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R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用

中国循证医学杂志 2014, 14(3): 355~360

・ 355 ・

© 2014 中国循证医学杂志编辑部http://www.wendangku.net/doc/dadd7b02b84ae45c3a358c3d.html

C JEBM

论 著 ・

方法学研究

R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用

张 超1 牛玉明2 曾宪涛1,2*

1. 湖北医药学院附属太和医院循证医学中心(湖北十堰 442000);

2. 湖北医药学院附属太和医院口腔医学中心(湖北十堰 442000)

摘要 nlme 程序包是基于广义最小二乘法和线性混合效应模型研发的、可通过R 软件实现广义线性和非线性混合效应模型下的Meta 分析。该程序包实现Meta 分析时,需要对数据先行转化为效应量的对数值才可进行。本文介绍了使用R 软件nlme 程序包实现网状Meta 分析的过程,详细呈现了如何转化数据这一核心步骤。

关键词 网状Meta 分析;广义线性混合效应模型;R 语言;nlme 程序包

Implementation of Network Meta-Analysis with nlme Package in R Soft ware

ZHANG Chao 1, NIU Yu-ming 2, ZENG Xian-tao 1,2*

1. Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China;

2. Department of Stomatology, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China

Abstract Th e nlme package is developed based on the generalized least squares (gls) and linear mixed-eff ects model (lme). It can perform meta-analysis based on linear and nonlinear mixed eff ects models in R language. When conducting meta-analysis using nlme package in R language, the fi rst step is to translate the data into its logarithm estimation. In this article, we introduce how to perform network meta-analysis using R language nlme package and show the core step of data translation in detail.

Key words Network meta-analysis; Generalized linear mixed model; R language; nlme package

DOI: 10.7507/1672-2531.20140060基金项目:湖北省教育科学“十二五”规划2012年度重点课题(编号:2012A050),湖北医药学院2011年度优秀中青年科技创新团队项目(编号:2011CZX01),湖北医药学院附属太和医院2013年循证医学“苗圃基金”项目(编号:EBM2013004)。作者简介:张超,男(1988年~),本科,住院医师,以循证医学、系统评价与Meta 分析为主要研究方向。Email: zhangchao0803@http://www.wendangku.net/doc/dadd7b02b84ae45c3a358c3d.html *通讯作者,Email: zengxiantao1128@http://www.wendangku.net/doc/dadd7b02b84ae45c3a358c3d.html

随着网状Meta 分析的发展及各种软件的成功研发,运算模型的选择也日益受到关注,广义线性模型(generalized linear model ,GLM )就是其中之一。GLM 是线性模型的扩展,其特点是不强行改变数据的自然度量,数据可以具有非线性和非恒定方差结构;与线性模型相比,GLM 模型中Y 的分布可以是任何形式的指数分布(如高斯分布、泊松分布、二项式分布),联结函数可以是任何单调可微函数(如对数函数logarithm 或逻辑函数logit ),这些优点使得GLM 模型可处理多种变量,日益受到关注(欲详细了解GLM 的读者建议阅读参考文献 [1,2])。

nlme 是一款基于S 语言在S-PLUS 软件中实现混合效应模型(mixed-eff ects models )分析的软件。因此,其可以同时进行线性和非线性混合效应模型(linear and nonlinear mixed effects models ,NLME )分析 [3,4]。当前,混合效应模型也可通过nlme 程序

包在R 语言中实现 [5,6]。nlme 程序包亦可以实现网状Meta 分析 [6,7],本文仍以《R 软件R2WinBUGS 程序包在网状Meta 分析中的应用》一文中实例 [8,9]为例进行展示。

1 软件及程序包的安装/加载

R 软件的安装已在前文讲述,本文使用的是R-3.0.1 [8,10,11]。

此外,需要安装nlme 程序包,具体命令为:in-stall.packages(“nlme”)。在弹出的对话框中选择某个镜像(CRAN )安装,安装完成后再由library(“nlme”)命令完成加载。

2 数据的加载与预处理

2.1 数据加载

R 软件nlme 程序包实现网状Meta 分析的基本思路是将因变量y 设置为效应量,自变量x 设置为干预措施,结合相关的干预措施之间的比较来计算得出线性关系 [7]。本文将y 设为logOR ,x 设为13种药物以及安慰剂,并对相关药物之间的比较作一定标记。

因实例中含有3臂试验,所以,首先将数据中

R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用