查询质粒方法汇总
如何查找质粒图谱之我见——plasmid map, Vector Sequence方法汇总
经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子，希望对虫子们有些帮助。这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。
方法一：安装软件Vector NT
做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。（这款软件的下载和使用说明书站内很多）
方法二：查找质粒图谱的网站：
这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下
1.Vector Database
地址：https://https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/g?a=vdb
这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了
拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见view sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了。
如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
因为这个网站我经常用，并且和NCBI网站的运用方式一样，以及和Vector软件的配合使用，因此讲解比较啰嗦。
2.Vector DB
网址：https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/vectordb/vector.html
这个网站我也用得比较多，总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。
不过唯一有一点不爽的就是，这个网站竟然没有搜索栏啊，太不人性化了。那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢？没关系，我们有网页字符查找功能，见红色标记部分。
方法是：网页工具栏编辑--------在此页上查找，然后输入你的质粒名称，就可以了。比如：我们输入pRS，是不是就和搜索栏一样出现有用信息了？
点击我们需要的质粒进入下以页面，以质粒pRS303为例，如下图。有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，sequence link进入是该质粒的序列。NCBI link，点击直接进入了NCBI，如何在NCBI中得到质粒图谱，下面将进行详细解释。
3．NCBI
网址：https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/
真不好意思，这么重要的网站，留到这时候才介绍，NCBI功能很广泛，其他功能我就不介绍了，重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息。如下图，search下拉框中选中Nucleotide，搜索栏输入质粒名称，拿pRS303举例：
search后，得到搜索结果，如下图，点击右边的send to，选中file，genebank等选项，点击Create File选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了。
4．其他查找质粒图谱的网站：
寒梅砺剑阁（不是很全）
https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/5757561.html
bioask
https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/html/857.html
AddGene（西瓜版主提供，真的是个非常不错的网址）
https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,
这两个网站其实也很不错的，使用方法都是大同小异，就不特别介绍了，希望就放收藏夹就可以了。方法三：一些重要试剂公司网页
其实也是一些网站，因为这些网站除了得到质粒图谱等信息，还可以得到关于质粒使用方面的信息，因此单独拿出来做一个分类。做分子的虫子都知道，现在很多质粒，特别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒，基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。
比如简单的，克隆载体pMD18-T，TaKaRa，有木有；pGM-T，天根，有木有；
一些表达载体，使用最广泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有双MCS的Duet系列载体，Novagen 的；毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k，pPIC9k，pPICZA，pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些pYES酿酒酵母表达系统，也是invitrogen的，因此知道常见的质粒是哪个公司的，去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。
比如：这个虫子求pGM-T载体序列，见帖子https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/bbs/viewthread.php?tid=3081308，如下图，他们公司主页有吧。
另外：invitrogen公司：https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/site/cn/zh/home.html
Novagen公司：https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/g.asp?f=NVG/pETtable.html
在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称，得到质粒序列，图谱什么的都不成问题，而且可以下到表达系统操作手册，原核表达看完pET表达系统操作手册，真核系统看完毕赤酵母表达系统，一些表达方面的的知识你就是半个专家了，扯远了。。。。。。
方法四：如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱
有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时，可以在google scholar 中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源；或者籍此向作者咨询或索取。
另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，
Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). "☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs." Nucleic Acids Res 38(6): e92.
这篇文献，介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如何查找到这三个质粒图谱了呢？
首先在PubMed中搜索到该文献，如下图。
很多人，找到文献，仅仅将文献下载下来就OK了，其实还有很多有用的信息，比如文章的supplementary，还有如上图右边的标记部分，Nucleotide，protein都是一些很重要的信息。点击右边的Nucleotide，进入如下页面，看，文中涉及到的六个质粒序列全都有，点击进入，按照方法二中，NCBI下载质粒图谱的方法就可以得到这几个质粒的图谱，当然，前提是该文章的作者已将将
载体信息上传了NCBI。
Last edited by susizheng on 2011-4-20 at 20:06
质粒图谱信息
质粒图谱信息 一.九种表达载体 Pllp-OmpA, pllp-STII, pMBP-P, pMBP-C, pET-GST, pET-Trx, pET-His, pET-CKS, pET-DsbA 二.克隆载体 pTZ19R DNA pUC57 DNA PMD18T PQE30 pUC18 pUC19 pTrcHisA pTrxFus pRSET-A pRSET-B pV AX1 PBR322 pbv220 pBluescript II KS (+) L4440 pCAMBIA-1301 pMAL-p2X pGD926 三.PET系列表达载体 Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pETDsb Fusion Systems 39b and 40b Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression System 33b Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression Systems Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression Systems plus Competent Cells Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET GST Fusion Systems 41 and 42 Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pETNusA Fusion Systems 43.1 and 44 Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Vector DNA Protein Purification ? Purification Systems ? Strep?Tactin Resins and Purification Kits 四.PGEX系列表达载体 T EcoR pGEX-1 I/BAP pGEX-2T pGEX-2TK pGEX-3X pGEX-4T-1 pGEX-4T-2 pGEX-4T-3 pGEX-5X-1 pGEX-5X-2 pGEX-5X-3
细菌鉴定中常用的九个生化反应
１、糖酵解试验 不同微生物分解利用糖类的能力有很大差异，或能利用或不能利用，能利用者，或产气或不产气。可用指示剂及发酵管检验。 试验方法：以无菌操作，用接种针或环移取纯培养物少许，接种于发酵液体培养基管，若为半固体培养基，则用接种针作穿刺接种。接种后，置36±1.0°C培养，每天观察结果，检视培养基颜色有无改变（产酸），小倒管中有无气泡，微小气泡亦为产气阳性，若为半固体培养基，则检视沿穿刺线和管壁及管底有无微小气泡，有时还可看出接种菌有无动力，若有动力、培养物可呈弥散生长。 ２、淀粉水解试验 某些细菌可以产生分解淀粉的酶，把淀粉水解为麦芽糖或葡萄糖。淀粉水解后，遇碘不再变蓝色。 试验方法：以18~24h的纯培养物，涂布接种于淀粉琼脂斜面或平板（一个平板可分区接种，试验数种培养物）或直接移种于淀粉肉汤中，于36±1°C培养24~48h，或于20°培养5天。然后将碘试剂直接滴浸于培养表面，若为液体培养物，则加数滴碘试剂于试管中。立即检视结果，阳性反应（淀粉被分解）为琼脂培养基呈深蓝色、菌落或培养物周围出现无色透明环、或肉汤颜色无变化。阴性反应则无透明环或肉汤呈深蓝色。 淀粉水解系逐步进行的过程，因而试验结果与菌种产生淀粉酶的能力、培养时间，培养基含有淀粉量和pH等均有一定关系。培养基pH必须为中性或微酸性，以pH7.2最适。淀粉琼脂平板不宜保存于冰箱，因而以临用时制备为妥。 3 、明胶液化试验 有些细菌具有明胶酶（亦称类蛋白水解酶），能将明胶先水解为多肽，又进一步水解为氨基酸，失去凝胶性质而液化。 试验方法：挑取18~24h待试菌培养物，以较大量穿刺接种于明胶高层约2/3深度或点种于平板培养基。于20~22℃培养7~14天。明胶高层亦可培养于36±1℃。每天观察结果，若因培养温度高而使明胶本身液化时应不加摇动、静置冰箱中待其凝固后、再观察其是否被细菌液化，如确被液化，即为试验阳性。平板试验结果的观察为在培养基平板点种的菌落上滴加试剂，若为阳性，10~20min后，菌落周围应出现清晰带环。否则为阴性。 4 、石蕊牛奶试验有些微生物能水解牛奶中蛋白质酪素，酪素水解可有石蕊牛奶检测，石蕊牛奶培养基由脱脂牛奶和石蕊组成，是浑浊的蓝色。酪素水解成氨基酸和肽后培养基就会变得透明。石蕊牛奶也常用来检测乳糖发酵，有酸石蕊会转变为粉红色，过量的酸可引起牛奶的固化（凝乳形成）。氨基酸分解会引起碱性反应使石蕊变为紫色。某些细菌能还原石蕊使试管底部变为白色。 试验方法：取两支石蕊牛奶培养基试管，以无菌操作分别接种普通变形杆菌和金黄色葡萄球菌，置35℃恒温箱中，培养24~38h。观察培养基颜色。石蕊酸性时为粉红色，碱性为紫色，还原后为无色。 ５、靛基质试验 某些细菌能分解蛋白胨中的色氨酸，生成吲哚。吲哚的存在可用显色反应表现出来。吲哚与对二甲基氨基苯醛结合，形成玫瑰吲哚，为红色化合物。 试验方法：将待试纯培养物小量接种于试验培养基管，于36±1C培养24h时后，取约2ml培养液，加入Kovacs氏试剂2~3滴，轻摇试管，呈红色为阳性，或先加少量乙醚或二甲苯，摇动试管以提取和浓缩靛基质，待其浮于培养液表面后，再沿试管壁徐缓加入Kovacs 氏试剂数滴，在接触面呈红色，即为阳性。 6 、硫化氢（H2S）试验 有些细菌可分解培养基中含硫氨基酸或含硫化合物，而产生硫化氢气体，硫化氢遇铅盐
变质岩的野外鉴定
变质岩的野外鉴定
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变质岩的鉴定及定名 一、鉴定内容和方法: 区域变质岩：板岩、千枚岩、片岩、片麻岩 接触变质岩:角岩、矽卡岩、大理岩、石英岩 自变质岩:蛇纹岩、云英岩 １、变质岩的矿物 变质岩既然是由火成岩或沉积岩等岩石变化而来的，其矿物成分一方面保留有原岩成分,另一方面也出现了一些新的矿物。如火成岩中的石英、钾长石、斜长石、白云母、黑云母、角闪石及辉石等,由于本身是在高温、高压条件下形成的,所以在变质作用下依然保存。在常温常压下形成于沉积岩中的特有矿物，特别是岩盐类矿物，除碳酸盐矿物(方解石、白云石）外,一般很难保存在变质岩中。 变质岩除了保存着上述火成岩和沉积岩中的共有继承矿物外,变质岩中还有它特有的矿物，如石榴石、红柱石、兰晶石、矽线石、硅灰石、石墨、金云母、透闪石、阳起石、透辉石、蛇纹石、绿泥石、绿帘石、滑石等。 2、变质岩的常见结构 变质岩的结构是指组成矿物的粒度、形态和它们之间的关系，常见类型如下： （1）变余结构
指变质岩中保留了原岩结构的一种结构。如变余砾状结构、变余砂状结构、变余斑状结构等。常见于变质较浅的岩石中,可借此了解原岩性质。 （2)变晶结构 指在变质作用过程中由重结晶作用所形成的结构。是变质岩中最重要的一种结构类型。 按矿物颗粒大小可划分为: 粗粒变晶结构(粒径>3mm)、中粒变晶结构(粒径3ｍm～1ｍm）、细粒变晶结构(粒径＜1mm）。 如果按矿物的形态和颗粒的相对大小可分为: 粒状变晶结构:岩石主要由粒状矿物（如石英、方解石等)组成,无明显的定向排列，如大理岩、石英岩等。 纤状变晶结构:岩石主要由针状、柱状矿物组成，有些呈放射状、束状，常具定向排列,如角闪片岩、阳起石片岩。 鳞片变晶结构:岩石主要由片状矿物(云母、绿泥石)组成，而且呈平行排列,如云母片岩。 斑状变晶结构:岩石中主要由于矿物结晶能力的差异和颗粒大 小的不同而形成的结构,其中结晶能力强的矿物形成了较大的变斑晶，如兰晶石片岩或石榴石片岩中的兰晶石、石榴石。 3、变质岩中的常见构造 变质岩的构造是指各种矿物的空间分布和排列特点。按其成因可分为三类：
完整版实验常见矿物手标本的鉴定
实验一常见矿物手标本的鉴定 一、实验类型 验证性实验 二、实验目的 （一）熟悉与掌握用肉眼鉴定矿物的方法。 （二）熟练掌握常见矿物的形态特征及物理性质特征，并据此鉴别矿物。（三）为鉴定岩石打下基础。 三、实验仪器、设备 矿物标本，小刀，放大镜，盐酸，瓷板，马蹄形磁铁 四、实验原理 （一）矿物的形态 1．矿物单体的形态：一向延长——柱状或针状 二向延长——板状或片状 三向延长——立方体或八面体等。 2．矿物集合体的形态：矿物单体如为一向伸长——集合体常为纤维状或毛发状；矿物单体如为二向伸长——集合体常为鳞片状； 矿物单体如为三向伸长——集合体常为粒状或块状 （二）矿物的光学性质 1、透明度：矿物透过可见光的能力矿物薄片能透过光线者，称为透明矿物；基本上不能透过光线者，称为不透明矿物。 2、光泽：矿物对可见光的反射能力。根据反射能力的强弱可分为： 3、颜色与条痕：颜色是鉴定矿物的重要依据。某些矿物常常由于外来原因呈现出不很固定的颜色，如纯净的石英为无色，由于混有杂质等原因也可呈现各种颜色，许多透明矿物均具有这一特点。 条痕是矿物粉末的颜色。它对于某些金属矿物具有重要的鉴定意义，如赤铁矿可呈赤红、铁黑或钢灰等色，而它的条痕恒为樱红色 透明矿物的条痕都是白色或近于白色，无鉴定意义。 （三）矿物的力学性质 1、硬度：在肉眼鉴定中，主要指矿物抵抗外力刻划的能力。通常用摩氏硬度计作为标准进行测量。 2、解理：晶体受到打击时能够沿着一定结晶方向分裂成为平面（即解理面）的能力。 3、断口：断口是矿物受外力打击后不沿固定的结晶方向断开时所形成的断裂面。（四）常见矿物特征 滑石Mg[SiO](OH) 83104单晶体为片状，通常为鳞片状、放射状、纤维状、块状等集合体。无色或白色。解理面上为珍珠光泽。硬度1。平行片状方向有极解理。有滑感。薄片具挠性相对密度2.58—2.55。 石膏Ca[SO]·2HO 24单晶体常为板状。集合体为块状、粒状及纤维状等为无
岩石野外鉴别描述
主要造岩矿物的肉眼鉴定特征 一、岩浆岩类 组成岩浆岩的矿物虽然很多，但常见的只有二十几种，称为造岩矿物，而最常见的造岩矿物就更少了，主要有橄榄石、辉石、角闪石、黑云母、斜长石、钾长石和石英。前四种含铁镁高，称铁镁矿物，矿物颜色较深，又称暗色矿物；后三种含硅、铝高，称硅铝矿物，含有色元素少，矿物颜色较浅，又称浅色矿物。这几种造岩矿物相对于岩浆岩分类命名有极其重要的意义，主要的肉眼鉴定特征及方法如下： 1、橄榄石（Fe，Mg）2SiO4 它的出现往往表示岩石中SiO2的含量处于不饱和，常分布在超基性岩和部分基性岩中，与辉石或基性斜长石共生。常见的橄榄石是富含镁的，故颜色一般较浅为橄榄绿色，但少数含铁多时可适于黑色。透明至半透明，玻璃光泽，不规则粒状，常见有贝壳状断口。次生变化常见，在喷出岩中往往变成红棕色片状伊丁石，有时还保留橄榄石的外形——假象。而在侵入岩中则变成为黄绿色至黑色（由于析出细粒磁铁矿之故）致密蛇纹石，或由叶蛇纹石集合体组成橄榄石假象。它在标本上由于光线的照射而具“闪光面”，这种现象在超基性岩中也是一种常见的现象。 2、辉石和角闪石 这两类矿物性质上很相似，故常混淆，因此在这里一起叙述。它们都是暗色柱状晶体，与橄榄石在颜色、晶形、节理和次生变化等方面不同。前者颜色一般比较深，呈柱状晶体，有两组解理（110）和
（110）发育。辉石和角闪石的一般鉴别特征可归纳成下表： 在岩浆岩中常见的普通辉石和普通角闪石，常常颜色均为深灰黑色至黑色，光泽亦很相似，这时形状和断面就比较重要，对标本要注意其断面交角，辉石近直角，而角闪石近于菱形，常常要在放大镜下仔细观察。 辉石类除了普通辉石外，在岩浆岩中还有斜方辉石，如古铜辉石、紫苏辉石等，与普通辉石不同的是如含铁少时，颜色较浅，为淡棕色或碎片状，有些带褐黄色，随着铁含量增多而颜色变深，为暗褐色至褐黑色。另一种为少见的碱性辉石，呈针状、长柱状，两头尖呈箭头状，黑带绿色，这时注意不要把它误认为角闪石，可根据共生矿物产况来识别。 3、黑云母 通常较易鉴别，黑色至褐黑色，具有较强的珍珠光泽，黑云母有时退色，颜色变浅，呈金黄色，底面呈六边形，（001）节理极完善，常呈片状，其纵断面常成为长条状，有时易误认为角闪石；但可以用小刀挑一点到手心上，用放大镜观察，呈片状并具有弹性。这个办法可同时区别于片状的绿泥石和蛭石。次生变化后，颜色变为绿褐色、
如何阅读质粒图谱(更新版本)
如何阅读质粒图谱 最近由于实验需要,需要查阅载体图谱,到园子里搜罗一番,发现虽然有人问载体图谱阅读的问题,也有前辈回答,但都不详细,借自己也在琢磨这个问题的机会,将我学到的东西整理一下,于 大家分享。 载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。 一个合格质粒的组成要素 #复制起始位点Oril 即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。 ＃抗生素抗性基因可以便于加以检测，如Amp+l ,Kan+ ＃多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段l ＃P/E 启动子/增强子l ＃Termsl 终止信号 ＃加poly（A）信号l 可以起到稳定mRNA作用 二、如何阅读质粒图谱 第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒） 第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。 （1）Ampr 水解β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。 （2）tetr 可以阻止四环素进入细胞。 （3）camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。 （4）neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶使G418（卡那霉素衍生物）失活 （5）hygr 使潮霉素β失活。 第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点。便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。 第四步：再看外源DNA插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。 第五步：是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。 启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号 ＃启动子－促进DNA转录的DNA顺序，这个DNA区域常在基因或操纵子编码顺序的上游，是DNA分子上可以与RNApol特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。 ＃增强子/沉默子－为真核基因组（包括真核病毒基因组）中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。其作用与增强子所在的位置或方向无关。即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。/沉默子－负增强子，负调控序列。 ＃核糖体结合位点/起始密码/SD序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA有核糖体的两个结合位点，对于原核而言是AUG（起始密码）和SD序列。l ＃转录终止顺序（终止子）/翻译终止密码子：结构基因的最后一个外显子中有一个AATAAA的保守序列，此位点down－stream有一段GT或T富丰区，这2部分共同构成poly（A）加尾信号。
质粒图谱的阅读方法
---------------------------------------------------------------最新资料推荐------------------------------------------------------ 质粒图谱的阅读方法 质粒图谱的阅读方法载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒 DNA 是一种新的非病毒转基因载体。 一、一个合格质粒的组成要素 a. 复制起始位点 Ori 即控制复制起始的位点。 原核生物 DNA分子中只有一个复制起始点。 而真核生物 DNA分子有多个复制起始位点。 b. 抗生素抗性基因可以便于加以检测，如 Amp+ ,Kan+ c. 多克隆位点 MCS 克隆携带外源基因片段 d. P/E 启动子/增强子 e. Terms 终止信号 f. 加 poly（A）信号可以起到稳定 mRNA 作用二、如何阅读质粒图谱第一步： 首先看 Ori 的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）。 第二步： 再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。 （1） Ampr 水解－内酰胺环，解除氨苄的毒性。 （2） tetr 可以阻止四环素进入细胞。 （3） camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。 （4） neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶使 G418（长那霉素衍生物）失活（5） hygr 使潮霉素失活。 第三步： 1 / 6
看多克隆位点（MCS）。 它具有多个限制酶的单一切点。 便于外源基因的插入。 如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。 决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。 第四步： 再看外源 DNA 插入片段大小。 质粒一般只能容纳小于 10Kb 的外源 DNA 片段。 一般来说，外源DNA 片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。 第五步： 是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。 这是用来区别克隆载体与表达载体。 克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。 选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。 启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号 a. 启动子－促进 DNA 转录的 DNA 顺序，这个 DNA 区域常在基因或操纵子编码顺序的上游，是 DNA 分子上可以与 RNApol 特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。 b. 增强子/沉默子－为真核基因组（包括真核病毒基因组）
生理生化鉴定
2.2.4.3 生理生化特征测定 2.2.4. 3.1 生长温度测定 将待测菌株接种于牛肉膏蛋白胨培养基上，置于10 ℃、15 ℃、40 ℃、45 ℃、50 ℃、55 ℃的培养箱中恒温培养，每隔12 h观察菌株的生长情况，确定菌株生长的最低及最高温度。 2.2.4. 3.2 需氧性测定和运动性测定 将待测菌株活化24 h后，穿刺接种到牛肉膏蛋白胨半固体培养基，30±1℃培养，3 d后观察生长状况。 2.2.4. 3.3 pH 5.7培养基中生长状况观察 取营养肉汤中培养的菌株接种在液体基础培养基(葡萄糖0.5 g、MgSO4·7H2O 0.02 g、NaC1 0.02 g、K2HPO4 0.02 g、CaSO4 0.01 g、酵母浸膏1.0 g、蒸馏水100 g)试管中，30±1 ℃培养1～7 d，观察菌株生长状况。 2.2.4. 3.4 耐盐性试验 采用PB培养基，分别加入2%、5%、7%、l0%的NaC1。取幼龄菌种接种培养，30±1 ℃培养7 d，在第3 d、第7 d各观察一次，设未接菌的空白对照。 2.2.4. 3.5 接触酶试验 将待测菌株在牛肉膏蛋白胨斜面上30±1 ℃培养24 h，滴入3%的H2O2观察气泡的产生情况。 2.2.4. 3.6 脲酶试验 将待测菌株接种在牛肉膏蛋白胨斜面上，在第3 d和第7 d进行脲酶试验的测定。方法参照东秀珠，蔡妙英等编著《常见细菌系统鉴定手册》[91]。 2.2.4. 3.7 淀粉水解 将培养基(肉汁胨中加0.2%的可溶性淀粉)倒成平板，倒置过夜后，接种新鲜菌种，30±1℃培养，待形成明显菌落后滴加卢哥氏碘液，观察菌落四周颜色变化。 2.2.4. 3.8 明胶液化 培养基：蛋白胨0.5 g、明胶10 g、蒸馏水100 mL、pH 7.2～7.4。 取斜面培养18～24 h菌体穿刺接种，并设未接种的空白对照，置于20±1 ℃培养箱中培养，第2、7、10、14和30 d观察明胶液化情况。 2.2.4. 3.9 糖、醇类发酵
七大造岩矿物鉴别及特征
常见造岩矿物的薄片鉴定 造岩矿物按其色率可以分为暗色矿物和浅色矿物，本章学习和鉴定的矿物主要有七大类。暗色矿物包括橄榄石类、辉石类、角闪石类和云母 类；浅色矿物包括石英类、长石类、和碳酸盐类。学习重点是了解并掌握七大类矿物的一般特征和常见变种的鉴定特征。难点是相似矿物的区别。 一、橄榄石类 橄榄石化学通式：R2[SiO4]，R=Mg,Fe,Ca,Mn等。 橄榄石分类：可分为三个系列。(1)镁橄榄石-铁橄榄石系列。(2)锰橄榄石-铁橄榄石系列。 (3)钙铁橄榄石-钙镁橄榄石系列。 橄榄石(Olivine)(Mg,Fe)2［SiO4］ 【晶体结构】斜方晶系； 【形态】晶体呈柱状或厚板状。但完好晶形者少见，一般呈不规则它形晶粒状集合体。 【物理性质】镁橄榄石为白色，淡黄色或淡绿色，随成分中Fe2+含量的增高颜色加深而成深黄色至墨绿色或黑色，一般的橄榄石为橄榄绿色；玻璃光泽；透明至半透明。解理中等；常见贝壳状断口。硬度6.5～7。 橄榄石（贵橄榄石）主要光学特征:多为粒状、无色、正高突起、解理不发育、裂开发育，最高干涉色二级末到三级初，平行消光、二轴晶、 (±)2V角近90°。 为超基性岩、基性岩的常见矿物。新鲜者呈柱状晶体，鲜艳的橄榄绿色或黄绿色，玻璃光泽，不规则断口或贝壳状断口。常见的蚀变为蛇纹石化、滑石化、碳酸盐化。 二、辉石类 辉石化学通式：R2[Si2O6]，R=Mg、Fe、Al、Ca、Na等。 辉石分类：按其结晶特点可以分为两类。(1)斜方辉石亚族（紫辉石、顽火辉石等）(2)单斜辉石亚族（普通辉石、透辉石、霓辉石等）。 普通辉石(Augite)Ca(Mg,Fe2+,Fe3+,Ti,Al)［(Si,Al)2O6］ 【晶体结构】单斜晶系； 【形态】短柱状晶体。横断面呈正八边形。普通辉石亦呈粒状。简单双晶和聚片双晶较常见。 【物理性质】灰褐、褐、绿黑色；条痕无色至浅褐色。解理完全，夹角87°；具裂开。硬度5.5～6。 ..
2 矿物与岩石鉴定--教案
2 矿物与岩石鉴定 本章要点 本章主要介绍了矿物、岩石的基本概念和主要性质，认识了常见造岩矿物和常见的岩石，了解了常见岩石的鉴定方法；为岩、土工程性质的认识奠定了一定的基础。 学习目标 通过学习本章内容，能对常见造岩矿物和常见的岩石进行鉴定。 岩石是组成地壳的主要物质成分,是地壳发展过程中各种地质作用的自然产物。 岩石是矿物的集合体，是在地质作用下产生的，是由一种矿物或多种矿物以一定的规律组成的自然集合体。由于地质作用的性质和所处的环境不同，不同的岩石的矿物成分、化学成分、结构和构造等内部结构也有所不同。 自然界的岩石的种类很多，按形成原因可分为岩浆岩、沉积岩、和变质岩三大类。根据矿物组成将岩石分为单矿岩和复矿岩。矿物的成分、性质及其他各种因素的变化，都会对岩石的强度和稳定性发生影响。所以要认识岩石、分析岩石在各种自然条件下的变化，进而评价岩石的的工程地质性质，为工程建设服务，就必须先了解矿物的有关知识。 2.1 造岩矿物 矿物是组成地壳的基本物质，它是在各种地质作用条件下形成的具有一定化学成分和物理性质的单质体和化合物。其中构成岩石的主要矿物称为造岩矿物。 2.1.1矿物的一般知识 矿物是构成岩石的基本单元，目前自然界已发现的矿物约3300多种，其中构成岩石的矿物有30余种。 造岩矿物绝大部分施结晶质的，结晶质的基本特点施组成矿物的元素质点（离子、原子或分子）在矿物内部按一定规律重复排列，形成稳定的格子构造，在生长过程中如条件适宜，能生成被若干天然平面所包围的固定的几何形态，但绝大多数矿物在发育时受空间条件的限制往往不具有规则的形态，如蛋白石（SiO2H2O）、褐铁矿（Fe2O3.nH2O）等。自然界的矿物按其成因可分为三大类型： 1.原生矿物(配图) 在岩石或成矿的时期内,从岩浆熔融体中经冷凝结晶过程中所形成的矿物,如石英、长石、角闪石、黑云母等。 2.次生矿物 指原生矿物遭受化学风化而形成的新矿物，如正长石经水解作用后形成的高岭石。 3变质矿物 指在变质的过程中形成的矿物，如蛇纹石、滑石、石榴子石等。 2.1.2矿物的物理性质 矿物的物理性质主要决定于它的内部结构和化学成分。掌握矿物的物理性质是鉴别矿物的主要依据。在实际工作中，一般用肉眼观察并借助简单的工具和试剂鉴定矿物。其物理性分为光学性质、力学性质、其它性质。 （一）矿物的光学性质 矿物的光学性质是指矿物对自然光的吸收、反射和折射所表现的各种性质。 1.颜色 矿物的颜色指矿物对可见光中不同光波选择吸收和反射后映入人眼的现象.它是矿物最明显、最直观的物理性质,常用标准色谱的红、橙、黄、绿、蓝、靛、紫以及白、灰、黑
阅读质粒图谱的基本方法
阅读质粒图谱的基本方法.txt爱情是彩色气球，无论颜色如何严厉，经不起针尖轻轻一刺。一流的爱人，既能让女人爱一辈子，又能一辈子爱一个女人！[转帖] 阅读质粒图谱的基本方法 载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。一、一个合格质粒的组成要素 a复制起始位点Ori 即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一 个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。 b 抗生素抗性基因可以便于加以检测，如Amp ,Kan c 多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段 d P/E 启动子/增强子 e Terms 终止信号 f 加poly（A）信号可以起到稳定mRNA作用 二、如何阅读质粒图谱 第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒） 第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。 （1）Ampr 水解β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。 （2）tetr 可以阻止四环素进入细胞。 （3）camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。 （4）neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶使G418（长那霉素衍生物）失活 （5）hygr 使潮霉素β失活。 第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点。便于 外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标 志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的 基因。 第四步：再看外源DNA插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb的外 源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转 化效率越低。 第五步：是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位 点－转录终止信号。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入 一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要 以实验目的为准绳。 启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号 a 启动子－促进DNA转录的DNA顺序，这个DNA区域常在基因或操纵子 编码顺序的上游，是DNA分子上可以与RNApol特异性结合并使之开始转 录的部位，但启动子本身不被转录。 b增强子/沉默子－为真核基因组（包括真核病毒基因组）中的一种具有 增强邻近基因转录过程的调控顺序。其作用与增强子所在的位置或方向 无关。即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。/沉默子－负增强子， 负调控序列。 c核糖体结合位点/起始密码/SD序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA有核糖体
常见矿物鉴定方法
常见非金属矿物有：石英、长石族、角闪石、辉石、云母族、方解石、萤石、重晶石、橄榄石等 常见金属矿物有：黄铁矿、黄铜矿、方铅矿、闪锌矿、辉钼矿、辉锑矿、毒砂、磁黄铁矿、磁铁矿、镜铁矿、白钨矿、孔雀石、蓝铜矿 石英族： 自然界中已发现有八个同质多象变体：α- 石英、β- 石英、α- 鳞石英、β- 方石英、斯石英、柯石英。此外，还常见的SiO2胶凝体，通称蛋白石。 石英常呈无色、乳白色，玻璃光泽，断口油脂光泽。无解理。贝壳状断口。硬度 7 。石英是地壳中分布最广的矿物之一，仅次于长石，是许多岩浆岩、沉积岩和变质岩的主要造岩矿物。 长石族矿物： 广泛产出于各种类型的岩石中，是重要的造岩矿物。从化学观点看，大多数长石都包含在 KSi3O8—NaAlSi3O8—CaAl2Si2O8的三元体系中，即相当于由钾长石(Or) 、钠长石（Ab）和钙长石（An）三种简单的长石端员分子组合而成。钾长石与钠长石的组合称为钾钠长石系列或碱性长石，它们在高温时能以任意比例相混溶，组成完全的类质同像系列。随着温度的降低，钾长石和钠长石的混溶性逐渐减小，并溶离成钾长石和钠长石，构成条纹长石。钠长石和钙长石分子的组合称为斜长石或钙长石系列。钾长石和钙长石几乎在任何温度下都不混溶。长石族矿物按化学组成不同分为钾长石、斜长石、钡长石三个亚族。 钾长石亚族（或称正长石亚族、钾钠长石族）：主要矿物有透长石、正长石、微斜长石、歪长石。晶体呈短柱状或厚板状，经常为无色透明。玻璃光泽。条痕无色或白色。解理平行{001} 、{010} 完全，解理交角 90°。硬度 6.5 。 透长石是一种高温相的钾长石。一般产于喷出岩、熔岩中。透长石与石英的区别：前者为板状，后者常呈粒状或柱状；前者有两组完全直交解理，后者解理不发育。前者常具卡式双晶，后者否。透长石与正长石的区别在于前者表面光滑，产于喷出岩及浅成岩中；后者表面多呈浑浊状。透长石、正长石常为肉红色，褐黄或浅黄色，无色透明的称为冰长石，有时也呈带浅黄的灰色或浅绿色。透明。晶体常呈短柱状或平行{010} 的厚板状。玻璃光泽。硬度 6-6.5 。常见卡式双晶。解理{001 } 、{010} 中等，两组解理直交。 正长石为酸性及中性火成岩以及碱性岩的主要要造岩矿物之一。产于花岗岩、花岗闪长岩、二长岩、正长岩以及与它们相当的喷出岩（包括凝灰岩）和脉岩中。在伟晶岩中，粗大的正长石和微斜长石、白云母一起是伟晶岩的主要组成。某些碎屑岩（如长石砂岩）往往含有相当数量的正长石；而在石英砂岩中正长石出现较少。正长石受到风化或热液蚀变最易变化为高岭石，其次是绢云母。正长石以其表面易风化呈混浊（不干净），有两组解理、晶形和双晶等特征与石英区别。石英表面常较清洁，无解理和双晶。正长石和斜长石的区别，一般根据双晶特点，正长石不具有聚片双晶。斜长石分解产物常出现密集的绢云母细小鳞片。 微斜长石：颜色为白色、灰色、多数呈肉红色，绿色变种天河石。透明。玻璃光泽。硬度6-6. 5 。晶形与正长石相似，呈短柱状或板状。微斜长石很少不具双晶。除卡式双晶外，还常见由两组聚片双晶相交而成的格子双晶。在微斜长石的晶粒中，经常发现有固溶体离熔而成的钠长石条片嵌晶，形成“条纹长石”。在伟晶岩中可以见到富有特征的一种结构，称为“文象结构”，它是由石英和微斜长石（或正长石）所组成的规则连生体。条纹长石是长石中的一种，它是由两种成分不一样的长石（钠长石和正长石或微斜长石）紧密生长在一起而形成的。在炽热的熔融状态时含钠的长石和含钾的长石均匀地混在一起，当冷却时，两种结晶则显出明显不同形成条纹。 斜长石是长石矿物中的一个系列，包括钠长石、奥长石、中长石、拉长石、培长石和钙长石。斜长石中的大多数品种会在表面产生细而平行的条纹，有的还会有蓝或绿色的晕彩
人教版七年级上册地理-野外辨别方向和位置的方法
野外辨别方向和位置的方法 野外辨别方向和位置的方法有许多，这里介绍几种常见的方法： ①利用罗盘或指北针利用罗盘或指北针，开罗盘或指北针水平放置，使气泡居中，此时磁针静止后，其标有“N”的黑色一端所指的便是北方。除了测出正北方向外，罗盘或指北针还可以测出某一目标的具体方位，方法是开罗盘将照准器对准目标，或将刻度盘上的0刻度对准目标，使目标、0刻度和磁中点在同一直线上，罗盘水平静止后，N端所指的刻度便是测量点至目标的方位，如磁针N端指向36°。则目标在测量位置的北偏东36°。利用罗盘或指北针辨别方向虽然简单快捷，但需要注意： 1.尽量保持水平； 2.不要离磁性物质太近； 3.勿将磁针的S端误作北方，造180°的方向误差； 4.掌握活动地区的磁偏角进行校正。②利用太阳与月亮在晴朗的白昼，根据日出、日落就可以很方便地知道东方和西方，也就可判断方，但只能是大致的估计，较准确的测定有下列几种方法：1、手表测向“时数折半对太阳，12指的是北方”，一般在上午9时至下午4时之间可以很快地辨别出方向，用时间的一半所指的方向对向太阳，12时刻度就是北方，如下午14:40的时间，其一半为7:20，把时针对向太阳，那么12指的就是北方，或者是把表平置，时针指向太阳，时针与12时刻度平分线的反向延伸方向就是北方；或者置手表，将一根小棍垂直立在手表中央转动手表，使小棍的影子与时针重合，时与12时刻度之间的平分线即是北方。必须注意：（1）判定方向时，手表应平置；（2）在南、北纬20°30′之间地区的中午前后不宜使用，即以标准时的经线为准，每向东15°加1小时，向西15°减1小时。2、日影测向晴天，在地上竖立一木棍，木棍的影子随太阳位置的变化而移动，这些影在中午最短，其末端的连线是一条直线，该直线的垂直线为南北方向。在一张50×50cm的绘图纸上绘制一系列同心圆，同心圆的半径以1cm递增，钉在平板上并水平固定好，将一根12-15cm长的细钢针或针状物垂直插在圆心上。当太阳位置变化时，影子的端点总会与同心圆相交，标绘出这些点，然后把同一个圆上的两点直线相连，把这些直线的中点与圆心相连，这条连线就是南北方向线，圆弧顶的方向为北方。3、太阳与月亮测向：太阳东起西落，观察日出日落一般可以看出一个大致的方向。也可以用以下办法测定：在一平地上竖一根直棍（高1米以上），先在直棍影子的顶端作一个标记（如放一块石头），直棍的影子会随着太阳的移动而移动，10－60分钟后，在棍子影子的顶端又作一标记，在两个标记间划一条直线，并在直线的中间垂直的划一条线，这个十字就是一个方向标，将第二个标记点标注上东，而后，顺时针依次标上南、西、北方③利用夜间星 体当夜晚时，可根据北极星和南十字星来判断方向。1、北极星夜晚，在月暗星明的夜空下，我们总会找到形似勺子的北斗星座，在那勺端七倍距离处有一颗明亮的星，那就是北极星，它的正下方就是正北方，顺时针即是东，南，西方。北极星位于正北天空，其出露高度角相当于当地纬度，据此可以很快找到北极星。通常根据北斗七星（大熊星座）或W星（仙后星座）确定。北斗星为七颗较亮的星，形状象一把勺子，将勺头两颗β向α连线并延伸约5倍处便是北极星。当看不到北斗星时，可根据W星，即仙后星座寻找北极星。仙后星座由五颗较亮的星组成，形状象“W”字母，字母的开口方向约开口宽度的两倍距离处是北极星。2、南十字星在北纬23°30′以南地区，夜间有时可见南十字星，由四颗较亮的星组成，形同“十”字，在其右下方，由γ向α两星连线长度的四倍半处（无星）为正南方向。④利用地物
怎么查找质粒图谱
经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子，希望对虫子们有些帮助。这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。 方法一：安装软件Vector NT 做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（不是有虫子求pRS系列质粒吗？帖子链接https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1，如下图，数据库中本身就有很多）。这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。（这款软件的下载和使用说明书站内很多）
方法二：查找质粒图谱的网站： 这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下 1.Vector Database 地址：https://https://www.wendangku.net/doc/659211809.html,/g?a=vdb 这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
细菌常用生理生化鉴定
细菌鉴定中常用的生理生化反应 录入时间:2009-8-13 15:12:12 来源：中国生命科技论坛 1、实验原理 （1）细菌生化试验 各种细菌所具有的酶系统不尽相同，对营养基质的分解能力也不一样，因而代谢产物或多或少地各有区别，可供鉴别细菌之用。用生化试验的方法检测细菌对各种基质的代谢作用及其代谢产物，从而鉴别细菌的种属，称之为细菌的生化反应。 （2）糖（醇）类发酵试验 不同的细菌含有发酵不同糖（醇）的酶，因而发酵糖（醇）的能力各不相同。其产生的代谢产物亦不相同，如有的产酸产气，有的产酸不产气。酸的产生可利用指示剂来判定。在配制培养基时预先加入溟甲酚紫［P HS . 2 （黄色）一6 . 8 （紫色）] ，当发酵产酸时，可使培养基由紫色变为黄色。气体产生可由发酵管中倒置的杜氏小管中有无气泡来证明。 （3）甲基红（Methylred ）试验（该试验简称MR 试验） 很多细菌，如大肠杆菌等分解葡萄糖产生丙酮酸，丙酮酸再被分解，产生甲酸、乙酸、乳酸等，使培养基的pH 降低到4 . 2 以下，这时若加甲基红指示剂呈现红色。因甲基红指示剂变色范围是pH4 . 4 （红色）一pH6 . 2 （黄色）。若某些细菌如产气杆菌，分解葡萄糖产生丙酮酸，但很快将丙酮酸脱梭，转化成醇等物，则培养基的pH 仍在6 . 2 以上，故此时加入甲基红指示剂，呈现黄色。 （4）大分子物质代谢实验． 靛基质（口引睬）试验 某些细菌，如大肠杆菌，能分解蛋白质中的色氨酸，产生靛基质（叫睬），靛基质与对二甲基氨基苯甲醛结合，形成玫瑰色靛基质（红色化合物）。 硫化氢试验 某些细菌能分解含硫的氨基酸（肌氨酸、半肌氨酸等），产生硫化氢，硫化氢与培养基中的铅盐或铁盐，形成黑色沉淀硫化铅或硫化铁。为硫化氢试验阳性，可借以鉴别细菌。 明胶液化实验 某些细菌具有胶原酶，使明胶被分解，失去凝固能力，呈现液体状态，是为阳性。淀粉水解试验（在紫外诱变中做，本实验不做） 细菌对大分子的淀粉不能直接利用，须靠产生的胞外酶（淀粉酶）将淀粉水解为小分子糊精或进一步水解为葡萄糖（或麦芽糖），再被细菌吸收利用，细菌水解淀粉的过程可通过底物的变化来证明，即用碘测定不再产生蓝色。 （5）有机酸盐及氨盐利用试验 柠檬酸盐利用试验 柠檬酸盐培养基系一综合性培养基，其中柠檬酸钠为碳的唯一来源。而磷酸二氢按是氮的唯一来源。有的细菌如产气杆菌，能利用柠檬酸钠为碳源，因此能在柠檬酸盐培养基上生长，并分解柠檬酸盐后产生碳酸盐，使培养基变为碱性。此时培养基中的溟廖香草酚蓝指示剂由绿色变为深蓝色。不能利用柠檬酸盐为碳源的细菌，在该培养基上不生长，培养基不变色。 2、实验仪器，材料和用具 （1）实验仪器 37OC 恒温培养箱、20OC 恒温培养箱（室温代替）。 （2）微生物材料 大肠杆菌、变形杆菌、枯草杆菌、产气杆菌这四种菌种的斜面各1 支。 （3）试剂
如何阅读质粒图谱
一、载体主有病毒和非病毒两大类，其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。 一、一个合格质粒的组成要素 复制起始位点Ori，即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。抗生素抗性基因：可以便于加以检测，如Amp+ ，Kan+ 多 克隆位点：MCS克隆携带外源基因片段 P/E：启动子/增强子 Terms：终止信号 加poly（A）信号：可以起到稳定mRNA作用 二、如何阅读质粒图谱 第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒） Ori的箭头指复制方向，其他元件标注的箭头多指转录方向（正向）。 第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记： （1）Ampr：水解β-内酰胺环，解除氨苄的毒性。 （2）tetr ：可以阻止四环素进入细胞。 （3）camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。 （4）neor（kanr）：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418（卡那霉素衍生物）失活。 （5）hygr：使潮霉素β失活。 第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点，便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。 第四步：再看外源DNA插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。 第五步：是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆
载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。 相关概念： 启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号 启动子－促进DNA转录的DNA顺序，这个DNA区域常在基因或 操纵子编码顺序的上游，是DNA分子上可以与RNApol特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。 增强子/沉默子－为真核λ基因组（包括真核病毒基因组）中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。其作用与增强子所在的位置或方向无关。即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。沉默子－负增强子，负调控序列。 核糖体结合位点/起始密码/SD序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA有核糖体的两个结合位点，对于原核而言是AUG（起始密码）和SD序列。 λ转录终止顺序（终止子）/翻译终止密码子：结构基因的最后一个外显子中有一个AATAAA的保守序列，此位点down－stream有一段GT 或T富丰区，这2部分共同构成poly（A）加尾信号。结构基因的最后一个外显子中有一个AATAAA的保守序列，此位点down－stream有一段GT或T富丰区，这2部分共同构成poly（A）加尾信号。 三、载体及其分类 载体：即要把一个有用的基因（目的基因——研究或应用基因）通过基因工程手段送到生物细胞（受体细胞），需要运载工具（交通工具）携带外源基因进入受体细胞，这种运载工具就叫做载体（vector）。 P.S.基因工程所用的vector实际上是DNA分子，是用来携带目的 基因片段进入受体细胞的DNA。 载体的分类 按功能分成：（1）克隆载体：都有一个松弛的复制子，能带动 外源基因，在宿主细胞中复制扩增。它是用来克隆和扩增DNA片段（基因）的载体。（所以有时实验时扩增效率低下，要注意是不是使用的严谨型载体）（2）表达载体：具有克隆载体的基本元件 （ori,Ampr,Mcs等）还具有转录/翻译所必需的DNA顺序的载体。
微生物生化鉴定
常用生化试验 一．糖、醇发酵试验 1.糖、醇发酵试验原理：各种细菌因含有发酵不同糖、醇的酶，所以分解糖、醇的能力个不相同。有的能分解某些糖、醇类，有的则不能分解。有的分解某些糖、醇类发酵产酸产气，有的仅产酸，而不产气。根据这些特点，可鉴别细菌。 培养基：糖发酵试验应用的培养基种类很多，大致可分为液体，半固体，固体（高层、斜面）等几类。可根据试验的要求和细菌的特性来选择。 2.乙酰甲基甲醇试验（V-P 试验） 原理：某些细菌如产气杆菌，分解葡萄糖产生丙酮酸，并将丙酮酸脱羧，变为乙酰甲基甲醇，乙酰甲基甲醇在碱性环境下，被空气中的氧氧化成二乙酰，二乙酰与培养基内蛋白胨中精氨酸所含的胍基起作用，生成红色的化合物。故在培养基中加入少量含胍基的化合物，如肌酸、肌酐可增加胍基含量。试验中加入的 a -萘酚为催化剂，可加速此反应，使反应颜色增加， 提高反应的敏感性。大肠埃希菌不能将丙酮酸脱羧，故V-P 试验呈阴性。培养基：磷酸盐葡萄糖蛋白胨水培养基 3.甲基红试验（MR 试验）原理：许多细菌如大肠埃希菌等，分解葡萄糖产生丙酮酸，丙酮酸再次被分解，产生甲酸、乙酸、乳酸等，这样使培养基的PH 降至 4.5 以下。这时加入甲基红指示剂呈红色。若细菌分解葡萄糖产酸量少，或产生的酸进一步转化为其他物质（如醇、酮、醛、气体和水等），则培养基的酸度仍在PH6.2 以上，故加入甲基红指示剂呈黄色，为阴性反应。培养基：磷酸盐葡萄糖蛋白胨水培养基 MUG 葡萄糖醛酸苷酶试验 原理：细菌的葡萄糖醛酸苷酶在碱性条件下，作用于4-甲基伞形酮-3 -D葡萄糖醛酸甘 （4-Methylumbelliferyl- 3 -D-glucuronide简称MUG ）的3葡萄糖醛酸甘键，使其水解，释 放的4-甲基伞形酮在366nm 紫外灯下产生蓝白色荧光。 培养基：MUG 培养基 4.3-半乳糖苷酶试验 原理：肠杆菌科细菌发酵乳糖，依靠半乳糖苷渗透酶和3-半乳糖苷酶两种不同的酶作用， 能水解邻硝酸酚-3-D 半乳糖苷（O-nitrophenyl- 3-D-galactopyranoside,ONPG ），而释放出黄色 的邻硝酸酚。发酵乳糖的细菌具有上述两种酶，可迅速分解乳糖。迟缓发酵乳糖的细菌只有 3■半乳糖苷酶，而缺少半乳糖苷渗透酶或是其活性很弱，不能将乳糖很快运送到菌细胞内，