3][4]={{3,4},{2,8,6}};”，则元素 a[2][1]的值为（A）。 A） 0 B） 4 C） 8 D） 6 5.下列情况中，哪一种情况不会调用拷贝构造函数（ B ） A）用派生类的对象去初始化基类对象时 B）将类的一个对象赋值给该类的另一个对象时 C）函数的形参是类的对象，调用函数进行形参和实参结合时 D）函数的返回值是类的对象，函数执行返回调用者时 6.以下哪一关键字可用于重载函数的区分（C） A）extern B）static C）const D）virtual 7.下列有关数组的叙述中，正确的是（ B ） A）C++中数组的存储方式为列优先存储 B）数组名可以作为实参赋值给指针类型的形参 C）数组下标索引从1开始，至数组长度n结束 D）数组指针的语法形式为：类型名 *数组名[下标表达式]; 8.下列有关继承和派生的叙述中，正确的是( C ) A）派生类不能访问通过私有继承的基类的保护成员 B）多继承的虚基类不能够实例化 C）如果基类没有默认构造函数，派生类就应当声明带形参的构造函数 D）基类的析构函数和虚函数都不能够被继承，需要在派生类中重新实现 9.实现运行时多态的机制是（ A ） A）虚函数B）重载函数C）静态函数D）模版函数 10.若有下面的函数调用： fun(a+b, 3, max(n-1, b)); 其中实参的个数是（ A） A）3 B）4 C）5 D）6 11.下列关于this指针的说法正确的是（ B）
基因多态性分析
. 人基因多态性分析 一、实验目的 1. 了解基因多态性在阐明人体对疾病、毒物的易感性与耐受性、疾病临床表现的多样性以及对药物治疗的反应性中的重要作用。 2. 了解分析基因多态性的基本原理和研究方法。 二、实验原理 基因多态性（gene polymorphism）是指在一个生物群体中，同时存在两种及以上的变异型或基因型或等位基因，也称为遗传多态性（genetic polymorphism）。人类基因多态性对于阐明人体对疾病的易感性、毒物的耐受性、药物代谢差异及遗传性疾病的分子机制有重大意义；与致病基因连锁的多态性位点可作为遗传病的诊断标记，并为分离克隆致病基因提供依据；病因未知的疾病与候选基因多态性的相关性分析，可用于辅助筛选致病易感基因。 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction—Restriction Fragment Length Polymorphism，PCR-RFLP)分析是一种常用的DNA分子标记。原理是通过PCR扩增获得目的基因。若目的基因存在等位变异（多态性），且变异正好发生在某种限制性内切酶识别位点上，使酶切位点增加或者消失，则酶切结果就会产生大小不同的片段，即片段长度多态性，再利用琼脂糖凝胶电泳分离，可呈现出多态性电泳图谱。若将患者与正常的多态性图谱比较，可确定是否变异。应用PCR-RFLP，可检测某一致病基因已知的点突变，进行直接基因诊断，也可以此为遗传标记进行连锁分析进行间接基因诊断。 三、器材与试剂 1. 器材 ⑴离心机。 ⑵DNA扩增仪。 ⑶电泳仪。 ⑷水平电泳槽。 ⑸紫外检测仪。 ⑹移液器。 2. 试剂 . . ⑴口腔拭子DNA抽提试剂盒。 ⑵琼脂糖。 ⑶1×TAE电泳缓冲液：980ml蒸馏水中加入50×TAE母液20ml。 ⑷50×TAE母液：Tris 121g，0.5M EDTA（pH8.0）50ml，冰醋酸28.55ml，定容至500ml。
北大青鸟推荐：Java精选笔试题(含答案解析)
北大青鸟推荐：Java精选笔试题（含答案解析）如果你是计算机专业出生，但是还没有找到工作的话，你就得补补技术了，一些关于面试、笔试的题要多刷一刷。有可能你知道答案，但是由于语言组织能力有所欠缺，所以面试官的印象不是很好，下面分享一些Java精选的鄙视题，希望对面试这者有帮助。 1，volatile关键字是否能保证线程安全？（） 答案：否 volatile关键字用在多线程同步中，可保证读取的可见性，JVM只是保证从主内存加载到线程工作内存的值是最新的读取值，而非cache中。但多个线程对volatile的写操作，无法保证线程安全。 假如线程1，线程2 在进行read,load 操作中，发现主内存中count的值都是5，那么都会加载这个最新的值，在线程1对count进行修改之后，会write到主内存中，主内存中的count变量就会变为6；线程2由于已经进行read,load操作，在进行运算之后，也会更新主内存count的变量值为6；导致两个线程及时volatile关键字修改之后，还是会存在并发的情况。 2，下面哪个流类属于面向字符的输入流( ) A、BufferedWriter B、FileInputStream C、ObjectInputStream D、InputStreamReader 答案：D Java的IO操作中有面向字节(Byte)和面向字符(Character)两种方式。
面向字节的操作为以8位为单位对二进制的数据进行操作，对数据不进行转换，这些类都是InputStream和OutputStream的子类。 面向字符的操作为以字符为单位对数据进行操作，在读的时候将二进制数据转为字符，在写的时候将字符转为二进制数据，这些类都是Reader和Writer的子类。 3，Java能不能不通过构造函数创建对象（） A、能 B、不能 答案：A Java创建对象的几种方式： (1) 用new语句创建对象，这是最常见的创建对象的方法。 (2) 运用反射手段,调用https://www.wendangku.net/doc/c117704434.html,ng.Class或者https://www.wendangku.net/doc/c117704434.html,ng.reflect.Constructor类的newInstance()实例方法。 (3) 调用对象的clone()方法。 (4) 运用反序列化手段，调用java.io.ObjectInputStream对象的readObject()方法。 (1)和(2)都会明确的显式的调用构造函数；(3)是在内存上对已有对象的影印，所以不会调用构造函数；(4)是从文件中还原类的对象，也不会调用构造函数。 4，下列哪个叙述是正确的（） A.子类继承父类的构造方法。 B.abstract类的子类必须是非abstract类。 C.子类继承的方法只能操作子类继承和隐藏的成员变量。 D.子类重写或新增的方法也能直接操作被子类隐藏的成员变量。 答案：C 子类是不继承父类的构造方法的，而是必须调用其父类的构造方法。
特发性卵巢早衰患者AMH,AMHR—Ⅱ基因多态性分析
特发性卵巢早衰患者AMH，AMHR—Ⅱ基因多态性分析 目的探讨特发性卵巢早衰与AMH，AMHR-Ⅱ的基因多态性。方法选择2015年6月～2017年3月在我院诊断的特发性卵巢早衰患者50例为POF组。另选择健康体检者100例为对照组。PCR方法测定两组AMH，AMHR-Ⅱ基因多态性。结果POF组AMH基因突变位点基因型及等位基因频率与对照组比较差异无统计学意义（P>0.05）。POF组AMHR-Ⅱ c.49+10T>G 基因位点GG基因型比例显著高于对照组，G等位基因频率显著高于对照组，c.622-2C>T基因位点TT基因型比例显著高于对照组，T等位基因频率显著高于对照组，c.622-24C>A 基因位点AA基因型比例显著高于对照组，A等位基因频率显著高于对照组，c.1038G>T基因位点TT基因型比例显著高于对照组，T等位基因频率显著高于对照组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。结论AMHR-Ⅱ基因多态性可能是特发性卵巢早衰的重要的发病机制。 [Abstract] Objective To discuss polymorphism analysis of AMH，AMHR-Ⅱgene in patients with idiopathic premature ovarian failure. Methods 50 cases with idiopathic premature ovarian failure from Jun 2015 to Mar 2017 were selected as POF group. And 100 cases for physical examination were selected as control group. Polymorphismof AMH，AMHR- II gene of two groups was detected by PCR. Results Genotype and allele frequency of AMH gene mutation sites of POF group showed no significant difference with the control group（P>0.05）. The proportion of GG genotype in AMHR- loci II，c.49+10T>G of POF group was higher than that of the control group，and G allele frequency was higher than that of the control group；The proportion ofTTgenotype inc.622-2C>Tof POF group was higher than that of the control group，and Tallele frequency was higher than that of the control group；The proportion ofAAgenotype inc.622-24C>Aof POF group was higher than that of the control group，and Aallele frequency was higher than that of the control group；The proportion ofTTgenotype inc.1038G>Tof POF group was higher than that of the control group，and Tallele frequency was higher than that of the control group；The difference showed significant difference（P＜0.05）. Conclusion Polymorphism of AMHR-Ⅱgene may be an important pathogenesis of idiopathic premature ovarian failure. [Key words] Idiopathic premature ovarian failure；AMH；AMHR-Ⅱ；Gene polymorphism 特發性卵巢早衰是指無精确原因的，自身免疫抗体正常的，染色体核型正常的女性在40周岁之前出现的性器官萎缩、持续性闭经，伴有卵泡雌激素、黄体生成素升高，雌激素下降的一种综合征[1-2]。我国卵巢早衰的发病率相对较高，而其中有80%为特发性卵巢早衰，患者主要表现为月经紊乱，血管 舒缩功能不稳定，容易出汗、潮热、情绪波动等。目前特发性卵巢早衰的发病机制还不十分明确，可能与遗传、自身免疫因素、感染、代谢异常、环境等有
Java接口多态实验(修正版带实验答案)
实验9：接口、多态性 一、实验目的与要求 1、多态性的概念、技术基础 2、构造方法的调用顺序 3、总结接口的应用 二、内容概要 1、多态性概念 是指不同类型的对象可以响应相同的消息。从相同的基类派生出来的多个类型可被当作同一种类型对待，可对这些不同的类型进行同样的处理，由于多态性，这些不同派生类对象响应同一方法时的行为是有所差别的。 例如 ●Cat行为是吃鱼，Dog行为是吃骨头 ●所有的Object类的对象都响应toString()方法 2、多态性的技术基础 ●向上塑型技术：一个父类的引用变量可以指向不同的子类对象 ●动态绑定技术：运行时根据父类引用变量所指对象的实际类型执行相应的子类方法，从 而实现多态性 3、多态性的好处 应用程序不必为每一个派生类（子类）编写功能调用，只要对基类（特别是抽象基类）或接口处理即可，“以不变应万变”，大大提高程序的可复用性。 例如：下面代码Waiter类中的callPersonEat方法参数是Person 类型，所以利用向上塑性技术可以给其传参数China和USA类型。而该方法体p.eat(); ，利用动态邦定技术运行时候根据p引用的具体对象调用创建对象时所属类的eat方法 interface Person{ public void eat(); } class China implements Person{ public void eat(){ System.out.println("chinese use chopsticks"); } } class USA implements Person{ public void eat(){ System.out.println("usa use forks"); } } class Waiter{ static void callPersonEat(Person p){ p.eat(); //实例方法调用，动态绑定 } public static void main(String a[]){
基因多态性分析
人基因多态性分析 一、实验目的 1. 了解基因多态性在阐明人体对疾病、毒物的易感性与耐受性、疾病临床表现的多样性以及对药物治疗的反应性中的重要作用。 2. 了解分析基因多态性的基本原理和研究方法。 二、实验原理 基因多态性（gene polymorphism）是指在一个生物群体中，同时存在两种及以上的变异型或基因型或等位基因，也称为遗传多态性（genetic polymorphism）。人类基因多态性对于阐明人体对疾病的易感性、毒物的耐受性、药物代谢差异及遗传性疾病的分子机制有重大意义；与致病基因连锁的多态性位点可作为遗传病的诊断标记，并为分离克隆致病基因提供依据；病因未知的疾病与候选基因多态性的相关性分析，可用于辅助筛选致病易感基因。 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction—Restriction Fragment Length Polymorphism，PCR-RFLP)分析是一种常用的DNA分子标记。原理是通过PCR扩增获得目的基因。若目的基因存在等位变异（多态性），且变异正好发生在某种限制性内切酶识别位点上，使酶切位点增加或者消失，则酶切结果就会产生大小不同的片段，即片段长度多态性，再利用琼脂糖凝胶电泳分离，可呈现出多态性电泳图谱。若将患者与正常的多态性图谱比较，可确定是否变异。应用PCR-RFLP，可检测某一致病基因已知的点突变，进行直接基因诊断，也可以此为遗传标记进行连锁分析进行间接基因诊断。 三、器材与试剂 1. 器材 ⑴离心机。 ⑵DNA扩增仪。 ⑶电泳仪。 ⑷水平电泳槽。 ⑸紫外检测仪。 ⑹移液器。 2. 试剂
C++试题及答案 (五)
C++程序设计模拟试卷(五) 一、单项选择题(本大题共20小题，每小题1分，共20分)在每小题列出的四个备选项中 只有一个是符合题目要求的，请将其代码填写在题后的括号内。错选、多选或未选均无 分。 1. 静态成员函数没有（） A. 返回值 B. this指针 C. 指针参数 D. 返回类型 答案：B 解析：静态成员函数是普通的函数前加入static,它具有函数的所有的特征：返回类型、 形参，所以使用静态成员函数，指针可以作为形参，也具有返回值。静态成员是类具有的 属性，不是对象的特征，而this表示的是隐藏的对象的指针，因此静态成员函数没有this 指针。静态成员函数当在类外定义时，要注意不能使用static关键字作为前缀。由于静态成员函数在类中只有一个拷贝（副本），因此它访问对象的成员时要受到一些限制：静态成员函数可以直接访问类中说明的静态成员，但不能直接访问类中说明的非静态成员；若要访问非静态成员时，必须通过参数传递的方式得到相应的对象，再通过对象来访问。 2. 在类的定义中，用于为对象分配内存空间，对类的数据成员进行初始化并执行其他内部管 理操作的函数是（） A. 友元函数 B. 虚函数 C. 构造函数 D. 析构函数 答案：C 解析：定义构造函数作用就是初始化对象，而析构函数释放对象空间。虚函数用于完成多 态性，友元增加访问方便性。 3. 所有在函数中定义的变量，都是（） A. 全局变量 B. 局部变量 C. 静态变量 D. 寄存器变量 答案：B 解析：变量存储类可分为两类：全局变量和局部变量。 （1）全局变量：在函数外部定义的变量称为全局变量，其作用域为：从定义变量的位置开始 到源程序结束。全局变量增加了函数之间数据联系的渠道，全局变量作用域内的函数，均可使用、修改该全局变量的值，但是使用全局变量降低了程序的可理解性，软件工程学提倡尽量避免使用全局变量。 （2）局部变量：在函数内部定义的变量称为局部变量，其作用域为：从定义变量的位置开始 到函数结束。局部变量包含自动变量（auto）静态变量（static）以及函数参数。 auto变量意味着变量的存储空间的分配与释放是自动进行的。说明符auto可以省略。函数中 的局部变量存放在栈空间。在函数开始运行时，局部变量被分配内存单元，函数结束时，局部变量释放内存单元。因此，任两个函数中的局部变量可以同名，因其占有不同的内存单元而不影响使用。这有利于实现软件开发的模块化。 static变量是定义在函数体内的变量，存放在静态存储区，不用栈空间存储，其值并不随存 储空间的释放而消失。 4. 假定AB为一个类，则执行“AB a(2), b［3］,*p［4］;”语句时调用该类构造函数的次数 为（） A. 3 B. 4 C. 5 D. 9 答案：B 解析： a(2)调用1次带参数的构造函数，b［3］调用3次无参数的构造函数，指针没有给它 分配空间，没有调用构造函数。所以共调用构造函数的次数为4。 5. 如果表达式++a中的“++”是作为成员函数重载的运算符，若采用运算符函数调用格式，则可表示为（） A. a.operator++(1) B. operator++(a) C. operator++(a,1) D. a.operator++() 答案：D 解析：运算符的重载，前缀先让变量变化。调用＋＋a，等价为a.operator++(),注意无参 的形式。后缀的话a++,等价于a.operator(0),带形参，形参名可省。 6. 已知f1和f2是同一类的两个成员函数，但f1不能直接调用f2，这说明（） A. f1和f2都是静态函数 B. f1不是静态函数，f2是静态函数 C. f1是静态函数，f2不是静态函数
对多态性和继承的理解
C#中的继承符合下列规则： 1、继承是可传递的。如果C从B中派生，B又从A中派生，那么C不仅继承了B中声明的成员，同样也继承了A中的成员。Object 类作为所有类的基类。 2、派生类应当是对基类的扩展。派生类可以添加新的成员，但不能除去已经继承的成员的定义。 3、构造函数和析构函数不能被继承。除此以外的其它成员，不论对它们定义了怎样的访问方式，都能被继承。基类中成员的访问方式 只能决定派生类能否访问它们。 4、派生类如果定义了与继承而来的成员同名的新成员，就可以覆盖已继承的成员。但这并不因为这派生类删除了这些成员，只是不能再 访问这些成员。 5、类可以定义虚方法、虚属性以及虚索引指示器，它的派生类能够重载这些成员，从而实现类可以展示出多态性。 6、派生类只能从一个类中继承，可以通过接吕实现多重继承。 多态性 在C#中，多态性的定义是：同一操作作用于不同的类的实例，不同的类将进行不同的解释，最后产生不同的执行结果。C#支持两种类型的多态性： ●编译时的多态性 编译时的多态性是通过重载来实现的。对于非虚的成员来说，系统在编译时，根据传递的参数、返回的类型等信息决定实现何种操作。 ●运行时的多态性 运行时的多态性就是指直到系统运行时，才根据实际情况决定实现何种操
作。C#中，运行时的多态性通过虚成员实现。 编译时的多态性为我们提供了运行速度快的特点，而运行时的多态性则带来了高度灵活和抽象的特点。 2、实现多态 多态性是类为方法（这些方法以相同的名称调用）提供不同实现方式的能力。多态性允许对类的某个方法进行调用而无需考虑该方法所提供的特定实现。可以用不同的方式实现组件中的多态性： ●接口多态性。 ●继承多态性。 ●通过抽象类实现的多态性。 接口多态性 多个类可实现相同的“接口”，而单个类可以实现一个或多个接口。接口本质上是类需要如何响应的定义。接口描述类需要实现的方法、属性和事件，以及每个成员需要接收和返回的参数类型，但将这些成员的特定实现留给实现类去完成。组件编程中的一项强大技术是能够在一个对象上实现多个接口。每个接口由一小部分紧密联系的方法、属性和事件组成。通过实现接口，组件可以为要求该接口的任何其他组件提供功能，而无需考虑其中所包含的特定功能。这使后续组件的版本得以包含不同的功能而不会干扰核心功能。其他开发人员最常使用的组件功能自然是组件类本身的成员。然而，包含大量成员的组件使用起来可能比较困难。可以考虑将组件的某些功能分解出来，作为私下实现的单独接口。 根据接口来定义功能的另一个好处是，可以通过定义和实现附加接口增量地将功能添加到组件中。优点包括：
SNP单核苷酸多态性分析
SNP/单核苷酸多态性分析 背景介绍 SNP（single nucleotide polymorphism），即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说，一个SNP位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。SNP在人类基因组中的发生频率比较高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。有些SNP位点还会影响基因的功能，导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据，因此被广泛用于群体遗传学研究（如生物的起源、进化及迁移等方面）和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。 服务项目 １．TaqMan探针法 针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针，进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时，该探针与模板退火，即产生了适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来，破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光。通常用于少量SNP位点分析（见图1）。
图1.某SNP位点分析结果 A.纯合(G/G) B.杂合(G/T) ２．SNaPshot法 该技术由美国应用生物公司（ABI）开发，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析（见图2）。 图2.人线粒体22个SNP位点的SNaPshot实验结果 ３．HRM法 高分辨率熔解曲线分析（HRM）是近几年兴起的SNP研究工具，它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况，来判断是否存在SNP，而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形，因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨率熔解，即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针，操作简便、快
基因多态性的检测方法
基因多态性的检测方法 多态性（polymorphism）是指处于随机婚配的群体中，同一基因位点可存在2种以上的基因型。在人群中，个体间基因的核苷酸序列存在着差异性称为基因（DNA）的多态性(gene polymorphism)。这种多态性可以分为两类，即DNA位点多态性(site polymorphism)和长度多态性 (longth polymorphism)。 基因多态性的主要检测方法简述如下： 1．限制性片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）：由DNA 的多态性，致使DNA 分子的限制酶切位点及数目发生改变，用限制酶切割基因组时， 钠 问 亢兔扛銎 蔚某ざ染筒煌 此 降南拗菩云 纬ざ榷嗵 裕 贾孪拗破 纬ざ确⑸ 谋涞拿盖形坏悖 殖莆 嗵 晕坏恪Ｗ钤缡怯肧outhern Blot/RFLP方法检测，后来采用聚合酶链反应（PCR）与限制酶酶切相结合的方法。现在多采用PCR-RFLP法进行研究基因的限制性片段长度多态性。 2．单链构象多态性（SSCP）：是一种基于单链DNA构象差别的点突变检测方法。相同长度的单链DNA如果顺序不同，甚至单个碱基不同，就会形成不同的构象。在电泳时泳动的速度不同。将PCR产物经变性后，进行单链DNA凝胶电泳时，靶DNA中若发生单个碱基替换等改变时，就会出现泳动变位（mobility shift），多用于鉴定是否存在突变及诊断未知突变。 3．PCR-ASO探针法（PCR-allele specific oligonucleotide, ASO）：即等位基因特异性寡核苷酸探针法。在PCR扩增DNA片段后，直接与相应的寡核苷酸探杂交，即可明确诊断是否有突变及突变是纯合子还是杂合子。其原理是：用PCR 扩增后，产物进行斑点杂交或狭缝杂交，针对每种突变分别合成一对寡核苷酸片段作为探针，其中一个具有正常序列，另一个则具有突变碱基。突变碱基及对应的正常碱基匀位于寡核苷酸片段的中央，严格控制杂交及洗脱条件，使只有与探针序列完全互补的等位基因片段才显示杂交信号，而与探针中央碱基不同的等位基因片段不显示杂交信号，如果正常和突变探针都可杂交，说明突变基因是杂合子，如只有突变探针可以杂交，说明突变基因为纯合子，若不能与含有突变序列的寡核苷探针杂交，但能与相应的正常的寡核苷探针杂交，则表示受检者不存在这种突变基因。若与已知的突变基因的寡核苷探针匀不能杂交，提示可能为一种新的突变类型。 4. PCR-SSO法：SSO技术即是顺序特异寡核苷酸法（Sequence Specific Oligonucleotide, SSO）。原理是PCR基因片段扩增后利用序列特异性寡核苷酸探针，通过杂交的方法进行扩增片段的分析鉴定。探针与PCR产物在一定条件下杂交具有高度的特异性，严格遵循碱基互补的原则。探针可用放射性同位素标记，通过放射自显影的方法检测，也可以用非放射性标记如地高辛、生物素、过氧化物酶等进行相应的标记物检测。 5. PCR-SSP法：序列特异性引物分析即根据各等位基因的核苷酸序列，设计出
软件工程全部习题答案
软件工程全部习题答案。（2003-5-31 19:55:00） 第九章 1、渐增模型有那几种特点 答：增量构造和演化提交。增量构造是瀑布模型的基础上在一些的阶段中采用增量开发一些阶段整体开发。演化提交是在瀑布模型的基础上所有阶段都使用增量开发也就是不紧使用增量开发也使用增量提交。 2、快速原形有那几种特点 答：探索型、试验型、演化型。探索型：在需求阶段帮助明确理解需求用完抛弃。试验型：在设计阶段考核现行方案是否合适用完抛弃。演化型：及早的向用户展示一个系统的原形包含主要的功能得到用户的认可后将原形不断的扩充直到系统完成。 3、快速原形开发的步骤 答：快速开发、需求、构造原形、原形、运行原形、评价原形、修改意见。 4、评价快速原形的优缺点 答：可以更清楚的理解用户的需求、开发阶段可以用原形解决局部的困难，通过原形的开发可以让用户看见系统的初步功能的实现有利与用户的开发人员更好的交流，及早的解决存在的问题减少开发的风险。 缺乏好的管理工具和开发环境、缺乏管理机制、对开发人员的技术要求高、更新文档比较困难。 5、对比瀑布模型和增量模型，指出增量模型的新思路。 答：瀑布模型是一种整体的开发模型，开发的每一阶段必须按线性的顺序来进行，前一阶段的工作没有完成后一阶段的工作就不能开始。由于需求分析的易变性使的软件开发工作不顺利，同时瀑布模型的每个阶段有不可避免的错误出现，那么延伸到以下的各个阶段错误就会放大。增量模型是非整体开发的模型它采用渐增模型和原形模型，软件的开发是用增量开发和增量提交。 第八章 1、软件维护有那些内容 答：校正性维护、完善性维护、适应性维护、预防性维护 2、软件维护的特点 答：结构性维护、非结构性维护、别人的程序难懂、开发和维护在人员和时间上的差异、文档的不一致性、维护不是一项吸引人的工作 3、软件维护的流程 答：制定维护申请报告、审查申请报告并批准、实施维护并做记录、复审 4、软件维护的副作用 答：代码副作用、数据副作用、文档副作用 5、什么是软件的可维护性可维护性度量的特性 答：是能够别理解、适应、校正和增强功能的容易程度。可理解、可适应、可测试、可修改、可靠、可移植可使用、效率。 6、提高可维护性的方法 答：使用有可维护性的程序设计语言、及时更新文档、使用先进技术和工具、明确软件质量目标、明确质量保证工作。 第七章 1、软件测试的目的是测试中要注意那些原则 答：软件测试的目的是的发现软件中存在错误的活动。好的测试用例可以发现至今没有发现的错
SNP单核苷酸多态性检测技术
1定义： 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106个。依据排列组合原理,SNP 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热点。理论
C++课后习题及其答案
练习题1 1.1 判断题 ×1．C++语言和C语言都是面向对象的程序设计语言。 √2．面向对象方法具有封装性、继承性和多态性。 √3．C语言是C++语言的一个子集。C++语言继承了C语言。 ×4．C++语言程序与C语言程序一样都是函数串。 ×5．C++语言支持封装性和继承性，不支持多态性。 √6．C++语言比C语言对数据类型要求更加严格了。 √7．C++语言对C语言进行了一次改进，使得编程更加方便了。 ×8．C++源程序在编译时可能出现错误信息，而在连接时不会出现错误信息。 √9．编译C++源程序时，出现了警告错（Warning）也可以生成可执行文件。 √10．C++语言程序的实现也要经过编辑、编译连接和运行3个步骤。 1.2 单选题 1．下列关于面向对象概念的描述中，错误的是（C ）。 A．面向对象方法比面向过程方法更加先进 B．面向对象方法中使用了一些面向过程方法中没有的概念 C．面向对象方法替代了结构化程序设计方法 D．面向对象程序设计方法要使用面向对象的程序设计语言2．下列各种高级语言中，不是面向对象的程序设计语言是（D ）。 A．C++ B．Java C．VB D．C
3．下列关于类的描述中，错误的是（ A ）。 A．类就是C语言中的结构类型 B．类是创建对象的模板 C．类是抽象数据类型的实现 D．类是具有共同行为的若干对象的统一描述体 4．下列关于对象的描述中，错误的是（C ）。 A．对象是类的一个实例 B．对象是属性和行为的封装体 C．对象就是C语言中的结构变量 D．对象是现实世界中客观存在的某种实体 5．下列关于C++程序中使用提取符和插入符的输入/输出语句的描述中，错误的是（C ）。 A．提取符是对右移运算符（>>）重载得到的 B．插入符是对左移运算符（<<）重载得到的 C．提取符和插入符都是双目运算符，它们要求有两个操作数 D．提取符和插入符在输入/输出语句中不可以连用 1.3 填空题 1．C++语言具有面向对象方法中要求的三大特性：封装性、继承性和多态性。 2．C++程序中，有且仅有一个主函数。 3．C++程序是由类和函数组成的。 4．C++源程序的扩展名是cpp 。 5．使用插入符进行标准输出文件输出时，使用的输出流对象名是cout 。
实验三：多态性答案—专业版
1．定义一个复数类，通过重载运算符实现复数的四则运算、求负运算和赋值运算。其中，要求加法“+”和减法“-”用友元函数实现重载，其他运算符用成员函数实现重载。 //main.cpp: #include "complex.h" int main(int argc , char *argv[]) { COMPLEX c1,c2; cout<<"请输入第一个复数：\n"; cin>>c1; cout<<"请输入第二个复数：\n"; cin>>c2; cout<<"第一个复数是："<
生物样本的单核苷酸多态性(SNP)位点检测--高通量飞行时间质谱法(MALDI-TOF MS)
生物样本的单核苷酸多态性（SNP）位点检测-- 高通量飞行时间质谱法（MALDI-TOF MS） 1 适用范围 本标准为检验实验室进行药物靶点基因的检测提供技术指导。 本标准适用的样本包括：全血标本、石蜡包埋组织、干血片、口腔拭子、唾液等。 2 规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的，凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。 药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)，（2015年国家卫生和计划生育委员会医政医管局国卫医医护便函〔2015〕240号）个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号） 感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号） 农业部1782号公告-12-2012 转基因生物及其产品食用安全检测蛋白 质氨基酸序列飞行时间质谱分析方法 卫生部办公厅关于印发《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》的通知(卫办医政发〔2010〕194号) 3、术语和定义 3.1 rs和ss体系SNP 由美国国立生物技术信息中心（national center for biotechnology
information，NCBI）建立、dbSNP数据库制定的SNP命名体系，rs体系的SNP代表已获得官方认可和推荐的参考SNP（reference SNP），ss体系的SNP代表用户新递交但尚未得到认可的SNP（submitted SNP）。 3.2 单核苷酸多态性（SNP） 是指由单个核苷酸-A、T、C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。 3.3 等位基因（allele） 一般是指位于一对同源染色体相同位置上控制某一性状的不同形态的一对基因。若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说是纯合子。若两个等位基因各不相同，则该个体对该性状来说是杂合子。 3.4 生物标记物（biomarker） 患者标本中所含有的一种特殊的分析物质（如DNA、RNA、蛋白质等），可用于疾病诊断、判断疾病分期或评价新药或新疗法在目标人群中的安全性和有效性。 4 原理 样本通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA，用SAP酶去除掉PCR体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸（dNTP）和引物，然后加入一单 碱基延伸引物，其3’末端碱基紧挨SNP位点，采用四种ddNTP替代dNTP。这样，探针在SNP位点处仅延伸一个碱基，连接上的ddNTP与SNP位点的等位基因对应。用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异，确定该点处碱基。 5 试剂与耗材 除另有规定，所用试剂均为分析纯。 纯水；PCR缓冲液,10x(含20mM MgCl2)；MgCl2，25mM；聚合酶，5U/μL；dNTP Mix，25mM；超纯水>18 Mohm；SAP缓冲液，10x；虾碱 酶1.7U/μL；iPLEX GOLD缓冲液；iPLEX Termination Mix；iPLEX Enzyme；