瘦素受体基因(LEPR)的系统发育分析
Hans Journal of Computational Biology 计算生物学, 2018, 8(1), 8-14
Published Online March 2018 in Hans. https://www.wendangku.net/doc/f815561686.html,/journal/hjcb
https://https://www.wendangku.net/doc/f815561686.html,/10.12677/hjcb.2018.81002
Phylogenetic Analysis of Leptin Receptor
Gene (LEPR)
Zhiwei Wei, Jingfen Yang, Zhanlong Qiao, Tao Liu*
North China University of Science and Technology, Tangshan Hebei
Received: Apr. 15th, 2018; accepted: May 1st, 2018; published: May 8th, 2018
Abstract
The leptin receptor gene is a gene that controls obesity, and is widely found in primates as mem-bers of the obesity gene family. Leptin receptor is the leptin receptor encoding gene, which is en-coded by the protein to identify and transport leptin. Leptin is a protein closely related to obesity, which regulates the body’s weight, energy metabolism and immune response pathways, leading to overweight or obesity. Downloading the nucleotide sequence of primates in NCBI databases, con-ducting sequence alignment using blast+ applications, and then using the Colinear Scan MC and scan X to do collinearity analysis, adopting minimum parallel evolution method and maximal synchronization method in MEGA7.0 to construct phylogenetic tree, sequence analysis shows that most primates have leptin receptor genes which are more conservative.
Keywords
Primates, LEPR, Genes, The Analysis of System Evolution
瘦素受体基因(LEPR)的系统发育分析
魏志伟，杨静芬，乔战龙，刘涛*
华北理工大学，河北唐山
收稿日期：2018年4月15日；录用日期：2018年5月1日；发布日期：2018年5月8日
摘要
瘦素受体基因是控制肥胖的基因，它作为肥胖基因家族的成员广泛存在于灵长类动物中。LEPR (leptin *通讯作者。
魏志伟等receptor)为瘦素受体编码基因，由该基因编码的蛋白可以识别和转运瘦素。瘦素是一种和肥胖密切相关
的蛋白，它能够调节灵长类动物的体重、能量代谢和免疫应答等通路，最终导致超重或者肥胖的发生。下载NCBI数据库中灵长类动物的核苷酸序列，用blast+程序进行序列比对，然后用Colinear Scan和MC scan X进行共线性分析，采用MEGA7.0中的最小平行进化法和最大同步法构建系统发育树。序列分析显示，灵长类动物中大多含有瘦素受体基因，且保守性较高。
关键词
灵长类动物，LEPR，基因，系统进化分析
Copyright ? 2018 by authors and Hans Publishers Inc.
This work is licensed under the Creative Commons Attribution International License (CC BY).
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1. 引言
瘦素在机体脂肪含量的调节中起着非常重要的作用。脂肪合成、分泌瘦素，反过来作用于下丘脑调节体脂的稳定。而且，瘦素对于机体的生殖发育、血液循环以及骨的代谢等都有非常重要影响。瘦素是由脂肪组织分泌的肥胖基因编码的产物，它只有通过与瘦素受体结合，才能发挥调节机体能量代谢等多种作用。
国内外的众多研究表明，LEPR基因上的多态现象与血糖、胰岛素、瘦素、甘油三酯水平相关，如果LEPR基因缺陷，那么可以直接导致机体的肥胖[1]。瘦素受体基因的编码产物瘦蛋白受体属于类细胞因子受体家族，一共有6种，即Ra、Rb、Rc、Rd、Re和Rf，LEPR基因转录后通过不同剪切生成这些类细胞因子受体。这些受体广泛存在于机体的各个器官和组织中，例如脑、心、肝、肺、肾、脾脏、胰脏、睾丸和机体的脂肪组织中[2]。瘦蛋白与受体LEPRe结合，然后生成瘦蛋白2Re；瘦蛋白2Re将瘦素带入脉络膜，在此处瘦素与LEPRa结合，生成瘦素2Ra；瘦素2Ra将瘦素运到机体的脑脊液中，和分布在下丘脑的LEPRb结合，生成瘦素2Rb。LEPRb是瘦素各种受体中唯一的具有信号传导作用的跨膜蛋白，它在下丘脑产生的生理效应之一是诱发下丘脑神经细胞POMC基因表达加强[3]。
LEPR基因编码的瘦素受体与瘦素结合，使瘦素发挥调节体内的能量平衡、脂肪贮存等作用，且参与瘦素的自分泌调节以及瘦素的除调节能量外的其他如代谢、生殖、造血等功能。瘦素受体基因的不同剪接可在中枢及外周组织中有选择地表达，瘦素与这些组织中的瘦素受体结合后具有不同的功能[4]。
2. 材料与方法
1) 材料：从NCBI数据库中下载最新的人、黑猩猩、大猩猩、小家鼠、猕猴的核苷酸序列，序列为Fasta格式。5个物种的详细信息(表1)。
2) 方法：进入https://www.wendangku.net/doc/f815561686.html,/下载所需的核苷酸序列。将下载的序列用blast+进行同源性比较，利用共线性分析软件Colinear Scan和MC scan X寻找基因组间同源共线DNA片段，同时运动MEGA7.0软件包的最小平行进化法和最大同步法构建进化树，并且用相关方法检测树的可靠性。
3. 结果与分析
1) 序列比对分析：对5个物种的核苷酸序列进行比对，物种分别为人(Homo sapiens)、黑猩猩(Chimpanzee)、大猩猩(Gorilla)、小家鼠(Mus musculus)、猕猴(Macaque)。序列比对结果表明，人、黑猩
魏志伟等
猩、大猩猩和猕猴的瘦素受体基因都位于第一条染色体上，小家鼠的瘦素受体基因位于第四条染色体上。
由该基因编码的蛋白质属于gp130家族的细胞因子受体，通过激活胞质蛋白质来刺激基因转录。这种蛋白质是瘦素(一种能调节体重的脂肪细胞特定的激素)的受体，它参与了脂肪代谢的调节，以及在正常的淋巴生成过程中需要的一种新的造血途径。这种基因的突变与肥胖和脑垂体功能障碍有关。这种基因的另一种选择是拼接转录的转录本基因。
2) 对5种哺乳类动物的基因核苷酸序列进行比对：图1和图2显示，人和小家鼠、猕猴的只是某些
Table 1. 5 species units
表1. 5个物种单位
编号No. 物种Species 希腊名简称
1 人Homo sapiens hs
2 黑猩猩Pan troglodytes pt
3 大猩猩Gorilla gorilla gg
4 猕猴Macaca mulatta mu
5 小家鼠Mus musculus mm
图1. 人和小家鼠的dot plot共线性图
魏志伟 等
Figure 2. A linear graph of the dot plot of the human and macaque 图2. 人和猕猴的dot plot 共线性图
片段有共线性。图3和图4，序列比对显示，人和大猩猩、黑猩猩的同源共线性dot plot 点阵图基本趋向于共线性，由此得出，人和大猩猩、黑猩猩的亲缘关系比较近。
3) 系统进化树分析：在NCBI 数据库中下载了5个物种的核苷酸序列：人、黑猩猩、大猩猩、猕猴和小家鼠。运用MEGA7.0软件包中的Neighbor-joining 法，Maximum Likelihood 法，Minimum-Evolution 法分别构建了进化树，这三种方法构建的进化树具有高度的一致性，得到了一致性图(图5)。从图5中不难看出，不同物种来源的瘦素受体基因在进化树上分为了2个大分支，小家鼠单独分出1支，其他灵长类为1支。其他灵长类中，人、黑猩猩和猕猴又分为1
支。从图中可以看出小家鼠与其他几个物种之间
魏志伟等
有区别。
4. 讨论
从获得的瘦素受体基因的核苷酸进行的同源共线性行分析比对发现，哺乳动物的的瘦素受体基因核苷酸序列具有一定的同源性。由瘦素受体基因编码的蛋白质属于gp130家族的细胞因子受体，通过激活胞质蛋白质来刺激基因进行转录。这谢，还是正常的淋种蛋白质是瘦素(调节体重的脂肪细胞特定的激素)的受体，它不但调节脂肪的代巴生成过程中需要的一种新的造血途径。这种基因的突变与机体肥胖和脑
图3.人和大猩猩dot plot共线性图
魏志伟等
Figure 4. A linear graph of the dot plot of the human and chimpanzee
图4. 人和黑猩猩的dot plot共线性图
垂体功能障碍有关。瘦素主要由白色脂肪组织产生。其前体由167个氨基酸残基组成，N末端有21个氨基酸残基信号肽，该前体的信号肽在血液中被切掉而成为146氨基酸，分子量为16 KD，形成Leptin。
Leptin具有广泛的生物学效应，其中较重要的是作用于下丘脑的代谢调节中枢，发挥抑制食欲，增加能量消耗，减少能量摄取和抑制脂肪合成的作用[5]。
综上所述，本研究对这几种动物的瘦素受体基因进行了序列比对、同源共线性分析和系统发育的分
析，对瘦素瘦体基因进行了准确的分析，得出以上结果。
魏志伟 等
Figure 5. LEPR phylogenetic trees of 5 species of mammals 图5. 5种哺乳动物的LEPR 系统进化树
基金项目
国家大学生创新项目基金支持。
参考文献
[1] 鲁红云. 瘦素受体基因多态性与2型糖尿病合并非酒精性脂肪肝的关系[J]. 中国医师杂志, 2008, 10(5): 584-586. [2] 张阳丹. 瘦素受体基因gln223arg 多态性与2型糖尿病的关系[J]. 第三军医大学学报, 2011, 33(18): 1932-1934. [3] 楼秀余. 人类肥胖相关基因的研究[J]. 医药前沿, 2012(27): 141-142.
[4] 闫伟. 牦牛瘦素受体基因(LEPR)多态性分析[J]. 农业生物技术学报, 2011, 19(2): 323-329. [5] 李淑梅. 瘦素与骨质疏松[J]. 上海医学, 2004, 27(9): 692-694.
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生长素的作用机理
生长素的作用机理 生长素是发现最早的一类植物激素也是植物五大类激素中的一种．它参与着植物体内很多的生理作用如细胞的伸长生长、形成层的细胞分裂、维管组织的分化、叶片和花的脱落、顶端优势、向性、生根和同化物的运输等。所以研究生长素的作用机理对认识植物生长发育的许多生理过程有着不可估量的意义。 目前对激素作用的机理有各种解释，可以归纳为二：一是认为激素作用于核酸代谢，可能是在DNA转录水平上。它使某些基因活化，形成一些新的mRNA、新的蛋白质（主要是酶），进而影响细胞内的新陈代谢，引起生长发育的变化。另一则认为激素作用于细胞膜，即质膜首先受激素的影响，发生一系列膜结构与功能的变化，使许多依附在一定的细胞器或质膜上的酶或酶原发生相应的变化，或者失活或者活化。酶系统的变化使新陈代谢和整个细胞的生长发育也随之发生变化。此外，还有人认为激素对核和质膜都有影响；或认为激素的效应先从质膜再经过细胞质，最后传到核中。 虽然对激素作用机理有不同的解释，但是，无论哪一种解释都认为，激素必须首先与细胞内某种物质特异地结合，才能产生有效的调节作用。这种物质就是激素的受体。生长素作用于细胞时，首先与受体结合。经过一系列过程，引起细胞壁介质酸化和影响蛋白质合成，最终导致细胞的变化。 1.生长素受体结合蛋白（ABP1） ABP包括位于内质网膜上的ABP-I、可能位于液泡膜上的ABP-∏、位于质膜上ABP -III 以及生长素运输抑制剂 N1-naphthylp- hthalamic acid(NPA)和2，3，5一三碘苯甲酸(TIBA)的结合蛋白4类。 内质网上的ABP1合成后运输到细胞质膜上发挥生长素受体作用。生长素与细胞质膜上的ABP1结合后，钝化的坞蛋白转变为活性状态，并进一步激活质子泵将膜内H+泵到膜外，引起质膜的超极化，胞壁松弛，于是引起细胞的生长反应。内质网上的ABP1可能只是起贮藏库的作用。由于发育或其他信号引起的质膜上ABP1量的改变是通过内质网上的ABP1输出增加或减少调节的。由此可见，ABP1的分布和数量可以调节IAA功能的行使。 研究还发现，各种植物的ABP基因结构相似，编码的前体蛋白都具有主要的功能性结构序列。在氨基末端有一疏水信号序列，利于ABP在内质网膜间的穿透和转移，起信号转导作用；在羧基末端的KDEL四肽结构则使得ABP定位于内质网中的特定区域。研究认为，ABP1是一个同型二聚体糖蛋白，其亚基由163个氨基酸残基组成。如玉米的ABP1由3个组氨酸残基和1个谷氨酸残基组成1个结合部位，内含1个金属阳离子，这个部位极其疏水。在第2和第5位的半胱氨酸残基间还有1个二硫键，当生长素结合到这个部位时，羧酸酯与金属离子结合，而芳香环则与第151位的色氨酸残基等疏水性氨基酸残基结合。对ABP1羧基末端高度保守的氨基酸残基作定点突变时，发现第177位的半胱氨酸残基、第175位的天冬氨酸残基和第176位的谷氨酸残基是ABP1折叠和在质膜上起作用的重要残基，ABP1构象变化引发质膜信号传递。 2.信号转导 生长素信号传导分为两条主要途径：(1)质膜上的生长素结合蛋白(ASP)可能起接收细胞外生长素信号的作用，并将细胞外信号向细胞内传导．从而诱导细胞伸长。2)细胞中存在的细胞液／细胞核可溶性结合蛋白(SABP)与生长素结合，在转录和翻译水平上影响基因表达。生长素要引发细胞内的生化反应和特定基因表
生长素的作用机理
生长素的作用机理 学院：农业资源与环境专业：10农资学号：2010310501 姓名：夏选发生长素(auxin)是最早被发现的植物激素，它的发现史可追溯到1872年波兰园艺学家西斯勒克(Ciesielski)对根尖的伸长与向地弯曲的研究。他发现，置于水平方向的根因重力影响而弯曲生长，根对重力的感应部分在根尖，而弯曲主要发生在伸长区。他认为可能有一种从根尖向基部传导的剌激性物质使根的伸长区在上下两侧发生不均匀的生长。它能调控细胞伸长、细胞分裂与分化、顶端优势、向性生长、根原基的发生、胚的形成和维管分化等。很多研究表明, 生长素是茎伸长生长所必需的, 生长素的亏缺(deficiency)会导致茎伸长受阻。外源生长素处理能促进茎切段的伸长, 促进亏缺生长素的整体植株茎伸长。作为植物的一种重要的内源激素，生长素参与植物生长和发育的诸多过程，如根和茎的发育和生长、器官的衰老、维管束组织的形成和分化发育，以及植物的向地和向光反应等。 研究生长素的作用机制对深入认识植物生长发育的许多生理过程有重要意义。早在上个世纪30年代有关生长素作用机制的研究就已经开始，到60年代末、70年代初形成两派学说，即基因表达学说和酸生长学说。之后，随着生物化学和生物学技术的发展，两种学说都有了新的发展，但同时其所存在的不足之处也日益暴露。近年来，由于分子生物学和遗传工程实验手段的广泛应用，在分子水平上的生长素作用机制研究日益深入，尤其是生长素信号转导途径的研究已经成为当前的热点。 1.生长素的作用机理 生长素, 如IAA作用于细胞核上, 作为基因的脱阻抑剂, 首先是被阻抑的基因活化。随之, 在已活化的基因控制下, 通过调节酶蛋白的种类和数量来表现其继发的生理作用[ 2 ]。生长素的生物试验表明，用生长素处理时，细胞壁变软，因而增加了其可塑性。可塑性是指细胞壁不可逆转的伸展张力。生长试验证明，在生长素的影响下，细胞壁可塑性的变化与生长素所促进的生长增加幅度是很相似的。因此可以认为，生长的增加确实是通过细胞壁可塑性的变化而实现的。这些生长试验，必须以活的器官或组织为材料，并在呼吸作用能够顺利进行的条件才能完成。这就表明，生长素诱导生长是在原生质内进行的。试验证明，在生长素的影响下，原生质的粘度下降、流动性增加、呼吸作用增强，对水和溶质的透性也提高，从而导致更多的营养物质和水分进入细胞，为细胞增大体积提供了必要的物质条件。 1.1酸生长理论
进化基因组学研究进展
研究进化基因组学进展 摘要：进化基因组学是利用基因组数据研究差异基因功能、生物系统演化、从基因在水平探索生物进化的学科。随着近年来基因组数据的不断增加，进化基因组学得到了长足的发展。进化基因组学主要包括从基因组水平理解和诠释生物进化和新基因分析研究探索两方面的内容。本文介绍了进化基因组学研究的主要内容和较为常用的方法，以及近年来在细菌、酵母、果蝇进化基因组学方面的研究进展。 关键词：进化基因组学系统进化比较基因组学新基因 正文 随着基因测序技术的不断进步以及基因组学的飞速的发展，人们积累了大量的基因组学数据，利用所得的大量的基因组数据与进化生物学相结合，在基因组水平研究生物进化机制，随即产生了进化基因组学。 近年来进化基因组学取得了长足的进展，在研究差异基因功能、生物系统演化、从基因在水平探索生物进化的终极方式等方面有重大突破，对人类理解生命现象和过程有重要作用。 研究系统进化学通常包括两个关键步骤：一方面，在不同物种中鉴定同源性特佂，另一方面利用构建系统进化树的方法比较这些特征，进而重新构建这些物种的进化历史[1]。针对这两个关键步骤，传统系统进化学，常采用基于形态学数据和单个基因研究的同源性状鉴定和重建系统进化树（常包括距离法、最大简约法、概率法）[1]的方法来研究。在目前拥有丰富基因组数据的条件下，我们可以分析基因组数据，利用进化基因组学研究系统进化。 一、目前进化基因组学的研究内容主要集中于两个方面：（1）在比较不同生物的基因数据的基础上，从基因组水平理解和诠释生物进化；（2）通过对新基因的分析研究探索基因进化过程的规律两个方面。在进行全基因组进化分析方面，进化基因组学主要集中于构建系统进化树、研究基因组进化策略、研究生物功能变化和进化机制、进化和生态功能基因组学、基因注释的等方面；在新基因方面
大数据处理技术的总结与分析
数据分析处理需求分类 1 事务型处理 在我们实际生活中,事务型数据处理需求非常常见,例如：淘宝网站交易系统、1２306网站火车票交易系统、超市ＰOＳ系统等都属于事务型数据处理系统。这类系统数据处理特点包括以下几点: 一就是事务处理型操作都就是细粒度操作,每次事务处理涉及数据量都很小。 二就是计算相对简单，一般只有少数几步操作组成，比如修改某行得某列; 三就是事务型处理操作涉及数据得增、删、改、查,对事务完整性与数据一致性要求非常高。 四就是事务性操作都就是实时交互式操作,至少能在几秒内执行完成； 五就是基于以上特点,索引就是支撑事务型处理一个非常重要得技术. 在数据量与并发交易量不大情况下,一般依托单机版关系型数据库,例如OＲＡＣLＥ、MＹSQL、SQＬSERVER,再加数据复制（DataGurａd、RＭAＮ、ＭｙSQＬ数据复制等)等高可用措施即可满足业务需求。 在数据量与并发交易量增加情况下，一般可以采用ORＡLＣＥRAC集群方式或者就是通过硬件升级（采用小型机、大型机等，如银行系统、运营商计费系统、证卷系统)来支撑. 事务型操作在淘宝、1230６等互联网企业中,由于数据量大、访问并发量高，必然采用分布式技术来应对,这样就带来了分布式事务处理问题，而分布式事务处理很难做到高效，因此一般采用根据业务应用特点来开发专用得系统来解决本问题。
２数据统计分析 数据统计主要就是被各类企业通过分析自己得销售记录等企业日常得运营数据,以辅助企业管理层来进行运营决策。典型得使用场景有:周报表、月报表等固定时间提供给领导得各类统计报表;市场营销部门,通过各种维度组合进行统计分析,以制定相应得营销策略等． 数据统计分析特点包括以下几点: 一就是数据统计一般涉及大量数据得聚合运算，每次统计涉及数据量会比较大。二就是数据统计分析计算相对复杂，例如会涉及大量goｕpbｙ、子查询、嵌套查询、窗口函数、聚合函数、排序等；有些复杂统计可能需要编写ＳQＬ脚本才能实现． 三就是数据统计分析实时性相对没有事务型操作要求高。但除固定报表外,目前越来越多得用户希望能做做到交互式实时统计； 传统得数据统计分析主要采用基于ＭＰP并行数据库得数据仓库技术.主要采用维度模型,通过预计算等方法，把数据整理成适合统计分析得结构来实现高性能得数据统计分析，以支持可以通过下钻与上卷操作,实现各种维度组合以及各种粒度得统计分析。 另外目前在数据统计分析领域,为了满足交互式统计分析需求，基于内存计算得数据库仓库系统也成为一个发展趋势,例如SAP得HANA平台。 3 数据挖掘 数据挖掘主要就是根据商业目标，采用数据挖掘算法自动从海量数据中发现隐含在海量数据中得规律与知识。
基因组学重点整理
生物五界：动物、植物、真菌、原生生物和原核生物；生物三界：真细菌、古细菌、真核生物 具有催化活性的RNA分子称为核酶（ribozyme）核酶催化的生化反应有：自我剪接、催化切断其它RNA、合成多肽键、催化核苷酸的合成 新基因的产生：基因与基因组加倍1）整个基因组加倍；2）单条或部分染色体加倍；3）单个或成群基因加倍。DNA水平转移：原核生物中的DNA水平转移可通过接合转移，噬菌体转染，外源DNA的摄取等不同途径发生，水平转移的基因大多为非必须基因。动物中由于种间隔离不易进行种间杂交，但其主要来源于真核细胞与原核细胞的内共生。动物种间基因转移主要集中在逆转录病毒及其转座成分。 外显子洗牌与蛋白质创新：产生全新功能蛋白质的方式有二种：功能域加倍，功能域或外显子洗牌 基因冗余：一条染色体上出现一个基因的很多复份(复本）当人们分离到某一新基因时，为了鉴定其生物学功能，常常使其失活，然后观察它们对表型的影响。许多场合，由于第二个重复的功能基因可取代失活的基因而使突变型表型保持正常。这意味着，基因组中有冗余基因存在。看家基因很少重复，它们之间必需保持剂量平衡，因此重复的拷贝很快被淘汰。与个体发育调控相关的基因表达为转录因子，具有多功能域的结构。这类基因重复拷贝变异可使其获得不同的表达控制模式，促使细胞的分化与多样性的产生，并导致复杂形态的建成，具有许多冗余基因。 非编码序列扩张方式：滑序复制、转座因子 模式生物海胆、果蝇、斑马鱼、线虫、蟾蜍、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等。模式生物基因组中G+C%含量高, 同时CpG 岛的比例也高。进化程度越高, G+C 含量和CpG 岛的比例就比较低 如果基因之间不存在重叠顺序，也无基因内基因（gene-within-gene），那么ORF阅读出现差错的可能只会发生在非编码区。细菌基因组中缺少内含子，非编码序列仅占11%, 对阅读框的排查干扰较少。细菌基因组的ORF阅读相对比较简单，错误的机率较少。高等真核生物DNA的ORF阅读比较复杂：基因间存在大量非编码序列（人类占70%）；绝大多数基因内含有非编码的内含子。高等真核生物多数外显子的长度少于100个密码子 内含子和外显子序列上的差异：内含子的碱基代换很少受自然选择的压力，保留了较多突变。由于碱基突变趋势大多为C-T,故A/T的含量内含子高于外显子。由于终止密码子为TAA\TAG\TGA，如果以内含子作为编码序列，3种读码框有很高比例的终止密码子。 基因注释程序编写的依据：1）信号指令，包括起始密码子，终止密码子，终止信号，剪接受体位和供体位，多聚嘧啶序列，分支点保守序列2）内容指令，密码子偏好，内含子和外显子长短 基因功能的检测：基因失活、基因过表达、RNAi干涉 双链DNA的测序可从一端开始，亦可从两端进行，前者称单向测序，后者称双向测序。 要获得大于50 kb的DNA限制性片段必需采用稀有切点限制酶。 酵母人工染色体（YAC）1）着丝粒在细胞分裂时负责染色体均等分配。2）端粒位于染色体端部的特异DNA序列，保持人工染色体的稳定性3）自主复制起始点（ARS）在细胞中启动染色体的复制 合格的STS要满足2个条件：它应是一段序列已知的片段，可据此设计PCR反应来检测不同的DNA片段中是否存在这一顺序；STS必需在染色体上有独一无二的位置。如果某一STS在基因组中多个位点出现，那么由此得出的作图数据将是含混不清的。 遗传图绘制主要依据由孟德尔描述的遗传学原理，第一条定律为等位基因随机分离，第二条定律为非等位基因自由组合，显隐性规律/不完全显性、共显性、连锁 衡量遗传图谱的水平覆盖程度饱和程度 基因类型：transcribed, translatable gene (蛋白基因) ；transcribed but non-translatable gene ( RNA基因)Non- transcribed, non-translatablegene ( promoter, operator ) rRNA基因，tRNA基因, scRNA基因, snRNA基因, snoRNA基因, microRNA基因 基因组(genome)：生物所具有的携带遗传信息的遗传物质总和。 基因组学（genomic）：用于概括涉及基因作图、测序和整个基因功能分析的遗传学分支。 染色体组（chromosome set）：不同真核生物核基因组均由一定数目的染色体组成，单倍体细胞所含有的全套染色体。 比较基因组学（comparative genomics）：比较基因组学是基因组学与生物信息学的一个重要分支。通过模式生物基因组与人类基因组之间的比较与鉴别，为分离重要的候选基因，预测新的基因功能，研究生物进化提供依据。（目标）
基因组学(结构基因组学和功能基因组学).
问:基因组学、转录组学、蛋白质组学、结构基因组学、功能基因组学、比较基因组学研究有哪些特点? 答:人类基因组计划完成后生物科学进入了人类后基因组时代,即大规模开展基因组生物学功能研究和应用研究的时代。在这个时代,生命科学的主要研究对象是功能基因组学,包括结构基因组研究和蛋白质组研究等。以功能基因组学为代表的后基因组时代主要为利用基因组学提供的信息。 基因组研究应该包括两方面的内容:以全基因组测序为目标的结构基因组学(struc tural genomics和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学(functional genomics。结构基因组学代表基因组分析的早期阶段,以建立生物体高分辨率遗传、物理和转录图谱为主。功能基因组学代表基因分析的新阶段,是利用结构基因组学提供的信息系统地研究基因功能,它以高通量、大规模实验方法以及统计与计算机分析为特征。 功能基因组学(functional genomics又往往被称为后基因组学(postgenomics,它利用结构基因组所提供的信息和产物,发展和应用新的实验手段,通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能,使得生物学研究从对单一基因或蛋白质的研究转向多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。这是在基因组静态的碱基序列弄清楚之后转入基因组动态的生物学功能学研究。研究内容包括基因功能发现、基因表达分析及突变检测。 基因的功能包括:生物学功能,如作为蛋白质激酶对特异蛋白质进行磷酸化修饰;细胞学功能,如参与细胞间和细胞内信号传递途径;发育上功能,如参与形态建成等采用的手段包括经典的减法杂交,差示筛选,cDNA代表差异分析以及mRNA差异显示等,但这些技术不能对基因进行全面系统的分析。新的技术应运而生,包括基因表达的系统分析,cDNA微阵列,DNA芯片等。鉴定基因功能最有效的方法是观察基因表达被阻断或增加后在细胞和整体水平所产生的表型变异,因此需要建立模式生物体。 功能基因组学
记忆基因(Rab3A)的系统发育分析
Bioprocess 生物过程, 2018, 8(1), 1-10 Published Online March 2018 in Hans. https://www.wendangku.net/doc/f815561686.html,/journal/bp https://https://www.wendangku.net/doc/f815561686.html,/10.12677/bp.2018.81001 Phylogenetic Analysis of Rab3A Gene Zhanlong Qiao, Jingfen Yang, Zhiwei Wei, Tao Liu* College of Science, North China University of Science and Technology, Tangshan Hebei Received: Feb. 24th, 2018; accepted: Mar. 5th, 2018; published: Mar. 13th, 2018 Abstract Rab3A is the most abundant Rab protein in the animal’s brain. Rab proteins play an important role in vesicular trafficking by exocytosis and endocytosis [1]. Thus, the Rab3A gene plays an impor-tant role in the regulation of animal memory. The original nucleotide sequence was downloaded from the NCBI database. Collinearity analysis was carried out by using Blast + homology alignment and ColinearScan and MCscanX. Using MEGA7.0 software Maximum Likelihood method, Neigh-bor-joining method to construct phylogenetic tree, due to the homology and collinearity analysis and comparison from the original data, a consistent phylogenetic tree was obtained. The phyloge-netic tree of Rab3A gene is consistent with the species developmental tree. This shows that the evolution of the gene occurs along with the divergence of species, which is a relatively ancient gene. Keywords Rab3A, System Evolution and Development, Genes, Animals 记忆基因(Rab3A)的系统发育分析 乔战龙，杨静芬，魏志伟，刘涛* 华北理工大学理学院，河北唐山 收稿日期：2018年2月24日；录用日期：2018年3月5日；发布日期：2018年3月13日 摘要 Rab3A是动物大脑中丰度最高的Rab蛋白，而Rab蛋白通过胞吞和胞吐的方式在囊泡运输中起重要作用 [1]，由此可见，Rab3A基因对于调控动物的记忆有很重要的作用。从NCBI数据库下载原始核苷酸序列， 运用Blast+同源性比对、共线性分析软件ColinearScan、MCscanX进行共线性分析，用MEGA7.0软件中*通讯作者。
生长素与植物生长发育调控
生长素与植物生长发育调控 摘要：生长素是一类含有一个不饱和芳香族环和一个乙酸侧链的内源激素，在促进植 物生长和扦插枝条生根, 化学整株、调控花期和提高植物经济产量等方面取得良好效果。市场上的植物生长素主要包括吲哚乙酸( IAA )、吲哚丁酸( IBA )、萘乙酸( NAA ) 和2,4—D 等。本章主要讲了生长素对在植物发育调控中起到的作用[1]。 关键词：生长素；作用机理；生理作用；信号转导；逆境胁迫； 生长素是一类植物生长类调节激素，在扩展的幼嫩叶片和顶端分生组织中合成，通过 韧皮部的长距离运输，自上而下地向基部积累。根部也能生产生长素，自下而上运输。植物体内的生长素是由色氨酸通过一系列中间产物而形成的。生长素在体内含量低但却能起到巨大的作用，如：可刺激形成层细胞分裂；刺激枝的细胞伸长、抑制根细胞生长；促进木质部、韧皮部细胞分化，促进插条发根、调节愈伤组织的形态建成等。随着研究的进一步深入，对生长素的认识也得到了进一步的深入，接下来进行一一解析。 1 植物生长素的作用机理 1.1 生长素作用机理 生长素, 如IAA作用于细胞核上, 作为基因的脱阻抑剂, 首先是被阻抑的基因活化。随之, 在基因控制下, 通过调节酶蛋白的种类和数量来表现其继发的生理作用[2]。 1.2 酸生长理论 PMRay 将燕麦胚芽鞘切段放入一定浓度的IAA溶液中, 发现10-15min后切段开始迅速伸长, 同时介质的pH 值下降, 细胞壁的可塑性增加。将切段放入含IAA 的pH 值为4 的缓冲溶液中, 切段也表现出伸长;如将切段转入含IAA的pH 值为7的缓冲溶液中, 则切段的伸长停止; 若 再转入含IAA 的pH 值为4的缓冲溶液中, 则切段重新伸长。将胚芽鞘切段放入不含IAA的pH 值为3.2-3.5的缓冲溶液中, 则1min后可检测出切段的伸长, 且细胞壁的可塑性也增加; 如将切段转入pH 值为7的缓冲溶液中, 则切段的伸长停止; 若再转入pH 值3.2-3.5的缓冲溶 液中, 则切段重新表现出伸长。基于上述, Ray le和Cleland于1970年提出了生长素作用机理的酸生长理论, 认为: ( 1) 原生质膜上存在着非活化的质子泵(H+ ATP 酶), 生长素作为泵的变构效应剂, 与泵蛋白结合后使其活化; ( 2) 活化了的质子泵消耗能量( ATP ) 将细胞内的H+ 泵到细胞壁中,导致细胞壁基质溶液的pH 值下降; ( 3) 在酸性条件下, H+ 一方面使细胞壁中对酸不稳定的键(如氢键)断裂, 另一方面(也是主要的方面) 使细胞壁中的某些多糖水解酶(如纤维素酶) 活化或增加, 从而使连接木葡聚糖与纤维素微纤丝之间的键断裂, 细胞壁松弛;( 4) 细胞壁松弛后, 细胞的压力势下降, 导致细胞的水势下降, 细胞吸水, 体积增大而发生不可逆增长。由于生长素与H+ ATP 酶的结合和随之带来的H+ 的主动分泌都需要一定的时间, 所以生长素所引起伸长的滞后期( 10~ 15min)比酸所引起伸长的滞后期( 1min) 长[3]。 1.3 基因活化学说 植物细胞具有全能性, 但在一般情况下, 绝大部分基因是处于抑制状态的, 生长素的作 用就是解除这种抑制, 使某些处于“休眠”状态的基因活化, 从而转录翻译出新的蛋白质。当IAA 与质膜上的激素受体蛋白(可能就是质膜上的质子泵) 结合后, 激活细胞内的第2信使, 并将信息转导至细胞核内, 使处于抑制状态的基因解阻遏, 基因开始转录和翻译, 合 成新的mRNA 和蛋白质, 为细胞质和细胞壁的合成提供原料, 并由此产生一系列的生理生化反应。由于生长素所诱导的生长既有快速反应, 又有长期效应, 因此提出了生长素促进植物
大数据应用案例分析
在如今这个大数据的时代里,人人都希望能够借助大数据的力量:电商希望能够借助大数据进一步获悉用户的消费需求,实现更为精准的营销;网络安全从业者希望通过大数据更早洞悉恶意攻击者的意图,实现主动、超前的安全防护;而骇客们也在利用大数据,更加详尽的挖掘出被攻击目标信息,降低攻击发起的难度。 大数据应用最为典型的案例就是国外某著名零售商,通过对用户购买物品等数据的分析,向该用户——一位少女寄送了婴儿床与衣服的优惠券,而少女的家人在此前对少女怀孕的事情一无所知。大数据的威力正在逐步显现,银行、保险公司、医院、零售商等等诸多企业都愈发动力十足的开始搜集整理自己用户的各类数据资料。但与之相比极度落后的数据安全防护措施,却让骇客们乐了:如此重要的数据不仅可以轻松偷盗,而且还就是整理好的,凭借这些数据骇客能够发起更具“真实性”的欺诈攻击。好在安全防御者们也开始发现利用大数据抵抗各类恶意攻击的方法了。 扰动安全的大数据 2014年IDC在“未来全球安全行业的展望报告”中指出,预计到2020年信息安全市场规模将达到500亿美元。与此同时,安全威胁的不断变化、IT交付模式的多样性、复杂性以及数据量的剧增,针对信息安全的传统以控制为中心的方法将站不住脚。预计到2020年,60%的企业信息化安全预算将会分配到以大数据分析为基础的快速检测与响应的产品上。 瀚思(HanSight)联合创始人董昕认为,借助大数据技术网络安全即将开启“上帝之眼”模式。“您不能保护您所不知道的”已经成为安全圈的一句名言,即使部署再多的安全防御设备仍然会产生“不为人知”的信息,在各种不同设备产生的海量日志中发现安全事件的蛛丝马迹非常困难。而大数据技术能将不同设备产生的海量日志进行集中存储,通过数据格式的统一规整、自动归并、关联分析、机器学习等方法,自动发现威胁与异常行为,让安全分析更简单。同时通过丰富的可视化技术,将威胁及异常行为可视化呈现出来,让安全瞧得见。 爱加密CEO高磊提出,基于大数据技术能够从海量数据中分析已经发生的安全问题、病毒样本、攻击策略等,对于安全问题的分析能够以宏观角度与微观思路双管齐下找到问题根本的存在。所以,在安全领域使用大数据技术,可以使原本
真菌生命树的系统发生和系统基因组学
真菌生命树的系统发生和系统基因组学 近二三十年来，分子系统发生学从最初的建立到不断发展，已成为真菌的比较生物学的重要研究手段。曾经仅局限于分类学的系统树如今已广泛地应用到真菌生物学中并为了解主要生命形式的进化、描述复杂的生物群落以及实验生物学的预测提供了广泛的进化进化理论基础。在基因组领域这一趋势愈发显著，系统发生学和基因组学逐渐结合到一起并孕育出了一门崭新的学科—系统基因组学。虽然这是一门年轻的学科，但它已经应用到通过进化关系来预测同源性和不规则基因，以及基于基因组范围的对离散同源序列数据基因组的最大量—至少是大量—的采样对比分析。下面，让我们来了解一些目前这一领域的相关进展：（i）基于多基因系统发育的真菌系统发生学目前的地位；（ii）目前在分类真菌界里的进化关系中的进化假说；（iii）通过基因组采样来推断进化关系的应用。 真菌分子系统学 作为真菌分子系统发育的第一个领域，rRNA在鉴定推断这一界的系统发生关系时发挥了极其重要的关系。rRNA以各种形态广泛分布在自然界中，含有核苷酸保守区域，并以此为基础促进了宇宙原初物种的进化。既而，rRNA核苷酸数据的收集和排序也因此变得浅显易懂并使真菌分子系统发生的研究从上世纪90年代开始呈指数级增长。虽然这些分析仅是基于少量的数据，但是针对真菌和类真菌的系统发生的研究已取得了大量的里程碑式的发现。这些发现包括异鞭毛水霉菌和黏液菌的胞外替换，动物界和真菌界间的封闭进化关系识别，壶菌，结合菌，担子菌，子囊菌的单元菌物鉴定，子囊菌和担子菌的单源支持及他们间的姊妹组关系。 ??尽管取得了这些进展，由于rRNA数据仅限于与之相关的功能，要不断地了解真菌世界的进化过程还需要掌握更多相似不同源基因，特别是蛋白质编码的基因。由于在真菌系统中最大的两个RNA聚合酶（RPB1 RPB2）和翻译延伸因子TEF广泛地得到应用，PCR技术和测序引物也随之得到极大发展。这些基因提供了对rRNA系统发育的测评支持，并提供了更多形态学和生物学上的稳定性测试,他们还提供了起始多基因系统发生产生的未加工数据，致使真菌系统发生从基因树形式过渡到物种树。 ??为使多基因系统发生得到进一步发展，真菌系统协会创办了Research Coordination Network Deep Hypha.该协会的主要宗旨在于加快收集真菌系统生命树的多基因序列数据采集。这也是AFTOL工程的贡献之一。该工程推动了以下六方面的核苷酸序列采集：细胞核小亚基rRNA，细胞核大亚基rRNA，线粒体小亚基rRNA，RPB1，RPB2和TEF---真菌中目和科的分类单元目标集（Lutzoni et al., 2004）。AFTOL筹集了2000多个分类单元的5000多条公开可用序列并发展了真菌中额外引物的数据采集（更多完整序列及引物请登录WASABI研办的网站：https://www.wendangku.net/doc/f815561686.html, Kauffet al.,2007]）。在多基因数据集的采集日趋完善的同时，基于模型的复杂核苷酸序列数据集系统发生分析算法也在不断发展。由于电脑处理器愈发强大以及相关计算分析软件的支撑(如:RAxML [Stamatakis,2006] GARLI [Zwickl,2008] MRBAYES[Ronquist and Huelsenbeck, 2003] and PhyloBayes [Lartillot and Philippe,2004] )，对大型多基因数据集的最大似然估计和贝叶斯计算如今也得到广泛应用。今年来对多基因编码数据的强化分析也提高了系统发生的分辨率测算(Matheny et.al.,2007; Hofstetter et.al.,2007)，并且证明了蛋白质编码的基因RPB1，RPB2和TEF比rRNA基因拥有更高层次的系统发生信息量（Townsend,2007; schoch et.al.,2009)。当我们把筹集相对大的多基因序列以及分析他们的能力有机地结合在一起时，我们就获得了目前对于真菌进化的最精确的了解。 真菌生命树 这里提到的真菌生命树，我们是指单源种的真菌界以及其下的各个亚门中所包含的。简明起见，这里不再讨论真菌以外的其它门类（例如：卵菌门），尽管他们很重要并且很多学者也在研究。我们的讨论将集中在更高级的分类学中，侧重于真菌进化中主要的真菌进化枝。
基因组学答案
1.什么是基因组学？基因组学有哪些特点？ 以基因组分析为手段，研究基因组的结构组成、时序表达模式和功能，并提供有关生物物种及其细胞功能进化信息的一门学科。特点：Genome sciences are sequence-based，Genome sciences are data-guided (not so hypothesis-driven)，Genome sciences is a systematic approach。 2.什么是模式生物？ 生物学家通过对选定的生物物种进行科学研究，用于揭示某种具有普遍规律的生命现象，此时，这种被选定的生物物种为模式生物。在人类基因组计划中，包括对五种生 物基因组的研究：大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇和小鼠，称之为人类的五种“模式生物”。 3.人类基因组计划是哪一年完成的？在科学上有什么意义？ 2000年完成了人类基因组“工作框架图”。2001年公布了人类基因组图谱及初步分析结果。 意义： 首先,获得人类全部基因序列将有助于人类认识许多遗传疾病以及癌症等疾病的致病机理,为分子诊断、基因治疗等新方法提供理论依据。 第二,破译生命密码的人类基因组计划有助于人们对基因的表达调控有更深入的了解。4.基因组学的发展方向是什么？ 5. 3 大公共DNA 数据库名称是什么？ EMBL,GenBank，DDBJ。 6.什么是一级数据库和二级数据库？ Primary Databases：Original submissions by experimentalists，Content controlled by the submitter。 Derivative Databases：Built from primary data，Content controlled by third party。 7.什么是NCBI 的Refseq？什么是Unigene？Unigene 和Refseq 的区别和联系。 RefSeq (accessible via the main page of NCBI) provides an expertly curated accession number that corresponds to the most stable, agreed-upon “reference” version of a sequence. Unigene：MegaBlast based automated sequence clustering，Nonredundant set of gene oriented clusters，Each cluster a unique gene，Information on tissue types and map locations，Includes known genes and uncharacterized ESTs，Useful for gene discovery and selection of mapping reagents。 8.GEO 是什么类型数据库，主要包含什么类型数据？ 9.大致介绍一下UCSC GENOME BROWSER？ Stands for “Encyclopedia Of DNA Elements”，Public research consortium to carry out a project to identify all functional elements in the human genome sequence，Launched by The National Human Genome Research Institute (NHGRI)，Conducted in three phases:pilot project phase，technology development phase，planned production phase。 10.HAVANA 基因是什么类型数据？ 11.什么是细菌人工染色体（BAC） 是指一种以F质粒（F-plasmid）为基础建构而成的细菌染色体克隆载体，常用来克隆150kb左右大小的DNA片段，最多可保存300kb个碱基对。 12.什么是遗传图谱？用来构建遗传图谱的标记有哪些？
生长激素受体基因敲除小鼠模型
２０１８年１０月第２６卷一第５期中国实验动物学报ＡＣＴＡＬＡＢＯＲＡＴＯＲＩＵＭＡＮＩＭＡＬＩＳＳＣＩＥＮＴＩＡＳＩＮＩＣＡＯｃｔｏｂｅｒ２０１８Ｖｏｌ．２６一Ｎｏ．５ ［基金项目］国家自然科学基金面上项目（８１４７１０００）；国家自然科学基金青年基金（８１６００６６８）；辽宁省教育厅科研项目（Ｌ２０１６０２３）；吉林省科技厅科研项目（２０１５０４１４００９ＧＨ）三ＦｕｎｄｅｄｂｙＮａｔｉｏｎａｌＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｏｆＣｈｉｎａ（８１４７１０００），ＮａｔｉｏｎａｌＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｏｆＣｈｉｎａ（８１６００６６８），ＬｉａｏｎｉｎｇＰｒｏｖｉｎｃｉａｌＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＥｄｕｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈＰｒｏｊｅｃｔ（Ｌ２０１６０２３），ＪｉｌｉｎＰｒｏｖｉｎｃｉａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＤｅｐａｒｔｍｅｎｔＲｅｓｅａｒｃｈＰｒｏｊｅｃｔ（２０１５０４１４００９ＧＨ）［作者简介］王小双（１９９２ ）女，硕士研究生，研究方向：生长激素受体与代谢三Ｅｍａｉｌ：８５２１６８１６９＠ｑｑ．ｃｏｍ ［通信作者］吴英杰（１９６５ ）男，教授，博士生导师三Ｅｍａｉｌ：ｙｉｎｇｊｉｅｗｕ＠ｄｍｕ．ｅｄｕ．ｃｎ； 冉丽媛（１９８６ ），女，博士，讲师，Ｅｍａｉｌ：ｒａｎｌｙ１０２０＠１２６．ｃｏｍ一?共同通信作者 研究进展生长激素受体基因敲除小鼠模型 王小双１，米艾１，孙捷２，王丹１，曾丽１，冉丽媛１?，吴英杰１? （１．大连医科大学重大疾病基因工程模式动物研究所，基因工程模式动物国际联合研究中心，辽宁大连一１１６０４４；２．吉林大学附属第一医院干部病房，长春一１３００００） 一一?摘要?一由脑垂体合成并分泌的生长激素（ＧＨ）不仅控制机体生长发育，还在许多代谢疾病中起关键调控作用三ＧＨ的生物学功能通过与其表面受体（ＧＨＲ）结合而启动，基于分子生物学技术构建各种ＧＨＲ敲除小鼠模型成为揭示ＧＨ调控机制的基础三利用Ｃｒｅ?ＬｏｘＰ重组酶系统，迄今已在小鼠全身或组织特异性（如肝，骨骼肌，脂肪，巨噬细胞和胰岛β细胞等）敲除ｇｈｒ基因，并从中探索ＧＨ／ＧＨＲ信号转导及其与其他信号通路的相互作用三本文综述并讨论了这些ｇｈｒ基因敲除小鼠模型的表型特征和应用，从不同方面介绍了ＧＨ／ＧＨＲ相关信号通路研究现状三 ?关键词?一生长激素受体；全身敲除；组织特异性敲除；代谢疾病；Ｃｒｅ／ＬｏｘＰ系统 ?中图分类号?Ｑ９５－３３一一?文献标识码?Ａ一一?文章编号?１００５?４８４７（２０１８）０５?０６６２?０５Ｄｏｉ：１０ ３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００５－４８４７ ２０１８ ０５ ０２０Ｏｖｅｒｖｉｅｗｏｆｇｒｏｗｔｈｈｏｒｍｏｎｅｒｅｃｅｐｔｏｒｋｎｏｃｋｏｕｔｍｏｕｓｅｍｏｄｅｌｓ ＷＡＮＧＸｉａｏｓｈｕａｎｇ１，ＭＩＡｉ１，ＳＵＮＪｉｅ２，ＷＡＮＧＤａｎ１，ＺＥＮＧＬｉ１，ＲＡＮＬｉｙｕａｎ１?，ＷＵＹｉｎｇｊｉｅ１? （１．ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＧｅｎｏｍｅＥｎｇｉｎｅｅｒｅｄＡｎｉｍａｌＭｏｄｅｌｓｆｏｒＨｕｍａｎＤｉｓｅａｓｅ，ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｏｆＧｅｎｅｔｉｃａｌｌｙＥｎｇｉｎｅｅｒｅｄＡｎｉｍａｌＭｏｄｅｌｓｆｏｒＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＲｅｓｅａｒｃｈ，ＤａｌｉａｎＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＤａｌｉａｎＬｉａｏｎｉｎｇ１１６０４４，Ｃｈｉｎａ；２．ＶＩＰＷａｒｄ，ＦｉｒｓｔＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＪｉｌｉｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｃｈｕｎ１３００００）Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ：ＷＵＹｉｎｇｊｉｅ．Ｅ?ｍａｉｌ：ｙｉｎｇｊｉｅｗｕ＠ｄｍｕ．ｅｄｕ．ｃｎ；ＲＡＮＬｉｙｕａｎ．Ｅ?ｍａｉｌ：ｒａｎｌｙ１０２０＠１２６．ｃｏｍ ?Ａｂｓｔｒａｃｔ?一Ｇｒｏｗｔｈｈｏｒｍｏｎｅ（ＧＨ）ｉｓｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄａｎｄｒｅｌｅａｓｅｄｂｙｓｏｍａｔｏｔｒｏｐｈｉｃｃｅｌｌｓｉｎｔｈｅｐｉｔｕｉｔａｒｙｇｌａｎｄ．Ａｓｗｅｌｌａｓｆｕｎｃｔｉｏｎｓｉｎｇｒｏｗｔｈａｎｄｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，ＧＨｉｓａｌｓｏｉｍｐｏｒｔａｎｔｉｎｍａｎｙｍｅｔａｂｏｌｉｃｄｉｓｅａｓｅｓ．ＴｈｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｆｕｎｃｔｉｏｎｓｏｆＧＨａｒｅｉｎｉｔｉａｔｅｄｂｙｌｉｇａｎｄｂｉｎｄｉｎｇｔｏｔｈｅｓｕｒｆａｃｅｒｅｃｅｐｔｏｒ，ｇｒｏｗｔｈｈｏｒｍｏｎｅｒｅｃｅｐｔｏｒ（ＧＨＲ）．ＲａｐｉｄａｄｖａｎｃｅｓｉｎｍｏｌｅｃｕｌａｒｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｈａｖｅｅｎａｂｌｅｄｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｏｆｖａｒｉｏｕｓＧＨＲｋｎｏｃｋｏｕｔｍｉｃｅｍｏｄｅｌｓｔｏｅｘａｍｉｎｅｔｈｅｍｅｃｈａｎｉｓｍｓｏｆａｃｔｉｏｎｏｆＧＨ．ＵｓｉｎｇａＣｒｅ?ＬｏｘＰｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅｓｙｓｔｅｍ，ｔｈｅｍｏｕｓｅＧＨＲｈａｓａｌｓｏｂｅｅｎｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌｌｙｋｎｏｃｋｅｄｏｕｔｓｙｓｔｅｍｉｃａｌｌｙａｎｄｔｉｓｓｕｅ?ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇｉｎｔｈｅｌｉｖｅｒ，ｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅ，ａｄｉｐｏｓｅｔｉｓｓｕｅｓ，ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ，ａｎｄｐａｎｃｒｅａｔｉｃｉｓｌｅｔβ?ｃｅｌｌｓ．Ｔｈｉｓｈａｓ ｐｒｏｖｉｄｅｄａｕｎｉｑｕｅｐｌａｔｆｏｒｍｆｏｒｓｔｕｄｙｉｎｇＧＨ／ＧＨＲｓｉｇｎａｌｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎａｎｄｉｔｓｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｗｉｔｈｏｔｈｅｒｓｉｇｎａｌｉｎｇｐａｔｈｗａｙｓ．Ｉｎ ｔｈｉｓｂｒｉｅｆｒｅｖｉｅｗ，ｗｅｄｉｓｃｕｓｓｔｈｅｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓａｎｄａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｏｆｔｈｅｓｅＧＨＲｋｎｏｃｋｏｕｔｍｏｕｓｅｍｏｄｅｌｓ． ?Ｋｅｙｗｏｒｄｓ?一ｇｒｏｗｔｈｈｏｒｍｏｎｅｒｅｃｅｐｔｏｒ；ｗｈｏｌｅｂｏｄｙｋｎｏｃｋｏｕｔ；ｔｉｓｓｕｅ?ｓｐｅｃｉｆｉｃｋｎｏｃｋｏｕｔ；ｍｅｔａｂｏｌｉｃｄｉｓｅａｓｅ；Ｃｒｅ／ＬｏｘＰｓｙｓｔｅｍＣｏｎｆｌｉｃｔｏｆｉｎｔｅｒｅｓｔｓｔａｔｅｍｅｎｔ：Ｗｅｄｅｃｌａｒｅｔｈａｔｗｅｈａｖｅｎｏｃｏｎｆｌｉｃｔｏｆｉｎｔｅｒｅｓｔｓｔａｔｅｍｅｎｔ．一一１９６６年，ＺｖｉＬａｒｏｎ首次发现一种常染色体隐性遗传的侏儒症并将其命名为Ｌａｒｏｎ综合征，该类患 者身材矮小二青春期延迟二反复低血糖二低血清胰岛素样生长因子１（ＩＧＦ?１）二高血清ＧＨ；进一步研究发
大数据分析系统项目方案
大数据分析系统 方案
目录 第1章项目概述 (5) 1.1项目背景 (5) 1.2项目必要性 (5) 1.3建设目标 (6) 第2章需求分析 (8) 2.1功能及性能需求 (8) 2.2系统集成需求 (9) 2.3运行环境 (10) 2.4安全需求 (10) 第3章总体设计 (12) 3.1总体设计原则 (12) 3.2总体目标 (13) 3.3系统总体结构 (13) 3.4系统逻辑结构 (15) 第4章详细设计方案 (16) 4.1信息资源规划和数据库设计 (16) 4.1.1数据模型概述 (16) 4.1.2数据建模方法论 (17) 4.1.3数据建模基本原则 (18) 4.1.4数据库架构设计 (19) 4.2数据应用支撑系统设计 (21) 4.2.1大数据平台关键技术 (21) 4.2.2云平台数据共享功能 (26) 4.3数据服务层计 (33) 4.3.1模型的应用 (33) 4.3.2平台基础应用 (33) 4.4数据处理和存储系统设计 (34) 4.4.1大数据处理核心技术 (35) 4.4.2数据存储采用MPP与hadoop融合架构 (35) 4.5网络系统设计 (35) 4.6安全系统设计 (36) 4.6.1系统安全满足情况 (36) 4.6.2系统安全配置管理功能 (37) 4.6.3系统无安全漏洞保障 (40) 4.6.4软件自身安全 (43) 4.6.5性能和可靠性 (44) 4.7运行维护系统设计 (46)
4.7.2网络设备管理 (46) 4.7.3进程管理 (46) 4.7.4服务管理 (46) 4.7.5数据库管理 (46) 4.7.6中间管理 (46) 4.7.7集群管理 (47) 4.7.8故障管理 (47) 4.7.9性能管理 (47) 4.7.10配置文件管理 (47) 4.7.11SYSLOG管理 (47) 4.8其他系统设计 (47) 4.9系统配置及软硬件选型原则 (48) 4.9.1软硬件部署 (48) 4.9.2数据要求 (48) 4.9.3技术要求 (49) 4.10系统软硬件物理部署方案 (49) 第5章项目建设与运行管理 (51) 5.1项目领导机构 (51) 5.2项目管理机构 (51) 5.3项目承建机构 (53) 5.4运行维护机构 (53) 5.5相关管理制度 (54) 5.6项目测试 (55) 5.6.1单元测试 (55) 5.6.2集成测试 (55) 5.6.3系统测试 (56) 5.6.4性能测试 (56) 5.6.5验收测试 (57) 5.6.6安装测试 (57) 5.7安全性测试 (58) 5.7.1功能验证 (58) 5.7.2漏洞扫描 (58) 5.7.3模拟攻击实验 (58) 5.8项目验收 (60) 5.8.1项目验收要求 (60) 5.8.2项目验收的目的和原则 (61) 5.8.3项目验收的组织和实施 (61) 5.8.4项目验收的步骤和程序 (61) 5.8.5项目验收的测试方案 (61) 5.8.6项目验收的文档清单 (61) 第6章项目培训计划 (62) 6.1培训对象和培训目标 (62)