Clustalx 多重序列比对图解教程(图解使用)
Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy)
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软件简介:
CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。
主要功能：
你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；
你可以选择序列子集进行比对；
你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；
可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。
当前版本:1.83
PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版
链接地址:https://www.wendangku.net/doc/ee4194650.html,/index.php?Go=Show:ist&ID=7435 (请完整复制)
应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提
实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例
流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果
1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replace existing sequences)，根据具体情形选择操作。
图1
图2
2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)
图3
3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参数主要有六个，分别是Reset New Gaps before Alignment(比对前重置新的空位参数)，Reset All Gaps before Alignment（比对前重置所有空位参数），Pairwise Alignment Parameters（两两序列比对参数），Multiple Alignment Parameters（多重序列比对参数），Protein Gap Parameters（蛋白空位参数），Secondary structure Parameters（二级结构参数），如图4所示：
图4
修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“Multiple Alignment Parameters”弹出参数设置窗口，如图5所示：
图5
4.完全比对：返回菜单栏选择“Complete Alignment”标签，此时会弹出输出文件路径的设置窗口，设置Guide Tree File（向导树或指导树文件）、Alignment File（比对文件）的保存位置（存放路径），点击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长度、计算机性能而异，如图6-8所示：
图6
图7
图8
当主界面的左下状态栏会提示“CLUSTAL-Alignme nt File created []”时说明比全完毕，这时文件保存位置的目录下会生成生成两个文件，分别是*.aln 和*.dnd，aln是序列比对的文件，可以进一步用于构树系统发育树，dnd是向导树文件（指导树），这两个文件可以用Windows系统中的“记事本”或第三方程序“UltraEdit”等打开，如：
图9 ALN文件
图10 dnd文件
5.后续分析：
1)Clustalx比对生成的结果可读性不是太好，一般需要专业的序列着色软件处理，如Boxshade、ESPript，这两个工具都是在线进行，其中Boxshade图解教程详见本Blog日志。
Boxshade在线网址：https://www.wendangku.net/doc/ee4194650.html,/software/BOX_form.html ESPript在线网址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
2)转换ALN文件，进一步构建系统发育树，转换格式依不同软件而有所不同，如在PHYLIP分析前需要将ALN格式转换为PHY格式方可...
注意事项：
1)dnd是向导树文件，可以用TreeViews软件查看树图。注意：向导树不是系统发育树，两者区别敬请关注近期－系统发育分析专题。
2)多重比对文件推荐要求为规范的FASTA格式，文件扩展名不限，格式大致如下：引用:
>RGDV_BAA02676 MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN
>RGDV_ABC75537 MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFCHLWVIMSFIAVFGRYYTVN
>RGDV_AAO64253 MSRQAWIETSALIERISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN
>RGDV_AAY14576
常见问题：
正在整理中，欢迎大家将使用过程存在的问题在此提出，以便于解答...
GHOST使用教程(图解
GHOST使用教程(图解)人人都可“拥有”4GHz的CPU **** 本内容跟帖回复才可浏览***** 河北的刘宗元朋友打电话告诉董师傅，他在查看朋友电脑的系统属性时，发现系统属性里显示这台电脑采用的是Intel的4GHz的P4 CPU（图1）。他很是好奇，要知道去年因4GHz P4 CPU难产，Intel的首席执行官贝瑞特曾当众下跪祈求原谅。 董师傅自然也不相信Intel真的出了4GHz的P4 CPU，不过对这个显示结果还是非常感兴趣，经过一番摸索，发现只要略施小计，我们每一个人都可以“拥有”4GHz的P4 CPU。你也想有这样一颗“心”？别着急，且听师傅慢慢道来。 都是sysdm.cpl文件“惹的祸” 知道了问题的关键，下面要做的就是修改信息了。 首先将C:WindowsSystem32文件夹下的sysdm.cpl文件复制一份出来，然后用资源编辑工具EXESCOPE打开复制出的sysdm.cpl文件，展开“资源→对话框→101”分支。在右侧一共有9个“Link Window”。除了第4、5个外，把另外七个的“可见”属性去掉（即去掉右侧“可见”前的钩），目的是在检测系统属性时只显示第4、5个的内容。 选中第4个“Link window”，在“标题”栏输入文字“Intel(R) Pentium4(R)处理器”；在第5个“Link window”的“标题”栏中输入“4 GHz，2048 MB 的内存”等信息（连内存信息也一并改了。数字可随意输入，但不可过长，否则显示效果较别扭）；再将第4个“Link window”的“Y”坐标值改为“149”，将第5个的调整为“170”，以占据原来第1、2个“Link Window”的位置。 修改好后保存该文件，接下来只要用该文件替换原始文件即可。不过，在替换过程中，董师傅又遇到了一个新问题： 文件保护功能会“作祟” 董师傅使用的是Windows XP+SP2系统，要把修改后的sysdm.cpl文件复制到C:WindowsSystem32中替换原文件有些麻烦——SP2强大的文件保护功能会自动还原原始文件。 师傅我并不想禁用文件保护功能，所以借助文件替换工具Replacer解决了这个问题。 将下载回来的文件解压到任一文件夹，双击“replace.cmd”出现命令提示符窗口，将 C:WindowsSystem32sysdm.cpl文件拖到其中，回车；再将修改过的sysdm.cpl文件拖入其中并回车，输入“Y”后按回车，这样就能替换掉系统文件了（在弹出的Windows文件保护时请点“取消”）。 至此，董师傅所想要的4GHz的P4 CPU终于“出现”！心动了吧？那就赶快动手吧。 以上软件下面有得下载 资源编辑工具EXESCOPE 文件替换工具Replacer 一、什么是Ghost？ Ghost（幽灵）软件是美国赛门铁克公司推出的一款出色的硬盘备份还原工具，可以实现FAT16、FAT32、NTFS、OS2等多种硬盘分区格式的分区及硬盘的备份还原。俗称克隆软件。 1、特点：既然称之为克隆软件，说明其Ghost的备份还原是以硬盘的扇区为单位进行的，也就是说可以将一个硬盘上的物理信息完整复制，而不仅仅是数据的简单复制；克隆人只能克隆躯体，但这个Ghost却能克隆系统中所有的东东，包
Clustalx_实验指南(一步一步很详细)
实验三：多条序列比对——Clustalx （一）ClustalX Clustal是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果。（Figure 3.1） https://www.wendangku.net/doc/ee4194650.html,/ 1.安装clustalx程序。 双击安装clustalx-2.0.12-win.msi.exe文件到自己的电脑上。 也可从https://www.wendangku.net/doc/ee4194650.html,/download/current/下载，列表中的倒数第二个文件。clustalx-2.0.12-win.msi Figure 3.1 clustal 算法 2.准备要比对的序列 请查找至少存在于5个物种中的同源序列（核酸或蛋白质皆可），并保存为fasta格式，存为文本文件（所有的序列请粘贴到同一个文本文件中）。选择NM、XM或NP打头的序列，不要选择NC或NW打头的序列，那是全基因组序列。 做法可参照邮箱中的preparations for practice3.doc文件。 3.打开clustalX程序 开始菜单－程序－clustalX2- clustalX2 4.载入序列 点最上方的File菜单，选择Load Sequence-选择你刚保存的序列文件，点打开。 在左侧窗口里是fasta格式序列的标识号，取自序列第一行“>”后的字符。(Figure 3.2) 注意：ClustalX程序无法识别汉字，无法识别带空位的文件夹名，如 my document。各位同学保存的序列文件不要保存在桌面上或带汉字的文件夹中，推荐保存在D盘根目录下。 常见文件打开错误原因： １．序列格式有问题，非正确的fasta格式。 ２．文件中有序列重复粘贴。 TIPS: 想要方便识别序列所属物种，可在每条序列“>”后输入物种名，加空位即可。EXAMPLE：原格式：>gi|262050536|ref|NM_002218.4| Homo sapiens inter-alpha (globulin) inhibitor H4 (plasma Kallikrein-sensitive glycoprotein) (ITIH4), transcript variant 1, mRNA
Clustalx 多重序列比对图解教程(图解使用)
Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy) 本帖首发于Raindy'blog,转载请保留作者信息，谢谢！欢迎有写生物学软件专长的战友，加入生信教程写作群：，接头暗号：你所擅长的生物学软件名称 软件简介: CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 主要功能： 你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序； 你可以选择序列子集进行比对； 你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中； 可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。 当前版本:1.83 PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版链接地址::ist&ID=7435(请完整复制) 应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提 实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例 流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果 1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replace existing sequences)，根据具体情形选择操作。
图1
图2 2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)
GHOST使用教程(图解)
GHOST使用教程(图解) 收集者：小路发布于：https://www.wendangku.net/doc/ee4194650.html, 发布时间：2007- 5-6 12:50:48 发布人：小路 减小字体增大字体 一、什么是Ghost？ Ghost（幽灵）软件是美国赛门铁克公司推出的一款出色的硬盘备份还原工具，可以实现FAT16、FAT32、NTFS、O S2等多种硬盘分区格式的分区及硬盘的备份还原。俗称克隆软件。 1、特点：既然称之为克隆软件，说明其Ghost的备份还原是以硬盘的扇区为单位进行的，也就是说可以将一个硬盘上的物理信息完整复制，而不仅仅是数据的简单复制；克隆人只能克隆躯体，但这个Ghost却能克隆系统中所有的东东，包括声音动画图像，连磁盘碎片都可以帮你复制，比克隆人还厉害哟：）。Ghost支持将分区或硬盘直接备份到一个扩展名为.gho的文件里（赛门铁克把这种文件称为镜像文件），也支持直接备份到另一个分区或硬盘里。 2、运行ghost：至今为止，ghost只支持Dos的运行环境，这不能说不是一种遗憾：（。我们通常把ghost文件复制到启动软盘（U盘）里，也可将其刻录进启动光盘，用启动盘进入Dos环境后，在提示符下输入ghost，回车即可
运行ghost，首先出现的是关于界面，如图 按任意键进入ghost操作界面，出现ghost菜单，主菜单共有4项，从下至上分别为Quit（退出）、Options（选项）、Peer to Peer（点对对，主要用于网络中）、Loca l（本地）。一般情况下我们只用到Local菜单项，其下有三个子项：Disk（硬盘备份与还原）、Partition（磁盘分区备份与还原）、Check（硬盘检测），前两项功能是我们用得最多的，下面的操作讲解就是围绕这两项展开的。 3、由于Ghost在备份还原是按扇区来进行复制，所以在操作时一定要小心，不要把目标盘（分区）弄错了，要不
.软件使用教程
目录 一．关于U盘的软件 (2) 1 .ATTO Disk Benchmark.(测试U盘读写速度) (2) 2. MyDiskTest（测试U盘是否为扩容盘） (5) 3 .USBcleaner(U盘杀毒软件) (7) 二.硬盘分区及数据恢复软件 (9) 1.diskgenius （硬盘分区及数据恢复软件） (9) 2. Acronis Disk Director Suite (简称为ADDS) （分区管理器，无损分区） (9) 3. EASYRECOVERY（硬盘数据恢复工具） (9) 三.Ghost （硬盘备份还原工具，常用于重装系统） (10) Ghost 系统重装 (10) 另附：用NT6 HDD Installer硬盘安装 (10) 四．驱动安装的软件 (12) 1.E驱动（驱动安装） (12) 2驱动精灵（驱动检测与安装） (13) 五.windows激活 (16) 1.小马激活 (16) 2. CW激活 (16) 六.C-cleaner （清理Windows 个人电脑） (17) 七.卸载软件 (18) 1.添加删除程序（XP下）\卸载更改程序（win7下）（系统自带） (18) 2.完美卸载（智能卸载） (19) 3. microsoft fix it (微软官方修复工具) (21) 八.一般软件 (22) 1.360安全卫士 (22) 2.汉王OCR（PDF转换） (23) 3. Foxit PDF Reader（PDF阅读器） (23) 4.winrar（压缩包管理器） (24) 5.directX ，.net framework 4.0 ，Microsoft Visual C++ (24) 九.一些小程序（都在附件里） (24) 1.独木成林Dll文件智能修复_1.1 (24) 2. PowerRMV文件强制删除工具 (24) 3瑞星注册表修复工具 (25) 4. Autoruns，gmer，Procmon，TCPView (26) 现在主要讲常用的软件和一些技术员维修时需要用到的软件，在此，只是简单的一些应用，有兴趣的话可以多深入了解一下。 （现在的软件很多，很多不同的软件都有相同的功能，现在讲的软件都只有一例，有兴趣的
Ghost教程图解
Ghost使用教程图解 一、什么是Ghost？ Ghost（幽灵）软件是美国赛门铁克公司推出的一款出色的硬盘备份还原工具，可以实现FAT16、FAT32、NTFS、OS2等多种硬盘分区格式的分区及硬盘的备份还原。俗称克隆软件。 1、特点：既然称之为克隆软件，说明其Ghost的备份还原是以硬盘的扇区为单位进行的，也就是说可以将一个硬盘上的物理信息完整复制，而不仅仅是数据的简单复制；克隆人只能克隆躯体，但这个Ghost却能克隆系统中所有的东东，包括声音动画图像，连磁盘碎片都可以帮你复制，比克隆人还厉害哟：）。Ghost支持将分区或硬盘直接备份到一个扩展名为.gho的文件里（赛门铁克把这种文件称为镜像文件），也支持直接备份到另一个分区或硬盘里。 2、运行ghost：至今为止，ghost只支持Dos的运行环境，这不能说不是一种遗憾：（。我们通常把ghost文件复制到启动软盘（U盘）里，也可将其刻录进启动光盘，用启动盘进入Dos环境后，在提示符下输入ghost，回车即可运行ghost，首先出现的是关于界面，如图 按任意键进入ghost操作界面，出现ghost菜单，主菜单共有4项，从下至上分别为Quit（退出）、Options（选项）、Peer to Peer（点对对，主要用于网络中）、Local（本地）。一般情况下我们只用到Local菜单项，其下有三个子项：Disk（硬盘备份与还原）、Partition（磁盘分区备份与还原）、Check（硬盘检测），前两项功能是我们用得最多的，下面的操作讲解就是围绕这两项展开的。 3、由于Ghost在备份还原是按扇区来进行复制，所以在操作时一定要小心，不要把目标盘（分区）弄错了，要不将目标盘（分区）的数据全部抹掉就很惨的……根本没有多少恢复的机会，所以一定要认真、细心！但你也不要太紧张，其实Ghost的使用很简单，弄懂那几个单词的意思你就会理解它的用法，加上认真的态度，你一定可以掌握它的！一起来吧：）
NSIS使用详解(图文详解版)
NSIS使用教程 NSIS简介： NSIS 是“Nullsoft 脚本安装系统”(Nullsoft scrīptable Installation System)的缩写，它是一个免费的Win32 安装、卸载系统，它的特点：脚本简洁高效；系统开销小；当然进行安装、卸载、设置系统设置、解压文件等等更不在话下，几乎可以做所有的事情。更多的功能请阅读蓝色网际的《NSIS帮助文档》。 对于制作NSIS的使用教程，蓝色网际是NSIS方面的专家，她的《NSIS帮助文档》就是一本NSIS的圣经，而对初学者来说，最头疼的莫过于一大堆看不懂的代码，对他们来说无异于一本天书。缘于此，特草此基础教程，希望NSIS专家们勿见笑，不当之处欢迎批评指正以期完善，也希望给初学者作个铺垫。 工具： NIS Edit＋Nullsoft Installation System(NSIS) [此两款软件都可以到世纪主站上下载到] 思路：脚本向导＋修改代码=个性化安装包 步骤： I．利用向导制作安装包： 1.安装上述两款，启动NIS Edit，在“文件”菜单中“新建脚本：向导”=>下一步”，如图1：附图 2.设置应用程序信息，如软件名称、版本、出版人等，如图2。 当然最一个网站可以留空，如果设置了，则安装包会生成一个对应网址的“Internet 快捷方式”。
3.设置程序选项，如安装包图标、安装程序文件、安装包语言[这里选“SimChinese”]、用户图形界面及压缩方式等， 我们可以选用默认值，也可以点击对应项目的按钮或下拉菜单更改设置，如下图3 附图 4.设置安装目录及授权信息，如图4后“下一步”：
clustalx的应用
利用clustalx 2.1对蛋白进行多序列比对目录 1. 方法介绍 1.1概念 1.2理论基础 1.3任务 1.4目的 2研究内容 3. 工具 3.1 clustalx简介 3.2 clustalx 后台运作流程 3.3 clustalx的下载 3.4 clustalx菜单设置 4.操作步骤 4.1获取目标序列 4.2执行比对 4.3 treeview软件制作进化树 5. 结果分析 正文
1. 方法介绍：多序列比对 1.1 概念：多序列比对即通过多个核苷酸或氨基酸的序列进行比较，确定 序列之间可能由于功能、结构或进化上的关联而形成的相似片 段。 1.2 理论基础：1）生物学一个最基本的假设是地球上所有物种都有共同的 祖先，从这个祖先开始以树状形式发展，通常称为生命 之树。 2）基于序列比对的同源即具有共同祖先。同源序列一般相 似；相似可以用百分比来描述。序列不一定是同源的， 相似序列在进化上具有趋同性。序列决定结构，结构决 定功能。 3）现有的基因、蛋白质等携带生物学信息、具有生物学功 能的分子都是由原有的分子演化而来；现有的基因及其 他核酸序列，都是由已经存在的基因或其他序列经过复 制、转移、合并、删减等方式形成的；不同物种的基因、 蛋白质在结构、序列上的相似性与其进化上亲缘关系密 切相关。 1.3 任务：发现序列之间的相似性，找出序列之间共同的区域，辨别序列 之间的差异。 1.4 目的：通过“相似序列→相似的结构→相似的功能“来判别序列之 间的同源性，进而推测序列之间的进化关系。 2. 研究内容：通过对人类、家鼠、大鼠和鸡体内BMP-2（bone morphogenetic protein 2）即骨形态发生蛋白2的多序列比对得到的dnd结果文 件来揭示在四种生物中的该蛋白的同源性。 3. 工具：clustalx 2.1 3.1 clustalx简介：Clustal是用来对核酸与蛋白序列进行多序列比对的软 件，可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列 间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确 定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。 Clustal包括Clustalw和Clustalx和Clustal omega。
(完整版)CST使用教程
1.1 软件介绍 CST公司总部位于德国达姆施塔特市，成立于1992年。它是一家专业电磁场仿真软件的提供商。CST软件采用有限积分法（Finite Integration）。其主要软件产品有： CST微波工作室—— 三维无源高频电磁场仿真软件包（S参量和天线） CST设计工作室—— 微波网络（有源及无源）仿真软件平台（微波放大器、混频器、谐波分析等） CST电磁工作室—— 三维静场及慢变场仿真软件包（电磁铁、变压器、交流接触器等）马飞亚（MAFIA）—— 通用大型全频段、二维及三维电磁场仿真软件包（包含静电场、准静场、简谐场、本振场、瞬态场、带电粒子与电磁场的自恰相互作用、热动力学场等模块） 在此，我们主要讨论“CST微波工作室”，它是一款无源微波器件及天线仿真软件，可以仿真耦合器、滤波器、环流器、隔离器、谐振腔、平面结构、连接器、电磁兼容、IC封装及各类天线和天线阵列，能够给出S参量、天线方向图等结果。 1.2 软件的基本操作 1.2.1 软件界面 启动软件后，可以看到如下窗口：
1.2.2 用户界面介绍
1.2.3 基本操作 1)．模板的选择 CST MWS内建了数种模板，每种模板对特定的器件类型都定义了合适的参数，选用适合自己情况的模板，可以节省设置时间提高效率，对新手特别适用，所有设置在仿真过程中随时都可以进行修改，熟练者亦可不使用模板 模板选取方式：1,创建新项目 File—new 2,随时选用模板 File—select template
2)设置工作平面 首先设置工作平面（E dit-working Plane Properties）将捕捉间距改为 1 以下步骤可遵循仿真向导（Help->QuickStart Guide）依次进行 1）设置单位（Solve->Units） 合适的单位可以减少数据输入的工作量 模板参数模板类型
序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南
序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南 这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。 1.先提供下载地址： 官方下载地址：https://www.wendangku.net/doc/ee4194650.html,/download/current/ Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac... 2.原理：序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等; Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。 CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。 3.操作 3.1 Clustalx的操作 第一步：输入序列文件。
第二步：设定比对的一些参数。 参数设定窗口。
第三步：开始序列比对。
第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式 --------------------------------------------
Ghost32使用教程图解
Ghost32使用教程图解 1. Ghost简介 Ghost是赛门铁克公司推出的一个用于系统、数据备份与恢复的工具。其最新版本是Ghost10。但是自从Ghost9之后，它就只能在windows下面运行，提供数据定时备份、自动恢复与系统备份恢复的功能。 本文将要介绍的是Ghost 8.x系列（最新为8.3），它在DOS下面运行，能够提供对系统的完整备份和恢复，支持的磁盘文件系统格式包括FAT, FAT32, NTFS, ext2, ext3, linux swap等，还能够对不支持的分区进行扇区对扇区的完全备份。 Ghost 8.x系列分为两个版本，Ghost（在DOS下面运行）和Ghost32（在windows下面运行），两者具有统一的界面，可以实现相同的功能，但是Windows系统下面的Ghost不能恢复Windows操作系统所在的分区，因此在这种情况下需要使用DOS版。 2. Ghost的启动 启动Ghost8.0之后，会出现图一所示画面 图一 Ghost8.0启动画面 点击OK后，就可以看到Ghost的主菜单，如图二所示。
图二 Ghost菜单 在主菜单中，有以下几项： ?Local：本地操作，对本地计算机上的硬盘进行操作。 ?Peer to peer：通过点对点模式对网络计算机上的硬盘进行操作。 ?GhostCast：通过单播/多播或者广播方式对网络计算机上的硬盘进行操作。 ?Option：使用Ghsot时的一些选项，一般使用默认设置即可。 ?Help：一个简洁的帮助。 ?Quit：退出Ghost。 注意：当计算机上没有安装网络协议的驱动时，Peer to peer和GhostCast选项将不可用（在DOS下一般都没有安装）。 3．使用Ghost对分区进行操作 启动Ghost之后，选择Local->Partion对分区进行操作。 ?To Partion：将一个分区的内容复制到另外一个分区。 ?To Image：将一个或多个分区的内容复制到一个镜像文件中。一般备份系统均选择此操作。?From Image：将镜像文件恢复到分区中。当系统备份后，可选择此操作恢复系统。 原文:file:///D:/My%20Documents/教程/Ghost使用图解_Ghost教程_IT部落.mht 3.1 备份系统 选择Local->Partion->To Image，对分区进行备份。
多重序列比对及系统发生树的构建
多重序列比对及系统发生树的构建 作者：佚名来源：生物秀时间：2007-12-31 【实验目的】 1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程，获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识； 2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法； 3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。 【实验原理】 在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴要对所分析的多序列目标进行比对（alignment）。⑵要构建一个进化树（phyligenetic tree）。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了）。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。⑶对进化树进行评估，主要采用Bootstraping法。进化树的构建是一个统计学问题，我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一个适当的方法，那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说，最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基差别小，ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率，iii 没有过多的颠换/转换的倾向，iv 所检验的序列的碱基数目较多（大于几千个碱基）；
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树 MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。功能比以前多有改进。现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。供大家参考。 用MEGA构建进化树有以下步骤： 1、测序： 将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。 2、NCBI上做Blast https://www.wendangku.net/doc/ee4194650.html,/blast/Blast.cgi 找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSA TA 格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如 >XXXX AGGCTTAACACA TGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCG GACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGA A TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGGACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGG >gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGGA TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGG ACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC CAAGGCGACGA TCTGTAGCGGGTCTGAGAGGA TGA…… ……………………. 参考序列选择注意事项： 1、不选非培养(unclutured)微生物为参比； 2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。 3、使用clustalx1.83进行序列比对 打开压缩文件clustalx1.83，运行其中的clustalx.exe文件，如图：
USBoot使用教程图解
usboot 是一款可以将我们手中的u盘制作成启动盘的工具。大家都知道u盘具有存储文件、携带方便、文件交换等功能，而u盘具有启动盘功能，不知道你是否详知一二呢？ 什么是启动盘及他的用途？ 安装过操作系统的朋友应该明白启动盘的功效，启动盘的功能主要用于操作系统的安装，及无法进入操作系统需要维护等工作时就需要用启动盘来启动。启动盘从早期的软盘，到最近流行的cd光盘、dvd 光盘，但还是以cd光盘为主。 启动盘的制作 要将手上的u盘变成带启动功能的u盘，那需要usboot这款软件，usboot在同类软件中是最为简单方便的一款软件。usboot/u盘启动盘制作工具下载；下载后解压运行“usboot170.exe”就可以启动usboot来制作u盘启动盘了。 图1 在制作u盘启动盘前，请先将u盘里的重要资料复制到电脑上进行备份操作。因为用usboot制作u 盘启动盘会将u盘里的原数据删除，但是制作成功之后，我们一样可以将制作成为启动盘的u盘像平常一样的使用。 备份好u盘数据后，那我们就可以放心制作了，步骤如下： 步骤1：插入u盘，运行usboot，会在usboot界面列表显示出多了个u盘列表，（如：就会在图1所示的，74.5g sam sung hd080hj(c:d:e;)的下面显示，由于偶没u盘没法做实例截图）我们选择u盘列表。 步骤2：将鼠标移到usboot界面的“点击此处选择工作模式”上单击左键，会显示工作模式的菜单，我们通常选择“zip”模式（如图2所示），这种模式制作的启动盘机率是最高的，也是主板支持率较好的一种模式。 zip模式是指把u盘模拟成zip驱动器模式，启动后u盘的盘符是a:。 hdd模式是指把u盘模拟成硬盘模式；特别注意：如果选择了hdd模式，那么这个启动u盘启动后的盘符是c:，在对启动分区进行操作时就容易产生很多问题，比如：装系统时安装程序会把启动文件写到u盘而不是你硬盘的启动分区！导致系统安装失败。所以请尽量先选择zip模式。
多序列比对
在寻找基因和致力于发现新蛋白的努力中，人们习惯于把新的序列同已知功能的蛋白序列作比对。由于这些比对通常都希望能够推测新蛋白的功能，不管它们是双重比对还是多序列比对，都可以回答大量的其它的生物学问题。举例来说，面对一堆搜集的比对序列，人们会研究隐含于蛋白之中的系统发生的关系，以便于更好地理解蛋白的进化。人们并不只是着眼于某一个蛋白，而是研究一个家族中的相关蛋白，看看进化压力和生物秩序如何结合起来创造出新的具有虽然不同但是功能相关的蛋白。研究完多序列比对中的高度保守区域，我们可以对蛋白质的整个结构进行预测，并且猜测这些保守区域对于维持三维结构的重要性。 显然，分析一群相关蛋白质时，很有必要了解比对的正确构成。发展用于多序列比对的程序是一个很有活力的研究领域，绝大多数方法都是基于渐进比对（progressive alignment）的概念。渐进比对的思想依赖于使用者用作比对的蛋白质序列之间确实存在的生物学上的或者更准确地说是系统发生学上的相互关联。不同算法从不同方面解决这一问题，但是当比对的序列大大地超过两个时（双重比对），对于计算的挑战就会很令人生畏。在实际操作中，算法会在计算速度和获得最佳比对之间寻求平衡，常常会接受足够相近的比对。不管最终使用的是什么方法，使用者都必须审视结果的比对，因为再次基础上作一些手工修改是十分必要的，尤其是对保守的区域。 由于本书偏重于方法而不是原理，这里只讨论一小部分现成的程序。我们从两个多序列比对的方法开始，接下去是一系列的利用蛋白质家族中已知的模体或是式样的方法，最后讨论两个具有赠送的方法，因为绝大多数公开的算法不能达到出版物的数量。在本章结尾部分将会列出更详细的多序列比对的算法。 渐进比对方法 CLUSTAL W CLUSTAL W算法是一个最广泛使用的多序列比对程序，在任何主要的计算机平台上都可以免费使用。这个程序基于渐进比对的思想，得到一系列序列的输入，对于每两个序列进行双重比对并且计算结果。基于这些比较，计算得到一个距离矩阵，反映了每对序列 Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of genes and Proteins Edited by A.D. Baxevanis and B.E.E. Ouellette ISBN 0-471-191965. pages 172-188. Copyright ? 1998 Wiley – Liss. Inc.
Clustal多重序列比对图解教程图解使用
C l u s t a l x多重序列比对图解教程(B y R a i n d y) 本帖首发于Raindy'blog 软件简介: CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 主要功能： 你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序； 你可以选择序列子集进行比对； 你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中； 可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。 当前版本:1.83 PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx1.81版 链接地址:ist&ID=7435(请完整复制) 应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提 实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例 流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果 1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“LoadSequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replaceexistingsequences)，根据具体情形选择操作。
图1
图2 2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cutsequences(剪切序列)、Pastesequences(粘贴)、SelectAllsequences(选定所有序列)，ClearsequenceSelection(清除序列选定)、Searchforstring(搜索字串)、RemoveAllgaps(移除序列空位)、 RemoveGap-OnlyColumns(仅移除选定序列的空位)
clustalx中文说明
ClustalX Help 可以在下列地址得到 ClustalX 的最新版本: ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/ General help for CLUSTAL X (1.8) Clustal X 是一个windows 界面多序列对比程序。可以用剪切和粘贴的方法改变对比的顺序；可以在比对中选择较小的区域重新比对，并将比对的结果插回到原来的比对结果中。能够进行比对质量评定，低分片断和多余的残基将突出显示。 序列输入 序列和轮廓（已经存在的比对）利用菜单文件输入，所有的序列必须放到一个文件中，7种序列可以被自动识别： NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), 除用于表示间隙的"-" 例外 ("." in MSF/RSF)，所有的非字母字符将被忽略。 序列和轮廓比对 Clustal X 有两种比对格式: 多重比对格式和轮廓比对格式。 做一系列序列的多重比对时要保证选择多重比对模式，然后展示单一序列数据。比对菜单既可以产生比对的指导树又可根据指导树进行比对，还可以做全多重比对。 在轮廓比对模式下，出现两个序列数据区，允许对两个比对结果进行比对。轮廓允许添加新序列到旧的比对中，或者应用二级结构指导比对进程。旧比对中的间隙用 "-"表示。轮廓可以用以下任何一种格式输入，只有用 "-" (or "." for MSF/RSF) 代表每一个间隙位置。在轮廓比对状态下， "Lock Scroll"按钮 is displayed which allows you to scroll the two profiles together using a single scroll bar. When the Lock Scroll is turned off, the two profiles can be scrolled independently. 进化树 进化树可以从旧的比对或新比对中产生。 比对显示 比对展示在屏幕上，序列的名称在左侧。除了通过剪切和粘贴改变序列的顺序外，不能进行其他的编辑。 序列的下方有一标尺，从1开始表示第一个残基的位置。比对的上面一行用来标记保守残基的位置。分别使用三个字母'*', ':' and '.' 表示。 '*' 表示单一的完全保守残基。 ':' 表示以下'强' 群是完全保守的:- STA ； NEQK ； NHQK ；NDEQ ； QHRK ；MILV ； MILF ；HY ；FYW '.' 表示以下 '弱' 群是完全保守的:- CSA ； ATV ；SAG； STNK ； STPA ；SGND ； SNDEQK ；NDEQHK ；NEQHRK ； FVLIM ； HFY 这些都是Gonnet Pam250 matrix中的得分群，强群的得分 >0.5 ，弱群的得分=<0.5。 对于轮廓比对，在输入文件中的轮廓比对和空隙罚分展示在序列的上方。
万用表使用方法图解
创作编号： BG7531400019813488897SX 创作者：别如克* 万用表 万用表是一种多功能、多量程的测量仪表，电子电工技术中时刻离不开它。一般万用表可测量直流电流、直流电压、交流电流、交流电压、电阻和音频电平等，有的还可以测电容量、电感量及半导体的一些参数(如β)等。若按显示方式简单区分，万用表可分为指针万用表和数字万用表。 数字万用表是一种多用途电子测量仪器，针对需要多功能、高分辨率、高精度和自动化测量的用户而设计的产品。它们在具有准和稳的同时，集高速数据采集、自动化测量、任意传感器等多种功能于一身。
二. 数字万用表的使用方法图--电阻的测量 第一步：首先红表笔插入VΩ孔黑表笔插入COM孔 第二步：把旋转开关旋转到电阻的位置。 第三步：万用表的读数就是该电阻的阻值。 注意：量程的选择和转换。量程选小了显示屏上会显示“1.”此时应换用较之大的量程;反之，量程选大了的话，显示屏上会显示一个接近于“0”的数，此时应换用较之小的量程。
第一步：正确插入表笔，首先红表笔插入VΩ孔黑表笔插入COM孔第二步：把万用表的旋转开关旋转到直流电压的位置。 第三步：用表笔的另一端和电池的正负极相对应。 第四步：读出显示器上的数据。 注意：把旋钮选到比估计值大的量程档，接着把表笔接电源或电池两端;保持接触稳定，数值可以直接从显示屏上读取。
第一步：红表笔插入VΩ孔，黑表笔插入COM孔。 第二步：量程旋钮打到V~适当位置。 第三步：将红黑表笔按如图方式插入到插座的孔内。 第四步：读出显示屏上显示的数据。 注意：测试市电时一定要把档位打到750V位置，测量档位一定要比要测试量的电压高，如不了解要测量的电压是多少伏，先用大的档位量，如量的值太小，再慢慢往小档位换。
用ClustalX做多序列比对
Using ClustalX for multiple sequence alignment Jarno Tuimala December 2004
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Index Index (3) Quick Start (4) 1. Open ClustalX (4) 2. Read in the FastA-formatted sequences (4) 3. Modify the output format option, if necessary (5) 4. Create an alignment (5) Creating the input file for multiple sequence alignment (6) Multiple alignment theory (7) Getting the data into ClustalX (8) Setting up the alignment parameters (9) Pairwise alignment parameters (9) Multiple alignment parameters (11) Alignment output-format (12) Creating the alignment (13) Writing alignment as Postscript (14) Assessing the quality of the alignment (15) Advanced alignment strategies (16) Advanced options (17) Do alignment from the guide tree (17) Profile alignment (17) Using secondary structure information in the profile alignment (19)