单倍型分析

所需要的软件下载地址：https://www.wendangku.net/doc/141038648.html,/s/1dDvmxDv

先将数据比对对齐，用DNAsp打开比对对齐后的fasta格式，file——找到fasta

点击clsoe

进入generate——haplotype——ok——如果不需要保存，点击取消

此表可以看到有多少个单倍型，把一样的留一个

从新打开删除的fasta，可以看出来值有六条，单倍型序列save——倒数第二个，保存——再save——倒数一个，保存

此时，桌面上多出三个文件打开network软件

用三种方法都计算一次

最后

打开sto，继续

不同物种Agouti基因编码区生物信息学分析

不同物种Agouti基因编码区生物信息学分析 摘要：为了研究不同物种Agouti基因的遗传多样性，该实验采用生物信息学方法比较分析了山羊、绵羊、牛、髯羊、野猪、马、犬、狒狒、黑猩猩、人、兔、家猫、鼠和猕猴Agouti基因编码区(CDS)的遗传多样性。结果表明，来自14个物种的77条基因序列中检测到93个多态位点，共生成30 种单倍型，物种间及物种内Agouti基因序列编码区存在较丰富的遗传多样性。 关键词：物种；Agouti基因；遗传多样性 Bioinformatics Analysis of Coding Regions of Agouti Gene among Species Tian Teng-fei Li Xiang-long Zhou Rong-yan Li Lan-hui (College of Animal science and Technology, Agricultural University of Hebei, Baoding, 071001, China ) Abstract: In this study, the CDS of the Agouti gene sequences of Capra hircus, Ovis aries, Bos taurus, Ammotragus lervia,Sus scrofa, Equus caballus, Canis lupu s, Papio anubis, Pan troglodytes, Homo sapiens, Oryctolagus cuniculus, Felis catus, Peromyscus and Macaca radiata were analyzed using the method of bioinformatics. And the genetic diversity was analyzed. The results showed that a total of 93 polymorphic sites were detected from 77 sequencesof 14 species, from which 30 hapolotypes were sorted, and there was rich genetic diversity of the CDS of the Agouti gene within and among species. Key words: species; Agouti gene; genetic diversity 现代分子遗传学研究表明，Agouti基因通常编码对抗黑素细胞刺激素受体(melanoeyte stimulating hormone receptor，MSHR)的信号蛋白(agouti signaling protein，ASP)。Agouti信号蛋白由Agouti基因编码，人、鼠、狐狸、猪、绵羊等的Agouti基因相继被发现[1,2]，当Agouti基因表达时会引起棕黑素的产生，而Agouti不表达时则会引起真黑素的产生，从而调节真黑素和棕黑素之间的转换[3]，不同物种的Agouti基因及其信号蛋白有较高的同源性。随着对Agouti位点进一步研究，表明Agouti基因位点控制着毛囊内真黑素和棕黑素的相对数量，结构复杂，是一个含多等位基因的位点。林大光(1984)所述家兔的Agouti 位点主要有2个等位基因A和a， A为刺鼠毛基因，其作用是使毛纤维上出现分段着色，整根毛纤维呈深色—浅色—深色的状态，a为非刺鼠毛基因，其作用是使毛纤维颜色一致，A对a完全显性[4]。近年来人们对Agouti基因位点的研究主要集中于鼠和人，Kwon（1994）等[1]发现人的Agouti基因位于染色体20q11·2区，编码的ASP由132个氨基酸构成，人与鼠的Agouti基因同源性高达85%，Agouti信号蛋白同源性高达89% (即89%的氨基酸序列完全一致)。目前已证实Agouti位点不是一个单一基因，具有许多等位基因[5]，其中两个等位基因对某一颜色起着重要的作用，因此研究Agouti基因的编码区对研究动物的毛色变异具有重要作用。 本研究选用GenBank中已提交物种的Agouti基因的编码区序列，利用比较基因组学和生物信息学方法研究了该基因编码区的变异，以期探明该基因在不同种间及种内遗传分化，进而为动物毛色变异研究以及动物育种工作提供基础资料。 1.材料和方法 1.1 序列来源从NCBI网站https://www.wendangku.net/doc/141038648.html,/的GenBank中下载山羊、绵羊、牛、髯羊、野猪、马、犬、狒狒、黑猩猩、人、兔、家猫、鼠和猕猴等14个物种的77条Agouti基因序列（表1）。 表1 不同物种的Agouti基因序列来源 Table 1 The source of sequences for Agouti gene in different species 物种(Species) 序列数(Sample size) 序列号(Access number) 髯羊(Ammotragus lervia) 1 EU420031 山羊（Capra hircus） 3 EF587236, EU037983, GU076166 绵羊（Ovis aries）9 EU057181, EU420022, EU420024, EU420025, EU420026, EU420027, EU420029, EU420030, NM_001134303 牛（Bos taurus） 5 AH013175, NM_206843, X99691, X99692, XM_001790188 野猪（Sus scrofa）11 AJ427478, AJ634673, AY308996, AY308997, AY308998, AY916525, GQ373180, NM_001001648, NM_001011646, NM_001011647,

如何利用dnasp软件计算单倍型多样性,核苷酸多样性,单倍型数量PAUP软件构建MP树

如何利用dnasp软件计算单倍型多样性，PAUP软件构建MP树 1、利用BioEdit和Clustalx对所有需要构建系统进化树的个体进行序列比对 2、将Clustalx比对结果中的*.aln文件利用BioEdit打开，在其中删除clustal cons文件，这 时候有一行“*******”消失，将该文件转存为*.fst格式文件。 3、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择analysi s→DNA polymorphism， 弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中的Number of Haplotypes,后面对应的数值即为单倍型多样性，Standard Deviation of Haplotype diversity后面对应为SD（标准差）值。在该对话框中Nucleotidy diversity即为核苷酸多样性。 注：单倍型多样性即指在某一个种群或几个种群中存在差异序列的数量。 4、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Genetate→Haplotype Date file，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中输入保存的路径和文件名（注意不要修改扩展名），点击确定，在弹出的对话框中给出了单倍型数量和每个单倍型中包含的样本信息，在后续处理中每个单倍型只需选择一个样本。 5、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Overview→polymorphism date，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，里面有单倍型多样性和核苷酸多样性信息。 6、由于PAUP并不识别该格式软件，因此需要利用dnasp软件将其转存为*.nex格式，方法 如下，用dnasp软件打比对后的*.fat格式文件，在菜单中选择fil e→save/export date as →NEXUS file format，命名，选择路径。 7、打开PAUP软件，打开刚才利用dnasp转存的文件。这时会在对话框下方出现如图1所 示文字。 图1 8、在下面的框中依次输入下面命令即可。命令如下： 注：其中第三和第四步需要运行一段时间后再输入下一命令。第七步需要输入要保存的文件名。将红色的*换成文件名。这样就构建完MP树了。 1）set criterion = parsimony maxtrees = 1000 increase = auto autoclose = yes 2）pset gapmode = newstate 3）hsearch addseq = random nreps = 100 swap = TBR 4）bootstrap nrep = 1000 keepall = yes cutoffpct = 0 search = heuristic / addseq = random nreps = 20 swap = TBR 5）showtree all / root = outgroup 6）describetree 1 / plot = phylogram brlens = yes root = outgroup 7）savetrees file = *.tre root = yes brlens = yes savebootp = both from = 1 to = 1 8）log stop 9）factory 10)quit

人类Y染色体DNA单倍型类群介绍2018

Y染色体DNA单倍群介绍 1、Y-DNA单倍群 人类Y染色体DNA单倍群由非重组DNA的Y染色体突变进行定义。这种由许多人共享的突变称为单核苷酸多态性（SNP）。人类Y染色体每一代大约积累两次突变。Y-DNA单倍群的分支结构组成一个Y染色体进化树，有数百甚至数千的突变由这些不同的单倍群共享。 Y染色体的最近的共同祖先（most recent common ancestor MRCA），也被称为Y染色体亚当，是目前活着的男性的最近的男性共同祖先。 Y染色体亚当估计生活在大约236000年前的非洲。通过研究其他瓶颈，所有欧亚大陆的人都是69000年前的一个男人的后裔。之后一个主要的遗传瓶颈期发生在大约5000年前，今天大多数欧亚大陆的人可以追溯到5000年前的十二个祖先。

Y-DNA单倍群进化树 单倍群 A & B 单倍群 A(M91)

单倍群A是所有单倍群起源点。现代所有单倍群都是单倍群A的后代，稀疏分布在非洲，主要集中在西南部的科伊桑人和尼罗河谷东北部人群。 单倍群 BT (M42,M94,M139,M299) 约55000年前分，BT是单倍群A的分支 单倍群B(M60) 单倍群B主要分布于非洲，主要集中于俾格米人群。 详细树形图：见B单倍群文件夹 单倍群 CT (P143) 标识单倍群 CT的突变标记是M168和M294.包含单倍群D、E、C、F,可能88000年前在亚洲或非洲出现。 单倍群 C (M130) 历史起源：C单倍群携带M130突变，来源于CF单倍群。中国境内的C单倍群主要是C2（携带M217突变），占中国总人口比例大约为5%—10%。其下游又可分为南北两大支，北支C2b（携带F1396突变），主要分布于蒙古族和满族等民族；南支C2c（携带F1067突变），几乎遍及全中国。 详细树形图：见C单倍群文件夹 Haplogroup C (M130, M216) 分布在亚洲、大洋洲和北美等 o Haplogroup C1 (F3393/Z1426) ?Haplogroup C1a (CTS11043) ?Haplogroup C1a1 (M8, M105, M131) 日本低频分布 ?Haplogroup C1a2 (V20) 欧洲和尼泊尔低频分布 ?Haplogroup C1b (F1370, Z16480) ?Haplogroup C1b1 (AM00694/K281) ?Haplogroup C1b1a (B66/Z16458)

分子生物学复习重点

第六章基因表达调控 1. 顺式作用元件：指调控真核生物结构基因转录的DNA序列，包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和反应元件等。它们通过与反式作用因子相互作用来发挥转录调控作用。 2.反式作用因子：指真核基因的转录调节蛋白，包含DNA结合结构域和转录激活结构域。它们与顺式作用元件、RNA聚合酶相互作用，以及转录因子之间相互协同或者拮抗，反式调控另一基因的转录。 3. 操纵子：原核生物绝大多数基因按照功能相关性成簇串联排列，与启动子、操纵基因等调控元件共同组成一个转录单位，实现协调表达。 4.增强子是一种能够提高转录效率的顺式作用元件。 5.真核生物的调控元件：顺式作用元件和反式作用因子 6. 顺式作用元件是指起转录调控作用的DNA序列，包括启动子、增强子、沉默子等。 7.转录水平的调控是原核生物基因表达的关键环节。 8.大肠杆菌的RNA聚合酶是σ亚基和核心酶构成。 9.转录起始是真核生物基因表达调控的关键。 10.真核生物表达可以在DNA水平、转录水平、转录后水平、翻译水平、翻译后水平上进行调控。 11..基因表达调控的基本规律是？ A、基因表达具有时空特异性。 B、诱导表达和阻遏表达是基因表达调控的普遍方式。 C、基因表达受顺式作用元件和反式作用因子共同调节。 D、蛋白质-DNA以及蛋白质-蛋白质的相互作用是基因表达调控的分子基础。 E、基因表达调控是多层次的复杂调节。 12.真核基因组的特点有？ A．真核基因组比原核基因组大得多。B.真核基因组中只有10%的序列编码蛋白质、rRNA、tRNA。C.真核生物编码蛋白质的基因是不连续的，转录后需要剪接去除内含子，这就增加了基因表达调控的层次。D.真核生物是一个结构基因转录生成一条mRNA，即mRNA是单顺反因子，许多功能相关的蛋白将涉及多个基因的协调表达。E.真核生物DNA在细胞核内与多种蛋白质结合构成染色质，这种复杂的结构直接影响着基因表达。F.真核生物的遗传信息不仅存在于核DNA上，还存在于线粒体DNA上，调控既相互独立而又需要协调。第八章细胞信号转导 1、受体:位于细胞膜上或细胞内能特异识别配体并与之结合，进而引起生物学效应的特殊蛋白质，个别是糖脂。 2、信号转导：是通过多种分子相互作用的一系列有序反应，将来自细胞外的信息传递到细胞各种效应分子的过程。 3、第二信使物质：cAMP、cGMP、DAG、Ca2+、IP3等。 4.受体分膜表面受体和细胞内受体。膜受体分为离子通道型受体、G蛋白偶联受体、蛋白激酶偶联受体。 5.调节信号转导分子主要包括G蛋白和接头蛋白。 6.各种信号转导机制具有的共同基本规律有？ A、信号的传递和终止涉及许多双向反应。 B、细胞信号在转导过程中被逐级放大。 C、细胞信号转导途径既有通用性又有特异性。 7.G蛋白偶联受体介导的细胞信号转导途径有？ .1)cAMP-PKA途径。 2)IP3/DAG-PKC途径。 3)Ca2+/钙调蛋白依赖性蛋白激酶途径。 第十一章 1.抑癌基因：一类编码产物起抑制细胞增殖信号转导、负性调节细胞周期的作用，从而抑制细胞增殖和抑制肿瘤生成的基因。 2.癌基因：是指细胞内或病毒内存在的、编码产物能促使正常细胞恶性转化，即发生恶性变的基因。 3.癌基因包括细胞癌基因和病毒癌基因。