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beast系列软件使用

个人初步总结

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个人详细使用:

BEAUti

1、File-—Import Data—打开NEXUS(beauti软件的NEXUS文件与PAUP软件的有不同)

文件打开后显示为

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2、选择Taxon Sets通过建立一套定义子集分类,这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列数据。这也允许你去记录每个分类tMRCA子集最近的共同祖先,设置分布在相应分歧时间的分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中应按单位相同规定你的DNA序列。这些分类单元可以代表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是,建立一个分类单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。

单击“+”在左下角,创建几个分类群,重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分类群,选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮,确使在MCMC分析的时候保持单源。最后可以得到类似:

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3、选择substitution model 这里主要是模型的选择

substitution model中主要为三个模型HKY GTR TN93根据模型构建来选择

Base frequencies中Estimated/Emirical/All equal三种估计,经验,设备可根据不同的获得方式来选择。

Site Heterogeneity Model中None/Gamma/Invariant sites/Gamma+ Invariant sites,None(假定物种的进化保持相同的速率) Gamma(物种的进化不是相同的速率)Invariant sites(数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变,其进化速率是相同的)

Partition into codon positions中off/2 partitions:positions(1+2),3/3 partitions:positions1,2,3

off :分析不能转录成RNA的DNA

2 partitions:positions(1+2),3:1,2段转录比较慢,3段转录比较快

3 partitions:positions1,2,3:3段都有自己的转录翻译速度

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有些(name下有两个以上)这时需要选择Data Partitions的Unlink Subst Models”

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4、选择clock model

选择the relaxed molecular clock models数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。很多数据都是用到the relaxed molecular clock models

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选择合适的分子钟模型来估计速率的变化。

5、tress

Tree priors:我们比较多的希望使用Yule模型,这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序列不同的种类。

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6、Priors

在有数据的情况下,改变设置trmc()的Priors,其他的参数设置大概估计不出现红色即可。

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7、MCMC

Length of chain:取决于数据大小和质量,系统默认为10,000,000

Echo state to screen every和log parameters every:多少的马尔科夫链的参数显示在屏幕上和记录在日志文件中。前一个系统默认为10,000 这个数值不要低于10,000,不然会有一大堆没用的数据出现在屏幕上,拖累了速度

8输出创建XML文件

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Running BEAST

Run BEAST 加入文件为新建好的XML文件

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Run完以后出现两个文件XX.log.txt和XX.Tree Analyzing the results使用Tracer软件

打开XX.log.txt 查看结果

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Select meanRate 去查看95%HPD

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TreeAnnotator Obtaining an estimate of the phylogenetic tree

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输出XX_MCC.tree

Burnin数据得到为前面BEAUti软件中a chain length/sampling(800,000/200) 400的1%为40

Posterior probability limit将这个值设置为0诠释了所有的节点。Viewing the Tree使用FigTree软件

打开XX_MCC.tree文件

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Beasuti软件在使用时还有

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在BEASUti的Taxa的默认时间为0,而有时候参数要进行设置