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贝叶斯建树步骤

建树过程:
要nex格式的文件,所以导入mrbayes之前改写格式
要导到hyphy中将名字规范化,在改成nex格式
(注意:我们分析的是核苷酸 的先打开nex将核苷酸改成dna再操作)
放在mrbayes子目录下进行操作 :
1. execute filename. Nex
2. lset nst=6 rates=invgamma (目的在于将模型设为GTR模型 以及+I+G)
3. mcmc ngen = 10 000 samplefreq = 10 (用马可夫链-蒙特卡罗估算后验概率)
4. sump burnin = 250 (去除老化的样本)
5. sumt burnin = 250 (。该命令的运
行结果是生成“ . t” 文件两个和“ . parts” 、 “ . con” 及“ . trpr obs”文件各一。其中“ . con” 文件就是含有两棵共有树 ( consensus
trees)的文件,)

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