2014川大生命科学学院生物信息学专业考研必知信息汇总

2014川大生命科学学院生物信息学专业考研必知信息汇总

一、专业代码及专业名称：

0710Z1 生物信息学

二、考试科目代码及科目名称：

① 101 思想政治理论

② 201 英语一

③ 656 生物学

④ 940 计算机基础

三、研究方向及导师姓名：

研究方向：

01 基因组和蛋白质组分析

02 基因和遗传信息分析

03 药物筛选与分子设计

导师姓名：岳碧松、肖智雄、杜林方、鲍锦库、杨毅、曹毅、李校、李梦龙

四、专业课考试指定参考教材及参考书：

《陈阅增普通生物学》陈阅增高教出版社

《C程序设计》谭浩强清华大学出版社

《Linux基础与应用》陈明清华大学出版社

《四川大学计算机基础考研复习精编》

《四川大学计算机基础考研冲刺宝典》

《川大计算机基础考研模拟五套卷与答案解析》

《四川大学生物学考研复习精编》

《川大生物学考研模拟五套卷与答案解析》

《四川大学生物学考研冲刺宝典》

五、复试复习方法及注意事项

1、四川大学生物信息学专业的专业课复习是最重要的，无论如何进入考研复试之后，自身的的实力和成绩是最重要的，虽然考研复试的成败取决于很多因素，但是最重要的一个环节还是把复试要求的内容复习好，取得一个优异的成绩是前提。

2、在复试开始复习之前，多联系四川大学生物信息学专业的研究生，多咨询一下四川

大学生物信息学专业复试复习经验，毕竟很多人都是第一次参加复试，只有多向已经考上了的研究生咨询复试经验，才可以让复试变得更有把握。也可以通过四川大学生物信息学专业考研群进行交流复试复习经验。

3、查询四川大学研究生院的官方网站，落实四川大学生物信息学专业的复试流程，甚至不同的方向复试的流程和内容也是不一样的，所以一定要把这一点落实好，如果学校官方网站上没有公布，也可以打四川大学生物信息学专业研招办去落实复试流程。

4、复试的注意事项也要提前好好准备一下，比如注意礼貌、穿着礼仪、导师喜好、专业素养等等很多方面，一定要把这些注意事项好好的准备一下，做到有备无患。

2014年考研即将到来，在这所剩不多的时间里考生一定要打起十二分精神，将不懂的问题快速攻克，然后进行快速的总结与查缺补漏，争取在最短的时间内取得最好的复习效益。

生物信息学作业

生物信息学试题 1、构建分子系统树得主要方法有哪些？并简要说明构建分子进化树 得一般步骤。（20分） 答：（1）构建进化树得方法包括两种：一类就是序列类似性比较，主要就是基于氨基酸相对突变率矩阵（常用PAM250）计算不同序列差异性积分作为它们得差异性量度（序列进化树）；另一类在难以通过序列比较构建序列进化树得情况下，通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合与多结构特征比较等方法建立结构进化树 (2)序列比对——选取所需序列——软件绘制 具体如下： a测序获取序列或者在NCBI上搜索所需得目得序列 b在NCBI上做blast：比对相似度较高得基因，并以fast格式下载，整合在*txt文档中。 c比对序列，比对序列转化成*meg格式 d打开保存得*meg格式文件，构建系统进化树 2、氨基酸序列打分矩阵PAM与BLOSUM中序号有什么意义？它们各自 得规律就是什么？（10分） （1）PAM矩阵：基于进化得点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就就是一个进化得变异单位, 即1%得氨基酸改变。 BLOSUM矩阵：首先寻找氨基酸模式，即有意义得一段氨基酸片断，分别比较相同得氨基酸模式之间氨基酸得保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸得取代数据），然后，以所有60％保守性得氨基酸模式之间得比较数据为根据，产生BLOSUM60；以所有80％保守性得氨基酸模式之间得比较数据为根据，产生BLOSUM80。

（2）PAM用于家族内成员相比，然后把所有家族中对某种氨基酸得比较结果加与在一起，产生“取代”数据（PAM-1 ）；PAM-1自乘n次，得PAM-n。 PAM-n中，n 越小，表示氨基酸变异得可能性越小；相似得序列之间比较应该选用n值小得矩阵，不太相似得序列之间比较应该选用n值大得矩阵。PAM-250用于约 20%相同序列之间得比较。 BLOSUM-n中，n越小，表示氨基酸相似得可能性越小；相似得序列之间比较应该选用 n 值大得矩阵，不太相似得序列之间比较应该选用n值小得矩阵。BLOSUM-62用来比较62％相似度得序列，BLOSUM-80用来比较80％左右得序列。 3、蛋白质三维结构预测得主要方法有哪些？试选择其中得一种方 法，说明蛋白质三维结构预测得一般步骤。（10分） （1） a同源建模（序列相似性低于30%得蛋白质难以得到理想得结构模型 b折叠识别(已知结模板得序列一致率小于25%) c从头预测得方法(无已知结构蛋白质模板)。 （2） 4、您所熟悉得生物信息学软件有哪些？请选择其中得至少一种软 件，结合自己得研究课题，谈谈您所选择软件得基本原理，使用

生物信息学考研报考院校

学科门类：07 理学 一级学科：0710 生物学 以下表格数据来自：中国研究生信息网北京: (10001)北京大学 071020 生物学（生物信息学）071021 生物学（生物技术） (90106)中国人民解放军军事医学科学院071020 生物信息学

(10019)中国农业大学 071021 生物信息学 (80167)中国科学院北京基因组研究所071021 生物信息学 071022 基因组学 (80112)中国科学院生物物理研究所 071021 生物信息学 (80156)中国科学院北京遗传与发育生物研究所071021 生物信息学 (90106)中国人民解放军军事医学科学院071020 生物信息学 071021 生物安全

上海: (10246)复旦大学071020 生物信息学071021 人类生物学

(10248)上海交通大学

吉林： (10200)东北师范大学 071020 基因组学 071021 生物医学 071023 化学生物学 (80100)中国科学院上海生命科学研究院 071020 生物技术与医药 071021 生物信息学 071023 计算生物学 071024 生物情报学 具体考试的要求很详细具体由于表格很大就不一一列举 了：https://www.wendangku.net/doc/d417994745.html,/zsml/querySchAction.do?dwdm=80100&mldm=07&yjxkdm=0710&zymc=&pageno=8 江苏: (10319)南京师范大学 071020 生物技术 071021 生物物理化学 浙江: (10335)浙江大学 071020 生物信息学

基因组学与生物信息学教案

《基因组学与生物信息学》教案 授课专业：生物学大类各专业 课程名称：基因组学与生物信息学 主讲教师：夏庆友程道军赵萍徐汉福

课程说明 一、课程名称：基因组学与生物信息学 二、总课时数：36学时（理论27学时实验9学时） 三、先修课程：遗传学、分子生物学、基因工程 四、使用教材： 杨金水. 基因组学. 北京:高等教育出版社,2002. 张成岗. 贺福初, 生物信息学方法与实践. 北京:科学出版社，2002. 五、教学参考书： T.A.布朗著，袁建刚译著，基因组(2rd版)，北京：科学出版社,2006. 沈桂芳，丁仁瑞，走向后基因组时代的分子生物学，杭州：浙江教育出版社，2005. 罗静初译，生物信息学概论，北京：北京大学出版社，2002. 六、考核方式：考查 七、教案编写说明： 教案又称课时授课计划,是任课教师的教学实施方案。任课教师应遵循专业教学计划制订的培养目标，以教学大纲为依据，在熟悉教材、了解学生的基础上，结合教学实践经验，提前编写设计好每门课程每个章、节或主题的全部教学活动。教案可以按每堂课（指同一主题连续1~2节课）设计编写。教案编写说明如下： 1、编号：按施教的顺序标明序号。 2、教学课型表示所授课程的类型，请在相应课型栏内选择打“√”。 3、题目：标明章、节或主题。 4、教学内容：是授课的核心。将授课的内容按逻辑层次，有序设计编排，必要时标以“*”、“#”“？” 符号分别表示重点、难点或疑点。 5、教学方式既教学方法，如讲授、讨论、示教、指导等。教学手段指教科书、板书、多媒体、模型、 标本、挂图、音像等教学工具。 6、讨论、思考题和作业：提出若干问题以供讨论，或作为课后复习时思考，亦可要求学生作为作业 来完成，以供考核之用。 7、参考书目：列出参考书籍、有关资料。 8、日期的填写系指本堂课授课的时间。

生物信息学作业1实验2

上海师范大学实验报告 实验二 一、实验原理 答：利用Blast全球联网数据库，对输入的序列进行生物信息学分析，给出与输入序列相关性最大的对应的基因信息，比较两者的同源性。 二、操作步骤 答：（1）先打开网址https://www.wendangku.net/doc/d417994745.html,/ （2）点击右边的Blast链接，打开Blast数据库，进入Blast界面 （3）在Basic Blast中选择nucleotide blast （4）在对话框中输入核苷酸序列，在choose search set下的Database选项中选择Others (nr etc.) （5）把网页拉到最下方，点击Blast按钮 （6）在Descriptions 栏下找到Max ident 百分率最高的序列名称 （7）再往下拉，找到Alignments项下第一个序列，可以找到输入序列相关信息 （8）点击Accession，即能找到更多输入序列的相关信息。 1. tttcactcca tagttactcc ccaggtga 1.1它属于哪类生物? 答：属于Hepatitis C virus （丙型肝炎病毒） 1.2它属于哪类基因？ 答：属于non-structural protein 5B gene 1.3它在该基因的什么位置？ 答：它在该基因的第749-776这个位置。 1.4它与你搜索到的序列的同源性（Identities）是多少？ 答：同源性100% 2．（1）ccacccactg aaactgcaca gacaaatttg tacataagag 1.1它属于哪类生物? 答：属于Influenza A virus (A/chicken/Iran261/01(H9N2)) hemagglutinin (HA) gene （A型流感病毒，A型伊朗型261鸡流感病毒，H9N2病毒，血细胞凝集素抗原基因为依据） 1.2它属于哪类基因？ 答：属于ssRNA negative-strand viruses Orthomyxoviridae （单链RNA，负义链病毒，正粘病毒科） 1.3它在该基因的什么位置？ 答：它在该基因的第1-40这个位置 1.4它与你搜索到的序列的同源性（Identities）是多少？

2012-2014年硕士研究生分数线

1 / 10 2014年全国硕士研究生招生考试考生进入复试的初试成绩基本要求(学术学位类) 学科门类(专业)名称 A 类考生* B 类考生* 备 注 总分 单科（满分单科（满 总分 单科（满分单科（满哲学 290 40 60 280 37 56 *A 类考生：报考地处一区招生单位的考生。 *B 类考生：报考地处二区招生单位的考生。 一区系北京、天津、河北、山西、辽宁、吉林、黑龙江、上海、江苏、浙江、安徽、福建、江西、山东、河南、湖北、湖南、广东、重庆、四川、陕西等21省(市)； 二区系内蒙古、广西、海南、贵州、云南、西藏、甘肃、青 海、宁夏、新疆等10省(区)。 经济学 330 45 68 320 42 63 法学 315 44 66 305 41 62 教育学(不含体育学) 315 42 126 305 39 117 文学 350 55 83 340 52 78 历史学 310 42 126 300 39 117 理学 285 38 57 275 35 53 工学(不含工学照顾285 38 57 275 35 53 农学 255 34 51 245 31 47 医学(不含中医类照285 38 114 275 35 105 军事学 290 38 57 280 35 53

2 / 10 管理学 335 48 72 325 45 68 *工学照顾专业:力学[0801]、冶金工程[0806]、动力工程及工程热物理[0807]、水利工程[0815]、地质资源与地质工程[0818]、矿业工程[0819]、船舶与海洋工程[0824]、航空宇航科学与技术[0825]、兵器科学与技术[0826]、核科学与技 术[0827]、农业工程[0828]。 艺术学 325 34 51 315 31 47 体育学 265 34 102 255 31 93 工学照顾专业* 275 37 56 265 34 51 中医类照顾专业* 280 37 111 270 34 102 享受少数民族政策 245 30 45 245 30 45 报考少数民族高层次骨干人才计划考生进入复试的初试成绩基本要求为总分不低于245

生物信息学就业前景分析

专业介绍 生物信息学不在注重分析完成而是注重生物学或者临床医学解读，诸如，当我们发现一个信号通路pi3k，其中akt3这个基因表达他会激活什么因子，产生何种生物学表型影响什么细胞，下一步该如何实验。因为分析出结果越来越简单，在线平台，在线工具，自己看个教程就可以轻易完成，毕竟现阶段生物信息学的代码人员的素养越来越高，包括dockerhub的高手开发了很多镜像，版本控制问题也不难。所以在这个时代，实际上是谁知道数据如何使用谁强。毕竟生物学医学都是实验科学。 生物信息学在国内一直是一个比较前沿的学科。生物信息学是最近几年比较热门的专业之一。生物信息学（Bioinformatics）是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量生物数据所包含的生物学意义。 它随1990年人类基因组计划（HGP）的实施和信息技术的发展而诞生，现已迅速发展成为当今生命科学最具吸引力和重大的前沿领域，为生物学、计算机科学、数学、信息科学等专业的高素质人才提供了更广阔的发展天地。 生物信息学专业培养德、智、体、美全面发展，具有较好的分子生物学、计算机科学与技术、数学和统计学素养，掌握生物信息学基本理论和方法，具备生物信息收集、分析、挖掘、利用等方面的基本能力，能在科研机构、高等学校、医疗医药、环境保护等相关部门与行业从事教学、科研、管理、疾病分子诊断、药物设计、生物软件开发、环境微生物监测等工作的高级科学技术人才。 学生主要学习生物信息学的基本理论和方法，受到相关科学实验和科学思维

的基本训练，具有较好的分子生物学、计算机科学与技术、数学和统计学素养，具备生物信息的收集、分析、挖掘、利用等方面的基本能力，具有较好的业务素质。 就业前景 发展前景 生物信息(Bioinformatics)是典型的新兴交叉学科。从这个词的字面上便可以对其涵盖的领域略知一二：那就是生物学加上信息学。 布朗大学计算机科学系教授索林·伊斯特雷尔(Prof. Sorin Istrail)是这所“常青藤”名校计算分子生物学中心(Center for Computational Molecular Biology)的主任。他说，这个学科涉及范围广泛，该中心便整合了布朗大学两个生物科系、数学系和计算机科学系的资源。伊斯特雷尔教授这样描述生物信息工程师的工作。 “生物信息工程师需要有计算机、生物、生化、物理、数学等各方面的技能。所以说，它是个跨学科领域。它还涉及所谓的‘干实验室’(dry labs)，例如思维方式实验室、网络实验室等。因此这个工作要求对生物和计算机都有基本了解。” 几乎所有的生物信息工程师职位都需要有高等教育背景。很多时候，仅有本科学历已经不够用了，入门学位都得是硕士。 不过，鉴于这个领域相当不错的就业前景和不俗的薪资水平，在这方面的教育投入还是值得的。 由于生物信息工程师侧重领域不同，薪水也略有差别：例如，搞科研的微生物学家薪水在每年4万到10万美元间；生物统计方面的年薪为7万到11万美元；分子建模师和生物信息软件开发师每年可以赚到6万到10万美元。

生物信息学课程论文 作业题目 分配表

生物技术12-1 生物技术12-1 学号姓名性 别 签名学号姓名性别签名学号姓名性 别 签名 12114350101陈丽娜女大肠杆菌连接 酶 12114350104黄少敏女人的胰蛋白 酶 12114350105黄晓静女T4噬菌体 DNA聚合酶12114350106纪秀玲女人的肌红蛋白12114350107列泳婵女蛋白酶K序 列 12114350108石彩虹女小鼠P53基 因12114350110周海琪女拟南芥端粒酶 序列 12114350111曹杰濠男淀粉酶12114350113陈永成男G-谷氨酰转 肽酶12114350115方壮杰男乳酸脱氢酶12114350116冯健锋男肝癌铁蛋白12114350118黄静云男牛血清白蛋 白12114350119李树森男18S rDNA 12114350120李涛男ATP合成酶12114350121林秀尧男谷氨酸脱羧 酶12114350123刘国标男CDK4 12114350124罗皓炽男胃蛋白酶12114350125阮永刚男鲨烯合酶基 因12114350126石晓洲男肌动蛋白12114350129王佐正男肥胖基因相 关蛋白 12114350130吴文祯男柑橘果胶酯 酶12114350131吴永鹏男凝血酶原12114350132徐国相男维生素C合 成基因 12114350133叶业林男葡萄糖脱氢 酶

12114350134张维彬男大肠杆菌Β-半 乳糖苷酶 12114350135张伟龙男抗干旱基因12114350136郑晓坤男人血红蛋白 12114350142郑桂捷男磷酸酶的蛋白 质12114350138黄忠海男牛凝乳酶原 基因 12114350139徐少东男岩藻糖苷酶 12114350141王晓敏女木瓜蛋白酶 本班总人数：31 生物技术12-2 生物技术12-2 学号姓名性别签名学号姓名性别签名学号姓名性别签名12114350201黄雪梅女人的胰岛素12114350202李晨晨女热震惊蛋白/ 热击蛋白 1211435020 3 廖垭娣女乙肝病毒 CABYR- binding prot ein 12114350204冉梦梦女腺苷酸环化酶12114350205魏丹璇女DNA ase I 1211435020 6 吴彩凤女纤维素酶 12114350207武亦婷女18 rDNA 12114350208叶国玲女谷胱甘肽1211435020 9 叶锦玉女线粒体基因

生物信息学课程作业

生物信息学作业 1. Align the leghemoglobin protein from soy bean and myoglobin from human with global and local alignment software (ex. needle and water) respectively and interpret the results. ANSWER: (1)Use Needle to Align the two sequence： Aligned_sequences: 2 # 1: CAA38024.1 # 2: NP_001157488.1 # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # Length: 203 # Identity: 43/203 (21.2%) # Similarity: 58/203 (28.6%) # Gaps: 90/203 (44.3%) # Score: 30.0 (2)Use Water to Align the two sequence： Aligned_sequences: 2 # 1: CAA38024.1 # 2: NP_001157488.1 # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 14 # Extend_penalty: 4 # Length: 32 # Identity: 11/32 (34.4%) # Similarity: 15/32 (46.9%) # Gaps: 0/32 ( 0.0%) # Score: 35 两种软件虽然使用同一罚分标准但得分不同。因为Needle程序实现标准pairwise全局比对，而Water则是局部比对。全局比对因为是比对全长序列，所以空位罚分多，得分较局部比对低。

研究生历年国家线

1997-2009年考研报名人数与录取人数比例统计

2010年硕士研究生招生分学术型和全日制专业学位两个类型，全日制专业学位研究生招生全面开通，这是为适应我国经济社会发展对高层次应用型人才的迫切需要，进一步优化教育结构，提升研究生的就业能力而采取的重要举措。根据两类研究生的不同特点，今年分别确定学术型和专业学位研究生招生初试成绩基本要求。 学术型研究生招生初试成绩基本要求 报考学科门类(专业) A 类考生* B 类考生* C 类考生* 备 注 总分 单科 (满分 =100 分) 单科(满 分>100分) 总分 单科 (满分 =100 分) 单科(满 分>100分) 总分 单科 (满分 =100 分) 单科(满 分>100 分) 哲学[01] 270↓ 36↓ 54↓ 260↓ 33↓ 50↓ 250↓ 30↓ 45↓ *A 类考生：报考地处一区招 生单位的考生。 *B 类考生：报考地处二区招生单位的考生。 *C 类考生：报 考地处三区招生单位的考生。 一区系北京、天津、上海、 江苏、浙江、 经济学[02] 330↑ 46↓ 69↓ 320↑ 43↓ 65↓ 310↑ 40↓ 60↓ 法学[03] 310↓ 43↓ 65↓ 300↓ 40↓ 60↓ 290↓ 37↓ 56↓ 教育学[04](不含 体育学[0403]) 310↑ 41↓ 123↓ 300↑ 38↓ 114↓ 290↑ 35↓ 105↓ 文学[05](不含 艺术学[0504]) 345↑ 50↓ 75↓ 335↑ 47↓ 71↓ 325↑ 44↓ 66↓ 历史学[06] 275↓ 36↓ 108↓ 265↓ 33↓ 99↓ 255↓ 30↓ 90↓ 理学[07] 280 37↓ 56↓ 270 34↓ 51↓ 260 31↓ 47↓ 工学 [08](不含 275 36↓ 54↓ 265 33↓ 50↓ 255 30↓ 45↓

《生物信息学》上机作业

《生物信息学》上机作业 题目：对人血红蛋白（HBA1）编码基因序列的生物信息分析

目录 引言 .............................................................................................................................................. - 1 -1 正文......................................................................................................................................... - 2 - 1.1 NCBI上对相关核苷酸序列的查找............................................................................ - 2 - 1.2 BLAST运行及其结果.................................................................................................. - 2 - 1.3 BLASTX运行及其结果................................................................................................ - 6 - 2 其他软件的运行及其结果..................................................................................................... - 8 - 2.1 Clustal W运行及其结果 ............................................................................................. - 9 - 2.2 MEGA4.0运行及其结果............................................................................................. - 10 -结论 ............................................................................................................................................ - 10 -

全国硕士研究生历年国家复试分数线

据悉，2009年全国硕士研究生招生入学考试初试合格资格线(见附表)已确定，各研究生招生单位将全面启动复试、录取工作。今年初试合格资格线确定的原则和方法保持相对稳定和政策连续。 为方便考生调剂，4月8日至5月15日，教育部继续在“中国研究生招生信息网”(公网网址：https://www.wendangku.net/doc/d417994745.html,,教育网网址：https://www.wendangku.net/doc/d417994745.html,)开通“全国硕士研究生招生调剂服务系统”，有调剂愿望的上线考生应及时上网了解调剂系统的使用方法，并按有关要求做好相关申请和确认工作。 另据介绍，北京大学等34所自划线高校已于3月下旬公布了其初试合格资格线，广大考生可通过相关高校网站和“中国研究生招生信息网”进行查询。 报考学科门类（专业） A类考生*B类考生*C类考生* 总分 单科（满 分=100 分） 单科（满 分>100 分） 总分 单科（满 分=100 分） 单科（满 分>100 分） 总分 单科（满 分=100 分） 单科（满 分>100 分） 哲学[01] 280 37 56 270 34 51 260 31 47 经济学[02] 315 47 71 305 44 66 295 41 62 法学[03]（不含法律硕士 专业[030180]） 315 46 69 305 43 65 295 40 60 教育学[04]（不含体育学 [0403]） 300 42 126 290 39 117 280 36 108 文学[05]（不含艺术学 [0504]） 340 51 77 330 48 72 320 45 68 历史学[06] 290 40 120 280 37 111 270 34 102 理学[07] 280 38 57 270 35 53 260 32 48 工学[08]（不含照顾专业）275 37 56 265 34 51 255 31 47 农学[09] 260 32 48 255 31 47 250 30 45 医学[10]（不含中医学 [1005]） 285 39 117 275 36 108 265 33 99 军事学[11] 300 48 72 290 45 68 280 42 63 管理学[12]（不含MBA 专业[120280]） 315 47 71 305 44 66 295 41 62 体育学[0403] 285 39 117 275 36 108 265 33 99 艺术学[0504] 320 42 63 310 39 59 300 36 54 中医学[1005] 275 37 111 265 34 102 255 31 93 法律硕士[030180] 315 47 71 305 44 66 295 41 62 工商管理硕士 [MBA][120280] 155 50 85 145 45 77 135 40 68 照顾专业（一级学科）* 260 37 56 250 34 51 240 31 47 享受少数民族政策的考 生* 240 31 47 240 31 47 240 31 47 备注： *A类考生：报考地处一区招生单位的考生。 *B类考生：报考地处二区招生单位的考生。 *C类考生：报考地处三区招生单位的考生。 一区系北京、天津、上海、江苏、浙江、福建、山东、河南、湖北、湖南、广东等11省（市）； 二区系河北、山西、辽宁、吉林、黑龙江、安徽、江西、重庆、四川、陕西等10省（市）； 三区系内蒙古、广西、海南、贵州、云南、西藏、甘肃、青海、宁夏、新疆等10省（区）。

生物信息学作业

CDK2基因和蛋白质序列的生物信息学分析 姓名： 学号： 专业： 1前言 细胞周期蛋白依赖激酶2(cyclin-dependent kinase 2,CDK2)，又名细胞分裂激酶2(cell division kinase 2)或p33蛋白激酶(p33 protein kinase)，其基因定位于人类基因组的12号染色体上的q13染色带上。CDK2基因全长6013bp，这部分中有7个外显子和6个内含子，7个外显子的长度依次为353bp、78bp、121bp、171bp、102bp、204bp、1264bp(可依次记为外显子1-7)。在翻译过程中，该基因转录成的mRNA的外显子1的前137bp和外显子7的后1159bp不进行翻译，属于调控序列。mRNA上只有中间的部分编码蛋白质。 CDK2基因可以转录为两种mRNA。其中，变体1长度为2325bp，编码298个氨基酸；变体2长度为2223bp，编码264个氨基酸。这两种蛋白质为CDK2的同型蛋白，功能相同，具有调控细胞分裂的功能，主要在G1期到S期和S期到G2期这两个阶段起作用。CDK2广泛分布在生物体的各种细胞的胞质溶胶和细胞核质中，但只在进行分裂的细胞中行使功能，这是因为CDK2只有与不同的细胞周期蛋白(cyclin)结合后才具有活性。CDK2可以与细胞周期蛋白A、B1、B3、E等结合后，参与细胞周期调控。由于CDK2在细胞内的数量变化有可能导致细胞周期异常而产生癌症，故CDK2基因可以被看作癌基因，其活性和表达量可以作为衡量癌症的指标。CDK2与周期蛋白E的复合体不仅能直接参与中心体复制的起始调控，还能与类Rb蛋白p107或转录因子E2F结合，促进细胞从G1期向S期转化或调控DNA复制有关的基因转录。而CDK2与周期蛋白A的复合体可以增强DNA复制因子RF-A的活性。 在CDK2分子中，被称为T环的氨基酸环阻断了活性部位，妨碍激酶履行它的酶功能，而且活性部位的氨基酸形成一种难于为蛋白质结合的形状。CDK2与周期蛋白结合时，周期蛋白将T环转出2nm以上，又将CDK2中的PSTAIRE螺旋部分转了, 并把活性部位氨基酸变成能与底物蛋白结合的正确构象。CDK2的活性不仅与周期蛋白有关，还与其上的Thr-15、Tyr-15、Thr-160三个位点是否磷酸化有关。一般情况下，与周期蛋白结合的CDK2的上述三个位点被Wee/Mik1和CAK激酶磷酸化，但此时复合体还没有活性，只有当Cdc25c将Thr-15、Tyr-15两个位点去磷酸化后，复合体才有活性。细胞中存在多种因子对CDK2进行修饰调节，此外还存在对其活性起负性调控的蛋白质，即CDK激酶抑制物，例如p21CIP/WAF1、p27KIP2等。 前面提到，CDK2基因转录的产物有两种。这两种mRNA的不同之处在于变体1由全部7个外显子组成，而变体2缺失外显子5，由剩余的6个外显子组成。这样翻译成的两种同型蛋白的长度就相差34个氨基酸。 2 材料和方法： 2.1序列数据来源 采用蛋白质名称对NCBI非冗余蛋白质数据库进行检索，CDK2蛋白的记录有1013个。而采用基因名称对NCBI非冗余核酸数据库进行检索，CDK2蛋白的记录有680个。 采用人(Homo sapiens)的CDK2蛋白序列进行BLAST搜索。 2.2序列分析方法

历年考研国家复试分数线汇总

2013年考研国家复试分数线(学术型) 学科门类(专业)名称 A 类考生* B 类考生* 备 注 总分 单科（满分 =100分） 单科（满分 >100分） 总分 单科（满分 =100分） 单科（满 分 >100分） 哲学 280 38 57 270 35 53 *A 类考生：报考地处一区招生单位的考生。 *B 类考生：报考地处二区招生单位的考生。 一区系北京、天津、河北、 山西、辽宁、吉林、黑龙 江 、上海、江苏、浙江、安徽、福建、江西、山东、 河南 、湖北、湖南、广东、重 庆、四川、陕西等21省(市)； 二区系内蒙古、广西、海南、贵州、云南、西藏、甘肃 、青海、宁夏、新疆等 10省(区)。 *工学照顾专业:力学[0801]、冶金工程[0806]、 动力工 程及工程热物理 [0807]、水利工程[0815]、地质资源与 地质工程[0818]、矿业工程[0819]、船舶与海洋工程 [0824]、航空宇航科学与 技术[0825]、兵器科学与 技术 [0826]、核科学与技术[0827]、农业工程[0828]。 *中医类照顾专业：中医学[1005]、中西医结合[1006] 。 *享受少数民族政策的考生：①报考地处二区招生单 位，且毕业后在国务院公布的民族区域自治 经济学 340 49 74 330 46 69 法学 315 42 63 305 39 59 教育学(不含体育学) 310 40 120 300 37 111 文学 350 54 81 340 51 77 历史学 295 40 120 285 37 111 理学 290 39 59 280 36 54 工学(不含工学照顾专业) 295 40 60 285 37 56 农学 255 33 50 245 30 45 医学(不含中医类照顾专业) 290 38 114 280 35 105 军事学 295 40 60 285 37 56 管理学 345 51 77 335 48 72 艺术学 320 34 51 310 31 47 体育学 265 34 102 255 31 93 工学照顾专业* 280 37 56 270 34 51 中医类照顾专业* 275 36 108 265 33 99 享受少数民族政策的考生* 245 30 45 245 30 45 报考少数民族高层次骨干人才计划考生进入复试的初试成绩基本 要求为总分不低于245分。

生物信息学作业题

生物信息学作业题 绪论 1．什么是生物信息学？ 2．生物信息学有哪些主要研究领域？ 第一章生物信息学的分子生物学基础 1．DNA的双螺旋结构要点是什么？ 2．什么是基因组和蛋白质组？对它们的研究有何意义？ 第二章生物信息学的计算机基础 1．简述网络操作系统的类型。 第三章核酸序列分析 1．什么是全局比对？ 2．什么是局部比对？有哪些优点？ 第四章分子进化分析 1．分子进化分析具有哪些优点？ 2. 简述分子进化的中性学说。 第五章基因组分析 1. 什么是基因组学？其主要研究内容是什么？ 2．简述基因预测分析的一般步骤。 第六章蛋白质组分析 1. 蛋白质组学的概念和主要研究的大致方向是什么？ 2. 蛋白质组功能预测的程序是怎样的？ 第七章生物芯片数据分析 1. 什么是生物芯片? 2. 生物芯片有哪些方面的应用? 第八章核酸与蛋白质结构预测 1. RNA二级结构典型的预测方法有哪些？ 2. 基于统计学的预测蛋白质二级结构的方法有哪些？ 第九章生物信息学平台与工具软件 1. 请利用Clustal X软件对下列6条蛋白质序列进行多重比对（比对结果用BioEdit软件打开，用“截图”方式显示比对结果）。 >1 mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk >2 mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl >3

mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk >4 mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl >5 mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk >6 mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl 2. 现有一ZmPti1b蛋白质序列，请用DNAMAN软件分析其二级结构，给出分析结果。 1 MSCFACCGDE DTQVPDTRAQ YPGHHPARAD AYRPSDQPPK GPQPVKMQPI AVPAIPVDEI 61 REVTKGFGDE ALIGEGSFGR VYLGVLRNGR SAAVKKLDSN KQPDQEFLAQ VSMVSRLKHE 121 NVVELLGYCA DGTLRVLAYE FATMGSLHDM LRGRKGVKGA QPGPVLSWSQ RVKIAVGAAK 181 GLEYLHEKAQ PHIIHRDIKS SNVLLFDDDV AKIADFDLSN QAPDMAARLH STRVLGTFGY 241 HAPEYAMTGQ LSSKSDVYSF GVVLLELLTG RKPVDHTLPR GQQSLVTWAT PRLSEDKVRQ 301 CVDSRLGGDY PPKAVAKFAA VAALCVQYEA DFRPNMSIVV KALQPLLNAH ARATNPGDHA 361 GS

生物信息学作业1.doc

生物信息学实验作业 试验一 一．找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因的核酸序列编号, 并记录查找过程。 GI：224576211 步骤 1．进入NCBI主页 2．搜索arabidopsis phyA 3．Arabidopsis thaliana phytochrome A (PHYA) gene, partial cds 4．VERSION：GI：224576211 二．以phyA为检索词，在pubmed数据库中分别检索在题目和关键词字段中含有该检索词的文献，记录检索出的条目数目。 Results: 614 三．仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和EMBL数据库中格式的解释，理解各字段的含义，并比较NCBI 与EMBL中序列格式的异同。

实验二 一．分析你感兴趣核酸序列的分子质量、碱基组成。 Composition 35 A; 25 C; 35 G; 15 T; 0 OTHER Percentage: 32% A; 23% C; 32% G; 14% T; 0%OTHER Molecular Weight (kDa): ssDNA: 34.26 dsDNA: 67.8 二．列出你所分析核酸序列（或部分序列）的互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA 序列。 R S 1 ACTACTCGAG AAGCAGCGAC AGAGGCGTTA GCCCGCTCAG CAGACTGGCA GTTCTCTACC 61 GACAAAAAAG AGGTAGGAGG CACAGTAATG ATACAGGCGT AGCAGGAGGG C S 1 CCCTCCTGCT ACGCCTGTAT CATTACTGTG CCTCCTACCT CTTTTTTGTC GGTAGAGAAC 61 TGCCAGTCTG CTGAGCGGGC TAACGCCTCT GTCGCTGCTT CTCGAGTAGT R C S 1 TGATGAGCTC TTCGTCGCTG TCTCCGCAAT CGGGCGAGTC GTCTGACCGT CAAGAGATGG 61 CTGTTTTTTC TCCATCCTCC GTGTCATTAC TATGTCCGCA TCGTCCTCCC D DNA S 1 GGGAGGACGA TGCGGACATA GTAATGACAC GGAGGATGGA GAAAAAACAG CCATCTCTTG CCCTCCTGCT ACGCCTGTAT CATTACTGTG CCTCCTACCT CTTTTTTGTC GGTAGAGAAC 61 ACGGTCAGAC GACTCGCCCG ATTGCGGAGA CAGCGACGAA GAGCTCATCA TGCCAGTCTG CTGAGCGGGC TAACGCCTCT GTCGCTGCTT CTCGAGTAGT RNA S 1 GGGAGGACGA UGCGGACAUA GUAAUGACAC GGAGGAUGGA GAAAAAACAG CCAUCUCUUG 61 ACGGUCAGAC GACUCGCCCG AUUGCGGAGA CAGCGACGAA GAGCUCAUCA 三.列出核酸序列的限制性酶切位点分析结果（酶及识别位点）。 Restriction analysis on US Methylation: dam-No dcm-No Screened with 117 enzymes, 5 sites found Ecl136II 1 GAG/CTC 103 EcoICRI 1 GAG/CTC 103 SacI 1 GAGCT/C

基因组学与生物信息学课后作业

基因组学与生物信息学课后作业2016/2/23 名词解释 1 基因组：基因组是指生物体内遗传信息的集合，是某个特定物种细胞内全部DNA分子的总和 2 基因组学：是一门新兴的学科，是在全基因组范围内研究基因的结构、功能、组成及进化的科学，包括多个分支学科 3 C值：指一个单倍体基因组中DNA的总和，一个特定的物种具有其特征性的C值 4 基因家族：来自于一个共同的祖先基因，由基因重复及其突变产生。序列相似，功能相近。 5 假基因：来源于功能基因，但以失去活性的DNA序列，有沉默的假基因，也有可转录的假基因 6 人类基因组计划：旨在为30多亿碱基对构成的人类基因组精确测序，发现所有人类基因并搞清其在染色体上的位置，破译人类全部遗传信息 问答题

简述真核生物染色体与原核生物染色体的差别。 答：真核生物基因组都由分散的长链线性DNA分子组成，每个DNA分子都与蛋白质结合组成染色体；原核生物基因组有2种独立结构的遗传物质，一种为拟核里的染色质，一种为质粒 另外，真核生物基因组含大量非编码序列（高度重复序列，多位于着丝粒、端粒）、断裂基因，而原核生物大部分基因都可以编码 名词解释 突变:基因组小区段范围内DNA分子发生的突然的、可遗传的变异现象。 重组:指基因组中大范围区段发生重新组合。 同源重组:指发生在非姐妹染色单体（sister chromatin) 之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合 转座:一段DNA片段或其拷贝从染色体的一个位置转移到另一位置，并在插入位点两侧产生一对短的正向重复序列 基因重复:含有基因的DNA片段发生重复，可能因同源重组作用出错而发生，或是因为反转录转座与整个染色体发生重复所导致 比较基因组学:在基因组水平上研究不同物种和品系之间在基因组结构与功能方面的亲缘关系及其内在联系的一门新兴交叉学科

生物信息学作业(一)

生物信息学实验作业一 1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上网的方法自学各网站相关介绍。答：（1）、NCBI: （National Center of Biotechnology Information，简称NCBI）美国国立生物技术信息中心。其主页为：https://www.wendangku.net/doc/d417994745.html,。NCBI 是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。 在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI 受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。 BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW 或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。 主要任务：（1）建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统（2）实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结