转录组数据分析解读及实例操作

数据分析案例

“算出它们的普及率” 教学目标： 1、使学生能应用百分数的知识计算出本班同学家庭的电话、电脑的普及率，并能进行简单的比较、分析和估计，培养学生比较、分析等思维能力和实践能力。 2、使学生体会和感受数学与生活的联系，逐步培养学生应用数学知识的意识和能力。 3、使学生认识到改革开放后我国人民生活水平迅速提高，增强热爱社会主义祖国的思想感情。 步骤一： 师：我班同学家里有电话的很多，有电脑的也不少。今天，我们来调查一下，我班谁家已安装了电话？——包括固定电话和移动电话，谁家购买了电脑？——包括台式和笔记本。全班共56名学生。分为14个学习小组，各个小组进行数据的收集整理。 小结：在这一环节中，给了学生一次展示的机会。 步骤二： 学生分组统计后汇报统计，统计出全班已装电话和电脑的家庭数。 师：我班同学家庭有电话的共多少户？有电脑的共多少户？ 学生汇总结果：每个家庭都有电话，有电脑的家庭共40户。 小结：这一环节是对数据进行汇总和整理。 生1：电话的普及率是100%，每家都有电话，所以是100%。 生2：我班同学家庭有电脑的是40户，40除以56约等于71.4%，普及率是71.4%。 生3：老师，我觉得应说“大约是71.4%”。 师：你能根据计算的结果推算出本地区电话和电脑的普及率大约是多少吗？ 生1：我认为我们侯马市居民的电话普及率接近100%，，电脑的普及率低一些，可能有70%。生2：我不完全同意你的观点。不能认为我班同学家庭电话普及率是100%，就认为全市市居民的固定电话普及率接近100%，你要考虑到还有比较贫困的地方。应该说，市区的电话普及率接近100%。 生3：我同意刚才同学的观点。因为我班同学大部分住在市区，如果要调查全市家庭的电话普及率，还应该到其他地方去调查。 师：你想得真周到。 小结：在这个过程中，让学生尽情地展示自己最为真实的思想，不必考虑教师希望他说什么，而在意“我”自己的观点，是否准确，是否独特，是否有自己的个性。教师的鼓励与反馈“有利于创造活动的一般条件------心理的安全和心理的自由”。学生在心理安全的环境中，才能大胆猜想，质疑问难，发表不同意见。 步骤四： 师：通过这一次实践活动，你有哪些体会？ 生1：我懂得了通过调查统计后，能求出某种东西的普及率。 生2：我知道电脑的普及率比电话的普及率低，我希望电脑能像电话一样家家都有。 生3：我知道了我们学习的统计和百分数的知识很有用。 生4：我觉得生活水平提高了，现在我们不但有了电话，还有了电脑，有人家还有了私家车呢！ …… 师：我们还可以进行哪些有意义的调查活动？

有参考基因组的转录组生物信息分析

一、生物信息分析流程 获得原始测序序列(Sequenced Reads)后，在有相关物种参考序列或参考基因组的情况下，通过如下流程进行生物信息分析： 二、项目结果说明 1 原始序列数据 高通量测序(如illumina HiSeq TM2000/MiSeq等测序平台)测序得到的原始图像数据文件经碱基识别(Base Calling)分析转化为原始测序序列(Sequenced Reads)，我们称之为Raw Data或Raw Reads，结果以FASTQ(简称为fq)文件格式存储，其中包含测序序列(reads)的序列信息以及其对应的测序质量信息。 FASTQ格式文件中每个read由四行描述，如下： @EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:197393 1:Y:18:ATCACG GCTCTTTGCCCTTCTCGTCGAAAATTGTCTCCTCATTCGAAACTTCTCTGT + @@CFFFDEHHHHFIJJJ@FHGIIIEHIIJBHHHIJJEGIIJJIGHIGHCCF 其中第一行以“@”开头，随后为illumina 测序标识符(Sequence Identifiers)和描述文字(选择性部分)；第二行是碱基序列；第三行以“+”开头，随后为illumina 测序标识符(选择性部分)；第四行是对应序列的测序质量(Cock et al.)。 illumina 测序标识符详细信息如下：

第四行中每个字符对应的ASCII值减去33，即为对应第二行碱基的测序质量值。如果测序错误率用e表示，illumina HiSeq TM2000/MiSeq的碱基质量值用Q phred 表示，则有下列关系： 公式一：Q phred = -10log 10 (e) illumina Casava 1.8版本测序错误率与测序质量值简明对应关系如下： 2 测序数据质量评估 2.1 测序错误率分布检查 每个碱基测序错误率是通过测序Phred数值(Phred score, Q phred )通过公式1转化得到，而Phred 数值是在碱基识别(Base Calling)过程中通过一种预测碱基判别发生错误概率模型计算得到的，对应关系如下表所显示： illumina Casava 1.8版本碱基识别与Phred分值之间的简明对应关系 测序错误率与碱基质量有关，受测序仪本身、测序试剂、样品等多个因素共同影响。对于RNA-seq技术，测序错误率分布具有两个特点： (1)测序错误率会随着测序序列(Sequenced Reads)的长度的增加而升高，这是由于测序过程中化学试剂的消耗而导致的，并且为illumina高通量测序平台都具有的特征(Erlich and Mitra, 2008; Jiang et al.)。 (2)前6个碱基的位置也会发生较高的测序错误率，而这个长度也正好等于在RNA-seq 建库过程中反转录所需要的随机引物的长度。所以推测前6个碱基测序错误率较高的原因为随机引物和RNA模版的不完全结合(Jiang et al.)。测序错误率分布检查用于检测在测序长度范围内，有无异常的碱基位置存在高错误率，比如中间位置的碱基测序错误率显着高于其他位置。一般情况下，每个碱基位置的测序错误率都应该低于0.5%。 图2.1 测序错误率分布图

转录组测序(RNA-seq)技术

转录组测序（RNA-seq）技术 转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于Illumina高通量测序平台的转录组测序技术使能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及cSNP（编码序列单核苷酸多态性），提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。 技术优势： ?数字化信号：直接测定每个转录本片段序列，单核苷酸分辨率的精确度，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。 ?高灵敏度：能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。 ?任意物种的全基因组分析：无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并精确地识别可变剪切位点及cSNP，UTR区域。 ?更广的检测范围：高于6个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。 应用领域：转录本结构研究（基因边界鉴定、可变剪切研究等），转录本变异研究（如基因融合、编码区SNP研究），非编码区域功能研究（Non-coding RNA研究、microRNA前体研究等），基因表达水平研究以及全新转录本发现。 图1 RNA-seq获得的数据能够进行全面的数据挖掘，既能够进行基因结构分析，鉴定UTR、可变剪切位点，也能够发现新的转录本及非编码RNA，比较样本间的表达水平差异

科学史上最有名的数据分析例子

科学史上最有名的数据分析例子 开普勒三定律 数据来源：第谷?布拉赫（,丹麦人），观察力极强的天文学家，一辈子（年）观察记录了颗行星资料，位置误差不超过°。 观测数据可以视为实验模型。 数据处理：开普勒（，德国人），身体瘦弱、近视又散光，不适合观天，但有一个非常聪明的数学头脑、坚韧的性格（甚至有些固执）和坚强的信念

（宇宙是一个和谐的整体），花了年（）研究第谷的观测数据，得到了开普勒三定律。 开普勒三定律则为唯象模型。 ．数据分析法 思想 采用数理统计方法（如回归分析、聚类分析等）或插值方法或曲线拟合方法，对已知离散数据建模。 适用范围：系统的结构性质不大清楚，无法从理论分析中得到系统的规律，也不便于类比，但有若干能表征系统规律、描述系统状态的数据可利用。 数据分析法 基础知识 （）数据也称观测值，是实验、测量、观察、调查等的结果，常以数量的形式给出； （）数据分析（）是指分析数据的技术和理论； （）数据分析的目的是把隐没在一大批看来杂乱无章的数据中的信息集中、萃取和提炼出来，以找出所研究对象的内在规律； （）作用：在实用中，它可帮助人们作判断，以采取适当行动。 （）实际问题所涉及的数据分为： ①受到随机性影响（随机现象）的数据； ②不受随机性影响（确定现象）的数据； ③难以确定性质的数据（如灰色数据）。 （）数理统计学是一门以收集和分析随机数据为内容的学科，目的是对数据所来自的总体作出判断，总体有一定的概率模型，推断的结论也往往一概率的形式表达（如产品检验合格率）。 （）探索性数据分析是在尽量少的先验假定下处理数据，以表格、摘要、图示等直观的手段，探索数据的结构及检测对于某种指定模型是否有重大偏离。它可以作为进一步分析的基础，也可以对数据作出非正式的解释。实验者常常据此扩充或修改其实验方案（作图法也该法的重要方法，如饼图、直方图、条形图、走势图或插值法、曲线（面）拟合法等）。

转录组测序结题报告

转录组测序结题报告 1．mRNA纯化： 抽提得到的总RNA首先利用10U的DNaseI（Ambion，美国）在37℃消化1小时；然后利用Micropoly(A)PuristTM mRNA purification kit（Ambion，美国），进行mRNA纯化：把RNA稀释到250μl的体积，按照Kit的操作步骤（Cat.No:

1919）进行；最后得到的mRNA用100μl预热的THE缓冲液洗脱，利用NanoDrop 进行定量。 2．cDNA合成： cDNA合成是在Ng等2005年发表的方法基础上改进而成（文献1，图1）。第一链cDNA合成利用GsuI-oligo dT作为反转录引物，10μg的mRNA作为模板，用1000 单位的Superscript II reverse transcriptase (Invitrogen，美国)在42℃作用1小时完成；随后利用NaIO4（Sigma，美国）氧化mRNA的5’帽子结构，并连接生物素；通过Dynal M280磁珠（Invitrogen，美国）筛选连接了生物素的mRNA/cDNA，并通过碱裂解释放第一链cDNA；然后通过DNA ligase（TaKaRa，日本）在第一链cDNA的5’末端加上接头，然后通过Ex Taq polymerase (TaKaRa，日本)合成第二链cDNA。最后通过GsuI酶切去除polyA和5’端接头。 图1. 全长cDNA合成示意图 3．cDNA测序： 合成的cDNA利用超声仪（Fisher）打断到300-500bp的范围，利用Ampure beads（Agencourt，美国）进行纯化。随后纯化的cDNA利用TruSeq TM DNA XXmple Prep Kit – Set A (illumina，美国)制备文库，并利用TruSeq PE Cluster Kit (illumina，美国)进行扩增。最后在illumina机器上进行测序反应。 测序得到的数据统计见表1. 表1. Solexa测序统计 样品对照 1 2

数据分析案例49个

本文力图从企业运营和管理的角度，梳理出发掘大数据价值的一般规律: ?以数据驱动的决策，主要通过提高预测概率，来提高决策成功率； ?以数据驱动的流程，主要是形成营销闭环战略，提高销售漏斗的转化率； ?以数据驱动的产品，在产品设计阶段，强调个性化；在产品运营阶段，则强调迭代式创新。 从谷歌、亚马逊、Facebook、LinkedIn，到阿里、百度、腾讯，都因其拥有大量的用户注册和运营信息，成为天然的大数据公司。而像IBM、Oracle、EMC、惠普这类大型技术公司纷纷投身大数据，通过整合大数据的信息和应用，给其他公司提供“硬件+软件+数据”的整体解决方案。我们关注的重点是大数据的价值，第一类公司首当其冲。 下面就是这些天然大数据公司的挖掘价值的典型案例: 01 亚马逊的“信息公司” 如果全球哪家公司从大数据发掘出了最大价值，截至目前，答案可能非亚马逊莫属。亚马逊也要处理海量数据，这些交易数据的直接价值更大。作为一家“信息公司”，亚马逊不仅从每个用户的购买行为中获得信息，还将每个用户在其网站上的所有行为都记录下来：页面停留时间、用户是否查看评论、每个搜索的关键词、浏览的商品等等。这种对数据价值的高度敏感和重视，以及强大的挖掘能力，使得亚马逊早已远远超出了它的传统运营方式。 亚马逊CTO Werner Vogels在CeBIT上关于大数据的演讲，向与会者描述了亚马逊在大数据时代的商业蓝图。长期以来，亚马逊一直通过大数据分析，尝试定位客户和和获取客户反馈。“在此过程中，你会发现数据越大，结果越好。为什么有的企业在商业上不断犯错？那是因为他们没有足够的数据对运营和决策提供支持，”Vogels说，“一旦进入大数据的世界，企业的手中将握有无限可能。”从支撑新兴技术企业的基础设施到消费内容的移动设备，亚马逊的触角已触及到更为广阔的领域。 亚马逊推荐：亚马逊的各个业务环节都离不开“数据驱动”的身影。在亚马逊上买过东西的朋友可能对它的推荐功能都很熟悉，“买过X商品的人，也同

转录组RNAseq术语解释

RNA-Seq名词解释 1.index 测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。 2.碱基质量值 （Quality Score或Q-score）是碱基识别（Base Calling）出错的概率的整数映射。碱基质量值越高 表明碱基识别越可靠，碱基测错的可能性越小。 3.Q30 碱基质量值为Q30代表碱基的精确度在99.9%。 4.FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped） 每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的fragment个数。计算公式为 公式中，cDNA Fragments 表示比对到某一转录本上的片段数目，即双端Reads数目；Mapped Reads(Millions)表示Mapped Reads总数， 以10为单位；Transcript Length(kb)：转录本长度，以kb个碱基为单位。 5.FC（Fold Change） 即差异表达倍数。 6.FDR（False Discovery Rate） 即错误发现率，定义为在多重假设检验过程中，错误拒绝(拒绝真的原(零)假设)的个数占所有被拒绝 的原假设个数的比例的期望值。通过控制FDR来决定P值的阈值。 7.P值（P-value） 即概率，反映某一事件发生的可能性大小。统计学根据显著性检验方法所得到的P 值，一般以P<0.05 为显著，P<0.01为非常显著，其含义是样本间的差异由抽样误差所致的概率小于0.05或0.01。 8.可变剪接（Alternative splicing）

华大转录组测序内部培训资料

（内部资料，请勿外传） 动植物转录组 （Transcriptome ） 产品说明书 科技服务体系 动植物研究方向

版本信息： 2011年07月08日

目录 1产品概述 (1) 1.1 什么是转录组测序 (1) 1.2 转录组测序的产品功能 (1) 1.3 转录组测序产品优势 (1) 1.4 转录组测序产品发展史 (1) 1.5 项目执行时间 (3) 1.6 产品交付结果 (3) 2转录组测序研究方法 (4) 2.1 产品策略 (4) 2.2 样品准备 (5) 2.2.1 RNA样品要求 (5) 2.2.2 RNA样品送样标准 (6) 2.2.3 RNA提取的组织用量建议 (6) 2.3 样品运输要求 (7) 2.3.1 样品包装 (7) 2.3.2 样品标识 (8) 2.3.3 样品运输条件 (8) 2.4 文库的构建及测序 (9) 2.4.1 实验流程 (9) 2.4.2 测序及数据处理 (10) 2.5 转录组生物信息学分析 (10) 2.5.1 没有参考序列的转录组De novo (10) 2.5.2 有参考序列的转录组Re-sequencing (18) 2.5.3 参考文献 (24) 3成功案例 (25)

3.1 华大成功案例 (25) 3.2 相关文献解读 (26)

1产品概述 1.1什么是转录组测序？ 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组测序是指用新一代高通量测序技术对物种或者组织的转录本进行测序并得到相关的转录本信息。 1.2转录组测序的产品功能 1.获得物种或者组织的转录本信息； 2.得到转录本上基因的相关信息，如：基因结构，功能等； 3.发现新的基因； 4.基因结构优化； 5.发现可变剪切； 6.发现基因融合； 7.基因表达差异分析。 1.3转录组测序产品优势 覆盖度高：检测信号是数字信号，几乎覆盖所有转录本； 检测精度高：几十到数十万个拷贝精确计数； 分辨率高：可以检测到单碱基差异，基因家族中相似基因及可变剪切造成的不同转录本的表达； 完成速度快：整个项目周期只需要50个工作日时间； 成本低：基本上每个实验室可以承担相关研究经费。 1.4转录组测序产品发展史 转录组的研究手段大体包括：EST序列构建及研究，芯片研究，运用第二代测序技术研究等。EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次sanger测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在

电商数据分析案例

电商数据分析案例：首页优化分析 很多人都讨论过关于首页优化的问题，在讨论这个问题之前，我们应该先要问自己。点击进入首页的用户都是谁？ 他们在进入首页之前的上一个页面是哪里？ 他们进入首页的目的是什么？ 首页的哪部分点击率最高？ 首页要完成的任务是什么？ 通常，我们可以把点击进入首页的用户进行如下分类 了解了进入首页的用户来源，我们可以把以上来源按照用户浏览目的分为以下四类：

1 对某宝贝感兴趣，希望了解店铺其他宝贝，希望了解本店相关活动，比如包邮，打折等，希望了解本店信誉，整体情况。 2 属于老客户，对店铺大题情况已经了解并且信任，希望了解店内最新上架商品 3 寻找客服，寻找店铺导航栏 4 没有具体目的 下面我们就可以确定首页需要展现的内容了。 1、相关打折，团购，包邮活动-------激发第一类用户点击其他宝贝的兴趣； 2、导航栏，客服--------引导第三类用户进行转化； 3、店铺新品---------吸引第二类用户，让老客户进行二次购买； 4、爆款推广--------吸引所有用户； 5、一些类目分层下的热门商品-------将用户按照宝贝需求分层； 下面就要进入到具体的首页优化环节了，我们先要要根据不同行业店铺所面对的用户的不同浏览习惯，来确定这个店铺的首页结构（由于这部分内容涉及的问题比较多，我会用其他时间和大家探讨） 首焦图设计，导航位置，客服位置等等设计方面的问题不是本篇的重点，我们具体讨论一下关于宝贝分层的方法。 宝贝分层的方法，选择更吸引客户的宝贝 我们观察一些大店的首页装修就可以看出大部分的店都会在首页展示一部分宝贝的，但是这些宝贝并不是随机出现在首页的。他们通常会按照宝贝品牌，宝贝功能类别，宝贝热度等进行分层。 您的店铺应该按照哪种分类方式比较好呢？ 您的宝贝是否足够吸引住用户的眼球呢？ 首页大图的点击率很高，那质量如何呢？是不是转化率也很高呢？ 首页的各个模块都给店铺带来了多少效益呢？ 我们可以模拟两种分类方式进行更进一步的测评和比较。比如按照店中品牌分类，然后再按照店中功能进行分类，分别比较这两种分类的环比增长率，你会发现都是一样的宝贝，只是分类不同，引发的二次点击量相差就很多，如此结果一目了然。

SPSS概览--数据分析实例详解

第一章SPSS概览－－数据分析实例详解 1.1 数据的输入和保存 1.1.1 SPSS的界面 1.1.2 定义变量 1.1.3 输入数据 1.1.4 保存数据 1.2 数据的预分析 1.2.1 数据的简单描述 1.2.2 绘制直方图 1.3 按题目要求进行统计分析 1.4 保存和导出分析结果 1.4.1 保存文件 1.4.2 导出分析结果 希望了解SPSS 10.0版具体情况的朋友请参见本网站的SPSS 10.0版抢鲜报道。 例1.1 某克山病区测得11例克山病患者与13名健康人的血磷值(mmol/L)如下, 问该地急性克山病患者与健康人的血磷值是否不同（卫统第三版例4.8）？ 患者: 0.84 1.05 1.20 1.20 1.39 1.53 1.67 1.80 1.87 2.07 2.11 健康人: 0.54 0.64 0.64 0.75 0.76 0.81 1.16 1.20 1.34 1.35 1.48 1.56 1.87 解题流程如下：

1.将数据输入SPSS，并存盘以防断电。 2.进行必要的预分析（分布图、均数标准差的描述等），以确定应采 用的检验方法。 3.按题目要求进行统计分析。 4.保存和导出分析结果。 下面就按这几步依次讲解。 §1.1 数据的输入和保存 1.1.1 SPSS的界面 当打开SPSS后，展现在我们面前的界面如下： 请将鼠标在上图中的各处停留，很快就会弹出相应部位的名称。 请注意窗口顶部显示为“SPSS for Windows Data Editor”，表明现在所看到的是SPSS的数据管理窗口。这是一个典型的Windows软件界面，有菜单栏、

上市公司年报数据分析案例

统计教学案例二 上市公司年报数据分析案例 经统计调查取得数据后，需要通过统计整理、综合指标计算与相关回归分析等方法技术对总体数据进行处理，以认识总体变量分布状态（如正态分布）、特征表现（如结构相对数、平均数和标准差）、相关关系（如相关系数）和变化规律（如回归模型），从而了解事物或现象的本质及其依存因素。其中统计整理技术包括总量指标、相对指标、平均指标和标志变异指标的揭示，他们的计算既是对总体基本特征的描述，又是对事物或现象进一步定量研究的基础；相关和回归是研究总体各事物或现象间相互关系的定量分析，用以测定不同特征相互联系的紧密程度，揭示变化形式和规律。本章案例主要通过对总体静态数据处理过程的介绍，帮助读者掌握统计整理、指标描述和相关回归分析技术结合运用的技术与经验。 本章由 1 个大型案例构成，案例以沪深股市制造业上市公司为对象，系统介绍了静态数据总体的统计处理过程，包括分布描述、分类研究和相关因素分析。 上市公司年报数据分析案例的教学目的：数据整理是统计分析的基础工作，在总体规模很大，数据量浩瀚、分布未知的情况下，如何对总体数据进行整理分类，描述总体分布及进一步分析总体各特征间的相互关系是对总体正确认识的关键。由于具体的工作过程与教科书的知识点讲授顺序并不完全一致，因此本案例通过对1999 年沪深股市制造业上市公司年报数据分析过程的介绍，给读者以处理总体静态数据的思路和技巧，从而训练读者解决实际问题的能力。 案例的背景分析与数据资料 一、案例的现实意义 上市公司的经营业绩与其股票价格、市场价值息息相关，因此反映上市公司经营业绩的定期公开披露的中期会计报告、年度会计报告就成为社会各界密切关注的重要信息之一。对所有上市公司的财务报告进行统计整理和分析，把握上市公司整体的经营状况、经营业绩的水平和变化趋势，无论是对投资选择，还是政府的决策与监督，都是不可或缺的。 本案例探讨的就是面对大量的财务报告数据信息如何进行统计整理与分析，这对于投资者、投资咨询人员或是理论界研究者，都具有实际的指导意义。通过本案例的学习讨论，有助于大家掌握统计描述和相关回归分析的方法，同时积累应用这些方法的实际经验和教训。 二、案例所依托的总体及其现状与研究目的 （一）案例所依托的客体 本案例所依托的客体是1999 年上市公司年报中的有关财务指标。1999 年末，沪、深两市共有上市公司949 家。这些上市公司分布在13 个行业部门。根据中国证监会的《上市公司分类指引》中规定的分类方法，其中制造业共有 578家，占%。总股本1938亿元，占%，制造业是上市公司最集中的行业。截止2000年4月30日，已公布年报的有560 家。所以本案例研究的总体范围确定为如期公布年报的制造业560 家上市公司。 （二）案例研究的目的与任务 1．上市公司年报财务数据统计分析的目的 通过对制造业1999 年报有关数据进行系统的统计整理、描述和回归分析，揭示1999 年制造业上市公司主要财务指标的总体分布、分行业的经营业绩水平和重要特征，从中掌握认识总体分布特征和数量变化的技巧和方法，提高用统计思想和方法解决实际问题的能力。 2．上市公司年报财务数据统计分析的任务 对纷繁的数据进行不同的分类、分组、汇总、综合、分析、归纳、推断，显示上市公司财务报告中的主要财务指标的分布形态和主要特性，寻找财务指标之间的相互关系和表现规律。 3．上市公司年报财务数据统计分析的对象 本案例所引用资料取自《上海证券报》，包括了制造业560 家上市公司。共选有8 个财务指标：总资产、净利润、 主营业务收入、股东权益、每股收益、每股净资产和股东权益比率。其中，前 4 个为反映资产、收益方 面的总量指标，后 4 个为反映盈利能力、业绩水平的相对指标。 4?数据的初步分析一一制造业上市公司行业结构

可视化数据分析案例

数据分析-可视化数据分析 2016-02-04 公共号劲说 走投无路选择可视化数据分析 在做POI（Point of Interest）兴趣点的时候，最困扰我的问题是每天产出POI数据的质量。 POI主要有三种数据来源： 1. 购买的季度更新的图商POI数据，四维和高德的都用过，实地采集的POI数据质量最好但是更新频率太低，一个季度有太多店铺开张和关门 2. 交换来的业务数据中的POI信息，搜房做房产有小区的POI，点评做餐饮有饭店的POI，携程做酒店有酒店的POI，感觉业务数据应该质量很好，其实数据质量参差不齐，业务数据中掺杂大量错误和无效数据，千万不要低估怀着各种目的刷单的同学的想象空间和编造能力。 3. 抓取的三方网站的数据，百度的全覆盖POI，链家的小区POI，地方网站的区域全类目POI 等等，这些数据想想就有点不靠谱，数据提取中的错误率，网页模板的调整，网站防爬和数据掺水等 每天几百个来源的几千万条数据，经常发生的情况： 1. 某个来源的数据量剧烈变化 2. 某个分类的数据量异常变化 3. 某些城市的POI名称长度均值变化很大 4. 某个来源的某个城市的数据地址大量缺失 5. 某个分类的某些城市电话数据中出现大量中文 然后我开始考虑做数据质量监控，开始写代码做数据比较，发现几个问题： 1. 要在哪些维度做比较 2. 如果比较统计值变化，变化值多少算异常 3. 如果比较统计变化率，变化率多少算异常 4. 发现了异常后，如何分析和定位最关键异常节点 5. 要添加那些指标做比较，举几个栗子：名称字数，字母比例，电话中中文字符的比例，地址中符合字符的比例，地址填充率

真核转录组讲解及数据解读PPT

转录组结果解读 转录调控研究部 北京诺禾致源科技股份有限公司

OUTLINE 简介 实验部分 生物信息分析

概述 1 转录组是指特定组织或细胞在某个时间或某个状态下转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA。 转录组研究是研究基因功能和结构的基础，对生物体的发育和疾病的发生具有重要作用。 RNA-seq技术流程主要包含两个部分，建库测序和数据分析。

2 实验部分（RNA检测、建库、测序)） ?琼脂糖凝胶电泳：分析样品RNA 完整性及是否存在杂质污染。 ?NanoPhotometer spectrophotometer：检测RNA 纯度（OD260/280及 OD260/230比值）。 ?Agilent 2100 bioanalyzer：精 确检测RNA完整性。 链特异性文库优势： 相同数据量下可获取更多有效 信息；能获得更精准的基因定 量、定位与注释信息

5 ?1、一般动物样品会有三条带：28S 、18S 、5S ，如果提取过程经过过柱处理或者 利用CTAB+LiCl 方法提取，5S 可能较暗或者没有。 ?昆虫或者软体动物等样品只有1条比较明显的带，例如：牡蛎、果蝇、螨虫、蝗 虫、蚊、蚕等 ?2、植物样品有三条带：25S 、18S 、5S ，有些特殊物种或部位可能本身含条带比 较多，如果条带清晰，也可初步判定合格 ?3.原核生物中主要有5S 、16S 、23S rRNA 叶片小 鼠蚊动物植物原核

RIN 5RIN 7RIN 8RIN 9RIN 4RIN 6RIN 10RIN 2RIN 1 RIN 值范围示意图

数据分析案例.

如何对互联网企业做基本面分析?以“去哪儿”为例! 2015-06-18周密金融 企业版微信平台“密金融”,微信号:zmjinrong_com,敬请关注! 对于如何对最近火热的TMT产业进行估值和分析的问题,伦敦交易员在此推荐大家看看下面这则短文,该文由德克萨斯大学会计学博士长江商学院会计学助理教授张维宁撰写。 首先,讨论一下互联网生态的问题,每天大家都看到很多关于互联网生态的观点和评论,我今天跟大家分享一些我所理解的互联网生态的内在逻辑。 以交易为核心▼ 首先,如何达成“交易”是整个生态的核心。换言之,所有的生态活动应该最终指向交易。2013年,这个观点争论挺大的,当时很多人都认为,互联网是流量为王,以流量为核心。但现在认可我这个观点的人越来越多了。 那么,哪些是交易呢?在我的理论框架中广告不属于交易。我认为,交易可分为这三大类:实物交易、服务交易和金融交易。金融虽然也是服务的一种,但是因为金融业的盈利模式和风险控制和一般的服务很不一样,并且受到严格监管,所以我把它单列出来。 1 实物交易也包括两种形式:一种是线下交易,比如一家汽车制造厂商,找新浪 做广告,然后指向线下卖车交易;另一种我们谈论更多的、跟互联网有关的方 式是电商。 2

服务也分线上和线下。现已盈利的线上服务主要有两种,一种是游戏,另一种 是交友或者是婚恋。线下服务就是现在最火的O2O服务。 而实现交易有一个巨大的壁垒,就是信息。交易本身附带着大量的信息,信息的丰裕凸显出注意力的价值。为了达成特定交易,就需要获得用户的注意力,就必须通过“导流”,所以,信息的导流对于交易的最终达成至关重要。 就像一个水库的导流,导流首先要有水库,然后要有渠道。信息的导流也是一样的,既要有“人群”,还要有“渠道”。 以人群为基础▼ 人群有四种分类: 1 全人群,即所有人都要使用。比如谷歌在评价新项目的时候,会依据“牙刷原

诺禾致源有参转录组结题报告

NHXXXXXX_species转录组生物信息分析结题报告建库测序流程 Total RNA样品检测 文库构建 库检 上机测序 生物信息分析流程 结果展示及说明 原始序列数据 测序数据质量评估 参考序列比对分析 可变剪切分析 新转录本预测 SNP和InDel分析 基因表达水平分析 RNA-seq整体质量评估 基因差异表达分析 差异基因GO富集分析 差异基因KEGG富集分析 差异基因蛋白互作网络分析 参考文献 附录 文件目录列表 软件列表 Methods英文版 备注

一、建库测序流程 从RNA样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性，诺禾致源对样品检测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从根本上确保了高质量数据的产出。流程图如下：

1 Total RNA样品检测 诺禾致源对RNA样品的检测主要包括4种方法： (1) 琼脂糖凝胶电泳分析RNA降解程度以及是否有污染 (2) Nanodrop检测RNA的纯度（OD260/280比值） (3) Qubit对RNA浓度进行精确定量 (4) Agilent 2100精确检测RNA的完整性 2 文库构建 样品检测合格后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则通过试剂盒去除rRNA来富集mRNA）。随后加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成一链cDNA，然后加入缓冲液、dNTPs和DNA polymerase I合成二链cDNA，随后利用AMPure XP beads纯化双链cDNA。纯化的双链cDNA再进行末端修复、加A尾并连接测序接头，然后用AMPure XP beads进行片段大小选择，最后进行PCR富集得到最终的cDNA文库。构建原理图如下： 3 库检 文库构建完成后，先使用Qubit2.0进行初步定量，稀释文库至1ng/ul，随后使用Agilent 2100对文库的insert size进行检测，insert size符合预期后，使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度＞2nM），以保证文库质量。 4 上机测序 库检合格后，把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后进行HiSeq/MiSeq测序。

药店经营数据分析案例

关于XX药店09年1~7月经营数据简析 雪域飞花受XX药店委托，我们对企业09年1`7月的经营数据通过瑞商源数据分析系统进行了计算分析，现将分析结果列示如下： 一、销售数据分析 1、各月销售 从各月销售数据看，企业的销售不错：主要表现在，差价率均保持在60%左右；客单价水平比较高，在33元左右；销售趋势看，总体呈上升趋势， 3月份达到上半年销售最高峰，值得注意的是从5月份开始出现了销售下滑，应通过具体品类分析进行查明原因。 从以上折线图中看，各月销售波动幅度还是比较大的，从数据中我们看出，各月销售增减变动主要受客流量的变动影响较大，从上下两图看，客流量的曲线图与销售变动的曲线图基本吻合。客流量至3月份达到高峰78667人次，而当月销售也达到最高261.9万元，从4月份出现下降，至6月份客流量降至67711人次，而销售也达到最低222.4万元。 另外，我们抽取了销售天数相同的3月和5月进行了对比，数据如下： 从销售类别看，中药内服、西药内服、中药饮片门诊检查几类销售下降幅度较大。 2、各店销售 无论从销售额还是毛利[额两个方面看， 1店、4店、5店为占比较大的几个店，三个店合计占总销售和毛利的80%；从各店销售占比及毛利占比情况看，对企业总体销售及毛利贡献的基本相当。 但是从客单价方面看，出现了明显的差距：

我们看以下图表，企业总体平均客单价为26.58元，表中10个店高于总平均单价的仅1店、4店、7店三个店，其余各店均低于总平均客单价。而且各店客单价差距也是比较明显的，最高1店41.92元，最低2店15.58元，相差26.34元。 对此，企业应针对各店的商圈情况，顾客情况，调整各店的商品结构，使客单价相对较低的门店销售客单价有所提升，以致销售总额的提升。前期重点应关注客流量相对较大、但客单价相对较低的门店，如5店、8店、3店。 下面抽取5店数据与1店数据对照:： 从表中数据看到， 1店的客单价为41.92元，而5店的客单价为25.95元，相差15.97元。其原因主要有： （1）1店厂家直销及门诊检查收入占18.16%，而5店该两项仅占0.2%； （2）剔除（1）中的两项因素影响，客单差34.3-25.90=8.40元， 5店客单仍低于1店客单，其主要原因是5店各类别的客单价大部分均低于1店的类别客单价，如，占销售比例最大的一类商品西药内服，1店的客单价为28元，而5店为21.8元，差6.2元，销售占第二位的中药内服1店客单价为30，而5店为25元，相差5元…。这种现像说明5店相关品类的商品结构与1店存在差别，而且各品类商品每单商品销售数量少于1店。 因此需要对类似于5店这样的门店的商品品种结构进一步优化，同时加强商品组合销售的促销力度。提高商品销售数量及客单价。试计算，如果5店的客单价能达到30元，那么按上述客流量计算，销售额将增加近27万元，毛利增加14万元。 3、各类销售

大数据应用案例分析

在如今这个大数据的时代里，人人都希望能够借助大数据的力量：电商希望能够借助大数据进一步获悉用户的消费需求，实现更为精准的营销;网络安全从业者希望通过大数据更早洞悉恶意攻击者的意图，实现主动、超前的安全防护;而骇客们也在利用大数据，更加详尽的挖掘出被攻击目标信息，降低攻击发起的难度。 大数据应用最为典型的案例是国外某著名零售商，通过对用户购买物品等数据的分析，向该用户——一位少女寄送了婴儿床和衣服的优惠券，而少女的家人在此前对少女怀孕的事情一无所知。大数据的威力正在逐步显现，银行、保险公司、医院、零售商等等诸多企业都愈发动力十足的开始搜集整理自己用户的各类数据资料。但与之相比极度落后的数据安全防护措施，却让骇客们乐了：如此重要的数据不仅可以轻松偷盗，而且还是整理好的，凭借这些数据骇客能够发起更具“真实性”的欺诈攻击。好在安全防御者们也开始发现利用大数据抵抗各类恶意攻击的方法了。 扰动安全的大数据 2014年IDC在“未来全球安全行业的展望报告”中指出，预计到2020年信息安全市场规模将达到500亿美元。与此同时，安全威胁的不断变化、IT交付模式的多样性、复杂性以及数据量的剧增，针对信息安全的传统以控制为中心的方法将站不住脚。预计到2020年，60%的企业信息化安全预算将会分配到以大数据分析为基础的快速检测和响应的产品上。 瀚思(HanSight)联合创始人董昕认为，借助大数据技术网络安全即将开启“上帝之眼”模式。“你不能保护你所不知道的”已经成为安全圈的一句名言，即使部署再多的安全防御设备仍然会产生“不为人知”的信息，在各种不同设备产生的海量日志中发现安全事件的蛛丝马迹非常困难。而大数据技术能将不同设备产生的海量日志进行集中存储，通过数据格式的统一规整、自动归并、关联分析、机器学习等方法，自动发现威胁和异常行为，让安全分析更简单。同时通过丰富的可视化技术，将威胁及异常行为可视化呈现出来，让安全看得见。 爱加密CEO高磊提出，基于大数据技术能够从海量数据中分析已经发生的安全问题、病毒样本、攻击策略等，对于安全问题的分析能够以宏观角度和微观思路双管齐下找到问题根本的存在。所以，在安全领域使用大数据技术，可以使原

品类数据分析实例剖解

品类数据分析实例剖解 很多超市还没有把自己的销售数据当回事。他们积累了大量的历史数据:却因为各种原因很少进行系统分析。其实,一旦开始进行分析,就能有很多令管理者大吃一惊的发现。 以下的实例剖解,数据来自一个典型的中型超市:好佳(化名)。 好佳大约有2500个单品,分成数十个品类,每个品类下还有小类、单晶。其中饮料是好佳超市的重点品类,我们将以该品类数据为依据进行分析举例。为行文简洁,省略大部分数据列表。 饮料小类分析 利用EXCEL表格,将各个小类的“销售占比”和“SKU占比”列出来,很容易得到图1。 分析: 1.好佳超市饮料类销售的主体是碳酸饮料和果汁,占饮料销售额的61.95%,SKU数占饮料全体SKU的57.94%。

2.深入看:在两大销售主体中,碳酸饮料的销售效率较高,SKU数占全体饮料的18.69%,却带来了37.52%的销售额。相比之下,果汁销售效率略低,SKU占饮料总SKU的39.25%,只带来了24.43%的销售额。 3.水奶(果奶、钙奶等乳酸饮料)的SKU占比为15.89%,但销售只占饮料销售的10.9%,销售效率略低。但从数值上看,只有16个SKU 对于水奶这个类别不是多了,而是少了。由于水奶的个性化需求特点明显,造成顾客可选择余地少,因此销售不高。 改进建议: 1.进一步提高果汁的单品销售效率,也就是提高单品在单位时间里的销售数量。当然这里没有提供各个小类的平均毛利率和供应商返利数据,如果某个小类的平均毛利率和返利水平不高,则可先不考虑销售效率。 2.对水奶等乳酸饮料的商品结构进行市场调研(如考察竞品店),内容包括商品的品种、价格、包装大小,找到热销的SKU,推动这一类别达到平均销售水平。 3.运动饮料毛利比较高,也是比较时尚的商品类别,只有在促销上下工夫,才能刺激销售。 改进紧迫度:★★★☆☆

大数据应用分析案例分析

大数据应用与案例分析 当下，”大数据”几乎是每个IT人都在谈论的一个词汇，不单单是时代发展的趋势，也是革命技术的创新。大数据对于行业的用户也越来越重要。掌握了核心数据，不单单可以进行智能化的决策，还可以在竞争激烈的行业当中脱颖而出，所以对于大数据的战略布局让越来越多的企业引起了重视，并重新定义了自己的在行业的核心竞争。 在当前的互联网领域，大数据的应用已十分广泛，尤其以企业为主，企业成为大数据应用的主体。大数据真能改变企业的运作方式吗?答案毋庸置疑是肯定的。随着企业开始利用大数据，我们每天都会看到大数据新的奇妙的应用，帮助人们真正从中获益。大数据的应用已广泛深入我们生活的方方面面，涵盖医疗、交通、金融、教育、体育、零售等各行各业。 大数据应用的关键，也是其必要条件，就在于"IT"与"经营"的融合，当然，这里的经营的内涵可以非常广泛，小至一个零售门店的经营，大至一个城市的经营。以下是关于各行各业，不同的组织机构在大数据方面的应用的案例，并在此基础上作简单的梳理和分类。 一、大数据应用案例之：医疗行业 Seton Healthcare是采用IBM最新沃森技术医疗保健内容分析预测的首个客户。该技术允许企业找到大量病人相关的临床医疗信息，

通过大数据处理，更好地分析病人的信息。在加拿大多伦多的一家医院，针对早产婴儿，每秒钟有超过3000次的数据读取。通过这些数据分析，医院能够提前知道哪些早产儿出现问题并且有针对性地采取措施，避免早产婴儿夭折。 它让更多的创业者更方便地开发产品，比如通过社交网络来收集数据的健康类App。也许未来数年后，它们搜集的数据能让医生给你的诊断变得更为精确，比方说不是通用的成人每日三次一次一片，而是检测到你的血液中药剂已经代谢完成会自动提醒你再次服药。 二、大数据应用案例之：能源行业 智能电网现在欧洲已经做到了终端，也就是所谓的智能电表。在德国，为了鼓励利用太阳能，会在家庭安装太阳能，除了卖电给你，当你的太阳能有多余电的时候还可以买回来。通过电网收集每隔五分钟或十分钟收集一次数据，收集来的这些数据可以用来预测客户的用电习惯等，从而推断出在未来2~3个月时间里，整个电网大概需要多少电。有了这个预测后，就可以向发电或者供电企业购买一定数量的电。因为电有点像期货一样，如果提前买就会比较便宜，买现货就比较贵。通过这个预测后，可以降低采购成本。 维斯塔斯风力系统，依靠的是BigInsights软件和IBM超级计算机，然后对气象数据进行分析，找出安装风力涡轮机和整个风电场最佳的地点。利用大数据，以往需要数周的分析工作，现在仅需要不足1小时便可完成。